Toward Merging Untargeted and Targeted Methods in Mass Spectrometry-Based Metabolomics and Lipidomics

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 1, 2016, Pages 524-545

  Cajka, Tomas ^a   Fiehn, Oliver ^a,b  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b KING ABDULAZIZ UNIVERSITY   (Saudi Arabia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LIPID;

CHEMISTRY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS; PROCEDURES;

CHROMATOGRAPHY, LIQUID; LIPIDS; MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS;

EID: 84953738781     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b04491     Document Type: Review

References (171)

1. DeBerardinis, R. J.; Thompson, C. B. Cell 2012, 148, 1132-1144 10.1016/j.cell.2012.02.032
2. Blanksby, S. J.; Mitchell, T. W. Annu. Rev. Anal. Chem. 2010, 3, 433-465 10.1146/annurev.anchem.111808.073705
3. http://www.scopus.com, accessed November 1, 2015.
4. Dettmer, K.; Aronov, P. A.; Hammock, B. D. Mass Spectrom. Rev. 2007, 26, 51-78 10.1002/mas.20108
5. Wolfender, J. L.; Marti, G.; Thomas, A.; Bertrand, S. J. Chromatogr. A 2015, 1382, 136-164 10.1016/j.chroma.2014.10.091
6. Theodoridis, G. A.; Gika, H. G.; Want, E. J.; Wilson, I. D. Anal. Chim. Acta 2012, 711, 7-16 10.1016/j.aca.2011.09.042
7. Roberts, L. D.; Souza, A. L.; Gerszten, R. E.; Clish, C. B. Targeted Metabolomics. In Current Protocols in Molecular Biology; John Wiley & Sons, Inc.: 2012; Chapter 30, Unit 30.2, pp 30.2.1-30.2.24; DOI: 10.1002/0471142727.mb3002s98.
8. Wang, Z.; Klipfell, E.; Bennett, B. J.; Koeth, R.; Levison, B. S.; Dugar, B.; Feldstein, A. E.; Britt, E. B.; Fu, X.; Chung, Y. M.; Wu, Y.; Schauer, P.; Smith, J. D.; Allayee, H.; Tang, W. H.; DiDonato, J. A.; Lusis, A. J.; Hazen, S. L. Nature 2011, 472, 57-63 10.1038/nature09922
9. Wikoff, W. R.; Hanash, S.; DeFelice, B.; Miyamoto, S.; Barnett, M.; Zhao, Y.; Goodman, G.; Feng, Z.; Gandara, D.; Fiehn, O.; Taguchi, A. J. Clin. Oncol. 2015, 33, 3880-3886 10.1200/JCO.2015.61.7779
10. Yore, M. M.; Syed, I.; Moraes-Vieira, P. M.; Zhang, T.; Herman, M. A.; Homan, E. A.; Patel, R. T.; Lee, J.; Chen, S.; Peroni, O. D.; Dhaneshwar, A. S.; Hammarstedt, A.; Smith, U.; McGraw, T. E.; Saghatelian, A.; Kahn, B. B. Cell 2014, 159, 318-332 10.1016/j.cell.2014.09.035
11. Godzien, J.; Ciborowski, M.; Whiley, L.; Legido-Quigley, C.; Ruperez, F. J.; Barbas, C. J. Chromatogr. A 2013, 1304, 52-60 10.1016/j.chroma.2013.07.029
12. Whiley, L.; Godzien, J.; Ruperez, F. J.; Legido-Quigley, C.; Barbas, C. Anal. Chem. 2012, 84, 5992-5999 10.1021/ac300716u
13. Raterink, R. J.; Lindenburg, P. W.; Vreeken, R. J.; Ramautar, R.; Hankemeier, T. TrAC, Trends Anal. Chem. 2014, 61, 157-167 10.1016/j.trac.2014.06.003
14. Cajka, T.; Fiehn, O. TrAC, Trends Anal. Chem. 2014, 61, 192-206 10.1016/j.trac.2014.04.017
15. Hyotylainen, T.; Oresic, M. Anal. Bioanal. Chem. 2015, 407, 4973-4993 10.1007/s00216-015-8633-2
16. Weir, J. M.; Wong, G.; Barlow, C. K.; Greeve, M. A.; Kowalczyk, A.; Almasy, L.; Comuzzie, A. G.; Mahaney, M. C.; Jowett, J. B.; Shaw, J.; Curran, J. E.; Blangero, J.; Meikle, P. J. J. Lipid Res. 2013, 54, 2898-2908 10.1194/jlr.P035808
17. Pizarro, C.; Arenzana-Ramila, I.; Perez-Del-Notario, N.; Perez-Matute, P.; Gonzalez-Saiz, J. M. Anal. Chem. 2013, 85, 12085-12092 10.1021/ac403181c
18. Oresic, M.; Hyotylainen, T.; Kotronen, A.; Gopalacharyulu, P.; Nygren, H.; Arola, J.; Castillo, S.; Mattila, I.; Hakkarainen, A.; Borra, R. J. H.; Honka, M. J.; Verrijken, A.; Francque, S.; Iozzo, P.; Leivonen, M.; Jaser, N.; Juuti, A.; Sorensen, T. I. A.; Nuutila, P.; Van Gaal, L.; Yki-Jarvinen, H. Diabetologia 2013, 56, 2266-2274 10.1007/s00125-013-2981-2
19. Strassburg, K.; Huijbrechts, A. M.; Kortekaas, K. A.; Lindeman, J. H.; Pedersen, T. L.; Dane, A.; Berger, R.; Brenkman, A.; Hankemeier, T.; van Duynhoven, J.; Kalkhoven, E.; Newman, J. W.; Vreeken, R. J. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 404, 1413-1426 10.1007/s00216-012-6226-x
20. Bruce, S. J.; Rochat, B.; Beguin, A.; Pesse, B.; Guessous, I.; Boulat, O.; Henry, H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2013, 27, 200-206 10.1002/rcm.6439
21. Link, H.; Fuhrer, T.; Gerosa, L.; Zamboni, N.; Sauer, U. Nat. Methods 2015, 12, 1091-1097 10.1038/nmeth.3584
22. Vuckovic, D. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 403, 1523-1548 10.1007/s00216-012-6039-y
23. Wilson, I. D.; Michopoulos, F.; Theodoridis, G. In Comprehensive Sampling and Sample Preparation; Pawliszyn, J., Ed.; Elsevier: Amsterdam, The Netherlands, 2012; pp 339-357.
24. Alvarez-Sanchez, B.; Priego-Capote, F.; de Castro, M. D. L. TrAC, Trends Anal. Chem. 2010, 29, 120-127 10.1016/j.trac.2009.12.004
25. http://www.chemspider.com, accessed October 15, 2015.
26. Snyder, L. R. J. Chromatogr. A 1974, 92, 223-230 10.1016/S0021-9673(00)85732-5
27. Haynes, C. A.; Allegood, J. C.; Sims, K.; Wang, E. W.; Sullards, M. C.; Merrill, A. H., Jr. J. Lipid Res. 2008, 49, 1113-1125 10.1194/jlr.D800001-JLR200
28. Maier, T. S.; Kuhn, J.; Muller, C. Plant Methods 2010, 6, 6 10.1186/1746-4811-6-6
29. Lim, H. S.; Kim, J. Y.; Kwak, H. S.; Sim, S. J. Anal. Chem. 2014, 86, 8585-8592 10.1021/ac502324c
30. Guha, P. K.; Guha, R. J. Chem. Educ. 1992, 69, 73-73 10.1021/ed069p73
31. Lin, C. Y.; Wu, H. F.; Tjeerdema, R. S.; Viant, M. R. Metabolomics 2007, 3, 55-67 10.1007/s11306-006-0043-1
32. Bruce, S. J.; Tavazzi, I.; Parisod, V.; Rezzi, S.; Kochhar, S.; Guy, P. A. Anal. Chem. 2009, 81, 3285-3296 10.1021/ac8024569
33. Want, E. J.; O'Maille, G.; Smith, C. A.; Brandon, T. R.; Uritboonthai, W.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 743-752 10.1021/ac051312t
34. Rago, D.; Mette, K.; Gurdeniz, G.; Marini, F.; Poulsen, M.; Dragsted, L. O. Metabolomics 2013, 9, 1202-1215 10.1007/s11306-013-0534-9
35. Gurdeniz, G.; Kristensen, M.; Skov, T.; Dragsted, L. O. Metabolites 2012, 2, 77-99 10.3390/metabo2010077
36. Hanhineva, K.; Barri, T.; Kolehmainen, M.; Pekkinen, J.; Pihlajamaki, J.; Vesterbacka, A.; Solano-Aguilar, G.; Mykkanen, H.; Dragsted, L. O.; Urban, J. F., Jr.; Poutanen, K. J. Proteome Res. 2013, 12, 3980-3992 10.1021/pr400257d
37. Li, Y.; Zhang, Z.; Liu, X.; Li, A.; Hou, Z.; Wang, Y.; Zhang, Y. J. Chromatogr. A 2015, 1409, 277-281 10.1016/j.chroma.2015.07.048
38. Couchman, L. Biomed. Chromatogr. 2012, 26, 892-905 10.1002/bmc.2769
39. Michopoulos, F.; Edge, A. M.; Theodoridis, G.; Wilson, I. D. J. Sep. Sci. 2010, 33, 1472-1479 10.1002/jssc.200900789
40. Mousavi, F.; Bojko, B.; Pawliszyn, J. Anal. Chim. Acta 2015, 892, 95-104 10.1016/j.aca.2015.08.016
41. Folch, J.; Lees, M.; Stanley, G. H. S. J. Biol. Chem. 1957, 226, 497-509
42. Bligh, E. G.; Dyer, W. J. Can. J. Biochem. Physiol. 1959, 37, 911-917 10.1139/o59-099
43. Matyash, V.; Liebisch, G.; Kurzchalia, T. V.; Shevchenko, A.; Schwudke, D. J. Lipid Res. 2008, 49, 1137-1146 10.1194/jlr.D700041-JLR200
44. Triebl, A.; Trotzmuller, M.; Eberl, A.; Hanel, P.; Hartler, J.; Kofeler, H. C. J. Chromatogr. A 2014, 1347, 104-110 10.1016/j.chroma.2014.04.070
45. Lofgren, L.; Stahlman, M.; Forsberg, G. B.; Saarinen, S.; Nilsson, R.; Hansson, G. I. J. Lipid Res. 2012, 53, 1690-1700 10.1194/jlr.D023036
46. Alshehry, Z. H.; Barlow, C. K.; Weir, J. M.; Zhou, Y.; McConville, M. J.; Meikle, P. J. Metabolites 2015, 5, 389-403 10.3390/metabo5020389
47. Sarafian, M. H.; Gaudin, M.; Lewis, M. R.; Martin, F. P.; Holmes, E.; Nicholson, J. K.; Dumas, M. E. Anal. Chem. 2014, 86, 5766-5774 10.1021/ac500317c
48. Han, J.; Liu, Y.; Wang, R.; Yang, J.; Ling, V.; Borchers, C. H. Anal. Chem. 2015, 87, 1127-1136 10.1021/ac503816u
49. Martin, R.; Strassburg, K.; Hankemeier, T.; Isaac, G.; Langridge, J.; Duesterloh, A.; Bendik, I.; Mallet, C.; Vreeken, R. J. Rapid profiling of oxylipins for drug discovery and development nutritional and clinical research. In 61st Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Minneapolis, MN, June 9-13, 2013.
50. Giavalisco, P.; Li, Y.; Matthes, A.; Eckhardt, A.; Hubberten, H. M.; Hesse, H.; Segu, S.; Hummel, J.; Kohl, K.; Willmitzer, L. Plant J. 2011, 68, 364-376 10.1111/j.1365-313X.2011.04682.x
51. Chen, S. L.; Hoene, M.; Li, J.; Li, Y. J.; Zhao, X. J.; Haring, H. U.; Schleicher, E. D.; Weigert, C.; Xu, G. W.; Lehmann, R. J. Chromatogr. A 2013, 1298, 9-16 10.1016/j.chroma.2013.05.019
52. Yang, Y. H.; Cruickshank, C.; Armstrong, M.; Mahaffey, S.; Reisdorph, R.; Reisdorph, N. J. Chromatogr. A 2013, 1300, 217-226 10.1016/j.chroma.2013.04.030
53. Patterson, R. E.; Ducrocq, A. J.; McDougall, D. J.; Garrett, T. J.; Yost, R. A. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2015, 1002, 260-266 10.1016/j.jchromb.2015.08.018
54. Sen, A.; Wang, Y.; Chiu, K.; Whiley, L.; Cowan, D.; Chang, R. C.; Legido-Quigley, C. Anal. Chem. 2013, 85, 7257-7263 10.1021/ac401149w
55. Han, X. L.; Yang, K.; Gross, R. W. Mass Spectrom. Rev. 2012, 31, 134-178 10.1002/mas.20342
56. Draper, J.; Lloyd, A. J.; Goodacre, R.; Beckmann, M. Metabolomics 2013, 9, S4-S29 10.1007/s11306-012-0449-x
57. Mapstone, M.; Cheema, A. K.; Fiandaca, M. S.; Zhong, X.; Mhyre, T. R.; MacArthur, L. H.; Hall, W. J.; Fisher, S. G.; Peterson, D. R.; Haley, J. M.; Nazar, M. D.; Rich, S. A.; Berlau, D. J.; Peltz, C. B.; Tan, M. T.; Kawas, C. H.; Federoff, H. J. Nat. Med. 2014, 20, 415-418 10.1038/nm.3466
58. http://www.biocrates.com/resources1/publications, accessed November 05, 2015.
59. Hounoum, B. M.; Blasco, H.; Emond, P.; Mavel, S. TrAC, Trends Anal. Chem. 2016, 75, 118-128 10.1016/j.trac.2015.08.003
60. Simons, B.; Kauhanen, D.; Sylvanne, T.; Tarasov, K.; Duchoslav, E.; Ekroos, K. Metabolites 2012, 2, 195-213 10.3390/metabo2010195
61. Lanucara, F.; Holman, S. W.; Gray, C. J.; Eyers, C. E. Nat. Chem. 2014, 6, 281-294 10.1038/nchem.1889
62. Astarita, G.; Paglia, G.; Yu, K. LC GC Eur. 2015, 28, 520
63. May, J. C.; Goodwin, C. R.; Lareau, N. M.; Leaptrot, K. L.; Morris, C. B.; Kurulugama, R. T.; Mordehai, A.; Klein, C.; Barry, W.; Darland, E.; Overney, G.; Imatani, K.; Stafford, G. C.; Fjeldsted, J. C.; McLean, J. A. Anal. Chem. 2014, 86, 2107-2116 10.1021/ac4038448
64. Paglia, G.; Angel, P.; Williams, J. P.; Richardson, K.; Olivos, H. J.; Thompson, J. W.; Menikarachchi, L.; Lai, S.; Walsh, C.; Moseley, A.; Plumb, R. S.; Grant, D. F.; Palsson, B. O.; Langridge, J.; Geromanos, S.; Astarita, G. Anal. Chem. 2015, 87, 1137-1144 10.1021/ac503715v
65. Paglia, G.; Williams, J. P.; Menikarachchi, L.; Thompson, J. W.; Tyldesley-Worster, R.; Halldorsson, S.; Rolfsson, O.; Moseley, A.; Grant, D.; Langridge, J.; Palsson, B. O.; Astarita, G. Anal. Chem. 2014, 86, 3985-3993 10.1021/ac500405x
66. Fujii, T.; Matsuda, S.; Tejedor, M. L.; Esaki, T.; Sakane, I.; Mizuno, H.; Tsuyama, N.; Masujima, T. Nat. Protoc. 2015, 10, 1445-1456 10.1038/nprot.2015.084
67. May, J. C.; McLean, J. A. Anal. Chem. 2015, 87, 1422-1436 10.1021/ac504720m
68. Martinez-Lozano, P.; Criado, E.; Vidal, G.; Cristoni, S.; Franzoso, F.; Piatti, M.; Brambilla, P. Metabolomics 2013, 9, S30-S43 10.1007/s11306-011-0319-y
69. Dwivedi, P.; Schultz, A. J.; Hill, H. H., Jr. Int. J. Mass Spectrom. 2010, 298, 78-90 10.1016/j.ijms.2010.02.007
70. Paglia, G.; Kliman, M.; Claude, E.; Geromanos, S.; Astarita, G. Anal. Bioanal. Chem. 2015, 407, 4995-5007 10.1007/s00216-015-8664-8
71. Dwivedi, P.; Puzon, G.; Tam, M.; Langlais, D.; Jackson, S.; Kaplan, K.; Siems, W. F.; Schultz, A. J.; Xun, L.; Woods, A.; Hill, H. H., Jr. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 1383-1393 10.1002/jms.1850
72. Kaplan, K.; Dwivedi, P.; Davidson, S.; Yang, Q.; Tso, P.; Siems, W.; Hill, H. H., Jr. Anal. Chem. 2009, 81, 7944-7953 10.1021/ac901030k
73. Harry, E. L.; Weston, D. J.; Bristow, A. W.; Wilson, I. D.; Creaser, C. S. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2008, 871, 357-361 10.1016/j.jchromb.2008.04.043
74. Malkar, A.; Devenport, N. A.; Martin, H. J.; Patel, P.; Turner, M. A.; Watson, P.; Maughan, R. J.; Reid, H. J.; Sharp, B. L.; Thomas, C. L. P.; Reynolds, J. C.; Creaser, C. S. Metabolomics 2013, 9, 1192-1201 10.1007/s11306-013-0541-x
75. Jackson, S. N.; Ugarov, M.; Post, J. D.; Egan, T.; Langlais, D.; Schultz, J. A.; Woods, A. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1655-1662 10.1016/j.jasms.2008.07.005
76. Kim, H. I.; Kim, H.; Pang, E. S.; Ryu, E. K.; Beegle, L. W.; Loo, J. A.; Goddard, W. A.; Kanik, I. Anal. Chem. 2009, 81, 8289-8297 10.1021/ac900672a
77. Shah, V.; Castro-Perez, J. M.; McLaren, D. G.; Herath, K. B.; Previs, S. F.; Roddy, T. P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2013, 27, 2195-2200 10.1002/rcm.6675
78. Damen, C. W.; Isaac, G.; Langridge, J.; Hankemeier, T.; Vreeken, R. J. J. Lipid Res. 2014, 55, 1772-1783 10.1194/jlr.D047795
79. Lintonen, T. P.; Baker, P. R.; Suoniemi, M.; Ubhi, B. K.; Koistinen, K. M.; Duchoslav, E.; Campbell, J. L.; Ekroos, K. Anal. Chem. 2014, 86, 9662-9669 10.1021/ac5021744
80. Baker, P. R.; Armando, A. M.; Campbell, J. L.; Quehenberger, O.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2014, 55, 2432-2442 10.1194/jlr.D051581
81. Ubhi, B.; Watkins, S. Next generation lipidomics: An automated solution that rapidly identifies and quantitates over a thousand molecular species. The 11th International Conference of the Metabolomics Society, San Francisco, CA, 2015.
82. Astarita, G.; Yu, K. LC GC N. Am. 2012, 30, 482
83. Gika, H. G.; Theodoridis, G. A.; Plumb, R. S.; Wilson, I. D. J. Pharm. Biomed. Anal. 2014, 87, 12-25 10.1016/j.jpba.2013.06.032
84. Theodoridis, G.; Gika, H. G.; Wilson, I. D. TrAC, Trends Anal. Chem. 2008, 27, 251-260 10.1016/j.trac.2008.01.008
85. Fekete, S.; Schappler, J.; Veuthey, J. L.; Guillarme, D. TrAC, Trends Anal. Chem. 2014, 63, 2-13 10.1016/j.trac.2014.08.007
86. Kirkland, J. J.; Schuster, S. A.; Johnson, W. L.; Boyes, B. E. J. Pharm. Anal. 2013, 3, 303-312 10.1016/j.jpha.2013.02.005
87. Guillarme, D.; Ruta, J.; Rudaz, S.; Veuthey, J. L. Anal. Bioanal. Chem. 2010, 397, 1069-1082 10.1007/s00216-009-3305-8
88. Denoroy, L.; Zimmer, L.; Renaud, B.; Parrot, S. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2013, 927, 37-53 10.1016/j.jchromb.2012.12.005
89. Rainville, P. D.; Theodoridis, G.; Plumb, R. S.; Wilson, I. D. TrAC, Trends Anal. Chem. 2014, 61, 181-191 10.1016/j.trac.2014.06.005
90. Zhang, X.; Clausen, M. R.; Zhao, X.; Zheng, H.; Bertram, H. C. Anal. Chem. 2012, 84, 7785-7792 10.1021/ac3013835
91. Gray, N.; Lewis, M. R.; Plumb, R. S.; Wilson, I. D.; Nicholson, J. K. J. Proteome Res. 2015, 14, 2714-2721 10.1021/acs.jproteome.5b00203
92. Lu, W.; Bennett, B. D.; Rabinowitz, J. D. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2008, 871, 236-242 10.1016/j.jchromb.2008.04.031
93. Weiss, J. Handbook of Ion Chromatography; Wiley: Weinheim, Germany, 2004.
94. Michopoulos, F.; Whalley, N.; Theodoridis, G.; Wilson, I. D.; Dunkley, T. P.; Critchlow, S. E. J. Chromatogr. A 2014, 1349, 60-68 10.1016/j.chroma.2014.05.019
95. Knee, J. M.; Rzezniczak, T. Z.; Barsch, A.; Guo, K. Z.; Merritt, T. J. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2013, 936, 63-73 10.1016/j.jchromb.2013.07.027
96. http://www.imtaktusa.com, accessed November 18, 2015.
97. Cajka, T.; Fiehn, O. Metabolomics 2016, 12, in press.
98. Gama, M. R.; Silva, R. G. D.; Collins, C. H.; Bottoli, C. B. G. TrAC, Trends Anal. Chem. 2012, 37, 48-60 10.1016/j.trac.2012.03.009
99. Contrepois, K.; Jiang, L.; Snyder, M. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 1684-1695 10.1074/mcp.M114.046508
100. Bajad, S. U.; Lu, W.; Kimball, E. H.; Yuan, J.; Peterson, C.; Rabinowitz, J. D. J. Chromatogr. A 2006, 1125, 76-88 10.1016/j.chroma.2006.05.019
101. Tufi, S.; Lamoree, M.; de Boer, J.; Leonards, P. J. Chromatogr. A 2015, 1395, 79-87 10.1016/j.chroma.2015.03.056
102. Zhang, R.; Watson, D. G.; Wang, L.; Westrop, G. D.; Coombs, G. H.; Zhang, T. J. Chromatogr. A 2014, 1362, 168-179 10.1016/j.chroma.2014.08.039
103. Novakova, L.; Vlckova, H. Anal. Chim. Acta 2009, 656, 8-35 10.1016/j.aca.2009.10.004
104. Periat, A.; Grand-Guillaume Perrenoud, A.; Guillarme, D. J. Sep. Sci. 2013, 36, 3141-3151 10.1002/jssc.201300567
105. Grand-Guillaume Perrenoud, A.; Boccard, J.; Veuthey, J. L.; Guillarme, D. J. Chromatogr. A 2012, 1262, 205-213 10.1016/j.chroma.2012.08.091
106. Lisa, M.; Holcapek, M. Anal. Chem. 2015, 87, 7187-7195 10.1021/acs.analchem.5b01054
107. Sandra, K.; Sandra, P. Curr. Opin. Chem. Biol. 2013, 17, 847-853 10.1016/j.cbpa.2013.06.010
108. Holcapek, M.; Ovcacikova, M.; Lisa, M.; Cifkova, E.; Hajek, T. Anal. Bioanal. Chem. 2015, 407, 5033-5043 10.1007/s00216-015-8528-2
109. Pandohee, J.; Stevenson, P. G.; Conlan, X. A.; Zhou, X. R.; Jones, O. A. H. Metabolomics 2015, 11, 939-951 10.1007/s11306-014-0749-4
110. Cifkova, E.; Holcapek, M.; Lisa, M. Lipids 2013, 48, 915-928 10.1007/s11745-013-3820-4
111. Ling, Y. S.; Liang, H. J.; Lin, M. H.; Tang, C. H.; Wu, K. Y.; Kuo, M. L.; Lin, C. Y. Biomed. Chromatogr. 2014, 28, 1284-1293 10.1002/bmc.3162
112. Wang, S.; Li, J.; Shi, X.; Qiao, L.; Lu, X.; Xu, G. J. Chromatogr. A 2013, 1321, 65-72 10.1016/j.chroma.2013.10.069
113. Trevino, V.; Yanez-Garza, I. L.; Rodriguez-Lopez, C. E.; Urrea-Lopez, R.; Garza-Rodriguez, M. L.; Barrera-Saldana, H. A.; Tamez-Pena, J. G.; Winkler, R.; Diaz de-la-Garza, R. I. J. Mass Spectrom. 2015, 50, 165-174 10.1002/jms.3512
114. Holcapek, M.; Jirasko, R.; Lisa, M. J. Chromatogr. A 2012, 1259, 3-15 10.1016/j.chroma.2012.08.072
115. Chernushevich, I. V.; Loboda, A. V.; Thomson, B. A. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 849-865 10.1002/jms.207
116. Tsugawa, H.; Cajka, T.; Kind, T.; Ma, Y.; Higgins, B.; Ikeda, K.; Kanazawa, M.; VanderGheynst, J.; Fiehn, O.; Arita, M. Nat. Methods 2015, 12, 523-526 10.1038/nmeth.3393
117. Scheidweiler, K. B.; Jarvis, M. J.; Huestis, M. A. Anal. Bioanal. Chem. 2015, 407, 883-897 10.1007/s00216-014-8118-8
118. Zhu, X.; Chen, Y.; Subramanian, R. Anal. Chem. 2014, 86, 1202-1209 10.1021/ac403385y
119. Liu, X.; Ser, Z.; Locasale, J. W. Anal. Chem. 2014, 86, 2175-2184 10.1021/ac403845u
120. Kluger, B.; Bueschl, C.; Neumann, N.; Stuckler, R.; Doppler, M.; Chassy, A. W.; Waterhouse, A. L.; Rechthaler, J.; Kampleitner, N.; Thallinger, G. G.; Adam, G.; Krska, R.; Schuhmacher, R. Anal. Chem. 2014, 86, 11533-11537 10.1021/ac503290j
121. Gallart-Ayala, H.; Courant, F.; Severe, S.; Antignac, J. P.; Morio, F.; Abadie, J.; Le Bizec, B. Anal. Chim. Acta 2013, 796, 75-83 10.1016/j.aca.2013.08.006
122. Yamada, T.; Uchikata, T.; Sakamoto, S.; Yokoi, Y.; Fukusaki, E.; Bamba, T. J. Chromatogr. A 2013, 1292, 211-218 10.1016/j.chroma.2013.01.078
123. Garcia-Canaveras, J. C.; Donato, M. T.; Castell, J. V.; Lahoz, A. J. Proteome Res. 2011, 10, 4825-4834 10.1021/pr200629p
124. Scherer, M.; Gnewuch, C.; Schmitz, G.; Liebisch, G. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009, 877, 3920-3925 10.1016/j.jchromb.2009.09.038
125. Gertsman, I.; Gangoiti, J. A.; Barshop, B. A. Metabolomics 2014, 10, 312-323 10.1007/s11306-013-0582-1
126. Savolainen, O. I.; Sandberg, A.; Ross, A. B. J. Proteome Res. 2015, 10.1021/acs.jproteome.5b00790
127. Tsugawa, H.; Arita, M.; Kanazawa, M.; Ogiwara, A.; Bamba, T.; Fukusaki, E. Anal. Chem. 2013, 85, 5191-5199 10.1021/ac400515s
128. Tsugawa, H.; Ohta, E.; Izumi, Y.; Ogiwara, A.; Yukihira, D.; Bamba, T.; Fukusaki, E.; Arita, M. Front. Genet. 2015, 5, 471 10.3389/fgene.2014.00471
129. Yuan, M.; Breitkopf, S. B.; Yang, X.; Asara, J. M. Nat. Protoc. 2012, 7, 872-881 10.1038/nprot.2012.024
130. Wei, R.; Li, G.; Seymour, A. B. Anal. Chem. 2010, 82, 5527-5533 10.1021/ac100331b
131. Yang, J.; Schmelzer, K.; Georgi, K.; Hammock, B. D. Anal. Chem. 2009, 81, 8085-8093 10.1021/ac901282n
132. Novak, O.; Henykova, E.; Sairanen, I.; Kowalczyk, M.; Pospisil, T.; Ljung, K. Plant J. 2012, 72, 523-536 10.1111/j.1365-313X.2012.05085.x
133. Abdel Rahman, A. M.; Pawling, J.; Ryczko, M.; Caudy, A. A.; Dennis, J. W. Anal. Chim. Acta 2014, 845, 53-61 10.1016/j.aca.2014.06.012
134. Lehotay, S. J.; Sapozhnikova, Y.; Mol, H. G. J. TrAC, Trends Anal. Chem. 2015, 69, 62-75 10.1016/j.trac.2015.02.012
135. Gu, H.; Zhang, P.; Zhu, J.; Raftery, D. Anal. Chem. 2015, 10.1021/acs.analchem.5b03812
136. Luo, P.; Dai, W.; Yin, P.; Zeng, Z.; Kong, H.; Zhou, L.; Wang, X.; Chen, S.; Lu, X.; Xu, G. Anal. Chem. 2015, 87, 5050-5055 10.1021/acs.analchem.5b00615
137. Shao, Y.; Zhu, B.; Zheng, R.; Zhao, X.; Yin, P.; Lu, X.; Jiao, B.; Xu, G.; Yao, Z. J. Proteome Res. 2015, 14, 906-916 10.1021/pr500973d
138. Chen, S.; Kong, H.; Lu, X.; Li, Y.; Yin, P.; Zeng, Z.; Xu, G. Anal. Chem. 2013, 85, 8326-8333 10.1021/ac4016787
139. Yan, Z.; Yan, R. Anal. Chim. Acta 2015, 894, 65-75 10.1016/j.aca.2015.08.056
140. Wei, R.; Li, G.; Seymour, A. B. Methods Mol. Biol. 2014, 1198, 171-199 10.1007/978-1-4939-1258-2-12
141. Chen, W.; Gong, L.; Guo, Z.; Wang, W.; Zhang, H.; Liu, X.; Yu, S.; Xiong, L.; Luo, J. Mol. Plant 2013, 6, 1769-1780 10.1093/mp/sst080
142. Lv, H.; Palacios, G.; Hartil, K.; Kurland, I. J. J. Proteome Res. 2011, 10, 2104-2112 10.1021/pr1011119
143. Cai, Y. P.; Weng, K.; Guo, Y.; Peng, J.; Zhu, Z. J. Metabolomics 2015, 11, 1575-1586 10.1007/s11306-015-0809-4
144. Tarazona, P.; Feussner, K.; Feussner, I. Plant J. 2015, 84, 621-633 10.1111/tpj.13013
145. Zhang, T.; Chen, S.; Liang, X.; Zhang, H. Anal. Bioanal. Chem. 2015, 407, 6543-6555 10.1007/s00216-015-8822-z
146. Li, L.; Wang, L.; Shangguan, D.; Wei, Y.; Han, J.; Xiong, S.; Zhao, Z. J. Chromatogr. A 2015, 1381, 140-148 10.1016/j.chroma.2015.01.013
147. Virgiliou, C.; Sampsonidis, I.; Gika, H. G.; Raikos, N.; Theodoridis, G. A. Electrophoresis 2015, 36, 2215-2225 10.1002/elps.201500208
148. Boccard, J.; Veuthey, J. L.; Rudaz, S. J. Sep. Sci. 2010, 33, 290-304 10.1002/jssc.200900609
149. Katajamaa, M.; Oresic, M. J. Chromatogr. A 2007, 1158, 318-328 10.1016/j.chroma.2007.04.021
150. Gurdeniz, G.; Kristensen, M.; Skov, T.; Dragsted, L. O. Metabolites 2012, 2, 77-99 10.3390/metabo2010077
151. Coble, J. B.; Fraga, C. G. J. Chromatogr. A 2014, 1358, 155-164 10.1016/j.chroma.2014.06.100
152. Chen, Y.; Xu, J.; Zhang, R.; Shen, G.; Song, Y.; Sun, J.; He, J.; Zhan, Q.; Abliz, Z. Analyst 2013, 138, 2669-2677 10.1039/c3an36818a
153. Creek, D. J.; Dunn, W. B.; Fiehn, O.; Griffin, J. L.; Hall, R. D.; Lei, Z. T.; Mistrik, R.; Neumann, S.; Schymanski, E. L.; Sumner, L. W.; Trengove, R.; Wolfender, J. L. Metabolomics 2014, 10, 350-353 10.1007/s11306-014-0656-8
154. Tsugawa, H.; Kanazawa, M.; Ogiwara, A.; Arita, M. Bioinformatics 2014, 30, 2379-2380 10.1093/bioinformatics/btu203
155. http://prime.psc.riken.jp/Metabolomics-Software/MrmDatabase/index.html, accessed October 21, 2015.
156. Sivalingam, G. N.; Yan, J.; Sahota, H.; Thalassinos, K. Int. J. Mass Spectrom. 2013, 345-347, 54-62 10.1016/j.ijms.2012.09.005
157. Dunn, W. B.; Broadhurst, D.; Begley, P.; Zelena, E.; Francis-McIntyre, S.; Anderson, N.; Brown, M.; Knowles, J. D.; Halsall, A.; Haselden, J. N.; Nicholls, A. W.; Wilson, I. D.; Kell, D. B.; Goodacre, R.; Human Serum Metabolome, C. Nat. Protoc. 2011, 6, 1060-1083 10.1038/nprot.2011.335
158. Chen, S.; Yin, P.; Zhao, X.; Xing, W.; Hu, C.; Zhou, L.; Xu, G. Electrophoresis 2013, 34, 2848-2856 10.1002/elps.201200629
159. Zhu, C.; Dane, A.; Spijksma, G.; Wang, M.; van der Greef, J.; Luo, G. A.; Hankemeier, T.; Vreeken, R. J. J. Chromatogr. A 2012, 1220, 26-34 10.1016/j.chroma.2011.11.034
160. Meikle, P. J.; Wong, G.; Tsorotes, D.; Barlow, C. K.; Weir, J. M.; Christopher, M. J.; MacIntosh, G. L.; Goudey, B.; Stern, L.; Kowalczyk, A.; Haviv, I.; White, A. J.; Dart, A. M.; Duffy, S. J.; Jennings, G. L.; Kingwell, B. A. Arterioscler., Thromb., Vasc. Biol. 2011, 31, 2723-2732 10.1161/ATVBAHA.111.234096
161. Hu, C. X.; Wei, H.; van den Hoek, A. M.; Wang, M.; van der Heijden, R.; Spijksma, G.; Reijmers, T. H.; Bouwman, J.; Wopereis, S.; Havekes, L. M.; Verheij, E.; Hankemeier, T.; Xu, G. W.; van der Greef, J. PLoS One 2011, 6, e19423 10.1371/journal.pone.0019423
162. Michopoulos, F.; Lai, L.; Gika, H.; Theodoridis, G.; Wilson, I. J. Proteome Res. 2009, 8, 2114-2121 10.1021/pr801045q
163. Draisma, H. H. M.; Reijmers, T. H.; Bobeldijk-Pastorova, I.; Meulman, J. J.; Burk, G. F. E. V.; Bartels, M.; Ramaker, R.; Van der Greef, J.; Boomsma, D. I.; Hankemeier, T. OMICS 2008, 12, 17-31 10.1089/omi.2007.0048
164. Bijlsma, S.; Bobeldijk, I.; Verheij, E. R.; Ramaker, R.; Kochhar, S.; Macdonald, I. A.; van Ommen, B.; Smilde, A. K. Anal. Chem. 2006, 78, 567-574 10.1021/ac051495j
165. http://www.fda.gov/downloads/drugs/guidancecomplianceregulatoryinformation/guidances/ucm368107.pdf, accessed October 30, 2015.
166. Fernandez-Albert, F.; Llorach, R.; Garcia-Aloy, M.; Ziyatdinov, A.; Andres-Lacueva, C.; Perera, A. Bioinformatics 2014, 30, 2899-2905 10.1093/bioinformatics/btu423
167. De Livera, A. M.; Sysi-Aho, M.; Jacob, L.; Gagnon-Bartsch, J. A.; Castillo, S.; Simpson, J. A.; Speed, T. P. Anal. Chem. 2015, 87, 3606-3615 10.1021/ac502439y
168. Mak, T. D.; Laiakis, E. C.; Goudarzi, M.; Fornace, A. J., Jr. Anal. Chem. 2015, 87, 3177-3186 10.1021/ac504012a
169. http://prime.psc.riken.jp/Metabolomics-Software/LOWESS-Normalization/index.html, accessed December 01, 2015.
170. Mak, T. D.; Laiakis, E. C.; Goudarzi, M.; Fornace, A. J., Jr. Anal. Chem. 2014, 86, 506-513 10.1021/ac402477z
171. Wang, S. Y.; Kuo, C. H.; Tseng, Y. J. Anal. Chem. 2013, 85, 1037-1046 10.1021/ac302877x