Chaperone action at the single-molecule level

Chemical Reviews

Volumn 114, Issue 1, 2014, Pages 660-676

  Mashaghi, Alireza ^a   Kramer, Günter ^b   Lamb, Don C ^c   Mayer, Matthias P ^b   Tans, Sander J ^a  

^a FOM INSTITUTE AMOLF   (Netherlands)

^b GERMAN CANCER RESEARCH CENTER   (Germany)

^c UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHAPERONE ACTION; FOLDING PATHWAY; MICRO-FLUIDIC DEVICES; PROTEIN UNFOLDING; SINGLE MOLECULE EXPERIMENTS; SINGLE MOLECULE LEVEL; SINGLE-MOLECULE ASSAYS; SINGLE-MOLECULE METHODS;

EXPERIMENTS; MOLECULES; PROTEIN FOLDING; PROTEINS;

CONFORMATIONS;

CHAPERONE; CHAPERONIN 60; HEAT SHOCK PROTEIN 70; HEAT SHOCK PROTEIN 90;

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; CHEMISTRY; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; METABOLISM; NANOPORE; OPTICAL TWEEZERS; REVIEW;

CHAPERONIN 60; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; HSP70 HEAT-SHOCK PROTEINS; HSP90 HEAT-SHOCK PROTEINS; MICROSCOPY, ATOMIC FORCE; MOLECULAR CHAPERONES; NANOPORES; OPTICAL TWEEZERS;

EID: 84892147070     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr400326k     Document Type: Review

References (195)

1. Ellis, R. J.; Minton, A. P. Biol. Chem. 2006, 387, 485
2. White, D. A.; Buell, A. K.; Knowles, T. P. J.; Welland, M. E.; Dobson, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 5170
3. Creighton, T. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988, 85, 5082
4. Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76
5. Ellis, R. J. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 597
6. Kuhn, T.; Ihalainen, T. O.; Hyvaluoma, J.; Dross, N.; Willman, S. F.; Langowski, J.; Vihinen-Ranta, M.; Timonen, J. Plos One 2011, 6, e22962
7. Krishna, M. M. G.; Lin, Y.; Englander, S. W. J. Mol. Biol. 2004, 343, 1095
8. Bertelsen, E. B.; Chang, L.; Gestwicki, J. E.; Zuiderweg, E. R. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 8471
9. Kityk, R.; Kopp, J.; Sinning, I.; Mayer, M. P. Mol. Cell 2012, 48, 863
10. Ranson, N. A.; Clare, D. K.; Farr, G. W.; Houldershaw, D.; Horwich, A. L.; Saibil, H. R. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 147
11. Shiau, A. K.; Harris, S. F.; Southworth, D. R.; Agard, D. A. Cell 2006, 127, 329
12. Ali, M. M. U.; Roe, S. M.; Vaughan, C. K.; Meyer, P.; Panaretou, B.; Piper, P. W.; Prodromou, C.; Pearl, L. H. Nature 2006, 440, 1013
13. Langer, T.; Lu, C.; Echols, H.; Flanagan, J.; Hayer, M. K.; Hartl, F. U. Nature 1992, 356, 683
14. Shorter, J. PLoS One 2011, 6, e26319
15. Tyedmers, J.; Mogk, A.; Bukau, B. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010, 11, 777
16. Rampelt, H.; Kirstein-Miles, J.; Nillegoda, N. B.; Chi, K.; Scholz, S. R.; Morimoto, R. I.; Bukau, B. EMBO J. 2012, 31, 4221
17. Wegele, H.; Muller, L.; Buchner, J. Rev. Physiol. Biochem. Pharmacol. 2004, 151, 1
18. Hartl, F. U.; Bracher, A.; Hayer-Hartl, M. Nature 2011, 475, 324
19. Bukau, B.; Weissman, J.; Horwich, A. Cell 2006, 125, 443
20. Walter, S.; Buchner, J. Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 1098
21. Mayer, M. P. Mol. Cell 2010, 39, 321
22. Dobson, C. M. Nature 2003, 426, 884
23. Dill, K. A.; MacCallum, J. L. Science 2012, 338, 1042
24. Xu, Z. H.; Horwich, A. L.; Sigler, P. B. Nature 1997, 388, 741
25. Zhang, J. J.; Baker, M. L.; Schroder, G. F.; Douglas, N. R.; Reissmann, S.; Jakana, J.; Dougherty, M.; Fu, C. J.; Levitt, M.; Ludtke, S. J.; Frydman, J.; Chiu, W. Nature 2010, 463, 379
26. Chaudhuri, T. K.; Farr, G. W.; Fenton, W. A.; Rospert, S.; Horwich, A. L. Cell 2001, 107, 235
27. Kerner, M. J.; Naylor, D. J.; Ishihama, Y.; Maier, T.; Chang, H. C.; Stines, A. P.; Georgopoulos, C.; Frishman, D.; Hayer-Hartl, M.; Mann, M.; Hartl, F. U. Cell 2005, 122, 209
28. Fujiwara, K.; Ishihama, Y.; Nakahigashi, K.; Soga, T.; Taguchi, H. EMBO J 2010, 29, 1552
29. Hyeon, C.; Lorimer, G. H.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 18939
30. Horwich, A. L.; Fenton, W. A. Q. Rev. Biophys. 2009, 42, 83
31. Tang, Y. C.; Chang, H. C.; Roeben, A.; Wischnewski, D.; Wischnewski, N.; Kerner, M. J.; Hartl, F. U.; Hayer-Hartl, M. Cell 2006, 125, 903
32. Chakraborty, K.; Chatila, M.; Sinha, J.; Shi, Q. Y.; Poschner, B. C.; Sikor, M.; Jiang, G. X.; Lamb, D. C.; Hartl, F. U.; Hayer-Hartl, M. Cell 2010, 142, 112
33. Brinker, A.; Pfeifer, G.; Kerner, M. J.; Naylor, D. J.; Hartl, F. U.; Hayer-Hartl, M. Cell 2001, 107, 223
34. Horovitz, A. NATO Sci. Peace Security Ser. A: Chem. Biol. 2012, 79
35. Mayer, M. P.; Bukau, B. Cell. Mol. Life Sci. 2005, 62, 670
36. Willmund, F.; del Alamo, M.; Pechmann, S.; Chen, T. T.; Albanese, V.; Dammer, E. B.; Peng, J. M.; Frydman, J. Cell 2013, 152, 196
37. Mayer, M. P.; Schroder, H.; Rudiger, S.; Paal, K.; Laufen, T.; Bukau, B. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 586
38. Zhu, X. T.; Zhao, X.; Burkholder, W. F.; Gragerov, A.; Ogata, C. M.; Gottesman, M. E.; Hendrickson, W. A. Science 1996, 272, 1606
39. Marcinowski, M.; Holler, M.; Feige, M. J.; Baerend, D.; Lamb, D. C.; Buchner, J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 150
40. Sikor, M.; M., K.; von Voithenberg, L. V.; Mokranjac, D.; Lamb, D. C. EMBO J. 2013, 32, 1639
41. Schlecht, R.; Erbse, A. H.; Bukau, B.; Mayer, M. P. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 345
42. Szabo, A.; Langer, T.; Schroder, H.; Flanagan, J.; Bukau, B.; Hartl, F. U. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 1994, 91, 10345
43. Diamant, S.; Ben-Zvi, A. P.; Bukau, B.; Goloubinoff, P. J. Biol. Chem. 2000, 275, 21107
44. Schroder, H.; Langer, T.; Hartl, F. U.; Bukau, B. EMBO J. 1993, 12, 4137
45. Sharma, S. K.; De Los Rios, P.; Christen, P.; Lustig, A.; Goloubinoff, P. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 914
46. Rosenzweig, R.; Moradi, S.; Zarrine-Afsar, A.; Glover, J. R.; Kay, L. E. Science 2013, 339, 1080
47. Rudiger, S.; Germeroth, L.; SchneiderMergener, J.; Bukau, B. EMBO J. 1997, 16, 1501
48. Rodriguez, F.; Arsene-Ploetze, F.; Rist, W.; Rudiger, S.; Schneider-Mergener, J.; Mayer, M. P.; Bukau, B. Mol. Cell 2008, 32, 347
49. Stankiewicz, M.; Nikolay, R.; Rybin, V.; Mayer, M. P. FEBS J. 2010, 277, 3353
50. Malyshev, I. Springer Briefs Biochem. Mol. Biol. 2013, 6, 15
51. Ratzke, C.; Mickler, M.; Hellenkamp, B.; Buchner, J.; Hugel, T. Ptoc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 16101
52. Li, J.; Soroka, J.; Buchner, J. Biochim. Biophys. Acta 2012, 1823, 624
53. Liu, S.; Li, P.; Dybkov, O.; Nottrott, S.; Hartmuth, K.; Luhrmann, R.; Carlomagno, T.; Wahl, M. C. Science 2007, 316, 115
54. Lakowicz, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy, 3 rd ed.; Springer: New York, 2006.
55. Feng, D.; Jin, G. Introduction to Condensed Matter Physics; World Scientific: Hackensack, NJ, 2005.
56. Schotte, F.; Lim, M. H.; Jackson, T. A.; Smirnov, A. V.; Soman, J.; Olson, J. S.; Phillips, G. N.; Wulff, M.; Anfinrud, P. A. Science 2003, 300, 1944
57. Kolano, C.; Helbing, J.; Kozinski, M.; Sander, W.; Hamm, P. Nature 2006, 444, 469
58. Frieden, C.; Hoeltzli, S. D.; Ropson, I. J. Protein Sci. 1993, 2, 2007
59. Fabian, H.; Naumann, D. Methods 2004, 34, 28
60. Floyd, D. L.; Ragains, J. R.; Skehel, J. J.; Harrison, S. C.; van Oijen, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 15382
61. Floyd, D. L.; Harrison, S. C.; van Oijen, A. M. Biophys. J. 2010, 99, 360
62. Scholz, C.; Zarnt, T.; Kern, G.; Lang, K.; Burtscher, H.; Fischer, G.; Schmid, F. X. J. Biol. Chem. 1996, 271, 12703
63. Bechtluft, P.; van Leeuwen, R. G.; Tyreman, M.; Tomkiewicz, D.; Nouwen, N.; Tepper, H. L.; Driessen, A. J.; Tans, S. J. Science 2007, 318, 1458
64. Förster, T. Naturwissenschaften 1946, 6, 166
65. Förster, T. Ann. Phys. (Leipzig) 1948, 2, 55
66. Clegg, R. M. Methods Enzmol. 1992, 211, 353
67. Roy, R.; Hohng, S.; Ha, T. Nat. Methods 2008, 5, 507
68. Schuler, B.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 16
69. Jacob, E.; Unger, R. Bioinformatics 2007, 23, E225
70. Mou, J. X.; Czajkowsky, D. M.; Sheng, S. J.; Ho, R. Y.; Shao, Z. F. FEBS Lett. 1996, 381, 161
71. Mou, J. X.; Sheng, S. T.; Ho, R. Y.; Shao, Z. F. Biophys. J. 1996, 71, 2213
72. Yamasaki, R.; Hoshino, M.; Wazawa, T.; Ishii, Y.; Yanagida, T.; Kawata, Y.; Higurashi, T.; Sakai, K.; Nagai, J.; Goto, Y. J. Mol. Biol. 1999, 292, 965
73. Kellermayer, M. S. Z.; Smith, S. B.; Granzier, H. L.; Bustamante, C. Science 1997, 276, 1112
74. Tskhovrebova, L.; Trinick, J.; Sleep, J. A.; Simmons, R. M. Nature 1997, 387, 308
75. Rief, M.; Gautel, M.; Oesterhelt, F.; Fernandez, J. M.; Gaub, H. E. Science 1997, 276, 1109
76. Deniz, A. A.; Laurence, T. A.; Beligere, G. S.; Dahan, M.; Martin, A. B.; Chemla, D. S.; Dawson, P. E.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 5179
77. Talaga, D. S.; Lau, W. L.; Roder, H.; Tang, J. Y.; Jia, Y. W.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 13021
78. Ferreon, A. C. M.; Deniz, A. A. Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2011, 1814, 1021
79. Stigler, J.; Ziegler, F.; Gieseke, A.; Gebhardt, J. C.; Rief, M. Science 2011, 334, 512
80. Chung, H. S.; McHale, K.; Louis, J. M.; Eaton, W. A. Science 2012, 335, 981
81. Kaiser, C. M.; Goldman, D. H.; Chodera, J. D.; Tinoco, I., Jr.; Bustamante, C. Science 2011, 334, 1723
82. Shank, E. A.; Cecconi, C.; Dill, J. W.; Marqusee, S.; Bustamante, C. Nature 2010, 465, 637
83. Xi, Z.; Gao, Y.; Sirinakis, G.; Guo, H.; Zhang, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 5711
84. Yu, H.; Liu, X.; Neupane, K.; Gupta, A. N.; Brigley, A. M.; Solanki, A.; Sosova, I.; Woodside, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 5283
85. Pirchi, M.; Ziv, G.; Riven, I.; Cohen, S. S.; Zohar, N.; Barak, Y.; Haran, G. Nat. Commun. 2011, 2, 493
86. Choi, U. B.; McCann, J. J.; Weninger, K. R.; Bowen, M. E. Structure 2011, 19, 566
87. Kapanidis, A. N.; Lee, N. K.; Laurence, T. A.; Doose, S.; Margeat, E.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 8936
88. Lee, N. K.; Kapanidis, A. N.; Wang, Y.; Michalet, X.; Mukhopadhyay, J.; Ebright, R. H.; Weiss, S. Biophys. J. 2005, 88, 2939
89. Müller, B. K.; Zaychikov, E.; Brauchle, C.; Lamb, D. C. Biophys. J. 2005, 89, 3508
90. Kudryavtsev, V.; Sikor, M.; Kalinin, S.; Mokranjac, D.; Seidel, C. A.; Lamb, D. C. ChemPhysChem 2012, 13, 1060
91. Kühnemuth, R.; Seidel, C. A. M. Single Mol. 2001, 2, 251
92. Eggeling, C.; Fries, J. R.; Brand, L.; Gunther, R.; Seidel, C. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 1556
93. Sisamakis, E.; Valeri, A.; Kalinin, S.; Rothwell, P. J.; Seidel, C. A. M. Method Enzymol. 2010, 475, 455
94. He, Y.; Lu, M.; Lu, H. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 770
95. Schuler, B.; Hofmann, H. Curr. Opin. Struct. Biol. 2013, 23, 36
96. Jia, Y. W.; Talaga, D. S.; Lau, W. L.; Lu, H. S. M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 1999, 247, 69
97. Kuzmenkina, E. V.; Heyes, C. D.; Nienhaus, G. U. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 15471
98. Pal, P.; Lesoine, J. F.; Lieb, M. A.; Novotny, L.; Knauf, P. A. Biophys. J. 2005, 89, L11
99. Rhoades, E.; Cohen, M.; Schuler, B.; Haran, G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14686
100. Okumus, B.; Wilson, T. J.; Lilley, D. M.; Ha, T. Biophys. J. 2004, 87, 2798
101. McKinney, S. A.; Joo, C.; Ha, T. Biophys. J. 2006, 91, 1941
102. Elson, E. L.; Magde, D. Biopolymers 1974, 13, 1
103. Magde, D.; Elson, E. L.; Webb, W. W. Phys. Rev. Lett. 1972, 29, 705
104. Magde, D.; Elson, E. L.; Webb, W. W. Biopolymers 1974, 13, 29
105. Methods in Enzymology. Fluorescence Fluctuation Spectroscopy (FFS); Tetin, S. Y., Ed.; Academic Press: New York, 2013; Vol. 519, Part B.
106. Methods in Enzymology. Fluorescence Fluctuation Spectroscopy (FFS); Tetin, S. Y., Ed.; Academic Press: New York, 2013; Vol. 518, Part A.
107. Frank, G. A.; Goomanovsky, M.; Davidi, A.; Ziv, G.; Horovitz, A.; Haran, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 6270
108. Frank, G. A.; Horovitz, A.; Haran, G. Methods Mol. Biol. 2012, 796, 205
109. Bismuto, E.; Maggio, E. D.; Pleus, S.; Sikor, M.; Röcker, C.; Nienhaus, G. U.; Lamb, D. C. Proteins: Struct., Funct. Bioinf. 2009, 74, 273
110. Doose, S.; Neuweiler, H.; Sauer, M. ChemPhysChem 2009, 10, 1389
111. Neuweiler, H.; Banachewicz, W.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 22106
112. Neuweiler, H.; Johnson, C. M.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 18569
113. Sharma, S.; Chakraborty, K.; Mueller, B. K.; Astola, N.; Tang, Y. C.; Lamb, D. C.; Hayer-Hartl, M.; Hartl, F. U. Cell 2008, 133, 142
114. Hofmann, H.; Hillger, F.; Pfeil, S. H.; Hoffmann, A.; Streich, D.; Haenni, D.; Nettels, D.; Lipman, E. A.; Schuler, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 11793
115. Jewett, A. I.; Shea, J. E. Cell. Mol. Life Sci. 2010, 67, 255
116. Grason, J. P.; Gresham, J. S.; Widjaja, L.; Wehri, S. C.; Lorimer, G. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 17334
117. Schwille, P.; MeyerAlmes, F. J.; Rigler, R. Biophys. J. 1997, 72, 1878
118. Ueno, T.; Taguchi, H.; Tadakuma, H.; Yoshida, M.; Funatsu, T. Mol. Cell 2004, 14, 423
119. Mapa, K.; Sikor, M.; Kudryavtsev, V.; Waegemann, K.; Kalinin, S.; Seidel, C. A. M.; Neupert, W.; Lamb, D. C.; Mokranjac, D. Mol. Cell 2010, 38, 89
120. Mickler, M.; Hessling, M.; Ratzke, C.; Buchner, J.; Hugel, T. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 281
121. Ratzke, C.; Berkemeier, F.; Hugel, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 161
122. Böcking, T.; Aguet, F.; Harrison, S. C.; Kirchhausen, T. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 295
123. Sharma, S. K.; De los Rios, P.; Christen, P.; Lustig, A.; Goloubinoff, P. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 914
124. Cohen, A. E.; Moerner, W. E. Appl. Phys. Lett. 2005, 86, 093109
125. Fields, A. P.; Cohen, A. E. Methods Enzymol. 2010, 475, 149
126. Jiang, Y.; Douglas, N. R.; Conley, N. R.; Miller, E. J.; Frydman, J.; Moerner, W. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 16962
127. Neuman, K. C.; Nagy, A. Nat. Methods 2008, 5, 491
128. Okajima, T.; Arakawa, H.; Alam, M. T.; Sekiguchi, H.; Ikai, A. Biophys. Chem. 2004, 107, 51
129. Janovjak, H.; Muller, D. J.; Humphris, A. D. L. Biophys. J. 2005, 88, 1423
130. Forbes, J. G.; Wang, K. J. Vac. Sci. Technol. A 2004, 22, 1439
131. Higgins, M. J.; Sader, J. E.; Jarvis, S. P. Biophys. J. 2006, 90, 640
132. Garcia, R.; Herruzo, E. T. Nat. Nanotechnol. 2012, 7, 217
133. Zoldak, G.; Rief, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2013, 23, 48
134. Ashkin, A.; Dziedzic, J. M.; Bjorkholm, J. E.; Chu, S. Opt. Lett. 1986, 11, 288
135. Moffitt, J. R.; Chemla, Y. R.; Izhaky, D.; Bustamante, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 9006
136. Abbondanzieri, E. A.; Greenleaf, W. J.; Shaevitz, J. W.; Landick, R.; Block, S. M. Nature 2005, 438, 460
137. Mashaghi, A.; Vach, P. J.; Tans, S. J. Rev. Sci. Instrum. 2011, 82, 115103
138. Cecconi, C.; Shank, E. A.; Bustamante, C.; Marqusee, S. Science 2005, 309, 2057
139. Moayed, F.; Mashaghi, A.; Tans, S. J. PLoS One 2013, 8, e54440
140. Landry, M. P.; McCall, P. M.; Qi, Z.; Chemla, Y. R. Biophys. J. 2009, 97, 2128
141. Talaga, D. S.; Li, J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 9287
142. Keyser, U. F.; Koeleman, B. N.; Van Dorp, S.; Krapf, D.; Smeets, R. M. M.; Lemay, S. G.; Dekker, N. H.; Dekker, C. Nat. Phys. 2006, 2, 473
143. King, G. M.; Golovchenko, J. A. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 216103
144. Rodriguez-Larrea, D.; Bayley, H. Nat. Nanotechnol. 2013, 8, 288
145. Oukhaled, G.; Mathe, J.; Biance, A. L.; Bacri, L.; Betton, J. M.; Lairez, D.; Pelta, J.; Auvray, L. Phys. Rev. Lett. 2007, 98, 158101
146. Freedman, K. J.; Haq, S. R.; Edel, J. B.; Jemth, P.; Kim, M. J. Sci. Rep. 2013, 3, 1638
147. Horst, R.; Bertelsen, E. B.; Fiaux, J.; Wider, G.; Horwich, A. L.; Wuthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 12748
148. Stan, G.; Lorimer, G. H.; Thirumalai, D.; Brooks, B. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 8803
149. Aubin-Tam, M. E.; Olivares, A. O.; Sauer, R. T.; Baker, T. A.; Lang, M. J. Cell 2011, 145, 257
150. Maillard, R. A.; Chistol, G.; Sen, M.; Righini, M.; Tan, J. Y.; Kaiser, C. M.; Hodges, C.; Martin, A.; Bustamante, C. Cell 2011, 145, 459
151. Valle, F.; DeRose, J. A.; Dietler, G.; Kawe, M.; Pluckthun, A.; Semenza, G. Ultramicroscopy 2002, 93, 83
152. Vinckier, A.; Gervasoni, P.; Zaugg, F.; Ziegler, U.; Lindner, P.; Groscurth, P.; Pluckthun, A.; Semenza, G. Biophys. J. 1998, 74, 3256
153. Pfister, G.; Stroh, C. M.; Perschinka, H.; Kind, M.; Knoflach, M.; Hinterdorfer, P.; Wick, G. J. Cell Sci. 2005, 118, 1587
154. Zhu, Y.; Bogomolovas, J.; Labeit, S.; Granzier, H. J. Biol. Chem. 2009, 284, 13914
155. Ahn, M.; Kim, S.; Kang, M.; Ryu, Y.; Kim, T. D. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006, 346, 1142
156. Elcock, A. H. PLoS Comput. Biol. 2006, 2, 824
157. Sliozberg, Y. R.; Strawhecker, K. E.; Andzelm, J. W.; Lenhart, J. L. Soft Matter 2011, 7, 7539
158. Sliozberg, Y.; Abrams, C. F. Biophys. J. 2007, 380a
159. Sliozberg, Y.; Abrams, C. F. Biophys. J. 2007, 93, 1906
160. Fan, H.; Mark, A. E. Protein Sci. 2006, 15, 441
161. Horwich, A. L.; Apetri, A. C.; Fenton, W. A. FEBS Lett. 2009, 583, 2654
162. Mittal, J.; Best, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 20233
163. Baumketner, A.; Jewett, A.; Shea, J. E. J. Mol. Biol. 2003, 332, 701
164. Marino, K. A.; Bolhuis, P. G. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 11872
165. Zhou, H. X.; Dill, K. A. Biochemistry 2001, 40, 11289
166. Caraglio, M.; Pelizzola, A. Phys. Biol. 2012, 9, 016006
167. Klimov, D. K.; Newfield, D.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 8019
168. Takagi, F.; Koga, N.; Takada, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 11367
169. Jewett, A. I.; Baumketner, A.; Shea, J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 13192
170. Rathore, N.; Knotts, T. A., IV; de Pablo, J. J. Biophys. J. 2006, 90, 1767
171. Sirur, A.; Best, R. B. Biophys. J. 2013, 104, 1098
172. Cheung, M. S.; Klimov, D.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 4753
173. Ahmad, A.; Bhattacharya, A.; McDonald, R. A.; Cordes, M.; Ellington, B.; Bertelsen, E. B.; Zuiderweg, E. R. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 18966
174. Golas, E.; Maisuradze, G. G.; Senet, P.; Oldziej, S.; Czaplewski, C.; Scheraga, H. A.; Liwo, A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1750
175. Singhal, K.; Vreede, J.; Mashaghi, A.; Tans, S. J.; Bolhuis, P. G. PLoS One 2013, 8, e59683
176. Morra, G.; Potestio, R.; Micheletti, C.; Colombo, G. PLoS Comput. Biol. 2012, 8, e1002433
177. Dixit, A.; Verkhivker, G. M. PLoS One 2012, 7, e37605
178. Monera, O. D.; Sereda, T. J.; Zhou, N. E.; Kay, C. M.; Hodges, R. S. J. Pept. Sci. 1995, 1, 319
179. Acharya, H.; Vembanur, S.; Jamadagni, S. N.; Garde, S. Faraday Discuss. 2010, 146, 353
180. Jamadagni, S. N.; Godawat, R.; Garde, S. Annu. Rev. Chem. Biomol. 2011, 2, 147
181. McClellan, A. J.; Tam, S.; Kaganovich, D.; Frydman, J. Nat. Cell Biol. 2005, 7, 736
182. Kalinin, S.; Peulen, T.; Sindbert, S.; Rothwell, P. J.; Berger, S.; Restle, T.; Goody, R. S.; Gohlke, H.; Seidel, C. A. Nat. Methods 2012, 9, 1218
183. Andrecka, J.; Treutlein, B.; Arcusa, M. A.; Muschielok, A.; Lewis, R.; Cheung, A. C.; Cramer, P.; Michaelis, J. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 5803
184. Muschielok, A.; Andrecka, J.; Jawhari, A.; Bruckner, F.; Cramer, P.; Michaelis, J. Nat. Methods 2008, 5, 965
185. Fitter, J.; Katranidis, A.; Rosenkranz, T.; Atta, D.; Schlesinger, R.; Buldt, G. Soft Matter 2011, 7, 1254
186. Hohng, S.; Joo, C.; Ha, T. Biophys. J. 2004, 87, 1328
187. Clamme, J. P.; Deniz, A. A. ChemPhysChem 2005, 6, 74
188. Lee, J.; Lee, S.; Ragunathan, K.; Joo, C.; Ha, T.; Hohng, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 9922
189. Stein, I. H.; Steinhauer, C.; Tinnefeld, P. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 4193
190. Altieri, D. C. Oncotarget 2011, 2, 347
191. Burz, D. S.; Shekhtman, A. Nature 2009, 458, 37
192. Sakakibara, D.; Sasaki, A.; Ikeya, T.; Hamatsu, J.; Hanashima, T.; Mishima, M.; Yoshimasu, M.; Hayashi, N.; Mikawa, T.; Walchli, M.; Smith, B. O.; Shirakawa, M.; Guntert, P.; Ito, Y. Nature 2009, 458, 102
193. Guo, M.; Xu, Y.; Gruebele, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 17863
194. Li, G. W.; Xie, X. S. Nature 2011, 475, 308
195. Uphoff, S.; Reyes-Lamothe, R.; Garza de Leon, F.; Sherratt, D. J.; Kapanidis, A. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 8063