A new algorithm for molecular fragmentation in quantum chemical calculations

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 28, 2006, Pages 8777-8785

  Bettens, Ryan P A ^a   Lee, Adrian M ^a  

^a NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS; ATOMS; ENERGY ABSORPTION; MOLECULAR ORIENTATION; MOLECULAR STRUCTURE;

FRAGMENT ENERGIES; ISODESMIC APPROACH; MOLECULAR FRAGMENTATION; QUANTUM CHEMICAL CALCULATIONS;

QUANTUM THEORY;

EID: 33746912302     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp062104n     Document Type: Article

References (58)

1. Goedecker, S. Rev. Mod. Phys. 1999, 71, 1085.
2. Kohn, W. Phys. Rev. Lett. 1996, 76, 3168.
3. Parr, R. G.; Yang, W. Annu. Rev. Phys. Chem. 1995, 46, 701.
4. Greengard, L.; Rokhlin, V. J. Comput. Phys. 1987, 73, 325.
5. White, C. A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1994, 230, 8.
6. White, C. A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1996, 253, 268.
7. Kutteh, R.; Aprà, E.; Nichols, J. Chem. Phys. Lett. 1995, 238, 173.
8. Strain, M. C.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. Science 1996, 271, 51.
9. Challacombe, M.; Schwegler, E.; Almlöf, J. J. Chem. Phys. 1996, 104, 4685.
10. Pérez-Jordá, J. M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1997, 107, 1218.
11. Schwegler, E.; Challacombe, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 2726.
12. Burant, J. C.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 8969.
13. Goedecker, S.; Colombo, L. Phys. Rev. Lett. 1994, 73, 122.
14. Goedecker, S. J. Comput. Phys. 1995, 118, 261.
15. Goedecker, S.; Teter, M. Phys. Rev. B 1995, 57, 9455.
16. Yang, W. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 1438.
17. Yang, W. J. Chem. Phys. 1991, 94, 1208.
18. Lee, T.-S.; York, D. M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1996, 105, 2744.
19. Zhao, Q. S.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1995, 102, 9598.
20. Li, X. P.; Nunes, W.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1993, 47, 10891.
21. Daw, M. Phys. Rev. B 1993, 47, 10895.
22. Millam, J. M.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1997, 106, 5569.
23. Li, X.; Millam, J. M.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 7651.
24. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
25. Singh, U. C.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 1986, 7, 718.
26. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
27. Gao, J.; Xia, X. Science 1992, 258, 631.
28. Stevensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357.
29. Castillo, R.; Andres, J.; Moliner, V. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 12140.
30. Varnai, P.; Richards, W. G.; Lyne, P. D. Proteins 1999, 37, 218.
31. Mullholland, A. J.; Lyne, P. D.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 534.
32. Ridder, L.; Mulholland, A. J.; Rietjens, I. M. C.; Vervoort, J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8728.
33. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. 2002, 106, 11791.
34. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1980.
35. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. 2004, 108, 3599.
36. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayashi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701.
37. Kitaura, K.; Sugiki, S.-I.; Nakano, T.; Komeiji, Y.; Uebayashi, M. Chem. Phys. Lett. 2001, 336, 163.
38. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6832.
39. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2004, 389, 129.
40. Imamura, A.; Aoki, Y.; Maekawa, K. J. Chem. Phys. 1991, 95, 5419.
41. Korchowiec, J.; Gu, F. L.; Imamura, A.; Kirtman, B.; Aoki, Y. Int. J. Quantum Chem. 2005, 102, 785.
42. Gadre, S. R.; Shirsat, R. N.; Limaye, A. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9165.
43. Babu, K.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2003, 484.
44. Babu, K.; Ganesh, V.; Gadre, S. R.; Ghermani, N. E. Theor. Chem. Acc. 2004, 111, 255.
45. Das, G. P.; Yeates, A. T.; Dudis, D. S. Int. J. Quantum Chem. 2004, 120, 6832.
46. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Int. J. Quantum Chem. 2005, 103, 808.
47. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599.
48. Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12039.
49. Gao, A. M.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H.; Zhang, Y. Chem. Phys. Lett. 2004, 394, 293.
50. Mei, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2.
51. He, X.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2005, 122, 12039.
52. Li, S.; Li, W.; Fang, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7215.
53. Deev, V.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 154102.
54. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Radom, L.; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 4796.
55. Benson, S. W.; Cohen, N. In Computational Thermochemistry: Prediction and Estimation of Molecular Thermodynamics; Irikura, K. K., Frurip, D. J., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 1998; p 20.
56. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, L; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.01. Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
57. Kekulé, A. Bull. Soc. Chim. 1865, 3, 98.
58. Mastropaolo, D.; Camerman, A.; Luo, Y.; Brayer, G. D.; Camerman, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 6920.