Combined fragmentation method: A simple method for fragmentation of large molecules

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 2, 2012, Pages 469-478

  Le, Hai Anh ^a   Tan, Hwee Jia ^a   Ouyang, John F ^a   Bettens, Ryan P A ^a  

^a NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84962467887     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200783n     Document Type: Article

References (81)

1. Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 1983, 100, 151
2. Saebø, S.; Pulay, P. J. Chem. Phys. 1988, 88, 1884
3. Saebø, S.; Pulay, P. Annu. Rev. Phys. Chem. 1993, 44, 213
4. Pulay, P.; Saebø, S.; Wolinski, K. Chem. Phys. Lett. 2001, 344, 543
5. Saebø, S.; Pulay, P. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3975
6. Linear-scaling Techniques in Computational Chemistry and Physics: Methods and Applications; Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics; Zalesny, R; Papadopoulos, M. G.; Mezey, P. G.; Leszczynski, J, Ed.; Springer: Hoboken, NJ, 2011; Vol. 13.
7. Adler, T. B.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 2009, 130, 241101
8. Schutz, M.; Werner, H. J. Chem. Phys. 2001, 114, 661
9. Schutz, M.; Werner, H. Chem. Phys. Lett. 2000, 318, 370
10. Schutz, M.; Hetzer, G.; Werner, H. J. Chem. Phys. 1999, 111, 5691
11. Subotnik, J. E.; Sodt, A.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 2008, 128, 034103
12. Schutz, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 3941
13. Walter, D.; Venkatnathan, A.; Carter, E. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8127
14. Venkatnathan, A.; Szilva, A.; Walter, D.; Gdanitz, R.; Carter, E. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1693
15. Chwee, T. S.; Szilva, A. B.; Lindh, R.; Carter, E. A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 224106
16. Peterson, K. A.; Adler, T. B.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 084102
17. Day, P.; Jensen, J.; Gordon, M.; Webb, S.; Stevens, W.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968
18. Gordon, M.; Freitag, M.; Bandyopadhyay, P.; Jensen, J.; Kairys, V.; Stevens, W. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 293
19. Gordon, M. S.; Mullin, J. M.; Pruitt, S. R.; Roskop, L. B.; Slipchenko, L. V.; Boatz, J. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9646
20. Gao, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 657
21. Xie, W.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1890
22. Lynch, B.; Truhlar, D. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3898
23. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357
24. Yang, W. Phys. Chem. Lett. 1991, 66, 1438
25. Parr, R.; Yang, W. Density-functional theory of atoms and molecules; International series of monographs on chemistry; Oxford University Press: Oxford, U.K., 1994.
26. Yang, W. T.; Lee, T. S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5674
27. Szekeres, Z.; Mezey, P. Mol. Phys. 2005, 103, 1013
28. Exner, T. E.; Mezey, P. G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 4061
29. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4301
30. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1980
31. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11791
32. Mezey, P. J. Math. Chem. 1995, 18, 141
33. Li, W.; Li, S.; Jiang, Y. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2193
34. Suarez, E.; Diaz, N.; Suarez, D. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1667
35. Gordon, M. S.; Fedorov, D. G.; Pruitt, S. R.; Slipchenko, L. V. Chem. Rev. 2012, 112, 632-672
36. Kitaura, K.; Sawai, T.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 312, 319
37. Fedorov, D. G.; Ishida, T.; Uebayasi, M.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2722
38. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 6904
39. Fedorov, D. G.; Jensen, J. H.; Deka, R. C.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 11808
40. Fedorov, D. G.; Slipchenko, L. V.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8742
41. Fedorov, D.; Kitaura, K. The fragment molecular orbital method: practical applications to large molecular systems; CRC Press, Taylor & Francis: Boca Raton, FL, 2009.
42. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1
43. Dahlke, E. E.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 33
44. Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1573
45. Sorkin, A.; Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 683
46. Steinmann, C.; Fedorov, D. G.; Jensen, J. H. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8705
47. Babu, K.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2003, 24, 484
48. Babu, K.; Ganesh, V.; Gadre, S. R.; Ghermani, N. E. Theor. Chem. Acc. 2004, 111, 255
49. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Int. J. Quantum Chem. 2005, 103, 808
50. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 772
51. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 447
52. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599
53. Zhang, D. W.; Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1846
54. Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Gao, A. M.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1145
55. Zhang, D.; Zhang, J. J. Chem. Theory Comput. 2004, 3, 43
56. Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Theor. Comput. Chem. 2004, 3, 277
57. Collins, M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104
58. Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 024104
59. Addicoat, M. A.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2009, 131, 104103
60. Bettens, R. P. A; Lee, A. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8777
61. Lee, A. M.; Bettens, R. P. A J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5111
62. Le, H.-A.; Lee, A. M.; Bettens, R. P. A J. Phys. Chem. A 2009, 113, 10527
63. Ganesh, V.; Dongare, R. K.; Balanarayan, P.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104109
64. Hua, S.; Hua, W.; Li, S. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8126
65. Jiang, N.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114112
66. Deev, V.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 154102
67. Bettens, R. P. A; Lee, A. M. Chem. Phys. Lett. 2007, 449, 341
68. Stone, A. J.; Alderton, M. Mol. Phys. 1985, 56, 1047
69. Stone, A. J. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1128
70. Le, H.-A.; Bettens, R. P. A J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 921
71. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09 Revision A.1. Gaussian Inc.: Wallingford CT, 2009.
72. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235
73. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8124
74. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14065
75. Ireta, J.; Neugebauer, J.; Scheffler, M.; Rojo, A.; Galvan, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 1432
76. Tkatchenko, A.; Rossi, M.; Blum, V.; Ireta, J.; Scheffler, M. Phys. Chem. Lett. 2011, 106, 118102
77. Wu, Y.; Zhao, Y. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5313
78. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117
79. Scalmani, G.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. A 2010, 132, 114110
80. Mei, Y.; Ji, C.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 094906
81. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14198