Microfluidics and microbial engineering

Lab on a Chip

Volumn 16, Issue 3, 2016, Pages 432-446

  Kou, Songzi ^a   Cheng, Danhui ^a   Sun, Fei ^a   Hsing, I Ming ^a  

^a HONG KONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Hong Kong)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA RECOMBINATION; ELECTRONICS; ENGINEERING; GENETICS; HIGH THROUGHPUT SCREENING; MICROBIAL CONSORTIUM; MICROBIAL ENGINEERING; MICROFLUIDICS; MICROORGANISM; MUTANT; NONHUMAN; OUTCOME ASSESSMENT; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; SINGLE CELL ANALYSIS; BACTERIUM; DEVICES; METABOLIC ENGINEERING; METABOLISM; MICROFLUIDIC ANALYSIS; PROCEDURES;

BACTERIA; METABOLIC ENGINEERING; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES;

EID: 84956813861     PISSN: 14730197     EISSN: 14730189     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5lc01039j     Document Type: Review

References (129)

1. T. Ellis X. Wang J. J. Collins Nat. Biotechnol. 2009 27 465 471
2. S. Patyar R. Joshi D. S. P. Byrav A. Prakash B. Medhi B. K. Das J. Biomed. Sci. 2010 17 21 21
3. L. Liu H. Redden H. S. Alper Curr. Opin. Biotechnol. 2013 24 1023 1030
4. F. Walsh B. Duffy PLoS One 2013 8 e65567
5. J. B. A. O. S. J. P. Gravesen J. Micromech. Microeng. 1993 3 168 182
6. S. Kim H. J. Kim N. L. Jeon Integr. Biol. 2010 2 584 603
7. A. Benedetto G. Accetta Y. Fujita G. Charras Lab Chip 2014 14 1336 1347
8. E. K. Sackmann A. L. Fulton D. J. Beebe Nature 2014 507 181 189
9. C. Probst A. Grunberger W. Wiechert D. Kohlheyer J. Microbiol. Methods 2013 95 470 476
10. J. Q. Boedicker M. E. Vincent R. F. Ismagilov Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 5908 5911
11. E. P. Kartalov S. R. Quake Nucleic Acids Res. 2004 32 2873 2879
12. A. M. Streets X. Zhang C. Cao Y. Pang X. Wu L. Xiong L. Yang Y. Fu L. Zhao F. Tang Y. Huang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 7048 7053
13. M. D. Vahey L. Quiros Pesudo J. P. Svensson L. D. Samson J. Voldman Lab Chip 2013 13 2754 2763
14. A. J. Hughes R. K. Lin D. M. Peehl A. E. Herr Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 5972 5977
15. J. Lee S. A. Soper K. K. Murray J. Mass Spectrom. 2009 44 579 593
16. C. J. Ingham J. E. T. van Hylckama Vlieg Lab Chip 2008 8 1604 1616
17. Y. Lei W. Chen A. Mulchandani Anal. Chim. Acta 2006 568 200 210
18. M. Park S.-L. Tsai W. Chen Sensors 2013 13 5777
19. G. A. Płaza I. Zjawiony I. M. Banat J. Pet. Sci. Eng. 2006 50 71 77
20. T. D. Brock K. M. Brock R. T. Belly R. L. Weiss Arch. Mikrobiol. 1972 84 54 68
21. T. Elad, J. H. Lee, M. B. Gu and S. Belkin, in Whole Cell Sensing Systems I: Reporter Cells and Devices, ed., S. Belkin, and, M. B. Gu, 2010, vol. 117, pp. 85-108
22. J. W. Lim D. Ha J. Lee S. K. Lee T. Kim Front. Bioeng. Biotechnol. 2015 3 61
23. A. Roda L. Cevenini S. Borg E. Michelini M. M. Calabretta D. Schuler Lab Chip 2013 13 4881 4889
24. M. Kim J. W. Lim H. J. Kim S. K. Lee S. J. Lee T. Kim Biosens. Bioelectron. 2015 65 257 264
25. A. Date P. Pasini S. Daunert Anal. Bioanal. Chem. 2010 398 349 356
26. N. Buffi D. Merulla J. Beutier F. Barbaud S. Beggah H. van Lintel P. Renaud J. Roelof van der Meer Lab Chip 2011 11 2369 2377
27. P. A. Cahill A. W. Knight N. Billinton M. G. Barker L. Walsh P. O. Keenan C. V. Williams D. J. Tweats R. M. Walmsley Mutagenesis 2004 19 105 119
28. J. Garcia-Alonso R. F. Fakhrullin V. N. Paunov Z. Shen J. D. Hardege N. Pamme S. J. Haswell G. M. Greenway Anal. Bioanal. Chem. 2011 400 1009 1013
29. J. Garcia-Alonso G. M. Greenway J. D. Hardege S. J. Haswell Biosens. Bioelectron. 2009 24 1508 1511
30. N. Mustafi A. Grunberger R. Mahr S. Helfrich K. Noh B. Blombach D. Kohlheyer J. Frunzke PLoS One 2014 9 11
31. L. Bendrioua M. Smedh J. Almquist M. Cvijovic M. Jirstrand M. Goksör C. B. Adiels S. Hohmann J. Biol. Chem. 2014 289 12863 12875
32. Y. Bai S. N. Patil S. D. Bowden S. Poulter J. Pan G. P. Salmond M. Welch W. T. Huck C. Abell Int. J. Mol. Sci. 2013 14 10570 10581
33. Y. Guo D. Cheng T. Y. Lee J. Wang I. M. Hsing Anal. Chem. 2010 82 9601 9605
34. J. Wang D. Cheng J. K.-L. Chan X. Luo H. Wu I. M. Hsing Sens. Actuators, B 2012 166-167 878 883
35. J. T. Panteli B. A. Forkus N. Van Dessel N. S. Forbes Integr. Biol. 2015 7 423 434
36. B. Kaehr J. B. Shear Lab Chip 2009 9 2632 2637
37. M. Al-Fandi M. A. Jaradat K. Fandi J. P. Beech J. O. Tegenfeldt T. C. Yih IET Nanobiotechnol. 2010 4 61 71
38. S. J. Park S. H. Park S. Cho D. M. Kim Y. Lee S. Y. Ko Y. Hong H. E. Choy J. J. Min J. O. Park S. Park Sci. Rep. 2013 3 3394
39. C. Zhang J. Xu W. Ma W. Zheng Biotechnol. Adv. 2006 24 243 284
40. D. Witters B. Sun S. Begolo J. Rodriguez-Manzano W. Robles R. F. Ismagilov Lab Chip 2014 14 3225 3232
41. L. Warren D. Bryder I. L. Weissman S. R. Quake Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 17807 17812
42. K. D. Dorfman S. B. King D. W. Olson J. D. P. Thomas D. R. Tree Chem. Rev. 2013 113 2584 2667
43. C. H. Wang K. Hsu C. Chou G. B. Lee IEEE Int. Conf. Micro Electro Mech. Syst. 2012 8457 985 988
44. E. T. Jansson C. L. Trkulja J. Olofsson M. Millingen J. Wikstrom A. Jesorka A. Karlsson R. Karlsson M. Davidson O. Orwar Anal. Chem. 2012 84 5582 5588
45. H. Zhang X. Yang K. Wang W. Tan H. Li X. Zuo J. Wen Biosens. Bioelectron. 2008 23 945 951
46. Y.-J. Ko J.-H. Maeng Y. Ahn S. Y. Hwang Sens. Actuators, B 2011 157 735 741
47. M. Kersaudy-Kerhoas F. Amalou A. Che J. Kelly Y. Liu M. P. Y. Desmulliez W. Shu Biotechnol. Bioeng. 2014 111 1627 1637
48. J. Sha Y. Wang J. Wang W. Liu Q. Tu A. Liu L. Wang J. Wang Anal. Methods 2011 3 1988 1994
49. A. B. Wang C. W. Cheng I. C. Lin F. Y. Lu H. J. Tsai C. C. Lin C. H. Yang P. T. Pan C. C. Kuan Y. C. Chen Y. W. Lin C. N. Chang Y. H. Wu T. Kurniawan C. W. Lin A. M. Wo L. C. Chen Electrophoresis 2011 32 423 430
50. F. Yang Y. Zhang S. Rafeah H. Ji S. Xie Y. Ning G.-J. Zhang RSC Adv. 2014 4 21541 21547
51. J. W. Hong Y. Chen W. F. Anderson S. R. Quake J. Phys.: Condens. Matter 2006 18 S691 S701
52. T. Geng C. Lu Lab Chip 2013 13 3803 3821
53. S. Movahed D. Li Microfluid. Nanofluid. 2011 10 703 734
54. S. Le Gac A. van den Berg Methods Mol. Biol. 2012 853 65 82
55. B. Qu Y. Eu W. Jeong D. Kim Lab Chip 2012 12 4483 4488
56. Y.-C. Chung Y.-S. Chen S.-H. Lin Sens. Actuators, B 2015 213 261 267
57. A. V. Shivange J. Marienhagen H. Mundhada A. Schenk U. Schwaneberg Curr. Opin. Chem. Biol. 2009 13 19 25
58. D. J. Shi C. L. Wang K. M. Wang J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2009 36 139 147
59. A. D. Griffiths S. C. Williams O. Hartley I. M. Tomlinson P. Waterhouse W. L. Crosby R. E. Kontermann P. T. Jones N. M. Low T. J. Allison EMBO J. 1994 13 3245 3260
60. I. Levin A. Aharoni Chem. Biol. 2012 19 929 931
61. C. Wyatt Shields Iv C. D. Reyes G. P. Lopez Lab Chip 2015 15 1230 1249
62. P. Vinuselvi S. Park M. Kim J. M. Park T. Kim S. K. Lee Int. J. Mol. Sci. 2011 12 3576 3593
63. L. Mazutis J. Gilbert W. L. Ung D. A. Weitz A. D. Griffiths J. A. Heyman Nat. Protoc. 2013 8 870 891
64. J. J. Agresti E. Antipov A. R. Abate K. Ahn A. C. Rowat J.-C. Baret M. Marquez A. M. Klibanov A. D. Griffiths D. A. Weitz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 4004 4009
65. J.-u. Shim L. F. Olguin G. Whyte D. Scott A. Babtie C. Abell W. T. S. Huck F. Hollfelder J. Am. Chem. Soc. 2009 131 15251 15256
66. J. S. Choi S. Bae K. H. Kim J. Y. H. Kim S. J. Sim T. S. Seo RSC Adv. 2014 4 61298 61304
67. L. Ma S. S. Datta M. A. Karymov Q. C. Pan S. Begolo R. F. Ismagilov Integr. Biol. 2014 6 796 805
68. L. Ma J. Kim R. Hatzenpichler M. A. Karymov N. Hubert I. M. Hanan E. B. Chang R. F. Ismagilov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 9768 9773
69. S. W. Lim T. M. Tran A. R. Abate PLoS One 2015 10 e0113549
70. T. D. Harris P. R. Buzby H. Babcock E. Beer J. Bowers I. Braslavsky M. Causey J. Colonell J. Dimeo J. W. Efcavitch E. Giladi J. Gill J. Healy M. Jarosz D. Lapen K. Moulton S. R. Quake K. Steinmann E. Thayer A. Tyurina R. Ward H. Weiss Z. Xie Science 2008 320 106 109
71. D. Pushkarev N. F. Neff S. R. Quake Nat. Biotechnol. 2009 27 847 850
72. A. R. Wu N. F. Neff T. Kalisky P. Dalerba B. Treutlein M. E. Rothenberg F. M. Mburu G. L. Mantalas S. Sim M. F. Clarke S. R. Quake Nat. Methods 2014 11 41 46
73. B. Treutlein D. G. Brownfield A. R. Wu N. F. Neff G. L. Mantalas F. H. Espinoza T. J. Desai M. A. Krasnow S. R. Quake Nature 2014 509 371 375
74. J. Zhu C. Qiu M. Palla T. Nguyen J. J. Russo J. Ju Q. Lin RSC Adv. 2014 4 4269 4277
75. M. Baker Nat. Methods 2010 7 351 355
76. E. F. Kirkness Nat. Biotechnol. 2009 27 998 999
77. R. Tewhey J. B. Warner M. Nakano B. Libby M. Medkova P. H. David S. K. Kotsopoulos M. L. Samuels J. B. Hutchison J. W. Larson E. J. Topol M. P. Weiner O. Harismendy J. Olson D. R. Link K. A. Frazer Nat. Biotechnol. 2009 27 1025 1031
78. A. R. Abate T. Hung R. A. Sperling P. Mary A. Rotem J. J. Agresti M. A. Weiner D. A. Weitz Lab Chip 2013 13 4864 4869
79. D. J. Eastburn Y. Huang M. Pellegrino A. Sciambi L. J. Ptáček A. R. Abate Nucleic Acids Res. 2015 43 e86
80. X. Li W. Chen Z. Li L. Li H. Gu J. Fu Trends Biotechnol. 2014 32 586 594
81. T. Konry A. Golberg M. Yarmush Sci. Rep. 2013 3 3179
82. F. Wu E. Van Rijn B. G. Van Schie J. E. Keymer C. Dekker Front. Microbiol. 2015 6 607
83. X. Shi W. Gao J. Wang S. H. Chao W. Zhang D. R. Meldrum Crit. Rev. Biotechnol. 2015 35 448 460
84. G. Ullman M. Wallden E. G. Marklund A. Mahmutovic I. Razinkov J. Elf Philos. Trans. R. Soc., B 2013 368 20120025
85. D. Binder A. Grunberger A. Loeschcke C. Probst C. Bier J. Pietruszka W. Wiechert D. Kohlheyer K. E. Jaeger T. Drepper Integr. Biol. 2014 6 755 765
86. S. Stratz K. Eyer F. Kurth P. S. Dittrich Anal. Chem. 2014 86 12375 12381
87. J. W. Lee E. Kjeang Biomicrofluidics 2010 4 041301
88. J. Yang S. Ghobadian P. J. Goodrich R. Montazami N. Hashemi Phys. Chem. Chem. Phys. 2013 15 14147 14161
89. E. Kjeang N. Djilali D. Sinton J. Power Sources 2009 186 353 369
90. S. A. M. Shaegh N. T. Nguyen S. H. Chan Int. J. Hydrogen Energy 2011 36 5675 5694
91. J. Biffinger M. Ribbens B. Ringeisen J. Pietron S. Finkel K. Nealson Biotechnol. Bioeng. 2009 102 436 444
92. H. Hou L. Li C. U. Ceylan A. Haynes J. Cope H. H. Wilkinson C. Erbay P. de Figueiredo A. Han Lab Chip 2012 12 4151 4159
93. S. Mukherjee S. Su W. Panmanee R. T. Irvin D. J. Hassett S. Choi Sens. Actuators, A 2013 201 532 537
94. H. Hou L. Li Y. Cho P. de Figueiredo A. Han PLoS One 2009 4 e6570
95. A. Schaap Y. Bellouard T. Rohrlack Biomed. Opt. Express 2011 2 658 664
96. M. Chen T. Mertiri T. Holland A. S. Basu Lab Chip 2012 12 3870 3874
97. H. S. Kim T. L. Weiss H. R. Thapa T. P. Devarenne A. Han Lab Chip 2014 14 1415 1425
98. S. Abalde-Cela A. Gould X. Liu E. Kazamia A. G. Smith C. Abell J. R. Soc., Interface 2015 12
99. H. Hou L. Li P. de Figueiredo A. Han Biosens. Bioelectron. 2011 26 2680 2684
100. N. Denervaud J. Becker R. Delgado-Gonzalo P. Damay A. S. Rajkumar M. Unser D. Shore F. Naef S. J. Maerkl Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 15842 15847
101. M. Burmølle J. S. Webb D. Rao L. H. Hansen S. J. Sørensen S. Kjelleberg Appl. Environ. Microbiol. 2006 72 3916 3923
102. K. Brenner L. You F. H. Arnold Trends Biotechnol. 2008 26 483 489
103. T. Arai S. Matsuoka H.-Y. Cho H. Yukawa M. Inui S.-L. Wong R. H. Doi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1456 1460
104. A. J. Stams C. M. Plugge F. A. de Bok B. H. van Houten P. Lens H. Dijkman J. Weijma Water Sci. Technol. 2005 52 13 20
105. H. Song M.-Z. Ding X.-Q. Jia Q. Ma Y.-J. Yuan Chem. Soc. Rev. 2014 43 6954 6981
106. K. D. Brune T. S. Bayer Front. Microbiol. 2012 3 203
107. K. Brenner D. K. Karig R. Weiss F. H. Arnold Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 17300 17304
108. B. L. Bassler Cell 2002 109 421 424
109. Y. H. Li X. Tian Sensors 2012 12 2519 2538
110. W. Bacchus M. Fussenegger Metab. Eng. 2013 16 33 41
111. Z. Li D. Hu Z. Zhao M. Zhou R. Liu J. F. Lo Biomed. Microdevices 2015 17 14
112. J. F. Lo E. Sinkala D. T. Eddington Lab Chip 2010 10 2394 2401
113. V. Miralles A. Huerre F. Malloggi M.-C. Jullien Diagnostics 2013 3 33
114. A. K. Wessel L. Hmelo M. R. Parsek M. Whiteley Nat. Rev. Microbiol. 2013 11 337 348
115. F. J. H. Hol C. Dekker Science 2014 346 1251821
116. R. Rusconi M. Garren R. Stocker Annu. Rev. Biophys. 2014 43 65 91
117. H. J. Kim J. Q. Boedicker J. W. Choi R. F. Ismagilov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18188 18193
118. J. Park A. Kerner M. A. Burns X. N. Lin PLoS One 2011 6 e17019
119. K. Leung H. Zahn T. Leaver K. M. Konwar N. W. Hanson A. P. Page C. C. Lo P. S. Chain S. J. Hallam C. L. Hansen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 7665 7670
120. M. C. Hesselman D. I. Odoni B. M. Ryback S. de Groot R. G. A. van Heck J. Keijsers P. Kolkman D. Nieuwenhuijse Y. M. van Nuland E. Sebus R. Spee H. de Vries M. T. Wapenaar C. J. Ingham K. Schroën V. A. P. Martins dos Santos S. K. Spaans F. Hugenholtz M. W. J. van Passel PLoS One 2012 7 e36982
121. A. E. Franks N. Malvankar K. P. Nevin Biofuels 2010 1 589 604
122. S. H. Hong M. Hegde J. Kim X. X. Wang A. Jayaraman T. K. Wood Nat. Commun. 2012 3 8
123. J. Kim H.-D. Park S. Chung Molecules 2012 17 9818
124. T. Lühmann H. Hall Materials 2009 2 1058
125. H. J. Kim W. Du R. F. Ismagilov Integr Biol 2011 3 126 133
126. T. D. Brock K. M. Brock R. T. Belly R. L. Weiss Arch. Mikrobiol. 1972 84 54 68
127. D. R. Gossett W. M. Weaver A. J. Mach S. C. Hur H. T. Tse W. Lee H. Amini D. Di Carlo Anal. Bioanal. Chem. 2010 397 3249 3267
128. S. Tokonami H. Shiigi T. Nagaoka Anal. Chim. Acta 2009 641 7 13
129. J. L. Connell E. T. Ritschdorff M. Whiteley J. B. Shear Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 18380 18385