Molecular tailoring approach in conjunction with MP2 and RI-MP2 codes: A comparison with fragment molecular orbital method

Journal of Computational Chemistry

Volumn 31, Issue 13, 2010, Pages 2405-2418

  Rahalkar, Anuja P ^a,b   Katouda, Michio ^b   Gadre, Shridhar R ^a,b   Nagase, Shigeru ^b  

^a UNIVERSITY OF PUNE   (India)

^b INSTITUTE FOR MOLECULAR SCIENCE   (Japan)

Author keywords

Divide and conquer (DC); Fragment molecular orbital (FMO); M ller Plesset second order perturbation theory (MP2); Molecular tailoring approach (MTA); Resolution of identity MP2 (RI MP2) method

Indexed keywords

DIVIDE AND CONQUER; FRAGMENT MOLECULAR ORBITAL; MOLECULAR TAILORING; RESOLUTION OF IDENTITY MP2 (RI-MP2) METHOD; SECOND ORDER PERTURBATION THEORY;

ERRORS; MOLECULAR MODELING; MOLECULAR ORBITALS;

PERTURBATION TECHNIQUES;

ARTICLE; COMPARATIVE STUDY; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY;

MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; QUANTUM THEORY;

EID: 77957573184     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21533     Document Type: Article

References (70)

1. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petresson, P G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador; P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al- Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C. 02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
2. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A.; J Comput Chem 1993, 14 1347. For further details, see; Available at: http:// www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html. [accessed on 10 November 2009]
3. TURBOMOLE V6.0 2009, a development of University of Karlsruhe and Forschungszentrum Karlsruhe GmbH, 1989-2007, TURBOMOLE GmbH, since 2007; Available at: http://www.turbomole.com.
4. Shirsat, R. N.; Limaye, A. C.; Gadre, S. R. J Comput Chem 1993, 14 445.
5. Gadre, S. R.; Kulkarni, S. A.; Limaye, A. C.; Shirsat, R. N. Zeit Phys-D: Atoms Mol Clust 1991, 18 357.
6. Limaye, A. C.; Gadre, S. R. J Chem Phys 1994, 100 1303.
7. Ishimura, K; Pulay, P.; Nagase, S. J Comput Chem 2006, 27 407.
8. Ishimura, K.; Pulay, P.; Nagase, S. J Comput Chem 2007, 28 2034.
9. Feyereisen, M.; Fitzgerald, G.; Komornicki, A. Chem Phys Lett 1993, 208 359.
10. Weigend, F.; Köhn, A.; Häser, M.; Patzelt, H.; Ahlrichs, R. Chem Phys Lett 1998, 294 143.
11. Weigend, F.; Köhn, A.; Häser, M. J Chem Phys 2002, 116 3175.
12. Bernholdt, D. E.; Harrison, R. J. J Chem Phys 1998, 109 1593.
13. Weigend, F.; Häser, M. Theor Chem Acc 1997, 97 331.
14. Bernholdt, D. E. Parallel Comp 2000, 26 945.
15. Hättig, C.; Hellweg, A.; Köhn, A. Phys Chem Chem Phys 2006, 8 1159.
16. Katouda, M.; Nagase, S. Int J Quant Chem 2009, 109 2121.
17. Mulliken, R. S.; Roothaan, C. C. J Proc Nat Acad Sci (USA) 1959, 45 394.
18. Clementi, E. Proc Nat Acad Sci (USA) 1972, 69 2942.
19. Shipman, L. L.; Christoffersen, R. E. Proc Nat Acad Sci (USA) 1972, 69 3301.
20. Mark, D.; Nitzsche, L. E.; Christoffersen, R. E. J Am Chem Soc 1977, 100 1371.
21. Petke, J. D.; Maggiora, G. M.; Christoffersen, R. E. Biophys J 1977, 17 A232.
22. Spangler, D.; Christoffersen, R. E. Int J Quant Chem 1980, 17 1075.
23. Yang, W. Phys Rev Lett 1991, 66 1432.
24. Yang, W. Phys Rev A 1991, 44 4823.
25. Lee, C.; Yang, W. J Chem Phys 1992, 96 2408.
26. Lu, J.P.; Yang, W. Phys Rev B 1994, 49 11421.
27. York, D.; Lu, J.P.; Yang, W. Phys Rev B 1994, 49 8526.
28. Zhao, Q.; Yang, W. J Chem Phys 1995, 102 9598.
29. Yang, W.; Lee, T.-S. J Chem Phys 1995, 103 5674.
30. Kohn, W.; Phys Rev Lett 1996, 76 3168.
31. Gadre, S. R.; Shirsat, R. N.; Limaye, A. C. J Phys Chem 1994, 98 9165.
32. Babu, K.; Gadre, S. R. J Comp Chem 2003, 24 484.
33. Babu, K.; Ganesh, V.; Gadre, S.R.; Ghermani, N.-E. Theor Chem Acc 2004, 111 255.
34. Gadre, S. R.; Ganesh, V. J Theoret Comput Chem 2006, 5 835.
35. Ganesh, V.; Dongare R.K.; Balanarayan, P.; Gadre, S.R. J Chem Phys 2006, 125 104109.
36. Rahalkar, A. P.; Ganesh V.; Gadre, S. R. J Chem Phys 2008, 129 234101.
37. Ganesh, V.; The package MeTA Studio. See J Comp Chem 2009, 30, 661. The package is available at:http://code.google.com/p/metastudio/
38. The package WebMTA, see Kavathekar, R.; Khire, S.; Ganesh, V.; Rahalkar A.P.; Gadre, S.R., J Comp Chem 2009, 30, 1167. The package is available for free academic use at http://chem.unipune. ernet.in/-tcg/mtaweb
39. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebaysi, M. Chem Phys Lett 1999, 313 701.
40. Nakano, T.; Kaminuma, T.; Sato, T.; Akiyama, Y.; Uebaysi, M.; Kitaura, K. Chem Phys Lett 2000, 318 614.
41. Kitaura, K; Sugiki S.-I.; Nakano, T.; Komeiji, Y.; Uebaysi, M. Chem Phys Lett 2001, 336 163.
42. Fedorov, D.G.; Kitaura, K. J Chem Phys 2004, 120 6832.
43. Sawada, T.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Int J Quant Chem 2009, 109 2033.
44. Murata, K.; Fedorov, D. G.; Nakanishi, I.; Kitaura, K. J Phys Chem B 2009, 113 809.
45. Fedorov, D. G.; Jensen, J. H.; Deka, R. C.; Kitaura, K. J Phys Chem A 2008, 112, 11808.
46. Li, S.; Ma, J.; Jiang, Y. J Comp Chem 2002, 23, 237.
47. Li, S.; Shen, J.; Shen, J.; Li, Y.; Jiang, Y. J Chem Phys 2006, 125, 074109.
48. Li, W.; Li, S. J Chem Phys 2004, 121 6649.
49. Li, S.; Li, W.; Fang, T. J Am Chem Soc 2005, 127 7215.
50. Li, W.; Fang, T.; Li, S. J Chem Phys 2006, 124, 154102.
51. Huo, W.; Fang, T.; Li, W.; Yu, J. G.; Li, S.; J Phys Chem A 2008, 112, 10864.
52. Deev, V.; Collins, M. A. J Chem Phys 2005, 122, 154102.
53. Collins, M. A.; Deev, V. J Chem Phys 2006, 125, 104104.
54. Collins, M. A. J Chem Phys 2007, 127, 024104.
55. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. Chem Phys Lett 2007, 449 341.
56. Bettens R. P. A.; Lee A. M. J Phys Chem A 2006, 110 8777.
57. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J Chem Phys 2003, 119 3599.
58. Xiang, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J Comp Chem 2004, 25 1431.
59. Gao, A. M.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H.; Zhang, Y. Chem Phys Lett 2004, 394 293.
60. Chen, X.; Zhang, Y.; Zhang, J. Z. H. J Chem Phys 2005, 122 184.
61. Akama, T.; Kobayashi, M.; Nakai, H. J Comp Chem 2007, 28, 2003.
62. Akama, T.; Fujii, A.; Kobayashi, M.; Nakai, H. Mol Phys 2007, 105, 2799.
63. Akama, T.; Kobayashi, M.; Nakai, H. Int J Quant Chem 2009, 109 2706.
64. Kobayashi, M.; Akama, T.; Nakai, H. J Chem Phys 2006, 125, 204106.
65. Kobayashi, M.; Nakai, H. J Chem Phys 2008, 129, 044103.
66. Kobayashi, M.; Nakai, H. Int J Quant Chem 2009, 109 2227.
67. Kobayashi, M.; Nakai, H. J Chem Phys 2009, 131, 114108.
68. Fedorov, D. G.; Ishimura, K.; Ishida, T.; Kitaura, K.; Pulay, P.; Nagase, S. J Comp Chem 2007, 28 1476.
69. Elango, M.; Subramanian, V.; Rahalkar, A. P.; Gadre, S. R.; Sathyamurthy, N. J Phys Chem A 2008, 112 7699.
70. Kitaura, K.; Sugiki S.-I.; Nakano, T.; Komeiji, Y.; Uebaysi, M. Chem Phys Lett 1999, 336 163.