Simulation of the opening and closing of Hsp70 chaperones by coarse-grained molecular dynamics

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 5, 2012, Pages 1750-1764

  Gołaś, Ewa ^a,b   Maisuradze, Gia G ^b   Senet, Patrick ^b,c   Ołdziej, Stanisław ^a,b   Czaplewski, Cezary ^a,b   Scheraga, Harold A ^b   Liwo, Adam ^a  

^a UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

^b Department of Obstetrics Gynecology   (United States)

^c UNIVERSITÉ DE BOURGOGNE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84860723030     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200680g     Document Type: Article

References (44)

1. Polier, S.; Dragovic, Z.; Hartl, F. U.; Bracher, A. Cell 2008, 133, 1068-1079
2. Kampinga, H. H.; Craig, E. A. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010, 11, 589-591
3. Mayer, M. P.; Bukau, P. Cell. Mol. Life Sci. 2005, 62, 670-684
4. Bukau, B.; Weissman, J.; Horwich, A. Cell 2006, 125, 443-451
5. Bhattacharya, A.; Kurochkin, A. V.; Yip, G. N. B.; Zhang, Y.; Zuiderweg, E. R. P. J. Mol. Biol. 2009, 388, 475-490
6. Nicolaï, A.; Senet, P.; Delarue, P.; Ripoll, D. R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2501-2519
7. Vogel, M.; Mayer, M. P.; Bukau, B. J. Biol. Chem. 2006, 281, 38705-38711
8. Schuermann, J. P.; Jiang, J.; Cuellar, J.; Llorca, O.; Wang, L.; Gimenez, L. E.; Jin, S.; Taylor, A. B.; Demeler, B.; Morano, K. A.; Hart, P. J.; Valpuesta, J. M.; Lafer, E. M.; Sousa, R. Mol. Cell 2008, 31, 232-243
9. Bertelsen, E. B.; Chang, L.; Gestwick, J. E.; Zuiderweg, E. R. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 8471-8476
10. Swain, J. F.; Dinler, G.; Sivendran, R.; Montgomery, D. L.; Stotz, M.; Gierasch, L. M. Mol. Cell 2007, 26, 27-39
11. Mapa, K.; Sikor, M.; Kudryatsev, V.; Waegermann, K.; Kalinin, S.; Seidel, C. A. M.; Neupert, W.; Lamb, D. C.; Mokranjac, D. Mol. Cell 2010, 38, 89-100
12. Ahmad, A.; Bhattacharya, A.; McDonald, R. A.; Cordes, M.; Ellington, B.; Bertelsen, E. B.; Zuiderweg, E. R. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 18966-18971
13. Liu, Q. L.; Hendrickson, W. A. Cell 2007, 131, 106-120
14. Wilbanks, S. M.; Chen, L.; Tsuruta, H.; Hodgson, K. O.; McKay, D. B. Biochemistry 1995, 34, 12095-12106
15. Moro, F.; Fernández-Saiz, V.; Muga, A. FEBS Lett. 2003, 533, 119-123
16. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Biol. 2001, 7, 306-317
17. Atilgan, A. R.; Durell, S. R.; Jernigan, R. L.; Demirel, M. C.; Keskin, O.; Bahar, I. Biophys. J. 2001, 80, 505-515
18. Yang, L.; Song, G.; Jernigan, R. L. Biophys. J. 2007, 93, 920-929
19. Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2323-2347
20. Liwo, A.; Khalili, M.; Czaplewski, C.; Kalinowski, S.; Ołdziej, S.; Wachucik, K.; Scheraga, H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 260-285
21. Liwo, A.; Czaplewski, C.; Ołdziej, S.; Rojas, A. V.; Kaźmierkiewicz, R.; Makowski, M.; Murarka, R. K.; Scheraga, H. A. In Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems; Voth, G., Ed.; Taylor & Francis, 2008; Chapter 8, pp 107-122.
22. Kozłowska, U.; Maisuradze, G. G.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1154-1167
23. Liwo, A.; Khalili, M.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2362-2367
24. Khalili, M.; Liwo, A.; Jagielska, A.; Scheraga, H. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13798-13810
25. Shen, H.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 8738-8744
26. Kolinski, A.; Skolnick, J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 9412-9426
27. Liwo, A.; Kaźmierkiewicz, R.; Czaplewski, C.; Groth, M.; Ołdziej, S.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Pincus, M. R.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1998, 19, 259-276
28. Khalili, M.; Liwo, A.; Rakowski, F.; Grochowski, P.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13785-13797
29. de Gennes, P.-G. Scaling Concepts in Polymer Physics; Cornell University Press: Ithaca, NY, 1979; Chapter VI.
30. Veitshans, T.; Klimov, D.; Thirumalai, D. Fold. Des. 1996, 2, 1-22
31. Cieplak, M.; Hoang, T. X.; Robbins, M. O. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002, 49, 104-113
32. Kleinerman, D. S.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 245103
33. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
34. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268
35. Nosé, S. J. Phys. Soc. Jpn. 2001, 70, 75-77
36. Nanias, M.; Czaplewski, C.; Scheraga, H. A. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 513-528
37. Czaplewski, C.; Kalinowski, S.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 627-640
38. Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y. Physica A 1994, 212, 415-437
39. Rhee, Y. M.; Pande, V. S. Biophys. J. 2003, 84, 775-786
40. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
41. Eswar, N.; Webb, B.; Marti-Renom, M. A.; Madhusundhan, M. S.; Eramian, D.; Shen, M.-Y.; Pieper, U.; Sali, A. Curr. Protocols Bioinf. 2006, 5.6, 5.6.1-5.6.30
42. Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 51-55
43. Gront, D.; Kmiecik, S.; Kolinski, A. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1593-1597
44. Woo, H.-J.; Jiang, J.; Lafer, E. M.; Sousa, R. Biochemistry 2009, 48, 11470-11477