Treating hydrogen bonding in ab initio calculation of biopolymers

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 106, Issue 5, 2006, Pages 1267-1276

  Mei, Y E ^a   Emilia, L W U ^b   Han, K L ^b   Zhang, J Z H ^a,c  

^a NANJING UNIVERSITY   (China)

^b DALIAN INSTITUTE OF CHEMICAL PHYSICS   (China)

^c NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

helix; sheet; Ab initio; Hydrogen bonding; Polarization; Protein

Indexed keywords

ELECTROSTATICS; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; NUMERICAL ANALYSIS;

AB INITIO; POLARIZATION EFFECT; PROTEIN SOLVATION;

PROTEINS;

EID: 33645068843     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.20875     Document Type: Article

References (24)

1. Hames, B. D.; Hooper, N. M.; Houghton, J. D. Instant Notes in Biochemistry; Bios Scientific: Oxford, 1997.
2. Yamada, S. J Org Chem 1996, 61, 941.
3. Lario, P. I.; Vrielink, A. J Am Chem Soc 2003, 125, 12787.
4. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E., III; DelBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comp Phys Commun 1995, 91, 1.
5. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comp Chem 1983, 4, 187.
6. Hagler, A. T.; Huler, E.; Lifson, S. J Am Chem Soc 1977, 96, 5319.
7. Nemethy, G.; Pottle, M. S.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1983, 87, 1883.
8. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; diNola, A.; Haak, J. R. J Chem Phys 1984, 81, 3684.
9. Yang, W. Phys Rev Lett 1991, 66, 1438.
10. Nakano, T.; Kaminuma, T.; Sato, T.; Akiyama, Y.; Uebayasi, M.; Kitaura, K. Chem Phys Lett 2000, 318, 614.
11. Exner, T. E.; Merzey, P. G. J Comp Chem 2003, 24, 1980.
12. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J Chem Phys 2003, 119, 3599.
13. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J Theor Comput Chem 2004, 3, 43.
14. Zhang, D. W.; Xiang Yun; Zhang, John Z. H. J Phys Chem B 2003, 107, 12039.
15. Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Gao, A. M.; Zhang, J. Z. H. J Chem Phys 2004, 120, 1145.
16. Xiang, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J Comp Chem 2004, 25, 1431.
17. He, X.; Zhang, J. Z. H. J Chem Phys 2005, 122, 031103.
18. Gao, Ai M.; Zhang, D. W.; Zhang, John Z. H.; Zhang, Y. Chem Phys Lett 2004, 394, 293.
19. Chen, X. H.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J Chem Phys 2004, 120, 839.
20. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Revision B.04; Gaussian: Pittsburgh, PA, 2003.
21. Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J Chem Phys 2004, 120, 11386.
22. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; et al. J Comp Chem 2003, 24, 1999.
23. (a) Laaksonen, L. J Mol Graph 1992, 10, 33;
24. (b) Bergman, D. L.; Laaksonen, L.; Laaksonen, A. J Biomol Struct Dyn 1997, 15, 301.