Combining quantum mechanics methods with molecular mechanics methods in ONIOM

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 2, Issue 3, 2006, Pages 815-826

  Vreven, Thom ^a,b   Byun, K Suzie ^b   Komáromi, István ^b,c   Dapprich, Stefan ^b   Montgomery, John A ^a   Morokuma Jr , Keiji ^b   Frisch, Michael J ^a  

^a GAUSSIAN INC   (United States)

^b EMORY UNIVERSITY   (United States)

^c UNIVERSITY OF DEBRECEN   (Hungary)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33746381417     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct050289g     Document Type: Article

References (48)

1. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249.
2. Maseras, F.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1170-1179.
3. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700-733.
4. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 718-730.
5. Dapprich, S.; Komáromi, I.; Byun, K. S.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1999, 461-462, 1-21.
6. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357-19363.
7. Vreven, T.; Mennucci, B.; da Silva, C. O.; Morokuma, K.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 62-72.
8. Karadakov, P. B.; Morokuma, K. Chem. Phys. Lett. 2000, 317, 589-596.
9. Rega, N.; Iyengar, S. S.; Voth, G. A.; Schlegel, H. B.; Vreven, T.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4210-4220.
10. Humbel, S.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1959-1967.
11. Vreven, T.; Morokuma, K. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 125-132.
12. Vreven, T.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1419-1432.
13. Hopkins, B. W.; Tschumper, G. S. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1563.
14. Warshel, A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 425-443.
15. Ujaque, G.; Maseras, F. Structure Bonding 2004, 112, 117-149.
16. Gao, J. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; VCH Publishers: New York, 1996; Vol. 7, pp 119-301.
17. Froese, R. D. J.; Morokuma, K. In Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R., Allinger, N. L., Kollman, P. A., Clark, T., Schaefer, H. F., III, Gasteiger, J., Schreiner, P. R., Eds.; Wiley: Chichester, 1998; Vol. 2, pp 1244-1257.
18. Gao, J. In Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R., Allinger, N. L., Kollman, P. A., Clark, T., Schaefer, H. F., III, Gasteiger, J., Schreiner, P. R., Eds.; Wiley: Chichester, 1998; Vol. 2, pp 1257-1263.
19. Merz, K. M.; Stanton, R. V. In Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R., Allinger, N. L., Kollman, P. A., Clark, T., Schaefer, H. F., III, Gasteiger, J., Schreiner, P. R., Eds.; Wiley: Chichester, 1998; Vol. 4, pp 2330-2343.
20. Ruiz-López, M. F.; Rivail, J. L. In Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R., Allinger, N. L., Kollman, P. A., Clark, T., Schaefer, H. F., III, Gasteiger, J., Schreiner, P. R., Eds.; Wiley: Chichester, 1998; Vol. 1.
21. Tomasi, J.; Pomelli, C. S. In Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R., Allinger, N. L., Kollman, P. A., Clark, T., Schaefer, H. F., III, Gasteiger, J., Schreiner, P. R., Eds.; Wiley: Chichester, 1998; Vol. 4, pp 2343-2350.
22. Vreven, T.; Morokuma, K. Ann. Rep. Comput. Chem., in press.
23. Derat, E.; Bouquant, J.; Humbel, S. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2003, 632, 61-69.
24. Thery, V.; Rinaldi, D.; Rivail, J. L.; Maigret, B.; Ferenczy, G. G. J. Comput. Chem. 1994, 15, 269-282.
25. Reuter, N.; Dejaegere, A.; Maigret, B.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 1720-1735.
26. Gao, J.; Amara, P.; Alhambra, C.; Field, M. J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 4714-4721.
27. Nicoll, R. M.; Hindle, S. A.; MacKenzie, G.; Hillier, I. H.; Burton, N. A. Theor. Chem. Acc. 2000, 106, 105-112.
28. Koga, N.; Morokuma, K. Chem. Phys. Lett. 1990, 172, 243-248.
29. Antes, I.; Thiel, W. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9290-9295.
30. Zhang, Y. K.; Lee, T. S.; Yang, W. T. J. Chem. Phys. 1999, 110, 46-54.
31. DiLabio, G. A.; Hurley, M. M.; Christiansen, P. A. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9578-9584.
32. Bakowies, D.; Thiel, W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10580-10594.
33. Vreven, T. Manuscript in preparation.
34. Vreven, T. Manuscript in preparation.
35. Vreven, T.; Frisch, M. J.; Kudin, K. N.; Schlegel, H. B.; Morokuma, K. Mol. Phys. 2006, 104, 701-714.
36. Vreven, T.; Morokuma, K.; Farkas, Ö.; Schlegel, H. B.; Frisch, M. J. J. Comput. Chem. 2003, 24, 760-769.
37. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03 Revision C.02 ed.; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
38. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian Development Version Revision C.01 ed.; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
39. Swart, M. Int. J. Quantum Chem. 2002, 91, 177-183.
40. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
41. Kudin, K. N.; Scuseria, G. E. Chem. Phys. Lett. 1998, 283, 61-68.
42. Strain, M. C.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. Science 1996, 271, 51.
43. Greengard, L. The rapid evaluation of potential fields in particle systems; MIT Press: Cambridge, MA, 1988.
44. Greengard, L.; Rokhlin, V. J. Comput. Phys. 1987, 73, 325.
45. Strajbl, M.; Hong, G.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 13333-13343.
46. Amara, P.; Field, M. J. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 43-52.
47. Das, D.; Eurenius, K. P.; Billings, E. M.; Sherwood, P.; Chatfield, D. C.; Hodoscek, M.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10534-10547.
48. Lin, H.; Trulahr, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3991-4004.