Design of compound libraries based on natural product scaffolds and protein structure similarity clustering (PSSC)

Molecular BioSystems

Volumn 1, Issue 1, 2005, Pages 36-45

  Balamurugan, Rengarajan ^a,b   Dekker, Frank J ^a,b   Waldmann, Herbert ^a,b  

^a MAX PLANCK INSTITUTE OF MOLECULAR PHYSIOLOGY   (Germany)

^b TU DORTMUND UNIVERSITY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

11BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE; ACETYLCHOLINESTERASE; BIOLOGICAL PRODUCT; CDC25A PROTEIN; CELL RECEPTOR; ENZYME INHIBITOR; LIGAND; PROTEIN; PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMBINATORIAL CHEMISTRY; PROTEIN CONFORMATION; REVIEW; SYNTHESIS;

11-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASES; ACETYLCHOLINESTERASE; BIOLOGICAL PRODUCTS; CDC25 PHOSPHATASE; COMBINATORIAL CHEMISTRY TECHNIQUES; ENZYME INHIBITORS; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS; RECEPTORS, CYTOPLASMIC AND NUCLEAR;

EID: 28944443244     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b503623b     Document Type: Review

References (90)

1. R. E. Dolle J. Comb. Chem. 2004 6 623
2. M. D. Burke S. L. Schreiber Angew. Chem. Int. Ed. 2004 43 46
3. S. L. Schreiber Chem. Eng. News 2003 81 9 51
4. S. L. Schreiber Science 2000 287 1964
5. W. P. Walters M. A. Murcko Adv. Drug Deliv. Rev. 2002 54 255
6. J. R. Proudfoot Bioorg. Med. Chem. Lett. 2002 12 1647
7. D. E. Clark S. D. Pickett Drug Discov. Today 2000 5 49
8. W. P. Walters Ajay M. A. Murcko Curr. Opin. Chem. Biol. 1999 3 384
9. Ajay W. P. Walter M. A. Murcko J. Med. Chem. 1998 41 3314
10. A. K. Ghose V. N. Viswanadhan J. J. Wendoloski J. Comb. Chem. 1999 1 55
11. F. J. Dekker M. A. Koch H. Waldmann Curr. Opin. Chem. Biol. 2005
12. M. A. Koch H. Waldmann Drug Discov. Today 2005 10 471
13. M. A. Koch and H. Waldmann, in Chemogenomics in Drug Discovery, A Medicinal Chemistry Perspective, ed., H. Kubinyi and G. Müller,, Wiley-VCH, 2004, p. 377
14. M. A. Koch R. Breinbauer H. Waldmann Biol. Chem. 2003 384 1265
15. R. Breinbauer I. R. Vetter H. Waldmann Angew. Chem. Int. Ed. 2002 41 2878
16. B. E. Evans K. E. Rittle M. G. Bock R. M. DiPrado R. M. Freidinger W. L. Whitter G. F. Lundell D. F. Veber P. S. Anderson R. S. L. Chang V. J. Lotti D. J. Cerino T. B. Chen P. J. Kling K. A. Kunkel J. P. Springer J. Hirshfield J. Med. Chem. 1988 31 2235
17. D. J. Newman G. M. Cragg K. M. Snader J. Nat. Prod. 2003 66 1022
18. D. J. Newman G. M. Cragg K. M. Snader Nat. Prod. Rep. 2000 17 215
19. R. E. Sammelson M. J. Kurth Chem. Rev. 2001 101 137
20. R. G. Franzen J. Comb. Chem. 2000 2 195
21. K. Burgess, in Solid Phase Organic Synthesis, Wiley-Interscience, New York, 2000
22. F. Z. Dorwald, in Organic Synthesis on Solid Phase-Supports, Linkers, Reactions, Wiley-VCH, Weineheim, Germany, 2000
23. B. A. Lorbach M. J. Kurth Chem. Rev. 1999 99 1549
24. C. Watson Angew. Chem. Int. Ed. 1998 38 1903
25. D. L. Boger J. Desharnais K. Capps Angew. Chem. Int. Ed. 2003 42 4138
26. D. G. Hall S. Manku F. Wang J. Comb. Chem. 2001 3 125
27. P. M. Abreu P. S. Branco J. Braz. Chem. Soc. 2003 14 675
28. A. M. Boldi Curr. Opin. Chem. Biol. 2004 8 281
29. J.-Y. Ortholand A. Ganesan Curr. Opin. Chem. Biol. 2004 8 271
30. A. M. Rouhi Chem. Eng. News 2003 81 41 104
31. R. Breinbauer M. Manger M. Scheck H. Waldmann Curr. Med. Chem. 2002 9 2129
32. U. Abel C. Koch M. Speitling F. G. Hansske Curr. Opin. Chem. Biol. 2002 6 453
33. K. C. Nicolaou J. A. Pfefferkorn Biopolymers (Peptide Science) 2001 60 171
34. P. Arya R. Joseph D. T. H. Chou Chem. Biol. 2002 9 145
35. A. Ganesan Pure Appl. Chem. 2001 73 1033
36. L. Wessjohann Curr. Opin. Chem. Biol. 2000 4 303
37. O. Barun S. Sommer H. Waldmann Angew. Chem. Int. Ed. 2004 43 3195
38. P. Arya C.-Q. Wei M. L. Barnes M. Daroszewska J. Comb. Chem. 2004 6 65
39. Z. Gan P. T. Reddy S. Quevillon S. Couve-Bonnaire P. Arya Angew. Chem. Int. Ed. 2005 44 2
40. C. Rosenbaum P. Baumhof R. Mazitschek O. Müller A. Giannis H. Waldmann Angew. Chem. Int. Ed. 2004 43 224
41. C. Rosenbaum S. Röhrs O. Müller H. Waldmann J. Med. Chem. 2005 48 1179
42. S. Couve-Bonnaire D. T. H. Chou Z. Gan P. Arya J. Comb. Chem. 2004 6 73
43. M. A. Koch L. Wittenberg S. Basu D. A. Jeyaraj E. Gourzoulidou K. Reinecke A. Odermatt H. Waldmann Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 16721
44. W. A. Lim Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 12 61
45. N. V. Grishin J. Struct. Biol. 2001 134 167
46. A. F. W. Coulson J. Moult Proteins 2002 46 61
47. E. V. Koonin I. Y. Wolf G. P. Karev Nature 2002 420 218
48. H. Leonov J. S. B. Mitchell I. T. Arkin Proteins 2003 51 352
49. A. Grant D. Lee C. Orengo Genome Biol. 2004 5 107
50. A. Lupas C. P. Ponting R. B. Russell J. Struct. Biol. 2001 134 191
51. S. Govindarajan R. Recabarren R. A. Goldstein Proteins 1999 35 408
52. C. P. Ponting, J. Schultz, R. R. Copley, M. A. Andrade and P. Bork, in Advances in Protein Chemistry, ed., P. Bork,, Academic Press, 2000, vol. 54, p. 185
53. A. E. Todd C. A. Orengo J. M. Thornton Curr. Opin. Chem. Biol. 1999 3 548
54. C. Chothia J. Gough C. Vogel S. A. Teichmann Science 2003 300 1701
55. A. G. Murzin S. E. Brenner T. Hubbard C. Chothia J. Mol. Biol. 1995 247 536
56. A. Andreeva D. Howorth S. E. Brenner T. J. P. Hubbard C. Chothia A. G. Murzin Nucleic Acids Res. 2004 32 D226
57. C. A. Orengo A. D. Michie S. Jones D. T. Y. Jones M. B. Swindells J. M. Thornton Structure 1997 5 1093
58. http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/
59. R. B. Russell P. D. Sasieni M. J. E. Sternberg J. Mol. Biol. 1998 282 903
60. V. Anantharaman L. Aravind E. V. Koonin Curr. Opin. Chem. Biol. 2003 7 12
61. S. Jones J. M. Thornton Curr. Opin. Chem. Biol. 2004 8 3
62. A. Stark A. Shukumatov R. B. Russell Structure 2004 12 1405
63. D. La B. Sutch D. R. Livesay Proteins: Structure, Function and Bioinformatics 2005 58 309
64. M. Downes M. A. Verdecia A. J. Roecker R. Hughes J. B. Hogenesch H. R. Kat-Woelbern M. E. Bowman J.-L. Ferrer A. M. Anisfeld P. A. Edwards J. M. Rosenfeld J. G. A. Alvarez J. P. Noel K. C. Nicolaou R. M. Evans Mol. Cell 2003 11 1079
65. T. Claudel E. Sturm F. Kuipers B. Staels Expert Opin. Investigational Drugs 2004 13 1135
66. C. Handschin U. A. Meyer Arch. Biochem. Biophys. 2005 433 387
67. K. C. Nicolaou R. M. Evans A. J. Roecker R. Hughes M. Downes J. A. Pfefferkorn Org. Biomol. Chem. 2003 1 908
68. K. C. Nicolaou J. A. Pfefferkorn A. J. Roecker G.-Q. Cao S. Barluenga H. J. Mitchell J. Am. Chem. Soc. 2000 122 9939
69. K. C. Nicolaou J. A. Pfefferkorn H. J. Mitchell A. J. Roecker S. Barluenga G.-Q. Cao R. L. Affleck J. E. Lillig J. Am. Chem. Soc. 2000 122 9954
70. M. Robinson-Rechavi H. E. Garcia V. Laudet J. Cell Sci. 2003 116 585
71. H. Gronemeyer J.-Å. Gustafsson V. Laudet Nature Rev. 2004 3 950
72. V. C. Jordan Cancer Cell 2004 5 207
73. C. A.d. la Lastra S. Sanchez-Fidalgo I. Villegas V. Motilva Curr. Pharm. Des. 2004 10 3505
74. L. Holm C. Sander Science 1996 273 595
75. I. N. Shindyalov P. E. Bourne Protein Eng. 1998 11 739
76. I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2001 29 228
77. M. A. Lyon A. P. Ducruet P. Wipf J. S. Lazo Nat. Rev. Drug Discov. 2002 1 961
78. E. B. Fauman J. P. Congswell B. Lovejoy W. J. Rocque W. Holmes V. G. Montana H. Piwnica-Worms M. J. Rink M. A. Saper Cell 1998 93 617
79. L. Bialy H. Waldmann Angew. Chem. Int. Ed. 2005
80. M. Racchi M. Mazzucchelli E. Porrello C. Lanni S. Govoni Pharmacol. Res. 2004 50 441
81. B. R. Walker J. R. Seckl Expert Opin. Ther. Targets 2003 7 771
82. G. P. Chrousos Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 6329
83. H. Masuzaki J. Paterson H. Shinyama N. M. Morton J. J. Mullins J. R. Seckl J. S. Flier Science 2001 294 2166
84. R. A. S. Schweizer A. G. Atanasov B. M. Frey A. Odermatt Mol. Cell Endocrinol. 2003 212 41
85. S. A. Ross E. A. Gulve M. Wang Chem. Rev. 2004 104 1255
86. T. C. Sandeep J. L. W. Yau A. M. J. MacLullich J. Noble I. J. Deary B. R. Walker J. R. Seckl Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 6734
87. M. I. New R. C. Wilson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 12790
88. S. P. Gunasekera P. J. McCarthy M. Kelly-Borges J. Am. Chem. Soc. 1996 118 8759
89. D. Brohm S. Metzger A. Bhargava O. Müller F. Lieb H. Waldmann Angew. Chem. Int. Ed. 2002 41 307
90. D. Brohm N. Philippe S. Metzger A. Bhargava O. Müller F. Lieb H. Waldmann J. Am. Chem. Soc. 2002 124 13171