Mass spectrometric studies of dissociation constants of noncovalent complexes

Annual Reports on the Progress of Chemistry - Section C

Volumn 107, Issue , 2011, Pages 199-228

  Erba, Elisabetta Boeri ^a   Zenobi, Renato ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 80052082886     PISSN: 02601826     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1pc90006d     Document Type: Review

References (163)

1. M. Sharon C. V. Robinson Annu. Rev. Biochem. 2007 76 167 193
2. C. Bich S. Baer M. C. Jecklin R. Zenobi J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 286 289
3. B. Ganem Y. T. Li J. D. Henion J. Am. Chem. Soc. 1991 113 7818 7819
4. L. R. H. Cohen K. Strupat F. Hillenkamp J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997 8 1046 1052
5. B. T. Ruotolo K. Giles I. Campuzano A. M. Sandercock R. H. Bateman C. V. Robinson Science 2005 310 1658 1661
6. H. Lodish, A. Berk, L. S. Zipursky, P. Matsudaira, D. Baltimore and J. Darnell, Molecular Cell Biology, W. H. Freeman and Company, 2000
7. J. P. Renaud M. A. Delsuc Curr. Opin. Pharmacol. 2009 9 622 628
8. A. J. Heck Nat. Methods 2008 5 927 933
9. J. L. Benesch B. T. Ruotolo D. A. Simmons C. V. Robinson Chem. Rev. 2007 107 3544 3567
10. C. A. Schalley Mass Spectrom. Rev. 2002 20 253 309
11. S. A. Hofstadler R. H. Griffey Chem. Rev. 2001 101 377 390
12. J. Hardouin C. M. Lange Curr. Org. Chem. 2005 9 317 324
13. S. M. Schermann D. A. Simmons L. Konermann Expert Rev. Proteomics 2005 2 475 485
14. S. Yin J. A. Loo Methods Mol. Biol. 2009 492 273 282
15. M. Zehl G. Allmaier Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003 17 1931 1940
16. M. Zehl G. Allmaier Anal. Chem. 2005 77 103 110
17. S. Zhou B. S. Prebyl K. D. Cook Anal. Chem. 2002 74 4885 4888
18. J. E. Ham B. Durham J. R. Scott Rev. Sci. Instrum. 2005 76 014101 014106
19. S. F. W. Bakhoum G. R. Agnes Anal. Chem. 2005
20. A. E. Haddrell G. R. Agnes Anal. Chem. 2004 76 53 61
21. B. M. Hossain D. A. Simmons L. Konermann Can. J. Chem. 2005 83 1953 1960
22. J. N. Smith R. C. Flagan J. L. Beauchamp J. Phys. Chem. A 2002 106 9957 9967
23. M. Peschke U. H. Verkerk P. Kebarle J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004 15 1424 1443
24. K. Benkestock G. Sundqvist P.-O. Edlung J. Roeraade J. Mass Spectrom. 2004 39 1059 1067
25. S. Yin Y. Xie J. A. Loo J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008 19 1199 1208
26. C. T. Veros N. J. Oldham Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007 21 3505 3510
27. D. Lemaire G. Marie L. Serani O. Laprevote Anal. Chem. 2001 73 1699 1706
28. F. Sobott C. V. Robinson Int. J. Mass Spectrom. 2004 236 25 32
29. H. Videler L. L. Ilag A. R. C. McKay C. L. Hanson C. V. Robinson FEBS Lett. 2005 579 943 947
30. J. A. Aquilina J. L. P. Benesch L. L. Ding O. Yaron J. Horowitz C. V. Robinson J. Biol. Chem. 2005 280 14485 14491
31. A. J. Callaghan Y. Redko L. M. Murphy J. G. Grossmann D. Yates E. Garman L. L. Ilag C. V. Robinson M. F. Symmons K. J. McDowall B. F. Luisi Biochemistry 2005 44 4667 4675
32. J. A. Loo B. Berhane C. S. Kaddis K. M. Wooding Y. Xie S. L. Kaufman I. V. Chernushevich J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 998 1008
33. M. W. H. Pinske A. J. R. Heck K. Rumpel F. Pullen J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004 15 1392 1399
34. E. van Duijn P. J. Bakkes R. M. A. Heeren R. H. H. van den Heuvel H. van Heerikhuizen S. M. van der Vies A. J. R. Heck Nat. Methods 2005 2 371 376
35. R. H. H. van den Heuvel A. J. R. Heck Curr. Opin. Chem. Biol. 2005 8 519 526
36. A. S. Woods J. M. Koomen B. T. Ruotolo K. J. Gillig D. H. Russel K. Fuhrer M. Gonin T. F. Egan J. A. Schultz J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002 13 166 169
37. A. S. Woods M. A. Huestis J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001 12 88 96
38. R. H. Griffey S. A. Hofstadler K. A. Scannes-Lowery D. J. Ecker S. T. Crooke Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 10129 10133
39. K. A. Sannes-Lowery R. H. Griffey S. A. Hofstadler Anal. Biochem. 2000 280 264 271
40. Y. Ding S. A. Hofstadler E. E. Swayze L. Risen R. H. Griffey Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 3409 3412
41. K. A. Sannes-Lowery L. L. Cummins S. Chen J. J. Drader S. A. Hofstadler Int. J. Mass Spectrom. 2004 238 197 206
42. W. Wang E. N. Kitova J. S. Klassen Anal. Chem. 2005 77 3060 3071
43. W. Wang E. N. Kitova J. Sun J. S. Klassen J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005
44. Y. Li F. Heitz C. Le Grimellec R. B. Cole Anal. Chem. 2005 77 1556 1565
45. N. Potier L. J. Donald I. Chernushevich A. Ayed W. Ens C. H. Arrowsmith K. G. Standing H. W. Duckworth Protein Sci. 1998 7 1388 1395
46. Y. Liang F. Du S. Sanglier B. R. Zhou Y. Xia A. Van Dorsselaer C. Maechling M. C. Kilhoffer J. Haiech J. Biol. Chem. 2003 278 30098 30105
47. C. Darmanin G. Chevreux N. Potier A. Van Dorsselaer I. Hazemann A. Podjarny O. El-Kabbani Bioorg. Med. Chem. 2004 12 3797 3806
48. S. Sanglier W. Bourguet P. Germain V. Chavant D. Moras H. Gronemeyer N. Potier A. Van Dorsselaer Eur. J. Biochem. 2004 271 4958 4967
49. G. Chevreux N. Potier A. Van Dorsselaer A. Bahloul A. Houdusse A. Wells H. L. Sweeney J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 1367 1376
50. H. Gao Y. Yu J. A. Leary Anal. Chem. 2005 77 5596 5603
51. A. Wortmann F. Rossi G. Lelais R. Zenobi J. Mass Spectrom. 2005 40 777 784
52. N. P. Barrera S. C. Isaacson M. Zhou V. N. Bavro A. Welch T. A. Schaedler M. A. Seeger R. N. Miguel V. M. Korkhov H. W. van Veen H. Venter A. R. Walmsley C. G. Tate C. V. Robinson Nat. Methods 2009 6 585 587
53. M. Kraus M. Bienert E. Krause Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003 17 222 228
54. A. Gonzalez de Peredo C. Saint-Pierre J. M. Latour I. Michaud-Soret E. Forest J. Mol. Biol. 2001 310 83 91
55. J. A. Demmers E. van Duijn J. Haverkamp D. V. Greathouse R. E. Koeppe, 2nd A. J. Heck J. A. Killian J. Biol. Chem. 2001 276 34501 34508
56. R. Ramanathan M. L. Gross W. L. Zielinski T. P. Layloff Anal. Chem. 1997 69 5142 5145
57. H.-K. Lim Y. L. Hsieh B. Ganem J. Henion J. Mass Spectrom. 1995 30 708 714
58. M. J. Greig H.-J. Gaus L. L. Cummins H. Sasmor R. H. Griffey J. Am. Chem. Soc. 1995 117 10765 10766
59. J. A. Loo P. Hu P. McConnell W. T. Mueller J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997 8 234 243
60. J. M. Daniel G. McCombie S. Wendt R. Zenobi J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003 14 442 448
61. M. C. Jecklin S. Schauer C. E. Dumelin R. Zenobi J. Mol. Recognit. 2009 22 319 329
62. Z. Y. Dai Y. Q. Chu B. Wu L. Wu C. F. Ding Acta Pharmacol. Sin. 2008 29 759 771
63. V. G. Gabelica N. F. Rosu C. Houssier E. De Pauw J. Mass Spectrom. 2003 38 491 501
64. R. K. Chitta D. L. Rempel M. L. Gross J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 1031 1038
65. J. M. Wilcox D. L. Rempel M. L. Gross Anal. Chem. 2008 80 2365 2371
66. P. Frycak K. A. Schug Anal. Chem. 2007 79 5407 5413
67. M. A. Raji P. Frycak M. Beall M. Sakrout J. M. Ahn Y. Baoa D. W. Armstrong K. A. Schug Int. J. Mass Spectrom. 2007 262 232 240
68. A. C. Schmidt M. Neustadt M. Otto J. Mass Spectrom. 2007 42 771 780
69. A. C. Schmidt B. Fahlbusch M. Otto J. Mass Spectrom. 2009 44 898 910
70. E. A. Blackburn J. K. Maclean B. S. Sherborne M. D. Walkinshaw Biochem. Biophys. Res. Commun. 2010 403 190 193
71. C. L. Mazzitelli M. Rodriguez S. M. Kerwin J. S. Brodbelt J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008 19 209 218
72. S. I. Smith J. S. Brodbelt Analyst 2010 135 943 952
73. X. Cheng Q. Gao R. D. Smith K.-E. Jung C. Switzer Chem. Commun. 1996 747 748
74. T. J. D. Jorgensen P. Roepstorff A. J. R. Heck Anal. Chem. 1998 70 4427 4432
75. E. C. Kempen J. S. Brodbelt Anal. Chem. 2000 72 5411 5416
76. A. Wortmann M. C. Jecklin D. Touboul M. Badertscher R. Zenobi J. Mass Spectrom. 2008 43 600 608
77. D. A. Annis N. Nazef C. C. Chuang M. P. Scott H. M. Nash J. Am. Chem. Soc. 2004 126 15495 15503
78. A. El-Hawiet E. N. Kitova L. Liu J. S. Klassen J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 1893 1899
79. J. Sun E. N. Kitova N. Sun J. S. Klassen Anal. Chem. 2007 79 8301 8311
80. L. Deng N. Sun E. N. Kitova J. S. Klassen Anal. Chem. 2010 82 2170 2174
81. R. Leverence A. B. Mason I. A. Kaltashov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 8123 8128
82. C. H. Jen J. A. Leary Anal. Biochem. 2010 407 134 140
83. K. Benkestock P. O. Edlund J. Roeraade Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005 19 1637 1643
84. M. M. Zhu D. L. Rempel Z. Du M. L. Gross J. Am. Chem. Soc. 2003 125 5252 5253
85. M. M. Zhu R. Chitta M. L. Gross Int. J. Mass Spectrom. 2005 240 213 240
86. T. Tu M. Dragusanu B. A. Petre D. L. Rempel M. Przybylski M. L. Gross J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 1660 1667
87. X. Cheng R. Chen J. E. Bruce B. L. Schwartz G. A. Anderson S. A. Hofstadler D. C. Gale R. D. Smith J. Am. Chem. Soc. 1995 117 8859 8860
88. M. Dragusanu B. A. Petre S. Slamnoiu C. Vlad T. Tu M. Przybylski J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 1643 1648
89. S. Sakamoto M. Fujita K. Kim K. Yamaguchi Tetrahedron 2000 56 955
90. S. Sakamoto M. Yoshizawa T. Kusukawa M. Fujita K. Yamaguchi Org. Lett. 2001 3 1601
91. S. Sakamoto K. Yamaguchi Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 905 908
92. K. Yamaguchi J. Mass Spectrom. 2003 38 473 490
93. S. Zhang C. K. Van Pelt Expert Rev. Proteomics 2004 1 449 468
94. S. Zhang C. K. Van Pelt D. B. Wilson Anal. Chem. 2003 75 3010 3018
95. Z. Takats J. M. Wiseman B. Gologan R. G. Cooks Anal. Chem. 2004 76 4050 4058
96. J. M. Wiseman Z. Takats B. Gologan V. J. Davisson R. G. Cooks Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 913 916
97. P. Yang R. G. Cooks Z. Ouyang A. M. Hawkridge D. C. Muddiman Anal. Chem. 2005 77 6174 6183
98. M. C. Jecklin D. Touboul C. Bovet A. Wortmann R. Zenobi J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008 19 332 343
99. B. Rosinke K. Strupat F. Hillenkamp J. Rosenbusch N. Dencher U. Krüger H. J. Galla J. Mass Spectrom. 1995 30 1462 1468
100. T. B. Farmer R. M. Caprioli Biol. Mass Spectrom. 1991 20 796 800
101. M. O. Glocker S. H. J. Bauer J. Kast J. Volz M. Przybylski J. Mass Spectrom. 1996 31 1221 1227
102. M. C. Fitzgerald G. R. Parr L. M. Smith Anal. Chem. 1993 65 3204 3211
103. S. Jespersen W. M. A. Niessen U. R. Tjaden J. van der Greef J. Mass Spectrom. 1998 33 1088 1093
104. E. Lehmann R. Zenobi Angew. Chem., Int. Ed. 1998 37 3430 3432
105. S. Rajagopalan R. Zenobi Helv. Chim. Acta 2002 85 3136 3143
106. A. Nazabal R. J. Wenzel R. Zenobi Anal. Chem. 2006 78 3562 3570
107. T. Pimenova C. P. Pereira D. J. Schaer R. Zenobi J. Sep. Sci. 2009 32 1224 1230
108. M. Frank S. E. Labov G. Westmacott W. H. Benner Mass Spectrom. Rev. 1999 18 155 186
109. M. Karas F. Hillenkamp Anal. Chem. 1988 60 2299 2301
110. M. Karas U. Bahr F. Hillenkamp Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1989 92 231 242
111. J. G. Mandell A. M. Falick E. A. Komives Anal. Chem. 1998 70 3987 3995
112. A. Nazabal S. Hornemann A. Aguzzi R. Zenobi J. Mass Spectrom. 2009 44 965 977
113. K. A. Resing N. G. Ahn Biochemistry 1998 37 463 475
114. W. Kleinekofort J. Avdiev B. Brutschy Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1996 152 135 142
115. W. Kleinekofort A. Pfenninger T. Plomer C. Griesinger B. Brutschy Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1996 156 195 202
116. F. Sobott W. Kleinekofort B. Brutschy Anal. Chem. 1997 69 3587 3594
117. A. Wattenberg F. Sobott H.-D. Barth B. Brutschy Int. J. Mass Spectrom. 2000 203 49 57
118. N. Morgner T. Kleinschroth H. D. Barth B. Ludwig B. Brutschy J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 1429 1438
119. N. Morgner H. D. Barth B. Brutschy Aust. J. Chem. 2006 59 109 114
120. N. Morgner V. Zickermann S. Kerscher I. Wittig A. Abdrakhmanova H. D. Barth B. Brutschy U. Brandt Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 2008 1777 1384 1391
121. J. Hoffmann L. Sokolova L. Preiss D. B. Hicks T. A. Krulwich N. Morgner I. Wittig H. Schagger T. Meier B. Brutschy Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 13375 13382
122. J. Hoffmann T. L. Schmidt A. Heckel B. Brutschy Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009 23 2176 2180
123. N. Morgner H. D. Barth B. Brutschy U. Scheffer S. Breitung M. Gobel J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008 19 1600 1611
124. S. Ghaemmaghami M. C. Fitzgerald T. G. Oas Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 8296 8301
125. A. Hvidt S. O. Nielsen Adv. Protein Chem. 1966 21 287 386
126. S. W. Englander T. R. Sosnick J. J. Englander L. Mayne Curr. Opin. Struct. Biol. 1996 6 18 23
127. B. M. Huyghues-Despointes J. M. Scholtz C. N. Pace Nat. Struct. Biol. 1999 6 910 912
128. A. Miranker C. V. Robinson S. E. Radford C. M. Dobson FASEB J. 1996 10 93 101
129. K. D. Powell M. C. Fitzgerald Anal. Chem. 2001 73 3300 3304
130. S. Ghaemmaghami T. G. Oas Nat. Struct. Biol. 2001 8 879 882
131. K. D. Powell M. C. Fitzgerald Biochemistry 2003 42 4962 4970
132. K. D. Powell S. Ghaemmaghami M. Z. Wang L. Ma T. G. Oas M. C. Fitzgerald J. Am. Chem. Soc. 2002 124 10256 10257
133. K. D. Powell S. Ghaemmaghami M. Z. Wang L. Y. Ma T. G. Oas M. C. Fitzgerald J. Am. Chem. Soc. 2002 124 10256 10257
134. G. M. West L. Tang M. C. Fitzgerald Anal. Chem. 2008 80 4175 4185
135. G. M. West J. W. Thompson E. J. Soderblom L. G. Dubois P. D. Dearmond M. A. Moseley M. C. Fitzgerald Anal. Chem. 2010 82 5573 5581
136. G. Hofner D. Merkel K. T. Wanner ChemMedChem 2009 4 1523 1528
137. M. Kubeil H. Stephan H. J. Pietzsch G. Geipel D. Appelhans B. Voit J. Hoffmann B. Brutschy Y. V. Mironov K. A. Brylev V. E. Fedorov Chem.-Asian J. 2010 5 2507 2514
138. S. Mathur M. Badertscher M. Scott R. Zenobi Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 6187 6198
139. Y. Q. Chu X. H. Dai D. Jiang G. Y. Jiang X. Fang C. F. Ding Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010 24 2255 2261
140. S. Wendt G. McCombie J. Daniel A. Kienhöfer D. Hilvert R. Zenobi J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003 14 1470 1476
141. A. Tjernberg S. Carnö F. Oliv K. Benkestock P.-O. Edlung W. J. Griffiths D. Hallen Anal. Chem. 2004 76 4325 4331
142. M. M. Lopez G. I. Makhatadze Methods Mol. Biol. 2002 173 113 119
143. J. Northup Methods Mol. Biol. 2004 261 93 112
144. N. J. Greenfield Methods Mol. Biol. 2004 261 55 78
145. P. Hensley Structure 1996 4 367 373
146. M. R. Ahmadian U. Hoffmann R. S. Goody A. Wittinghofer Biochemistry 1997 36 4535 4541
147. W. Li C. A. Dennis G. R. Moore R. James C. Kleanthous J. Biol. Chem. 1997 272 22253 22258
148. F. Ciruela Curr. Opin. Biotechnol. 2008 19 338 343
149. A. Pramanik Curr. Pharm. Biotechnol. 2004 5 205 212
150. F. Zsila Z. Bikadi I. Fitos M. Simonyi Curr. Drug Discovery Technol. 2004 1 133 153
151. C. S. Morgan J. M. Holton B. D. Olafson P. J. Bjorkman S. L. Mayo Protein Sci. 1997 6 1771 1773
152. S. Knoppe A. C. Dharmaratne E. Schreiner A. Dass T. Burgi J. Am. Chem. Soc. 2010 132 16783 16789
153. P. C. Weber F. R. Salemme Curr. Opin. Struct. Biol. 2003 13 115 121
154. R. Perozzo G. Folkers L. Scapozza J. Recept. Signal Transduction 2004 24 1 52
155. A. Velazquez-Campoy S. A. Leavitt E. Freire Methods Mol. Biol. 2004 261 35 54
156. G. E. Plum K. J. Breslauer Curr. Opin. Struct. Biol. 1995 5 682 690
157. E. Freire Methods Mol. Biol. 1995 40 191 218
158. G. Bruylants J. Wouters C. Michaux Curr. Med. Chem. 2005 12 2011 2020
159. T. T. Waldron G. L. Schrift K. P. Murphy J. Mol. Biol. 2005 346 895 905
160. P. R. Connelly Curr. Opin. Biotechnol. 1994 5 381 388
161. U. Jonsson L. Fagerstam B. Ivarsson B. Johnsson R. Karlsson K. Lundh S. Lofas B. Persson H. Roos I. Ronnberg S. Sjolander E. Stenberg R. Stahlberg C. Urbaniczky H. Ostlin M. Malmqvist Biotechniques 1991 11 620
162. D. Nedelkov R. W. Nelson Trends Biotechnol. 2003 21 301 305
163. J. Buijs G. C. Franklin Briefings Funct. Genomics Proteomics 2005 4 39 47