Design of a next generation force field: The X-POL potential

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 6, 2007, Pages 1890-1900

  Xie, Wangshen ^a   Gao, Jiali ^a,b  

^a UNIVERSITY OF MINNESOTA   (United States)

^b BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 36649021120     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700167b     Document Type: Article

References (81)

1. Burkert, U.; Allinger, N. L. Molecular Mechanics; American Chemical Society: Washington, DC, 1982.
2. MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1584.
3. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
4. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stole, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
5. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
6. Oostenbrink, C.; Soares, T. A.; van der Vegt, N. F. A.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2005, 34, 273.
7. Maple, J. R.; Hwang, M. J.; Jalkanen, K. J.; Stockfisch, T. P.; Hagler, A. T. J. Comput. Chem. 1998, 19, 430.
8. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1497.
9. Dinur, U.; Hagler, A. T. Rev. Comput. Chem. 1991, 2, 99.
10. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1999, 20, 730.
11. Warshel, A. J. Chem. Phys. 1994, 107, 6141.
12. Thole, B. T. Chem. Phys. 1981, 59, 341.
13. Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208.
14. Gao, J.; Habibollazadeh, D.; Shao, L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16460.
15. Gao, J.; Pavelites, J. J.; Habibollazadeh, D. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2689.
16. (a) Rick, S. W.; Stuart, S. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6141.
17. (b) Banks, J. L.; Kaminski, G. A.; Zhou, R.; Mainz, D. T.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 741.
18. Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 621.
19. Patel, S.; Mackerell, A. D., Jr.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1504.
20. Patel, S.; Brooks, C. L., III. Mol. Simul. 2006, 32, 231.
21. Lamoureux, G.; MacKerell, A. D., Jr.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5185.
22. Harder, E.; Anisimov, V. M.; Vorobyov, I. V.; Lopes, P. E. M.; Noskov, S. Y.; MacKerell, A. D., Jr.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1587.
23. Lee, T. S.; York, D. M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1995, 102, 7549.
24. Nadig, G.; Van Zant, L. C.; Dixon, S. L.; Merz, K. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5593.
25. Van der Vaart, A.; Merz, K. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9182.
26. Mo, Y.; Gao, J. J. Phys. l Chem. B 2006, 110, 2976.
27. (a) Chandrasekhar, J.; Smith, S. F.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 3049.
28. (b) Warshel, A.; Weiss, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 6218.
29. Gao, J.; Xia, X. Science 1992, 258, 631.
30. Gao, J. Methods and applications of combined quantum mechanical and molecular mechanical potentials. In Rev. Comput. Chem.; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; VCH: New York, 1995; Vol. 7, pp 119.
31. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
32. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
33. Gao, J. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 298.
34. Gao, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 657.
35. Gao, J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 2346.
36. Wierzchowski, S. J.; Kofke, D. A.; Gao, J. J. Chem. Phys. 2003, 119, 7365.
37. Lee, T.-S.; York, D. M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1996, 105, 2744.
38. Dixon, S. L.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6643.
39. Head-Gordon, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13213.
40. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
41. Rothlisberger, U.; Carloni, P.; Doclo, K.; Parrinello, M. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 236.
42. Tuckerman, M. E.; Marx, D.; Parrinello, M. Nature 2002, 417, 925.
43. Pople, J. A.; Santry, D. P.; Segal, G. A. J. Chem. Phys. 1965, 43, S129.
44. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.
45. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 209.
46. Zerner, M. C. Rev. Comput. Chem. 1991, 2, 313.
47. Thompson, M. A.; Schenter, G. K. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6374.
48. Thompson, M. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14492.
49. Gao, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1062.
50. Gao, J.; Byun, K. Theor. Chem. Acc. 1997, 96, 151.
51. Lin, Y.-l.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1484.
52. Poulsen, T. D.; Ogilby, P. R.; Mikkelsen, K. V. J. Chem. Phys. 2002, 116, 3730.
53. Wesolowski, T. A.; Warshel, A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8050.
54. Wesolowski, T.; Muller, R. P.; Warshel, A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 15444.
55. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701.
56. Dewar, M. J. S.; Thiel, W. Theor. Chim. Acta 1977, 46, 89.
57. Gascon, J. A.; Leung, S. S. F.; Batista, E. R.; Batista, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 175.
58. Maseras, F.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1170.
59. Dapprich, S.; Komiromi, I.; Byun, K. S.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. Theochem 1999, 461-462, 1.
60. Field, M. J. Mol. Phys. 1997, 91, 835.
61. Gao, J.; Amara, P.; Alhambra, C.; Field, M. J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 4714.
62. Amara, P.; Field, M. J.; Alhambra, C.; Gao, J. Theor. Chem. Acc. 2000, 104, 336.
63. (a) Pu, J.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 632.
64. (b) Pu, J.; Gao, J.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. Chem. 2005, 6, 1853.
65. Pu, J.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5454.
66. (a) Ferré, N.; Assfeld, X.; Rivail, J.-L. J. Comput. Chem. 2002, 23, 610.
67. (b) Thery, V.; Rinaldi, D.; Rivail, J.-L.; Maigret, B.; Ferenczy, G. G. J. Comput. Chem. 1994, 15, 269.
68. (c) Assfeld, X.; Ferré, N.; Rivail, J.-L. ACS Symp. Ser.; Gao, J., Thompson, M. A., Eds.; 1998; Vol. 712, p 234.
69. Antes, I.; Thiel, W. ACS Symp. Ser.; Gao, J., Thompson, M. A., Eds.; 1998; Vol. 712, p 50.
70. Calzaferri, G.; Forss, L.; Kamber, I. J. Phys. Chem. 1989, 93, 5366.
71. Carbo, R.; Fornos, J. M.; Hernandez, J. A.; Sanz, F. Int. J. Quantum Chem. 1977, 11, 271.
72. Anderson, A. B.; Hoffmann, R. J. Chem. Phys. 1974, 60, 4271.
73. Elstner, M.; Porezag, D.; Juugnickel, G.; Eisner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Sukai, S.; Seifect, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260.
74. Elstner, M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5614.
75. Dewar, M. J. S.; Thiel, W. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 4907.
76. Mulliken, R. S. J. Chem. Phys. 1964, 61, 20.
77. Momany, F. A. J. Phys. Chem. 1978, 82, 592.
78. Chambers, C. C.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16385.
79. Li, J.; Zhu, T.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1820.
80. Thompson, J. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1291.
81. Zhu, T.; Li, J.; Liotard, D. A.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 1999, 110, 5503.