An efficient implementation of the generalized energy-based fragmentation approach for general large molecules

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 114, Issue 31, 2010, Pages 8126-8134

  Hua, Shugui ^a   Hua, Weijie ^a,b   Li, Shuhua ^a  

^a NANJING UNIVERSITY   (China)

^b ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AB INITIO; DFT CALCULATION; EFFICIENT IMPLEMENTATION; FRAGMENTATION PROCESS; FUSED AROMATIC RINGS; GROUND-STATE ENERGIES; HARTREE-FOCK; MOLECULAR PROPERTIES; OPTIMIZED STRUCTURES; SUPER MOLECULES;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; FUNCTIONAL GROUPS; KINETIC ENERGY; NUCLEIC ACIDS; OPTIMIZATION; QUANTUM CHEMISTRY;

MOLECULES;

AROMATIC HYDROCARBON; NUCLEIC ACID; PROTEIN;

ALGORITHM; ARTICLE; BINDING SITE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

ALGORITHMS; BINDING SITES; HYDROCARBONS, AROMATIC; HYDROGEN BONDING; MODELS, CHEMICAL; NUCLEIC ACIDS; PROTEINS; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

EID: 77955602217     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp103074f     Document Type: Article

References (69)

1. Yang, W. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 1438
2. Scuseria, G. E. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 4782
3. Millam, J. M.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1997, 106, 5569
4. Li, X. P.; Nunes, R. W.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1993, 47, 10891
5. Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 1983, 100, 151
6. Saebø, S.; Pulay, P. Annu. Rev. Phys. Chem. 1993, 44, 213
7. Hampel, C.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6286
8. Ayala, P. Y.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 3660
9. Scuseria, G. E.; Ayala, P. Y. J. Chem. Phys. 1999, 111, 8330
10. Almlöf, J. Chem. Phys. Lett. 1991, 181, 319
11. Head-Gordon, M.; Maslen, P. E.; White, C. A. J. Chem. Phys. 1998, 108, 616
12. Nakao, Y.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6375
13. Förner, W.; Ladik, J.; Otto, P.; Čižek, J. Chem. Phys. 1985, 97, 251
14. Li, S.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Comput. Chem. 2002, 23, 237
15. Li, S.; Shen, J.; Li, W.; Jiang, Y. J. Chem. Phys. 2006, 125 074109
16. Subotnik, J. E.; Sodt, A.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 2006, 125 074116
17. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4301
18. He, X.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2005, 122 031103
19. Chen, X.; Zhang, Y.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2005, 122, 184105
20. Chen, X.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2006, 125 044903
21. Li, W.; Li, S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 194109
22. Gu, F. L.; Aoki, Y.; Korchowiec, J.; Imamura, A.; Kirtman, B. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10385
23. Akama, T.; Kobayashi, M.; Nakai, H. J. Comput. Chem. 2007, 28, 2003
24. Kobayashi, M.; Nakai, H. Int. J. Quantum Chem. 2009, 109, 2227
25. Kobayashi, M.; Imamura, Y.; Nakai, H. J. Chem. Phys. 2007, 127 074103
26. Kobayashi, M.; Nakai, H. J. Chem. Phys. 2009, 127 074103
27. Nagata, T.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2009, 131 024101
28. Li, H.; Fedorov, D. G.; Nagata, T.; Kitaura, K.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Comput. Chem. 2010, 31, 778
29. Fedorov, D. G.; Ishimura, K.; Ishida, T.; Kitaura, K.; Pulay, P.; Nagase, S. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1476
30. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6832
31. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2005, 122, 134103
32. Hirata, S.; Valiev, M.; Dupuis, M.; Xantheas, S. S.; Sugiki, S.; Sekino, H. Mol. Phys. 2005, 103, 2255
33. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2009, 131, 171106
34. Morita, S.; Sakai, S. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1107
35. Sakai, S.; Morita, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8424
36. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46
37. Li, W.; Li, S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 6649
38. Li, S.; Li, W.; Fang, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7215
39. Jiang, N.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114112
40. Li, W.; Li, S.; Jiang, Y. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2193
41. Li, S.; Li, W. Annu. Rep. Prog. Chem., Sect. C 2008, 104, 256
42. Li, W.; Dong, H.; Li, S. Progress in Theoretical Chemistry and Physics; Springer-Verlag: Berlin and Heidelberg, Germany, 2008; Vol. 18, p 289.
43. Hua, W.; Fang, T.; Li, W.; Yu, J.; Li, S. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 10864
44. Dong, H.; Hua, S.; Li, S. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 1335
45. Li, W.; Hua, W.; Fang, T.; Li, S. In Computational Methods for Large Systems: Electronic Structure Approaches for Biotechnology and Nanotechnology; Reimers, J. R., Ed., 2010, in press.
46. Deev, V.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 154102
47. Collins, M. A.; Deev, V. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104
48. Collins, M. A.; Heather, M. N. J. Chem. Phys. 2007, 127, 134113
49. Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127 024104
50. Mullin, J. M.; Roskop, L. B.; Pruitt, S. R.; Collins, M. A. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 10040
51. Collins, M. A.; Addicoat, M. A. J. Chem. Phys. 2009, 131, 104103
52. Řezáć, J.; Salahub, D. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 91
53. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8777
54. Lee, A. M.; Bettens, R. P. A. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5111
55. Le, H. A.; Lee, A. M.; Bettens, R. P. A. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 10527
56. Ganesh, V.; Dongare, R. K.; Balanarayan, P.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104109
57. Gadre, S. R.; Ganesh, V. J. Theor. Comput. Chem. 2006, 5, 835
58. Ganesh, V.; Kavathekar, R.; Rahalkar, A.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2008, 29, 488
59. Kavathekar, R.; Khire, S.; Ganesh, V.; Rahalkar, A. P.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1167
60. Rahalkar, A. P.; Ganesh, V.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2008, 129, 234101
61. Yeole, S. D.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2010, 132 094102
62. Foster, J. P.; Weinhold, F. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 7211
63. Reed, A. E.; Weinstock, R. B.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 735
64. Li, S.; Li, W.; Fang, T.; Ma, J.; Hua, W.; Hua, S.; Jiang, Y. Low-Scaling Quantum Chemistry (LSQC); Version 2.0.: Nanjing University: Nanjing, 2010.
65. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision D.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
66. http://ndbserver.rutgers.edu/.
67. http://www.rcsb.org/.
68. http://www.ccdc.cam.ac.uk/.
69. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A. E.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C. E. A. F.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9; University of California: San Francisco, 2006.