Electrostatically embedded many-body expansion for neutral and charged metalloenzyme model systems

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 1, 2012, Pages 1-5

  Kurbanov, Elbek K ^a   Leverentz, Hannah R ^a   Truhlar, Donald G ^a   Amin, Elizabeth A ^a  

^a UNIVERSITY OF MINNESOTA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84855663505     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200637v     Document Type: Article

References (41)

1. Sandstead, H. H. J. Lab. Clin. Med. 1994, 124, 322-327
2. Prasad, A. S. Nutrition 1995, 11, 93
3. Solomons, N. W. Nutr. Rev. 1998, 56, 27-28
4. Heyneman, C. A. Ann. Pharmacotherary 1996, 30, 186-187
5. MacDonald, R. S. J. Nutr. 2000, 130, 1500S-1508S
6. Wallwork, J. C.; Duerre, J. A. J. Nutr. 1985, 115, 252-262
7. Henkin, R. I. N. Engl. J. Med. 1974, 291, 675-676
8. Chiu, T. L.; Solberg, J.; Patil, S.; Geders, T. W.; Zhang, X.; Rangarajan, S.; Francis, R.; Finzel, B. C.; Walters, M. A.; Hook, D. J.; Amin, E. A. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 2726-2734
9. Amin, E. A.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 75
10. Sorkin, A.; Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 683
11. Brothers, E. N.; Suarez, D.; Deerfield, D. W., II; Merz, K. M., Jr. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1677
12. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1336-1343
13. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599
14. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2004, 120, 6832
15. Li, S.; Li, W.; Fang, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7215
16. Bettens, R. P. A; Lee, A. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8777
17. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46
18. Collins., M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104
19. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 6904
20. Hirata, S.; Yagi, K. Chem. Phys. Lett. 2008, 464, 123
21. Xie, W.; Song, L.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 234108
22. Gordon, M. S.; Mullin, J. M.; Pruitt, S. R.; Roskop, L. B.; Slipchenko, L. V.; Boatz, J. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9646
23. Söderhjelm, P.; Aquilante, F.; Ryde, U. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11085
24. Li, W.; Piecuch, P. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 6721
25. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1342
26. Dahlke, E. E.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 33
27. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1
28. Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1573
29. Speetzen, E. D.; Leverentz, H. R.; Lin, H.; Truhlar, D. G. In Accurate Condensed Phase Electronic Structure Theory; Manby, F., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2010.
30. Hua, D.; Leverentz, H. R.; Amin, E. A.; Truhlar, G. D. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 251-255
31. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 215-241
32. Erratum: 2008, 119, 525.
33. Dolg, M.; Wedig, U.; Stoll, H.; Preuss, H. J. Chem. Phys. 1987, 86, 866
34. Kaupp, M.; Stoll, H.; Preuss, H. J. Comput. Chem. 1990, 11, 1029
35. Sorkin, A.; Amin, E. A.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1254
36. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, N. J.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, Ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision A.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
37. Dahlke, E. E.; Lin, H.; Leverentz, H.; Truhlar, D. G. MBPAC 2011-2; University of Minnesota: Minneapolis, MN, 2011.
38. Besler, B. H.; Merz, K. M., Jr.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 431
39. Turk, B. E.; Wong, T. Y.; Schwarzenbacher, R.; Jarrell, E. T.; Leppla, S. H.; Collier, J.; Liddington, R. C.; Cantley, L. C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2003, 11, 60-66
40. Becker, J. W.; Marcy, A. I.; Rokosz, L. L.; Axel, M. G.; Burbaum, J. J.; Fitzgerald, P. M. D.; Cameron, P. M.; Esser, C. K.; Hagmann, W. K.; Hermes, J. D.; Springer, J. P. Protein Sci. 1995, 4, 1966-1976
41. Dennington, R.; Keith, T.; Millam, J. Semichem Inc.: Shawnee Mission, KS, 2009.