QM-MM Study of Nitrite Reduction by Nitrite Reductase of Pseudomonas aeruginosa

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 46, 2004, Pages 18073-18080

  Martí, Marcelo A ^a   Crespo, Alejandro ^a   Bari, Sara E ^a   Doctorovich, Fabio A ^a   Estrin, Darío A ^a  

^a Instituto de Quimica Fisica de los Materiales Medio Ambiente y Energia   (Argentina)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYSIS; CHARGE TRANSFER; DEHYDRATION; DENITRIFICATION; OXIDATION; PROTEINS;

NITRITE REDUCTION; REDUCTION POTENTIAL; X-RAY STRUCTURES;

NITROGEN COMPOUNDS;

EID: 9944259599     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp048807r     Document Type: Article

References (57)

1. Zumft, W. G. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1997, 61, 5333-616.
2. Yamanake, T.; Ota, A.; Okunuki, K. Biochim. Biophys. Acta 1961, 53, 294-308.
3. Greenwod, C.; Barber, D.; Parr, S. R.; Antonini, E.; Brunori, M.; Colosimo, A. Biochem. J. 1978, 173, 11-17.
4. Horio, T.; Higashi, T.; Sasagawa, M.; Kusai, K.; Nakai, M.; Okunki, K. Biochem. J. 1960, 77, 194-201.
5. Averill, B. A.; Tiedje, M. FEBS Lett. 1982, 138, 8.
6. Enemark, J. H.; Feltham, R. D. Coord. Chem. Rev. 1974, 13, 339.
7. Wasser, I. M.; de Vries, S.; Moenne Loccoz, P.; Schroeder, I.; Karlin, K. D. Chem. Rev. 2002, 102, 1201-1234.
8. Yamanaka, T. S.; Kijinoto, S.; Okumuki, K. J. Biochem. 1963, 53, 416-421.
9. Rainey, F. A. Int. J. Syst. Bacteriol. 1999, 49, 645-651.
10. Moir, J. W. B.; Baratta, D.; Richardson, D. J.; Ferguson, S. J. Eur. J. Biochem. 1993, 212, 377-385.
11. Timkovich, R.; Dhesi, R.; Martinkus, K. J.; Robinson, M. K.; Rea, T. M. Arch. Biochem. Biophys. 1982, 275, 47-58.
12. Weeg-Ardessen, E.; Wu, W.; Ye, R. W.; Tledje, J. M.; Chang, C. K. J. Biol. Chem. 1991, 266, 7496-7502.
13. Nurizzo, D.; Silvestrini, M. C.; Mathieu, M.; Cutruzzola, F.; Bourgeois, D.; Fulop, V.; Hajdu, J.; Brunori, M.; Tegoni, M.; Cambillau, C. Structure 1997, 5, 1157.
14. Nurizzo, D.; Cutruzzola, F.; Arese, M.; Bourgeois, D.; Brunori, M.; Cambillau, C.; Tegoni, M. Biochemistry 1998, 37, 13987.
15. Chang, C. K.; Barkigia, K. M.; Hanson, L. K.; Fajer, J. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 1352.
16. Cutruzzola, F.; Brown, K.; Wilson, E. K.; Bellelli, A.; Arese, M.; Tegoni, M.; Cambillau, C.; Brunori, M. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2232-2237.
17. Silvestrini, M. V.; Galeotti, C. L.; Gervais, M.; Schinina, E.; Barra, D.; Bossa, F.; Brunori, M. FEBS Lett. 1989, 254, 3367.
18. Cheesman, M. R.; Ferguson, S. J.; Moir, J. W. B.; Richardson, D. J.; Zumpft, W. G.; Thompson, A. Biochemistry 1997, 36, 16267.
19. Allen, J. W. A.; Watmough, N. J.; Ferguson, S. J. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 885.
20. Loew, G. H.; Harris, D. L. Chem. Rev. 2000, 100, 407-419.
21. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A. Chem. Rev. 2000, 100, 421.
22. Sigfridsson, E.; Ryde, U. J. Biol. Inorg. Chem. 1999, 4, 99.
23. Schoneboom, J. C.; Lin, H.; Reuter, N.; Thiel, W.; Cohen, S.; Ogliaro, F.; Shaik, S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124 (27), 8142-8151.
24. Scherlis, D. A.; Cymeryng, C. B.; Estrin, D. A. Inorg. Chem. 2000, 39 (11), 2352-2359.
25. Rovira, C.; Kunc, K.; Hutter, J.; Ballone, P.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 8914.
26. Scherlis, D. A.; Martí, M. A.; Ordejón, P.; Estrin, D. A. Int. J. Quantum Chem. 2002, 90 1505-1514.
27. Scherlis, D. A.; Estrin, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8436.
28. Tsukamoto, K.; Nakamura, S.; Shimizu, K. J. Mol. Struct. THEOCHEM 2003, 624, 309-322.
29. Einsle, O.; Messerschmidt, A.; Huber, R.; Kroneck, P. M. H.; Neese, F. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11737-11745.
30. Ghosh, A.; Wondimagegn, T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8101.
31. Ranghino, G.; Scorza, E.; Sjorgen, T.; Williams, P. A.; Ricci, M.; Hajdu, J. Biochemistry 2000, 39, 10958-10966.
32. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
33. Zhang, X.; Harrison, D. H. T.; Cui, Q. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124 (50), 14871-14878.
34. Faulder, P. F.; Tresadern, G.; Chohan, K. K.; Scrutton, N. S.; Sutcliffe, M. J.; Hillier, I. H.; Burton, N. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123 (35), 8604-8605.
35. Ridder, L.; Harvey, J. N.; Rietjens, M. C. M.; Vervoort, J.; Mulholland, A. J. J. Phys. Chem. B. 2003, 107 (9), 2118-2126.
36. Diaz, N.; Suarez, D.; Sordo, T. L.; Merz, K. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123 (31), 7574-7583.
37. Devi-Kesavan, L. S.; Gao, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125 (6), 1532-1540.
38. Cosby, K.; Partovi, K. S.; Crawford, J. H.; Patel, R. P.; Reiter, C. D.; Martyr, S.; Yang, B. K.; Waclawiw, M. A.; Zalos, G.; Xu, X.; Huang, K. T.; Shields, H.; Kim-Shapiro, D. B.; Schlechter, A. N.; O'Cannon, R.; Gladwin, M. T. Nature Medicine 2003, 9, 1498-1505.
39. Soler, J. M.; Artacho, E.; Gale, J.; García, A.; Junquera, J.; Ordejón, P.; Sánchez-Portal, D. J. Phys: Condens. Matter 2002, 14, 2745.
40. Martí, M. A.; Scherlis, D. A.; Doctorovich, F. A.; Ordejón, P.; Estrin, D. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2003, 6, 595-600.
41. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993.
42. Louie, S. G.; Froyen, S.; Cohen, M. L. Phys. Rev. B 1982, 26, 1738.
43. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
44. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
45. Eichinger, M.; Tavan, P. J. Chem. Phys. 1999, 110 (21), 10452.
46. Rovira, C.; Schultze, B.; Eichinger, M.; Evanseck, J. D.; Parrinello, M. Biophys J. 2001, 81, 435.
47. Crespo, A.; Scherlis, D. A.; Martí, M. A.; Ordejón, P.; Roitberg, A. E.; Estrin, D. A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13728-13736.
48. Richter-Addo, G. B.; Legzdins, P. Metal Nitrosyls; Oxford University Press: New York, 1992.
49. Williams, P. A.; Fulop, V.; Garman, E. F.; Saunders, N. F. W.; Ferguson, S. J.; Hadju, J. Nature 1997, 389, 406.
50. Silvestrini, M. C.; Tordi, M. G.; Musci, G.; Brunori, M. J. Biol. Chem. 1990, 205, 11783.
51. Wang, Y.; Averill, B. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3972.
52. Laverman, L. E.; Ford, P. C. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11614-11622.
53. Kanti Das, T.; Wilson, E. K.; Cutruzzola, F.; Brunori, M.; Rousseau, D. L. Biochemistry 2001, 40, 10774-10781.
54. George, S. J.; Allen, J. W. A.; Ferguson, S. J.; Throneley, R. N. F. J. Biol. Chem. 2000, 275, 33231.
55. Wanat, A.; Gdula-Argasinska, J.; Rutkowska-Zbik, D.; Witko, M.; Stoechel, G.; Van Eldick, R. J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 165-176.
56. Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakatsuji, L. Z.; Liu, H.; Yang W. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 838-847.
57. Finnegan, M. G.; Lappin, A. G.; Scheidt, R. W. Inorg. Chem. 1990, 29, 181-185.