Dimers of dimers (DOD): A new fragment-based method applied to large water clusters

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 1, 2014, Pages 58-67

  Saha, Arjun ^a   Raghavachari, Krishnan ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84892562037     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400472v     Document Type: Article

References (91)

1. Raghavachari, K.; Trucks, G. W. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 6
2. He, X.; Merz, K. M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 405-411
3. Kobayashi, M.; Nakai, H. J. Chem. Phys. 2009, 131, 114108
4. Kobayashi, M.; Imamura, Y.; Nakai, H. J. Chem. Phys. 2007, 127, 074103
5. Saravanan, C.; Shao, Y.; Baer, R.; Ross, P. N.; Head-Gordon, M. J. Comput. Chem. 2003, 24, 618
6. Strain, M. C.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J, Science 1996, 271, 51
7. Burant; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 8969
8. Fujimoto, H.; Koga, N.; Fukui, K. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 7452-7457
9. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 6904-6914
10. Pruitt, S. R.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K.; Gordon, M. S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1-5
11. Yeole, S. D.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2010, 132, 094102
12. Isegawa, M.; Wang, B.; Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1381-1393
13. Jiang, N.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114112
14. Netzloff, H. M.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 134113
15. Beran, G. J. O. J. Chem. Phys. 2009, 130, 164115
16. Netzloff, H. M.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 134113
17. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Proc. Natl. Acad. Sci. 2006, 103, 1233
18. Le, H.; Tan, H.; Ouyang, J.; Bettens, P. A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 469-478
19. Collins, M. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7744-7751
20. Richard, R. M.; Herbert, J. M. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1408-1416
21. Bates, D. M.; Smith, J. R.; Janowski, T.; Tschumper, G. S. J. chem.. phys. 2011, 135, 044123
22. Vysotskiy, V. P.; Cederbaum, L. S.; Sommerfeld, T.; Voora, V. K.; Jordan, K. D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 893-900
23. Temelso, B.; Shields, G. C. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2804-2817
24. Friedrich, J.; Dolg, M. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 287-294
25. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1342-1348
26. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46-53
27. Huff, E. M.; Pulay, P. Mol. Phys. 2009, 107, 1197-1207
28. Friedrich, J. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1597
29. Fedorov, D. G.; Ishida, T.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2638
30. Fedorov, D. G.; Ishida, T.; Uebayasi, M.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2722
31. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701
32. Fedorov, D. G.; Slipchenko, L. V.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8742
33. Gadre, S. R.; Shirsat, R. N.; Limaye, A. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9165
34. Gadre, S. R.; Ganesh, V. J. Theor. Comput. Chem. 2006, 5835
35. Ganesh, V.; Dongare, R. K.; Balanarayan, P.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104109
36. Kavathekar, R.; Khire, S.; Ganesh, V.; Rahalkar, A. P.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1167
37. Rahalkar, A. P.; Ganesh, V.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2008, 129, 234101
38. Rahalkar, A. P.; Katouda, M.; Gadre, S. R.; Nagase, S. J. Comput. Chem. 2010, 31, 2405
39. Addicoat, M. A.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2009, 131, 104103
40. Collins, M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104
41. Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 024104
42. Deev, V.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 154102
43. Netzloff, H. M.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 134113
44. Gordon, M. S.; Freitag, M. A.; Bandyopadhyay, P.; Jensen, J. H.; Kairys, V.; Stevens, W. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 293
45. Slipchenko, L. V.; Gordon, M. S. J. Comput. Chem. 2007, 28, 276
46. Dahlke, E. E.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 33
47. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1
48. Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1573
49. Sorkin, A.; Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 683
50. Kurbanov, E. K.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G.; Amin, E. A. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2617
51. Li, W.; Li, S.; Jiang, Y. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2193
52. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Int. J. Quantum Chem. 2005, 103, 808
53. Hua, W. J.; Fang, T.; Li, W.; Yu, J. G.; Li, S. H. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 10864
54. Hua, S. G.; Hua, W. J.; Li, S. H. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8126
55. Beran, G. J. O.; Nanda, K. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 3480
56. Wen, S.; Nanda, K.; Hunag, Y.; Beran, G. J. O. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7578
57. Nanda, K.; Beran, G. J. O. J. Chem. Phys. 2012, 137, 174106
58. Wang, Y.; Sosa, C. P.; Cembran, A.; Truhlar, D. J.; Gao, J. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 6781
59. Gao, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 657
60. Gao, J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 2346
61. Xie, W.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1890
62. Xie, W.; Song, L.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 234108
63. Song, L.; Han, J.; Lin, Y. L.; Xie, W.; Gao, J. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11656
64. Wierzchowski, S. J.; Kofke, D. A.; Gao, J. J. Chem. Phys. 2003, 119, 7365
65. Xie, W.; Orozco, M.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 459
66. Cembran, A.; Song, L.; Mo, Y.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2702
67. Bates, D. M.; Smith, J. R.; Tshumper, G. S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2753
68. Mei, Y.; Ji, C. G.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 094906
69. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599
70. Herbert, J. M.; Richard, M. R. J. Chem. Phys. 2012, 137, 064113
71. Gordon, M. S.; Fedorov, D. G.; Pruitt, S. R.; Slipchenko, L. V. Chem. Rev. 2011, 112, 632-672
72. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1336-1343
73. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357-19363
74. Fedorov, D. G.; Kitaura, U. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6832
75. Pruitt, S. R.; Addicoat, M. A.; Collins, M. A.; Gordon, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7752-7764
76. Pruitt, S. R.; Steinmann, C.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2235
77. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2669-2675
78. Sahu, N.; Yeole, S. D.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2013, 138, 104101
79. Kuo, J.; Singer, S. J. Phys. Rev. 2003, E67 (1) 016114
80. Knight, C.; Singer, S. J. J.Phys.Chem B. 2005, 109, 21040
81. Knight, C.; Singer, S. J. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 12433
82. Khuller, S.; Raghavachari, B. Handbook of Combinational Optimization; Springer Science+Bussiness Media: New York, 2013.
83. Lovasz, L.; Plummer, M. D. Matching Theory; Elsevier Science Publishers B. V.: New York, 1986.
84. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian DV, revision H.08; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2010.
85. Stoll, H. Phys. Rev. B 1992, 46, 6700
86. Stoll, H.; Paulus, B.; Fulde, P. J. Chem. Phys. 2005, 123, 144108
87. Hopkins, B. W.; Tschumper, G. S. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1563
88. Furtado, J. P.; Rahalkar, A. P.; Shanker, S.; Bandyopadhyay, P.; Gadre, S. R. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 2253-2258
89. Allen, F. H. Acta Crystallogr. 2002, B58, 380-388
90. Yoo, S.; Apra, E.; Zeng, X. C.; Xantheas, S. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 3122-3127
91. Lange, A. W.; Voth, A. G. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 4018