An efficient fragment-based approach for predicting the ground-state energies and structures of large molecules

Journal of the American Chemical Society

Volumn 127, Issue 19, 2005, Pages 7215-7226

  Li, Shuhua ^a   Li, Wei ^a   Fang, Tao ^a  

^a NANJING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS; MACROMOLECULES; MOLECULAR DYNAMICS; NANOTUBES; OLIGOMERS; POLYACETYLENES; QUANTUM THEORY;

MOLECULAR FRACTIONATION; MOLECULAR SIZE; OPTIMIZATION ALGORITHMS; THERMOMECHANICAL PROPERTIES;

GROUND STATE;

NANOTUBE; OLIGOMER; POLYACETYLENE;

ALGORITHM; ARTICLE; CALCULATION; CHEMICAL INTERACTION; FRACTIONATION; MACROMOLECULE; MOLECULAR FRACTIONATION WITH CONJUGATED CAPS; MOLECULAR SIZE; PREDICTION;

GRAMICIDIN; ION CHANNELS; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; PLANT PROTEINS; PROTEIN CONFORMATION; THERMODYNAMICS;

EID: 18744382421     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja0427247     Document Type: Article

References (89)

1. Greengard, L.; Rokhlin, V. J. Comput. Phys. 1987, 73, 325.
2. Strain, M. C.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. Science 1996, 271, 51.
3. White, C. A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1996, 253, 268.
4. White, C. A.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6593.
5. Schwegler, E.; Challacombe, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 2726.
6. Burant, J. C.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 8969.
7. Scuseria, G. E. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 4782.
8. Li, X.; Millam, J. M.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 7651.
9. Yang, W. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 1438.
10. Yang, W.; Lee, T.-S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5674.
11. Lee, T.-S.; York, D. M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1996, 105, 2744.
12. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11791.
13. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1980.
14. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4301.
15. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599.
16. Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12039.
17. Gao, A. M.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H.; Zhang, Y. Chem. Phys. Lett. 2004, 394, 293.
18. Mei, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2.
19. He, X.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2005, 122, 031103.
20. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701.
21. Kitaura, K.; Sugiki, S.-I.; Nakano, T.; Komeiji, Y.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 2001, 336, 163.
22. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6832.
23. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2004, 389, 129.
24. Gadre, S. R.; Shirsat, R. N.; Limaye, A. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9165.
25. Babu, K.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2003, 24, 484.
26. Babu, K.; Ganesh, V.; Gadre, S. R.; Ghermani, N. E. Theor. Chem. Acc. 2004, 111, 255.
27. Strout, D. L.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1995, 102, 8448.
28. Dixon, S. L.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6643.
29. Dixon, S. L.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Phys. 1997, 107, 879.
30. Couty, M.; Bayse, C. A.; Hall, M. B. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 96.
31. Ochsenfeld, C.; Kussmann, J.; Koziol, F. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 4485.
32. Laidig, W. D.; Purvis, G. D.; Bartlett, R. J. J. Phys. Chem. 1985, 89, 2161.
33. Schutz, M.; Werner, H.-J. Chem. Phys. Lett. 2000, 318, 370.
34. Rauhut, G.; Werner, H.-J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 4853.
35. Schutz, M.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 2001, 114, 661.
36. Schutz, M. J. Chem. Phys. 2002, 116, 8772.
37. Li, S.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Comput. Chem. 2002, 23, 237.
38. Li, S.; Li, W.; Ma, J. Chin. J. Chem. 2003, 21, 1422.
39. Schutz, M.; Manby, F. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 3349.
40. Flocke, N.; Bartlett, R. J. J. Chem. Phys. 2003, 118, 5326.
41. Hampel, C.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6286.
42. Constans, P.; Ayala, P. Y.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 2000, 113, 10451.
43. Schutz, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 3941.
44. Scuseria, G. E.; Ayala, P. Y. J. Chem. Phys. 1999, 111, 8330.
45. Head-Gordon, M.; Maslen, P. E.; White, C. A. J. Chem. Phys. 1998, 108, 616.
46. Maslen, P. E.; Lee, M. S.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 2000, 319, 205.
47. Li, W.; Li, S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 6649.
48. Saebo, S.; Pulay, P. J. Chem. Phys. 1987, 86, 914.
49. Haser, M.; Almlof, J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 489.
50. Azhary, A. E.; Rauhut, G.; Pulay, P.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 1998, 108, 5185.
51. Hetzer, G.; Pulay, P.; Werner, H.-J. Chem. Phys. Lett. 1998, 290, 143.
52. Maslen, P. E.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1998, 283, 102.
53. Maslen, P. E.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7093.
54. Ayala, P. Y.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 3660.
55. Lee, M. S.; Maslen, P. E.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 2000, 112, 3592.
56. Pulay, P.; Saebo, S.; Wolinski, K. Chem. Phys. Lett. 2001, 344, 543.
57. Murphy, R. B.; Beachy, M. D.; Friesner, R. A.; Ringnalda, M. N. J. Chem. Phys. 1995, 103, 1481.
58. Beachy, M. D.; Chasman, D.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Friesner, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5908.
59. Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Beachy, M. D.; Ringnalda, M. N.; Pollard, W. T.; Dunietz, B. D.; Cao, Y. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1913.
60. Rauhut, G.; Azhary, A. E.; Eckert, F.; Schumann, U.; Werner, H.-J. Spectrochim. Acta, Part A 1999, 55, 647.
61. Schutz, M.; Hetzer, G.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 1999, 111, 5691.
62. Finley, J. P.; Hirao, K. Chem. Phys. Lett. 2000, 328, 51.
63. Hetzer, G.; Schutz, M.; Stoll, H.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9443.
64. Saebo, S.; Pulay, P. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3975.
65. Nakao, Y.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6375.
66. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2483.
67. Stoll, H. J. Chem. Phys. 1992, 97, 8449.
68. Stoll, H. Phys. Rev. B 1992, 46, 6700.
69. Stoll, H. Chem. Phys. Lett. 1992, 191, 548.
70. Benson, S. W.; Cruickshank, F. R.; Golden, D. M.; Haugen, G. R.; O'Neal, H. E.; Rodgers, A. S.; Shaw, R.; Walsh, R. Chem. Rev. 1969, 69, 279.
71. Eigenmann, H. K.; Golden, D. M.; Benson, S. W. J. Phys. Chem. 1973, 77, 1687.
72. Frisch, M. J. et al. Gaussian 03, revision B.04; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
73. Ayala, P. Y.; Scuseria, G. E. Chem. Phys. Lett. 2000, 322, 213.
74. Singh, U. C.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 1986, 7, 718.
75. Schlegel, H. B. J. Comput. Chem. 1982, 3, 214.
76. Pulay, P.; Fogarasi, G. J. Chem. Phys. 1992, 96, 2856.
77. Farkas, O.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys. 1999, 111, 10806.
78. Leach, A. R. Molecular Modelling: Principles and Applications; Addison Wesley Longman: London, 1996.
79. Xu, H.; Ma, J.; Chen, X.; Hu, Z.; Huo, K.; Chen, Y. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4024.
80. Barman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235.
81. Fincher, C. R., Jr.; Chen, C.-E.; Heeger, A. J.; MacDiarmid, A. G. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 100.
82. Yannoni, C. S.; Clarke, T. C. Phys. Rev. Lett. 1983, 51, 1191.
83. Kahlert, H.; Leitner, O.; Leising, G. Synth. Met. 1992, 83, 179.
84. Fogarasi, G.; Liu, R.; Pulay, P. J. Phys. Chem. 1993, 97, 4036.
85. Hirata, S.; Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8964.
86. Choi, C. H.; Kertesz, M. J. Chem. Phys. 1997, 107, 6712.
87. Bengu, E.; Marks, L. D. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 2385.
88. Lide, D. R.; Kehiaian, H. V. Handbook of Thermophysical and Thermochemical Data; CRC Press: Boca Raton, FL, 1994.
89. Dean, J. A. Lange's Handbook of Chemistry; McGraw-Hill: New York, 1999.