Synthesis of chemicals by metabolic engineering of microbes

Chemical Society Reviews

Volumn 44, Issue 11, 2015, Pages 3760-3785

  Sun, Xinxiao ^a   Shen, Xiaolin ^a   Jain, Rachit ^b   Lin, Yuheng ^b   Wang, Jian ^b   Sun, Jing ^a   Wang, Jia ^a   Yan, Yajun ^b   Yuan, Qipeng ^a  

^a BEIJING UNIVERSITY OF CHEMICAL TECHNOLOGY   (China)

^b University of Georgia   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOFUEL; DRUG; ORGANIC COMPOUND;

BACTERIUM; DIETARY SUPPLEMENT; METABOLIC ENGINEERING; METABOLISM;

BACTERIA; BIOFUELS; DIETARY SUPPLEMENTS; METABOLIC ENGINEERING; ORGANIC CHEMICALS; PHARMACEUTICAL PREPARATIONS;

EID: 84930352977     PISSN: 03060012     EISSN: 14604744     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5cs00159e     Document Type: Review

References (256)

1. J. W. Lee D. Na J. M. Park J. Lee S. Choi S. Y. Lee Nat. Chem. Biol. 2012 8 536 546
2. C. E. Nakamura G. M. Whited Curr. Opin. Biotechnol. 2003 14 454 459
3. D. K. Ro E. M. Paradise M. Ouellet K. J. Fisher K. L. Newman J. M. Ndungu K. A. Ho R. A. Eachus T. S. Ham J. Kirby M. C. Chang S. T. Withers Y. Shiba R. Sarpong J. D. Keasling Nature 2006 440 940 943
4. J. C. Escobar E. S. Lora O. J. Venturini E. E. Yáñez E. F. Castillo O. Almazan Renewable Sustainable Energy Rev. 2009 13 1275 1287
5. RFA pocket guide to ethanol, 2014
6. A. J. van Maris A. A. Winkler M. Kuyper W. T. de Laat J. P. van Dijken J. T. Pronk Adv. Biochem. Eng./Biotechnol. 2007 108 179 204
7. S. Katahira M. Ito H. Takema Y. Fujita T. Tanino T. Tanaka H. Fukuda A. Kondo Enzyme Microb. Technol. 2008 43 115 119
8. S. J. Ha J. M. Galazka S. R. Kim J. H. Choi X. Yang J. H. Seo N. L. Glass J. H. Cate Y. S. Jin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 504 509
9. L. R. Lynd M. S. Laser D. Bransby B. E. Dale B. Davison R. Hamilton M. Himmel M. Keller J. D. McMillan J. Sheehan C. E. Wyman Nat. Biotechnol. 2008 26 169 172
10. R. Den Haan S. H. Rose L. R. Lynd W. H. van Zyl Metab. Eng. 2007 9 87 94
11. S. L. Tsai G. Goyal W. Chen Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 7514 7520
12. F. Wen J. Sun H. Zhao Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 1251 1260
13. L. H. Fan Z. J. Zhang X. Y. Yu Y. X. Xue T. W. Tan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 13260 13265
14. T. Sakamoto T. Hasunuma Y. Hori R. Yamada A. Kondo J. Biotechnol. 2012 158 203 210
15. M. Enquist-Newman A. M. Faust D. D. Bravo C. N. Santos R. M. Raisner A. Hanel P. Sarvabhowman C. Le D. D. Regitsky S. R. Cooper L. Peereboom A. Clark Y. Martinez J. Goldsmith M. Y. Cho P. D. Donohoue L. Luo B. Lamberson P. Tamrakar E. J. Kim J. L. Villari A. Gill S. A. Tripathi P. Karamchedu C. J. Paredes V. Rajgarhia H. K. Kotlar R. B. Bailey D. J. Miller N. L. Ohler C. Swimmer Y. Yoshikuni Nature 2014 505 239 243
16. A. J. Wargacki E. Leonard M. N. Win D. D. Regitsky C. N. Santos P. B. Kim S. R. Cooper R. M. Raisner A. Herman A. B. Sivitz A. Lakshmanaswamy Y. Kashiyama D. Baker Y. Yoshikuni Science 2012 335 308 313
17. S. Atsumi J. C. Liao Appl. Environ. Microbiol. 2008 74 7802 7808
18. S. Atsumi T. Hanai J. C. Liao Nature 2008 451 86 89
19. C. R. Shen J. C. Liao Metab. Eng. 2008 10 312 320
20. R. Jain Y. Yan Microb. Cell Fact. 2011 10 97 10.1186/1475-2859-10-97
21. R. Jain X. Sun Q. Yuan Y. Yan ACS Synth. Biol. 2014 10.1021/sb500345t
22. Y. Deng S. S. Fong Metab. Eng. 2011 13 570 577
23. Y. J. Choi J. H. Park T. Y. Kim S. Y. Lee Metab. Eng. 2012 14 477 486
24. K. Srirangan L. Akawi X. Liu A. Westbrook E. J. Blondeel M. G. Aucoin M. Moo-Young C. P. Chou Biotechnol. Biofuels 2013 6 139 10.1186/1754-6834-6-139
25. T. Hanai S. Atsumi J. C. Liao Appl. Environ. Microbiol. 2007 73 7814 7818
26. K. Inokuma J. C. Liao M. Okamoto T. Hanai J. Biosci. Bioeng. 2010 110 696 701
27. Y. Soma K. Inokuma T. Tanaka C. Ogino A. Kondo M. Okamoto T. Hanai J. Biosci. Bioeng. 2012 114 80 85
28. T. Kusakabe T. Tatsuke K. Tsuruno Y. Hirokawa S. Atsumi J. C. Liao T. Hanai Metab. Eng. 2013 20 101 108
29. E. Grousseau J. Lu N. Gorret S. E. Guillouet A. J. Sinskey Appl. Microbiol. Biotechnol. 2014 98 4277 4290
30. S. Atsumi A. F. Cann M. R. Connor C. R. Shen K. M. Smith M. P. Brynildsen K. J. Chou T. Hanai J. C. Liao Metab. Eng. 2008 10 305 311
31. C. R. Shen J. C. Liao Metab. Eng. 2008 10 312 320
32. T. Si Y. Luo H. Xiao H. Zhao Metab. Eng. 2014 22 60 68
33. M. Inui M. Suda S. Kimura K. Yasuda H. Suzuki H. Toda S. Yamamoto S. Okino N. Suzuki H. Yukawa Appl. Microbiol. Biotechnol. 2008 77 1305 1316
34. S. Atsumi A. F. Cann M. R. Connor C. R. Shen K. M. Smith M. P. Brynildsen K. J. Chou T. Hanai J. C. Liao Metab. Eng. 2008 10 305 311
35. C. R. Shen E. I. Lan Y. Dekishima A. Baez K. M. Cho J. C. Liao Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 2905 2915
36. S. Bastian X. Liu J. T. Meyerowitz C. D. Snow M. M. Chen F. H. Arnold Metab. Eng. 2011 13 345 352
37. A. Baez K. M. Cho J. C. Liao Appl. Microbiol. Biotechnol. 2011 90 1681 1690
38. S. H. Desai C. A. Rabinovitch-Deere Y. Tashiro S. Atsumi Appl. Microbiol. Biotechnol. 2014 98 3727 3736
39. Y. X. Huo K. M. Cho J. G. Rivera E. Monte C. R. Shen Y. Yan J. C. Liao Nat. Biotechnol. 2011 29 346 351
40. F. Matsuda J. Ishii T. Kondo K. Ida H. Tezuka A. Kondo Microb. Cell Fact. 2013 12 119 10.1186/1475-2859-12-119
41. D. Brat C. Weber W. Lorenzen H. B. Bode E. Boles Biotechnol. Biofuels 2012 5 65 10.1186/1754-6834-5-65
42. J. L. Avalos G. R. Fink G. Stephanopoulos Nat. Biotechnol. 2013 31 335 341
43. A. F. Cann J. C. Liao Appl. Microbiol. Biotechnol. 2008 81 89 98
44. M. R. Connor J. C. Liao Appl. Environ. Microbiol. 2008 74 5769 5775
45. R. J. Marcheschi H. Li K. Zhang E. L. Noey S. Kim A. Chaubey K. N. Houk J. C. Liao ACS Chem. Biol. 2012 7 689 697
46. H. C. Tseng K. L. Prather Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 17925 17930
47. Y. Dekishima E. I. Lan C. R. Shen K. M. Cho J. C. Liao J. Am. Chem. Soc. 2011 133 11399 11401
48. P. Xu M. A. G. Koffas Biofuels 2010 1 493 504
49. E. J. Steen Y. Kang G. Bokinsky Z. Hu A. Schirmer A. McClure S. B. Del Cardayre J. D. Keasling Nature 2010 463 559 562
50. P. Handke S. A. Lynch R. T. Gill Metab. Eng. 2011 13 28 37
51. X. Zhang M. Li A. Agrawal K. Y. San Metab. Eng. 2011 13 713 722
52. M. Li X. Zhang A. Agrawal K. Y. San Metab. Eng. 2012 14 380 387
53. X. Lu H. Vora C. Khosla Metab. Eng. 2008 10 333 339
54. T. Liu H. Vora C. Khosla Metab. Eng. 2010 12 378 386
55. X. Yu T. Liu F. Zhu C. Khosla Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 18643 18648
56. P. Xu Q. Gu W. Wang L. Wong A. G. Bower C. H. Collins M. A. Koffas Nat. Commun. 2013 4 1409 10.1038/ncomms2425
57. P. Javidpour J. H. Pereira E. B. Goh R. P. McAndrew S. M. Ma G. D. Friedland J. D. Keasling S. R. Chhabra P. D. Adams H. R. Beller Appl. Environ. Microbiol. 2014 80 497 505
58. D. Guo J. Zhu Z. Deng T. Liu Metab. Eng. 2014 22 69 75
59. J. M. Clomburg J. E. Vick M. D. Blankschien M. Rodriguez-Moya R. Gonzalez ACS Synth. Biol. 2012 1 541 554
60. C. Dellomonaco J. M. Clomburg E. N. Miller R. Gonzalez Nature 2011 476 355 359
61. A. Melis Energy Environ. Sci. 2012 5 5531 5539
62. P. P. Peralta-Yahya F. Zhang S. B. Del Cardayre J. D. Keasling Nature 2012 488 320 328
63. D. J. Lieber J. Catlett N. Madayiputhiya R. Nandakumar M. M. Lopez W. W. Metcalf N. R. Buan PLoS One 2014 9 e107563
64. A. Schirmer M. A. Rude X. Li E. Popova S. B. Del Cardayre Science 2010 329 559 562
65. Z. Rahman B. H. Sung J.-Y. Yi L. M. Bui J. H. Lee S. C. Kim J. Biotechnol. 2014 192 187 191 10.1016/j.jbiotec.2014.10.014
66. Y. J. Choi S. Y. Lee Nature 2013 502 571 574
67. P. Kallio A. Pásztor K. Thiel M. K. Akhtar P. R. Jones Nat. Commun. 2014 5 10.1038/ncomms5731
68. T. Maeda V. Sanchez-Torres T. K. Wood Microb. Biotechnol. 2008 1 30 39
69. K. T. Tran T. Maeda T. K. Wood Appl. Microbiol. Biotechnol. 2014 98 4757 4770
70. E. Celinska Biotechnol. Adv. 2010 28 519 530
71. G. A. Kraus Clean 2008 36 648 651
72. C. E. Nakamura G. M. Whited Curr. Opin. Biotechnol. 2003 14 454 459
73. M. J. Burk Int. Sugar J. 2010 112 30 35
74. X. Shen Y. Lin R. Jain Q. Yuan Y. Yan J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2012 39 1725 1729
75. X.-J. Ji and H. Huang, in Bioprocessing of Renewable Resources to Commodity Bioproducts, ed., V. S. Bisaria, and, A. Kondo, John Wiley & Sons, Inc., 1st edn, 2014, pp. 261-288
76. C. Ma A. Wang J. Qin L. Li X. Ai T. Jiang H. Tang P. Xu Appl. Microbiol. Biotechnol. 2009 82 49 57
77. Y. Yan C. C. Lee J. C. Liao Org. Biomol. Chem. 2009 7 3914 3917
78. S. Ui Y. Takusagawa T. Sato T. Ohtsuki A. Mimura M. Ohkuma T. Kudo Lett. Appl. Microbiol. 2004 39 533 537
79. A. S. Afschar C. E. V. Rosscli R. Jonas A. Q. Chanto K. Schaller J. Biotechnol. 1993 27 317 329
80. X. J. Ji H. Huang J. G. Zhu L. J. Ren Z. K. Nie J. Du S. Li Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010 85 1751 1758
81. L. Zhang J. Sun Y. Hao J. Zhu J. Chu D. Wei Y. Shen J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2010 37 857 862
82. S. Ui Y. Okajima A. Mimura H. Kanai T. Kudo J. Ferment. Bioeng. 1997 84 185 189
83. L. Li Y. Wang L. Zhang C. Ma A. Wang F. Tao P. Xu Bioresour. Technol. 2012 115 111 116
84. H. Yim R. Haselbeck W. Niu C. Pujol-Baxley A. Bugard J. Boldt J. Khandurina J. D. Trawick R. E. Osterhout R. Stephen J. Estadilla S. Teisan H. B. Schreyer S. Andrae T. H. Yang S. Y. Lee M. J. Burk S. V. Dien Nat. Chem. Biol. 2011 7 445 452
85. H. J. Hwang J. H. Park J. H. Kim M. K. Kong J. W. Kim J. W. Park K. M. Cho P. C. Lee Biotechnol. Bioeng. 2014 111 1374 1384
86. X. Tang Y. Tan H. Zhu K. Zhao W. Shen Appl. Environ. Microbiol. 2009 75 1628 1634
87. R. K. Saxena P. Anand S. Saran J. Isar Biotechnol. Adv. 2009 27 895 913
88. Y. S. Jang B. Kim J. H. Shin Y. J. Choi S. Choi C. W. Song J. Lee G. H. Park S. Y. Lee Biotechnol. Bioeng. 2012 109 2437 2459
89. M. Gonzalez-Pajuelo I. Meynial-Salles F. Mendes J. C. Andrade I. Vasconcelos P. Soucaille Metab. Eng. 2005 7 329 336
90. T. Tobimatsu H. Kajiura T. Toraya Arch. Microbiol. 2000 174 81 88
91. S. Honda T. Toraya S. Fukui J. Bacteriol. 1980 143 1458 1465
92. X. L. Xu G. L. Zhang L. W. Wang B. B. Ma C. Li J. Mol. Catal. B: Enzym. 2009 56 108 114
93. G. Zhang B. Ma X. Xu C. Li L. Wang Biochem. Eng. J. 2007 37 256 260
94. Y. Z. Xu N. N. Guo Z. M. Zheng X. J. Ou H. J. Liu D. H. Liu Biotechnol. Bioeng. 2009 104 965 972
95. C. Raynaud P. Sarcabal I. Meynial-Salles C. Croux P. Soucaille Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 5010 5015
96. V. E. T. Maervoet M. D. Mey J. Beauprez S. D. Maeseneire W. K. Soetaert Org. Process Res. Dev. 2011 15 189 202
97. H. Li J. Chen Y. Li Prog. Nat. Sci. 2008 18 1519 1524
98. N. E. Altaras D. C. Cameron Appl. Environ. Microbiol. 1999 65 1180 1185
99. S. J. Berrios-Rivera K. Y. San G. N. Bennett J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2003 30 34 40
100. R. K. Saxena P. Anand S. Saran J. Isar L. Agarwal Indian J. Microbiol. 2010 50 2 11
101. A. Boronat J. Aguilar J. Bacteriol. 1981 147 181 185
102. K. Tran-Din G. Gottaschalk Arch. Microbiol. 1985 142 87 92
103. F. Sanchez-Rivera D. C. Cameron C. L. Cooney Biotechnol. Lett. 1987 9 449 454
104. D. C. Cameron N. E. Altaras M. L. Hoffman A. J. Shaw Biotechnol. Prog. 1998 14 116 125
105. N. E. Altaras D. C. Cameron Biotechnol. Prog. 2000 16 940 946
106. J. Joon-Young E.-S. Choi M.-K. Oh J. Microbiol. Biotechnol. 2008 18 1797 1802
107. J. Joon-Young E.-S. Choi H. S. Yun J. Lee M. K. Oh J. Microbiol. Biotechnol. 2011 21 846 853
108. J. M. Clomburg R. Gonzalez Biotechnol. Bioeng. 2011 108 867 879
109. H. Li J. C. Liao Microb. Cell Fact. 2013 12 4
110. S. Benthin J. Villadsen Appl. Microbiol. Biotechnol. 1995 42 826 829
111. S. Zhou L. P. Yomano K. T. Shanmugam L. O. Ingram Biotechnol. Lett. 2005 27 1891 1896
112. T. B. Grabar S. Zhou K. T. Shanmugam L. P. Yomano L. O. Ingram Biotechnol. Lett. 2006 28 1527 1535
113. L. Zhou D. D. Niu K. M. Tian X. Z. Chen B. A. Prior W. Shen G. Y. Shi S. Singh Z. X. Wang Metab. Eng. 2012 14 560 568
114. S. Mazumdar M. D. Blankschien J. M. Clomburg R. Gonzalez Microb. Cell Fact. 2013 12 7 10.1186/1475-2859-12-7
115. D. Niu K. Tian B. A. Prior M. Wang Z. Wang F. Lu S. Singh Microb. Cell Fact. 2014 13 78 10.1186/1475-2859-13-78
116. A. Cukalovic C. V. Stevens Biofuels, Bioprod. Biorefin. 2008 2 505 529
117. M. G. Adsul M. S. Singhvi S. A. Gaikaiwari D. V. Gokhale Bioresour. Technol. 2011 102 4304 4312
118. D. Vasudevan J. Appl. Electrochem. 1995 25 176 178
119. A. V. Muzumdar S. B. Sawant V. G. Pangarkar Org. Process Res. Dev. 2004 8 685 688
120. K. Jantama X. Zhang J. C. Moore K. T. Shanmugam S. A. Svoronos L. O. Ingram Biotechnol. Bioeng. 2008 101 881 893
121. G. N. Vemuri M. A. Eiteman E. Altman J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2002 28 325 332
122. K. Jantama M. J. Haupt S. A. Svoronos X. Zhang J. C. Moore K. T. Shanmugam L. O. Ingram Biotechnol. Bioeng. 2008 99 1140 1153
123. X. Zhang K. Jantama J. C. Moore L. R. Jarboe K. T. Shanmugam L. O. Ingram Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 20180 20185
124. C. A. Roa Engel W. M. van Gulik L. Marang L. A. van der Wielen A. J. Straathof Enzyme Microb. Technol. 2011 48 39 47
125. I. Goldberg J. S. Rokem O. Pines J. Chem. Technol. Biotechnol. 2006 81 1601 1611
126. Y. Zhou K. Nie X. Zhang S. Liu M. Wang L. Deng F. Wang T. Tan Bioresour. Technol. 2014 163 48 53
127. G. Xu L. Liu J. Chen Microb. Cell Fact. 2012 11 24 10.1186/1475-2859-11-24
128. N. Li B. Zhang Z. Wang Y. J. Tang T. Chen X. Zhao Bioresour. Technol. 2014 174 81 87
129. N. J. Cao G. T. Tsao J. Du C. S. Gong Adv. Biochem. Eng./Biotechnol. 1999 65 243 280
130. C. W. Song D. I. Kim S. Choi J. W. Jang S. Y. Lee Biotechnol. Bioeng. 2013 110 2025 2034
131. K. A. Curran J. M. Leavitt A. S. Karim H. S. Alper Metab. Eng. 2013 15 55 66
132. X. Sun Y. Lin Q. Huang Q. Yuan Y. Yan Appl. Environ. Microbiol. 2013 79 4024 4030
133. K. M. Draths J. W. Frost J. Am. Chem. Soc. 1994 116 399
134. N. Wei K. M. Draths J. W. Frost Biotechnol. Prog. 2002 18 201 211
135. Y. Lin X. Sun Q. Yuan Y. Yan Metab. Eng. 2014 23 62 69
136. X. Sun Y. Lin Q. Yuan Y. Yan ChemSusChem 2014 7 2478 2481
137. S. Y. Moon S. H. Hong T. Y. Kim S. Y. Lee Biochem. Eng. J. 2008 40 312 320
138. K. Jantama M. J. Haupt S. A. Svoronos X. Zhang J. C. Moore K. T. Shanmugam L. O. Ingram Biotechnol. Bioeng. 2008 99 1140 1153
139. X. Zhang X. Wang K. T. Shanmugam L. O. Ingram Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 427 434
140. R. M. Zelle E. d. Hulster W. A. v. Winden P. d. Waard C. Dijkema A. A. Winkler J.-M. A. Geertman J. P. v. Dijken J. T. Pronk A. J. A. v. Maris Appl. Environ. Microbiol. 2008 74 2766 2777
141. X. Zou Y. Zhou S.-T. Yang Biotechnol. Bioeng. 2013 110 2105 2113
142. V. Kumar S. Ashok S. Park Biotechnol. Adv. 2013 31 945 961
143. M. D. Lynch, R. T. Gill and T. Warnecke-Lipscomb, US Pat., PCT/US2010/050436, 2011
144. Y. Huang Z. Li K. Shimizu Q. Ye Bioresour. Technol. 2012 103 351 359
145. H. Honjo K. Tsuruno T. Tatsuke M. Sato T. Hanai J. Biosci. Bioeng. 2015 10.1016/j.jbiosc.2014.12.023
146. W. Leuchtenberger K. Huthmacher K. Drauz Appl. Microbiol. Biotechnol. 2005 69 1 8
147. M. Ikeda, Microbial production of l-amino acids, Springer, 2003, pp. 1-35
148. T. Hermann J. Biotechnol. 2003 104 155 172
149. G. Wu Amino Acids 2009 37 1 17
150. G. Wu Amino Acids 2013 45 407 411
151. V. F. Wendisch Curr. Opin. Biotechnol. 2014 30 51 58
152. J. Becker C. Wittmann Curr. Opin. Biotechnol. 2012 23 718 726
153. S. Kinoshita J. Gen. Appl. Microbiol. 1957 3 193 205
154. P. G. Peters-Wendisch B. Schiel V. F. Wendisch E. Katsoulidis B. Mockel H. Sahm B. J. Eikmanns J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2001 3 295 300
155. K. Sawada S. Zen-In M. Wada A. Yokota Metab. Eng. 2010 12 401 407
156. J. Kim T. Hirasawa Y. Sato K. Nagahisa C. Furusawa H. Shimizu Appl. Microbiol. Biotechnol. 2009 81 1097 1106
157. J. Kim H. Fukuda T. Hirasawa K. Nagahisa K. Nagai M. Wachi H. Shimizu Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010 86 911 920
158. Y. Asakura E. Kimura Y. Usuda Y. Kawahara K. Matsui T. Osumi T. Nakamatsu Appl. Environ. Microbiol. 2007 73 1308 1319
159. Q. Liu J. Zhang X.-X. Wei S.-P. Ouyang Q. Wu G.-Q. Chen Appl. Microbiol. Biotechnol. 2008 77 1297 1304
160. Q. Liu S.-P. Ouyang J. Kim G.-Q. Chen J. Biotechnol. 2007 132 273 279
161. A. Chinen Y. I. Kozlov Y. Hara H. Izui H. Yasueda J. Biosci. Bioeng. 2007 103 262 269
162. J. Buchholz A. Schwentner B. Brunnenkan C. Gabris S. Grimm R. Gerstmeir R. Takors B. J. Eikmanns B. Blombach Appl. Environ. Microbiol. 2013 79 5566 5575
163. J. Becker C. Klopprogge H. Schröder C. Wittmann Appl. Environ. Microbiol. 2009 75 7866 7869
164. J. Becker C. Klopprogge A. Herold O. Zelder C. J. Bolten C. Wittmann J. Biotechnol. 2007 132 99 109
165. J. Becker O. Zelder S. Häfner H. Schröder C. Wittmann Metab. Eng. 2011 13 159 168
166. M. I. Chávez-Béjar A. R. Lara H. López G. Hernández-Chávez A. Martinez O. T. Ramírez F. Bolívar G. Gosset Appl. Environ. Microbiol. 2008 74 3284 3290
167. T. Lütke-Eversloh G. Stephanopoulos Appl. Microbiol. Biotechnol. 2007 75 103 110
168. T. Polen M. Krämer J. Bongaerts M. Wubbolts V. F. Wendisch J. Biotechnol. 2005 115 221 237
169. M. Tatarko T. Romeo Curr. Microbiol. 2001 43 26 32
170. M. Ikeda R. Katsumata J. Ferment. Bioeng. 1994 78 420 425
171. M. Ikeda R. Katsumata Biosci., Biotechnol., Biochem. 1995 59 1600 1602
172. M. Ikeda Appl. Microbiol. Biotechnol. 2006 69 615 626
173. G. A. Sprenger Appl. Microbiol. Biotechnol. 2007 75 739 749
174. K. Backman M. J. O'Connor A. Maruya E. Rudd D. McKay R. Balakrishnan M. Radjai V. DiPasquantonio D. Shoda R. Hatch Ann. N. Y. Acad. Sci. 1990 589 16 24
175. R. Patnaik R. R. Zolandz D. A. Green D. F. Kraynie Biotechnol. Bioeng. 2008 99 741 752
176. J. H. Park S. Y. Lee Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010 85 491 506
177. K. H. Lee J. H. Park T. Y. Kim H. U. Kim S. Y. Lee Mol. Syst. Biol. 2007 3 10.1038/msb4100196
178. P. Peters-Wendisch M. Stolz H. Etterich N. Kennerknecht H. Sahm L. Eggeling Appl. Environ. Microbiol. 2005 71 7139 7144
179. S. Nakamori S.-i. Kobayashi C. Kobayashi H. Takagi Appl. Environ. Microbiol. 1998 64 1607 1611
180. M. Ikeda S. Mitsuhashi K. Tanaka M. Hayashi Appl. Environ. Microbiol. 2009 75 1635 1641
181. T. Jojima M. Fujii E. Mori M. Inui H. Yukawa Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010 87 159 165
182. J. V. K. Jensen V. F. Wendisch Microb. Cell Fact. 2013 12 63 10.1186/1475-2859-12-63
183. J. Kalinowski B. Bathe D. Bartels N. Bischoff M. Bott A. Burkovski N. Dusch L. Eggeling B. J. Eikmanns L. Gaigalat J. Biotechnol. 2003 104 5 25
184. G. Seibold M. Auchter S. Berens J. Kalinowski B. J. Eikmanns J. Biotechnol. 2006 124 381 391
185. T. Georgi D. Rittmann V. F. Wendisch Metab. Eng. 2005 7 291 301
186. J. Schneider K. Niermann V. F. Wendisch J. Biotechnol. 2011 154 191 198
187. T. M. Meiswinkel V. Gopinath S. N. Lindner K. M. Nampoothiri V. F. Wendisch Microb. Biotechnol. 2013 6 131 140
188. C. Takahashi J. Shirakawa T. Tsuchidate N. Okai K. Hatada H. Nakayama T. Tateno C. Ogino A. Kondo Enzyme Microb. Technol. 2012 51 171 176
189. F. Shi J. Jiang Y. Li Y. Li Y. Xie J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2013 40 1285 1296
190. Y. Lin Y. Yan Microb. Cell Fact. 2012 11 42 10.1186/1475-2859-11-42
191. Y. Lin X. Sun Q. Yuan Y. Yan ACS Synth. Biol. 2014 3 497 505
192. X. Sun Y. Lin Q. Yuan Y. Yan ACS Synth. Biol. 2014 10.1021/sb500303q
193. T. Vogt Mol. Plant 2010 3 2 20
194. A. Scalbert I. T. Johnson M. Saltmarsh Am. J. Clin. Nutr. 2005 81 215S 217S
195. C. Manach A. Scalbert C. Morand C. Remesy L. Jimenez Am. J. Clin. Nutr. 2004 79 727 747
196. D. K. Ro C. J. Douglas J. Biol. Chem. 2004 279 2600 2607
197. T. Vannelli W. Wei Qi J. Sweigard A. A. Gatenby F. S. Sariaslani Metab. Eng. 2007 9 142 151
198. S. Y. Kang O. Choi J. K. Lee B. Y. Hwang T. B. Uhm Y. S. Hong Microb. Cell Fact. 2012 11 153 10.1186/1475-2859-11-153
199. Y. H. Kim T. Kwon H. J. Yang W. Kim H. Youn J. Y. Lee B. Youn Protein Expression Purif. 2011 79 149 155
200. M. Kojima W. Takeuchi J. Biochem. 1989 105 265 270
201. M. Berner D. Krug C. Bihlmaier A. Vente R. Muller A. Bechthold J. Bacteriol. 2006 188 2666 2673
202. T. Furuya K. Kino Appl. Microbiol. Biotechnol. 2013 10.1007/s00253-013-4958-y
203. Q. Huang Y. Lin Y. Yan Biotechnol. Bioeng. 2013 110 3188 3196
204. Y. F. Yao C. S. Wang J. Qiao G. R. Zhao Metab. Eng. 2013 19 79 87
205. B. G. Kim W. D. Jung H. Mok J. H. Ahn Microb. Cell Fact. 2013 12 15 10.1186/1475-2859-12-15
206. S. E. Bloch C. Schmidt-Dannert ChemBioChem 2014 15 2393 2401
207. I. Miyahisa M. Kaneko N. Funa H. Kawasaki H. Kojima Y. Ohnishi S. Horinouchi Appl. Microbiol. Biotechnol. 2005 68 498 504
208. Y. Yan A. Kohli M. A. Koffas Appl. Environ. Microbiol. 2005 71 5610 5613
209. E. Leonard K. H. Lim P. N. Saw M. A. Koffas Appl. Environ. Microbiol. 2007 73 3877 3886
210. E. Leonard Y. Yan Z. L. Fowler Z. Li C. G. Lim K. H. Lim M. A. Koffas Mol. Pharmaceutics 2008 5 257 265
211. P. Xu S. Ranganathan Z. L. Fowler C. D. Maranas M. A. Koffas Metab. Eng. 2011 13 578 587
212. J. Wu O. Yu G. Du J. Zhou J. Chen Appl. Environ. Microbiol. 2014 10.1128/AEM.02411-14
213. J. Wu T. Zhou G. Du J. Zhou J. Chen PLoS One 2014 9 e101492
214. Y. Lin R. Jain Y. Yan Curr. Opin. Biotechnol. 2014 26 71 78
215. M. B. Austin M. E. Bowman J. L. Ferrer J. Schroder J. P. Noel Chem. Biol. 2004 11 1179 1194
216. J. Beekwilder R. Wolswinkel H. Jonker R. Hall C. H. de Vos A. Bovy Appl. Environ. Microbiol. 2006 72 5670 5672
217. Y. Zhang S. Z. Li J. Li X. Pan R. E. Cahoon J. G. Jaworski X. Wang J. M. Jez F. Chen O. Yu J. Am. Chem. Soc. 2006 128 13030 13031
218. T. Sydor S. Schaffer E. Boles Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 3361 3363
219. C. G. Lim Z. L. Fowler T. Hueller S. Schaffer M. A. Koffas Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 3451 3460
220. Y. Lin Y. Yan Biotechnol. Bioeng. 2014 111 1895 1899
221. T. Furuya K. Kino Tetrahedron Lett. 2014 55 2853 2855
222. A. H. F. Bourgaud R. Larbat S. Doerper E. Gontier S. Kellner U. Matern Phytochem. Rev. 2006 5 293 308
223. Y. Lin X. Sun Q. Yuan Y. Yan Metab. Eng. 2013 18 69 77
224. Y. Lin X. Shen Q. Yuan Y. Yan Nat. Commun. 2013 4 2603 10.1038/ncomms3603
225. J. Bohlmann C. I. Keeling Plant J. 2008 54 656 669
226. A. L. Lindahl M. E. Olsson P. Mercke O. Tollbom J. Schelin M. Brodelius P. E. Brodelius Biotechnol. Lett. 2006 28 571 580
227. J. R. Lenihan H. Tsuruta D. Diola N. S. Renninger R. Regentin Biotechnol. Prog. 2008 24 1026 1032
228. V. J. Martin Y. Yoshikuni J. D. Keasling Biotechnol. Bioeng. 2001 75 497 503
229. V. J. Martin D. J. Pitera S. T. Withers J. D. Newman J. D. Keasling Nat. Biotechnol. 2003 21 796 802
230. D. J. Pitera C. J. Paddon J. D. Newman J. D. Keasling Metab. Eng. 2007 9 193 207
231. H. Tsuruta C. J. Paddon D. Eng J. R. Lenihan T. Horning L. C. Anthony R. Regentin J. D. Keasling N. S. Renninger J. D. Newman PLoS One 2009 4 e4489
232. M. C. Chang R. A. Eachus W. Trieu D. K. Ro J. D. Keasling Nat. Chem. Biol. 2007 3 274 277
233. J. A. Dietrich Y. Yoshikuni K. J. Fisher F. X. Woolard D. Ockey D. J. McPhee N. S. Renninger M. C. Chang D. Baker J. D. Keasling ACS Chem. Biol. 2009 4 261 267
234. J. Marienhagen M. Bott J. Biotechnol. 2013 163 166 178
235. Q. Huang C. A. Roessner R. Croteau A. I. Scott Bioorg. Med. Chem. 2001 9 2237 2242
236. P. K. Ajikumar W. H. Xiao K. E. Tyo Y. Wang F. Simeon E. Leonard O. Mucha T. H. Phon B. Pfeifer G. Stephanopoulos Science 2010 330 70 74
237. B. Engels P. Dahm S. Jennewein Metab. Eng. 2008 10 201 206
238. N. Misawa M. Nakagawa K. Kobayashi S. Yamano Y. Izawa K. Nakamura K. Harashima J. Bacteriol. 1990 172 6704 6712
239. N. Misawa Y. Satomi K. Kondo A. Yokoyama S. Kajiwara T. Saito T. Ohtani W. Miki J. Bacteriol. 1995 177 6575 6584
240. S. Kajiwara P. D. Fraser K. Kondo N. Misawa Biochem. J. 1997 324 pt 2 421 426
241. S. W. Kim J. D. Keasling Biotechnol. Bioeng. 2001 72 408 415
242. S. H. Yoon S. H. Lee A. Das H. K. Ryu H. J. Jang J. Y. Kim D. K. Oh J. D. Keasling S. W. Kim J. Biotechnol. 2009 140 218 226
243. W. R. Farmer J. C. Liao Biotechnol. Prog. 2001 17 57 61
244. W. R. Farmer J. C. Liao Nat. Biotechnol. 2000 18 533 537
245. H. Alper K. Miyaoku G. Stephanopoulos Nat. Biotechnol. 2005 23 612 616
246. M. J. Kang Y. M. Lee S. H. Yoon J. H. Kim S. W. Ock K. H. Jung Y. C. Shin J. D. Keasling S. W. Kim Biotechnol. Bioeng. 2005 91 636 642
247. Y. S. Jin G. Stephanopoulos Metab. Eng. 2007 9 337 347
248. Y. S. Kim J. H. Lee N. H. Kim S. J. Yeom S. W. Kim D. K. Oh Appl. Microbiol. Biotechnol. 2011 90 489 497
249. H. K. Nam J. G. Choi J. H. Lee S. W. Kim D. K. Oh Biotechnol. Lett. 2013 35 265 271
250. V. M. Ye S. K. Bhatia Biotechnol. Lett. 2012 34 1405 1414
251. D. Na S. M. Yoo H. Chung H. Park J. H. Park S. Y. Lee Nat. Biotechnol. 2013 31 170 174
252. H. H. Wang F. J. Isaacs P. A. Carr Z. Z. Sun G. Xu C. R. Forest G. M. Church Nature 2009 460 894 898
253. J. E. Dueber G. C. Wu G. R. Malmirchegini T. S. Moon C. J. Petzold A. V. Ullal K. L. Prather J. D. Keasling Nat. Biotechnol. 2009 27 753 759
254. J. W. Lee D. Na J. M. Park J. Lee S. Choi S. Y. Lee Nat. Chem. Biol. 2012 8 536 546
255. J. W. Lee T. Y. Kim Y. S. Jang S. Choi S. Y. Lee Trends Biotechnol. 2011 29 370 378
256. D. Na T. Y. Kim S. Y. Lee Curr. Opin. Microbiol. 2010 13 363 370