Distributed multipoles and energies of flexible molecules

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 4, 2011, Pages 921-930

  Le, Hai Anh ^a   Bettens, Ryan P A ^a  

^a NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79954483680     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100683u     Document Type: Article

References (80)

1. Stone, A. J.; Alderton, M. Mol. Phys. 1985, 56, 1047-1064
2. Stone, A. J. J. Chem. Theo. Comput. 2005, 1, 1128-1132
3. Kosov, D. S.; Popelier, P. L. A. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 7339-7345
4. Whitehead, C. E.; Breneman, C. M.; Sukumar, N.; Ryan, M. D. J. Comput. Chem. 2003, 24, 512-529
5. Sokalski, W. A.; Poirier, R. A. Chem. Phys. Lett. 1983, 98, 86-92
6. Sokalski, W. A.; Sawaryn, A. J. Chem. Phys. 1987, 87, 526-534
7. Koch, U.; Stone, A. J. J. Chem. Soc. Faraday Trans. 1996, 92, 1701-1708
8. Brodersen, S.; Wilke, S.; Leusen, F. J. J.; Engel, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 4923-4931
9. Koch, U.; Popelier, P. L. A.; Stone, A. J. Chem. Phys. Lett. 1995, 238, 253-260
10. Karamertzanis, P. G.; Price, S. L. J. Chem. Theo. Comput. 2006, 2, 1184-1199
11. Price, S. L.; Leslie, M.; Welch, G. W. A.; Habgood, M.; Price, L. S.; Karamertzanis, P. G.; Day, G. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 8478-8490
12. Ren, P. Y.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1497-1506
13. Ren, P. Y.; Ponder, J. W. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5933-5947
14. Liang, T.; Walsh, T. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 4410-4419
15. Ischtwan, J.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 1994, 100, 8080-8088
16. Collins, M. A. Theo. Chem. Acc. 2002, 108, 313-324
17. Bettens, R. P. A.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 1999, 111, 816-826
18. Thompson, K. C.; Jordan, M. J. T.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 1998, 108, 8302-8316
19. Devereux, M.; Popelier, P. L. A.; McLay, I. M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1300-1318
20. Rahalkar, A. P.; Ganesh, V.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2008, 129, 234101.
21. Ganesh, V.; Dongare, R. K.; Balanarayan, P.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104109.
22. Gadre, S. R.; Shirsat, R. N.; Limaye, A. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9165-9169
23. Babu, K.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2003, 24, 484-495
24. Babu, K.; Ganesh, V.; Gadre, S. R.; Ghermani, N. E. Theo. Chem. Acc. 2004, 111, 255-263
25. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599-3605
26. Mei, Y.; Ji, C.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 094906.
27. Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 044903.
28. Chen, X. H.; Zhang, Y. K.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2005, 122, 184105.
29. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. Int. J. Quantum Chem. 2005, 103, 246-257
30. He, X.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2005, 122.
31. Mei, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2-5
32. Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Theo. Comput. Chem. 2004, 3, 277-289
33. Gao, A.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H.; Zhang, Y. K. Chem. Phys. Lett. 2004, 394, 293-297
34. Xiang, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1431-1437
35. Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11386-11391
36. Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Gao, A. M.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1145-1148
37. Chen, X. H.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 839-844
38. Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12039-12041
39. Zhang, D. W.; Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1846-1852
40. Li, S. H.; Li, W.; Fang, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7215-7226
41. Dong, H.; Hua, S.; Li, S. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 1335-1342
42. Li, W.; Dong, H.; Li, S. Relative Energies of Proteins and Water Clusters Predicted with the Generalized Energy-Based Fragmentation Approach. 12th European Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics, London, England, August 30-September 5, 2007; Springer: 2008.
43. Hua, W.; Fang, T.; Li, W.; Yu, J.-G.; Li, S. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 10864-10872
44. Li, H.; Li, W.; Li, S.; Ma, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7061-7070
45. Li, W.; Li, S.; Jiang, Y. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2193-2199
46. Li, W.; Fang, T.; Li, S. H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 154102.
47. Deev, V.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 154102.
48. Collins, M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104.
49. Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 024104.
50. Netzloff, H. M.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 134113.
51. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8777-8785
52. Lee, A. M.; Bettens, R. P. A. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5111-5115
53. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. Chem. Phys. Lett. 2007, 449, 341-346
54. Le, H.-A.; Lee, A. M.; Bettens, R. P. A. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 10527-10533
55. Yang, W. T.; Lee, T. S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5674-5678
56. Nakano, T.; Kaminuma, T.; Sato, T.; Akiyama, Y.; Uebayasi, M.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2000, 318, 614-618
57. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 6904-6914
58. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. J.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363
59. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11791-11800
60. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1980-1986
61. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4301-4309
62. Exner, T. E.; Mezey, P. G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 4061-4069
63. Eckard, S.; Exner, T. E. Int. J. Res. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 220, 927-944
64. Stone, A. J. The Theory of Intermolecular Forces; Clarendon: Oxford, U.K., 2002.
65. Frankcombe, T. J.; Collins, M. A.; Worth, G. A. Chem. Phys. Lett. 2010, 489, 242-247
66. Cao, J. W.; Zhang, Z. J.; Zhang, C. F.; Liu, K.; Wang, M. H.; Bian, W. S. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 13180-13185
67. Wu, T.; Werner, H. J.; Manthe, U. J. Chem. Phys. 2006, 124, 164307.
68. Bettens, R. P. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 584-587
69. Yagi, K.; Oyanagi, C.; Taketsugu, T.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2003, 118, 1653-1660
70. Kazantsev, A. V.; Karamertzanis, P. G.; Pantelides, C. C.; Adjiman, C. S. In Molecular Systems Engineering; Adjiman, C. S.; Galindo, A., Eds.; Wiley: Weinheim, Germany, 2010; Vol. 6.
71. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.;; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
72. Prim, R. C. Bell Syst. Tech. J. 1957, 1389-1401
73. Jarník, V. Acta Soc. Sci. Nat. Moravicae 1930, 6, 57-63
74. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242
75. Bondi, A. J. Phys. Chem. 1964, 68, 441-451
76. Connolly, M. L. J. Appl. Crystallogr. 1983, 16, 548-558
77. Bayly, C.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280
78. Thompson, K. C.; Collins, M. A. J. Chem. Soc. Faraday Trans. 1997, 93, 871-878
79. Moyano, G. E.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9769-9775
80. Jordan, M. J. T.; Thompson, K. C.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 5647-5657