Determination of the intrinsic affinities of multiple site-specific Mg 2+ ions coordinated to domain 6 of a group II intron ribozyme

Inorganic Chemistry

Volumn 46, Issue 26, 2007, Pages 11224-11234

  Erat, Michèle C ^a   Sigel, Roland K O ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIVALENT CATION; MAGNESIUM; PHOSPHATE; RIBOZYME;

ARTICLE; BINDING SITE; CHEMISTRY; CONFORMATION; GENETICS; INTRON; METABOLISM; MOLECULAR GENETICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEOTIDE SEQUENCE;

BASE SEQUENCE; BINDING SITES; CATIONS, DIVALENT; INTRONS; MAGNESIUM; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; PHOSPHATES; RNA, CATALYTIC;

EID: 38149014107     PISSN: 00201669     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ic701627t     Document Type: Article

References (66)

1. Lehmann, K.; Schmidt, U. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2003, 38, 249-303.
2. Qin, P. Z.; Pyle, A. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 301-308.
3. Michel, F.; Ferat, J. L. Annu. Rev. Biochem. 1995, 64, 435-461.
4. Pyle, A. M. Catalytic reaction mechanisms and structural features of group II intron ribozymes. In Nucleic Acids and Molecular Biology; Eckstein, F., Lilley, D. M. J., Eds.; Springer-Verlag: New York, 1996; Vol. 10, pp 75-107.
5. Liu, Q.; Green, J. B.; Khodadadi, A.; Haeberli, P.; Beigelman, L.; Pyle, A. M. J. Mol. Biol. 1997, 267, 163-171.
6. Abramovitz, D. L.; Friedman, R. A.; Pyle, A. M. Science 1996, 271, 1410-1413.
7. Erat, M. C.; Zerbe, O.; Fox, T.; Sigel, R. K. O. ChemBioChem 2007, 8, 306-314.
8. Chu, V. T.; Liu, Q.; Podar, M.; Perlman, P. S.; Pyle, A. M. RNA 1998, 4, 1186-1202.
9. Newby, M. I.; Greenbaum, N. L. Biophys. J. 2002, 82, 131a.
10. Qin, P. Z.; Pyle, A. M. Biochemistry 1997, 36, 4718-4730.
11. Chu, V. T.; Adamidi, C.; Liu, Q.; Perlman, P. S.; Pyle, A. M. EMBO J. 2001, 20, 6866-6876.
12. de Lencastre, A.; Hamill, S.; Pyle, A. M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 626-627.
13. Sigel, R. K. O. Eur. J. Inorg. Chem. 2005, 12, 2281-2292.
14. Waldsich, C.; Pyle, A. M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 37-44.
15. Sigel, R. K. O.; Vaidya, A.; Pyle, A. M. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 1111-1116.
16. Gordon, P. M.; Piccirilli, J. A. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 893-898.
17. Gordon, P. M.; Sontheimer, E. J.; Piccirilli, J. A. Biochemistry 2000, 39, 12939-12952.
18. Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 29-32 and 51-55.
19. Zhang, L.; Doudna, J. A. Science 2002, 295, 2084-2088.
20. Sigel, R. K. O.; Pyle, A. M. Met. Ions Biol. Syst. 2003, 40, 477-512.
21. Hornung, V.; Ellegast, J.; Kim, S.; Brzozka, K.; Jung, A.; Kato, H.; Poeck, H.; Akira, S.; Conzelmann, K. K.; Schlee, M.; Endres, S.; Hartmann, G. Science 2006, 314, 994-997.
22. Pichlmair, A.; Schulz, O.; Tan, C. P.; Naslund, T. I.; Liljestrom, P.; Weber, F.; Sousa, C. R. E. Science 2006, 314, 997-1001.
23. Davanloo, P.; Rosenberg, A. H.; Dunn, J. J.; Studier, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, A81, 2035-2039.
24. Gallo, S.; Furler, M.; Sigel, R. K. O. Chimia 2005, 59, 812-816.
25. Lumry, R.; Smith, E. L.; Glantz, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1951, 73, 4330-4340.
26. Glasoe, P. K.; Long, F. A. J. Phys. Chem. 1960, 64, 188-190.
27. Sigel, R. K. O.; Sashital, D. G.; Abramovitz, D. L.; Palmer, A. G., III; Butcher, S. E.; Pyle, A. M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 187-192.
28. Sigel, R. K. O.; Freisinger, E.; Lippert, B. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 287-299.
29. It should be noted that all determined affinity constants are "apparent" (or "conditional"), as they are determined at a background of 100 mM KCL (I = 0.1 M).
30. Pecoraro, V. L.; Hermes, J. D.; Cleland, W. W. Biochemistry 1984, 23, 5262-5271.
31. Davis, J. H.; Tonelli, M.; Scott, L. G.; Jaeger, L.; Williamson, J. R.; Butcher, S. E. J. Mol. Biol. 2005, 351, 371-382.
32. Sigel, H. Coord. Chem. Rev. 1990, 100, 453-539.
33. Sigel, H. Pure Appl. Chem. 1998, 70, 969-976.
34. Butcher, S. E.; Allain, F. H.-T.; Feigon, J. Biochemistry 2000, 39, 2174-2182.
35. Allain, F. H.-T.; Varani, G. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 341-350.
36. Davis, J. H.; Foster, T. R.; Tonelli, M.; Butcher, S. E. RNA 2007, 13, 76-86.
37. Sigel, R. K. O.; Sigel, H. Met. Ions Life Sci. 2007, 2, 109-180.
38. Freisinger, E.; Sigel, R. K. O. Coord. Chem. Rev. 2007, 251, 1834-1851.
39. Sigel, R. K. O.; Pyle, A. M. Chem. Rev. 2007, 107, 97-113.
40. Heus, H. A.; Pardi, A. Science 1991, 253, 191-194.
41. Rüdisser, S.; Tinoco, I., Jr. J. Mol. Biol. 2000, 295, 1211-1223.
42. Qin, P. Z.; Butcher, S. E.; Feigon, J.; Hubbell, W. L. Biochemistry 2001, 40, 6929-6936.
43. Qin, P. Z.; Feigon, J.; Hubbell, W. L. J. Mol. Biol. 2005, 351, 1-8.
44. Downey, C. D.; Fiore, J. L.; Stoddard, C. D.; Hodak, J. H.; Nesbitt, D. J.; Pardi, A. Biochemistry 2006, 45, 3664-3673.
45. Basu, S.; Rambo, R. P.; Strauss-Soukup, J.; Cate, J. H.; Ferre-D'Amare, A. R.; Strobel, S. A.; Doudna, J. A. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 986-992.
46. Mitchell, P. R. J. Chem. Soc. Dalton Trans. 1979, 771-776.
47. Menger. M.; Eckstein, F.; Porschke, D. Biochemistry 2000, 39, 4500-4507.
48. Scheller, K. H.; Hofstetter, F.; Mitchell, P. R.; Prijs, B.; Sigel, H. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 247-260.
49. Sigel, H.; Bianchi, E. M.; Corfù, N. A.; Kinjo, Y.; Tribolet, R.; Martin, R. B. Chem. - Eur. J. 2001, 7, 3729-3737.
50. Sigel, H.; Griesser, R. Chem. Soc. Rev. 2005, 34, 875-900.
51. Sajadi, S. A. A.; Song, B.; Gregan, F.; Sigel, H. Inorg. Chem. 1999, 38, 439-448.
52. Bianchi, E. M.; Sajadi, S. A. A.; Song, B.; Sigel, H. Chem. - Eur. J. 2003, 9, 881-892.
53. Sigel, H.; Bianchi, E. M.; Corfu, N. A.; Kinjo, Y.; Tribolet, R.; Martin, R. B. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2001, 2, 507-511.
54. Sigel, H. Pure Appl. Chem. 2004, 76, 375-388.
55. Martin, R. B. Science 1963, 139, 1198, 1203.
56. Scheller, K. H.; Abel, T. H. J.; Polanyi, P. E.; Wenk, P. K.; Fischer, B. E.; Sigel, H. Eur. J. Biochem. 1980, 107, 455-466.
57. Sigel, H.; McCormick, D. B. Acc. Chem. Res. 1970, 3, 201-208.
58. Swisher, J. F.; Su, L. J.; Brenowitz, M.; Anderson, V. E.; Pyle, A. M. J. Mol. Biol. 2002, 315, 297-310.
59. Blad, H.; Reiter, N. J.; Abildgaard, F.; Markley, J. L.; Butcher, S. E. J. Mol. Biol. 2005, 353, 540-555.
60. Das, R.; Travers, K. J.; Bai, Y.; Herschlag, D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8272-8273.
61. Hamill, S.; Pyle, A. M. Mol. Cell 2006, 23, 831-840.
62. Bianchi, E. M. Comparison of the Stabilities and Solution Structures of Metal Ion Complexes Formed with 5′-Di- and 5′-Triphosphates of Purine Nucleotides; Logos Verlag: Berlin, 2003.
63. Sigel, H.; Song, B. Met. Ions Biol. Syst. 1996, 32, 135-206.
64. Knobloch, B.; Suliga, D.; Okruszek, A.; Sigel, R. K. O. Chem. - Eur. J. 2005, 11, 4163-4170.
65. Knobloch, B.; Sigel, H.; Okruszek, A.; Sigel, R. K. O. Chem. - Eur. J. 2007, 13, 1804-1814.
66. Banks, B. E. C. Chem. Br. 1996, 32 (May), 28.