Analytical aspects of proteomics: 2009-2010

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 12, 2011, Pages 4407-4426

  Ning, Zhibin ^a,b   Zhou, Hu ^a,b,c   Wang, Fangjun ^d   Abu Farha, Mohamed ^a,b   Figeys, Daniel ^a,b  

^a UNIVERSITY OF OTTAWA   (Canada)

^b UNIVERSITY OF OTTAWA   (Canada)

^c SHANGHAI INSTITUTE OF MATERIA MEDICA   (China)

^d DALIAN INSTITUTE OF CHEMICAL PHYSICS   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MARKER; PROTEOME;

FACTUAL DATABASE; INSTRUMENTATION; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METHODOLOGY; PROTEIN DOMAIN; PROTEOMICS; REVIEW;

BIOLOGICAL MARKERS; DATABASES, FACTUAL; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN INTERACTION DOMAINS AND MOTIFS; PROTEOME; PROTEOMICS;

EID: 79959264518     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac200857t     Document Type: Review

References (237)

1. Wisniewski, J. R.; Zougman, A.; Nagaraj, N.; Mann, M. Nat. Methods 2009, 6, 359-362
2. Wisniewski, J. R.; Nagaraj, N.; Zougman, A.; Gnad, F.; Mann, M. J. Proteome Res. 2010, 9 (6) 3280-3289
3. Duan, X.; Young, R.; Straubinger, R. M.; Page, B.; Cao, J.; Wang, H.; Yu, H.; Canty, J. M.; Qu, J. J. Proteome Res. 2009, 8, 2838-2850
4. Kadiyala, C. S.; Tomechko, S. E.; Miyagi, M. PLoS One 2010, 5, e15332
5. Yang, H. J.; Hong, J.; Lee, S.; Shin, S.; Kim, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 901-908
6. Bao, H.; Lui, T.; Zhang, L.; Chen, G. Proteomics 2009, 9, 1114-1117
7. Hahn, H. W.; Rainer, M.; Ringer, T.; Huck, C. W.; Bonn, G. K. J. Proteome Res. 2009, 8, 4225-4230
8. Yamaguchi, H.; Miyazaki, M.; Honda, T.; Briones-Nagata, M. P.; Arima, K.; Maeda, H. Electrophoresis 2009, 30, 3257-3264
9. Spross, J.; Sinz, A. Anal. Chem. 2010, 82, 1434-1443
10. Liu, T.; Bao, H.; Chen, G. Electrophoresis 2010, 31, 3070-3073
11. Ma, J.; Hou, C.; Liang, Y.; Wang, T.; Liang, Z.; Zhang, L.; Zhang, Y. Proteomics 2011, 11 (5) 991-995
12. Yuan, H.; Zhang, L.; Hou, C.; Zhu, G.; Tao, D.; Liang, Z.; Zhang, Y. Anal. Chem. 2009, 81, 8708-8714
13. Sun, L.; Ma, J.; Qiao, X.; Liang, Y.; Zhu, G.; Shan, Y.; Liang, Z.; Zhang, L.; Zhang, Y. Anal. Chem. 2010, 82, 2574-2579
14. Percy, A. J.; Schriemer, D. C. Anal. Chim. Acta 2010, 657, 53-59
15. Zhou, H.; Hou, W.; Lambert, J. P.; Tian, R.; Figeys, D. Talanta 2010, 80, 1526-1531
16. Lin, W.; Skinner, C. D. J. Sep. Sci. 2009, 32, 2642-2652
17. Zhou, H.; Hou, W.; Lambert, J. P.; Figeys, D. Anal. Bioanal. Chem. 2010, 397, 3421-3430
18. Ma, J.; Hou, C.; Sun, L.; Tao, D.; Zhang, Y.; Shan, Y.; Liang, Z.; Zhang, L.; Yang, L. Anal. Chem. 2010, 82, 9622-9625
19. Zeisbergerova, M.; Adamkova, A.; Glatz, Z. Electrophoresis 2009, 30, 2378-2384
20. Liuni, P.; Rob, T.; Wilson, D. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 315-320
21. Pereira-Medrano, A. G.; Forster, S.; Fowler, G. J.; McArthur, S. L.; Wright, P. C. Lab Chip 2010, 10, 3397-406
22. Zhou, H.; Elisma, F.; Denis, N. J.; Wright, T. G.; Tian, R.; Hou, W.; Zou, H.; Figeys, D. J. Proteome Res. 2010, 9, 1279-1288
23. Tian, R.; Wang, S.; Elisma, F.; Li, L.; Zhou, H.; Wang, L.; Figeys, D. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110 000679
24. Gerrits, B.; Bodenmiller, B. Methods Mol. Biol. 2010, 658, 127-136
25. Huttlin, E. L.; Jedrychowski, M. P.; Elias, J. E.; Goswami, T.; Rad, R.; Beausoleil, S. A.; Villen, J.; Haas, W.; Sowa, M. E.; Gygi, S. P. Cell 2010, 143, 1174-1189
26. Brill, L. M.; Xiong, W.; Lee, K. B.; Ficarro, S. B.; Crain, A.; Xu, Y.; Terskikh, A.; Snyder, E. Y.; Ding, S. Cell Stem Cell 2009, 5, 204-213
27. Ye, J.; Zhang, X.; Young, C.; Zhao, X.; Hao, Q.; Cheng, L.; Jensen, O. N. J. Proteome Res. 2010, 9, 3561-3573
28. Hu, L.; Zhou, H.; Li, Y.; Sun, S.; Guo, L.; Ye, M.; Tian, X.; Gu, J.; Yang, S.; Zou, H. Anal. Chem. 2009, 81, 94-104
29. Han, G.; Ye, M.; Jiang, X.; Chen, R.; Ren, J.; Xue, Y.; Wang, F.; Song, C.; Yao, X.; Zou, H. Anal. Chem. 2009, 81, 5794-5805
30. Wang, F.; Han, G.; Yu, Z.; Jiang, X.; Sun, S.; Chen, R.; Ye, M.; Zou, H. J. Sep. Sci. 2010, 33, 1879-1887
31. Song, C.; Ye, M.; Han, G.; Jiang, X.; Wang, F.; Yu, Z.; Chen, R.; Zou, H. Anal. Chem. 2010, 82, 53-56
32. Baker, M. A.; Smith, N. D.; Hetherington, L.; Pelzing, M.; Condina, M. R.; Aitken, R. J. J. Proteome Res. 2011, 10 (3) 1004-1017
33. Manes, N. P.;; Dong, L.;; Zhou, W.;; Du, X.;; Reghu, N.;; Kool, A. C.;; Choi, D.;; Bailey, C. L.;; Petricoin, E. F.;; Liotta, L. A.; Popov, S. G. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10 (3), M110 000927.
34. Lee, H. J.; Na, K.; Kwon, M. S.; Kim, H.; Kim, K. S.; Paik, Y. K. Proteomics 2009, 9, 3395-3408
35. Li, Q. R.; Ning, Z. B.; Tang, J. S.; Nie, S.; Zeng, R. J. Proteome Res. 2009, 8, 5375-5381
36. Leitner, A.; Sturm, M.; Hudecz, O.; Mazanek, M.; SmÄtt, J.-H.; Lindén, M.; Lindner, W.; Mechtler, K. Anal. Chem. 2010, 82, 2726-2733
37. Lu, Z.; Duan, J.; He, L.; Hu, Y.; Yin, Y. Anal. Chem. 2010, 82, 7249-7258
38. Eriksson, A.; Bergquist, J.; Edwards, K.; Hagfeldt, A.; Malmström, D.; Hernández, V. c. A. Anal. Chem. 2010, 82, 4577-4583
39. Nelson, C. A.; Szczech, J. R.; Dooley, C. J.; Xu, Q.; Lawrence, M. J.; Zhu, H.; Jin, S.; Ge, Y. Anal. Chem. 2010, 82, 7193-7201
40. Mamone, G.; Picariello, G.; Ferranti, P.; Addeo, F. Proteomics 2010, 10, 380-393
41. Dai, J.; Wang, L. S.; Wu, Y. B.; Sheng, Q. H.; Wu, J. R.; Shieh, C. H.; Zeng, R. J. Proteome Res. 2009, 8, 133-141
42. Nie, S.; Dai, J.; Ning, Z. B.; Cao, X. J.; Sheng, Q. H.; Zeng, R. J. Proteome Res. 2010, 9, 4585-4594
43. Dierck, K.; Machida, K.; Mayer, B. J.; Nollau, P. Methods Mol. Biol. 2009, 527, 131-155
44. Boersema, P. J.; Foong, L. Y.; Ding, V. M.; Lemeer, S.; van Breukelen, B.; Philp, R.; Boekhorst, J.; Snel, B.; den Hertog, J.; Choo, A. B.; Heck, A. J. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 84-99
45. Raijmakers, R.; Kraiczek, K.; de Jong, A. P.; Mohammed, S.; Heck, A. J. Anal. Chem. 2010, 82, 824-832
46. Dong, M.; Wu, M.; Wang, F.; Qin, H.; Han, G.; Dong, J.; Wu, R.; Ye, M.; Liu, Z.; Zou, H. Anal. Chem. 2010, 82, 2907-2015
47. Torta, F.; Fusi, M.; Casari, C. S.; Bottani, C. E.; Bachi, A. J. Proteome Res. 2009, 8, 1932-1942
48. McNulty, D. E.; Annan, R. S. Methods Mol. Biol. 2009, 527, 93-105
49. Saleem, R. A.; Rogers, R. S.; Ratushny, A. V.; Dilworth, D. J.; Shannon, P. T.; Shteynberg, D.; Wan, Y.; Moritz, R. L.; Nesvizhskii, A. I.; Rachubinski, R. A.; Aitchison, J. D. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2076-2088
50. Wollscheid, B.; Bausch-Fluck, D.; Henderson, C.; O'Brien, R.; Bibel, M.; Schiess, R.; Aebersold, R.; Watts, J. D. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 378-386
51. Gundry, R. L.; Raginski, K.; Tarasova, Y.; Tchernyshyov, I.; Bausch-Fluck, D.; Elliott, S. T.; Boheler, K. R.; Van Eyk, J. E.; Wollscheid, B. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2555-2569
52. Chen, R.; Jiang, X.; Sun, D.; Han, G.; Wang, F.; Ye, M.; Wang, L.; Zou, H. J. Proteome Res. 2009, 8, 651-661
53. Lee, A.; Kolarich, D.; Haynes, P. A.; Jensen, P. H.; Baker, M. S.; Packer, N. H. J. Proteome Res. 2009, 8, 770-781
54. Alley, W. R., Jr.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23, 495-505
55. Tian, R.; Ren, L.; Ma, H.; Li, X.; Hu, L.; Ye, M.; Wu, R.; Tian, Z.; Liu, Z.; Zou, H. J. Chromatogr., A 2009, 1216, 1270-1278
56. Qi, Y.; Wei, J.; Wang, H.; Zhang, Y.; Xu, J.; Qian, X.; Guan, Y. Talanta 2009, 80, 703-709
57. Xu, Y.; Wu, Z.; Zhang, L.; Lu, H.; Yang, P.; Webley, P. A.; Zhao, D. Anal. Chem. 2009, 81, 503-508
58. Min, Q.; Wu, R.; Zhao, L.; Qin, H.; Ye, M.; Zhu, J. J.; Zou, H. Chem. Commun. (Cambridge) 2010, 46, 6144-6146
59. Terracciano, R.; Casadonte, F.; Pasqua, L.; Candeloro, P.; Di Fabrizio, E.; Urbani, A.; Savino, R. Talanta 2010, 80, 1532-1538
60. Ni, Y. G.; Condra, J. H.; Orsatti, L.; Shen, X.; Di Marco, S.; Pandit, S.; Bottomley, M. J.; Ruggeri, L.; Cummings, R. T.; Cubbon, R. M.; Santoro, J. C.; Ehrhardt, A.; Lewis, D.; Fisher, T. S.; Ha, S.; Njimoluh, L.; Wood, D. D.; Hammond, H. A.; Wisniewski, D.; Volpari, C.; Noto, A.; Lo Surdo, P.; Hubbard, B.; Carfi, A.; Sitlani, A. J. Biol. Chem. 2010, 285, 12882-12891
61. Bouamrani, A.; Hu, Y.; Tasciotti, E.; Li, L.; Chiappini, C.; Liu, X.; Ferrari, M. Proteomics 2010, 10, 496-505
62. Liu, S.; Chen, H.; Lu, X.; Deng, C.; Zhang, X.; Yang, P. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2010, 49, 7557-7561
63. Schmidt, A.; Gehlenborg, N.; Bodenmiller, B.; Mueller, L. N.; Campbell, D.; Mueller, M.; Aebersold, R.; Domon, B. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 2138-2150
64. Schmidt, A.; Claassen, M.; Aebersold, R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2009, 13, 510-517
65. Purvine, S.; Eppel, J. T.; Yi, E. C.; Goodlett, D. R. Proteomics 2003, 3, 847-850
66. Chakraborty, A. B.; Berger, S. J.; Gebler, J. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 730-744
67. Williams, J. D.; Flanagan, M.; Lopez, L.; Fischer, S.; Miller, L. A. J. Chromatogr., A 2003, 1020, 11-26
68. Geiger, T.; Cox, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2252-2261
69. Ramos, A. A.; Yang, H.; Rosen, L. E.; Yao, X. Anal. Chem. 2006, 78, 6391-6397
70. Silva, J. C.; Gorenstein, M. V.; Li, G. Z.; Vissers, J. P.; Geromanos, S. J. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 144-156
71. Geromanos, S. J.; Vissers, J. P.; Silva, J. C.; Dorschel, C. A.; Li, G. Z.; Gorenstein, M. V.; Bateman, R. H.; Langridge, J. I. Proteomics 2009, 9, 1683-1695
72. Li, G. Z.; Vissers, J. P.; Silva, J. C.; Golick, D.; Gorenstein, M. V.; Geromanos, S. J. Proteomics 2009, 9, 1696-1719
73. Olsen, J. V.; Macek, B.; Lange, O.; Makarov, A.; Horning, S.; Mann, M. Nat. Methods 2007, 4, 709-712
74. Olsen, J. V.; Schwartz, J. C.; Griep-Raming, J.; Nielsen, M. L.; Damoc, E.; Denisov, E.; Lange, O.; Remes, P.; Taylor, D.; Splendore, M.; Wouters, E. R.; Senko, M.; Makarov, A.; Mann, M.; Horning, S. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2759-2769
75. Nagaraj, N.; D'Souza, R. C.; Cox, J.; Olsen, J. V.; Mann, M. J. Proteome Res. 2010, 9 (12) 6786-6794
76. Danielsen, J. M.; Sylvestersen, K. B.; Bekker-Jensen, S.; Szklarczyk, D.; Poulsen, J. W.; Horn, H.; Jensen, L. J.; Mailand, N.; Nielsen, M. L. Mol. Cell. Proteomics 2010, 10 (3) M110 003590
77. Segu, Z. M.; Mechref, Y. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 1217-1225
78. Przybylski, C.; Junger, M. A.; Aubertin, J.; Radvanyi, F.; Aebersold, R.; Pflieger, D. J. Proteome Res. 2010, 9, 5118-5132
79. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
80. Pitteri, S. J.; Chrisman, P. A.; Hogan, J. M.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2005, 77, 1831-1839
81. Hennrich, M. L.; Boersema, P. J.; van den Toorn, H.; Mischerikow, N.; Heck, A. J.; Mohammed, S. Anal. Chem. 2009, 81, 7814-7822
82. Vasicek, L.; Brodbelt, J. S. Anal. Chem. 2009, 81, 7876-7884
83. Campbell, J. L.; Hager, J. W.; Le Blanc, J. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1672-1683
84. Ledvina, A. R.; Beauchene, N. A.; McAlister, G. C.; Syka, J. E.; Schwartz, J. C.; Griep-Raming, J.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2010, 82, 10068-10074
85. Boersema, P. J.; Raijmakers, R.; Lemeer, S.; Mohammed, S.; Heck, A. J. Nat. Protoc. 2009, 4, 484-494
86. Ji, C.; Sadagopan, N.; Zhang, Y.; Lepsy, C. Anal. Chem. 2009, 81, 9321-9328
87. Wu, C. J.; Hsu, J. L.; Huang, S. Y.; Chen, S. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 460-471
88. Raijmakers, R.; Heck, A. J.; Mohammed, S. Mol. BioSyst. 2009, 5, 992-1003
89. Hennrich, M. L.; Mohammed, S.; Altelaar, A. F.; Heck, A. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1957-1965
90. Doucet, A.; Overall, C. M. Mol. Cell. Proteomics 2010, DOI:10.1074/mcp.M110.003533
91. Schilling, O.; Huesgen, P. F.; Barre, O.; auf dem Keller, U.; Overall, C. M. Nat. Protoc. 2011, 6, 111-120
92. Kleifeld, O.; Doucet, A.; auf dem Keller, U.; Prudova, A.; Schilling, O.; Kainthan, R. K.; Starr, A. E.; Foster, L. J.; Kizhakkedathu, J. N.; Overall, C. M. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 281-288
93. Phanstiel, D.; Unwin, R.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2009, 81, 1693-1698
94. Yang, F.; Wu, S.; Stenoien, D. L.; Zhao, R.; Monroe, M. E.; Gritsenko, M. A.; Purvine, S. O.; Polpitiya, A. D.; Tolic, N.; Zhang, Q.; Norbeck, A. D.; Orton, D. J.; Moore, R. J.; Tang, K.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Anal. Chem. 2009, 81, 4137-4143
95. Kocher, T.; Pichler, P.; Schutzbier, M.; Stingl, C.; Kaul, A.; Teucher, N.; Hasenfuss, G.; Penninger, J. M.; Mechtler, K. J. Proteome Res. 2009, 8, 4743-4752
96. Dayon, L.; Turck, N.; Kienle, S.; Schulz-Knappe, P.; Hochstrasser, D. F.; Scherl, A.; Sanchez, J. C. Anal. Chem. 2010, 82, 848-858
97. Boja, E. S.; Phillips, D.; French, S. A.; Harris, R. A.; Balaban, R. S. J. Proteome Res. 2009, 8, 4665-4675
98. Thingholm, T. E.; Palmisano, G.; Kjeldsen, F.; Larsen, M. R. J. Proteome Res. 2010, 9, 4045-4052
99. Petritis, B. O.; Qian, W. J.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2009, 8, 2157-2163
100. Mori, M.; Abe, K.; Yamaguchi, H.; Goto, J.; Shimada, M.; Mano, N. J. Proteome Res. 2010, 9, 3741-3749
101. White, C. A.; Oey, N.; Emili, A. J. Proteome Res. 2009, 8, 3653-3665
102. Ye, X.; Luke, B. T.; Johann, D. J., Jr.; Ono, A.; Prieto, D. A.; Chan, K. C.; Issaq, H. J.; Veenstra, T. D.; Blonder, J. Anal. Chem. 2010, 82, 5878-5886
103. Qian, W. J.; Liu, T.; Petyuk, V. A.; Gritsenko, M. A.; Petritis, B. O.; Polpitiya, A. D.; Kaushal, A.; Xiao, W.; Finnerty, C. C.; Jeschke, M. G.; Jaitly, N.; Monroe, M. E.; Moore, R. J.; Moldawer, L. L.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G.; Herndon, D. N.; Camp, D. G.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2009, 8, 290-299
104. Roe, M. R.; McGowan, T. F.; Thompson, L. V.; Griffin, T. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1190-1203
105. Zhang, J.; Wang, Y.; Li, S. Anal. Chem. 2010, 82, 7588-7595
106. DeSouza, L. V.; Taylor, A. M.; Li, W.; Minkoff, M. S.; Romaschin, A. D.; Colgan, T. J.; Siu, K. W. J. Proteome Res. 2008, 7, 3525-3534
107. Kang, U. B.; Yeom, J.; Kim, H.; Lee, C. J. Proteome Res. 2010, 9, 3750-3758
108. Wang, H.; Wong, C. H.; Chin, A.; Kennedy, J.; Zhang, Q.; Hanash, S. J. Proteome Res. 2009, 8, 5412-5422
109. Ong, S.-E.;; Blagoev, B.;; Kratchmarova, I.;; Kristensen, D. B.;; Steen, H.;; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1 (5), 376-386.
110. de Godoy, L. M.; Olsen, J. V.; Cox, J.; Nielsen, M. L.; Hubner, N. C.; Frohlich, F.; Walther, T. C.; Mann, M. Nature 2008, 455, 1251-1254
111. Soufi, B.; Kumar, C.; Gnad, F.; Mann, M.; Mijakovic, I.; Macek, B. J. Proteome Res. 2010, 9, 3638-3646
112. Geiger, T.; Cox, J.; Ostasiewicz, P.; Wisniewski, J. R.; Mann, M. Nat. Methods 2010, 7, 383-385
113. Park, S. K.; Liao, L.; Kim, J. Y.; Yates, J. R., 3rd Nat. Methods 2009, 6, 184-185
114. Bicho, C. C.; de Lima Alves, F.; Chen, Z. A.; Rappsilber, J.; Sawin, K. E. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 1567-1577
115. Wei, R.; Li, G.; Seymour, A. B. Anal. Chem. 2010, 82, 5527-5533
116. Turtoi, A.; Mazzucchelli, G. D.; De Pauw, E. Talanta 2010, 80, 1487-1495
117. Walsh, G. M.; Lin, S.; Evans, D. M.; Khosrovi-Eghbal, A.; Beavis, R. C.; Kast, J. J. Proteomics 2009, 72, 838-852
118. Sherwood, C. A.; Eastham, A.; Lee, L. W.; Risler, J.; Vitek, O.; Martin, D. B. J. Proteome Res. 2009, 8, 4243-4251
119. Sherwood, C. A.; Eastham, A.; Lee, L. W.; Peterson, A.; Eng, J. K.; Shteynberg, D.; Mendoza, L.; Deutsch, E. W.; Risler, J.; Tasman, N.; Aebersold, R.; Lam, H.; Martin, D. B. J. Proteome Res. 2009, 8, 4396-4405
120. Prakash, A.; Tomazela, D. M.; Frewen, B.; Maclean, B.; Merrihew, G.; Peterman, S.; Maccoss, M. J. J. Proteome Res. 2009, 8, 2733-2739
121. Fusaro, V. A.; Mani, D. R.; Mesirov, J. P.; Carr, S. A. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 190-198
122. Bertsch, A.; Jung, S.; Zerck, A.; Pfeifer, N.; Nahnsen, S.; Henneges, C.; Nordheim, A.; Kohlbacher, O. J. Proteome Res. 2010, 9, 2696-2704
123. Cham Mead, J. A.; Bianco, L.; Bessant, C. Proteomics 2010, 10, 1106-1126
124. Picotti, P.; Rinner, O.; Stallmach, R.; Dautel, F.; Farrah, T.; Domon, B.; Wenschuh, H.; Aebersold, R. Nat. Methods 2010, 7, 43-46
125. Baek, J. H.; Kim, H.; Shin, B.; Yu, M. H. J. Proteome Res. 2009, 8, 3625-3632
126. Lam, H.; Aebersold, R. Methods Mol. Biol. 2010, 604, 95-103
127. Yen, C. Y.; Meyer-Arendt, K.; Eichelberger, B.; Sun, S.; Houel, S.; Old, W. M.; Knight, R.; Ahn, N. G.; Hunter, L. E.; Resing, K. A. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 857-869
128. Li, Y.; Chi, H.; Wang, L. H.; Wang, H. P.; Fu, Y.; Yuan, Z. F.; Li, S. J.; Liu, Y. S.; Sun, R. X.; Zeng, R.; He, S. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 807-814
129. Zhou, C.; Chi, H.; Wang, L. H.; Li, Y.; Wu, Y. J.; Fu, Y.; Sun, R. X.; He, S. M. BMC Bioinf. 2010, 11, 577
130. Salmi, J.; Nyman, T. A.; Nevalainen, O. S.; Aittokallio, T. Proteomics 2009, 9, 848-860
131. Savitski, M. M.; Mathieson, T.; Becher, I.; Bantscheff, M. J. Proteome Res. 2010, 9, 5511-5516
132. Volchenboum, S. L.; Kristjansdottir, K.; Wolfgeher, D.; Kron, S. J. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2011-2022
133. Gehlenborg, N.; Yan, W.; Lee, I. Y.; Yoo, H.; Nieselt, K.; Hwang, D.; Aebersold, R.; Hood, L. Bioinformatics 2009, 25, 682-683
134. Slotta, D. J.; McFarland, M. A.; Markey, S. P. Proteomics 2010, 10, 3035-3039
135. Liu, G.; Zhang, J.; Larsen, B.; Stark, C.; Breitkreutz, A.; Lin, Z. Y.; Breitkreutz, B. J.; Ding, Y.; Colwill, K.; Pasculescu, A.; Pawson, T.; Wrana, J. L.; Nesvizhskii, A. I.; Raught, B.; Tyers, M.; Gingras, A. C. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 1015-1017
136. Xu, H.; Hsu, P. H.; Zhang, L.; Tsai, M. D.; Freitas, M. A. J. Proteome Res. 2010, 9, 3384-3393
137. Panchaud, A.; Singh, P.; Shaffer, S. A.; Goodlett, D. R. J. Proteome Res. 2010, 9, 2508-2515
138. McIlwain, S.; Draghicescu, P.; Singh, P.; Goodlett, D. R.; Noble, W. S. J. Proteome Res. 2010, 9, 2488-2495
139. Zhang, Z. Anal. Chem. 2010, 82, 1990-2005
140. Kandasamy, K.; Pandey, A.; Molina, H. Anal. Chem. 2009, 81, 7170-7180
141. Good, D. M.; Wenger, C. D.; Coon, J. J. Proteomics 2010, 10, 164-167
142. Sadygov, R. G.; Good, D. M.; Swaney, D. L.; Coon, J. J. J. Proteome Res. 2009, 8, 3198-3205
143. Datta, R.; Bern, M. J. Comput. Biol. 2009, 16, 1169-1182
144. Sharma, V.; Eng, J. K.; Feldman, S.; von Haller, P. D.; MacCoss, M. J.; Noble, W. S. J. Proteome Res. 2010, 9, 5438-5444
145. Kim, S.; Mischerikow, N.; Bandeira, N.; Navarro, J. D.; Wich, L.; Mohammed, S.; Heck, A. J.; Pevzner, P. A. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2840-2852
146. Liu, X.; Shan, B.; Xin, L.; Ma, B. BMC Bioinf. 2010, 11 (Suppl 1) S4
147. Chalkley, R. J.; Medzihradszky, K. F.; Lynn, A. J.; Baker, P. R.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 2010, 82, 579-584
148. Bailey, C. M.; Sweet, S. M.; Cunningham, D. L.; Zeller, M.; Heath, J. K.; Cooper, H. J. J. Proteome Res. 2009, 8, 1965-1971
149. Houel, S.; Abernathy, R.; Renganathan, K.; Meyer-Arendt, K.; Ahn, N. G.; Old, W. M. J. Proteome Res. 2010, 9, 4152-4160
150. Bern, M.; Finney, G.; Hoopmann, M. R.; Merrihew, G.; Toth, M. J.; MacCoss, M. J. Anal. Chem. 2010, 82, 833-841
151. Singh, S.; Springer, M.; Steen, J.; Kirschner, M. W.; Steen, H. J. Proteome Res. 2009, 8, 2201-2210
152. Brunner, A.; Keidel, E. M.; Dosch, D.; Kellermann, J.; Lottspeich, F. Proteomics 2010, 10, 315-326
153. Tsou, C. C.; Tsui, Y. H.; Yian, Y. H.; Chen, Y. J.; Yang, H. Y.; Yu, C. Y.; Lynn, K. S.; Sung, T. Y.; Hsu, W. L. Nucleic Acids Res. 2009, 37, W661-W669
154. Cox, J.; Matic, I.; Hilger, M.; Nagaraj, N.; Selbach, M.; Olsen, J. V.; Mann, M. Nat. Protoc. 2009, 4, 698-705
155. Griffin, N. M.; Yu, J.; Long, F.; Oh, P.; Shore, S.; Li, Y.; Koziol, J. A.; Schnitzer, J. E. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 83-89
156. Sardiu, M. E.; Washburn, M. P. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 40-42
157. Gnad, F.; de Godoy, L. M.; Cox, J.; Neuhauser, N.; Ren, S.; Olsen, J. V.; Mann, M. Proteomics 2009, 9 (20) 4642-4652
158. Eisenacher, M.; Martens, L.; Hardt, T.; Kohl, M.; Barsnes, H.; Helsens, K.; Hakkinen, J.; Levander, F.; Aebersold, R.; Vandekerckhove, J.; Dunn, M. J.; Lisacek, F.; Siepen, J. A.; Hubbard, S. J.; Binz, P. A.; Bluggel, M.; Thiele, H.; Cottrell, J.; Meyer, H. E.; Apweiler, R.; Stephan, C. Proteomics 2009, 9, 3928-3933
159. Barsnes, H.; Vizcaino, J. A.; Eidhammer, I.; Martens, L. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 598-599
160. Bell, A. W.; Deutsch, E. W.; Au, C. E.; Kearney, R. E.; Beavis, R.; Sechi, S.; Nilsson, T.; Bergeron, J. J. Nat. Methods 2009, 6, 423-430
161. Savitski, M. M.; Fischer, F.; Mathieson, T.; Sweetman, G.; Lang, M.; Bantscheff, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1668-1679
162. Yan, W.; Luo, J.; Robinson, M.; Eng, J.; Aebersold, R. H.; Ranish, J. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10 (3) M110 005611
163. Chen, M.; Yang, B.; Ying, W.; He, F.; Qian, X. Protein Pept. Lett. 2010, 17, 277-286
164. Durbin, R. M.; Abecasis, G. R.; Altshuler, D. L.; Auton, A.; Brooks, L. D.; Gibbs, R. A.; Hurles, M. E.; McVean, G. A. Nature 2010, 467, 1061-1073
165. Wang, J.; Perez-Santiago, J.; Katz, J. E.; Mallick, P.; Bandeira, N. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9 (7) 1476-1485
166. Cox, J.; Neuhauser, N.; Michalski, A.; Scheltema, R. A.; Olsen, J. V.; Mann, M. J. Proteome Res. 2011, 10, 1794-1805
167. Dasari, S.; Chambers, M. C.; Slebos, R. J.; Zimmerman, L. J.; Ham, A. J.; Tabb, D. L. J. Proteome Res. 2010, 9, 1716-1726
168. Na, S.; Paek, E. J. Proteome Res. 2009, 8, 4418-4427
169. Baliban, R. C.; DiMaggio, P. A.; Plazas-Mayorca, M. D.; Young, N. L.; Garcia, B. A.; Floudas, C. A. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 764-779
170. Cao, J.; Shen, C.; Wang, H.; Shen, H.; Chen, Y.; Nie, A.; Yan, G.; Lu, H.; Liu, Y.; Yang, P. J. Proteome Res. 2009, 8, 662-672
171. Zielinska, D. F.; Gnad, F.; Wisniewski, J. R.; Mann, M. Cell 2010, 141, 897-907
172. Gu, B.; Zhang, J.; Wang, W.; Mo, L.; Zhou, Y.; Chen, L.; Liu, Y.; Zhang, M. PLoS One 2010, 5, e15795
173. Li, Q. R.; Xing, X. B.; Chen, T. T.; Li, R. X.; Dai, J.; Sheng, Q. H.; Xin, S. M.; Zhu, L. L.; Jin, Y.; Pei, G.; Kang, J. H.; Li, Y. X.; Zeng, R. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10 (4) M110.001750
174. Tian, R.; Wang, S.; Elisma, F.; Li, L.; Zhou, H.; Wang, L.; Figeys, D. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10 (2) M110 000679
175. Riaz, S.; Alam, S. S.; Akhtar, M. W. J. Pharm. Biomed. Anal. 2010, 51, 1103-1107
176. Haubitz, M.; Good, D. M.; Woywodt, A.; Haller, H.; Rupprecht, H.; Theodorescu, D.; Dakna, M.; Coon, J. J.; Mischak, H. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2296-2307
177. Blennow, K.; Hampel, H.; Weiner, M.; Zetterberg, H. Nat. Rev. Neurol. 2010, 6, 131-144
178. Wei, W. B.; Martin, A.; Johnson, P. J.; Ward, D. G. Curr. Proteomics 2010, 7, 15-25
179. Carboni, L.; Becchi, S.; Piubelli, C.; Mallei, A.; Giambelli, R.; Razzoli, M.; Mathe, A. A.; Popoli, M.; Domenici, E. Prog. Neuropsychopharmacol. Biol. Psychiatry 2010, 34, 1037-1048
180. Cai, X. W.; Shedden, K.; Ao, X.; Davis, M.; Fu, X. L.; Lawrence, T. S.; Lubman, D. M.; Kong, F. M. Int. J. Radiat. Oncol. Biol. Phys. 2010, 77, 867-876
181. Pendyala, G.; Fox, H. S. Genome Med. 2010, 2, 22
182. Zhang, J.; Zhang, Y.; Li, N.; Liu, Z.; Xiong, C.; Ni, X.; Pu, Y.; Hui, R.; He, J.; Pu, J. Respir. Med. 2009, 103, 1801-1806
183. Hu, W. T.; Chen-Plotkin, A.; Arnold, S. E.; Grossman, M.; Clark, C. M.; Shaw, L. M.; Pickering, E.; Kuhn, M.; Chen, Y.; McCluskey, L.; Elman, L.; Karlawish, J.; Hurtig, H. I.; Siderowf, A.; Lee, V. M.; Soares, H.; Trojanowski, J. Q. Acta Neuropathol. 2010, 119, 669-678
184. Whiteaker, J. R.; Zhao, L.; Anderson, L.; Paulovich, A. G. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 184-196
185. Keshishian, H.; Addona, T.; Burgess, M.; Mani, D. R.; Shi, X.; Kuhn, E.; Sabatine, M. S.; Gerszten, R. E.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2339-2349
186. Rodland, K. D. Dis. Markers 2010, 28, 195-197
187. Li, L. P.; Lu, C. H.; Chen, Z. P.; Ge, F.; Wang, T.; Wang, W.; Xiao, C. L.; Yin, X. F.; Liu, L.; He, J. X.; He, Q. Y. Proteomics 2011, 11, 429-439
188. Schiess, R.; Wollscheid, B.; Aebersold, R. Mol. Oncol. 2009, 3, 33-44
189. Young, N. L.; DiMaggio, P. A.; Plazas-Mayorca, M. D.; Baliban, R. C.; Floudas, C. A.; Garcia, B. A. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2266-2284
190. Jung, H. R.; Pasini, D.; Helin, K.; Jensen, O. N. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 838-850
191. Geiger, T.; Cox, J.; Mann, M. PLoS Genet. 2010, 6 (9) e1001090
192. Lambert, J. P.; Mitchell, L.; Rudner, A.; Baetz, K.; Figeys, D. Mol. Cell. Proteomics: MCP 2009, 8, 870-882
193. Mittler, G.; Butter, F.; Mann, M. Genome Res. 2009, 19, 284-293
194. Butter, F.; Scheibe, M.; Morl, M.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 10626-10631
195. Rix, U.; Superti-Furga, G. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 616-624
196. Wang, Z.; Udeshi, N. D.; O'Malley, M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Hart, G. W. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 153-160
197. Martin, B. R.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2009, 6, 135-138
198. Nomura, D. K.; Long, J. Z.; Niessen, S.; Hoover, H. S.; Ng, S. W.; Cravatt, B. F. Cell 2010, 140, 49-61
199. Weerapana, E.; Wang, C.; Simon, G. M.; Richter, F.; Khare, S.; Dillon, M. B.; Bachovchin, D. A.; Mowen, K.; Baker, D.; Cravatt, B. F. Nature 2010, 468, 790-795
200. Nguyen, U. T.; Guo, Z.; Delon, C.; Wu, Y.; Deraeve, C.; Franzel, B.; Bon, R. S.; Blankenfeldt, W.; Goody, R. S.; Waldmann, H.; Wolters, D.; Alexandrov, K. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 227-235
201. Charron, G.; Zhang, M. M.; Yount, J. S.; Wilson, J.; Raghavan, A. S.; Shamir, E.; Hang, H. C. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4967-4975
202. Fleischer, T. C.; Murphy, B. R.; Flick, J. S.; Terry-Lorenzo, R. T.; Gao, Z. H.; Davis, T.; McKinnon, R.; Ostanin, K.; Willardsen, J. A.; Boniface, J. J. Chem. Biol. 2010, 17, 659-664
203. Wierzba, K.; Muroi, M.; Osada, H. Curr. Opin. Chem. Biol. 2011, 15, 57-65
204. Miyazaki, I.; Simizu, S.; Okumura, H.; Takagi, S.; Osada, H. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 667-673
205. Huber, C.; Huber, L. Proteomics 2010, 10, 3564-3565
206. Armirotti, A.; Damonte, G. Proteomics 2010, 10, 3566-3576
207. Wynne, C.; Fenselau, C.; Demirev, P. A.; Edwards, N. Anal. Chem. 2009, 81, 9633-9642
208. Pan, J.; Han, J.; Borchers, C. H.; Konermann, L. Anal. Chem. 2010, 82, 8591-8597
209. Ryan, C. M.; Souda, P.; Bassilian, S.; Ujwal, R.; Zhang, J.; Abramson, J.; Ping, P.; Durazo, A.; Bowie, J. U.; Hasan, S. S.; Baniulis, D.; Cramer, W. A.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 791-803
210. Ge, Y.; Rybakova, I. N.; Xu, Q.; Moss, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 12658-12663
211. Han, J.; Borchers, C. H. Proteomics 2010, 10, 3621-3630
212. Guda, C.; King, B. R.; Pal, L. R.; Guda, P. PLoS One 2009, 4, e5096
213. Mazur, M. T.; Cardasis, H. L.; Spellman, D. S.; Liaw, A.; Yates, N. A.; Hendrickson, R. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 7728-7733
214. Collier, T. S.; Sarkar, P.; Rao, B.; Muddiman, D. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 879-889
215. Mohr, J.; Swart, R.; Samonig, M.; Bohm, G.; Huber, C. G. Proteomics 2010, 10, 3598-3609
216. Madsen, J. A.; Gardner, M. W.; Smith, S. I.; Ledvina, A. R.; Coon, J. J.; Schwartz, J. C.; Stafford, G. C., Jr.; Brodbelt, J. S. Anal. Chem. 2009, 81, 8677-8686
217. Coon, J. J. Anal. Chem. 2009, 81, 3208-3215
218. Liu, X.; Inbar, Y.; Dorrestein, P. C.; Wynne, C.; Edwards, N.; Souda, P.; Whitelegge, J. P.; Bafna, V.; Pevzner, P. A. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2772-2782
219. Pflieger, D.; Przybylski, C.; Gonnet, F.; Le Caer, J. P.; Lunardi, T.; Arlaud, G. J.; Daniel, R. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 593-610
220. Lambert, J. P.; Ethier, M.; Smith, J. C.; Figeys, D. Anal. Chem. 2005, 77, 3771-3787
221. Smith, J. C.; Lambert, J. P.; Elisma, F.; Figeys, D. Anal. Chem. 2007, 79, 4325-4343
222. Abu-Farha, M.; Elisma, F.; Zhou, H.; Tian, R.; Asmer, M. S.; Figeys, D. Anal. Chem. 2009, 81, 4585-4599
223. Gallego, O.; Betts, M. J.; Gvozdenovic-Jeremic, J.; Maeda, K.; Matetzki, C.; Aguilar-Gurrieri, C.; Beltran-Alvarez, P.; Bonn, S.; Fernandez-Tornero, C.; Jensen, L. J.; Kuhn, M.; Trott, J.; Rybin, V.; Muller, C. W.; Bork, P.; Kaksonen, M.; Russell, R. B.; Gavin, A. C. Mol. Syst. Biol. 2010, 6, 430
224. Li, X.; Gianoulis, T. A.; Yip, K. Y.; Gerstein, M.; Snyder, M. Cell 2010, 143, 639-650
225. Sardiu, M. E.; Cai, Y.; Jin, J.; Swanson, S. K.; Conaway, R. C.; Conaway, J. W.; Florens, L.; Washburn, M. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 1454-1459
226. Dreze, M.; Monachello, D.; Lurin, C.; Cusick, M. E.; Hill, D. E.; Vidal, M.; Braun, P. Methods Enzymol. 2010, 470, 281-315
227. Ochs, M. F. Briefings Bioinf. 2010, 11, 30-39
228. Koyuturk, M. Wiley Interdiscip. Rev. Syst. Biol. Med. 2010, 2, 277-292
229. Lambert, J. P.; Fillingham, J.; Siahbazi, M.; Greenblatt, J.; Baetz, K.; Figeys, D. Mol. Syst. biol. 2010, 6, 448
230. Breitkreutz, A.; Choi, H.; Sharom, J. R.; Boucher, L.; Neduva, V.; Larsen, B.; Lin, Z. Y.; Breitkreutz, B. J.; Stark, C.; Liu, G.; Ahn, J.; Dewar-Darch, D.; Reguly, T.; Tang, X.; Almeida, R.; Qin, Z. S.; Pawson, T.; Gingras, A. C.; Nesvizhskii, A. I.; Tyers, M. Science 2010, 328, 1043-1046
231. Mak, A. B.; Ni, Z.; Hewel, J. A.; Chen, G. I.; Zhong, G.; Karamboulas, K.; Blakely, K.; Smiley, S.; Marcon, E.; Roudeva, D.; Li, J.; Olsen, J. B.; Wan, C.; Punna, T.; Isserlin, R.; Chetyrkin, S.; Gingras, A. C.; Emili, A.; Greenblatt, J.; Moffat, J. Mol. Cell. Proteomics: MCP 2010, 9, 811-823
232. Takahashi, K.; Tanabe, K.; Ohnuki, M.; Narita, M.; Ichisaka, T.; Tomoda, K.; Yamanaka, S. Cell 2007, 131, 861-872
233. Baker, C. L.; Kettenbach, A. N.; Loros, J. J.; Gerber, S. A.; Dunlap, J. C. Mol. Cell 2009, 34, 354-363
234. Xu, P.; Duong, D. M.; Seyfried, N. T.; Cheng, D.; Xie, Y.; Robert, J.; Rush, J.; Hochstrasser, M.; Finley, D.; Peng, J. Cell 2009, 137, 133-145
235. Du, Y.; Zhou, J.; Fan, J.; Shen, Z.; Chen, X. J. Proteome Res. 2009, 8, 2211-2217
236. Sardiu, M. E.; Gilmore, J. M.; Carrozza, M. J.; Li, B.; Workman, J. L.; Florens, L.; Washburn, M. P. PloS One 2009, 4, e7310
237. Mallick, P.; Kuster, B. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 695-709