Fragment density functional theory calculation of NMR chemical shifts for proteins with implicit solvation

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 21, 2012, Pages 7837-7845

  Zhu, Tong ^a   He, Xiao ^a   Zhang, John Z H ^a,b  

^a EAST CHINA NORMAL UNIVERSITY   (China)

^b NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; CARBON; HYDROGEN; IGG FC BINDING PROTEIN, STREPTOCOCCUS; IGG FC-BINDING PROTEIN, STREPTOCOCCUS; NITROGEN; SOLVENT; UBIQUITIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; GAS; HUMAN; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; QUANTUM THEORY;

BACTERIAL PROTEINS; CARBON ISOTOPES; GASES; HUMANS; HYDROGEN; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NITROGEN ISOTOPES; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; QUANTUM THEORY; SOLVENTS; UBIQUITIN;

EID: 84861137830     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp23746f     Document Type: Article

References (58)

1. K. Wuethrich, NMR of Proteins and Nucleic Acids, Wiley, New York, 1986
2. A. H. Kwan M. Mobli P. R. Gooley G. F. King J. P. Mackay FEBS J. 2011 278 687 703
3. P. Robustelli A. Cavalli M. Vendruscolo Structure 2008 16 1764 1769
4. T. van Mourik J. Chem. Phys. 2006 125 191101
5. T. S. Ulmer B. E. Ramirez F. Delaglio A. Bax J. Am. Chem. Soc. 2003 125 9179 9191
6. G. Cornilescu B. E. Ramirez M. K. Frank G. M. Clore A. M. Gronenborn A. Bax J. Am. Chem. Soc. 1999 121 6275 6279
7. G. P. F. Wood U. Rothlisberger J. Chem. Theory Comput. 2011 7 1552 1563
8. Y. Shen O. Lange F. Delaglio P. Rossi J. M. Aramini G. Liu A. Eletsky Y. Wu K. K. Singarapu A. Lemak A. Ignatchenko C. H. Arrowsmith T. Szyperski G. T. Montelione D. Baker A. Bax Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 4685 4690
9. M. Tang L. J. Sperling D. A. Berthold C. D. Schwieters A. E. Nesbitt A. J. Nieuwkoop R. B. Gennis C. M. Rienstra J. Biomol. NMR 2011 51 227 233
10. B. J. Wylie L. J. Sperling A. J. Nieuwkoop W. T. Franks E. Oldfield C. M. Rienstra Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 16974 16979
11. F. Avbelj D. Kocjan R. L. Baldwin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 17394 17397
12. W. Kutzelnigg J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1989 202 11 61
13. M. Bühl T. van Mourik Wires Comput. Mol. Sci. 2011 1 634 647
14. F. A. A. Mulder M. Filatov Chem. Soc. Rev. 2010 39 578 590
15. B. Han Y. Liu S. W. Ginzinger D. S. Wishart J. Biomol. NMR 2011 50 43 57
16. S. Neal A. M. Nip H. Zhang D. S. Wishart J. Biomol. NMR 2003 26 215 240
17. X. P. Xu D. A. Case J. Biomol. NMR 2001 21 321 333
18. Y. Shen A. Bax J. Biomol. NMR 2010 48 13 22
19. A. C. de Dios E. Oldfield Chem. Phys. Lett. 1993 205 108 116116
20. A. C. de Dios J. G. Pearson E. Oldfield Science 1993 260 1491 1496
21. A. C. de Dios Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1996 29 229 278
22. J. C. Facelli and A. C. de Dios, Modeling NMR chemical shifts: gaining insights into structure and environment, Oxford University Press, Oxford, 1999
23. H. Saito I. Ando A. Ramamoorthy Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2010 57 181 228
24. J. C. Facelli Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2011 58 176 201
25. Q. Cui M. Karplus J. Phys. Chem. B 2000 104 3721 3743
26. A. Frank I. Onila H. M. Möller T. E. Exner Proteins 2011 79 2189 2202
27. Q. Gao S. Yokojima D. G. Fedorov K. Kitaura M. Sakurai S. Nakamura J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1428 1444
28. Q. Gao S. Yokojima T. Kohno T. Ishida D. G. Fedorov K. Kitaura M. Fujihira S. Nakamura Chem. Phys. Lett. 2007 445 331 339
29. X. He B. Wang K. M. Merz J. Phys. Chem. B 2009 113 10380 10388
30. A. Møgelhøj K. Aidas K. V. Mikkelsen J. Kongsted Chem. Phys. Lett. 2008 460 129 136
31. J. Kongsted B. Mennucci J. Phys. Chem. A 2007 111 9890 9900
32. S. Irani M. Monajjemi B. Honarparvar S. Atyabi M. Sadeghizadeh Int. J. Nanomed. 2011 6 213 218
33. M. Dracinsky P. Bour J. Chem. Theory Comput. 2010 6 288 299
34. B. Mennucci J. M. Martinez J. Tomasi J. Phys. Chem. A 2001 105 7287 7296
35. M. Witanowski Z. Biedrzycka W. Sicinska Z. Grabowski J. Magn. Reson. 1998 131 54 60
36. M. Witanowski W. Sicinska Z. Biedrzycka G. A. Webb J. Mol. Struct. 1996 380 133 137
37. M. Witanowski W. Sicinska Z. Biedrzycka G. A. Webb J. Mol. Struct. 1997 404 267 271
38. K. Wolinski J. F. Hinton P. Pulay J. Am. Chem. Soc. 1990 112 8251 8260
39. J. R. Cheeseman G. W. Trucks T. A. Keith M. J. Frisch J. Chem. Phys. 1996 104 5497 5510
40. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. J. Montgomery, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamao, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, Gaussian 09, revision B.01, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2010
41. S. L. Dixon, A. van der Vaart, V. Gogonea, M. Vincent, E. N. Brothers, D. Suarez, L. M. Westerhoff and K. M. Merz, Jr., DivCon, The Pennsylvania State University, University Park, PA, 1999
42. O. Tapia O. Goscinski Mol. Phys. 1975 29 1653 1661
43. T. H. Zhu J. B. Li G. D. Hawkins C. J. Cramer D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 1998 109 9117 9133
44. J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 1989 10 221 264
45. D. A. Case T. E. Cheatham T. Darden H. Gohlke R. Luo K. M. Merz A. Onufriev C. Simmerling B. Wang R. J. Woods J. Comput. Chem. 2005 26 1668 1688
46. J. A. Vila Y. A. Arnautova O. A. Martin H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 16972 16977
47. T. Helgaker M. Jaszunski K. Ruud Chem. Rev. 1999 99 293 352
48. S. Moon D. A. Case J. Comput. Chem. 2006 27 825 836
49. A. Gregusova S. A. Perera R. J. Bartlett J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1228 1239
50. J. Gauss J. F. Stanton J. Chem. Phys. 1995 103 3561 3577
51. A. De Simone A. Cavalli S.-T. D. Hsu W. Vranken M. Vendruscolo J. Am. Chem. Soc. 2009 131 16332 16333
52. K. J. Kohlhoff P. Robustelli A. Cavalli X. Salvatella M. Vendruscolo J. Am. Chem. Soc. 2009 131 13894 13895
53. A. Cavalli X. Salvatella C. M. Dobson M. Vendruscolo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 9615 9620
54. Y. Shen R. Vernon D. Baker A. Bax J. Biomol. NMR 2009 43 63 78
55. J. Meiler D. Baker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 15404 15409
56. R. Bonneau C. E. M. Strauss C. A. Rohl D. Chivian P. Bradley L. Malmstrom T. Robertson D. Baker J. Mol. Biol. 2002 322 65 78
57. S. S. Tang D. A. Case J. Biomol. NMR 2011 51 303 312
58. B. Wang, X. He and K. M. Merz, submitted