Objective set of criteria for optimization of sample preparation procedures for ultra-high throughput untargeted blood plasma lipid profiling by ultra performance liquid chromatography-mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 12, 2014, Pages 5766-5774

  Sarafian, Magali H ^a   Gaudin, Mathieu ^a,b   Lewis, Matthew R ^c   Martin, Francois Pierre ^d   Holmes, Elaine ^a   Nicholson, Jeremy K ^a,c   Dumas, Marc Emmanuel ^a  

^a IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^b INSTITUT DE RECHERCHES INTERNATIONALES SERVIER   (France)

^c IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^d NESTLÉ RESEARCH CENTER   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETONITRILE; BLOOD; CHROMATOGRAPHY; DICHLOROMETHANE; EXTRACTION; METHANOL; PRECIPITATION (CHEMICAL); RECOVERY;

COEFFICIENT OF VARIATION; ISOPROPANOL PRECIPITATIONS; LIQUID-LIQUID EXTRACTION; PROTEIN PRECIPITATION; QUANTITATIVE CRITERIA; RECOVERY EFFICIENCY; SAMPLE PREPARATION PROCEDURE; ULTRA PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY-MASS SPECTROMETRIES;

PROTEINS;

LIPID;

BLOOD; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN; PLASMA;

HIGH-THROUGHPUT SCREENING ASSAYS; HUMANS; LIPIDS; PLASMA;

EID: 84902815726     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac500317c     Document Type: Article

References (49)

1. Nicholson, J. K.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Xenobiotica 1999, 29, 1181-1189
2. Nicholson, J. K.; Connelly, J.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 153-161
3. Nicholson, J. K.; Lindon, J. C. Nature 2008, 455, 1054-1056
4. Lenz, E. M.; Wilson, I. D. J. Proteome Res. 2007, 6, 443-58
5. Want, E. J.; O'Maille, G.; Smith, C. A.; Brandon, T. R.; Uritboonthai, W.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 743-752
6. Bruce, S. J.; Jonsson, P.; Antti, H.; Cloarec, O.; Trygg, J.; Marklund, S. L.; Moritz, T. Anal. Biochem. 2008, 372, 237-249
7. Tulipani, S.; Llorach, R.; Urpi-Sarda, M.; Andres-Lacueva, C. Anal. Chem. 2013, 85, 341-348
8. Bruce, S. J.; Tavazzi, I.; Parisod, V.; Rezzi, S.; Kochhar, S.; Guy, P. A. Anal. Chem. 2009, 81, 3285-3296
9. Sommer, U.; Herscovitz, H.; Welty, F. K.; Costello, C. E. J. Lipid Res. 2006, 47, 804-814
10. Bird, S. S.; Marur, V. R.; Sniatynski, M. J.; Greenberg, H. K.; Kristal, B. S. Anal. Chem. 2011, 83, 6648-6657
11. Pietilainen, K. H.; Sysi-Aho, M.; Rissanen, A.; Seppanen-Laakso, T.; Yki-Jarvinen, H.; Kaprio, J.; Oresic, M. PLoS One 2007, 2, e218
12. Pietilainen, K. H.; Rog, T.; Seppanen-Laakso, T.; Virtue, S.; Gopalacharyulu, P.; Tang, J.; Rodriguez-Cuenca, S.; Maciejewski, A.; Naukkarinen, J.; Ruskeepaa, A. L.; Niemela, P. S.; Yetukuri, L.; Tan, C. Y.; Velagapudi, V.; Castillo, S.; Nygren, H.; Hyotylainen, T.; Rissanen, A.; Kaprio, J.; Yki-Jarvinen, H.; Vattulainen, I.; Vidal-Puig, A.; Oresic, M. PLoS Biol. 2011, 9, e1000623
13. Oresic, M.; Hanninen, V. A.; Vidal-Puig, A. Trends Biotechnol. 2008, 26, 647-652
14. Quehenberger, O.; Armando, A. M.; Brown, A. H.; Milne, S. B.; Myers, D. S.; Merrill, A. H.; Bandyopadhyay, S.; Jones, K. N.; Kelly, S.; Shaner, R. L.; Sullards, C. M.; Wang, E.; Murphy, R. C.; Barkley, R. M.; Leiker, T. J.; Raetz, C. R.; Guan, Z.; Laird, G. M.; Six, D. A.; Russell, D. W.; McDonald, J. G.; Subramaniam, S.; Fahy, E.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2010, 51, 3299-3305
15. Dumas, M. E.; Kinross, J.; Nicholson, J. K. Gastroenterology 2014, 146, 46-62
16. Bligh, E. G.; Dyer, W. J. Canadian J. Biochem. Physiol. 1959, 37, 911-917
17. Folch, J.; Lees, M.; Sloane Stanley, G. H. J. Biol. Chem. 1957, 226, 497-509
18. Nygren, H.; Seppanen-Laakso, T.; Castillo, S.; Hyotylainen, T.; Oresic, M. Methods Mol. Biol. 2011, 708, 247-257
19. Matyash, V.; Liebisch, G.; Kurzchalia, T. V.; Shevchenko, A.; Schwudke, D. J. Lipid Res. 2008, 49, 1137-1146
20. Reis, A.; Rudnitskaya, A.; Blackburn, G. J.; Mohd Fauzi, N.; Pitt, A. R.; Spickett, C. M. J. Lipid Res. 2013, 54, 1812-1824
21. Hara, A.; Radin, N. S. Anal. Biochem. 1978, 90, 420-426
22. Duportet, X.; Aggio, R. B. M.; Carneiro, S.; Villas-Boas, S. G. Metabolomics 2012, 8, 410-421
23. Theodoridis, G. A.; Gika, H. G.; Want, E. J.; Wilson, I. D. Anal. Chim. Acta 2012, 711, 7-16
24. Vuckovic, D. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 403, 1523-1548
25. Bradford, M. M. Anal. Biochem. 1976, 72, 248-254
26. Isaac, G.; Mc Donald, S.; Astaritra, G. Waters Application Note 720004107en; 2011.
27. Smith, C. A.; O'Maille, G.; Want, E. J.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Brandon, T. R.; Custodio, D. E.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Ther. Drug Monit. 2005, 27, 747-751
28. Fahy, E.; Subramaniam, S.; Brown, H. A.; Glass, C. K.; Merrill, A. H., Jr.; Murphy, R. C.; Raetz, C. R.; Russell, D. W.; Seyama, Y.; Shaw, W.; Shimizu, T.; Spener, F.; van Meer, G.; VanNieuwenhze, M. S.; White, S. H.; Witztum, J. L.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2005, 46, 839-861
29. Fahy, E.; Subramaniam, S.; Murphy, R. C.; Nishijima, M.; Raetz, C. R.; Shimizu, T.; Spener, F.; van Meer, G.; Wakelam, M. J.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2009, 50 (Suppl) S9-14
30. Wishart, D. S.; Tzur, D.; Knox, C.; Eisner, R.; Guo, A. C.; Young, N.; Cheng, D.; Jewell, K.; Arndt, D.; Sawhney, S.; Fung, C.; Nikolai, L.; Lewis, M.; Coutouly, M. A.; Forsythe, I.; Tang, P.; Shrivastava, S.; Jeroncic, K.; Stothard, P.; Amegbey, G.; Block, D.; Hau, D. D.; Wagner, J.; Miniaci, J.; Clements, M.; Gebremedhin, M.; Guo, N.; Zhang, Y.; Duggan, G. E.; Macinnis, G. D.; Weljie, A. M.; Dowlatabadi, R.; Bamforth, F.; Clive, D.; Greiner, R.; Li, L.; Marrie, T.; Sykes, B. D.; Vogel, H. J.; Querengesser, L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D521-6
31. Bateman, K. P.; Castro-Perez, J.; Wrona, M.; Shockcor, J. P.; Yu, K.; Oballa, R.; Nicoll-Griffith, D. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 1485-1496
32. Rainville, P. D.; Stumpf, C. L.; Shockcor, J. P.; Plumb, R. S.; Nicholson, J. K. J. Proteome Res. 2007, 6, 552-558
33. Smith, C. A.; Want, E. J.; O'Maille, G.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 779-787
34. Zivkovic, A. M.; Wiest, M. M.; Nguyen, U. T.; Davis, R.; Watkins, S. M.; German, J. B. Metabolomics 2009, 5, 507-516
35. Wolf, C.; Quinn, P. J. Prog. Lipid Res. 2008, 47, 15-36
36. Yang, Y.; Cruickshank, C.; Armstrong, M.; Mahaffey, S.; Reisdorph, R.; Reisdorph, N. J. Chromatogr., A 2013, 1300, 217-226
37. Frenia, M. L.; Schauben, J. L. Ann. Emerg. Med. 1993, 22, 1919-1923
38. Takeuchi, Y.; Ono, Y.; Hisanaga, N.; Kitoh, J.; Sugiura, Y. Br. J. Ind. Med. 1980, 37, 241-247
39. Winslow, S. G.; Gerstner, H. B. Drug Chem. Toxicol. 1978, 1, 259-275
40. Polson, C.; Sarkar, P.; Incledon, B.; Raguvaran, V.; Grant, R. J. Chromatogr., B 2003, 785, 263-275
41. Lai, L.; Michopoulos, F.; Gika, H.; Theodoridis, G.; Wilkinson, R. W.; Odedra, R.; Wingate, J.; Bonner, R.; Tate, S.; Wilson, I. D. Mol. BioSyst. 2010, 6, 108-120
42. Gika, H.; Theodoridis, G. Bioanalysis 2011, 3, 1647-1661
43. Want, E. J.; Masson, P.; Michopoulos, F.; Wilson, I. D.; Theodoridis, G.; Plumb, R. S.; Shockcor, J.; Loftus, N.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Nat. Protoc. 2013, 8, 17-32
44. Wolk, A.; Furuheim, M.; Vessby, B. J. Nutr. 2001, 131, 828-833
45. Cummings, J.; Ward, T. H.; Greystoke, A.; Ranson, M.; Dive, C. Br. J. Pharmacol. 2008, 153, 646-656
46. Cummings, J.; Raynaud, F.; Jones, L.; Sugar, R.; Dive, C. Br. J. Cancer 2010, 103, 1313-1317
47. Souverain, S.; Rudaz, S.; Veuthey, J. L. J. Pharm. Biomed. Anal. 2004, 35, 913-920
48. Sivaraman, T.; Kumar, T. K.; Jayaraman, G.; Yu, C. J. Protein Chem. 1997, 16, 291-297
49. Khan, K.; Blaak, E.; Elia, M. Clin. Chem. 1991, 37, 728-733