Modeling heme proteins using atomistic simulations

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 8, Issue 48, 2006, Pages 5611-5628

  Bikiel, Damián E ^a   Boechi, Leonardo ^a   Capece, Luciana ^a   Crespo, Alejandro ^a   De Biase, Pablo M ^a   Di Lella, Santiago ^a,b   González Lebrero, Mariano C ^a   Martí, Marcelo A ^a   Nadra, Alejandro D ^a   Perissinotti, Laura L ^a   Scherlis, Damián A ^a   Estrin, Darío A ^a  

^a Instituto de Quimica Fisica de los Materiales Medio Ambiente y Energia   (Argentina)

^b UNIVERSIDAD NACIONAL DE TUCUMÁN   (Argentina)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HEMOPROTEIN; LIGAND;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; HYDROGEN BOND; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY;

COMPUTER SIMULATION; HEMEPROTEINS; HYDROGEN BONDING; LIGANDS; MODELS, CHEMICAL; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY;

EID: 33845332038     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b611741b     Document Type: Article

References (201)

1. S. Kundu J. T. Trent, 3rd M. S. Hargrove Trends Plant Sci. 2003 8 387 393
2. G. Simonneaux A. Bondon Chem. Rev. 2005 105 2627 2646
3. S. Shaik D. Kumar S. P. de Visser A. Altun W. Thiel Chem. Rev. 2005 105 2279 2328
4. R. Jain M. K. Chan J. Biol. Inorg. Chem. 2003 8 1 11
5. D. A. Pearlman D. A. Case J. W. Caldwell W. S. Ross T. E. Cheatham Iii S. DeBolt D. Ferguson G. Seibel P. Kollman Comput. Phys. Commun. 1995 91 1 41
6. A. D. MacKerell, Jr D. Bashford M. Bellott R. L. Dunbrack, Jr J. D. Evanseck M. J. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. Reiher Iii B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiórkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
7. W. F. Van Gunsteren H. J. C. Berendsen Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1990 29 992 1023
8. A. Laio M. Parrinello Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12562 12566
9. M. Andrec A. K. Felts E. Gallicchio R. M. Levy Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 6801 6806
10. S. Park K. Schulten J. Chem. Phys. 2004 120 5946 5961
11. G. Monard K. M. Merz, Jr Acc. Chem. Res. 1999 32 904 911
12. U. Ryde Curr. Opin. Chem. Biol. 2003 7 136 142
13. R. A. Friesner V. Guallar Annu. Rev. Phys. Chem. 2005 56 389 427
14. R. Elber M. Karplus Science 1987 235 318 321
15. C. L. Brooks III J. Mol. Biol. 1992 227 375 380
16. J. Tirado-Rives W. L. Jorgensen Biochemistry 1993 32 4175 4184
17. R. Elber M. Karplus J. Am. Chem. Soc. 1990 112 9161 9175
18. K. Kuczera J. C. Lambry J. L. Martin M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 5805 5807
19. J. Ma S. Huo J. E. Straub J. Am. Chem. Soc. 1997 119 2541 2551
20. K. Kuczera J. Kuriyan M. Karplus J. Mol. Biol. 1990 213 351 373
21. R. J. Loncharich B. R. Brooks J. Mol. Biol. 1990 215 439 455
22. C. Kiefl N. Sreerama R. Haddad L. Sun W. Jentzen Y. Lu Y. Qiu J. A. Shelnutt R. W. Woody J. Am. Chem. Soc. 2002 124 3385 3394
23. E. R. Henry Biophys. J. 1993 64 869 885
24. A. S. F. Oliveira V. H. Teixeira A. M. Baptista C. M. Soares Biophys. J. 2005 89 3919 3930
25. C. M. Soares P. J. Martel J. Mendes M. A. Carrondo Biophys. J. 1998 74 1708 1721
26. C. Bret M. Roth S. Nørager E. C. Hatchikian M. J. Field Biophys. J. 2002 83 3049 3065
27. E. R. Henry M. Levitt W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1985 82 2034 2038
28. D. Vitkup G. A. Petsko M. Karplus Nat. Struct. Biol. 1997 4 202 208
29. J. Kottalam D. A. Case J. Am. Chem. Soc. 1988 110 7690 7697
30. R. Czerminski R. Elber Proteins: Struct., Funct., Genet. 1991 10 70 80
31. M. L. Carlson R. M. Regan Q. H. Gibson Biochemistry 1996 35 1125 1136
32. S. K. Ludemann V. Lounnas R. C. Wade J. Mol. Biol. 2000 303 797 811
33. C. Bossa M. Anselmi D. Roccatano A. Amadei B. Vallone M. Brunori A. Di Nola Biophys. J. 2004 86 3855 3862
34. C. Bossa A. Amadei I. Daidone M. Anselmi B. Vallone M. Brunori A. D. Nola Biophys. J. 2005 89 465 474
35. S. Y. Sheu J. Chem. Phys. 2005 122 1 7
36. M. Brunori F. Cutruzzola C. Savino C. Travaglini-Allocatelli B. Vallone Q. H. Gibson Biophys. J. 1999 76 1259 1269
37. G. Hummer F. Schotte P. A. Anfinrud Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 15330 15334
38. S. G. Kalko J. L. Gelpi I. Fita M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 2001 123 9665 9672
39. S. K. Ludemann V. Lounnas R. C. Wade J. Mol. Biol. 2000 303 813 830
40. P. Banushkina M. Meuwly J. Phys. Chem. B 2005 109 16911 16917
41. C. Jarzynski Phys. Rev. Lett. 1997 78 2690 2693
42. W. Li H. Liu E. E. Scott F. Grater J. R. Halpert X. Luo J. Shen H. Jiang Drug Metab. Dispos. 2005 33 910 919
43. A. Bidon-Chanal M. A. Marti A. Crespo M. Milani M. Orozco M. Bolognesi F. J. Luque D. A. Estrin Proteins: Struct., Funct., Bioinform. 2006
44. H. Ouellet Y. Ouellet C. Richard M. Labarre B. Wittenberg J. Wittenberg M. Guertin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 5902 5907
45. M. Milani A. Pesce Y. Ouellet P. Ascenzi M. Guertin M. Bolognesi EMBO J. 2001 20 3902 3909
46. L. Mouawad J. D. Maréchal D. Perahia Bioch. Biophys. Acta 2005 1724 385 393
47. N. Ramadas J. M. Rifkind Biophys. J. 1999 76 1796 1811
48. L. Mouawad D. Perahia C. H. Robert C. Guilbert Biophys. J. 2002 82 3224 3245
49. L. Mouawad D. Perahia J. Mol. Biol. 1996 258 393 410
50. L. Mouawad D. Perahia Biopolymers 1993 33 599 611
51. D. Perahia L. Mouawad Comput. Chem. 1995 19 241 246
52. M. Falconi A. Desideri A. Cupane M. Leone G. Ciccotti E. S. Peterson J. M. Friedman A. Gambacurta F. Ascoli Biophys. J. 1998 75 2489 2503
53. Y. Zhou H. Zhou M. Karplus J. Mol. Biol. 2003 326 593 606
54. T. Persichini V. Mazzone F. Polticelli S. Moreno G. Venturini E. Clementi M. Colasanti Neurosci. Lett. 2005 384 254 259
55. V. Lounnas B. M. Pettitt G. N. Phillips, Jr Biophys. J. 1994 66 601 614
56. G. N. Phillips, Jr B. M. Pettitt Protein Sci. 1995 4 149 158
57. W. Gu B. P. Schoenborn Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995 22 20 26
58. D. E. Stewart J. E. Wampler Proteins 1991 11 142 152
59. P. J. Steinbach B. R. Brooks Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 9135 9139
60. J. C. Smith F. Merzel A. N. Bondar A. Tournier S. Fischer Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2004 359 1181 1189
61. W. Gu A. E. Garcia B. P. Schoenborn Basic Life Sci. 1996 64 289 298
62. V. A. Makarov M. Feig B. K. Andrews B. M. Pettitt Biophys. J. 1998 75 150 158
63. V. A. Makarov B. K. Andrews P. E. Smith B. M. Pettitt Biophys. J. 2000 79 2966 2974
64. G. Cottone L. Cordone G. Ciccotti Biophys. J. 2001 80 931 938
65. G. Cottone S. Giuffrida G. Ciccotti L. Cordone Proteins: Struct., Funct., Gen. 2005 59 291 302
66. L. Cordone G. Cottone S. Giuffrida G. Palazzo G. Venturoli C. Viappiani Biochim. Biophys. Acta 2005 1749 252 281
67. O. Schaad H. X. Zhou A. Szabo W. A. Eaton E. R. Henry Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 9547 9551
68. M. Meuwly O. M. Becker R. Stote M. Karplus Biophys. Chem. 2002 98 183 207
69. D. R. Nutt M. Meuwly Biophys. J. 2006 90 1191 1201
70. G. H. Loew D. L. Harris Chem. Rev. 2000 100 407 419
71. J. P. Collman J. L. Hoard N. Kim G. Lang C. A. Reed J. Am. Chem. Soc. 1975 97 2676 2681
72. G. Lang K. Spartalian C. A. Reed J. P. Collman J. Chem. Phys. 1978 69 5424 5427
73. P. D. W. Boyd A. D. Buckingham R. M. McMecking S. Mitra Inorg. Chem. 1979 18 3585 3591
74. H. Goff G. N. La Mar C. A. Reed J. Am. Chem. Soc. 1977 99 3641 3646
75. J. Mispelter M. Momenteau J. M. Lhoste J. Chem. Phys. 1980 72 1003 1012
76. W. R. Scheidt C. A. Reed Chem. Rev. 1981 81 543 555
77. C. Rovira K. Kunc J. Hutter P. Ballone M. Parrinello J. Phys. Chem. A 1997 101 8914 8925
78. D. A. Scherlis D. A. Estrin Int. J. Quantum Chem. 2002 87 158
79. S. Franzen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 16754 16759
80. A. Ghosh P. R. Taylor Curr. Opin. Chem. Biol. 2003 7 113
81. P. M. Kozlowski T. G. Spiro M. Z. Zgierski J. Phys. Chem. B 2000 104 10659 10666
82. M. S. Liao S. Scheiner J. Chem. Phys. 2002 116 3635 3645
83. J. N. Harvey Struct. Bonding 2004 112 151 183
84. R. J. Deeth N. Fey J. Comput. Chem. 2004 25 1840 1848
85. D. M. A. Smith M. Dupuis T. P. Straatsma Mol. Phys. 2005 103 273
86. M. Cococcioni S. De Gironcoli Phys. Rev. B 2005 71 1 16
87. H. Kullik M. Cococcioni D. A. Scherlis N. Marzari Phys. Rev. Lett. 2006 97 103001 103004
88. D. A. Scherlis, M. Cococcioni, P. Sit and N. Marzari, to be submitted
89. T. Uchida T. Kitagawa Acc. Chem. Res. 2005 38 662 670
90. L. M. Miller A. J. Pedraza M. R. Chance Biochemistry 1997 36 12199 12207
91. J. M. Soler E. Artacho J. D. Gale A. García J. Junquera P. Ordejón D. Sánchez-Portal J. Phys.: Condens. Matter 2002 14 2745 2779
92. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865 3868
93. A. Crespo D. A. Scherlis M. A. Marti P. Ordejón A. E. Roitberg D. A. Estrin J. Phys. Chem. B 2003 107 13728 13736
94. J. Wang P. Cieplak P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2000 21 1049 1074
95. L. Capece M. Marti A. Crespo F. Doctorovich D. Estrin J. Am. Chem. Soc. 2006 128 12455 12461
96. G. B. Jameson G. A. Rodley W. T. Robinson R. R. Gagne C. A. Reed J. A. Collman Inorg. Chem. 1978 17 850 857
97. A. Crespo M. A. Marti S. G. Kalko A. Morreale M. Orozco J. L. Gelpi F. J. Luque D. A. Estrin J. Am. Chem. Soc. 2005 127 4433 4444
98. C. Rovira M. Parrinello Biophys. J. 2000 78 93 100
99. C. Rovira B. Schulze M. Eichinger J. D. Evanseck M. Parrinello Biophys. J. 2001 81 435 445
100. J. P. Collman J. I. Brauman T. R. Halbert K. S. Suslick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1976 73 3333 3337
101. A. Ghosh D. F. Bocian J. Chem. Phys. 1996 100 6363 6367
102. T. G. Spiro P. M. Kozlowski Acc. Chem. Res. 2001 34 137 144
103. T. Vangberg D. F. Bocian A. Ghosh J. Biol. Inorg. Chem. 1997 2 526 530
104. T. G. Spiro I. H. Wasbotten J. Inorg. Biochem. 2005 99 34 44
105. G. N. Phillips, Jr M. L. Teodoro T. Li B. Smith J. S. Olson J. Phys. Chem. B 1999 103 8817 8829
106. T. Uno Y. Nishimura M. Tsuboi R. Makino T. Iizuka Y. Ishimura J. Biol. Chem. 1987 262 4549 4556
107. M. Tsubaki Y. Ichikawa Biochim. Biophys. Acta 1985 827 268 274
108. K. M. Vogel P. M. Kozlowski M. Z. Zgierski T. G. Spiro Inorg. Chim. Acta 2000 297 11 17
109. M. K. Ellison C. E. Schulz W. R. Scheidt J. Am. Chem. Soc. 2002 124 13833 13841
110. J. H. Enemark R. D. Feltham Coord. Chem. Rev. 1974 13 339 406
111. D. P. Linder K. R. Rodgers Inorg. Chem. 2005 44 1367 1380
112. W. R. Scheidt P. L. Piciulo J. Am. Chem. Soc. 1976 98 1913 1919
113. L. E. Laverman P. C. Ford J. Am. Chem. Soc. 2001 123 11614 11622
114. J. W. Denninger M. A. Marletta Biochem. Biophys. Acta 1999 1411 334 350
115. J. P. M. Schelvis S. A. Seibold J. F. Cerda R. M. Garavito G. T. Babcock J. Phys. Chem. B 2000 104 10844 10850
116. C. R. Andrew E. L. Green D. M. Lawson R. R. Eady Biochemistry 2001 40 4115 4122
117. D. S. Karow D. Pan R. Tran P. Pellicena A. Presley R. A. Mathies M. A. Marletta Biochemistry 2004 43 10203 10211
118. D. P. Ballou Y. Zhao P. E. Brandish M. A. Marletta Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12097 12101
119. Y. Zhao P. E. Brandish D. P. Ballou M. A. Marletta Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 14753 14758
120. T. C. Bellamy J. Wood J. Garthwaite Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 507 510
121. M. A. Marti L. Capece A. Crespo F. Doctorovich D. A. Estrin J. Am. Chem. Soc. 2005 127 7721 7728
122. V. S. Sharma T. G. Traylor R. Gardiner H. Mizukami Biochemistry 1987 26 3837 3843
123. F. A. Walker J. Inorg. Biochem. 2005 99 216 236
124. D. E. Champagne R. H. Nussenzveig J. M. C. Ribeiro J. Biol. Chem. 1995 270 8691 8695
125. A. Weichsel J. F. Andersen S. A. Roberts W. R. Montfort Nat. Struct. Biol. 2000 7 551 554
126. T. Wondimagegn A. Ghosh J. Am. Chem. Soc. 2001 123 1543 1544
127. A. J. Hobbs J. M. Fukuto L. J. Ignarro Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 10992 10996
128. S. Adak Q. Wang D. J. Stuehr J. Biol. Chem. 2000 275 17434 17439
129. H. H. Schmidt H. Hofmann U. Schindler Z. S. Shutenko D. D. Cunningham M. Feelisch Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 14492 14497
130. P. Pagliaro Life Sci. 2003 73 2137 2149
131. D. A. Wink K. M. Miranda T. Katori D. Mancardi D. D. Thomas L. Ridnour M. G. Espey M. Feelisch C. A. Colton J. M. Fukuto P. Pagliaro D. A. Kass N. Paolocci Am. J. Physiol.: Heart Circ. Physiol. 2003 285 H2264 2276
132. P. Pagliaro D. Mancardi R. Rastaldo C. Penna D. Gattullo K. M. Miranda M. Feelisch D. A. Wink D. A. Kass N. Paolocci Free Radical Biol. Med. 2003 34 33 43
133. N. Paolocci T. Katori H. C. Champion M. E. St John K. M. Miranda J. M. Fukuto D. A. Wink D. A. Kass Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 5537 5542
134. K. M. Miranda N. Paolocci T. Katori D. D. Thomas E. Ford M. D. Bartberger M. G. Espey D. A. Kass M. Feelisch J. M. Fukuto D. A. Wink Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 9196 9201
135. D. A. Bazylinski T. C. Hollocher J. Am. Chem. Soc. 1985 107 7982 7986
136. D. A. Bazylinski J. Goretski T. C. Hollocher J. Am. Chem. Soc. 1985 107 7986 7989
137. M. P. Doyle S. N. Mahapatro R. D. Broene J. K. Guy J. Am. Chem. Soc. 1988 110 593 599
138. K. M. Miranda R. W. Nims D. D. Thomas M. G. Espey D. Citrin M. D. Bartberger N. Paolocci J. M. Fukuto M. Feelisch D. A. Wink J. Inorg. Biochem. 2003 93 52 60
139. C. E. Immoos F. Sulc P. J. Farmer K. Czarnecki D. F. Bocian A. Levina J. B. Aitken R. S. Armstrong P. A. Lay J. Am. Chem. Soc. 2005 127 814 815
140. P. R. Gardner A. M. Gardner W. T. Brashear T. Suzuki A. N. Hvitved K. D. Setchell J. S. Olson J. Inorg. Biochem. 2006 100 542 550
141. L. M. Blomberg M. R. Blomberg P. E. Siegbahn J. Biol. Inorg. Chem. 2004 9 923 935
142. D. Ostovic T. C. Bruice Acc. Chem. Res. 1992 25 314 320
143. B. Meunier Chem. Rev. 1992 92 1411 1456
144. J. T. Groves and Y. Z. Hang, in Cytochrome P450: Structure, Mechanism and Biochemistry, ed., P. R. Ortiz de Montellano, Plenum Press, New York, 2nd edn, 1995
145. M. Sono M. P. Roach E. D. Coulter J. H. Dawson Chem. Rev. 1996 96 2841 2888
146. P. R. Ortiz De Montellano Acc. Chem. Res. 1998 31 543 549
147. M. Newcomb P. H. Toy Acc. Chem. Res. 2000 33 449 455
148. J. T. Groves J. Chem. Educ. 1985 62 928 931
149. J. H. Dawson Science 1988 240 433 439
150. D. Goldfarb M. Bernardo H. Thomann P. M. H. Kroneck V. Ullrich J. Am. Chem. Soc. 1996 118 2686 2693
151. P. H. Toy B. Dhanabalasingam M. Newcomb I. H. Hanna P. F. Hollenberg J. Org. Chem. 1997 62 9114 9122
152. D. L. Wertz M. F. Sisemore M. Selke J. Driscoll J. S. Valentine J. Am. Chem. Soc. 1998 120 5331 5332
153. P. H. Toy M. Newcomb P. F. Hollenberg J. Am. Chem. Soc. 1998 120 7719 7729
154. J. Hart-Davis P. Battioni J. L. Boucher D. Mansuy J. Am. Chem. Soc. 1998 120 12524 12530
155. Z. Gross S. Nimri C. M. Barzilay L. Simkhovich J. Biol. Inorg. Chem. 1997 2 492 506
156. R. Davydov T. M. Makris V. Kofman D. E. Werst S. G. Sligar B. M. Hoffman J. Am. Chem. Soc. 2001 123 1403 1415
157. J. T. Groves G. A. McClusky J. Am. Chem. Soc. 1976 98 859 861
158. J. T. Groves M. Van Der Puy J. Am. Chem. Soc. 1976 98 5290 5297
159. J. T. Groves D. V. Subramanian J. Am. Chem. Soc. 1984 106 2177 2181
160. D. L. Harris G. H. Loew J. Am. Chem. Soc. 1998 120 8941 8948
161. M. T. Green J. Am. Chem. Soc. 1999 121 7939 7940
162. J. C. Schöneboom H. Lin N. Reuter W. Thiel S. Cohen F. Ogliaro S. Shaik J. Am. Chem. Soc. 2002 124 8142 8151
163. S. Shaik M. Filatov D. Schröder H. Schwarz Chem.-Eur. J. 1998 4 193 199
164. I. Schlichting J. Berendzen K. Chu A. M. Stock S. A. Maves D. E. Benson R. M. Sweet D. Ringe G. A. Petsko S. G. Sligar Science 2000 287 1615 1622
165. J. T. Groves Z. Gross M. K. Stern Inorg. Chem. 1994 33 5065 5072
166. J. T. Groves Y. Watanabe J. Am. Chem. Soc. 1988 110 8443 8452
167. J. P. Collman J. I. Brauman P. D. Hampton H. Tanaka D. S. Bohle R. T. Hembre J. Am. Chem. Soc. 1990 112 7980 7984
168. D. Schröder S. Shaik H. Schwarz Acc. Chem. Res. 2000 33 139 145
169. F. Ogliaro S. P. de Visser J. T. Groves S. Shaik Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 2874 2878
170. S. Shaik S. P. De Visser F. Ogliaro H. Schwarz D. Schröder Curr. Opin. Chem. Biol. 2002 6 556 567
171. P. K. Sharma S. P. De Visser S. Shaik J. Am. Chem. Soc. 2003 125 8698 8699
172. N. Harris S. Cohen M. Filatov F. Ogliaro S. Shaik Angew. Chem., Int. Ed. 2000 39 2003 2007
173. S. P. De Visser F. Ogliaro P. K. Sharma S. Shaik Angew. Chem., Int. Ed. 2002 41 1947 1951
174. F. Ogliaro N. Harris S. Cohen M. Filatov S. P. De Visser S. Shaik J. Am. Chem. Soc. 2000 122 8977 8989
175. S. P. De Visser F. Ogliaro N. Harris S. Shaik J. Am. Chem. Soc. 2001 123 3037 3047
176. F. Ogliaro S. P. De Visser S. Cohen P. K. Sharma S. Shaik J. Am. Chem. Soc. 2002 124 2806 2817
177. J. C. Schöneboom S. Cohen H. Lin S. Shaik W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 2004 126 4017 4034
178. V. Guallar B. F. Gherman W. H. Miller S. J. Lippard R. A. Friesner J. Am. Chem. Soc. 2002 124 3377 3384
179. V. Guallar M. H. Baik S. J. Lippard R. A. Friesner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 6998 7002
180. V. Guallar V. S. Batista W. H. Miller D. L. Harris J. Am. Chem. Soc. 2002 124 1430 1437
181. V. Guallar R. A. Friesner J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8501 8508
182. T. Kamachi K. Yoshizawa J. Am. Chem. Soc. 2003 125 4652 4661
183. A. Altun V. Guallar R. A. Friesner S. Shaik W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 2006 128 3924 3925
184. T. Matsubara J. Biochem. (Tokyo) 1970 67 229 235
185. P. R. Alefounder S. J. Ferguson Biochem. J. 1980 192 231 240
186. L. I. Hochstein G. A. Tomlinson Annu. Rev. Microbiol. 1988 42 231 261
187. V. P. Reutov Biochemistry (Moscow) 2002 67 293 311
188. Z. Huang S. Shiva D. B. Kim-Shapiro R. P. Patel L. A. Ringwood C. E. Irby K. T. Huang C. Ho N. Hogg A. N. Schechter M. T. Gladwin J. Clin. Invest. 2005 115 2099 2107
189. B. A. Averill J. M. Tiedje FEBS Lett. 1982 138 8 12
190. F. Cutruzzola K. Brown E. K. Wilson A. Bellelli M. Arese M. Tegoni C. Cambillau M. Brunori Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 2232 2237
191. G. Ranghino E. Scorza T. Sjogren P. A. Williams M. Ricci J. Hajdu Biochemistry 2000 39 10958 10966
192. M. A. Marti A. Crespo S. E. Bari F. A. Doctorovich D. A. Estrin J. Phys. Chem. B 2004 108 18073 18080
193. T. Kamachi A. F. Shestakov K. Yoshizawa J. Am. Chem. Soc. 2004 126 3672 3673
194. P. K. Sharma R. Kevorkiants S. P. De Visser D. Kumar S. Shaik Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 1129 1132
195. R. Davydov T. Matsui H. Fujii M. Ikeda-Saito B. M. Hoffman J. Am. Chem. Soc. 2003 125 16208 16209
196. E. S. Park M. R. Thomas S. G. Boxer J. Am. Chem. Soc. 2000 122 12297 12303
197. S. D. Dalosto J. M. Vanderkooi K. A. Sharp J. Phys. Chem. B 2004 108 6450 6457
198. A. C. De Dios E. M. Earle J. Phys. Chem. A 1997 101 8132 8134
199. M. Laberge J. M. Vankerkooi K. A. Sharp J. Phys. Chem. 1996 100 10793 10801
200. S. Shaik S. P. De Visser D. Kumar J. Am. Chem. Soc. 2004 126 11746 11749
201. L. Rivas C. M. Soares A. M. Baptista J. Simaan R. E. Di Paolo D. H. Murgida P. Hildebrandt Biophys. J. 2005 88 4188 4199