Ion mobility-derived collision cross section as an additional measure for lipid fingerprinting and identification

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 2, 2015, Pages 1137-1144

  Paglia, Giuseppe ^a,b   Angel, Peggi ^c   Williams, Jonathan P ^d   Richardson, Keith ^d   Olivos, Hernando J ^d   Thompson, J Will ^e   Menikarachchi, Lochana ^f   Lai, Steven ^d   Walsh, Callee ^c   Moseley, Arthur ^e   Plumb, Robert S ^d,g   Grant, David F ^f   Palsson, Bernhard O ^g   Langridge, James ^d   Geromanos, Scott ^d   Astarita, Giuseppe ^d,h  

^a ISTITUTO ZOOPROFILATTICO SPERIMENTALE DELLA PUGLIA E DELLA BASILICATA   (Italy)

^b UNIVERSITY OF ICELAND   (Iceland)

^c Protea Biosciences   (United States)

^d WATERS CORPORATION   (United States)

^e DUKE UNIVERSITY   (United States)

^f UNIVERSITY OF CONNECTICUT   (United States)

^g IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^h GEORGETOWN UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMATOGRAPHY; COMPUTATIONAL CHEMISTRY; ION MOBILITY SPECTROMETERS; IONS; LIPIDS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULES; SIGNAL TO NOISE RATIO; SPECTROMETRY;

ANALYTICAL APPROACH; BIOLOGICAL SAMPLES; CHROMATOGRAPHIC CONDITIONS; COLLISION CROSS SECTIONS; ION MOBILITY SPECTROMETRY; MOLECULAR DESCRIPTORS; REPRODUCIBILITIES; TRAVELING WAVE ION MOBILITIES;

CHEMICAL ANALYSIS;

LIPID;

AGED; BRAIN; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; METABOLISM; PROCEDURES; SECONDARY ION MASS SPECTROMETRY; SIGNAL NOISE RATIO;

AGED; BRAIN; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; LIPIDS; SIGNAL-TO-NOISE RATIO; SPECTROMETRY, MASS, SECONDARY ION;

EID: 84922469344     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac503715v     Document Type: Article

References (50)

1. Wenk, M. R. Nat. Rev. Drug Discovery 2005, 4, 594-610
2. Quehenberger, O.; Dennis, E. A. N. Engl. J. Med. 2011, 365, 1812-1823
3. Murphy, R. C.; Gaskell, S. J. J. Biol. Chem. 2011, 286, 25427-25433
4. Wenk, M. R. Cell 2010, 143, 888-895
5. Grimm, M. O.; Grimm, H. S.; Patzold, A. J.; Zinser, E. G.; Halonen, R.; Duering, M.; Tschape, J. A.; De Strooper, B.; Muller, U.; Shen, J.; Hartmann, T. Nat. Cell Biol. 2005, 7, 1118-1123
6. Mapstone, M.; Cheema, A. K.; Fiandaca, M. S.; Zhong, X.; Mhyre, T. R.; Macarthur, L. H.; Hall, W. J.; Fisher, S. G.; Peterson, D. R.; Haley, J. M.; Nazar, M. D.; Rich, S. A.; Berlau, D. J.; Peltz, C. B.; Tan, M. T.; Kawas, C. H.; Federoff, H. J. Nat. Med. 2014, in print.
7. Quehenberger, O.; Armando, A. M.; Brown, A. H.; Milne, S. B.; Myers, D. S.; Merrill, A. H.; Bandyopadhyay, S.; Jones, K. N.; Kelly, S.; Shaner, R. L.; Sullards, C. M.; Wang, E.; Murphy, R. C.; Barkley, R. M.; Leiker, T. J.; Raetz, C. R.; Guan, Z.; Laird, G. M.; Six, D. A.; Russell, D. W.; McDonald, J. G.; Subramaniam, S.; Fahy, E.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2010, 51, 3299-3305
8. Fahy, E.; Subramaniam, S.; Murphy, R. C.; Nishijima, M.; Raetz, C. R.; Shimizu, T.; Spener, F.; van Meer, G.; Wakelam, M. J.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2009, 50 (Suppl) S9-14
9. McDowell, G. S.; Blanchard, A. P.; Taylor, G. P.; Figeys, D.; Fai, S.; Bennett, S. A. Biomed. Res. Int. 2014, 2014, 818670
10. Kind, T.; Liu, K. H.; Lee do, Y.; DeFelice, B.; Meissen, J. K.; Fiehn, O. Nat. Methods 2013, 10, 755-758
11. Wishart, D. S.; Jewison, T.; Guo, A. C.; Wilson, M.; Knox, C.; Liu, Y.; Djoumbou, Y.; Mandal, R.; Aziat, F.; Dong, E.; Bouatra, S.; Sinelnikov, I.; Arndt, D.; Xia, J.; Liu, P.; Yallou, F.; Bjorndahl, T.; Perez-Pineiro, R.; Eisner, R.; Allen, F.; Neveu, V.; Greiner, R.; Scalbert, A. Nucleic Acids Res. 2013, 41, D801-807
12. Smith, C. A.; O'Maille, G.; Want, E. J.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Brandon, T. R.; Custodio, D. E.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Ther. Drug Monit. 2005, 27, 747-751
13. Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom 2010, 45, 703-714
14. Kliman, M.; May, J. C.; McLean, J. A. Biochim. Biophys. Acta 2011, 1811, 935-945
15. Shah, V.; Castro-Perez, J. M.; McLaren, D. G.; Herath, K. B.; Previs, S. F.; Roddy, T. P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2013, 27, 2195-2200
16. Hart, P. J.; Francese, S.; Claude, E.; Woodroofe, M. N.; Clench, M. R. Anal. Bioanal. Chem. 2011, 401, 115-125
17. Damen, C. W.; Isaac, G.; Langridge, J.; Hankemeier, T.; Vreeken, R. J. J. Lipid Res. 2014, in print.
18. Kim, H. I.; Kim, H.; Pang, E. S.; Ryu, E. K.; Beegle, L. W.; Loo, J. A.; Goddard, W. A.; Kanik, I. Anal. Chem. 2009, 81, 8289-8297
19. Castro-Perez, J.; Roddy, T. P.; Nibbering, N. M.; Shah, V.; McLaren, D. G.; Previs, S.; Attygalle, A. B.; Herath, K.; Chen, Z.; Wang, S. P.; Mitnaul, L.; Hubbard, B. K.; Vreeken, R. J.; Johns, D. G.; Hankemeier, T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1552-1567
20. Kaur-Atwal, G.; Reynolds, J. C.; Mussell, C.; Champarnaud, E.; Knapman, T. W.; Ashcroft, A. E.; O'Connor, G.; Christie, S. D.; Creaser, C. S. Analyst 2011, 136, 3911-3916
21. Ahonen, L.; Fasciotti, M.; Gennas, G. B.; Kotiaho, T.; Daroda, R. J.; Eberlin, M.; Kostiainen, R. J. Chromatogr. A 2013, 1310, 133-137
22. Dong, L.; Shion, H.; Davis, R. G.; Terry-Penak, B.; Castro-Perez, J.; van Breemen, R. B. Anal. Chem. 2010, 82, 9014-9021
23. Domalain, V.; Hubert-Roux, M.; Tognetti, V.; Joubert, L.; Lange, C.; Rouden, J. H.; Afonso, C. Chem. Sci. 2014, 5, 3234
24. Giles, K. Int. J. Ion Mobility Spectrom. 2013, 16, 69
25. Bush, M. F.; Hall, Z.; Giles, K.; Hoyes, J.; Robinson, C. V.; Ruotolo, B. T. Anal. Chem. 2010, 82, 9557-9565
26. Bush, M. F.; Campuzano, I. D.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2012, 84, 7124-7130
27. Williams, J. P.; Lough, J. A.; Campuzano, I.; Richardson, K.; Sadler, P. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23, 3563-3569
28. Paglia, G.; Williams, J. P.; Menikarachchi, L.; Thompson, J. W.; Tyldesley-Worster, R.; Halldorsson, S.; Rolfsson, O.; Moseley, A.; Grant, D.; Langridge, J.; Palsson, B. O.; Astarita, G. Anal. Chem. 2014, 86, 3985-3993
29. Fenn, L. S.; Kliman, M.; Mahsut, A.; Zhao, S. R.; McLean, J. A. Anal. Bioanal. Chem. 2009, 394, 235-244
30. May, J. C.; Goodwin, C. R.; Lareau, N. M.; Leaptrot, K. L.; Morris, C. B.; Kurulugama, R. T.; Mordehai, A.; Klein, C.; Barry, W.; Darland, E.; Overney, G.; Imatani, K.; Stafford, G. C.; Fjeldsted, J. C.; McLean, J. A. Anal. Chem. 2014, 86, 2107-2116
31. Dear, G. J.; Munoz-Muriedas, J.; Beaumont, C.; Roberts, A.; Kirk, J.; Williams, J. P.; Campuzano, I. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 3157-3162
32. Dwivedi, P.; Schultz, A. J.; Hill, H. H. Int. J. Mass Spectrom. 2010, 298, 78-90
33. Jackson, S. N.; Ugarov, M.; Post, J. D.; Egan, T.; Langlais, D.; Schultz, J. A.; Woods, A. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1655-1662
34. Menikarachchi, L. C.; Cawley, S.; Hill, D. W.; Hall, L. M.; Hall, L.; Lai, S.; Wilder, J.; Grant, D. F. Anal. Chem. 2012, 84, 9388-9394
35. Zhu, Z. J.; Schultz, A. W.; Wang, J.; Johnson, C. H.; Yannone, S. M.; Patti, G. J.; Siuzdak, G. Nat. Protoc. 2013, 8, 451-460
36. Sumner, L. W.; Amberg, A.; Barrett, D.; Beale, M. H.; Beger, R.; Daykin, C. A.; Fan, T. W.; Fiehn, O.; Goodacre, R.; Griffin, J. L.; Hankemeier, T.; Hardy, N.; Harnly, J.; Higashi, R.; Kopka, J.; Lane, A. N.; Lindon, J. C.; Marriott, P.; Nicholls, A. W.; Reily, M. D.; Thaden, J. J.; Viant, M. R. Metabolomics 2007, 3, 211-221
37. Ridenour, W. B.; Kliman, M.; McLean, J. A.; Caprioli, R. M. Anal. Chem. 2010, 82, 1881-1889
38. O'Brien, P. J.; Lee, M.; Spilker, M. E.; Zhang, C. C.; Yan, Z.; Nichols, T. C.; Li, W.; Johnson, C. H.; Patti, G. J.; Siuzdak, G. Cancer Metab. 2013, 1, 4
39. Fasciotti, M.; Sanvido, G. B.; Santos, V. G.; Lalli, P. M.; McCullagh, M.; de Sa, G. F.; Daroda, R. J.; Peter, M. G.; Eberlin, M. N. J. Mass Spectrom. 2012, 47, 1643-1647
40. Woods, A. S.; Jackson, S. N. Methods Mol. Biol. 2010, 656, 99-111
41. Krakau, I.; Elkan, E. Lakartidningen 1988, 85, 3444
42. Han, X.; Gross, R. W. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 367-412
43. Kaplan, K.; Dwivedi, P.; Davidson, S.; Yang, Q.; Tso, P.; Siems, W.; Hill, H. H., Jr. Anal. Chem. 2009, 81, 7944-7953
44. Geromanos, S. J.; Vissers, J. P.; Silva, J. C.; Dorschel, C. A.; Li, G. Z.; Gorenstein, M. V.; Bateman, R. H.; Langridge, J. I. Proteomics 2009, 9, 1683-1695
45. Dwivedi, P.; Puzon, G.; Tam, M.; Langlais, D.; Jackson, S.; Kaplan, K.; Siems, W. F.; Schultz, A. J.; Xun, L.; Woods, A.; Hill, H. H., Jr. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 1383-1393
46. Fang, L.; Harkewicz, R.; Hartvigsen, K.; Wiesner, P.; Choi, S. H.; Almazan, F.; Pattison, J.; Deer, E.; Sayaphupha, T.; Dennis, E. A.; Witztum, J. L.; Tsimikas, S.; Miller, Y. I. J. Biol. Chem. 2010, 285, 32343-32351
47. Kettling, H.; Vens-Cappell, S.; Soltwisch, J.; Pirkl, A.; Haier, J.; Muthing, J.; Dreisewerd, K. Anal. Chem. 2014, 86, 7798-7805
48. Wiseman, J. M.; Ifa, D. R.; Song, Q.; Cooks, R. G. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 7188-7192
49. Eberlin, L. S.; Norton, I.; Orringer, D.; Dunn, I. F.; Liu, X.; Ide, J. L.; Jarmusch, A. K.; Ligon, K. L.; Jolesz, F. A.; Golby, A. J.; Santagata, S.; Agar, N. Y.; Cooks, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 1611-1616
50. Garrett, T. J.; Yost, R. A. Methods Mol. Biol. 2010, 656, 209-230