Oxidative status interactome map: Towards novel approaches in experiment planning, data analysis, diagnostics and therapy

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 8, 2013, Pages 2085-2096

  Zolotukhin, Peter ^a   Kozlova, Yulia ^b   Dovzhik, Anastasiya ^a   Kovalenko, Konstantin ^a   Kutsyn, Kseniya ^a   Aleksandrova, Anzhela ^a   Shkurat, Tatyana ^a  

^a SOUTHERN FEDERAL UNIVERSITY   (Russian Federation)

^b RESEARCH CENTRE FOR MEDICAL GENETICS   (Russian Federation)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NFE2L2 PROTEIN, HUMAN; REACTIVE NITROGEN SPECIES; REACTIVE OXYGEN METABOLITE; TRANSCRIPTION FACTOR NRF2;

BIBLIOGRAPHIC DATABASE; COMPUTER PROGRAM; DATA MINING; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; OXIDATION REDUCTION REACTION; OXIDATIVE STRESS; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DATABASE; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEOMICS; ARTICLE;

DATA MINING; DATABASES, BIBLIOGRAPHIC; DATABASES, PROTEIN; HUMANS; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; NF-E2-RELATED FACTOR 2; OXIDATION-REDUCTION; OXIDATIVE STRESS; PROTEIN INTERACTION MAPPING; PROTEIN INTERACTION MAPS; PROTEOMICS; REACTIVE NITROGEN SPECIES; REACTIVE OXYGEN SPECIES; RESEARCH DESIGN; SOFTWARE;

EID: 84879955404     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70096h     Document Type: Article

References (154)

1. N. S. Brown R. Bicknell Breast Cancer Res. 2001 3 323 327
2. J. M. Roberts D. W. Cooper Lancet 2001 357 53 56
3. C. P. Oliveira P. Kassab F. P. Lopasso H. P. Souza M. Janiszewski F. R. Laurindo K. Iriya A. A. Laudanna World J. Gastroenterol. 2003 9 446 448
4. D. F. Calvisi S. Ladu K. Hironaka V. M. Factor S. S. Thorgeirsson J. Hepatol. 2004 41 815 822
5. T. Salmon B. Evert B. Song P. Doetsch Nucleic Acids Res. 2004 32 3712 3723
6. A. P. Moller P. Surai T. A. Mousseau Proc. R. Soc. London, Ser. B 2005 272 247 252
7. M. Lieng E. Qvigstad L. Sandvik H. Jørgensen A. Langebrekke O. Istre J. Minimally Invasive Gynecol. 2007 14 189 194
8. N. Azad Y. Rojanasakul V. Vallyathan J. Toxicol. Environ. Health, Part B 2008 11 1 15
9. H. Bayir V. E. Kagan Crit. Care 2008 12 206 211
10. B. J. Day Antioxid. Redox Signaling 2008 10 355 370
11. M. Epplein S. D. Reed L. F. Voigt K. M. Newton V. L. Holt N. S. Weiss Am. J. Epidemiol. 2008 168 563 570
12. Q. Ma L. E. Cavallin B. Yan S. Zhu E. M. Duran H. Wang L. P. Hale C. Dong E. Cesarman E. A. Mesri P. J. Goldschmidt-Clermont Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 8683 8688
13. M. P. Murphy Biochem. J. 2009 417 1 13
14. S. Reuter S. Gupta M. Chaturvedi B. Aggarwal Free Radical Biol. Med. 2010 49 1603 1616
15. W. Freinbichler M. A. Colivicchi C. Stefanini L. Bianchi C. Ballini B. Misini P. Weinberger W. Linert D. VareŠlija K. F. Tipton L. Della Corte Cell. Mol. Life Sci. 2011 68 2067 2079
16. M. Jimenez-Del-Rio C. Velez-Pardo Oxid. Med. Cell. Longevity 2012 2012 1 13
17. F. Lledías W. Hansberg Photochem. Photobiol. 1999 70 887 892
18. E. Llurba E. Gratacós P. Martín-Gallán Free Radical Biol. Med. 2004 37 557 570
19. T. H. Hung G. J. Burton Taiwan J. Obstet. Gynecol. 2006 45 189 200
20. N. Thengchaisri T. W. Hein W. Wang X. Xu Z. Li T. W. Fossum L. Kuo Arterioscler., Thromb., Vasc. Biol. 2006 26 2035 2042
21. M. Mohaupt Mol. Aspects Med. 2007 28 169 191
22. G. J. Burton E. Jauniaux Best Pract. Res., Clin. Obstet. Gynaecol. 2010 25 287 299
23. M. G. Olsson M. Centlow S. Rutardóttir I. Stenfors J. Larsson B. Hosseini-Maaf M. L. Olsson S. R. Hansson B. Akerström Free Radical Biol. Med. 2010 48 284 291
24. S. Sankaralingam H. Xu S. T. Davidge Cardiovasc. Res. 2010 85 194 203
25. J. Clark D. K. Simon Antioxid. Redox Signaling 2009 11 509 528
26. Q. Cheng J. L. Kalabus J. Zhang J. G. Blanco Pharmacol 2012 83 139 148
27. B. P. Tu J. S. Weissman J. Cell Biol. 2004 164 341 346
28. E. Gross C. S. Sevier N. Heldman E. Vitu M. Bentzur C. A. Kaiser C. Thorpe D. Fass Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 299 304
29. E. Zelzer Y. Levy C. Kahana B. Z. Shilo M. Rubinstein B. Cohen EMBO J. 1998 17 5085 5094
30. S. Dimmeler I. Fleming B. Fisslthaler C. Hermann R. Busse A. M. Zeiher Nature 1999 399 601 605
31. S. C. Shih K. P. Claffey Growth Factors 2001 19 19 34
32. D. P. Stiehl W. Jelkmann R. H. Wenger T. Hellwig-Bürgel FEBS Lett. 2002 512-513 157 162
33. J. Zhou T. Schmid R. Frank B. Brüne J. Biol. Chem. 2004 279 13506 13513
34. A. Schmidt S. Geigenmüller W. Völker E. Buddecke Basic Res. Cardiol. 2006 101 109 116
35. S. Sonderegger P. Haslinger A. Sabri C. Leisser J. V. Otten C. Fiala M. Knöfler Endocrinology 2010 151 211 220
36. S. Pendyala V. Natarajan Respir. Physiol. Neurobiol. 2010 174 265 271
37. B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts and P. Walter, Molecular Biology of the Cell, 5th edn, 2007
38. N. L. Chepelev J. D. Bennitz T. Huang S. McBride W. G. Willmore PLoS One 2011 6 e29167
39. C. J. Hindley G. S. McDowell H. Wise A. Philpott Int. J. Dev. Biol. 2011 55 249 260
40. M. Loset S. B. Mundal M. P. Johnson M. H. Fenstad K. A. Freed I. A. Lian I. P. Eide L. Bjorge J. Blangero E. K. Moses R. Austgulen Am. J. Obstet. Gynecol. 2011 204 84e1 84e27
41. D. Papp K. Lenti D. Modos D. Fazekas Z. Dul D. Turei L. Foldvari-Nagy R. Nussinov P. Csermely T. Korcsmaros FEBS Lett. 2012 586 1795 1802
42. A. A. Starkov Ann. N. Y. Acad. Sci. 2008 1147 37 52
43. UniProt, http//www.uniprot.org/
44. K. Ruckpaul H. Rein Cytochrome P450 1984
45. S. C. Bondy S. Naderi Biochem. Pharmacol. 1994 48 155 159
46. J. Rashba-Step A. I. Cederbaum Mol. Pharmacol. 1994 45 150 157
47. J. Kapitulnik H. W. Strobel J. Biochem. Mol. Toxicol. 1999 13 227 230
48. A. Boveris N. Oshino B. Chance Biochem. J. 1972 128 617 630
49. T. D. Engerson T. G. McKelvey D. B. Rhyne E. B. Boggio S. J. Snyder H. P. Jones J. Clin. Invest. 1987 79 1564 1570
50. L. IJlst I. de Kromme W. Oostheim R. J. Wanders Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000 270 1101 1105
51. J. M. Jones J. C. Morrell S. J. Gould J. Biol. Chem. 2000 275 12590 12597
52. D. B. Stolz R. Zamora Y. Vodovotz P. A. Loughran T. R. Billiar Y. M. Kim R. L. Simmons S. C. Watkins Hepatology 2002 36 81 93
53. T. Kawazoe H. Tsuge M. S. Pilone K. Fukui Protein Sci. 2006 15 2708 2717
54. D. Oaxaca-Castillo P. Andreoletti A. Vluggens S. Yu P. P. van Veldhoven J. K. Reddy M. Cherkaoui-Malki Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007 360 314 319
55. M. S. Murray R. P. Holmes W. T. Lowther Biochemistry 2008 47 2439 2449
56. V. D. Antonenkov S. Grunau S. Ohlmeier J. K. Hiltunen Antioxid. Redox Signaling 2010 13 525 537
57. P. P. Van Veldhoven J. Lipid Res. 2010 51 2863 2895
58. O. Ivashchenko P. P. Van Veldhoven C. Brees Y. S. Ho S. R. Terlecky M. Fransen Mol. Biol. Cell 2011 22 1440 1451
59. C. Kubota S. Torii N. Hou N. Saito Y. Yoshimoto H. Imai T. Takeuchi J. Biol. Chem. 2010 285 667 674
60. A. Hamacher-Brady H. A. Stein S. Turschner I. Toegel R. Mora N. Jennewein T. Efferth R. Eils N. R. Brady J. Biol. Chem. 2011 286 6587 6601
61. R. C. Kukreja H. A. Kontos M. L. Hess E. F. Ellis Circ. Res. 1986 59 612 619
62. P. Roy S. K. Roy A. Mitra A. P. Kulkarni Biochim. Biophys. Acta, Lipids Lipid Metab. 1994 1214 171 179
63. B. T. Scott S. J. Hasstedt E. G. Bovill P. W. Callas J. E. Valliere L. Wang K. K. Wu G. L. Long Blood Coagulation Fibrinolysis 2002 13 519 531
64. K. J. Cho J. M. Seo J. H. Kim Mol. Cells 2011 32 1 5
65. V. B. O'Donnell A. Azzi Biochem. J. 1996 318 805 812
66. O. Nüsse Sci. World J. 2011 11 2364 2381
67. J. W. Woods J. F. Evans D. Ethier S. Scott P. J. Vickers L. Hearn J. A. Heibein S. Charleson I. I. Singer J. Exp. Med. 1993 178 1935 1946
68. T. Murray-Stewart Y. Wang A. Goodwin A. Hacker A. Meeker R. A. Casero Jr. FEBS J. 2008 275 2795 2806
69. T. Strid J. Svartz N. Franck E. Hallin B. Ingelsson M. Soederstroem S. Hammarstroem Biochem. Biophys. Res. Commun. 2009 381 518 522
70. R. Schietke C. Warnecke I. Wacker J. Schödel D. R. Mole V. Campean K. Amann M. Goppelt-Struebe J. Behrens K. U. Eckardt M. S. Wiesener J. Biol. Chem. 2010 285 6658 6669
71. H. E. Barker J. Chang T. R. Cox G. Lang D. Bird M. Nicolau H. R. Evans A. Gartland J. T. Erler Cancer Res. 2011 71 1561 1572
72. H. M. Rodriguez M. Vaysberg A. Mikels S. McCauley A. C. Velayo C. Garcia V. Smith J. Biol. Chem. 2010 285 20964 20974
73. N. Herranz N. Dave A. Millanes-Romero L. Morey V. M. Díaz V. Lórenz-Fonfría R. Gutierrez-Gallego C. Jerónimo L. Di Croce A. García de Herreros S. Peiró Mol. Cell 2012 46 369 376
74. J. S. McNally M. E. Davis D. P. Giddens A. Saha J. Hwang S. Dikalov H. Jo Am. J. Physiol. 2003 285 H2290 H2297
75. Y. Yamaguchi T. Matsumura K. Ichida K. Okamoto T. Nishino J. Biochem. 2007 141 513 524
76. L. Myatt Placenta 2010 31 Suppl S66 S69
77. A. T. Dinkova-Kostova P. Talalay Arch. Biochem. Biophys. 2010 501 116 123
78. C. D. Klaassen S. A. Reisman Toxicol. Appl. Pharmacol. 2010 244 57 65
79. A. Muto S. Tashiro H. Tsuchiya A. Kume M. Kanno E. Ito M. Yamamoto K. Igarashi J. Biol. Chem. 2002 277 20724 20733
80. R. C. Scarpulla J. Cell. Biochem. 2006 97 673 683
81. M. Kortylewski F. Feld K. D. Krüger G. Bahrenberg R. A. Roth H. G. Joost P. C. Heinrich I. Behrmann A. Barthel J. Biol. Chem. 2003 278 5242 5249
82. C. M. Klinge J. Cell. Biochem. 2008 105 1342 1351
83. L. Gao G. E. Mann Cardiovasc. Res. 2009 82 9 20
84. N. Patel V. K. Kalra J. Biol. Chem. 2010 285 20570 20579
85. J. Shoag Z. Arany Arterioscler., Thromb., Vasc. Biol. 2010 30 662 666
86. A. S. Goncharova P. V. Zolotukhin O. V. Keller O. V. Trofimenko A. A. Aleksandrova T. P. Shkurat Proc Postgen. Met. Analys. Biol. Lab. Clin. Med. 2010 1 125
87. NCBI gene, http//www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
88. A. Funahashi N. Tanimura M. Morohashi H. Kitano BIOSILICO 2003 1 159 162
89. M. Gulum E. Yeni A. Kocyigit A. Taskin M. Savas H. Ciftci A. Altunkol Fertil. Steril. 2011 96 1087 1090
90. E. Baysal S. Taysi N. Aksoy M. Uyar E. Celenk Z. A. Karatas M. Tarakcioglu H. Bilinç S. Mumbuç M. Kanlikama Eur. Rev. Med. Pharmacol. Sci. 2012 16 770 774
91. P. Capaccio L. Pignataro L. M. Gaini P. E. Sigismund C. Novembrino R. De Giuseppe V. Uva A. Tripodi F. Bamonti Eur. Arch. Oto-Rhino-Laryngol. 2012 269 449 453
92. M. Celik K. Sermatov M. Abuhandan D. Zeyrek A. Kocyigit A. Iscan J. Clin. Lab. Anal. 2012 26 161 166
93. S. Siamakpour-Reihani P. M. Scarbrough F. Wang I. Spasojevic K. Base R. Sedjo R. B. D'Agostino Jr. D. Il'yasova Ann. Epidemiol. 2012 22 587 591
94. P. Xaplanteris C. Vlachopoulos P. Pietri D. Terentes-Printzios D. Kardara N. Alexopoulos K. Aznaouridis A. Miliou C. Stefanadis Nutr. Res. 2012 32 390 394
95. C. Sanchez C. Lachaize F. Janody B. Bellon L. Röder J. Euzenat F. Rechenmann B. Jacq Nucleic Acids Res. 1999 27 89 94
96. F. Bernardi L. Constantino R. Machado F. Petronilho F. Dal-Pizzol J. Obstet. Gynaecol. Res. 2008 34 957 963
97. S. B. Cullinan J. A. Diehl Int. J. Biochem. Cell Biol. 2006 38 317 332
98. C. J. Wruck B. Huppertz P. Bose L. O. Brandenburg T. Pufe M. Kadyrov Histopathology 2009 55 102 106
99. H. K. Jyrkkänen S. Kuosmanen M. Heinäniemi H. Laitinen E. Kansanen E. Mella-Aho H. Leinonen S. Ylä-Herttuala A. L. Levonen Biochem. J. 2011 440 167 174
100. O. H. Lee A. K. Jain V. Papusha A. K. Jaiswal J. Biol. Chem. 2007 282 36412 36420
101. N. Miyamoto H. Izumi R. Miyamoto H. Kondo A. Tawara Y. Sasaguri K. Kohno Invest. Ophthalmol. Visual Sci. 2011 52 1055 1063
102. K. U. Tufekci E. Civi Bayin S. Genc K. Genc J. Parkinson's Dis. 2011 314082
103. R. Zhao Y. Hou P. Xue C. G. Woods J. Fu B. Feng D. Guan G. Sun J. Y. Chan M. P. Waalkes M. E. Andersen J. Pi Environ. Health Perspect. 2011 119 56 62
104. M. Yu H. Li Q. Liu F. Liu L. Tang C. Li Y. Yuan Y. Zhan W. Xu W. Li H. Chen C. Ge J. Wang X. Yang Cell. Signalling 2011 23 883 892
105. H. C. Um J. H. Jang D. H. Kim C. Lee Y. J. Surh Nitric Oxide 2011 25 161 168
106. Q. Zhang J. Pi C. G. Woods M. E. Andersen Toxicol. Appl. Pharmacol. 2010 244 84 97
107. P. Moi K. Chan I. Asunis A. Cao Y. W. Kan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 9926 9930
108. S. K. Niture A. K. Jain P. M. Shelton A. K. Jaiswal J. Biol. Chem. 2011 286 28821 28832
109. J. W. Kaspar A. K. Jaiswal J. Biol. Chem. 2010 285 153 162
110. T. P. Dalton H. G. Shertzer A. Puga Annu. Rev. Pharmacol. 1999 39 67 101
111. M. Ushio-Fukai R. W. Alexander M. Akers K. K. Griendling J. Biol. Chem. 1998 273 15022 15029
112. A. K. Jaiswal Free Radical Biol. Med. 2004 36 1199 1207
113. H. B. Suliman M. S. Carraway L. G. Tatro C. A. Piantadosi J. Cell Sci. 2007 120 299 308
114. P. Newsholme E. P. Haber S. M. Hirabara E. L. Rebelato J. Procopio D. Morgan H. C. Oliveira-Emilio A. R. Carpinelli R. Curi J. Physiol. 2007 583 9 24
115. G. J. Kops T. B. Dansen P. E. Polderman I. Saarloos K. W. Wirtz P. J. Coffer T. T. Huang J. L. Bos R. H. Medema B. M. Burgering Nature 2002 419 316 321
116. K. Perez-de-Arce R. Foncea F. Leighton Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005 338 1103 1109
117. K. Maiese Z. Z. Chong J. Hou Y. C. Shang Adv. Exp. Med. Biol. 2009 665 242 260
118. S. L. Peng Int. J. Biochem. Cell Biol. 2010 42 482 485
119. A. E. Pepe Q. Xiao A. Zampetaki Z. Zhang A. Kobayashi Y. Hu Q. Xu Circ. Res. 2010 106 870 879
120. M. Sano K. Fukuda Circ. Res. 2008 103 1191 1193
121. N. M. Khan S. K. Sandur R. Checker D. Sharma T. B. Poduval K. B. Sainis Free Radical Biol. Med. 2011 51 115 128
122. K. Fukushima M. Murata K. Tsukimori K. Eisuke N. Wake Am. J. Hypertens. 2011 24 829 834
123. R. B. Caldwell W. Zhang M. J. Romero R. W. Caldwell Brain Res. Bull. 2010 81 303 309
124. W. G. Li F. J. Miller Jr. H. J. Zhang D. R. Spitz L. W. Oberley N. L. Weintraub J. Biol. Chem. 2001 276 29251 29256
125. K. A. Gauss L. K. Nelson-Overton D. W. Siemsen Y. Gao F. R. DeLeo M. T. Quinn J. Leukocyte Biol. 2007 82 729 741
126. A. Manea S. A. Manea A. V. Gafencu M. Raicu Arch. Physiol. Biochem. 2007 113 163 172
127. A. Manea S. A. Manea A. V. Gafencu M. Raicu M. Simionescu Arterioscler., Thromb., Vasc. Biol. 2008 28 878 885
128. K. Hirota M. Murata Y. Sachi H. Nakamura J. Takeuchi K. Mori J. Yodoi J. Biol. Chem. 1999 274 27891 27897
129. J. Nordberg E. S. Arnér Free Radical Biol. Med. 2001 31 1287 1312
130. B. Deng S. Xie J. Wang Z. Xia R. Nie J. Vasc. Res. 2012 49 144 159
131. J. Maher M. Yamamoto Toxicol. Appl. Pharmacol. 2010 244 4 15
132. C. K. Chiang M. Nangaku T. Tanaka T. Iwawaki R. Inagi Am. J. Physiol.: Cell Physiol. 2013 304 C342 C353
133. Y. Y. Sautin T. Nakagawa S. Zharikov R. J. Johnson Am. J. Physiol.: Cell Physiol. 2007 293 C584 C596
134. J. A. Sipkens N. E. Hahn H. J. Blom S. M. Lougheed C. D. Stehouwer P. A. Rauwerda P. A. Krijnen V. W. van Hinsbergh H. W. Niessen Atherosclerosis 2012 221 48 54
135. A. Molvarec J. Rigó Jr. L. Lázár K. Balogh V. Makó L. Cervenak M. Mézes Z. Prohászka Cell Stress Chaperones 2009 14 151 159
136. A. L. Tranquilli B. Landi Med. Hypotheses 2010 75 38 46
137. C. Zhang J. Wu X. Xu B. J. Potter X. Gao Basic Res. Cardiol. 2010 105 453 464
138. M. Centlow K. Junus H. Nyström K. May I. Larsson M. G. Olsson B. Akerström R. Sager H. Schneider S. R. Hansson Z. Geburtshilfe Neonatol. 2009 213 89 95
139. T. Nguyen P. J. Sherratt C. B. Pickett Annu. Rev. Pharmacol. 2003 43 233 260
140. Y. Tsuji Oncogene 2005 24 7567 7578
141. Y. C. Kim Y. Yamaguchi N. Kondo H. Masutani J. Yodoi Oncogene 2003 22 1860 1865
142. S. Levy A. K. Jaiswal H. J. Forman Free Radical Biol. Med. 2009 47 1172 1179
143. G. Bjelakovic L. L. Gluud D. Nikolova M. Bjelakovic A. Nagorni C. Gluud Cochrane Database Syst. Rev. 2011 3 CD007749
144. G. Bjelakovic D. Nikolova L. L. Gluud R. G. Simonetti C. Gluud Cochrane Database Syst. Rev. 2012 3 CD007176
145. J. M. Roberts L. Myatt C. Y. Spong E. A. Thom J. C. Hauth K. J. Leveno G. D. Pearson R. J. Wapner M. W. Varner J. M. Thorp Jr. B. M. Mercer A. M. Peaceman S. M. Ramin M. W. Carpenter P. Samuels A. Sciscione M. Harper W. J. Smith G. Saade Y. Sorokin G. B. Anderson Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human Development Maternal-Fetal Medicine Units Network N. Engl. J. Med. 2010 362 1282 1291
146. A. Rumbold L. Duley C. A. Crowther R. R. Haslam Database Syst. Rev. 2008 1 24 36
147. S. Gupta N. Aziz L. Sekhon R. Agarwal G. Mansour J. Li A. Agarwal Obstet. Gynecol. Surv. 2009 64 750 759
148. B. Poljsak I. Milisav Oxid. Med. Cell. Longevity 2012 2012 480895
149. B. T. Hennessy D. L. Smith P. T. Ram Y. Lu G. B. Mills Nat. Rev. Drug Discovery 2005 4 988 1004
150. J. Viña C. Borrás J. Gambini J. Sastre F. V. Pallardó FEBS Lett. 2005 579 2541 2545
151. G. P. Sykiotis D. Bohmann Sci. Signaling 2010 3 re3
152. GeneCards database, http//www.genecards.org/
153. R. Lee M. Margaritis K. M. Channon C. Antoniades Curr. Med. Chem. 2012 19 2504 2520
154. J. S. Ross C. Hatzis W. F. Symmans L. Pusztai G. N. Hortobágyi Oncologist 2008 13 477 493 Federation