Proteomics: From technology developments to biological applications

Analytical Chemistry

Volumn 81, Issue 12, 2009, Pages 4585-4599

  Abu Farha, Mohamed ^a   Elisma, Fred ^a   Zhou, Houjiang ^a   Tian, Ruijun ^a   Zhou, Hu ^a   Asmer, Mehmet Selim ^a   Figeys, Daniel ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CALMODULIN; GREEN FLUORESCENT PROTEIN; SUMO PROTEIN; SURVIVAL MOTOR NEURON PROTEIN; UBIQUITIN;

ACETYLATION; ARABIDOPSIS; BIOINFORMATICS; BIOMEDICAL TECHNOLOGY ASSESSMENT; CAMPYLOBACTER JEJUNI; CELL STRAIN HEK293; COMPUTER PROGRAM; DATA BASE; ELECTROPHORESIS; HUMAN; INFORMATION SYSTEM; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METHYLATION; NONHUMAN; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN MODIFICATION; PROTEIN PHOSPHORYLATION; PROTEIN PROCESSING; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN STRUCTURE; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; REVIEW; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SUMOYLATION; TREPONEMA PALLIDUM; UBIQUITINATION;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATABASES, FACTUAL; PROTEIN INTERACTION DOMAINS AND MOTIFS; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEOMICS; QUANTITATIVE STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP; SOFTWARE;

EID: 67249117201     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac900735j     Document Type: Review

References (223)

1. Iliuk, A.; Galan, J.; Tao, W. A. Anal. Bioanal. Chem. 2009, 393, 503-513.
2. Gevaert, K.; Impens, F.; Ghesquiere, B.; Van Damme, P.; Lambrechts, A.; Vandekerckhove, J. Proteomics 2008, 8, 4873-4885.
3. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386.
4. Smith, J. C.; Lambert, J. P.; Elisma, F.; Figeys, D. Anal. Chem. 2007, 79, 4325-4343.
5. Guha, U.; Chaerkady, R.; Marimuthu, A.; Patterson, A. S.; Kashyap, M. K.; Harsha, H. C.; Sato, M.; Bader, J. S.; Lash, A. E.; Minna, J. D.; Pandey, A.; Varmus, H. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 14112-14117.
6. Wisniewski, J. R.; Zougman, A.; Kruger, S.; Ziolkowski, P.; Pudelko, M.; Bebenek, M.; Mann, M. Proteins 2008, 73, 710-718.
7. Vermeulen, M.; Mulder, K. W.; Denissov, S.; Pijnappel, W. W.; van Schaik, F. M.; Varier, R. A.; Baltissen, M. P.; Stunnenberg, H. G.; Mann, M.; Timmers, H. T. Cell 2007, 131, 58-69.
8. Bonenfant, D.; Towbin, H.; Coulot, M.; Schindler, P.; Mueller, D. R.; van Oostrum, J. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1917-1932.
9. Van Hoof, D.; Pinkse, M. W.; Oostwaard, D. W.; Mummery, C. L.; Heck, A. J.; Krijgsveld, J. Nat. Methods 2007, 4, 677-678.
10. Ong, S. E.; Kratchmarova, I.; Mann, M. J. Proteome Res. 2003, 2, 173-181.
11. Gruhler, A.; Olsen, J. V.; Mohammed, S.; Mortensen, P.; Faergeman, N. J.; Mann, M.; Jensen, O. N. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 310-327.
12. Bendall, S. C.; Hughes, C.; Stewart, M. H.; Doble, B.; Bhatia, M.; Lajoie, G. A. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1587-1597.
13. Kruger, M.; Moser, M.; Ussar, S.; Thievessen, I.; Luber, C. A.; Forner, F.; Schmidt, S.; Zanivan, S.; Fassler, R.; Mann, M. Cell 2008, 134, 353-364.
14. Bachi, A.; Bonaldi, T. J. Proteomics 2008, 71, 357-367.
15. Ye, X.; Luke, B.; Andresson, T.; Blonder, J. Briefings Funct. Genomics Proteomics 2009.
16. Shiio, Y.; Aebersold, R. Nat. Protoc. 2006, 1, 139-145.
17. Chen, R.; Brentnall, T. A.; Pan, S.; Cooke, K.; Moyes, K. W.; Lane, Z.; Crispin, D. A.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Bronner, M. P. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1331-1342.
18. Jenkins, L. M.; Mazur, S. J.; Rossi, M.; Gaidarenko, O.; Xu, Y.; Appella, E. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 716-727.
19. Vaughn, C. P.; Crockett, D. K.; Lim, M. S.; Elenitoba-Johnson, K. S. J. Mol. Diagn. 2006, 8, 513-520.
20. Tan, H. T.; Tan, S.; Lin, Q.; Lim, T. K.; Hew, C. L.; Chung, M. C. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1174-1185.
21. Leichert, L. I.; Gehrke, F.; Gudiseva, H. V.; Blackwell, T.; Ilbert, M.; Walker, A. K.; Strahler, J. R.; Andrews, P. C.; Jakob, U. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 8197-8202.
22. Hägglund, P.; Bunkenborg, J.; Maeda, K.; Svensson, B. J. Proteome Res. 2008, 7, 5270-5276.
23. Gingras, A. C.; Gstaiger, M.; Raught, B.; Aebersold, R. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2007, 8, 645-654.
24. Phanstiel, D.; Unwin, R.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2009, 81, 1693-1698.
25. Ho, J.; Kong, J. W.; Choong, L. Y.; Loh, M. C.; Toy, W.; Chong, P. K.; Wong, C. H.; Wong, C. Y.; Shah, N.; Lim, Y. P. J. Proteome Res. 2009, 8, 583-594.
26. Bouchal, P.; Roumeliotis, T.; Hrstka, R.; Nenutil, R.; Vojtesek, B.; Garbis, S. D. J. Proteome Res. 2009, 8, 362-373.
27. Chaerkady, R.; Harsha, H. C.; Nalli, A.; Gucek, M.; Vivekanandan, P.; Akhtar, J.; Cole, R. N.; Simmers, J.; Schulick, R. D.; Singh, S.; Torbenson, M.; Pandey, A.; Thuluvath, P. J. J. Proteome Res. 2008, 7, 4289-4298.
28. Lu, H.; Yang, Y.; Allister, E. M.; Wijesekara, N.; Wheeler, M. B. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1434-1451.
29. Martin, B.; Brenneman, R.; Becker, K. G.; Gucek, M.; Cole, R. N.; Maudsley, S. PLoS ONE 2008, 3, e2750.
30. Abu-Farha, M.; Elisma, F.; Figeys, D. Adv. Biochem. Eng. Biotechnol. 2008, 110, 67-80.
31. Stumpf, M. P.; Thorne, T.; de Silva, E.; Stewart, R.; An, H. J.; Lappe, M.; Wiuf, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 6959-6964.
32. Ewing, R. M.; Chu, P.; Elisma, F.; Li, H.; Taylor, P.; Climie, S.; McBroom- Cerajewski, L.; Robinson, M. D.; O'Connor, L.; Li, M.; Taylor, R.; Dharsee, M.; Ho, Y.; Heilbut, A.; Moore, L.; Zhang, S.; Ornatsky, O.; Bukhman, Y. V.; Ethier, M.; Sheng, Y.; Vasilescu, J.; Abu-Farha, M.; Lambert, J. P.; Duewel, H. S.; Stewart, I. I.; Kuehl, B.; Hogue, K.; Colwill, K.; Gladwish, K.; Muskat, B.; Kinach, R.; Adams, S. L.; Moran, M. F.; Morin, G. B.; Topaloglou, T.; Figeys, D. Mol. Syst. Biol. 2007, 3, 89.
33. Wang, J.; Yuan, Y.; Zhou, Y.; Guo, L.; Zhang, L.; Kuai, X.; Deng, B.; Pan, Z.; Li, D.; He, F. J. Proteome Res. 2008, 7, 3879-3889.
34. Parrish, J. R.; Yu, J.; Liu, G.; Hines, J. A.; Chan, J. E.; Mangiola, B. A.; Zhang, H.; Pacifico, S.; Fotouhi, F.; DiRita, V. J.; Ideker, T.; Andrews, P.; Finley, R. L., Jr. Genome Biol. 2007, 8, R130.
35. Rajagopala, S. V.; Titz, B.; Goll, J.; Parrish, J. R.; Wohlbold, K.; McKevitt, M. T.; Palzkill, T.; Mori, H.; Finley, R. L., Jr.; Uetz, P. Mol. Syst. Biol. 2007, 3, 128.
36. Popescu, S. C.; Popescu, G. V.; Bachan, S.; Zhang, Z.; Seay, M.; Gerstein, M.; Snyder, M.; Dinesh-Kumar, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 4730-4735.
37. Yu, H.; Braun, P.; Yildirim, M. A.; Lemmens, I.; Venkatesan, K.; Sahalie, J.; Hirozane-Kishikawa, T.; Gebreab, F.; Li, N.; Simonis, N.; Hao, T.; Rual, J. F.; Dricot, A.; Vazquez, A.; Murray, R. R.; Simon, C.; Tardivo, L.; Tam, S.; Svrzikapa, N.; Fan, C.; de Smet, A. S.; Motyl, A.; Hudson, M. E.; Park, J.; Xin, X.; Cusick, M. E.; Moore, T.; Boone, C.; Snyder, M.; Roth, F. P.; Barabasi, A. L.; Tavernier, J.; Hill, D. E.; Vidal, M. Science 2008, 322, 104-110.
38. Tarassov, K.; Messier, V.; Landry, C. R.; Radinovic, S.; Serna Molina, M. M.; Shames, I.; Malitskaya, Y.; Vogel, J.; Bussey, H.; Michnick, S. W. Science 2008, 320, 1465-1470.
39. Vermeulen, M.; Hubner, N. C.; Mann, M. Curr. Opin. Biotechnol. 2008, 19, 331-337.
40. Hara, T.; Honda, K.; Shitashige, M.; Ono, M.; Matsuyama, H.; Naito, K.; Hirohashi, S.; Yamada, T. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 479-491.
41. Himeda, C. L.; Ranish, J. A.; Hauschka, S. D. Mol. Cell. Biol. 2008, 28, 6521-6535.
42. Jasavala, R.; Martinez, H.; Thumar, J.; Andaya, A.; Gingras, A. C.; Eng, J. K.; Aebersold, R.; Han, D. K.; Wright, M. E. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 252-271.
43. Bai, Y.; Markham, K.; Chen, F.; Weerasekera, R.; Watts, J.; Horne, P.; Wakutani, Y.; Bagshaw, R.; Mathews, P. M.; Fraser, P. E.; Westaway, D.; St. George-Hyslop, P.; Schmitt-Ulms, G. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 15-34.
44. Pflieger, D.; Junger, M. A.; Muller, M.; Rinner, O.; Lee, H.; Gehrig, P. M.; Gstaiger, M.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 326-346.
45. Zieske, L. R. J. Exp. Bot. 2006, 57, 1501-1508.
46. Dobreva, I.; Fielding, A.; Foster, L. J.; Dedhar, S. J. Proteome Res. 2008, 7, 1740-1749.
47. Selbach, M.; Mann, M. Nat. Methods 2006, 3, 981-983.
48. Hanke, S.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 519-534.
49. Guerrero, C.; Milenkovic, T.; Przulj, N.; Kaiser, P.; Huang, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 13333-13338.
50. Guerrero, C.; Tagwerker, C.; Kaiser, P.; Huang, L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 366-378.
51. Trinkle-Mulcahy, L.; Boulon, S.; Lam, Y. W.; Urcia, R.; Boisvert, F. M.; Vandermoere, F.; Morrice, N. A.; Swift, S.; Rothbauer, U.; Leonhardt, H.; Lamond, A. J. Cell Biol. 2008, 183, 223-239.
52. Rothbauer, U.; Zolghadr, K.; Muyldermans, S.; Schepers, A.; Cardoso, M. C.; Leonhardt, H. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 282-289.
53. Gubitz, A. K.; Mourelatos, Z.; Abel, L.; Rappsilber, J.; Mann, M.; Dreyfuss, G. J. Biol. Chem. 2002, 277, 5631-5636.
54. Little, J. T.; Jurica, M. S. J. Biol. Chem. 2008, 283, 8145-8152.
55. Friesen, W. J.; Massenet, S.; Paushkin, S.; Wyce, A.; Dreyfuss, G. Mol. Cell 2001, 7, 1111-1117.
56. Wepf, A.; Glatter, T.; Schmidt, A.; Aebersold, R.; Gstaiger, M. Nat. Methods 2009, 6, 203-205.
57. Gerber, S. A.; Kettenbach, A. N.; Rush, J.; Gygi, S. P. Methods Mol. Biol. 2007, 359, 71-86.
58. Bodenmiller, B.; Malmstrom, J.; Gerrits, B.; Campbell, D.; Lam, H.; Schmidt, A.; Rinner, O.; Mueller, L. N.; Shannon, P. T.; Pedrioli, P. G.; Panse, C.; Lee, H. K.; Schlapbach, R.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol. 2007, 3, 139.
59. Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Robinson, P. J.; Larsen, M. R. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 661-671.
60. McNulty, D. E.; Annan, R. S. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 971-980.
61. Blair, J. A.; Rauh, D.; Kung, C.; Yun, C. H.; Fan, Q. W.; Rode, H.; Zhang, C.; Eck, M. J.; Weiss, W. A.; Shokat, K. M. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 229-238.
62. Ficarro, S. B.; Parikh, J. R.; Blank, N. C.; Marto, J. A. Anal. Chem. 2008, 80, 4606-4613.
63. Zhou, H.; Xu, S.; Ye, M.; Feng, S.; Pan, C.; Jiang, X.; Li, X.; Han, G.; Fu, Y.; Zou, H. J. Proteome Res. 2006, 5, 2431-2437.
64. Zhou, H.; Ye, M.; Dong, J.; Han, G.; Jiang, X.; Wu, R.; Zou, H. J. Proteome Res. 2008, 7, 3957-3967.
65. Feng, S.; Ye, M.; Zhou, H.; Jiang, X.; Zou, H.; Gong, B. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1656-1665.
66. Sugiyama, N.; Masuda, T.; Shinoda, K.; Nakamura, A.; Tomita, M.; Ishihama, Y. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1103-1109.
67. Good, D. M.; Wirtala, M.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1942-1951.
68. Molina, H.; Horn, D. M.; Tang, N.; Mathivanan, S.; Pandey, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2199-2204.
69. Lu, H.; Zong, C.; Wang, Y.; Young, G. W.; Deng, N.; Souda, P.; Li, X.; Whitelegge, J.; Drews, O.; Yang, P. Y.; Ping, P. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 2073-2089.
70. Sweet, S. M.; Bailey, C. M.; Cunningham, D. L.; Heath, J. K.; Cooper, H. J. Mol. Cell. Proteomics 2009, in press.
71. Olsen, J. V.; Macek, B.; Lange, O.; Makarov, A.; Horning, S.; Mann, M. Nat. Methods 2007, 4, 709-712.
72. Villen, J.; Beausoleil, S. A.; Gerber, S. A.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1488-1493.
73. Swaney, D. L.; Wenger, C. D.; Thomson, J. A.; Coon, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 995-1000.
74. Kruger, M.; Kratchmarova, I.; Blagoev, B.; Tseng, Y. H.; Kahn, C. R.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 2451-2456.
75. Palumbo, A. M.; Reid, G. E. Anal. Chem. 2008, 80, 9735-9747.
76. Wissing, J.; Jansch, L.; Nimtz, M.; Dieterich, G.; Hornberger, R.; Keri, G.; Wehland, J.; Daub, H. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 537-547.
77. Daub, H.; Olsen, J. V.; Bairlein, M.; Gnad, F.; Oppermann, F. S.; Korner, R.; Greff, Z.; Keri, G.; Stemmann, O.; Mann, M. Mol. Cell 2008, 31, 438-448.
78. Bantscheff, M.; Eberhard, D.; Abraham, Y.; Bastuck, S.; Boesche, M.; Hobson, S.; Mathieson, T.; Perrin, J.; Raida, M.; Rau, C.; Reader, V.; Sweetman, G.; Bauer, A.; Bouwmeester, T.; Hopf, C.; Kruse, U.; Neubauer, G.; Ramsden, N.; Rick, J.; Kuster, B.; Drewes, G. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 1035-1044.
79. Sun, B.; Ranish, J. A.; Utleg, A. G.; White, J. T.; Yan, X.; Lin, B.; Hood, L. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 141-149.
80. Zhang, Y.; Go, E. P.; Desaire, H. Anal. Chem. 2008, 80, 3144-3158.
81. Kubota, K.; Sato, Y.; Suzuki, Y.; Goto-Inoue, N.; Toda, T.; Suzuki, M.; Hisanaga, S.; Suzuki, A.; Endo, T. Anal. Chem. 2008, 80, 3693-3698.
82. Zhou, H.; Hou, W.; Denis, N. J.; Vasilescu, J.; Zou, H.; Figeys, D. J. Proteome Res. 2009, 8, 556-566.
83. Hanson, S. R.; Hsu, T. L.; Weerapana, E.; Kishikawa, K.; Simon, G. M.; Cravatt, B. F.; Wong, C. H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7266-7267.
84. Zeng, Y.; Ramya, T. N.; Dirksen, A.; Dawson, P. E.; Paulson, J. C. Nat. Methods 2009, 6, 207-209.
85. Catalina, M. I.; Koeleman, C. A.; Deelder, A. M.; Wuhrer, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 1053-1061.
86. Wu, S. L.; Huhmer, A. F.; Hao, Z.; Karger, B. L. J. Proteome Res. 2007, 6, 4230-4244.
87. Alley, W. R., Jr.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23, 161-170.
88. Qiu, Y.; Patwa, T. H.; Xu, L.; Shedden, K.; Misek, D. E.; Tuck, M.; Jin, G.; Ruffin, M. T.; Turgeon, D. K.; Synal, S.; Bresalier, R.; Marcon, N.; Brenner, D. E.; Lubman, D. M. J. Proteome Res. 2008, 7, 1693-1703.
89. Sturiale, L.; Barone, R.; Palmigiano, A.; Ndosimao, C. N.; Briones, P.; Adamowicz, M.; Jaeken, J.; Garozzo, D. Proteomics 2008, 8, 3822-3832.
90. Hulsmeier, A. J.; Paesold-Burda, P.; Hennet, T. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 2132-2138.
91. Vercoutter-Edouart, A. S.; Slomianny, M. C.; Dekeyzer-Beseme, O.; Haeuw, J. F.; Michalski, J. C. Proteomics 2008, 8, 3236-3256.
92. Meinnel, T.; Giglione, C. Front. Biosci. 2008, 13, 6326-6340.
93. Nadolski, M. J.; Linder, M. E. FEBS J. 2007, 274, 5202-5210.
94. Roth, A. F.; Wan, J.; Bailey, A. O.; Sun, B.; Kuchar, J. A.; Green, W. N.; Phinney, B. S.; Yates, J. R.; Davis, N. G. Cell 2006, 125, 1003-1013.
95. Martin, B. R.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2009, 6, 135-138.
96. Sakurai, N.; Moriya, K.; Suzuki, T.; Sofuku, K.; Mochiki, H.; Nishimura, O.; Utsumi, T. Anal. Biochem. 2007, 362, 236-244.
97. Nguyen, U. T.; Guo, Z.; Delon, C.; Wu, Y.; Deraeve, C.; Franzel, B.; Bon, R. S.; Blankenfeldt, W.; Goody, R. S.; Waldmann, H.; Wolters, D.; Alexandrov, K. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 227-235.
98. Pickart, C. M.; Fushman, D. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 610-616.
99. Denis, N. J.; Vasilescu, J.; Lambert, J. P.; Smith, J. C.; Figeys, D. Proteomics 2007, 7, 868-874.
100. Vasilescu, J.; Zweitzig, D. R.; Denis, N. J.; Smith, J. C.; Ethier, M.; Haines, D. S.; Figeys, D. J. Proteome. Res. 2007, 6, 298-305.
101. Xu, P.; Peng, J. Anal. Chem. 2008, 80, 3438-3444.
102. Blomster, H. A.; Hietakangas, V.; Wu, J.; Kouvonen, P.; Hautaniemi, S.; Sistonen, L. Mol. Cell. Proteomics 2009, in press.
103. Matic, I.; van Hagen, M.; Schimmel, J.; Macek, B.; Ogg, S. C.; Tatham, M. H.; Hay, R. T.; Lamond, A. I.; Mann, M.; Vertegaal, A. C. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 132-144.
104. Maor, R.; Jones, A.; Nuhse, T. S.; Studholme, D. J.; Peck, S. C.; Shirasu, K. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 601-610.
105. Mayor, T.; Graumann, J.; Bryan, J.; MacCoss, M. J.; Deshaies, R. J. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1885-1895.
106. Meierhofer, D.; Wang, X.; Huang, L.; Kaiser, P. J. Proteome Res. 2008, 7, 4566-4576.
107. Bennett, E. J.; Shaler, T. A.; Woodman, B.; Ryu, K. Y.; Zaitseva, T. S.; Becker, C. H.; Bates, G. P.; Schulman, H.; Kopito, R. R. Nature (London, U.K.) 2007, 448, 704-708.
108. Nielsen, M. L.; Vermeulen, M.; Bonaldi, T.; Cox, J.; Moroder, L.; Mann, M. Nat. Methods 2008, 5, 459-460.
109. Iyer, N. G.; Chin, S. F.; Ozdag, H.; Daigo, Y.; Hu, D. E.; Cariati, M.; Brindle, K.; Aparicio, S.; Caldas, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7386-7391.
110. Aggarwal, B. D.; Calvi, B. R. Nature (London, U.K.) 2004, 430, 372-376.
111. Kostiuk, M. A.; Corvi, M. M.; Keller, B. O.; Plummer, G.; Prescher, J. A.; Hangauer, M. J.; Bertozzi, C. R.; Rajaiah, G.; Falck, J. R.; Berthiaume, L. G. FASEB J. 2008, 22, 721-732.
112. Grewal, S. I.; Rice, J. C. Curr. Opin. Cell. Biol. 2004, 16, 230-238.
113. Wu, H. Y.; Huang, F. Y.; Chang, Y. C.; Hsieh, M. C.; Liao, P. C. Anal. Chem. 2008, 80, 6178-6189.
114. Jung, S. Y.; Li, Y.; Wang, Y.; Chen, Y.; Zhao, Y.; Qin, J. Anal. Chem. 2008, 80, 1721-1729.
115. Ong, S. E.; Mittler, G.; Mann, M. Nat. Methods 2004, 1, 119-126.
116. Pesavento, J. J.; Yang, H.; Kelleher, N. L.; Mizzen, C. A. Mol. Cell. Biol. 2008, 28, 468-486.
117. Xie, W.; Song, C.; Young, N. L.; Sperling, A. S.; Xu, F.; Sridharan, R.; Conway, A. E.; Garcia, B. A.; Plath, K.; Clark, A. T.; Grunstein, M. Mol. Cell 2009, 33, 417-427.
118. Carroll, A. J.; Heazlewood, J. L.; Ito, J.; Millar, A. H. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 347-369.
119. Yang, Y.; Rao, R.; Shen, J.; Tang, Y.; Fiskus, W.; Nechtman, J.; Atadja, P.; Bhalla, K. Cancer Res. 2008, 68, 4833-4842.
120. Chen, T.; Muratore, T. L.; Schaner-Tooley, C. E.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Macara, I. G. Nat. Cell Biol. 2007, 9, 596-603.
121. Sprung, R.; Chen, Y.; Zhang, K.; Cheng, D.; Zhang, T.; Peng, J.; Zhao, Y. J. Proteome Res. 2008, 7, 1001-1006.
122. Kruse, U.; Bantscheff, M.; Drewes, G.; Hopf, C. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1887-1901.
123. Simon, G. M.; Cravatt, B. F. Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 639-642.
124. Brittain, S. M.; Ficarro, S. B.; Brock, A.; Peters, E. C. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 463-468.
125. Saxena, C.; Zhen, E.; Higgs, R. E.; Hale, J. E. J. Proteome Res. 2008, 7, 3490-3497.
126. Beatty, K. E.; Tirrell, D. A. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008, 18, 5995-5999.
127. Chen, S. H.; Hsu, J. L.; Lin, F. S. Anal. Chem. 2008, 80, 5251-5259.
128. Tantama, M.; Lin, W. C.; Licht, S. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 15766-15767.
129. Clark, P. M.; Dweck, J. F.; Mason, D. E.; Hart, C. R.; Buck, S. B.; Peters, E. C.; Agnew, B. J.; Hsieh-Wilson, L. C. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 11576-11577.
130. Lamos, S. M.; Krusemark, C. J.; McGee, C. J.; Scalf, M.; Smith, L. M.; Belshaw, P. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 4329-4333.
131. Hekmat, O.; He, S. M.; Warren, R. A. J.; Withers, S. G. J. Proteome Res. 2008, 7, 3282-3292.
132. Sato, S.; Kwon, Y.; Kamisuki, S.; Srivastava, N.; Mao, Q. A.; Kawazoe, Y.; Uesugi, M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 873-880.
133. Verhelst, S. H. L.; Fonovic, M.; Bogyo, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 1284-1286.
134. Everley, P. A.; Gartner, C. A.; Haas, W.; Saghatelian, A.; Elias, J. E.; Cravatt, B. F.; Zetter, B. R.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1771-1777.
135. Mano, N.; Sato, K.; Goto, J. Anal. Chem. 2006, 78, 4668-4675.
136. Tian, R. J.; Li, L. D.; Tang, W.; Liu, H. W.; Ye, M. L.; Zhao, Z. B. K.; Zou, H. F. Proteomics 2008, 8, 3094-3104.
137. Gubbens, J.; Vader, P.; Damen, J. M. A.; O'Flaherty, M. C.; Slijper, M.; de Kruijff, B.; de Kroon, A. J. Proteome Res. 2007, 6, 1951-1962.
138. Salisbury, C. M.; Cravatt, B. F. QSAR Comb. Sci. 2007, 26, 1229-1238.
139. Qiu, W. W.; Xu, J.; Li, J. Y.; Li, J.; Nana, F. J. ChemBioChem 2007, 8, 1351-1358.
140. Fuwa, H.; Takahashi, Y.; Konno, Y.; Watanabe, N.; Miyashita, H.; Sasaki, M.; Natsugari, H.; Kan, T.; Fukuyama, T.; Tomita, T.; Iwatsubo, T. ACS Chem. Biol. 2007, 2, 408-418.
141. Kawamura, A.; Hindi, S.; Mihai, D. M.; James, L.; Aminova, O. Bioorg. Med. Chem. 2008, 16, 8824-8829.
142. Rix, U.; Hantschel, O.; Duernberger, G.; Rix, L. L. R.; Planyavsky, M.; Fernbach, N. V.; Kaupe, I.; Bennett, K. L.; Valent, P.; Colinge, J.; Kocher, T.; Superti-Furga, G. Blood 2007, 110, 4055-4063.
143. Hantschel, O.; Rix, U.; Schmidt, U.; Burckstummer, T.; Kneidinger, M.; Schutze, G.; Colinge, J.; Bennett, K. L.; Ellmeier, W. R.; Valent, P.; Superti- Furga, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 13283-13288.
144. Duncan, J. S.; Gyenis, L.; Lenehan, J.; Bretner,M.; Graves, L. M.; Haystead, T. A.; Litchfield, D. W. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1077-1088.
145. Scholten, A.; van Veen, T. A. B.; Vos, M. A.; Heck, A. J. R. J. Proteome Res. 2007, 6, 1705-1717.
146. Mallikaratchy, P.; Tang, Z.; Kwame, S.; Meng, L.; Shangguan, D.; Tan, W. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 2230-2238.
147. Kalisiak, J.; Trauger, S. A.; Kalisiak, E.; Morita, H.; Fokin, V. V.; Adams, M. W.; Sharpless, K. B.; Siuzdak, G. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 378-386.
148. McFarland, M. A.; Ellis, C. E.; Markey, S. P.; Nussbaum, R. L. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 2123-2137.
149. Cravatt, B. F.; Wright, A. T.; Kozarich, J. W. Annu. Rev. Biochem. 2008, 77, 383-414.
150. Gillet, L. C. J.; Namoto, K.; Ruchti, A.; Hoving, S.; Boesch, D.; Inverardi, B.; Mueller, D.; Coulot, M.; Schindler, P.; Schweigler, P.; Bernardi, A.; Gil-Parrado, S. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1241-1253.
151. Li, W. W.; Blankman, J. L.; Cravatt, B. F. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 9594-9595.
152. Barglow, K. T.; Saikatendu, K. S.; Bracey, M. H.; Huey, R.; Morris, G. M.; Olson, A. J.; Stevens, R. C.; Cravatt, B. F. Biochemistry 2008, 47, 13514-13523.
153. Lu, C. P.; Ren, C. T.; Wu, S. H.; Chu, C. Y.; Lo, L. C. ChemBioChem 2007, 8, 2187-2190.
154. Hwang, Y.; Thompson, P. R.; Wang, L.; Jiang, L.; Kelleher, N. L.; Cole, P. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 7621-7624.
155. Green, K. D.; Pflum, M. K. H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10-11.
156. Khidekel, N.; Ficarro, S. B.; Clark, P. M.; Bryan, M. C.; Swaney, D. L.; Rexach, J. E.; Sun, Y. E.; Coon, J. J.; Peters, E. C.; Hsieh-Wilson, L. C. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 339-348.
157. Hang, H. C.; Geutjes, E. J.; Grotenbreg, G.; Pollington, A. M.; Bijlmakers, M. J.; Ploegh, H. L. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 2744-2745.
158. Dieterich, D. C.; Lee, J. J.; Link, A. J.; Graumann, J.; Tirrell, D. A.; Schuman, E. M. Nat. Protoc. 2007, 2, 532-540.
159. Liu, T.; Martin, A. M.; Sinai, A. P.; Lynn, B. C. J. Proteome Res. 2008, 7, 4256-4265.
160. Tran, J. C.; Doucette, A. A. Anal. Chem. 2008, 80, 1568-1573.
161. Hiratsuka, A.; Kinoshita, H.; Maruo, Y.; Takahashi, K.; Akutsu, S.; Hayashida, C.; Sakairi, K.; Usui, K.; Shiseki, K.; Inamochi, H.; Nakada, Y.; Yodoya, K.; Namatame, I.; Unuma, Y.; Nakamura, M.; Ueyama, K.; Ishii, Y.; Yano, K.; Yokoyama, K. Anal. Chem. 2007, 79, 5730-5739.
162. Emrich, C. A.; Medintz, I. L.; Chu, W. K.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2007, 79, 7360-7366.
163. Fan, R.; Vermesh, O.; Srivastava, A.; Yen, B. K.; Qin, L.; Ahmad, H.; Kwong, G. A.; Liu, C. C.; Gould, J.; Hood, L.; Heath, J. R. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1373-1378.
164. Beyer, M.; Nesterov, A.; Block, I.; Konig, K.; Felgenhauer, T.; Fernandez, S.; Leibe, K.; Torralba, G.; Hausmann, M.; Trunk, U.; Lindenstruth, V.; Bischoff, F. R.; Stadler, V.; Breitling, F. Science 2007, 318, 1888.
165. Ramachandran, N.; Raphael, J. V.; Hainsworth, E.; Demirkan, G.; Fuentes, M. G.; Rolfs, A.; Hu, Y.; LaBaer, J. Nat. Methods 2008, 5, 535-538.
166. Waanders, L. F.; Almeida, R.; Prosser, S.; Cox, J.; Eikel, D.; Allen, M. H.; Schultz, G. A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1452-1459.
167. Motoyama, A.; Xu, T.; Ruse, C. I.; Wohlschlegel, J. A.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2007, 79, 3623-3634.
168. Wang, F.; Dong, J.; Jiang, X.; Ye, M.; Zou, H. Anal. Chem. 2007, 79, 6599-6606.
169. Dai, J.; Wang, L. S.; Wu, Y. B.; Sheng, Q. H.; Wu, J. R.; Shieh, C. H.; Zeng, R. J. Proteome Res. 2009, 8, 133-141.
170. Zhou, H.; Dai, J.; Sheng, Q. H.; Li, R. X.; Shieh, C. H.; Guttman, A.; Zeng, R. Electrophoresis 2007, 28, 4311-4319.
171. Ning, Z. B.; Li, Q. R.; Dai, J.; Li, R. X.; Shieh, C. H.; Zeng, R. J. Proteome Res. 2008, 7, 4525-4537.
172. Frahm, J. L.; Bori, I. D.; Comins, D. L.; Hawkridge, A. M.; Muddiman, D. C. Anal. Chem. 2007, 79, 3989-3995.
173. Garaguso, I.; Borlak, J. Proteomics 2008, 8, 2583-2595.
174. Andersson, M.; Groseclose, M. R.; Deutch, A. Y.; Caprioli, R. M. Nat. Methods 2008, 5, 101-108.
175. Cornett, D. S.; Reyzer, M. L.; Chaurand, P.; Caprioli, R. M. Nat. Methods 2007, 4, 828-833.
176. Sinha, T. K.; Khatib-Shahidi, S.; Yankeelov, T. E.; Mapara, K.; Ehtesham, M.; Cornett, D. S.; Dawant, B. M.; Caprioli, R. M.; Gore, J. C. Nat. Methods 2008, 5, 57-59.
177. Northen, T. R.; Yanes, O.; Northen, M. T.; Marrinucci, D.; Uritboonthai, W.; Apon, J.; Golledge, S. L.; Nordstrom, A.; Siuzdak, G. Nature (London, U.K.) 2007, 449, 1033-1036.
178. Chen, H.; Eberlin, L. S.; Cooks, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5880-5886.
179. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Nat. Methods 2008, 5, 959-964.
180. Uetz, P.; Giot, L.; Cagney, G.; Mansfield, T. A.; Judson, R. S.; Knight, J. R.; Lockshon, D.; Narayan, V.; Srinivasan, M.; Pochart, P.; Qureshi-Emili, A.; Li, Y.; Godwin, B.; Conover, D.; Kalbfleisch, T.; Vijayadamodar, G.; Yang, M.; Johnston, M.; Fields, S.; Rothberg, J. M. Nature (London, U.K.) 2000, 403, 623-627.
181. Ito, T.; Chiba, T.; Ozawa, R.; Yoshida, M.; Hattori, M.; Sakaki, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 4569-4574.
182. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature (London, U.K.) 2002, 415, 180-183.
183. Mann, M.; Pandey, A. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 54-61.
184. Zhu, H.; Bilgin, M.; Bangham, R.; Hall, D.; Casamayor, A.; Bertone, P.; Lan, N.; Jansen, R.; Bidlingmaier, S.; Houfek, T.; Mitchell, T.; Miller, P.; Dean, R. A.; Gerstein, M.; Snyder, M. Science 2001, 293, 2101-2105.
185. Tong, A. H.; Drees, B.; Nardelli, G.; Bader, G. D.; Brannetti, B.; Castagnoli, L.; Evangelista, M.; Ferracuti, S.; Nelson, B.; Paoluzi, S.; Quondam, M.; Zucconi, A.; Hogue, C. W.; Fields, S.; Boone, C.; Cesareni, G. Science 2002, 295, 321-324.
186. Franzot, G.; Carugo, O. J. Struct. Funct. Genomics 2003, 4, 245-255.
187. Aloy, P.; Russell, R. B. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 633-638.
188. Lu, L.; Lu, H.; Skolnick, J. Proteins 2002, 49, 350-364.
189. Aloy, P.; Russell, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5896-5901.
190. Berman, H.; Henrick, K.; Nakamura, H.; Markley, J. L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D301-303.
191. Bock, J. R.; Gough, D. A. Bioinformatics 2001, 17, 455-460.
192. Martin, S.; Roe, D.; Faulon, J. L. Bioinformatics 2005, 21, 218-226.
193. Shen, J.; Zhang, J.; Luo, X.; Zhu, W.; Yu, K.; Chen, K.; Li, Y.; Jiang, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 4337-4341.
194. Wang, H.; Segal, E.; Ben-Hur, A.; Li, Q. R.; Vidal, M.; Koller, D. Genome Biol. 2007, 8, R192.
195. Caffrey, D. R.; Somaroo, S.; Hughes, J. D.; Mintseris, J.; Huang, E. S. Protein Sci. 2004, 13, 190-202.
196. Park, S. K.; Venable, J. D.; Xu, T.; Yates, J. R. Nat. Methods 2008, 5, 319-322.
197. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154-1169.
198. MacCoss, M. J.; Wu, C. C.; Liu, H.; Sadygov, R.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2003, 75, 6912-6921.
199. Lu, P.; Vogel, C.; Wang, R.; Yao, X.; Marcotte, E. M. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 117-124.
200. Mueller, L. N.; Rinner, O.; Schmidt, A.; Letarte, S.; Bodenmiller, B.; Brusniak, M. Y.; Vitek, O.; Aebersold, R.; Muller, M. Proteomics 2007, 7, 3470-3480.
201. Cox, J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1367-1372.
202. Depledge, D. P.; Lower, R. P.; Smith, D. F. BMC Bioinf. 2007, 8, 122.
203. Chernorudskiy, A. L.; Garcia, A.; Eremin, E. V.; Shorina, A. S.; Kondratieva, E. V.; Gainullin, M. R. BMC Bioinf. 2007, 8, 126.
204. Wu, C. H.; Apweiler, R.; Bairoch, A.; Natale, D. A.; Barker, W. C.; Boeckmann, B.; Ferro, S.; Gasteiger, E.; Huang, H.; Lopez, R.; Magrane, M.; Martin, M. J.; Mazumder, R.; O'Donovan, C.; Redaschi, N.; Suzek, B. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D187-191.
205. Peri, S.; Navarro, J. D.; Amanchy, R.; Kristiansen, T. Z.; Jonnalagadda, C. K.; Surendranath, V.; Niranjan, V.; Muthusamy, B.; Gandhi, T. K.; Gronborg, M.; Ibarrola, N.; Deshpande, N.; Shanker, K.; Shivashankar, H. N.; Rashmi, B. P.; Ramya, M. A.; Zhao, Z.; Chandrika, K. N.; Padma, N.; Harsha, H. C.; Yatish, A. J.; Kavitha, M. P.; Menezes, M.; Choudhury, D. R.; Suresh, S.; Ghosh, N.; Saravana, R.; Chandran, S.; Krishna, S.; Joy, M.; Anand, S. K.; Madavan, V.; Joseph, A.; Wong, G. W.; Schiemann, W. P.; Constantinescu, S. N.; Huang, L.; Khosravi-Far, R.; Steen, H.; Tewari, M.; Ghaffari, S.; Blobe, G. C.; Dang, C. V.; Garcia, J. G.; Pevsner, J.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Deshpande, K. S.; Chinnaiyan, A. M.; Hamosh, A.; Chakravarti, A.; Pandey, A. Genome Res. 2003, 13, 2363-2371.
206. Pruitt, K. D.; Tatusova, T.; Maglott, D. R. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D501-504.
207. Kanehisa, M.; Goto, S.; Hattori, M.; Aoki-Kinoshita, K. F.; Itoh, M.; Kawashima, S.; Katayama, T.; Araki, M.; Hirakawa, M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D354-357.
208. Krieger, C. J.; Zhang, P.; Mueller, L. A.; Wang, A.; Paley, S.; Arnaud, M.; Pick, J.; Rhee, S. Y.; Karp, P. D. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D438-442.
209. Krull, M.; Pistor, S.; Voss, N.; Kel, A.; Reuter, I.; Kronenberg, D.; Michael, H.; Schwarzer, K.; Potapov, A.; Choi, C.; Kel-Margoulis, O.; Wingender, E. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D546-551.
210. Salwinski, L.; Miller, C. S.; Smith, A. J.; Pettit, F. K.; Bowie, J. U.; Eisenberg, D. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D449-451.
211. Zanzoni, A.; Montecchi-Palazzi, L.; Quondam, M.; Ausiello, G.; Helmer- Citterich, M.; Cesareni, G. FEBS Lett. 2002, 513, 135-140.
212. Hermjakob, H.; Montecchi-Palazzi, L.; Lewington, C.; Mudali, S.; Kerrien, S.; Orchard, S.; Vingron, M.; Roechert, B.; Roepstorff, P.; Valencia, A.; Margalit, H.; Armstrong, J.; Bairoch, A.; Cesareni, G.; Sherman, D.; Apweiler, R. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D452-455.
213. Matys, V.; Kel-Margoulis, O. V.; Fricke, E.; Liebich, I.; Land, S.; Barre- Dirrie, A.; Reuter, I.; Chekmenev, D.; Krull, M.; Hornischer, K.; Voss, N.; Stegmaier, P.; Lewicki-Potapov, B.; Saxel, H.; Kel, A. E.; Wingender, E. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D108-110.
214. Chatr-aryamontri, A.; Ceol, A.; Palazzi, L. M.; Nardelli, G.; Schneider, M. V.; Castagnoli, L.; Cesareni, G. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D572-574.
215. Hartler, J.; Thallinger, G. G.; Stocker, G.; Sturn, A.; Burkard, T. R.; Korner, E.; Rader, R.; Schmidt, A.; Mechtler, K.; Trajanoski, Z. BMC Bioinf. 2007, 8, 197.
216. Eng, J. K.; McCormarck, A. L.; Yates, J. R., III. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 14.
217. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
218. Craig, R.; Beavis, R. C. Bioinformatics 2004, 20, 1466-1467.
219. Geer, L. Y.; Markey, S. P.; Kowalak, J. A.; Wagner, L.; Xu, M.; Maynard, D. M.; Yang, X.; Shi, W.; Bryant, S. H. J. Proteome Res. 2004, 3, 958-964.
220. Kwon, M. S.; Lee, H. J.; Jeong, S. K.; Lee, E. Y.; Cho, S. Y.; Paik, Y. K. Proteomics 2008, 8, 4910-4913.
221. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392.
222. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2007, 4, 207-214.
223. Figeys, D. Cell Res. 2008, 18, 716-724.