Strategies for combinatorial biosynthesis with modular polyketide synthases

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 6, Issue 6, 2003, Pages 489-500

  Donadio, S ^a   Sosio, M ^a  

^a Vicuron Pharmaceuticals   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AVERMECTIN; CARBOXYLIC ACID DERIVATIVE; NYSTATIN; POLYKETIDE; POLYKETIDE SYNTHASE; RAPAMYCIN; RIFAMYCIN B;

COMBINATORIAL CHEMISTRY; ENZYME ANALYSIS; ENZYME MECHANISM; GENETIC ENGINEERING; GENETIC MANIPULATION; HYBRID; MODEL; POLYMERIZATION; PRIORITY JOURNAL; REVIEW;

EID: 0141736926     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620703106298671     Document Type: Review

References (80)

1. Hopwood, D.A. Microbiology, 1999, 145, 2183.
2. Bentley, R.; Bennett, J.W. Annu. Rev. Microbiol., 1999, 53, 411.
3. Khosla, C. J. Org. Chem., 2000, 65, 8127.
4. Hopwood, D.A. Chem. Rev., 1997, 97, 2465.
5. Katz, L. Chem. Rev., 1997, 97, 2557.
6. Khosla, C.; Gokhale, R.S.; Jacobsen, J.R.; Cane, D.E. Annu. Rev. Biochem., 1999, 68, 219.
7. Katz, L.; Donadio, S. In Genetics and Biochemistry of Antibiotic Production; Vining, Stuttard, Eds.; Butterworth Heinemann: London, 1995, pp. 385-420.
8. Floss, H.G.; Yu, T.W. Curr. Opin. Chem. Biol., 1999, 3, 592.
9. Cane, D.E.; Walsh, C.T.; Khosla, C. Science, 1998, 282, 63.
10. Cane, D.E.; Walsh, C.T. Chem. Biol., 1999, 6, 319.
11. Funa, N.; Ohnishi, Y.; Fujii, I.; Shubuya, M.; Ebizuka, Y.; Horinuchi, S. Nature, 1999, 400, 897.
12. Cortes, J.; Haydock, S.F.; Roberts, G.A.; Bevitt, D.J.; Leadlay, P.F. Nature, 1990, 348, 176.
13. Donadio, S.; Staver, M.J.; McAlpine, J.B.; Swanson, S.J.; Katz, L. Science, 1991, 252, 675.
14. Xue, Y.; Zhao, L.; Liu, H.W.; Sherman, D.H. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95, 12111.
15. Swan, D.G.; Rodriguez, A.M.; Vilches, C.; Mendez, C.; Salas, J.A. Mol. Gen. Genet., 1994, 242, 358.
16. Shah, S.; Xue, Q.; Tang, L.; Carney, J.R.; Betlach, M.; McDaniel, R. J. Antibiot., 2000, 53, 502.
17. Volchegursky, Y.; Hu, Z.; Katz, L.; McDaniel, R. Mol. Microbiol., 2000, 37, 752.
18. DeHoff, B.S.; Sutton, K.L.; Rosteck, P.R. Jr. GeneBank Accession No. U78289.
19. Kakavas, S.J.; Katz, L.; Stassi, D. J. Bacteriol., 1997, 179, 7515.
20. Brautaset, T.; Sekurova, O.N.; Sletta, H.; Ellingsen, T.E.; Strm, A.R.; Valla, S.; Zotchev, S.B. Chem. Biol., 2000, 7, 395.
21. Aparicio, J.F.; Fouces, R.; Mendes, M.V.; Olivera, N.; Martin, J.F. Chem. Biol., 2000, 7, 895.
22. Schwecke, T.; Aparicio, J.F.; Molnar, I.; Konig, A.; Khaw, L.E.; Haydock, S.F.; Oliynyk, M.; Caffrey, P.; Cortes, J.; Lester, J.B.; Bohm, G.A.; Staunton, J.; Leadlay, P.F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, 92, 7839.
23. Motamedi, H.; Shafiee, A. Eur. J. Biochem., 1998, 256, 528.
24. Wu, K.; Chung, L.; Revill, W.P.; Katz, L.; Reeves, C.D. Gene, 2000, 251, 81.
25. August, P.R.; Tang, L.; Yoon, Y.J.; Ning, S.; Muller, R.; Yu, T.W.; Taylor, M.; Hoffmann, D.; Kim, C.G.; Zhang, X.; Hutchinson, C.R.; Floss, H.G. Chem. Biol., 1998, 5, 69.
26. Ikeda, H.; Nonomiya, T.; Usami, M.; Ohta, T.; Omura, S. Proc. Natl. Acad Sci. USA, 1999, 96, 9509.
27. Schupp, T.; Toupet, C.; Cluzel, B.; Neff, S.; Hill, S.; Beck, J.J.; Ligon, J.M. J. Bacteriol., 1995, 177, 3673.
28. Molnar, I.; Schupp, T.; Ono, M.; Zirkle, R.; Milnamow, M.; Nowak-Thompson, B.; Engel, N.; Toupet, C.; Stratmann, A.; Cyr, D.D.; Gorlach, J.; Mayo, J.M.; Hu, A.; Goff, S.; Schmid, J.; Ligon, J.M. Chem. Biol., 2000, 7, 97.
29. Tang, L.; Shah, S.; Chung, L.; Carney, J.; Katz, L.; Khosla, C.; Julien, B. Science, 2000, 287, 640.
30. Silakowski, B.; Schairer, U.H.; Ehret, H.; Kunze, B.; Weinig, S.; Nordsiek, G.; Brandt, P.; Blocker, H.; Hofle, G.; Beyer, S.; Muller, R. J. Biol. Chem., 1999, 274, 37391.
31. Nishizawa, T.; Ueda, A.; Asayama, M.; Fujii, K.; Harda, K.; Ochi, K.; Shirai, N. J. Biochem., 2000, 127, 779
32. Bender, C.L.; Alarcon-Chaidez, F.; Gross, D.C. Microbiol. Mol. Biol. Rev., 1999, 63, 266.
33. Albertini, A.M.; Caramori, T.; Scoffone, F.; Scotti, C.; Galizzi, A. Microbiology, 1995, 141, 299.
34. Cole, S.T.; Brosch, R.; Parkhill, J.; Garnier, T.; Churcher, C.; Harris, D., Gordon, S.V.; Eiglmeier, K.; Gas, S.; Barry, C.E. III; Tekaia, F.; Badcock, F.; Basham, D.; Brown, D.; Chillingworth, T.; Connor, E.; Davies, R.; Devlin, K.; Feltwell, T.; Gentles, S.; Hamlin, N.; Holroyd, S.; Hornsby, T.; Jagels, K. ; Krogh, A.; Mclean, J.; Moule, S.; Murphy, L.; Oliver, K.; Osborne, J.; Quail, M.A.; Rajandream, M.-A.; Rogers, J.; Rutter, S.; Seeger, K.; Skelton, J.; Squares, R.; Squares, S.; Sulston, J.E.; Taylor, K.; Whitehead, S.; Barrell, B.G. Nature, 1998, 393, 537.
35. Ruan, X.; Stassi, D.; Lax, S.A.; Katz, L. Gene, 1997, 203, 1.
36. Sosio, M.; Bossi, E.; Bianchi, A.; Donadio, S. Mol. Gen. Genet., 2000, 264, 213.
37. Katz, L.; Donadio, S. Annu. Rev. Microbiol., 1993, 47, 875.
38. Hutchinson, C.R.; Fujii, I. Annu. Rev. Microbiol., 1995, 49, 201.
39. Bisang, C.; Long, P.F.; Cortes, J.; Westcott, J.; Crosby, J.; Matharu, A.L.; Cox, R.J.; Simpson, T.J.; Staunton, J.; Leadlay, P.F. Nature, 1999, 401, 502.
40. Konz, D.; Marahiel, M. Chem. Biol., 1999, 6, R39.
41. Kao, C.M.; Katz, L.; Khosla, C. Science, 1994, 265, 509.
42. Xue, Q.; Ashley, G.; Hutchinson, C.R.; Santi, D.V. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 11740.
43. Rowe, C.J.; Cortes, J.; Gaisser, S.; Staunton, J.; Leadlay, P.F. Gene, 1998, 215, 215.
44. Cortes, J.; Wiesmann, K.E.; Roberts, G.A.; Brown, M.J.; Staunton, J.; Leadlay, P.F. Science, 1995, 268, 1487.
45. Kao, C.M.; Luo, G.; Katz, L.; Cane, D.E.; Khosla, C. J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 9105.
46. Pieper, R.; Luo, G.; Cane, D.E.; Khosla, C. Nature, 1995, 378, 263.
47. Wiesmann, K.E.; Cortes, J.; Brown, M.J.; Cutter, A.L.; Staunton, J.; Leadlay, P.F. Chem. Biol., 1995, 2, 583.
48. Pieper, R.; Gokhale, R.S.; Luo, G.; Cane, D.E.; Khosla, C. Biochemistry, 1997, 36, 1846.
49. Bycroft, M.; Weissman, K.J.; Staunton, J.; Leadlay, P.F. Eur. J. Biochem., 2000, 267, 520.
50. Gokhale, R.S.; Tsuji, S.Y.; Cane, D.E.; Khosla, C. Science, 1999, 284, 482.
51. Walsh, C.T.; Gehring, A.M.; Weinreb, P.H.; Quadri, L.E.; Flugel, R.S. Curr. Opin. Chem. Biol., 1997, 1, 309.
52. Weissman, K.J.; Timoney, M.; Bycroft, M.; Grice, P.; Hanefeld, U.; Staunton, J.; Leadlay, P.F. Biochemistry, 1997, 36, 13849.
53. Marsden, A.F.; Caffrey, P.; Aparicio, J.F.; Loughran, M.S.; Staunton, J. ; Leadlay, P.F. Science, 1994, 263, 378.
54. Holzbaur, I.E.; Harris, R.C.; Bycroft, M.; Cortes, J.; Bisang, C.; Staunton, J.; Rudd, B.A.; Leadlay, P.F. Chem. Biol., 1999, 6, 189.
55. Kao, C.M.; McPherson, M.; McDaniel, R.N.; Fu, H.; Cane, D.E.; Khosla, C. J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 2478.
56. McDaniel, R.; Thamchaipenet, A.; Gustafsson, C.; Fu, H.; Betlach, M.; Ashley, G. Proc. Natl. Acad Sci. USA, 1999, 96, 1846.
57. Staunton, J.; Caffrey, P.; Aparicio, J.F.; Roberts, G.A.; Bethell, S.S.; Leadlay, P.F. Nat. Struct. Biol., 1996, 3, 188.
58. Aparicio, J.F.; Caffrey, P.; Marsden, A.F.; Staunton, J.; Leadlay, P.F. J. Biol. Chem., 1994, 269, 8524.
59. Kao, C.M.; Pieper, R.; Cane, D.E.; Khosla, C. Biochemistry, 1996, 35, 12363.
60. Gokhale, R.S.; Lau, J.; Cane, D.E.; Khosla, C. Biochemistry, 1998, 37, 2524.
61. Witkowski, A.; Joshi, A.K.; Rangan, V.S.; Falick, A.M.; Witkowska, H.E.; Smith, S. J. Biol. Chem., 1999, 274, 11557.
62. Tang, L.; Fu, H.; McDaniel, R. Chem. Biol., 2000, 7, 77.
63. Katz, L.; McDaniel, R. Med. Res. Rev., 1999, 19, 543.
64. Gokhale, R.S.; Hunziker, D.; Cane, D.E.; Khosla, C. Chem. Biol., 1999, 6, 117.
65. Xue, Y.; Sherman, D.H. Nature, 2000, 403, 571.
66. Chen, S.; Xue, Y.; Sherman, D.H.; Reynolds, K.A. Chem. Biol., 2000, 7, 907.
67. Tang, L.; Fu, H.; Betlach, M.C.; McDaniel, R. Chem. Biol., 1999, 6, 553.
68. Wilkinson, B.; Foster, G.; Rudd, B.A.; Taylor, N.L.; Blackaby, A.P.; Sidebottom, P.J.; Cooper, D.J.; Dawson, M.J.; Buss, A.D.; Gaisser, S.; Bohm, I.U.; Rowe, C.J.; Cortes, J.; Leadlay, P.F.; Staunton, J. Chem. Biol., 2000, 7, 111.
69. Ruan, X.; Pereda, A.; Stassi, D.L.; Zeidner, D.; Summers, R.G.; Jackson, M.; Shivakumar, A.; Kakavas, S.; Staver, M.J.; Donadio, S.; Katz, L. J. Bacteriol., 1997, 179, 6416.
70. Stassi, D.L.; Kakavas, S.J.; Reynolds, K.A.; Gunawardana, G.; Swanson, S.; Zeidner, D.; Jackson, M.; Liu, H.; Buko, A.; Katz, L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95, 7305.
71. Lau, J.; Fu, H.; Cane, D.E.; Khosla, C. Biochemistry, 1999, 38, 1643.
72. Donadio, S.; McAlpine, J.B.; Sheldon, P.J.; Jackson, M.; Katz, L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, 90, 7119.
73. Kuhstoss, S.; Huber, M.; Turner, J.R.; Paschal, J.W.; Rao, R.N. Gene, 1996, 183, 231.
74. Marsden, A.F.; Wilkinson, B.; Cortes, J.; Dunster, N.J.; Staunton, J.; Leadlay, P.F. Science, 1998, 279, 199.
75. Jacobsen, J.R.; Hutchinson, C.R.; Cane, D.E.; Khosla, C. Science, 1997, 277, 367.
76. Jacobsen, J.R.; Keatinge-Clay, A.T.; Cane, D.E.; Khosla, C. Bioorg. Med. Chem., 1998, 6, 1171.
77. Ranganathan, A.; Timoney, M.; Bycroft, M.; Cortes, J.; Thomas, I.P.; Wilkinson, B.; Kellenberger, L.; Hanefeld, U.; Galloway, I.S.; Staunton, J.; Leadlay, P.F. Chem. Biol., 1999, 6, 731.
78. Fu, H.; Khosla, C. Mol. Divers., 1996, 1, 121.
79. Khosla, C.; Zawada, R.J. Trends Biotechnol., 1996, 14, 335.
80. Sosio, M.; Giusino, F.; Cappellano, C.; Bossi, E.; Puglia, A.M.; Donadio, S. Nat. Biotechnol., 1999, 18, 343.