Bound CO Is a Molecular Probe of Electrostatic Potential in the Distal Pocket of Myoglobin

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 103, Issue 42, 1999, Pages 8817-8829

  Phillips Jr , George N ^a   Teodora, Miguel L ^a   Li, Tiansheng ^a   Smith, Benjamin ^a   Olson, John S ^a  

^a RICE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000348848     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9918205     Document Type: Article

References (74)

1. Springer, B. A.; Sligar, S. G.; Olson, J. S.; Phillips, G. N., Jr. Chem. Rev. 1994, 94, 699-714.
2. Olson, J. S.; Phillips, G. N., Jr. J. Biol. Chem. 1996, 271, 17593-17596.
3. Olson, J. S.; Phillips, G. N., Jr. J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 544-552.
4. Doherty, D. H.; Doyle, M. P.; Curry, S. R.; Vali, R. J.; Fattor, T. J.; Olson, J. S.; Lemon, D. D. Nat. Biotechnol. 1998, 16, 672-676.
5. Hartman, J. C.; Argoudelis, G.; Doherty, D.; Lemon, D.; Gorczynski, R. Eur. J. Pharmacol. 1998, 363, 175-178.
6. Mitchell, D. M.; Shapleigh, J. P.; Archer, A. M.; Alben, J. O.; Gannis, R. B. Biochemistry 1996, 35, 9446-9450.
7. Ray, G. B.; Li, X.-Y.; Ibers, J. A.; Sessler, J. L.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 162-176.
8. Deinum, G.; Stone, J. R.; Babcock, G. T.; Marietta, M. A. Biochemistry 1996, 35, 1540-1547.
9. Eiber, R.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9161-9175.
10. Gibson, Q. H.; Regan, R.; Elber, R.; Olson, J. S.; Carver, T. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 22022-22034.
11. Andrews, B. K.; Romo, T.; Clarage, J. B.; Pettitt, B. M.; Phillips, G. N., Jr. Structure 1998, 6, 587-594.
12. Beroza, P.; Case, D. A. Methods Enzymol. 1998, 295, 170-189.
13. Ghosh, A.; Bocian, D. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6363-6367.
14. Kushkuley, B.; Stavrov, S. S. Biophys. J. 1997, 72, 899-912.
15. Spiro, T. G.; Kozlowski, P. M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4524-4525.
16. Alben, J.; Caughey, W. Biochemsitry 1968, 7, 175-183.
17. Shimada, H.; Caughey, W. S. J. Biol. Chem. 1982, 257, 11893-11900.
18. Ansari, A.; J, B.; Braunstein, D.; Cowen, B.; Frauenfelder, H.; Hong, M.; Iben, I.; Johnson, J.; Ormos, P.; Suake, T.; Scholl, R. S.; A.; Steinbach, P.; Vittitow, J.; Young, R. Biophys. Chem. 1987, 26, 337-355.
19. Ormos, P.; Braunstein, D.; Frauenfelder, H.; Hong, M. K.; Lin, S.-L.; Sauke, T. B.; Young, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 8492-8496.
20. Sage, J. T.; Morikis, D.; Champion, P. M. Biochemistry 1991, 30, 1227-1237.
21. Ansari, A.; Berendzen, J.; Bowne, S.; Frauenfelder, H.; Iben, I.; Suke, T.; Shyamsunder, E.; Young, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 5000-5004.
22. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Science 1995, 269, 962-966.
23. Ma, J.; Shuanghong, H.; Straub, J. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2541-2551.
24. Li, T.; Quillin, M. L.; Phillips, G. N., Jr.; Olson, J. S. Biochemistry 1994, 33, 1433-1446.
25. Slebodnick, C.; Ibers, J. A. J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 521.
26. Kachalova, G. S.; Popov, A. N.; Bartunik, H. D. Science 1999, 284, 473-476.
27. Warshel, A.; Papazyan, A. Curr. Opt. Struct. Biol. 1998, 8, 211-217.
28. Bashford, D.; Karplus, M. Biochemistry 1990, 29, 10219-10225.
29. Gilson, M. K.; Sharp, K.; Honig, K. J. Comput. Chem. 1988, 9, 327-335.
30. Gilson, M.; Honig, B. Proteins 1988, 3, 32-52.
31. Reynolds, W. F.; Peat, I. R.; Freedman, M. H.; Lyerla, J. R., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 328-331.
32. Bhattacharya, S.; Sukits, S. F.; MacLaughlin, K. L.; Lecomte, J. T. Biophys. J. 1997, 73, 3230-3240.
33. Bhattacharya, S.; Lecomte, J. T. Biophys. J. 1997, 73, 3241-3256.
34. Norvell, J. C.; Nunes, A. C.; Schoenbom, B. P. Science 1975, 190, 568-570.
35. Hanson, J. C.; Schoenborn, B. P. J. Mol. Biol. 1981, 153, 117-146.
36. Cheng, X.; Schoenborn, B. P. J. Mol. Biol. 1991, 220, 381-399.
37. Abola, E. E.; Sussman, J. L.; Prilusky, J.; Manning, N. O. Methods Enzymol. 1997, 277, 556-571.
38. Sussman, J. L.; Lin, D.; Jiang, J.; Manning, N. O.; Prilusky, J.; Ritter, O.; Abola, E. E. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 1998, 54, 1078-1084.
39. Ling, J.; Li, T.; Olson, J. S.; Bocian, D. F. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1188, 417-421.
40. Zhao, X.; Vyas, K.; Nguyen, B.; Rajarathnam, K.; La Mar, G.; L, T.; Phillips, G. J.; Eich, R.; Olson, J.; Ling, J.; Bocian, D. J. Biol. Chem. 1995, 270, 20763-20774.
41. Anderton, C. L.; Hester, R. E.; Moore, J. N. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1338, 107-120.
42. Tomita, T.; Hirota, S.; Ogure, T.; Olson, J. S.; Kitagawa, T. J. Phys. Chem., in press.
43. Vogel, K. M.; Rush, T. S.; Kozlowski, P. M.; Spiro, T. G.; Dou, Y.; Ikeda-Saito, M.; Olson, J. S.; Zgierski, M. Z. Manuscript in preparation.
44. Rohlfs, R. J.; Mathews, A. J.; Carver, T. E.; Olson, J. S.; Springer, B. A.; Egeberg, K. D.; Sligar, S. G. J. Biol. Chem. 1990, 265, 3168-3176.
45. Brunger, A. T. X-PLOR Version 3.1: A system for X-ray crystallography and NMR; Yale University Press: New Haven, CT, 1992.
46. Davis, M.; Madura, J.; Luty, B.; McCammon, J. A. Program. Comput. Phys. Commun. 1990, 62, 187-197.
47. Madura, J.; Davis, M.; Gilson, M.; Luty, B.; Wade, R.; McCammon, J. Rev. Comput. Chem. 1993, 5.
48. Gilson, M.; Honig, B. Proteins 1988, 4, 7-18.
49. Nicholls, A.; Sharp, K. A.; Honig, B. Proteins 1991, 11, 281-296.
50. Koradi, R.; Billeter, M.; Wuthrich, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 51-55, 29-32.
51. Quillin, M. L.; Arduini, R. M.; Olson, J. S.; Phillips, G. N., Jr. J. Mol. Biol. 1993, 234, 140-155.
52. Cameron, A. D.; Smerdon, S.; Wilkinson, A.; Habash, J.; Helliwell, J. R.; Li, T.; Olson, J. Biochemistry 1993, 32, 13061-13070.
53. Yang, F.; Phillips, G. N., Jr. J. Mol. Biol. 1996, 256, 762-774.
54. Caughey, W. S.; Alben, J. O.; McCoy, S.; Boyer, S. H.; Charache, S.; Hathaway, P. Biochemistry 1969, 8, 59-62.
55. Balasubramanian, S.; Lambright, D. G.; Boxer, S. G. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 4718-4722,
56. Krzywda, S.; Murshudov, G. N.; Brzozowski, A. M.; Jaskolski, M.; Scott, E. E.; Klizas, S. A.; Gibson, Q. H.; Olson, J. S.; Wilkinson, A. J. Biochemistry 1998, 37, 15896-15907.
57. Park, E.; Andrews, S.; Hu, R.; Boxer, S. J. Phys. Chem., in press.
58. Vogel, K. M.; Kozlowski, P. M.; Zgierski, M. Z.; Spiro, T. G. Manuscript in preparation.
59. Hirota, S.; Li, T. S.; Phillips, G. N. J.; Olson, J. S.; Kitagawa, T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7845-7846.
60. Ivanov, D.; Sage, J. T.; Keim, M.; Powell, J. R.; Asher, S. A.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4139-4140.
61. Sage, J. T.; Jee, W. J. Mol. Biol. 1997, 274, 21-26.
62. Romo, T. Ph.D. Thesis, Rice University, 1998.
63. Oldfield, E.; Guo, K.; Augspurger, J. D.; Dykstra, C. E. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7537-7541.
64. Lai, H.; Li, T.; Lyons, D.; Phillips, G. J.; Olson, J.; Gibson, Q. Proteins 1995, 22, 322-339.
65. Kushkuley, B.; Stavrov, S. S. Biophys. J. 1996, 70, 1214-1229.
66. Jewsbury, P.; Kitagawa, T. Biophys. J. 1994, 67, 2236-2250.
67. Finzel, B. C.; Poulos, T. L.; Kraut, J. J. Biol. Chem. 1984, 259, 13027-13036.
68. Braunstein, D.; Ansari, A.; Berendzen, J.; Cowen, B. R.; Egeberg, K. D.; Frauenfelder, H.; Hong, M. K.; Ormos, P.; Sauke, T. B.; Scholl, R.; Schulte, A.; Sugar, S. G.; Springer, B. A.; Steinbach, P. J.; Young, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 8497-8501.
69. Eich, R. F.; Li, T.; Lemon, D. D.; Doherty, D. H.; Curry, S. R.; Aitken, J. F.; Matthews, A. J.; Johnson, K. A.; Smith, R. D.; Phillips, G. N., Jr.; Olson, J. S. Biochemistry 1996, 35, 6976-6983.
70. Eich, R. F. Ph.D. Thesis, Rice University, 1997.
71. Carver, T. E.; Brantley, R. E., Jr.; Singleton, E. W.; Arduini, R. M.; Quillin, M. L.; Phillips, G. N., Jr.; Olson, J. S. J. Biol. Chem. 1992, 267, 14443-14450.
72. Smerdon, S. J.; Dodson, G. G.; Wilkinson, A. J.; Gibson, Q. H.; Blackmore, R. S.; Carver, T. E.; Olson, J. S. Biochemistry 1991, 30, 6252-6260.
73. Egeberg, K. D.; Springer, B. A.; Silgar, S. G.; Carver, T. E.; Rohlfs, R. J.; Olson, J. S. J. Biol. Chem. 1990, 265, 11788-11795.
74. Smerdon, S. J.; Krzywda, S.; Brzozowski, A. M.; Davies, G. J.; Wilkinson, A. J.; Brancaccio, A.; Cutruzzolà, F.; Allocatelli, C. T.; Brunori, M.; Li, T.; Brantley, R. E., Jr.; Carver, T. E.; Eich, R. F.; Singleton, E.; Olson, J. S. Biochemistry 1995, 34, 8715-8725.