Characterization of metal ion-nucleic acid interactions in solution

Metal Ions in Life Sciences

Volumn 10, Issue , 2012, Pages 1-42

  Pechlaner, Maria ^a   Sigel, Roland K O ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

Equilibrium constants; Metal ions; Methods; Ribozymes; RNA

Indexed keywords

ION; METAL; NUCLEIC ACID;

BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; METHODOLOGY; NANOTECHNOLOGY; REVIEW; SOLUTION AND SOLUBILITY; SPECTROSCOPY;

BINDING SITES; IONS; METALS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; NANOTECHNOLOGY; NUCLEIC ACIDS; SOLUTIONS; SPECTRUM ANALYSIS;

EID: 84900412169     PISSN: 15590836     EISSN: 20419821     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1007/978-94-007-2172-2_1     Document Type: Article

References (345)

1. D. E. Draper, D. Grilley, A. M. Soto, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2005, 34, 221-243.
2. G. S. Manning, Acc. Chem. Res. 1979, 12, 443-449.
3. K. Chin, K. A. Sharp, B. Honig, A. M. Pyle, Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 1055-1061.
4. S. A. Woodson, Curr. Opin. Chem. Biol. 2005, 9, 104-109.
5. V. K. Misra, R. Shiman, D. E. Draper, Biopolymers 2003, 69, 118-136.
6. R. K. O. Sigel, D. G. Sashital, D. L. Abramovitz, A. G. Palmer III, S. E. Butcher, A. M. Pyle, Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 187-192.
7. M. C. Erat, R. K. O. Sigel, Inorg. Chem. 2007, 46, 11224-11234.
8. R. K. O. Sigel, H. Sigel, Acc. Chem. Res. 2010, 43, 974-984.
9. M. C. Erat, J. Coles, C. Finazzo, B. Knobloch, R. K. O. Sigel, Coord. Chem. Rev. 2011, doi:10.1016/j.ccr.2011.08.009.
10. M. C. Erat, R. K. O. Sigel, Met. Ions Life Sci. 2011, 9, 37-100.
11. N. V. Hud, V. Sklenár, J. Feigon, J. Mol. Biol. 1999, 286, 651-660.
12. L. McFail-Isom, C. C. Sines, L. D. Williams, Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 298-304.
13. T. Theophanides, H. A. Tajmir-Riahi, J. Biomol. Struct. Dyn. 1985, 2, 995-1004.
14. M. Guéron, J. P. Demaret, M. Filoche, Biophys. J. 2000, 78, 1070-1083.
15. B. Spingler, Chimia 2009, 63, 153-156.
16. B. Spingler, C. da Pieve, Dalton Trans. 2005, 1637-1643.
17. B. A. Armitage, Nature Chem. Biol. 2007, 3, 203-204.
18. M. J. Cromie, Y. X. Shi, T. Latifi, E. A. Groisman, Cell 2006, 125, 71-84.
19. C. E. Dann III, C. A. Wakeman, C. L. Sieling, S. C. Baker, I. Irnov, W. C. Winkler, Cell 2007, 130, 878-892.
20. J.-H. Chen, R. Yajima, D. M. Chadalavada, E. Chase, P. C. Bevilacqua, B. L. Golden, Biochemistry 2010, 49, 6508-6518.
21. N. Toor, K. S. Keating, S. D. Taylor, A. M. Pyle, Science 2008, 320, 77-82.
22. N. J. Reiter, A. Osterman, A. Torres-Larios, K. K. Swinger, T. Pan, A. Mondragon, Nature 2010, 468, 784-789.
23. M. R. Stahley, S. A. Strobel, Science 2005, 309, 1587-1590.
24. R. K. O. Sigel, A. M. Pyle, Chem. Rev. 2007, 107, 97-113.
25. R. K. O. Sigel, E. Freisinger, B. Lippert, J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 287-299.
26. R. K. O. Sigel, M. Sabat, E. Freisinger, A. Mower, B. Lippert, Inorg. Chem. 1998, 38, 1481-1490.
27. B. Knobloch, R. K. O. Sigel, B. Lippert, H. Sigel, Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 3793-3795.
28. B. Lippert, Prog. Inorg. Chem. 2005, 54, 385-443.
29. B. Lippert, Chem. Biodivers. 2008, 5, 1455-1474.
30. R. Griesser, G. Kampf, L. E. Kapinos, S. Komeda, B. Lippert, J. Reedijk, H. Sigel, Inorg. Chem. 2003, 42, 32-41.
31. H. Sigel, Pure Appl. Chem. 2004, 76, 1869-1886.
32. R. G. Pearson, J. Chem. Edu. 1968, 45, 643-648.
33. R. G. Pearson, J. Chem. Edu. 1968, 45, 581-587.
34. J. Schnabl, R. K. O. Sigel, Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 269-275.
35. R. B. Martin, Met. Ions Biol. Syst. 1996, 32, 61-89.
36. R. K. O. Sigel, H. Sigel, Met. Ions Life Sci. 2007, 2, 109-180.
37. E. Freisinger, R. K. O. Sigel, Coord. Chem. Rev. 2007, 251, 1834-1851.
38. C. P. Da Costa, H. Sigel, Inorg. Chem. 2000, 39, 5985-5993.
39. F. M. Al-Sogair, B. P. Operschall, A. Sigel, H. Sigel, J. Schnabl, R. K. O. Sigel, Chem. Rev. 2011, 111, 4964-5003.
40. A. Mucha, B. Knobloch, M. Jeżowska-Bojczuk, H. Kozłowski, R. K. O. Sigel, Dalton Trans. 2008, 5368-5377.
41. L. A. Finney, T. V. O'Halloran, Science 2003, 300, 931-936.
42. S. J. Lippard, J. M. Berg, Principles of Bioinorganic Chemistry, University Science Books, Mill Valley, Ca, 1995.
43. The Biological Chemistry of Magnesium, Ed J. A. Cowan, VCH Publishers, Inc., New York, 1995.
44. T. Pan, D. M. Long, O. C. Uhlenbeck, in The RNA World, Eds R. Gesteland, J. Atkins, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, 1993, pp. 271-302.
45. R. L. Gonzalez, Jr., I. Tinoco, Jr., Methods Enzymol. 2001, 338, 421-443.
46. I. Tinoco, Jr., C. Bustamante, J. Mol. Biol. 1999, 293, 271-281.
47. A. M. Pyle, Nature 1996, 381, 280-281.
48. A. M. Pyle, J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 679-690.
49. R. K. O. Sigel, Eur. J. Inorg. Chem. 2005, 12, 2281-2292.
50. C. Hsiao, in Nucleic Acid-Metal Ion Interactions, Ed N. V. Hud, Royal Society of Chemistry, Cambridge, UK, 2009, pp. 1-38.
51. A. S. Petrov, J. C. Bowman, S. C. Harvey, L. D. Williams, RNA 2011, 17, 291-297.
52. M. Roychowdhury-Saha, D. H. Burke, RNA 2006, 12, 1846-1852.
53. J. L. Boots, M. D. Canny, E. Azimi, A. Pardi, RNA 2008, 14, 2212-2222.
54. K. Klawuhn, J. A. Jansen, J. Souchek, G. A. Soukup, J. K. Soukup, ChemBioChem 2010, 11, 2567-2571.
55. V. K. Misra, D. E. Draper, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 12456-12461.
56. K. Juneau, E. Podell, D. J. Harrington, T. R. Cech, Structure 2001, 9, 221-231.
57. H. Sigel, R. Griesser, Chem. Soc. Rev. 2005, 34, 875-900.
58. S. Basu, R. P. Rambo, J. Strauss-Soukup, J. H. Cate, A. R. Ferré-D'Amaré, S. A. Strobel, J. A. Doudna, Nature Struct. Biol. 1998, 5, 986-992.
59. J. R. Williamson, M. K. Raghuraman, T. R. Cech, Cell 1989, 59, 871-880.
60. T. Pozzan, R. Rizzuto, Nature Cell Biol. 2000, 2, E25-E27.
61. C. E. Outten, T. V. O'Halloran, Science 2001, 292, 2488-2492.
62. T. D. Rae, P. J. Schmidt, R. A. Pufahl, V. C. Culotta, T. V. O'Halloran, Science 1999, 284, 805-808.
63. B. Lippert, in Nucleic Acid-Metal Ion Interactions, Ed N. V. Hud, Royal Society of Chemistry, Cambridge, UK, 2009, pp. 39-74.
64. M. C. Erat, R. K. O. Sigel, J. Biol. Inorg. Chem. 2008, 13, 1025-1036.
65. H. Irving, R. J. P. Williams, J. Chem. Soc. 1953, 3192-3210.
66. R. B. Martin, Met. Ions Biol. Syst. 1986, 20, 21-65.
67. R. B. Martin, J. Chem. Edu. 1987, 64, 402-402.
68. R. D. Shannon, Acta Crystallogr. 1976, A32, 751-767.
69. The Chemistry of Aqua Ions, Ed D. T. Richens, John Wiley & Sons, Hoboken, 1997, pp. 592.
70. S. F. Lincoln, A. E. Merbach, Adv. Inorg. Chem. 1995, 42, 1-88.
71. C. F. Baes, Jr., R. E. Mesmer, The Hydrolysis of Cations, Krieger Publishing Co., Malabar, Florida, 1976, pp. 1-496.
72. R. G. Pearson, Inorg. Chem. 1988, 27, 734-740.
73. W. E. Morf, W. Simon, Helv. Chim. Acta 1971, 54, 794-810.
74. K. B. Yatsimirsky, Theor. Exp. Chem. 1994, 30, 1-11.
75. L. Helm, A. E. Merbach, Chem. Rev. 2005, 105, 1923-1959.
76. J. E. Huheey, Inorganic Chemistry, Harper and Row, New York, 1983.
77. Y. Inada, A. M. Mohammed, H. H. Loeffler, S. Funahashi, Helv. Chim. Acta 2005, 88, 461-469.
78. A. F. Holleman, E. Wiberg, Lehrbuch der Anorganischen Chemie, Walter de Gruyter, Berlin, New York, 1985, pp. 1265-1279.
79. Y. Peeraer, A. Rabijns, J.-F. Collet, E. Van Schaftingen, C. De Ranter, Eur. J. Biochem. 2004, 271, 3421-3427.
80. R. M. Weinshilboum, F. A. Raymond, Biochem. Pharmacol. 1976, 25, 573-579.
81. S. O. Shan, D. Herschlag, RNA 2000, 6, 795-813.
82. M. Steiner, D. Rueda, R. K. O. Sigel, Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 9739-9742.
83. K. Aoki, Acta Crystallogr. B 1976, 32, 1454-1459.
84. V. L. Pecoraro, J. D. Hermes, W. W. Cleland, Biochemistry 1984, 23, 5262-5271.
85. R. K. O. Sigel, B. Song, H. Sigel, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 744-755.
86. B. Knobloch, B. Nawrot, A. Okruszek, R. K. O. Sigel, Chem. Eur. J. 2008, 14, 3100-3109 and 14, 3509.
87. H. Sigel, R. B. Martin, Chem. Soc. Rev. 1994, 23, 83-91.
88. A. T. Perrotta, M. D. Been, Biochemistry 2007, 46, 5124-5130.
89. N. Lehman, G. F. Joyce, Nature 1993, 361, 182-185.
90. N. Lehman, G. F. Joyce, Curr. Biol. 1993, 3, 723-734.
91. D. N. Frank, N. R. Pace, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 14355-14360.
92. B. Cuenoud, J. W. Szostak, Nature 1995, 375, 611-614.
93. N. Carmi, L. A. Shultz, R. R. Breaker, Chem. Biol. 1996, 3, 1039-1046.
94. W. Wang, L. P. Billen, Y. Li, Chem. Biol. 2002, 9, 507-517.
95. P. J. Bruesehoff, J. Li, A. J. Augustine, Y. Lu, Comb. Chem. High T. Scr. 2002, 5, 327-335.
96. J. Li, W. C. Zheng, A. H. Kwon, Y. Lu, Nucleic Acids Res. 2000, 28, 481-488.
97. T. Pan, B. Dichtl, O. C. Uhlenbeck, Biochemistry 1994, 33, 9561-9565.
98. H. P. Hofmann, S. Limmer, V. Hornung, M. Sprinzl, RNA 1997, 3, 1289-1300.
99. M. Zivarts, Y. Liu, R. R. Breaker, Nucleic Acids Res. 2005, 33, 622-631.
100. Y. Lu, J. W. Liu, J. Li, P. J. Bruesehoff, C. M. B. Pavot, A. K. Brown, Biosens. Bioelectron. 2003, 18, 529-540.
101. T. Li, E. Wang, S. Dong, Anal. Chem. 2010, 82, 1515-1520.
102. B. Rosenberg, L. Vancamp, J. E. Trosko, V. H. Mansour, Nature 1969, 222, 385-386.
103. A. M. Pizarro, P. J. Sadler, in Nucleic Acid-Metal Ion Interactions, Ed N. V. Hud, Royal Society of Chemistry, Cambridge, UK, 2009, pp. 350-416.
104. A. Ono, S. Cao, H. Togashi, M. Tashiro, T. Fujimoto, T. Machinami, S. Oda, Y. Miyake, I. Okamoto, Y. Tanaka, Chem. Commun. 2008, 4825-4827.
105. A. Ono, H. Togashi, Angew. Chem. Int. Ed. 2004, 43, 4300-4302.
106. J. Liu, Y. Lu, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 7587-7590.
107. X. Liu, Y. Tang, L. Wang, J. Zhang, S. Song, C. Fan, S. Wang, Adv. Mat. 2007, 19, 1471-1474.
108. R. Freeman, T. Finder, I. Willner, Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 7818-7821.
109. T. Carell, C. Behrens, J. Gierlich, Org. Biomol. Chem. 2003, 1, 2221-2228.
110. J. S. Lee, L. J. Latimer, R. S. Reid, Biochem. Cell Biol. 1993, 71, 162-168.
111. P. Aich, S. L. Labiuk, L. W. Tari, L. J. T. Delbaere, W. J. Roesler, K. J. Falk, R. P. Steer, J. S. Lee, J. Mol. Biol. 1999, 294, 477-485.
112. A. Rakitin, P. Aich, C. Papadopoulos, Y. Kobzar, A. S. Vedeneev, J. S. Lee, J. M. Xu, Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 3670-3673.
113. F. Moreno-Herrero, P. Herrero, F. Moreno, J. Colchero, C. Gómez-Navarro, J. Gómez-Herrero, A. M. Baró, Nanotechnology 2003, 14, 128-128.
114. M. Fuentes-Cabrera, B. G. Sumpter, J. E. Šponer, J. Šponer, L. Petit, J. C. Wells, J. Phys. Chem. B 2007, 111, 870-879.
115. S. S. Alexandre, J. M. Soler, L. Seijo, F. Zamora, Phys. Rev. B 2006, 73, 205112-205112.
116. S. L. Labiuk, L. T. J. Delbaere, J. S. Lee, J. Biol. Inorg. Chem. 2003, 8, 715-720.
117. Y. Tanaka, S. Oda, H. Yamaguchi, Y. Kondo, C. Kojima, A. Ono, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 244-245.
118. S. Johannsen, N. Megger, D. Böhme, R. K. O. Sigel, J. Müller, Nature Chem. 2010, 2, 229-234.
119. Y. Miyake, H. Togashi, M. Tashiro, H. Yamaguchi, S. Oda, M. Kudo, Y. Tanaka, Y. Kondo, R. Sawa, T. Fujimoto, T. Machinami, A. Ono, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2172-2173.
120. E. Ennifar, P. Walter, P. Dumas, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 2671-2682.
121. D. Böhme, N. Düpre, D. A. Megger, J. Müller, Inorg. Chem. 2007, 46, 10114-10119.
122. K. Tanaka, A. Tengeiji, T. Kato, N. Toyama, M. Shiro, M. Shionoya, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12494-12498.
123. G. H. Clever, C. Kaul, T. Carell, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 6226-6236.
124. G. H. Clever, K. Polborn, T. Carell, Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 7204-7208.
125. J. Müller, Eur. J. Inorg. Chem. 2008, 3749-3763.
126. G. H. Clever, M. Shionoya, Coord. Chem. Rev. 2010, 254, 2391-2402.
127. F. H. Westheimer, Acc. Chem. Res. 1968, 1, 70-78.
128. G. A. Soukup, R. R. Breaker, RNA 1999, 5, 1308-1325.
129. R. S. Brown, J. C. Dewan, A. Klug, Biochemistry 1985, 24, 4785-4801.
130. R. Breslow, D.-L. Huang, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1991, 88, 4080-4083.
131. C. Werner, B. Krebs, G. Keith, G. Dirheimer, Biochim. Biophys. Acta 1976, 432, 161-175.
132. R. S. Brown, B. A. Hingerty, J. C. Dewan, A. Klug, Nature 1983, 303, 543-546.
133. J. Ciesiolka, W. D. Hardt, J. Schlegl, V. A. Erdmann, R. K. Hartmann, Eur. J. Biochem. 1994, 219, 49-56.
134. M. Hertweck, M. W. Müller, Eur. J. Biochem. 2001, 268, 4610-4620.
135. J. Ciesiolka, T. Marciniec, W. J. Krzyzosiak, Eur. J. Biochem. 1989, 182, 445-450.
136. R. K. O. Sigel, A. Vaidya, A. M. Pyle, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 1111-1116.
137. R. K. O. Sigel, A. M. Pyle, Met. Ions Biol. Syst. 2003, 40, 477-512.
138. I. Zagórowska, S. Kuusela, H. Lönnberg, Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3392-3396.
139. C. Berens, B. Streicher, R. Schroeder, W. Hillen, Chem. Biol. 1998, 5, 163-175.
140. H. J. H. Fenton, Proc. Chem. Soc. 1893, 9, 113-113.
141. H. J. H. Fenton, J. Chem. Soc. 1894, 65, 899-910.
142. I. D. Brown, Acta Crystallogr. B 1988, 44, 545-553.
143. R. Das, K. J. Travers, Y. Bai, D. Herschlag, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8272-8273.
144. I. T. Suydam, S. A. Strobel, Methods Enzymol. 2009, 468, 3-30.
145. E. L. Christian, M. Yarus, Biochemistry 1993, 32, 4475-4480.
146. S. Basu, S. A. Strobel, Methods 2001, 23, 264-275.
147. J. A. Jansen, T. J. McCarthy, G. A. Soukup, J. K. Soukup, Nature Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 517-523.
148. V. D. Sood, T. L. Beattie, R. A. Collins, J. Mol. Biol. 1998, 282, 741-750.
149. A. D. Griffiths, B. V. Potter, I. C. Eperon, Nucleic Acids Res. 1987, 15, 4145-4162.
150. C. P. Da Costa, D. Krajewska, A. Okruszek, W. J. Stec, H. Sigel, J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 405-415.
151. C. P. Da Costa, A. Okruszek, H. Sigel, ChemBioChem 2003, 4, 593-602.
152. J. K. Frederiksen, R. Fong, J. A. Piccirilli, Ed N. V. Hud, in Nucleic Acid-Metal Ion Interactions, Royal Society of Chemistry, Cambridge, UK, 2009, 260-306.
153. S. Basu, S. A. Strobel, RNA 1999, 5, 1399-1407.
154. S.-O. Shan, A. Yoshida, S. Sun, J. A. Piccirilli, D. Herschlag, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 12299-12304.
155. J. K. Frederiksen, J. A. Piccirilli, Methods 2009, 49, 148-166.
156. M. Forconi, D. Herschlag, Methods Enzymol. 2009, 468, 311-333.
157. S. Wang, K. Karbstein, A. Peracchi, L. Beigelman, D. Herschlag, Biochemistry 1999, 38, 14363-14378.
158. W. W. Cleland, Enzyme Kinetics and Mechanism Part D: Developments in Enzyme Dynamics, Ed D. L. Purich, Academic Press, 1995, 249, 341-373.
159. D. B. Northrop, Methods 2001, 24, 117-124.
160. A. G. Cassano, V. E. Anderson, M. E. Harris, Biochemistry 2004, 43, 10547-10559.
161. A. G. Cassano, V. E. Anderson, M. E. Harris, Biopolymers 2004, 73, 110-129.
162. M. E. Harris, A. G. Cassano, Curr. Opin. Chem. Biol. 2008, 12, 626-639.
163. Q. Dai, J. K. Frederiksen, V. E. Anderson, M. E. Harris, J. A. Piccirilli, J. Org. Chem. 2008, 73, 309-311.
164. J. L. Leroy, M. Guéron, Biopolymers 1977, 16, 2429-2446.
165. T. E. Horton, D. R. Clardy, V. J. DeRose, Biochemistry 1998, 37, 18094-18101.
166. N. Kisseleva, S. Kraut, A. Jaschke, O. Schiemann, HFSP J. 2007, 1, 127-136.
167. L. Hunsicker-Wang, M. Vogt, V. J. DeRose, Methods Enzymol. 2009, 468, 335-367.
168. V. J. DeRose, in Nucleic Acid-Metal Ion Interactions, Ed N. V. Hud, Royal Society of Chemistry, Cambridge, UK, 2009, 154-179.
169. M. Vogt, S. Lahiri, C. G. Hoogstraten, R. D. Britt, V. J. DeRose, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16764-16770.
170. J. E. Penner-Hahn, Coord. Chem. Rev. 2005, 249, 161-177.
171. I. V. Smirnov, F. W. Kotch, I. J. Pickering, J. T. Davis, R. H. Shafer, Biochemistry 2002, 41, 12133-12139.
172. K. S. Koutmou, A. Casiano-Negroni, M. M. Getz, S. Pazicni, A. J. Andrews, J. E. PennerHahn, H. M. Al-Hashimi, C. A. Fierke, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2010, 107, 2479-2484 S2479/2471-S2479/2475.
173. B.-K. Teo, P. Eisenberger, J. Reed, J. K. Barton, S. J. Lippard, J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 3225-3227.
174. A. P. Hitchcock, C. J. L. Lock, W. M. C. Pratt, Inorg. Chim. Acta 1982, 66, L45-L47.
175. J. M. Benevides, S. A. Overman, G. J. Thomas, J. Raman Spec. 2005, 36, 279-299.
176. T. Theophanides, in Infrared and Raman Spectroscopy of Biological Materials, Ed H.-U. Gremlich, B. Yan, M. Dekker, New York, 2000, 205-223.
177. Y. Chen, N. V. Eldho, K. T. Dayie, P. R. Carey, Biochemistry 2010, 49, 3427-3435.
178. H. Takeuchi, H. Murata, I. Harada, J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 392-397.
179. H. A. Tajmir-Riahi, T. Theophanides, J. Biomol. Struct. Dyn. 1985, 3, 537-542.
180. S. Adam, P. Bourtayre, J. Liquier, E. Taillandier, Nucleic Acids Res. 1986, 14, 3501-3513.
181. M. Langlais, H. A. Tajmir-Riahi, R. Savoie, Biopolymers 1990, 30, 743-752.
182. J. Duguid, V. A. Bloomfield, J. Benevides, G. J. Thomas, Biophys. J. 1993, 65, 1916-1928.
183. J. G. Duguid, V. A. Bloomfield, J. M. Benevides, G. J. Thomas, Biophys. J. 1995, 69, 2623-2641.
184. H. Arakawa, J. F. Neault, H. A. Tajmir-Riahi, Biophys. J. 2001, 81, 1580-1587.
185. J. Stangret, R. Savoie, Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 4770-4773.
186. S. Nafisi, Z. Norouzi, DNA Cell Biol. 2009, 28, 469-477.
187. S. Nafisi, A. Sobhanmanesh, K. Alimoghaddam, A. Ghavamzadeh, H.-A. Tajmir-Riahi, DNA Cell Biol. 2005, 24, 634-640.
188. E. L. Christian, V. E. Anderson, P. R. Carey, M. E. Harris, Biochemistry 2010, 49, 2869-2879.
189. J.-H. Chen, B. Gong, P. C. Bevilacqua, P. R. Carey, B. L. Golden, Biochemistry 2009, 48, 1498-1507.
190. B. Gong, J.-H. Chen, E. Chase, D. M. Chadalavada, R. Yajima, B. L. Golden, P. C. Bevilacqua, P. R. Carey, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13335-13342.
191. B. Gong, Y. Chen, E. L. Christian, J. H. Chen, E. Chase, D. M. Chadalavada, R. Yajima, B. L. Golden, P. C. Bevilacqua, P. R. Carey, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 9670-9672.
192. A. Wong, R. Ida, G. Wu, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005, 337, 363-366.
193. M. L. Gill, S. A. Strobel, J. P. Loria, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16723-16732.
194. R. L. J. Gonzalez, I. Tinoco Jr., Methods Enzymol. 2002, 338, 421-443.
195. J. Feigon, S. E. Butcher, L. D. Finger, N. V. Hud, Methods Enzymol. 2001, 338, 400-420.
196. M. C. Erat, O. Zerbe, T. Fox, R. K. O. Sigel, ChemBioChem 2007, 8, 306-314.
197. S. E. Butcher, F. H.-T. Allain, J. Feigon, Biochemistry 2000, 39, 2174-2182.
198. P. Legault, C. G. Hoogstraten, E. Metlitzky, A. Pardi, J. Mol. Biol. 1998, 284, 325-335.
199. M. Seetharaman, N. V. Eldho, R. A. Padgett, K. T. Dayie, RNA 2006, 12, 235-247.
200. M. Schmitz, I. Tinoco Jr., RNA 2000, 6, 1212-1225.
201. R. L. Gonzalez, Jr., I. Tinoco Jr., J. Mol. Biol. 1999, 289, 1267-1282.
202. S. S. Wijmenga, B. N. M. van Buuren, Prog. Nucl. Mag. Res. Sp. 1998, 32, 287-387.
203. B. A. Connolly, F. Eckstein, Biochemistry 1984, 23, 5523-5527.
204. M. K. Hansen, J.-P. Simorre, P. Hanson, V. Mokler, L. Bellon, L. Beigelman, A. Pardi, RNA 1999, 5, 1099-1104.
205. F. Eckstein, Annu. Rev. Biochem. 1985, 54, 367-402.
206. M. C. Erat, R. K. O. Sigel, results to be published.
207. M. Maderia, L. M. Hunsicker, V. J. DeRose, Biochemistry 2000, 39, 12113-12120.
208. E. M. Osborne, W. L. Ward, M. Z. Ruehle, V. J. DeRose, Biochemistry 2009, 48, 10654-10664.
209. Y. Tanaka, C. Kojima, E. H. Morita, Y. Kasai, K. Yamasaki, A. Ono, M. Kainosho, K. Taira, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4595-4601.
210. G. Wang, B. L. Gaffney, R. A. Jones, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8908-8909.
211. G. W. Buchanan, J. B. Stothers, Can. J. Chem. 1982, 60, 787-791.
212. Y. Tanaka, Y. Kasai, S. Mochizuki, A. Wakisaka, E. H. Morita, C. Kojima, A. Toyozawa, Y. Kondo, M. Taki, Y. Takagi, A. Inoue, K. Yamasaki, K. Taira, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 744-752.
213. Y. Tanaka, E. H. Morita, H. Hayashi, Y. Kasai, T. Tanaka, K. Taira, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11303-11310.
214. M. C. Erat, H. Kovacs, R. K. O. Sigel, J. Inorg. Biochem. 2010, 104, 611-613.
215. V. Sychrovský, J. Šponer, P. Hobza, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 663-672.
216. H. Li, R. I. Cukier, Y. Bu, J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9174-9181.
217. I. Bertini, C. Luchinat, NMR of Paramagnetic Molecules in Biological Systems, Benjamin/ Cummings Pub. Co., Menlo Park, CA, 1986, p. 319.
218. I. Bertini, C. Luchinat, G. Parigi, Solution NMR of Paramagnetic Molecules - Applications to Metallobiomolecules and Models, Elsevier Science B.V., Amsterdam, 2001, 1-372.
219. J. H. Davis, T. R. Foster, M. Tonelli, S. E. Butcher, RNA 2007, 13, 76-86.
220. J. Noeske, H. Schwalbe, J. Wöhnert, Nucleic Acids Res. 2007, 35, 5262-5273.
221. D. O. Campbell, P. Bouchard, G. Desjardins, P. Legault, Biochemistry 2006, 45, 10591-10605.
222. R. E. Hurd, E. Azhderian, B. R. Reid, Biochemistry 1979, 18, 4012-4017.
223. J. A. Cowan, J. Inorg. Biochem. 1993, 49, 171-175.
224. G. Colmenarejo, I. Tinoco Jr., J. Mol. Biol. 1999, 290, 119-135.
225. J. S. Kieft, I. Tinoco, Jr., Structure 1997, 5, 713-721.
226. S. Rüdisser, I. Tinoco, Jr., J. Mol. Biol. 2000, 295, 1211-1223.
227. P. Schultze, N. V. Hud, F. W. Smith, J. Feigon, Nucleic Acids Res. 1999, 27, 3018-3028.
228. F. W. Smith, J. Feigon, Biochemistry 1993, 32, 8682-8692.
229. N. V. Hud, P. Schultze, V. Sklenár, J. Feigon, J. Mol. Biol. 1999, 285, 233-243.
230. D. M. Rose, C. F. Polnaszek, R. G. Bryant, Biopolymers 1982, 21, 653-664.
231. S. S. Reid, J. A. Cowan, Biochemistry 1990, 29, 6025-6032.
232. E. Berggren, L. Nordenskiöld, W. H. Braunlin, Biopolymers 1992, 32, 1339-1350.
233. J. A. Cowan, H. W. Huang, L. Y. Hsu, J. Inorg. Biochem. 1993, 52, 121-129.
234. L. A. Wright, L. E. Lerner, Biopolymers 1994, 34, 691-700.
235. L. M. Utschig, J. W. Bryson, T. V. O'Halloran, Science 1995, 268, 380-385.
236. J. E. Coleman, Methods Enzymol. 1993, 227, 16-43.
237. R. Ida, G. Wu, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3590-3602.
238. J. P. André, H. R. Mäcke, J. Inorg. Biochem. 2003, 97, 315-323.
239. S. Basu, A. A. Szewczak, M. Cocco, S. A. Strobel, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3240-3241.
240. J. Reedijk, Platinum Metals Review 2008, 52, 2-11.
241. L. Helm, A. E. Merbach, Coord. Chem. Rev. 1999, 187, 151-181.
242. L.-Y. Lian, G. C. K. Roberts, in NMR of Macromolecules: A Practical Approach, Ed G. C. K. Roberts, IRL Press at Oxford University Press, Oxford, New York, 1993, 153-182.
243. H. S. Gutowsky, C. H. Holm, J. Chem. Phys. 1956, 25, 1228-1228.
244. L. Nordenskjöld, D. K. Chang, C. F. Anderson, M. T. Record, Biochemistry 1984, 23, 4309-4317.
245. W. H. Braunlin, C. F. Anderson, M. T. Record, Biochemistry 1987, 26, 7724-7731.
246. W. H. Braunlin, T. Drakenberg, L. Nordenskiöld, Biopolymers 1987, 26, 1047-1062.
247. B. Halle, V. P. Denisov, Biopolymers 1998, 48, 210-233.
248. B. Halle, V. P. Denisov, Methods Enzymol. 2002, 338, 178-201.
249. V. P. Denisov, G. Carlström, K. Venu, B. Halle, J. Mol. Biol. 1997, 268, 118-136.
250. V. P. Denisov, B. Halle, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 629-633.
251. F. Cesare Marincola, V. P. Denisov, B. Halle, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6739-6750.
252. S. Johannsen, M. M. T. Korth, J. Schnabl, R. K. O. Sigel, Chimia 2009, 63, 146-152.
253. P. Podbevšek, N. V. Hud, J. Plavec, Nucleic Acids Res. 2007, 35, 2554-2563.
254. P. Šket, J. Plavec, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 8794-8800.
255. D. P. Bancroft, C. A. Lepre, S. J. Lippard, J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6860-6871.
256. D. Labuda, D. Poerschke, Biochemistry 1982, 21, 49-53.
257. S. E. McDowell, N. Špačková, J. Šponer, N. G. Walter, Biopolymers 2007, 85, 169-184.
258. Y. Hashem, P. Auffinger, Methods 2009, 47, 187-197.
259. P. Auffinger, L. Bielecki, E. Westhof, J. Mol. Biol. 2004, 335, 555-571.
260. P. Auffinger, E. Westhof, J. Mol. Biol. 2000, 300, 1113-1131.
261. P. Auffinger, N. Grover, E. Westhof, Met. Ions Life Sci. 2011, 9, 1-35.
262. P. Várnai, K. Zakrzewska, Nucleic Acids Res. 2004, 32, 4269-4280.
263. M. V. Krasovska, J. Sefcikova, K. Reblova, B. Schneider, N. G. Walter, J. Šponer, Biophys. J. 2006, 91, 626-638.
264. V. K. Misra, D. E. Draper, J. Mol. Biol. 2002, 317, 507-521.
265. D. E. Draper, RNA 2004, 10, 335-343.
266. M. J. Serra, J. D. Baird, T. Dale, B. L. Fey, K. Retatagos, E. Westhof, RNA 2002, 8, 307-323.
267. Y. V. Bukhman, D. E. Draper, J. Mol. Biol. 1997, 273, 1020-1031.
268. R. Shiman, D. E. Draper, J. Mol. Biol. 2000, 302, 79-91.
269. L. G. Laing, T. C. Gluick, D. E. Draper, J. Mol. Biol. 1994, 237, 577-587.
270. C. Hammann, A. Cooper, D. M. J. Lilley, Biochemistry 2001, 40, 1423-1429.
271. Q. Dong, E. Stellwagen, N. C. Stellwagen, Biochemistry 2009, 48, 1047-1055.
272. N. C. Stellwagen, S. Magnusdottir, C. Gelfi, P. G. Righetti, J. Mol. Biol. 2001, 305, 1025-1033.
273. P. M. Gordon, E. J. Sontheimer, J. A. Piccirilli, Biochemistry 2000, 39, 12939-12952.
274. S.-I. Nakano, D. J. Proctor, P. C. Bevilacqua, Biochemistry 2001, 40, 12022-12038.
275. A. K. Brown, J. Li, C. M. B. Pavot, Y. Lu, Biochemistry 2003, 42, 7152-7161.
276. J. M. Wilcox, D. L. Rempel, M. L. Gross, Anal. Chem. 2008, 80, 2365-2371.
277. R. B. Martin, J. Chem. Ed. 1997, 74, 1238-1240.
278. D. Grilley, A. M. Soto, D. E. Draper, Methods Enzymol. 2009, 455, 71-94.
279. H. Krakauer, Biopolymers 1971, 10, 2459-2490.
280. R. Römer, R. Hach, Eur. J. Biochem. 1975, 55, 271-284.
281. Y. Bai, M. Greenfeld, K. J. Travers, V. B. Chu, J. Lipfert, S. Doniach, D. Herschlag, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14981-14988.
282. M. Greenfeld, D. Herschlag, Methods Enzymol. 2009, 469, 375-389.
283. L. M. Hunsicker, V. J. DeRose, J. Inorg. Biochem. 2000, 80, 271-281.
284. M. L. Bleam, C. F. Anderson, M. T. Record, Jr., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1980, 77, 3085-3089.
285. A. L. Feig, M. Panek, W. D. Horrocks, Jr., O. C. Uhlenbeck, Chem. Biol. 1999, 6, 801-810.
286. K. Levenberg, Quart. Appl. Math. 1944, 2, 164-168.
287. D. W. Marquardt, SIAM J. Appl. Math. 1963, 11, 431-431.
288. R. Tribolet, H. Sigel, Eur. J. Biochem. 1987, 163, 353-363.
289. B. Knobloch, W. Linert, H. Sigel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 7459-7464.
290. B. Knobloch, H. Sigel, A. Okruszek, R. K. O. Sigel, Chem. Eur. J. 2007, 13, 1804-1814.
291. B. Knobloch, D. Suliga, A. Okruszek, R. K. O. Sigel, Chem. Eur. J. 2005, 11, 4163-4170.
292. B. Knobloch, M. C. Erat, R. K. O. Sigel, to be submitted for publication.
293. P. Auffinger, L. Bielecki, E. Westhof, Structure 2004, 12, 379-388.
294. M. Feig, B. M. Pettitt, Biophys. J. 1999, 77, 1769-1781.
295. J. S. Kieft, E. Chase, D. A. Costantino, B. L. Golden, RNA 2010, 16, 1118-1123.
296. T. Hermann, P. Auffinger, W. G. Scott, E. Westhof, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3421-3427.
297. M. Boero, J. M. Park, Y. Hagiwara, M. Tateno, J. Phys. Cond. Matter 2007, 19, 365217-365217.
298. C. C. Correll, B. Freeborn, P. B. Moore, J. A. Steitz, Cell 1997, 91, 705-712.
299. K. Chin, A. M. Pyle, RNA 1995, 1, 391-406.
300. C. Montigny, P. Champeil, Anal. Biochem. 2007, 366, 96-98.
301. P. Leverrier, C. Montigny, M. Garrigos, P. Champeil, Anal. Biochem. 2007, 371, 215-228.
302. D. P. Hanlon, D. S. Watt, E. W. Westhead, Anal. Biochem. 1966, 16, 225-233.
303. D. E. Allen, D. J. Baker, R. D. Gillard, Nature 1967, 214, 906-907.
304. R. Nakon, C. R. Krishnamoorthy, Science 1983, 221, 749-750.
305. P. D. Prenzler, W. D. McFadyen, J. Inorg. Biochem. 1997, 68, 279-282.
306. Q. Yu, A. Kandegedara, Y. Xu, D. B. Rorabacher, Anal. Biochem. 1997, 253, 50-56.
307. K. H. Scheller, T. H. J. Abel, P. E. Polanyi, P. K. Wenk, B. E. Fischer, H. Sigel, Eur. J. Biochem. 1980, 107, 455-466.
308. B. E. Fischer, U. K. Häring, R. Tribolet, H. Sigel, Eur. J. Biochem. 1979, 94, 523-530.
309. H. Sigel, K. H. Scheller, B. Prijs, Inorg. Chim. Acta (Bioinorganic Chemistry) 1982, 66, 147-155.
310. S. Gallo, M. Furler, R. K. O. Sigel, Chimia 2005, 59, 812-816.
311. P. Champeil, T. Menguy, S. Soulie, B. Juul, A. G. de Gracia, F. Rusconi, P. Falson, L. Denoroy, F. Henao, M. le Maire, J. V. Møller, J. Biol. Chem. 1998, 273, 6619-6631.
312. H. Sigel, Coord. Chem. Rev. 1990, 100, 453-539.
313. H. Sigel, F. Hofstetter, R. B. Martin, R. M. Milburn, V. Scheller-Krattiger, K. H. Scheller, J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 7935-7946.
314. H. Sigel, H. Erlenmeyer, Helv. Chim. Acta 1966, 49, 1266-1274.
315. H. Sigel, P. E. Amsler, J. Am. Chem. Soc. 1976, 98, 7390-7400.
316. P. E. Amsler, H. Sigel, Eur. J. Biochem. 1976, 63, 569-581.
317. H. Sigel, Angew. Chem. Int. Ed. 1969, 8, 167-177.
318. H. Sigel, C. Flierl, R. Griesser, J. Am. Chem. Soc. 1969, 91, 1061-1064.
319. K. L. Buchmueller, K. M. Weeks, Nucleic Acids Res. 2004, 32, e184-e184.
320. N. C. Stellwagen, A. Bossi, C. Gelfi, P. G. Righetti, Anal. Biochem. 2000, 287, 167-175.
321. N. A. Corfù, B. Song, L.-n. Ji, Inorg. Chim. Acta 1992, 192, 243-251.
322. M. Sokolowska, W. Bal, J. Inorg. Biochem. 2005, 99, 1653-1660.
323. K. Luby-Phelps, Int. Rev. Cytol. 2000, 192, 189-221.
324. N. A. Chebotareva, B. I. Kurganov, N. B. Livanova, Biochemistry (Moscow) 2004, 69, 1239-1251.
325. D. C. Rees, J. Mol. Biol. 1980, 141, 323-326.
326. N. K. Rogers, G. R. Moore, M. J. E. Sternberg, J. Mol. Biol. 1985, 182, 613-616.
327. H. Sigel, R. B. Martin, R. Tribolet, U. K. Haring, R. Malini-Balakrishnan, Eur. J. Biochem. 1985, 152, 187-193.
328. R. Jin, K. J. Breslauer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988, 85, 8939-8942.
329. M. A. Young, B. Jayaram, D. L. Beveridge, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7666-7669.
330. A. Okamoto, K. Tainaka, I. Saito, Bioconjugate Chem. 2005, 16, 1105-1111.
331. M. Furler, B. Knobloch, R. K. O. Sigel, Inorg. Chim. Acta 2009, 362, 771-776.
332. R. Tribolet, R. Malini-Balakrishnan, H. Sigel, J. Chem. Soc., Dalton Trans., Inorg. Chem. 1985, 2291-2303.
333. S.-I. Nakano, H. T. Karimata, Y. Kitagawa, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16881-16888.
334. S.-I. Nakano, Y. Kitagawa, H. T. Karimata, N. Sugimoto, Nucleic Acids Symp. Ser. 2008, 52, 519-520.
335. D. Kilburn, J. H. Roh, L. Guo, R. M. Briber, S. A. Woodson, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 8690-8696.
336. D. J. Hirsh, G. W. Brudvig, Nature Protocols 2007, 2, 1770-1781.
337. H.-J. Steinhoff, Biol. Chem. 2011, 385, 913-920.
338. J. Voss, L. Salwiński, H. R. Kaback, W. L. Hubbell, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 12295-12299.
339. J. Voss, W. L. Hubbell, H. R. Kaback, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 12300-12303.
340. J. S. Leigh, J. Chem. Phys. 1970, 52, 2608-2608.
341. N. Toor, K. Rajashankar, K. S. Keating, A. M. Pyle, Nature Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 1221-1222.
342. G. L. Conn, A. G. Gittis, E. E. Lattman, V. K. Misra, D. E. Draper, J. Mol. Biol. 2002, 318, 963-973.
343. G. W. Collie, S. M. Haider, S. Neidle, G. N. Parkinson, Nucleic Acids Res. 2010, 38, 5569-5580.
344. A. Gelasco, S. J. Lippard, Biochemistry 1998, 37, 9230-9239.
345. G. Sposito, Met. Ions Biol. Syst. 1986, 20, 1-20.