Energy-Based Molecular Fragmentation Methods

Chemical Reviews

Volumn 115, Issue 12, 2015, Pages 5607-5642

  Collins, Michael A ^a   Bettens, Ryan P A ^b  

^a AUSTRALIAN NATIONAL UNIVERSITY   (Australia)

^b NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CALCULATIONS; COMPUTATIONAL CHEMISTRY; MOLECULES;

CHEMICAL PROBLEMS; ENERGY-BASED; ENTIRE SYSTEM; FIRST PRINCIPLES; HIGHLY ACCURATE; MOLECULAR FRAGMENTATION; QUANTUM MECHANICAL METHOD; QUANTUM-MECHANICAL TREATMENTS;

QUANTUM THEORY;

EID: 84935013666     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr500455b     Document Type: Review

References (223)

1. Gordon, M. S.; Fedorov, D. G.; Pruitt, S. R.; Slipchenko, L. Chem. Rev. 2012, 112, 632
2. Shavitt, I.; Bartlett, R. Many-Body Methods in Chemistry and Physics: MBPT and Coupled-Cluster Theory; Cambridge University Press: New York, 2009.
3. Møller, C.; Plesset, S. Phys. Rev. 1934, 46, 618
4. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227
5. Maseras, F.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1170
6. Kamerlin, S. C. L.; Vicatos, S.; Dryga, A.; Warshel, A. In Annual Review of Physical Chemistry; Leone, S. R., Cremer, P. S., Groves, J. T., Johnson, M. A., Eds.; Annual Reviews: Palo Alto, CA, 2011; Vol. 62.
7. Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 1198
8. Chung, L. W.; Hirao, H.; Li, X.; Morokuma, K. Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 327
9. Cohen, N. J. Phys. Chem. Ref. Data 1996, 25, 1411
10. NIST Chemistry WebBook, NIST Standard Reference Database; Linstrom, P. J.; Mallard, W. G., Eds.; National Institute of Standards and Technology: Gaithersburg, MD, 2009; Vol. 69.
11. Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 1983, 100, 151
12. Saebo, S.; Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 1985, 113, 13
13. Werner, H. J.; Schutz, M. J. Chem. Phys. 2011, 135, 15
14. Schutz, M. J. Chem. Phys. 2002, 116, 8772
15. Li, W.; Li, S. H. Sci. China: Chem. 2014, 57, 78
16. Yang, W. Phys. Rev. A 1991, 44, 7823
17. Yang, W. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 1438
18. Lee, T. S.; Lewis, J. P.; Yang, W. T. Comput. Mater. Sci. 1998, 12, 259
19. Bowler, D. R.; Miyazaki, T. Rep. Prog. Phys. 2012, 75, 036503
20. Goedecker, S. Rev. Mod. Phys. 1999, 71, 1085
21. Gogonea, V.; Merz, K. M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 5171
22. Kussmann, J.; Beer, M.; Ochsenfeld, C. Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2013, 3, 614
23. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701
24. Mochizuki, Y.; Koikegami, S.; Nakano, T.; Amari, S.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2004, 396, 473
25. Mochizuki, Y.; Yamashita, K.; Fukuzawa, K.; Takematsu, K.; Watanabe, H.; Taguchi, N.; Okiyama, Y.; Tsuboi, M.; Nakano, T.; Tanaka, S. Chem. Phys. Lett. 2010, 493, 346
26. Mochizuki, Y.; Yamashita, K.; Murase, T.; Nakano, T.; Fukuzawa, K.; Takematsu, K.; Watanabe, H.; Tanaka, S. Chem. Phys. Lett. 2008, 457, 396
27. Mochizuki, Y.; Yamashita, K.; Nakano, T.; Okiyama, Y.; Fukuzawa, K.; Taguchi, N.; Tanaka, S. Theor. Chem. Acc. 2011, 130, 515
28. Sugiki, S.; Kurita, N.; Sengoku, Y.; Sekino, H. Chem. Phys. Lett. 2003, 382, 611
29. Andersen, O. K.; Jepsen, O. Phys. Rev. Lett. 1984, 53, 2571
30. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599
31. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Int. J. Quantum Chem. 2005, 103, 808
32. Shipman, L. L.; Christoffersen, R. E. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 4733
33. Christoffersen, R. E.; Spangler, D.; Hail, G. G.; Maggiora, G. M. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 8526
34. Yang, W.; Lee, T. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5674
35. Dixon, S.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6643
36. Daniels, A. D.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 1321
37. Daniels, A. D.; William, J. M.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1997, 107, 425
38. Kobayashi, M.; Akama, T.; Nakai, H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 204106
39. Kobayashi, M.; Nakai, H. Int. J. Quantum Chem. 2009, 109, 2227
40. Kobayashi, M.; Kunisada, T.; Akama, T.; Sakura, D.; Nakai, H. J. Chem. Phys. 2011, 134, 034105
41. Ayala, P. Y.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 3660
42. Song, G.-L.; Li, Z. H.; Liu, Z.-P.; Cao, X.-M.; Wang, W.; Fan, K.-N.; Xie, Y.; Schaefer, H. F., III. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 2049
43. Elliott, P.; Burke, K.; Cohen, M. H.; Wasserman, A. Phys. Rev. A 2010, 82, 024501
44. Gadre, S. R.; Shirsat, R. N.; Limaye, A. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9165
45. Babu, K.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2003, 24, 484
46. Babu, K.; Ganesh, V.; Gadre, S. R.; Ghermani, N. E. Theor. Chem. Acc. 2004, 111, 255
47. Deev, V.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 154102
48. Li, S. H.; Li, W.; Fang, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7215
49. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357
50. Vreven, T.; Morokuma, K.; Farkas, O.; Schlegel, H. B.; Frisch, H. B. J. Comput. Chem. 2003, 24, 760
51. Li, W.; Li, S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 6649
52. Ganesh, V.; Dongare, R. K.; Balanarayan, P.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104109
53. He, X.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 184703
54. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8777
55. Li, W.; Li, S. H.; Jiang, Y. S. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2193
56. Jiang, N.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114112
57. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46
58. Xie, W.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1890
59. Netzloff, H. M.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 134113
60. Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 024104
61. Zhang, D. W.; Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1846
62. Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12039
63. Xiang, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1431
64. Chen, X. H.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 839
65. Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Theory Comput. 2004, 3, 277
66. Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11386
67. Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Gao, A. M.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1145
68. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. Abstr. Am. Chem. Soc. 2004, 228, U535
69. Gao, A.; Zhang, J. Z. H. Abstr. Am. Chem. Soc. 2004, 228, U523
70. He, X.; Mei, Y.; Xiang, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005, 61, 423
71. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. Int. J. Quantum Chem. 2005, 103, 246
72. Mei, Y.; He, X.; Xiang, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005, 59, 489
73. Duan, L. L.; Tong, Y.; Mei, Y.; Zhang, Q. G.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2007, 127, 145101
74. Gao, A. M.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H.; Zhang, Y. K. Chem. Phys. Lett. 2004, 394, 293
75. Mei, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2
76. He, X.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2005, 122, 031103
77. Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 044903
78. Mei, Y.; Ji, C. G.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 094906
79. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. Chem. Phys. Lett. 2007, 449, 341
80. Lee, A. M.; Bettens, R. P. A. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5111
81. Zhu, T.; He, X.; Zhang, J. Z. H. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7837
82. Zhu, T.; Zhang, J. Z. H.; He, X. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2104
83. Tan, H. J.; Bettens, R. P. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 7541
84. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 447
85. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 12690
86. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 1233
87. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 1849
88. Ji, C. G.; Mei, Y.; Zhang, J. Z. H. Biophys. J. 2008, 95, 1080
89. Ji, C. G.; Zhang, J. Z. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17129
90. Ji, C. G.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 16059
91. Ji, C. G.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13898
92. Tong, Y.; Ji, C. G.; Mei, Y.; Zhang, J. Z. H. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 8636
93. Tong, Y.; Mei, Y.; Li, Y. L.; Ji, C. G.; Zhang, J. Z. H. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 5137
94. Lu, Y. P.; Mei, Y.; Zhang, J. Z. H.; Zhang, D. W. J. Chem. Phys. 2010, 132, 131101
95. Li, Y. L.; Mei, Y.; Zhang, D. W.; Xie, D. Q.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 10154
96. Ji, C. G.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 12230
97. Wang, X. Y.; Zhang, J. Z. H. Chem. Phys. Lett. 2011, 501, 508
98. Li, Y.; Ji, C. G.; Xu, W. X.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 13368
99. Ji, C. G.; Xiao, X. D.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2157
100. Ji, C. G.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2012, 33, 1416
101. Mei, Y.; Li, Y. L.; Zeng, J.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2012, 33, 1374
102. Mei, Y.; Wei, C. Y.; Yip, Y. M.; Ho, C. Y.; Zhang, J. Z. H.; Zhang, D. W. Theor. Chem. Acc. 2012, 131, 1168
103. Duan, L. L.; Gao, Y.; Mei, Y.; Zhang, Q. G.; Tang, B.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 3430
104. Gao, Y.; Guo, M.; Mei, Y.; Zhang, J. Z. H. Mol. Phys. 2012, 110, 595
105. Gao, Y.; Lu, X. L.; Duan, L. L.; Zhang, D. W.; Mei, Y.; Zhang, J. Z. H. Appl. Phys. Lett. 2013, 102, 193706
106. Gao, Y.; Lu, X. L.; Duan, L. L.; Zhang, J. Z. H.; Mei, Y. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 549
107. Stone, A. J. The Theory of Intermolecular Forces; Clarendon: Oxford, 1996.
108. Stone, A. J. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1128
109. Le, H. A.; Lee, A. M.; Bettens, R. P. A. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 10527
110. Le, H. A.; Bettens, R. P. A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 921
111. Reid, D. M.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2013, 139, 184117
112. Hua, W. J.; Fang, T.; Li, W.; Yu, J. G.; Li, S. H. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 10864
113. Jovan Jose, K. V.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2008, 129, 164314
114. Jovan Jose, K. V.; Gadre, S. R. Int. J. Quantum Chem. 2009, 109, 2238
115. Yeole, S. D.; Sahu, N.; Gadre, S. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7718
116. Mahadevi, A. S.; Rahalkar, A. P.; Gadre, S. R.; Sastry, G. N. J. Chem. Phys. 2010, 133, 164308
117. Rahalkar, A. P.; Mishra, B. K.; Ramanathan, V.; Gadre, S. R. Theor. Chem. Acc. 2011, 130, 491
118. Rahalkar, A. P.; Yeole, S. D.; Gadre, S. R. Theor. Chem. Acc. 2012, 131, 1095
119. Furtado, J. P.; Rahalkar, A. P.; Shanker, S.; Bandyopadhyay, P.; Gadre, S. R. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 2253
120. Gadre, S. R.; Jovan Jose, K. V.; Rahalkar, A. P. J. Chem. Sci. 2010, 122, 47
121. Yeole, S. D.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2011, 134, 084111
122. Yang, Z.; Hua, S. G.; Hua, W. J.; Li, S. H. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 9253
123. Yang, Z.; Hua, S. G.; Hua, W. J.; Li, S. H. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 8249
124. Pruitt, S. R.; Addicoat, M. A.; Collins, M. A.; Gordon, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7752
125. Collins, M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104
126. Mullin, J. M.; Roskop, L. B.; Pruitt, S. R.; Collins, M. A.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 10040
127. Addicoat, M. A.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2009, 131, 104103
128. Wang, X.; Liu, J.; Zhang, J. Z. H.; He, X. J. Phys. Chem. A 2013, 117, 7149
129. Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2011, 134, 164110
130. Collins, M. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7744
131. Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2014, 141, 094108
132. Hua, S. G.; Li, W.; Li, S. H. ChemPhysChem 2013, 14, 108
133. Le, H. A.; Tan, H. J.; Ouyang, J. F.; Bettens, R. P. A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 469
134. Řezáč, J.; Salahub, D. R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 91
135. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1336
136. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2669
137. Richard, R. M.; Herbert, J. M. J. Chem. Phys. 2012, 137, 064113
138. Richard, R. M.; Herbert, J. M. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1408
139. Frankcombe, T. J.; Collins, M. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 8379
140. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269
141. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. M.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179
142. Hua, S. G.; Hua, W. J.; Li, S. H. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8126
143. Li, S. H.; Li, W.; Ma, J. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 2712
144. Wang, Y. L.; Gao, H.-J.; Guo, H. M.; Liu, H. W.; Batyrev, I. G.; McMahon, W. E.; Zhang, S. B. Phys. Rev. B 2004, 70, 073312
145. Reed, A. E.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1983, 78, 4066
146. Reed, A. E.; Weinstock, R. B.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 735
147. Sahu, N.; Gadre, S. R. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 2739
148. Gadre, S. R.; Ganesh, V. J. Chem. Theory Comput. 2006, 5, 835
149. Sahu, N.; Yeole, S. D.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2013, 138, 104101
150. Liu, C. L. Elements of Discrete Mathematics, 2nd ed.; McGraw-Hill: New York, 1985; section 1.6.
151. Rahalkar, A. P.; Katouda, M.; Gadre, S. R.; Nagase, S. J. Comput. Chem. 2010, 31, 2405
152. Collins, M. A.; Cvitkovic, M. W.; Bettens, R. P. A. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 2776
153. Stone, A. J. Chem. Phys. Lett. 1981, 83, 233
154. Stone, A. J.; Alderton, M. Mol. Phys. 1985, 56, 1047
155. Protein-Data-Bank, http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do.
156. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 1731
157. Huang, L.; Krupkin, M.; Bashan, A.; Yonath, A.; Massa, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 14900
158. Huang, L.; Massa, L.; Massa, C. F. Carbon 2014, 76, 310
159. Huang, L.; Massa, L. J. Mol. Struct (THEOCHEM) 2010, 962, 72
160. Huang, L.; Bohorquez, H. J.; Matta, C. F.; Massa, L. Int. J. Quantum Chem. 2011, 111, 4150
161. Richard, R. M.; Lao, K. U.; Herbert, J. M. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 2828
162. Expasy, UniProtKB/Swiss-Prot protein knowledgebase release 2014-07 statistics, http://web.expasy.org/docs/relnotes/relstat.html.
163. Li, W. J. Chem. Phys. 2013, 138, 014106
164. Wang, K.; Li, W.; Li, S. H. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1546
165. Saha, A.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 58
166. Ouyang, J. F.; Cvitkovic, M. W.; Bettens, R. P. A. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 3699
167. Jensen, F. Introduction to Computational Chemistry, 2nd ed.; Wiley: West Sussex, 2007.
168. Okiyama, Y.; Watanabe, H.; Fukuzawa, K.; Nakano, T.; Mochizuki, Y.; Ishikawa, T.; Tanaka, S.; Ebina, K. Chem. Phys. Lett. 2007, 449, 329
169. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11791
170. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1980
171. Minikis, R. M.; Kairys, V.; Jensen, J. H. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 3829
172. Pasha, F. A.; Neaz, M. M. J. Mol. Model. 2013, 19, 879
173. Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Gao, A. M.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1145
174. Mei, Y.; Wu, E. L.; Han, K. L.; Zhang, J. Z. H. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 1267
175. Jia, X. Y.; Wang, X. W.; Liu, J. F.; Zhang, J. Z. H.; Mei, Y.; He, X. J. Chem. Phys. 2013, 139, 214104
176. Elango, M.; Subramanian, V.; Rahalkar, A. P.; Gadre, S. R.; Sathyamurthy, N. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 7699
177. Yeole, S. D.; Lopez, R.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2012, 137, 074116
178. Kulkarni, A. D.; Gadre, S. R.; Nagase, S. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2008, 851, 213
179. Yeole, S. D.; Sahu, N.; Gadre, S. R. J. Phys. Chem. A 2013, 117, 8591
180. Yeole, S. D.; Gadre, S. R. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 12769
181. Gao, Q.; Yokojima, S.; Kohno, T.; Ishida, T.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K.; Fujihira, M.; Nakamura, S. Chem. Phys. Lett. 2007, 445, 331
182. Gao, Q.; Yokojima, S.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K.; Sakurai, M.; Nakamura, S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1428
183. Gao, Q.; Yokojima, S.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K.; Sakurai, M.; Nakamura, S. Chem. Phys. Lett. 2014, 593, 165
184. Exner, T. E.; Frank, A.; Onila, I.; Moller, H. M. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4818
185. Frank, A.; Moller, H. M.; Exner, T. E. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1480
186. Freitag, M. A.; Hillman, B.; Agrawal, A.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1197
187. Cui, Q.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3721
188. Sebastiani, D.; Rothlisberger, U. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 2807
189. Ishida, T. Biochemistry 2006, 45, 5413
190. Komin, S.; Gossens, C.; Tavernelli, I.; Rothlisberger, U.; Sebastiani, D. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5225
191. Hall, K. F.; Vreven, T.; Frisch, M. J.; Bearpark, M. J. J. Mol. Biol. 2008, 383, 106
192. Rohrig, U. F.; Sebastiani, D. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1267
193. He, X.; Wang, B.; Merz, K. M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10380
194. Ihrig, A. C.; Schiffmann, C.; Sebastiani, D. J. Chem. Phys. 2011, 135, 214107
195. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G. M.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J. M.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999
196. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 712
197. Barfield, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4158
198. He, X.; Wang, B.; Merz, K. M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10380
199. Giannozzi, P.; Gironcoli, S. d.; Pavone, P.; Baroni, S. Phys. Rev. B 1991, 43, 7231
200. Dovesi, R.; Orlando, R.; Roetti, C.; Pisani, C.; Saunders, V. R. Phys. Status Solidi B 2000, 217, 63
201. Shiozaki, T.; Hirata, S. J. Chem. Phys. 2010, 132, 151101
202. Usvyat, D.; Civalleri, B.; Maschio, L.; Dovesi, R.; Pisani, C.; Schütz, M. J. Chem. Phys. 2011, 134, 214105
203. Sode, O.; Keçeli, M.; Hirata, S.; Yagi, K. Int. J. Quantum Chem. 2009, 109, 1928
204. Beran, G. J. O.; Nanda, K. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 3480
205. Price, S. Chem. Soc. Rev. 2014, 43, 2098
206. Nolan, S. J.; Bygrave, P. J.; Allan, N. L.; Gillan, M. J.; Binnie, S.; Manby, F. R. In Accurate Condensed-Phase Quantum Chemistry; Manby, F. R., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2011.
207. Stoll, H. Phys. Rev. B 1992, 46, 6700
208. Stoll, H. Chem. Phys. Lett. 1992, 191, 548
209. Stoll, H. J. Chem. Phys. 1992, 97, 8449
210. Frankcombe, T. J.; Collins, M. A. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 7793
211. Hirata, S.; Gilliard, K.; He, X.; Li, J.; Sode, O. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 2721
212. Nilsson, G.; Nelin, G. Phys. Rev. B 1972, 6, 3777
213. Dolling, G. Inelastic Scattering of Neutrons in Solids and Liquids; IAEA: Vienna, 1963; Vol. II.
214. Bisson, R.; Philippe, L.; Châtelet, M. Surf. Sci. 2006, 600, 4454
215. Henkelman, G.; Uberuaga, B. P.; Jónsson, H. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9901
216. Xie, L.; Liu, H.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8039
217. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Swails, J.; Goetz, A. W.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wolf, R. M.; Liu, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hsieh, M.-J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Salomon-Ferrer, R.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, S.; Kovalenko, A.; Kollman, P. A. AMBER 12; University of California: San Francisco, CA, 2012.
218. Brooks, B. R.; Brooks, C. L., III; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545
219. Spoel, D. V. d.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701
220. Vreven, T.; Byun, K. S.; Komáromi, I.; Dapprich, S.; Montgomery, J. A.; Morokuma, K.; Frisch, H. B. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 815
221. Kurbanov, E. K.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G.; Amin, E. A. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2617
222. Hua, D.; Leverentz, H. R.; Amin, E. A.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 251
223. Kurbanov, E. K.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G.; Amin, E. A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1