Protein complexes in the gas phase: Technology for structural genomics and proteomics

Chemical Reviews

Volumn 107, Issue 8, 2007, Pages 3544-3567

  Benesch, Justin L P ^a   Ruotolo, Branton T ^a   Simmons, Douglas A ^a,b   Robinsons, Carol V ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b MDS SCIEX   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL ACTIVATION; DISSOCIATION; GENES; IONS; MASS SPECTROMETRY;

PROTEIN COMPLEX; PROTEIN ORGANIZATION;

PROTEINS;

PROTEIN;

CHEMISTRY; GAS; GENETICS; GENOMICS; INSTRUMENTATION; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METHODOLOGY; PROTEIN BINDING; PROTEOMICS; REVIEW;

GASES; GENOMICS; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN BINDING; PROTEINS; PROTEOMICS;

EID: 34548215681     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr068289b     Document Type: Review

References (273)

1. Sali, A.; Glaeser, R.; Earnest, T.; Baumeister, W. Nature 2003, 422, 216
2. Baca, M.; Kent, S. B. H. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3992.
3. Huang, E. C.; Pramanik, B. N.; Tsarbopoulos, A.; Reichert, P.; Ganguly, A. K.; Trotta, P. P.; Nagabhushan, T. L.; Covey, T. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 624.
4. Light-Wahl, K. J.; Winger, B. E.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5869.
5. Light-Wahl, K. J.; Schwartz, B. L.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5271.
6. Loo, J. A. Mass. Spectrom. Rev. 1997, 16, 1.
7. Aquilina, J. A.; Benesch, J. L. P.; Bateman, O. A.; Slingsby, C.; Robinson, C. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 10611.
8. Sharon, M.; Taverner, T.; Ambroggio, X. I.; Deshaies, R. J.; Robinson, C. V. PLoS Biol. 2006, 4, e267.
9. van Duijn, E.; Simmons, D. A.; van den Heuvel, R. H.; Bakkes, P. J.; van Heerikhuizen, H.; Heeren, R. M.; Robinson, C. V.; van der Vies, S. M.; Heck, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4694.
10. Ilag, L. L.; Videler, H.; McKay, A. R.; Sobott, F.; Fucini, P.; Nierhaus, K. H.; Robinson, C. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 8192.
11. Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 402.
12. Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 511.
13. Ruotolo, B. T.; Giles, K.; Campuzano, I.; Sandercock, A. M.; Bateman, R. H.; Robinson, C. V. Science 2005, 1658.
14. Benesch, J. L. P.; Aquilina, J. A.; Ruotolo, B. T.; Sobott, F.; Robinson, C. V. Chem. Biol. 2006, 13, 597.
15. Hernández, H.; Dziembowski, A.; Taverner, T.; Seraphin, B.; Robinson, C. V. EMBO Rep. 2006, 7, 605.
16. Hernández, H.; Robinson, C. V. J. Biol. Chem. 2001, 276, 46685.
17. Fändrich, M.; Tito, M. A.; Leroux, M. R.; Rostom, A. A.; Hartl, F. U.; Dobson, C. M.; Robinson, C. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 14151.
18. Boys, B. L.; Konermann, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 8.
19. Benesch, J. L. P.; Sobott, F.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2003, 75, 2208.
20. Griffith, W. P.; Kaltashov, I. A. Biochemistry 2003, 42, 10024.
21. Simmons, D. A.; Wilson, D. J.; Lajoie, G. A.; Doherty-Kirby, A.; Konermann, L. Biochemistry 2004, 43, 14792.
22. Sobott, F.; Benesch, J. L. P.; Vierling, E.; Robinson, C. V. J. Biol. Chem. 2002, 277, 38921.
23. Aquilina, J. A.; Benesch, J. L. P.; Ding, L. L.; Yaron, O.; Horwitz, J.; Robinson, C. V. J. Biol. Chem. 2005, 280, 14485.
24. Keetch, C. A.; Bromley, E. H.; McCammon, M. G.; Wang, N.; Christodoulou, J.; Robinson, C. V. J. Biol. Chem. 2005, 280, 41667.
25. Loo, J. A. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 200, 175.
26. Miranker, A. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 601.
27. Sobott, F.; Robinson, C. V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 729.
28. Heck, A. J. R.; van den Heuvel, R. H. H. Mass Spectrom. Rev. 2004, 23, 368.
29. van den Heuvel, R. H.; Heck, A. J. R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 519.
30. McCammon, M. G.; Robinson, C. V. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 60.
31. Benesch, J. L. P.; Robinson, C. V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 245.
32. Sharon, M.; Robinson, C. V. Annu. Rev. Biochem., in Press.
33. Dole, M.; Mack, L. L.; Hines, R. L. J. Chem. Phys. 1968, 49, 2240.
34. Yamashita, M.; Fenn, J. B. J. Phys. Chem. 1984, 88, 4451.
35. Aleksandrov, M. L.; Gall, L. N.; Krasnov, V. N.; Nikolaev, V. I.; Pavlenko, V. A.; Shkurov, V. A. Dokl. Akad. Nauk SSSR 1984, 277, 379.
36. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299.
37. Tanaka, K.; Waki, H.; Ido, Y.; Akita, S.; Yoshida, Y. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988, 2, 151.
38. Cohen, L. R. H.; Strupat, K.; Hillenkamp, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 1046.
39. Rosinke, B.; Strupat, K.; Hillenkamp, F.; Rosenbusch, J.; Dencher, N.; Krüger, U. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 1462.
40. Horneffer, V.; Strupat, K.; Hillenkamp, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1599.
41. Lecchi, P.; Pannell, L. K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 972.
42. Woods, A. S.; Buchsbaum, J. C.; Worrall, T. A.; Berg, J. M.; Cotter, R. J. Anal. Chem. 1995, 67, 4462.
43. Woods, A. S.; Huestis, M. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12 88.
44. Juhasz, P.; Biemann, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 4333.
45. Zhigilei, L. V.; Leveugle, E.; Garrison, B. J.; Yingling, Y. G.; Zeifman, M. I. Chem. Rev. 2003, 103, 321.
46. Karas, M.; Kruger, R. Chem. Rev. 2003, 103, 427.
47. Knochenmuss, R.; Zenobi, R. Chem. Rev. 2003, 103, 441.
48. Dreisewerd, K. Chem. Rev. 2003, 103, 395.
49. Georgiou, S.; Hillenkamp, F. Chem. Rev. 2003, 103, 317.
50. Kebarle, P.; Tang, L. Anal. Chem. 1993, 65, 972.
51. de la Mora, J. F.; Loscertales, I. G. J. Fluid Mech. 1994, 260, 155.
52. de la Mora, J. F. Anal. Chim. Acta 2000, 406, 93.
53. Rayleigh, L. Philos. Mag. 1882, 14, 184.
54. Gomez, A.; Tang, K. Q. Phys. Fluids 1994, 6, 404.
55. Kebarle, P.; Peschke, M. Anal. Chim. Acta 2000, 406, 11.
56. Iribarne, J. V.; Thomson, B. A. J. Chem. Phys. 1976, 64, 2287.
57. Gamero-Castaño, M.; de la Mora, J. F. 2000, 406, 67.
58. Kebarle, P. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 804.
59. Verkerk, U. H.; Kebarle, P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1325.
60. Felitsyn, N.; Peschke, M.; Kebarle, P. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 39.
61. Kaltashov, I. A.; Mohimen, A. Anal. Chem. 2005, 77, 5370.
62. Chowdhury, S. K.; Katta, V.; Chait, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9012.
63. Dobo, A.; Kaltashov, I. A. Anal. Chem. 2001, 73, 4763.
64. Grandori, R. Protein Sci. 2002, 11, 453.
65. Gumerov, D. R.; Dobo, A.; Kaltashov, I. A. Eur. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 123.
66. Vis, H.; Heinemann, U.; Dobson, C. M.; Robinson, C. V. Protein Sci. 1998, 120, 6427.
67. Sogbein, O. O.; Simmons, D. A.; Konermann, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 312.
68. Samalikova, M.; Grandori, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13352.
69. Samalikova, M.; Matecko, I.; Muller, N.; Grandori, R. Anal. Bioanal. Chem. 2004, 378, 1112.
70. Samalikova, M.; Grandori, R. J. Mass. Spectrom. 2005, 40, 503.
71. Kaltashov, I. A.; Eyles, S. J. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 37.
72. Konermann, L.; Douglas, D. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 435.
73. Konermann, L.; Collings, B. A.; Douglas, D. J. Biochemistry 1997, 36, 5554.
74. Mirza, U. A.; Cohen, S. L.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1993, 65, 1.
75. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1990, 62, 693.
76. Wagner, D. S.; Anderegg, R. J. Anal. Chem. i 1994, 66, 706.
77. Hautreux, M.; Hue, N.; de Kerdaniel, A. D.; Zahir, A.; Malec, V.; Laprévote, O. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 231, 131.
78. Wilm, M. S.; Mann, M. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1994, 136 167.
79. Wilm, M.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 1.
80. El-Faramawy, A.; Siu, K. W.; Thomson, B. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1702.
81. Smith, R. D.; Shen, Y.; Tang, K. Acc. Chem. Res., 2004, 37, 269.
82. Juraschek, R.; Dulcks, T.; Karas, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 300.
83. Karas, M.; Bahr, U.; Dulcks, T. Fresenius' J. Anal. Chem. 2000, 366, 669.
84. El-Faramawy, A.; Siu, K. W. M.; Thomson, B. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1702.
85. Sobott, F.; Robinson, C. V. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 236, 25.
86. McKay, A. R.; Ruotolo, B. T.; Ilag, L. L.; Robinson, C. V. J. Am. Chem. Soc. 2006 128, 11433.
87. Rostom, A. A.; Robinson, C. V. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4718.
88. Schmidt, A.; Bahr, U.; Karas, M. Anal. Chem. 2001, 73, 6040.
89. Tahallah, N.; Pinkse, M.; Maier, C. S.; Heck, A. J. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 596.
90. Douglas, D. J.; French, J. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 398.
91. Krutchinsky, A. N.; Chernushevich, I. V.; Spicer, V. L.; Ens, W.; Standing, K. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 569.
92. Chemushevich, I. V.; Thomson, B. A. Anal. Chem. 2004, 76, 1754.
93. Liu, P.; Ziemann, P. J.; Kittelson, D. B.; McMurry, P. H. Aerosol Sci. Technol. 1995, 22, 293.
94. Nettleton, E. J.; Sunde, M.; Lai, Z.; Kelly, J. W.; Dobson, C. M.; Robinson, C. V. J. Mol. Biol. 1998, 281, 553.
95. Chernushevich, I.; Loboda, A. V.; Thomson, B. A. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 849.
96. Tito, M. A.; Tars, K.; Valegard, K.; Hajdu, J.; Robinson, C. V. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3550.
97. Sanglier, S.; Leize, E.; Van Dorsselaer, A.; Zal, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 419.
98. Pinkse, M. W.; Maier, C. S.; Kim, J. I.; Oh, B. H.; Heck, A. J. J. Mass Spectrom. 2003, 38, 315.
99. Wang, Y.; Schubert, M.; Ingendoh, A.; Franzen, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 12.
100. Felitsyn, N.; Kitova, E. N.; Klassen, J. S. Anal. Chem. 2001, 73, 4647.
101. Kitova, E. N.; Kitov, P. I.; Bundle, D. R.; Klassen, J. S. Glycobiology 2001, 11, 605.
102. Hu, Q. Z.; Noll, R. J.; Li, H. Y.; Makarov, A.; Hardman, M.; Cooks, R. G. J. Mass Spectrom. 2005, 40, 430.
103. Labastie, P.; Doy, M. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1989, 91, 105.
104. Winger, B. E.; Light-Wahl, K. J.; Ogorzalek-Loo, R. R.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 536.
105. Sobott, F.; Hernández, H.; McCammon, M. G.; Tito, M. A.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2002, 74, 1402.
106. Boyle, J. G.; Whitehouse, C. M.; Fenn, J. B. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 400.
107. Tang, X. J.; Brewer, C. F.; Saba, S.; Chernushevich, I.; Ens, W.; Standing, K. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 750.
108. Loboda, A.; Krutchinsky, A.; Loboda, O.; McNabb, J.; Spicer, V.; Ens, W.; Standing, K. Eur. J. Mass Spectrom. 2000, 6, 531.
109. Giles, K.; Pringle, S. D.; Worthington, K. R.; Little, D.; Wildgoose, J. L.; Bateman, R. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2401.
110. Ganem, B.; Li, Y. T.; Henion, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6294.
111. Ganem, B.; Li, Y. T.; Henion, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7818.
112. Jones, C. M.; Beardsley, R. L.; Galhena, A. S.; Dagan, S.; Cheng, G.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15044.
113. Raspopov, S. A.; El-Faramawy, A.; Thomson, B. A.; Siu, K. W. Anal. Chem. 2006, 78, 4572.
114. van den Heuvel, R. H.; van Duijn, E.; Mazon, H.; Synowsky, S. A.; Lorenzen, K.; Versluis, C.; Brouns, S. J.; Langridge, D.; van der Oost, J.; Hoyes, J.; Heck, A. J. Anal. Chem. 2006, 78, 7473.
115. Benesch, J. L. P.; Ruotolo, B. T.; Schott, F.; Wildgoose, J.; Gilbert, A.; Bateman, R.; Robinson, C. V. In preparation.
116. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198.
117. Geels, R. B.; van der Vies, S. M.; Heck, A. J.; Heeren, R. M. Anal. Chem. 2006, 78, 7191.
118. Senko, M. W.; McLafferty, F. W. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994, 23, 763.
119. Bowers, M. T.; Marshall, A. G.; McLafferty, F. W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12897.
120. Brodbelt, J. S. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 91.
121. Kaufman, S. L.; Kuchumov, A. R.; Kazakevich, M.; Vinogradov, S. N. Anal. Biochem. 1998, 259, 195.
122. Douglas, D. J. J. Phys. Chem. 1982, 86, 185.
123. Gill, A. C.; Jennings, K. R.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 196, 685.
124. Schwartz, B. L.; Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Hofstadler, G. A.; Rockwood, A. L.; Smith, R. D.; Chilkoti, A.; Stayton, P. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 459.
125. Jurchen, J. C.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2817.
126. Jurchen, J. C.; Garcia, D. E.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1408.
127. Ruotolo, B. T.; Hyung, S.-J.; Robinson, P. M.; Giles, K.; Bateman, R.; Robinson, C. V. Angew. Chem., Int. Ed. Engl., submitted.
128. van Montfort, R. L.; Basha, E.; Friedrich, K. L.; Slingsby, C.; Vierling, E. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 1025.
129. van Montfort, R.; Slingsby, C.; Vierling, E. Adv. Protein Chem. 2002, 59, 105.
130. Felitsyn, N.; Kitova, E. N.; Klassen, J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 1432.
131. Galhena, A. S.; Dagan, S.; Jones, C. M.; Beardsley, R. L.; Wysocki, V. H. In preparation.
132. Beardsley, R. L.; Jones, C. M.; Galhena, A. S.; Wysocki, V. H. In preparation.
133. Haselmann, K. F.; Jorgensen, T. J.; Budnik, B. A.; Jensen, F.; Zubarev, R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 2260.
134. Zubarev, R. A. Curr. Opin. Biotechnol. 2004, 15, 12.
135. Yang, J.; Mo, J.; Adamson, J. T.; Hakansson, K. Anal. Chem. 2005, 77, 1876.
136. Xie, Y.; Zhang, J.; Yin, S.; Loo, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14432.
137. Price, W. D.; Schnier, P. D.; Jockusch, R. A.; Strittmatter, E. F.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 10640.
138. Dunbar, R. C.; McMahon, T. B. Science 1998, 279, 194.
139. Sinelnikov, I.; Kitova, E. N.; Klassen, J. S.; Armstrong, G. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 688.
140. Sinelnikov, I.; Kitova, E. N.; Klassen, J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 617.
141. Kitova, E. N.; Daneshfar, R.; Marcato, P.; Mulvey, G. L.; Armstrong, G.; Klassen, J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1957.
142. Puig, O.; Caspary, F.; Rigaut, G.; Rutz, B.; Bouveret, E.; Bragado-Nilsson, E.; Wilm, M.; Seraphin, B. Methods 2001, 24, 218.
143. Rigaut, G.; Shevchenko, A.; Rutz, B.; Wilm, M.; Mann, M.; Seraphin, B. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 1030.
144. Zhao, Y.; Muir, T. W.; Kent, S. B.; Tischer, E.; Scardina, J. M.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4020.
145. Vasilescu, J.; Figeys, D. Curr. Opin. Biotechnol. 2006, 17, 394.
146. Markillie, L. M.; Lin, C. T.; Adkins, J. N.; Audberry, D. L.; Hill, E. A.; Hooker, B. S.; Moore, P. A.; Moore, R. J.; Shi, L.; Wiley, H. S.; Kery, V. Proteome Res. 2005, 4, 268.
147. Tagwerker, C.; Flick, K.; Cui, M.; Guerrero, C.; Dou, Y.; Auer, B.; Baldi, P.; Huang, L.; Kaiser, P. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 737.
148. Junttila, M. R.; Saarinen, S.; Schmidt, T.; Kast, J. Proteomics 2005, 5, 1199.
149. Drakas, R.; Prisco, M.; Baserga, R. Proteomics 2005, 5, 132.
150. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141.
151. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature 2002, 415, 180.
152. Kruppa, G. H.; Schoeniger, J.; Young, M. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 155.
153. Guerrero, C.; Tagwerker, C.; Kaiser, P.; Huang, L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 366.
154. Gavin, A. C.; Aloy, P.; Grandi, P.; Krause, R.; Boesche, M.; Marzioch, M.; Rau, C.; Jensen, L. J.; Bastuck, S.; Dumpelfeld, B.; Edelmann, A.; Heurtier, M. A.; Hoffman, V.; Hoefert, C.; Klein, K.; Hudak, M.; Michon, A. M.; Schelder, M.; Schirle, M.; Remor, M.; Rudi, T.; Hooper, S.; Bauer, A.; Bouwmeester, T.; Casari, G.; Drewes, G.; Neubauer, G.; Rick, J. M.; Kuster, B.; Bork, P.; Russell, R. B.; Superti-Furga, G. Nature 2006, 440, 631.
155. Bouwmeester, T.; Bauch, A.; Ruffner, H.; Angrand, P. O.; Bergamini, G.; Croughton, K.; Cruciat, C.; Eberhard, D.; Gagneur, J.; Ghidelli, S.; Hopf, C.; Huhse, B.; Mangano, R.; Michon, A. M.; Schirle, M.; Schlegl, J.; Schwab, M.; Stein, M. A.; Bauer, A.; Casari, G.; Drewes, G.; Gavin, A. C.; Jackson, D. B.; Joberty, G.; Neubauer, G.; Rick, J.; Kuster, B.; Superti-Furga, G. Nat. Cell Biol. 2004, 6, 97.
156. Krogan, N. J.; Cagney, G.; Yu, H.; Zhong, G.; Guo, X.; Ignatchenko, A.; Li, J.; Pu, S.; Datta, N.; Tikuisis, A. P.; Punna, T.; Peregrin-Alvarez, J. M.; Shales, M.; Zhang, X.; Davey, M.; Robinson, M. D.; Paccanaro, A.; Bray, J. E.; Sheung, A.; Beattie, B.; Richards, D. P.; Canadien, V.; Lalev, A.; Mena, F.; Wong, P.; Starostine, A.; Canete, M. M.; Vlasblom, J.; Wu, S.; Orsi, C.; Collins, S. R.; Chandran, S.; Haw, R.; Rilstone, J. J.; Gandi, K.; Thompson, N. J.; Musso, G.; St Onge, P.; Ghanny, S.; Lam, M. H.; Butland, G.; Altaf-Ul, A. M.; Kanaya, S.; Shilatifard, A.; O'Shea, E.; Weissman, J. S.; Ingles, C. J.; Hughes, T. R.; Parkinson, J.; Gerstein, M.; Wodak, S. J.; Emili, A.; Greenblatt, J. F. Nature 2006, 440, 637.
157. Huang, L.; Baldwin, M. A.; Maltby, D. A.; Medzihradszky, K. F.; Baker, P. R.; Allen, N.; Rexach, M.; Edmondson, R. D.; Campbell, J.; Juhasz, P.; Martin, S. A.; Vestal, M. L.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 434.
158. Sinz, A. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 663.
159. Robinette, D.; Neamati, N.; Tomer, K. B.; Borchers, C. H. Expert Rev. Proteomics 2006, 3, 399.
160. Ethier, M.; Lambert, J. P.; Vasilescu, J.; Figeys, D. Anal. Chim. Acta 2006, 564, 10.
161. Tang, X.; Munske, G. R.; Siems, W. F.; Bruce, J. E. Anal. Chem. 2005, 77, 311.
162. Chu, F.; Mahrus, S.; Craik, C. S.; Burlingame, A. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10362.
163. Seebacher, J.; Mallick, P.; Zhang, N.; Eddes, J. S.; Aebersold, R.; Gelb, M. H. J. Proteome Res. 2006, 5, 2270.
164. El-Shafey, A.; Tolic, N.; Young, M. M.; Sale, K.; Smith, R. D.; Kery, V. Protein Sci. 2006, 15, 429.
165. Nazabal, A.; Wenzel, R. J.; Zenobi, R. Anal. Chem. 2006, 78, 3562.
166. Sinz, A.; Kalkhof, S.; Ihling, C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1921.
167. Petrotchenko, E. V.; Olkhovik, V. K.; Borchers, C. H. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1167.
168. Vasilescu, J.; Guo, X.; Kast, J. Proteomics 2004, 4, 3845.
169. Chang, Z.; Kuchar, J.; Hausinger, R. P. J. Biol. Chem. 2004, 279, 15305.
170. Schulz, D. M.; Ihling, C.; Clore, G. M.; Sinz, A. Biochemistry 2004, 43, 4703.
171. Davidson, W.; McGibbon, G. A.; White, P. W.; Yoakim, C.; Hopkins, J. L.; Guse, I.; Hambly, D. M.; Frego, L.; Ogilvie, W. W.; Lavallee, P.; Archambault, J. Anal. Chem. 2004, 76, 2095.
172. Fujii, N.; Jacobsen, R. B.; Wood, N. L.; Schoeniger, J. S.; Guy, R. K. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2004, 14, 427.
173. Bernhard, O. K.; Sheil, M. M.; Cunningham, A. L. Biochemistry 2004, 43, 256.
174. Trester-Zedlitz, M.; Kamada, K.; Burley, S. K.; Fenyo, D.; Chait, B. T.; Muir, T. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2416.
175. Papaioannou, M.; Ruppert, T.; Dotzlaw, H.; Dressel, U.; Baniahmad, A. Protein Expression Purif. 2002, 26, 462.
176. Taverner, T.; Hall, N. E.; O'Hair, R. A.; Simpson, R. J. J. Biol. Chem. 2002, 277, 46487.
177. Brown, K. C.; Yu, Z.; Burlingame, A. L.; Craik, C. S. Biochemistry 1998, 37, 4397.
178. Winters, M. S.; Day, R. A. Anal. Biochem. 2002, 309, 48.
179. Engen, J. R. Analyst 2003, 240, 285.
180. Komives, E. A. Int. J. Mass Spectrom. 2005, 240, 285.
181. Yao, Z. P.; Tito, P.; Robinson, C. V. Methods Enzymol. 2005, 402, 389.
182. Zhang, Z.; Smith, D. L. Protein Sci. 1993, 2, 522.
183. Pan, J.; Rintala-Dempsey, A. C.; Li, Y.; Shaw, G. S.; Konermann, L. Biochemistry 2006, 45, 3005.
184. Yamada, N.; Suzuki, E.; Hirayama, K. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 293.
185. Wintrode, P. L.; Friedrich, K. L.; Vierling, E.; Smith, J. B.; Smith, D. L. Biochemistry 2003, 42, 10667.
186. Yao, Z. P.; Zhou, M.; Kelly, S. E.; Seeliger, M. A.; Robinson, C. V.; Itzhaki, L. S. J. Mol. Biol. 2006, 363, 673.
187. Yamamoto, T.; Izumi, S.; Gekko, K. FEBS Lett. 2006, 580, 3638.
188. Carulla, N.; Caddy, G. L.; Hall, D. R.; Zurdo, J.; Gairi, M.; Feliz, M.; Giralt, E.; Robinson, C. V.; Dobson, C. M. Nature 2005, 436, 554.
189. Horn, J. R.; Kraybill, B.; Petro, E. J.; Coales, S. J.; Morrow, J. A.; Hamuro, Y.; Kossiakoff, A. A. Biochemistry 2006, 45, 8488.
190. Hossain, B. M.; Konermann, L. Anal. Chem. 2006, 78, 1613.
191. Law, D.; Hotchko, M.; Ten Eyck, L. Proteins 2005, 60, 302.
192. Xu, G.; Chance, M. R. Anal. Chem. 2004, 76, 1213.
193. Xu, G.; Takamoto, K.; Chance, M. R. Anal. Chem. 2003, 75, 6995.
194. Takamoto, K.; Chance, M. R. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2006, 35, 251.
195. Guan, J. Q.; Chance, M. R. Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 583.
196. Demmers, J. A.; Rijkers, D. T.; Haverkamp, J.; Killian, J. A.; Heck, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11191.
197. Liu, R.; Guan, J.-Q.; Zak, O.; Aisen, P.; Chance, M. R. Biochemistry 2003, 42, 12447.
198. Griffith, W. P.; Kaltashov, I. A. Curr. Org. Chem. 2006, 10, 535.
199. Talkington, M. W. T.; Siuzdak, G.; Williamson, J. R. Nature 2005, 438, 628.
200. Schultz, G. A.; Corso, T. N.; Prosser, S. J.; Zhang, S. Anal. Chem. 2000, 72, 4058.
201. Zhang, S.; Van Pelt, C. K.; Wilson, D. B. Anal. Chem. 2003, 75, 3010.
202. Benkestock, K.; Van Pelt, C. K.; Akerud, T.; Sterling, A.; Edlund, P. O.; Roeraade, J. J. Biomol. Screening 2003, 8, 247.
203. de Vriendt, K.; Sandra, K.; Desmet, T.; Nerinckx, W.; Van Beeumen, J.; Devreese, B. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 3061.
204. Smith, A. M.; Jahn, T. R.; Ashcroft, A. E.; Radford, S. E. J. Mol. Biol. 2006, 364, 9.
205. Keetch, C. A.; Hernańdez, H.; Sterling, A.; Baumert, M.; Allen, M. H.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2003, 75, 4937.
206. Painter, A. J.; Jaya, N.; Basha, E.; Vierling, E.; Robinson, C. V.; Benesch, J. L. P., In preparation.
207. van Berkel, G. J.; Zhou, F.; Aronson, J. T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 162, 55.
208. van Berkel, G. J. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 773.
209. Wilson, D. J.; Konermann, L. Anal. Chem. 2003, 75, 6408.
210. Simmons, D. A.; Wilson, D. J.; Lajoie, G. A.; Doherty-Kirby, A.; Konermann, L. Biochemistry 2004, 43, 14792.
211. Wilson, D. J.; Rafferty, S. P.; Konermann, L. Biochemistry 2005, 44, 2276.
212. Lentze, N.; Aquilina, J. A.; Lindbauer, M.; Robinson, C. V.; Narberhaus, F. Eur. J. Biochem. 2004, 271, 2494.
213. Nishimura, S.; Nagahori, N.; Takaya, K.; Tachibana, Y.; Miura, N.; Monde, K. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2005, 44, 571.
214. Daniel, J. M.; Friess, S. D.; Rajagopalan, S.; Wendt, S.; Zenobi, R. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 216, 1.
215. Liang, H. R.; Foltz, R. L.; Meng, M.; Bennett, P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2815.
216. Ayed, A.; Krutchinsky, A. N.; Ens, W.; Standing, K. G.; Duckworth, H. W. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 339.
217. Fraser, G. W. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 215, 13.
218. Gilligan, J. J.; Schuck, P.; Yergey, A. L. Anal. Chem. 2002, 74, 2041.
219. Nelson, R. W.; Nedelkov, D.; Tubbs, K. A. Electrophoresis 2000, 21, 1155.
220. Nedelkov, D.; Nelson, R. W. Trends Biotechnol. 2003, 21, 301.
221. Lopez, F.; Pichereaux, C.; Burlet-Schiltz, O.; Pradayrol, L.; Monsarrat, B.; Esteve, J. P. Proteomics 2003, 3, 402.
222. Boemer, R. J.; Kassel, D. B.; Barker, S. C.; Ellis, B.; DeLacy, P.; Knight, W. B. Biochemistry 1996, 35, 9519.
223. Taoka, M.; Ichimura, T.; Wakamiya-Tsuruta, A.; Kubota, Y.; Araki, T.; Obinata, T.; Isobe, T. J. Biol. Chem. 2003, 278, 5864.
224. Swietnicki, W.; O'Brien, S.; Holman, K.; Cherry, S.; Brueggemann, E.; Tropea, J. E.; Hines, H. B.; Waugh, D. S.; Ulrich, R. G. J. Biol. Chem. 2004, 279, 38693.
225. Nedelkov, D.; Nelson, R. W. Proteomics 2001, 1, 1441.
226. Nedelkov, D.; Nelson, R. W.; Kiernan, U. A.; Niederkofler, E. E.; Tubbs, K. A. FEBS Lett. 2003, 536, 130.
227. Mason, E. R.; McDaniel, E. W. Transport Properties of Ions in Gases; John Wiley and Sons: New York, 1988.
228. Carr, T. W. Plasma Chromatography; Plenum Press: New York, 1984.
229. McLean, J. A.; Ruotolo, B. T.; Gillig, K. J.; Russell, D. H. Int. J. Mass Spectrom. 2005, 240, 301.
230. Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Modern Mass Spectrometry; 2003; Vol. 225.
231. Jarrold, M. F. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 179.
232. Hoaglund-Hyzer, C. S.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Chem. Rev. 1999, 99, 3037.
233. Covey, T.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 616.
234. von Helden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Science 1995, 267, 1483.
235. Henderson, S. C.; Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1999, 71, 291.
236. Dugourd, P.; Hudgins, R. R.; Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. Rev. Sci. Instrum. 1997, 68, 1122.
237. Wu, C.; Siems, W. F.; Asbury, G. R.; Hill, H. H. Anal. Chem. 1998, 70, 4929.
238. Hoaglund, C. S.; Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1997, 69, 4156.
239. Wyttenbach, T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 212, 13.
240. Gillig, K. J.; Ruotolo, B.; Stone, E. G.; Russell, D. H.; Fuhrer, K.; Gonin, M.; Schultz, A. J. Anal. Chem. 2000, 72, 3965.
241. Gillig, K. J.; Ruotolo, B. T.; Stone, E. G.; Russell, D. H. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 239, 43.
242. Valentine, S. J.; Koeniger, S. L.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2003, 75, 6202.
243. Javahery, G.; Thomson, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 697.
244. Guo, Y. Z.; Wang, J. X.; Javahery, G.; Thomson, B. A.; Siu, K. W. M. Anal. Chem. 2005, 77, 266.
245. Tang, K.; Shvartsburg, A. A.; Lee, H. N.; Prior, D. C.; Buschbach, M. A.; Li, F. M.; Tolmachev, A. V.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2005, 77, 3330.
246. Pringle, S. D.; Giles, K.; Wildgoose, J. L.; Williams, J. P.; Slade, S. E.; Thalassinos, K.; Bateman, R. H.; Bowers, M. T.; Scrivens, J. H. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 261, 1.
247. Bacher, G.; Szymanski, W. W.; Kaufman, S. L.; Zollner, P.; Blaas, D.; Allmaier, G. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 1038.
248. Kaufman, S. L.; Skogen, J. W.; Dorman, F. D.; Zarrin, F.; Lewis, K. C. Anal. Chem. 1996, 68, 3703.
249. Kaufman, S. L.; Skogen, J. W.; Dorman, F. D.; Zarrin, F.; Lewis, K. C. Anal. Chem. 1996, 68, 1895.
250. Ude, S.; de la Mora, J. F.; Thomson, B. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 12184.
251. Guevremont, R. J. Chromatogr., A 2004, 1058, 3.
252. Shvartsburg, A. A.; Tang, K. Q.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1447.
253. Robinson, E. W.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1427.
254. Robinson, E. W.; Leib, R. D.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1469.
255. Shvartsburg, A. A.; Li, F. M.; Tang, K. Q.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2006, 78, 3706.
256. Shvartsburg, A. A.; Li, F. M.; Tang, K. Q.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2006, 78, 3304.
257. Shvartsburg, A. A.; Mashkevich, S. V.; Smith, R. D. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 2663.
258. Shvartsburg, A. A.; Li, F.; Tang, K.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2007, 79, 1523.
259. Koeniger, S. L.; Merenbloom, S. I.; Valentine, S. J.; Jarrold, M. F.; Udseth, H. R.; Smith, R. D.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2006, 78, 4161.
260. Merenbloom, S. I.; Koeniger, S. L.; Valentine, S. J.; Plasencia, M. D.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2006, 78, 2802.
261. Tang, K. Q.; Li, F. M.; Shvartsburg, A. A.; Strittmatter, E. F.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2005, 77, 6381.
262. Laiko, V. V. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 500.
263. Loboda, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 691.
264. Teplow, D. B.; Lazo, N. D.; Bitan, G.; Bernstein, S.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T.; Baumketner, A.; Shea, J. E.; Urbanc, B.; Cruz, L.; Borreguero, J.; Stanley, H. E. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 635.
265. Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Baumketnert, A.; Shea, J. E.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2075.
266. Bernstein, S.; Dupuis, N. F.; Lazo, N.; Wyttenbach, T.; Condron, M.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Shea, J. E.; Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V.; Bowers, M. T. In preparation.
267. Bernstein, S. L.; Liu, D. F.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T.; Lee, J. C.; Gray, H. B.; Winkler, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1435.
268. Loo, J. A.; Berhane, B.; Kaddis, C. S.; Wooding, K. M.; Xie, Y.; Kaufman, S. L.; Chernushevich, I. V. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 998.
269. Taverner, T.; Hernandez, H.; Sharon, M.; Ruotolo, B. T.; Matak-Vinkovic, D.; Russell, R. B.; Robinson, C. V. In preparation.
270. Siuzdak, G.; Bothner, B.; Yeager, M.; Brugidou, C.; Fauquet, C. M.; Hoey, K.; Chang, C. M. Chem. Biol. 1996, 3, 45.
271. Bothner, B.; Siuzdak, G. ChemBioChem 2004, 5, 258.
272. Ouyang, Z.; Takats, Z.; Blake, T. A.; Gologan, B.; Guymon, A. J.; Wiseman, J. M.; Oliver, J. C.; Davisson, V. J.; Cooks, R. G. Science 2003, 301, 1351.
273. Simmons, D. A.; Ruotolo, B. T.; Benesch, J. L.; Robinson, C. V. 54th meeting of the American Society for Mass Spectrometry, Seattle, WA, U.S.A., 2006.