Analysis of the errors in the electrostatically embedded many-body expansion of the energy and the correlation energy for Zn and Cd coordination complexes with five and six ligands and use of the analysis to develop a generally successful fragmentation strategy

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 6, 2013, Pages 2617-2628

  Kurbanov, Elbek K ^a   Leverentz, Hannah R ^a   Truhlar, Donald G ^a   Amin, Elizabeth A ^a  

^a UNIVERSITY OF MINNESOTA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84879107058     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct4001872     Document Type: Article

References (71)

1. Bertini, I., Sigel, A., Sigel, H., Eds. Handbook on Metalloproteins; Marcel Dekker: New York, 2001.
2. Ragsdale, S. W. Chem. Rev. 2006, 106, 3317
3. Supuran, C. T.; Winum, J.-Y. Drug Design of Zinc-Enzyme Inhibitors; John Wiley & Sons, Inc.: Hoboken, NJ, 2009; pp 1.
4. Supuran, C. T.; Scozzafava, A.; Casini, A. Med. Res. Rev. 2003, 23, 146
5. Jacobsen, F. E.; Lewis, J. A.; Cohen, S. M. ChemMedChem 2007, 2, 152
6. Anzellotti, A. I.; Farrell, N. P. Chem. Soc. Rev. 2008, 37, 1629
7. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 10757
8. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618
9. Cizek, J. Adv. Chem. Phys. 1969, 14, 35
10. Purvis, G. D.; Barlett, R. J. J. Chem. Phys. 1982, 76, 1910
11. Raghavachari, K.; Anderson, J. B. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 479
12. Raghavachari, K.; Anderson, J. B. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12960
13. Nakao, Y.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6375
14. Saebø, S.; Pulay, P. J. Chem. Phys. 1987, 86, 914
15. Galli, G.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1992, 69, 3547
16. Murphy, R. B.; Beachy, M.; Ringnalda, M.; Friesner, R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 1481
17. Nielsen, I. M. B.; Janssen, C. L. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 71
18. Assfeld, X.; Rivail, J.-L. Chem. Phys. Lett. 1996, 263, 100
19. Sugiki, S.-I.; Kurita, N.; Sengoku, Y.; Sekino, H. Chem. Phys. Lett. 2003, 382, 611
20. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599
21. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2004, 120, 6832
22. Li, S.; Li, W.; Fang, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7215
23. Jiang, N.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114112
24. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8777
25. Collins, M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104
26. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46
27. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 6904
28. Kobayashi, M.; Imamura, Y.; Nakai, H. J. Chem. Phys. 2007, 127 074103
29. Hirata, S.; Yagi, K. Chem. Phys. Lett. 2008, 464, 123
30. Xie, W.; Song, L.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Phys. 2008, 128 234108
31. Gordon, M. S.; Mullin, J. M.; Pruitt, S. R.; Roskop, L. B.; Slipchenko, L. V.; Boatz, J. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9646
32. Söderhjelm, P.; Aquilante, F.; Ryde, U. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11085
33. Li, W.; Piecuch, P. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 6721
34. Řezáč, J.; Salahub, D. R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 91
35. Rahalkar, A. P.; Katouda, M.; Gadre, S. R.; Nagase, S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 31, 2405
36. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory. Comput. 2011, 7, 1336
37. Sorkin, A.; Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 683
38. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46
39. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1342
40. Dahlke, E. E.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 33
41. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1
42. Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1573
43. Speetzen, E. D.; Leverentz, H. R.; Lin, H.; Truhlar, D. G. In Accurate Condensed Phase Electronic Structure Theory; Manby, F., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2010.
44. Hua, D.; Leverentz, H. R.; Amin, E. A.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 251
45. Kurbanov, E.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G.; Amin, E. A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1
46. Amin, E. A.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 75
47. Weigend, F.; Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297
48. Sorkin, A.; Truhlar, D. G.; Amin, E. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1254
49. Dolg, M.; Wedig, U.; Stoll, H.; Preuß, H. J. Chem. Phys. 1987, 86, 866
50. Kaupp, M.; Stoll, H.; Preuß, H. J. Comput. Chem. 1990, 11, 1029
51. Andrae, D.; Häußermann, U.; Dolg, M.; Stoll, H.; Preuß, H. Theor. Chim. Acta 1990, 77, 123
52. Besler, B. H.; Merz, K. M., Jr.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 431
53. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 215
54. 2008, 119, 525.
55. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, Jr., J. A.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, N. J.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, Ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision A.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
56. Dahlke, E. E.; Lin, H.; Leverentz, H.; Truhlar, D. G. MBPAC 2011-5; University of Minnesota: Minneapolis, MN, 2011.
57. Turk, B. E.; Wong, T. Y.; Schwarzenbacher, R.; Jarrell, E. T.; Leppla, S. H.; Collier, J.; Liddington, R. C.; Cantley, L. C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2003, 11, 60
58. Becker, J. W.; Marcy, A. I.; Rokosz, L. L.; Axel, M. G.; Burbaum, J. J.; Fitzgerald, P. M. D.; Cameron, P. M.; Esser, C. K.; Hagmann, W. K.; Hermes, J. D.; Springer, J. P. Protein Sci. 1995, 4, 1966
59. Browner, F. M.; Smith, W. W.; Castelhano, L. A. Biochemistry 1995, 34, 6602
60. Xu, Y.; Feng, L.; Jeffrey, P. D.; Shi, Y.; Morel, F. M. M. Nature 2008, 452, 56
61. Suárez, E.; Díaz, N.; Suárez, D. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1667
62. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2012, 7, 1336
63. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2669
64. Richard, R. M.; Herbert, J. M. J. Chem. Phys. 2012, 137, 064113
65. Isegawa, M.; Wang, B.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1381
66. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. In Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers; Starikov, E. P.; Lewis, J. P.; Tanaka, S., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 2006; p 3.
67. Xie, W.; Song, L.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 234108
68. Babu, K.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2003, 24, 484
69. Li, W.; Li, S.; Jiang, Y. J. Phys. Chem. 2007, 111, 2193
70. Li, W. J. Chem. Phys. 2013, 138, 14106
71. B. Wang, B.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1036