Synthetic microbial consortia: From systematic analysis to construction and applications

Chemical Society Reviews

Volumn 43, Issue 20, 2014, Pages 6954-6981

  Song, Hao ^a   Ding, Ming Zhu ^a   Jia, Xiao Qiang ^a   Ma, Qian ^a   Yuan, Ying Jin ^a  

^a TIANJIN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HUMAN; MICROBIAL CONSORTIUM; PROCEDURES; SYNTHETIC BIOLOGY;

HUMANS; MICROBIAL CONSORTIA; SYNTHETIC BIOLOGY;

EID: 84907841705     PISSN: 03060012     EISSN: 14604744     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4cs00114a     Document Type: Review

References (206)

1. A. L. Slusarczyk A. Lin R. Weiss Nat. Rev. Genet. 2012 13 406 420
2. S. Mukherji A. van Oudenaarden Nat. Rev. Genet. 2009 10 859 871
3. E. Andrianantoandro S. Basu D. K. Karig R. Weiss Mol. Syst. Biol. 2006 2 2006.0028
4. A. S. Khalil J. J. Collins Nat. Rev. Genet. 2010 11 367 379
5. J. D. Keasling ACS Chem. Biol. 2008 3 64 76
6. J. M. Carothers J. A. Goler J. D. Keasling Curr. Opin. Biotechnol. 2009 20 498 503
7. H. Li A. F. Cann J. C. Liao Annu. Rev. Chem. Biomol. Eng. 2010 1 19 36
8. P. P. Peralta-Yahya F. Zhang S. B. del Cardayre J. D. Keasling Nature 2012 488 320 328
9. W. C. Ruder T. Lu J. J. Collins Science 2011 333 1248 1252
10. W. Weber M. Fussenegger Nat. Rev. Genet. 2012 13 21 35
11. C. A. Voigt Curr. Opin. Biotechnol. 2006 17 548 557
12. B. Canton A. Labno D. Endy Nat. Biotechnol. 2008 26 787 793
13. W. A. Lim Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010 11 393 403
14. S. Galanie M. S. Siddiqui C. D. Smolke Curr. Opin. Biotechnol. 2013 24 1000 1009
15. Y. H. Wang K. Y. Wei C. D. Smolke Annu. Rev. Chem. Biomol. Eng. 2013 4 69 102
16. P. E. M. Purnick R. Weiss Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2009 10 410 422
17. A. L. Chang J. J. Wolf C. D. Smolke Curr. Opin. Biotechnol. 2012 23 679 688
18. H. Alper G. Stephanopoulos Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 715 723
19. Y. Kung W. Runguphan J. D. Keasling ACS Synth. Biol. 2012 1 498 513
20. K. Brenner L. You F. H. Arnold Trends Biotechnol. 2008 26 483 489
21. H. Song S. Payne C. Tan L. You Biotechnol. J. 2011 6 837 849
22. A. Pai Y. Tanouchi C. H. Collins L. You Curr. Opin. Chem. Biol. 2009 20 461 470
23. J. S. Chuang Curr. Opin. Chem. Biol. 2012 16 370 378
24. M. T. Mee H. H. Wang Mol. BioSyst. 2012 8 2470 2483
25. W. Bacchus M. Fussenegger Metab. Eng. 2013 16 33 41
26. E. H. Wintermute P. A. Silver Genes Dev. 2010 24 2603 2614
27. S. R. Vartoukian R. M. Palmer W. G. Wade FEMS Microbiol. Lett. 2010 309 1 7
28. V. H. Pham J. Kim Trends Biotechnol. 2012 30 475 484
29. T. Kaeberlein K. Lewis S. S. Epstein Science 2002 296 1127 1129
30. E. Boon C. J. Meehan C. Whidden D. H. Wong M. G. Langille R. G. Beiko FEMS Microbiol. Rev. 2014 38 90 118
31. A. Konopka ISME J. 2009 3 1223 1230
32. K. Faust J. Raes Nat. Rev. Microbiol. 2012 10 538 550
33. A. E. Little C. J. Robinson S. B. Peterson K. F. Raffa J. Handelsman Annu. Rev. Microbiol. 2008 62 375 401
34. R. A. Rastall G. R. Gibson H. S. Gill F. Guarner T. R. Klaenhammer B. Pot G. Reid I. R. Rowland M. E. Sanders FEMS Microbiol. Ecol. 2005 52 145 152
35. V. V. Phelan W. T. Liu K. Pogliano P. C. Dorrestein Nat. Chem. Biol. 2012 8 26 35
36. C. M. Waters B. L. Bassler Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2005 21 319 346
37. M. Schuster D. J. Sexton S. P. Diggle E. P. Greenberg Annu. Rev. Microbiol. 2013 67 43 63
38. P. D. Straight R. Kolter Annu. Rev. Microbiol. 2009 63 99 118
39. C. A. Lowery T. J. Dickerson K. D. Janda Chem. Soc. Rev. 2008 37 1337 1346
40. A. Jayaraman T. K. Wood Annu. Rev. Biomed. Eng. 2008 10 145 167
41. S. Hooshangi W. E. Bentley Curr. Opin. Biotechnol. 2008 19 550 555
42. M. Schuster E. P. Greenberg IJMM, Int. J. Med. Microbiol. 2006 296 73 81
43. A. M. Stevens Y. Queneau L. Soulere S. von Bodman A. Doutheau Chem. Rev. 2011 111 4 27
44. W. R. Galloway J. T. Hodgkinson S. D. Bowden M. Welch D. R. Spring Chem. Rev. 2011 111 28 67
45. H. Huse M. Whiteley Chem. Rev. 2011 111 152 159
46. M. Okada I. Sato S. J. Cho H. Iwata T. Nishio D. Dubnau Y. Sakagami Nat. Chem. Biol. 2005 1 23 24
47. M. Thoendel J. S. Kavanaugh C. E. Flack A. R. Horswill Chem. Rev. 2011 111 117 151
48. N. Amara B. P. Krom G. F. Kaufmann M. M. Meijler Chem. Rev. 2011 111 195 208
49. V. M. Dembitsky A. A. Al Quntar M. Srebnik Chem. Rev. 2011 111 209 237
50. L. You R. S. Cox, 3rd R. Weiss F. H. Arnold Nature 2004 428 868 871
51. F. K. Balagadde L. You C. L. Hansen F. H. Arnold S. R. Quake Science 2005 309 137 140
52. T. Danino O. Mondragon-Palomino L. Tsimring J. Hasty Nature 2010 463 326 330
53. K. Brenner D. K. Karig R. Weiss F. H. Arnold Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 17300 17304
54. F. K. Balagadde H. Song J. Ozaki C. H. Collins M. Barnet F. H. Arnold S. R. Quake L. You Mol. Syst. Biol. 2008 4 187
55. J. H. Lee J. Lee FEMS Microbiol. Rev. 2010 34 426 444
56. A. J. Stams C. M. Plugge Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 568 577
57. S. Stolyar S. Van Dien K. L. Hillesland N. Pinel T. J. Lie J. A. Leigh D. A. Stahl Mol. Syst. Biol. 2007 3 92
58. B. Meyer J. Kuehl A. M. Deutschbauer M. N. Price A. P. Arkin D. A. Stahl J. Bacteriol. 2013 195 990 1004
59. C. B. Walker Z. He Z. K. Yang J. A. Ringbauer, Jr. Q. He J. Zhou G. Voordouw J. D. Wall A. P. Arkin T. C. Hazen S. Stolyar D. A. Stahl J. Bacteriol. 2009 191 5793 5801
60. P. M. Shrestha A. E. Rotaru M. Aklujkar F. Liu M. Shrestha Z. M. Summers N. Malvankar D. C. Flores D. R. Lovley Environ. Microbiol. Rep. 2013 5 904 910
61. J. C. Anderson E. J. Clarke A. P. Arkin C. A. Voigt J. Mol. Biol. 2006 355 619 627
62. H. Nagarajan M. Embree A. E. Rotaru P. M. Shrestha A. M. Feist B. O. Palsson D. R. Lovley K. Zengler Nat. Commun. 2013 4 2809
63. Z. M. Summers H. E. Fogarty C. Leang A. E. Franks N. S. Malvankar D. R. Lovley Science 2010 330 1413 1415
64. N. S. Malvankar D. R. Lovley Curr. Opin. Biotechnol. 2014 27 88 95
65. A. E. Rotaru P. M. Shrestha F. Liu M. Shrestha D. Shrestha M. Embree K. Zengler C. Wardman K. P. Nevina D. R. Lovley Energy Environ. Sci. 2014 7 408 415
66. F. H. Liu A. E. Rotaru P. M. Shrestha N. S. Malvankar K. P. Nevin D. R. Lovley Energy Environ. Sci. 2012 5 8982 8989
67. S. Kato K. Hashimoto K. Watanabe Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 10042 10046
68. S. Kato K. Hashimoto K. Watanabe Environ. Microbiol. 2012 14 1646 1654
69. A. Konovalova L. Sogaard-Andersen Mol. Microbiol. 2011 81 297 301
70. C. S. Hayes S. K. Aoki D. A. Low Annu. Rev. Genet. 2010 44 71 90
71. C. E. Alvarez-Martinez P. J. Christie MMBR, Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2009 73 775 808
72. M. Basler B. T. Ho J. J. Mekalanos Cell 2013 152 884 894
73. R. D. Hood P. Singh F. Hsu T. Guvener M. A. Carl R. R. Trinidad J. M. Silverman B. B. Ohlson K. G. Hicks R. L. Plemel M. Li S. Schwarz W. Y. Wang A. J. Merz D. R. Goodlett J. D. Mougous Cell Host Microbe 2010 7 25 37
74. M. Basler J. J. Mekalanos Science 2012 337 815
75. M. Basler M. Pilhofer G. P. Henderson G. J. Jensen J. J. Mekalanos Nature 2012 483 182 186
76. A. B. Russell R. D. Hood N. K. Bui M. LeRoux W. Vollmer J. D. Mougous Nature 2011 475 343 347
77. G. P. Dubey S. Ben-Yehuda Cell 2011 144 590 600
78. S. Hao J. Metabonomics Metabolites 2012 1 2
79. S. Y. Lee D. Y. Lee T. Y. Kim Trends Biotechnol. 2005 23 349 358
80. B. de Jong V. Siewers J. Nielsen Curr. Opin. Biotechnol. 2012 23 624 630
81. T. Woyke H. Teeling N. N. Ivanova M. Huntemann M. Richter F. O. Gloeckner D. Boffelli I. J. Anderson K. W. Barry H. J. Shapiro E. Szeto N. C. Kyrpides M. Mussmann R. Amann C. Bergin C. Ruehland E. M. Rubin N. Dubilier Nature 2006 443 950 955
82. B. Z. Li Y. J. Yuan Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010 86 1915 1924
83. N. C. VerBerkmoes V. J. Denef R. L. Hettich J. F. Banfield Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 196 205
84. H. M. Woo G. W. Murray T. S. Batth N. Prasad P. D. Adams J. D. Keasling C. J. Petzold T. S. Lee Chem. Eng. Sci. 2013 103 21 28
85. J. S. Cheng M. Z. Ding H. C. Tian Y. J. Yuan Proteomics 2009 9 4704 4713
86. Q. Ma J. Wang S. Lu Y. Lv Y. Yuan Biotechnol. Bioeng. 2013 110 773 784
87. Q. T. Nguyen M. E. Merlo M. H. Medema A. Jankevics R. Breitling E. Takano FEBS Lett. 2012 586 2177 2183
88. M. Z. Ding X. Wang Y. Yang Y. J. Yuan Metabolomics 2012 8 232 243
89. X. Wang M. Jin V. Balan A. D. Jones X. Li B.-Z. Li B. E. Dale Y.-J. Yuan Biotechnol. Bioeng. 2014 111 152 164
90. S. Lu J. Wang Y. Niu J. Yang J. Zhou Y. Yuan Biotechnol. Bioeng. 2012 109 1651 1662
91. W. Weckwerth J. Proteomics 2011 75 284 305
92. J. C. Wooley A. Godzik I. Friedberg PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000667
93. L. Bragg G. W. Tyson Methods Mol. Biol. 2014 1096 183 201
94. P. J. Turnbaugh J. I. Gordon Cell 2008 134 708 713
95. S. Greenblum P. J. Turnbaugh E. Borenstein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 594 599
96. P. Wilmes P. L. Bond Trends Microbiol. 2006 14 92 97
97. D. Z. Wang Z. X. Xie S. F. Zhang J. Proteomics 2014 97 27 35
98. P. A. Maron L. Ranjard C. Mougel P. Lemanceau Microb. Ecol. 2007 53 486 493
99. M. Kleiner C. Wentrup C. Lott H. Teeling S. Wetzel J. Young Y. J. Chang M. Shah N. C. VerBerkmoes J. Zarzycki G. Fuchs S. Markert K. Hempel B. Voigt D. Becher M. Liebeke M. Lalk D. Albrecht M. Hecker T. Schweder N. Dubilier Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 E1173 E1182
100. C. Pan C. R. Fischer D. Hyatt B. P. Bowen R. L. Hettich J. F. Banfield Mol. Cell. Proteomics 2011 10 M110.006049
101. T. Urich A. Lanzén J. Qi D. H. Huson C. Schleper S. C. Schuster PLoS One 2008 3 e2527
102. F. J. Stewart O. Ulloa E. F. DeLong Environ. Microbiol. 2012 14 23 40
103. J. Du J. Zhou J. Xue H. Song Y. Yuan Metabolomics 2012 8 960 973
104. J. Zhou Q. Ma H. Yi L. Wang H. Song Y. J. Yuan Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 7023 7030
105. J. L. Round S. K. Mazmanian Nat. Rev. Immunol. 2009 9 313 323
106. W. Zou M. Zhou L. Liu J. Chen J. Biotechnol. 2013 164 503 509
107. L. Liu Y. Li J. Zhang Z. Zhou J. Liu X. Li J. Zhou G. Du L. Wang J. Chen J. Bacteriol. 2011 193 6108 6109
108. Q. Ma W. Zhang L. Zhang B. Qiao C. Pan H. Yi L. Wang Y. J. Yuan PLoS One 2012 7 e32156
109. Y. Gao Y. J. Yuan J. Agric. Food Chem. 2011 59 9845 9853
110. Q. Ma J. Zhou W. Zhang X. Meng J. Sun Y. J. Yuan PLoS One 2011 6 e26108
111. L. Liu Y. Li J. Zhang W. Zou Z. Zhou J. Liu X. Li L. Wang J. Chen J. Bacteriol. 2011 193 6389 6390
112. M. A. Eiteman S. A. Lee E. Altman J. Biol. Eng. 2008 2 3
113. J. Du W. Bai H. Song Y. J. Yuan Metab. Eng. 2013 19 50 56
114. M. B. Elowitz S. Leibler Nature 2000 403 335 338
115. M. R. Atkinson M. A. Savageau J. T. Myers A. J. Ninfa Cell 2003 113 597 607
116. R. Smith C. Tan J. K. Srimani A. Pai K. A. Riccione H. Song L. You Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 10.1073/pnas.1315954111
117. P. A. Stephens W. J. Sutherland R. P. Freckleton Oikos 1999 87 185 190
118. C. Liu X. Fu L. Liu X. Ren C. K. L. Chau S. Li L. Xiang H. Zeng G. Chen L. H. Tang P. Lenz X. Cui W. Huang T. Hwa J.-D. Huang Science 2011 334 238 241
119. S. Payne B. Li Y. Cao D. Schaeffer M. D. Ryser L. You Mol. Syst. Biol. 2013 9 697
120. J. J. Tabor H. M. Salis Z. B. Simpson A. A. Chevalier A. Levskaya E. M. Marcotte C. A. Voigt A. D. Ellington Cell 2009 137 1272 1281
121. S. Basu R. Mehreja S. Thiberge M. T. Chen R. Weiss Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 6355 6360
122. S. Basu Y. Gerchman C. H. Collins F. H. Arnold R. Weiss Nature 2005 434 1130 1134
123. H. C. Flemming J. Wingender Nat. Rev. Microbiol. 2010 8 623 633
124. T. K. Wood S. H. Hong Q. Ma Trends Biotechnol. 2011 29 87 94
125. S. H. Hong M. Hegde J. Kim X. Wang A. Jayaraman T. K. Wood Nat. Commun. 2012 3 613
126. J. Shong M. R. J. Diaz C. H. Collins Curr. Opin. Biotechnol. 2012 23 798 802
127. N. Marchand C. H. Collins Biotechnol. Bioeng. 2013 110 3003 3012
128. M. Thoendel A. R. Horswill J. Biol. Chem. 2009 284 21828 21838
129. M. T. Chen R. Weiss Nat. Biotechnol. 2005 23 1551 1555
130. W. Shou S. Ram J. M. Vilar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1877 1882
131. K. Hosoda S. Suzuki Y. Yamauchi Y. Shiroguchi A. Kashiwagi N. Ono K. Mori T. Yomo PLoS One 2011 6 e17105
132. A. Kerner J. Park A. Williams X. N. Lin PLoS One 2012 7 e34032
133. S. D. Goldberg P. Derr W. F. DeGrado M. Goulian Mol. Syst. Biol. 2009 5 283
134. W. Weber M. Daoud-El Baba M. Fussenegger Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 10435 10440
135. B. Hu J. Du R. Y. Zou Y. J. Yuan PLoS One 2010 5 e10619
136. B. Kerr M. A. Riley M. W. Feldman B. J. M. Bohannan Nature 2002 418 171 174
137. H. J. Kim J. Q. Boedicker J. W. Choi R. F. Ismagilov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18188 18193
138. H. Song S. Payne M. Gray L. C. You Nat. Chem. Biol. 2009 5 929 935
139. J. S. Chuang O. Rivoire S. Leibler Science 2009 323 272 275
140. J. S. Chuang O. Rivoire S. Leibler Mol. Syst. Biol. 2010 6 398
141. J. Gore H. Youk A. van Oudenaarden Nature 2009 459 253 256
142. A. J. Waite W. Y. Shou Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 19079 19086
143. C. D. Nadell K. R. Foster Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 19037 19038
144. J. Macia F. Posas R. V. Sole Trends Biotechnol. 2012 30 342 349
145. A. Tamsir J. J. Tabor C. A. Voigt Nature 2011 469 212 215
146. W. Ji H. Shi H. Zhang R. Sun J. Xi D. Wen J. Feng Y. Chen X. Qin Y. Ma W. Luo L. Deng H. Lin R. Yu Q. Ouyang PLoS One 2013 8 e57482
147. S. Regot J. Macia N. Conde K. Furukawa J. Kjellen T. Peeters S. Hohmann E. de Nadal F. Posas R. Sole Nature 2011 469 207 211
148. J. Zhang J. Zhou J. Liu K. Chen L. Liu J. Chen Bioresour. Technol. 2011 102 4807 4814
149. Y. Zhu J. Liu G. Du J. Zhou J. Chen Bioresour. Technol. 2012 107 399 404
150. Q. Ma W. Zhang L. Zhang B. Qiao C. Pan H. Yi L. Wang Y. J. Yuan PLoS One 2012 7 e32156
151. Y. Zou M. Hu Y. Lv Y. Wang H. Song Y. J. Yuan Bioresour. Technol. 2013 132 370 373
152. Q. Ma Y. Zou Y. Lv H. Song Y. Yuan PLoS One 2014 7 e91789
153. T. Vogl F. S. Hartner A. Glieder Curr. Opin. Biotechnol. 2013 24 1094 1101
154. L. Cipolla A. C. Araujo D. Bini L. Gabrielli L. Russo N. Shaikh Expert Opin. Drug Discovery 2010 5 721 737
155. P. H. Seeberger D. B. Werz Nature 2007 446 1046 1051
156. S. Koizumi T. Endo K. Tabata A. Ozaki Nat. Biotechnol. 1998 16 847 850
157. T. Endo S. Koizumi K. Tabata A. Ozaki Appl. Microbiol. Biotechnol. 2000 53 257 261
158. T. Endo S. Koizumi K. Tabata S. Kakita A. Ozaki Carbohydr. Res. 2001 330 439 443
159. T. R. Zuroff W. R. Curtis Appl. Microbiol. Biotechnol. 2012 93 1423 1435
160. E. Park K. Naruse T. Kato Biotechnol. Biofuels 2012 5 1 11
161. T. R. Zuroff S. B. Xiques W. R. Curtis Biotechnol. Biofuels 2013 6 59
162. J. J. Minty M. E. Singer S. A. Scholz C. H. Bae J. H. Ahn C. E. Foster J. C. Liao X. N. Lin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 14592 14597
163. S. Brethauer M. H. Studer Energy Environ. Sci. 2014 7 1446 1453
164. S. L. Tsai G. Goyal W. Chen Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 7514 7520
165. G. Goyal S. L. Tsai B. Madan N. A. DaSilva W. Chen Microb. Cell Fact. 2011 10 89
166. J. Rooke Syst. Synth. Biol. 2013 7 67 72
167. Y.-L. Goh H. He J. C. March Curr. Opin. Biotechnol. 2012 23 924 930
168. T. C. Aurand M. S. Russell J. C. March Curr. Opin. Biotechnol. 2012 23 773 779
169. W. C. Ruder T. Lu J. J. Collins Science 2011 333 1248 1252
170. N. Saeidi C. K. Wong T.-M. Lo H. X. Nguyen H. Ling S. S. J. Leong C. L. Poh M. W. Chang Mol. Syst. Biol. 2011 7 521
171. S. Gupta E. E. Bram R. Weiss ACS Synth. Biol. 2013 2 715 723
172. I. Y. Hwang M. H. Tan E. Koh C. L. Ho C. L. Poh M. W. Chang ACS Synth. Biol. 2014 3 228 237
173. K. Volzing J. Borrero M. J. Sadowsky Y. N. Kaznessis ACS Synth. Biol. 2013 2 643 650
174. T. A. Oelschlaeger Int. J. Med. Microbiol. 2010 300 57 62
175. F. Duan J. C. March Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 11260 11264
176. F. Duan J. C. March Biotechnol. Bioeng. 2008 101 128 134
177. P. Siringan P. L. Connerton R. J. Payne I. F. Connerton Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 3320 3326
178. T. K. Lu J. J. Collins Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 11197 11202
179. T. K. Lu J. J. Collins Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 4629 4634
180. K. D. Brune T. S. Bayer Front. Microbiol. 2012 3 203
181. S. E. Cowan E. Gilbert D. Liepmann J. Keasling Appl. Environ. Microbiol. 2000 66 4481 4485
182. R. A. B. Fazzini M. J. Preto A. C. P. Quintas A. Bielecka K. N. Timmis V. A. dos Santos Environ. Microbiol. 2010 12 2436 2449
183. Y. Chen C. Li Z. Zhou J. Wen X. You Y. Mao C. Lu G. Huo X. Jia Appl. Biochem. Biotechnol. 2014 1 15
184. W. Dejonghe E. Berteloot J. Goris N. Boon K. Crul S. Maertens M. Höfte P. De Vos W. Verstraete E. M. Top Appl. Environ. Microbiol. 2003 69 1532 1541
185. B. E. Logan Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 375 381
186. D. R. Lovley Nat. Rev. Microbiol. 2006 4 497 508
187. K. Rabaey R. A. Rozendal Nat. Rev. Microbiol. 2010 8 706 716
188. D. R. Lovley K. P. Nevin Curr. Opin. Biotechnol. 2011 22 441 448
189. D. R. Lovley K. P. Nevin Curr. Opin. Biotechnol. 2013 24 385 390
190. P. D. Kiely J. M. Regan B. E. Logan Curr. Opin. Biotechnol. 2011 22 378 385
191. A. Venkataraman M. A. Rosenbaum S. D. Perkins J. J. Werner L. T. Angenent Energy Environ. Sci. 2011 4 4550 4559
192. J. K. Fredrickson M. F. Romine A. S. Beliaev J. M. Auchtung M. E. Driscoll T. S. Gardner K. H. Nealson A. L. Osterman G. Pinchuk J. L. Reed D. A. Rodionov J. L. Rodrigues D. A. Saffarini M. H. Serres A. M. Spormann I. B. Zhulin J. M. Tiedje Nat. Rev. Microbiol. 2008 6 592 603
193. M. A. Rosenbaum H. Y. Bar Q. K. Beg D. Segrè J. Booth M. A. Cotta L. T. Angenent Bioresour. Technol. 2011 102 2623 2628
194. D. R. Lovley Annu. Rev. Microbiol. 2012 66 391 409
195. Y. Qu Y. Feng X. Wang B. E. Logan Appl. Environ. Microbiol. 2012 78 3484 3487
196. N. Segata D. Boernigen T. L. Tickle X. C. Morgan W. S. Garrett C. Huttenhower Mol. Syst. Biol. 2013 9 666
197. N. C. VerBerkmoes V. J. Denef R. L. Hettich J. F. Banfield Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 196 205
198. K. Zengler B. O. Palsson Nat. Rev. Microbiol. 2012 10 366 372
199. J. D. Watrous V. V. Phelan C. C. Hsu W. J. Moree B. M. Duggan T. Alexandrov P. C. Dorrestein ISME J. 2013 7 770 780
200. I. Vanwonterghem P. D. Jensen D. P. Ho D. J. Batstone G. W. Tyson Curr. Opin. Biotechnol. 2014 27 55 64
201. S. Freilich R. Zarecki O. Eilam E. S. Segal C. S. Henry M. Kupiec U. Gophna R. Sharan E. Ruppin Nat. Commun. 2011 2 589
202. M. Klunemann M. Schmid K. R. Patil Trends Biotechnol. 2014 32 157 165
203. T. Gaj C. A. Gersbach C. F. Barbas, 3rd Trends Biotechnol. 2013 31 397 405
204. K. M. Esvelt H. H. Wang Mol. Syst. Biol. 2013 9 641
205. D. G. Gibson J. I. Glass C. Lartigue V. N. Noskov R. Y. Chuang M. A. Algire G. A. Benders M. G. Montague L. Ma M. M. Moodie C. Merryman S. Vashee R. Krishnakumar N. Assad-Garcia C. Andrews-Pfannkoch E. A. Denisova L. Young Z. Q. Qi T. H. Segall-Shapiro C. H. Calvey P. P. Parmar C. A. Hutchison, 3rd H. O. Smith J. C. Venter Science 2010 329 52 56
206. H. H. Wang F. J. Isaacs P. A. Carr Z. Z. Sun G. Xu C. R. Forest G. M. Church Nature 2009 460 894 898