Modelling enzyme - Ligand interactions

Theoretical and Computational Chemistry

Volumn 9, Issue , 2001, Pages 539-595

  Ramos, M J ^a   Melo, A ^a   Henriques, E S ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ENZYME; LIGAND;

COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MODEL; MONTE CARLO METHOD; PROTEIN ASSEMBLY; PROTEIN BINDING; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; REVIEW;

EID: 84962449590     PISSN: 13807323     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/s1380-7323(01)80014-5     Document Type: Review

References (397)

1. T. I. Oprea and G. R. Marshall, Prespect. Drug Discov. Design, 9/10/11 (1998) 35.
2. T. I. Oprea and C. L. Waller, K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd (eds.), Rev. Comput. Chem., vol. 11, 127-240, Wiley-VCH, NY, 1997.
3. T. P. Lybrand, G. Naray-Szabó and A. Warshel (eds.), Computational Approaches to Biochemical Reactivity, 363-374, Kluwer Academic Publishers, the Netherlands, 1997.
4. M. Hahn, J. Med. Chem., 38 (1995) 2080.
5. A. Vedani, P. Zbinden, J. P. Snyder and P. A. Greenidge, J. Am. Chem. Soc., 117 (1995) 4987.
6. J. M. Thomas, Nature, 364 (1993) 478.
7. S. S. Hall, Science, 267 (1995) 620.
8. K. Wüthrich, Acta Chrystallogr., D51 (1995) 249.
9. M. Billeter, Prespect. Drug Discov. Design, 3 (1995) 151.
10. A. M. Gronenborn and G. M. Clore, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol., 30 (1995) 351.
11. J. C. Hogan, Nature, 384 Suppl. (1996) 23.
12. R. C. Wade, A. R. Ortiz and F. Gago, Prespect. Drug Discov. Design, 9/10/11 (1998) 19.
13. R. D. Head, M. L. Smythe, T. I. Oprea, C. L. Waller, S. M. Green and G. R. Marshall, J. Am. Chem. Soc., 118 (1996) 3959.
14. P. A. Kollman, Curr. Opin. Struct. Biol, 4 (1994) 240.
15. D. E. Clarck, C. W. Murray and J. Li, K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd (eds.), Rev. Comput. Chem., vol. 11, 67-125, Wiley-VCH, NY, 1997.
16. J. Moult, J. T. Peterson, R. Judson and K. Fidelis, Proteins, 23 (1995) 2.
17. S. Mosimann, R. Meleshko and R. James, Proteins, 23 (1995) 301.
18. W. R. Perason, Meth. Enzym., 183 (1990) 63.
19. S. F. Altschul, W. Gish, W. Miller, E. W. Myer and D. J. Lipman, J. Mol. Biol., 215 (1990) 403.
20. M. Sippl, Proteins, 17 (1993) 355.
21. R. Rodriguez and G. Vriend (1998), website article at http://swift.emblheidelberg.de/future/articles/text/gambling.html.
22. U. Sreenivasan and P. H. Axelsen, Biochemistry, 31 (1992) 12785.
23. E. F. Henriques, M. J. Ramos and C. A. Reynolds, J. Comput.-Aided Mol. Design, 11 (1997) 547.
24. E. S. Henriques, M. J. Ramos, W. Floriano, J. A. N. F. Gomes, B. Maigret, A. Melo, M. C. Nascimento and N. Reuter, results to be published.
25. G. Vriend, J. Mol. Graph., 8 (1990) 52.
26. The QUANTA (tm) Program (c) 1986, 1999 Molecular Simulations Inc.
27. H. E. Dayringer, A. Tramontano and R. J. Fletterick, J. Mol. Graph., 4 (1986) 82.
28. R. A. Laskowski, M. W. MacArthur, D. S. Moss and J. M. Thornton, J. Appl. Cryst., 26 (1993) 283.
29. J. B. Moon and W. J. Howe, Proteins: Struct., Funct., Genet., 11 (1991) 314.
30. A. R. Sielicki, K. Hayakawa, F. Fajinaga, M. E. P. Murphy, M. Fraser, A. K. Muir, C. T. Carilli, J. A. Lewicki, J. D. Baxter and M. N. G. James, Science, 243 (1989) 1346.
31. W. Carlson, M. Karplus and E. Haber, Hypertension, 7 (1985) 13.
32. P. J. Goodford, J. Med. Chem., 28 (1985) 849.
33. R. C. Wade, K. J. Clark and P. J. Goodford, J. Med. Chem., 36 (1993) 140.
34. A. Miranker and M. Karplus, Proteins: Struct., Funct., Genet., 11 (1991) 29.
35. D. J. Danziger and P. M. Dean, Proc. R. Soc. London, B236 (1989) 115.
36. H.-J. Böhm, J. Comput.-Aided Mol. Design, 6 (1992) 61.
37. M. A. Murcko, K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd (eds.), Rev. Comput. Chem., vol. 11, 1-66, Wiley-VCH, NY, 1997.
38. K. Appelt, R. J. Bacquet, C. A. Barlett, C. L. J. Booth, S. T. Freer, M. A. Fuhry, M. R. Gehring, S. M. Hermann, E. F. Howland, C. A. Janson, T. R. Jones, C.-C. Kan, V. Kathardekar, K. K. Lewis, G. P. Marzoni, D. A. Matthews, C. Mohor, E. W. Moomaw, C. A. Morse, S. J. Oatley, R. C. Ogden, M. R. Reddy, S. H. Reich, W. S. Schoettlin, W. W. Smith, M. D. Varney, J. E. Villafranca, R. W. Ward, S. Webber, S. E. Webber, K. Welsh and J. White, J. Med. Chem., 34 (1991) 1925.
39. A. D. MacKerell Jr., D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack Jr., J. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, III, B. Roux, M. Schlenkrich, J. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, and M. Karplus, J. Phys. Chem. B, 102 (1998) 3586.
40. A. Caflisch, A. Miranker and M. Karplus, J. Med. Chem., 36 (1993) 2142.
41. C. S. Poornima and P. M. Dean, J. Comput.-Aided Mol. Design, 9 (1995) 500.
42. C. S. Poornima and P. M. Dean, J. Comput.-Aided Mol. Design, 9 (1995) 513.
43. C. S. Poornima and P. M. Dean, J. Comput.-Aided Mol. Design, 9 (1995) 521.
44. M. T. Pisabarro, A. R. Ortiz, A. Palomer, F. Cabré, L. Garcia, R. C. Wade, F. Gago, D. Mauleón and G. Carganico, J. Med. Chem., 37 (1994) 337.
45. G. Lauri and P. A. Bartlett, J. Comput.-Aided Mol. Design, 8 (1994) 51.
46. M. B. Eisen, D. C. Wiley, M. Karplus and R. E. Hubbard, Proteins: Struct., Funct., Genet., 19 (1994) 199.
47. A. Caflisch and M. Karplus, Prespect. Drug Discov. Design, 3 (1995) 51.
48. D. E. Clark, D. Frenkel, S. A. Levy, J. Li, C. W. Murray, B. Robson, B. Waszkowycz and D. R. Westhead, J. Comput.-Aided Mol. Design, 9 (1995) 13.
49. V. Tschinke and N. C. Cohen, J. Med. Chem., 36 (1993) 3863.
50. R. S. Bohacek and C. McMartin, J. Am. Chem Soc., 116 (1994) 5560.
51. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz Jr., D. M. Ferguson, D. C. Spellmayer, T. Fox, J. W. Caldwell and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 117 (1995) 5179.
52. D. K. Gehlhaar, K. E. Moerder, D. Zichi, C. J. Sherman, R. C. Ogden and S. T. Freer. J. Med. Chem., 38 (1995) 466.
53. G. Jones and P. Willett, Curr. Opin. Biotechnol., 6 (1995) 652.
54. T. Lybrand, Curr. Opin. Struct. Biol., 5 (1995) 224.
55. B. K. Shoichet and I. D. Kuntz, Protein Eng., 6 (1993) 723.
56. E. C. Meng, D. A. Gschwend, J. M. Blaney and I. D. Kuntz, Proteins, 7 (1993) 266.
57. T. J. A. Ewing and I. D. Kuntz, J. Comput. Chem., 18 (1997) 1175.
58. B. K. Shoichet, R. M. Stroud, D. V. Santi, I. D. Kuntz and K. M. Perry, Science, 259 (1993) 1445.
59. T. N. Hart and R. J. Read, Proteins: Struct., Funct., Genet., 13 (1992) 206.
60. S.-Y. Yue, Protein Eng., 4 (1990) 177.
61. D. S. Goodsell and A. J. Olsen, Proteins: Struct., Funct., Genet., 8 (1990) 195.
62. R. Judson, K. B. Lipkowitz and D.B. Poyd (eds.), Rev. Comput. Chem., vol. 10, 1-73, Wiley-VCH, NY, 1997.
63. R. C. Glen and A. W. R. Payne, J. Comput.-Aided Mol. Design, 9 (1995) 181.
64. Ajay and M. A. Murcko, J. Med. Chem., 38 (1995) 4953.
65. N. Froloff, A. Windemuth and B. Honig, Protein Sci., 6 (1997) 1293.
66. H.-J. Böhm, J. Comput.-Aided Mol. Design, 8 (1994) 243.
67. Q. Xue and E. S. Yeung, Nature, 373 (1995) 681.
68. J. R. H. Tame, J. Comput.-Aided Mol. Design, 13 (1999) 99.
69. M. D. Beachy, D. Chasman, R. B. Murphy, T. A. Halgren and R. A. Friesner, J. Am. Chem. Soc., 119 (1997) 5908.
70. E. S. Henriques, M. Bastos, C. F. G. C. Geraldes and M. J. Ramos, Int. J. Quantum Chem., 73 (1999) 237.
71. C. E. Sansom, J. Wu and I. T. Weber, Protein Eng., 5 (1992) 659.
72. J. Lautz, H. Kessler, R. Kaptein and W. F. van Gunsteren, J. Comput.-Aided Mol. Design, 1 (1988) 219.
73. B. L. Podlogar, R. A. Farr, D. Friedrich, C. Tarnus, E. W. Huber, R. J. Cregge and D. Schirlin, J. Med. Chem., 37 (1994) 368.
74. W. Doster, S. Cusack and W. Petry, Nature, 337 (1989) 754.
75. J. Smith, K. Kuczera and M. Karplus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87 (1990) 1601.
76. C. M. Dobson and M. Karplus, Method. Enzymol., 131 (1986) 362.
77. G. Wagner, Q. Rev. Biophys., 16 (1983) 1.
78. H. Frauenfelder, G. A. Petsko and D. Tsernoglou, Nature, 280 (1979) 558.
79. P. J. Artymiuk, C. C. F. Blake, D. E. P. Grace, S. J. Oatley, D. C. Phillips and M. J. E. Sternberg, Nature, 280 (1979) 563.
80. C. K. Woodward and B. D. Hilton, Annu. Rev. Biophys. Bioeng., 8 (1979) 99.
81. J. R. Lakowicz and G. Weber, Biochemistry, 12 (1973) 4171.
82. H. Frauenfelder, F. Parak and R. D. Young, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem., 17 (1988) 451.
83. E. von Kitzing and E. Schmitt, J. Mol. Struct.(Teochem), 336 (1995) 245.
84. J. A. McCammon and S. C. Harvey, Dynamics of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, Cambridge, 1987.
85. M. Karplus and G. A. Petsko, Nature, 347 (1990) 631.
86. A. A. Rashin, Prog. Biophys. Mol. Biol., 60 (1993) 73.
87. S. Lifson and A. Warshel, J. Chem. Phys., 49 (1968) 5116.
88. J. Hermans, H. J. C. Berendsen, W. F. van Gunsteren and J. P. M. Postma, Biopolymers, 23 (1984) 1513.
89. Y. Sun, J. W. Caldwell and P. A. Kollman, J. Phys. Chem., 99 (1995) 10081
90. Y. Ding, D. N. Bernardo, K. Krogh-Jespersen and R. M. Levy, J. Phys. Chem., 99 (1995) 11575.
91. S. W. Rick and B. J. Berne, J. Am. Chem. Soc., 118 (1996) 672.
92. R. W. Dixon and P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 18 (1997) 1632.
93. P. J. Winn, G. G. Ferenczy and C. A. Reynolds, J. Phys. Chem. A, 101 (1997) 5437.
94. G. G. Ferenczy, P. J. Winn and C. A. Reynolds, J. Phys. Chem. A, 101 (1997) 5446.
95. P. J. Winn, G. G. Ferenczy and C. A. Reynolds, J. Comput. Chem., 20 (1999) 704.
96. C. A. Reynolds, J. W. Essex and W. G. Richards, Chem. Phys. Lett., 199 (1992) 257.
97. J. W. Essex, C. A. Reynolds and W. G. Richards, J. Am. Chem. Soc., 114 (1992) 3634.
98. C. A. Reynolds, J. W. Essex and W. G. Richards, J. Am. Chem. Soc., 114 (1992) 9075.
99. W. F. Gunsteren, Computer Simulations of Biomolecular Systems; Theoretical and Experimental Applications, vol. 1, W. F. van Gunsteren and P. K. Weiner (eds.), ESCOM, Leiden, 1989.
100. M. L. Lamb and W. L. Jorgensen, Curr. Opin. Chem. Biol., 1 (1997) 449.
101. W. L. Jorgensen and J. Tirado-Rives, J. Phys. Chem., 100 (1996) 14508.
102. H. Senderowitz and W. C. Still, J. Comput. Chem., 19 (1998) 1736.
103. D. L. Beveridge and F. M. DiCapua, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem., 18 (1989) 431.
104. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola and J. R. Haak, J. Chem. Phys., 81 (1984) 3684.
105. S. Nosé, J. Chem. Phys., 81 (1984) 511.
106. W. G. Hoover, Phys. Rev. A, 31 (1985) 1695.
107. G. J. Martyna, M. L. Klein and M. Tuckerman, J. Chem. Phys., 97 (1992) 2635.
108. D. A. Pearlman and P. R. Connelly, J. Mol. Biol., 248 (1995) 696.
109. G. Liang, R. K. Schmidt, H.-A. Yu, D. A. Cumming and J. W. Brady, J. Phys. Chem., 100 (1996) 2528.
110. T. Fox, T. S. Scanlan and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 119 (1997) 11571.
111. Y. Yan, B. W. Erickson and A. Tropsha, J. Am. Chem. Soc., 117 (1995) 7592.
112. J. Norberg and L. Nilsson, J. Am. Chem. Soc., 117 (1995) 10832.
113. Z. Guo, C. L. Brooks III and X. Kong, J. Phys. Chem. B, 102 (1998) 2032.
114. V. Helms and R. C. Wade, J. Am. Chem. Soc., 120 (1998) 2710.
115. C. M. Soares, P. J. Martel, J. Mendes and M. A. Carrondo, Biophys. J., 74 (1998) 1708.
116. C. A. Sotriffer, W. Flader, A. Cooper, B. M. Rode, D. S. Linthicum, K. R. Liedl and J. M. Varga, Biophys. J., 76 (1999) 2966.
117. M. C. Menziani, C. A. Reynolds and W. G. Richards, J. Chem. Soc. Chem. Commun., (1989) 853.
118. J. Gao, K. Kuczera, B. Tidor and M. Karplus, Science, 244 (1989) 1069.
119. B. Tidor and M. Karplus, Biochemistry, 30 (1991) 3217.
120. T. Simonson and A. T. Brünger, Biochemistry, 31 (1992) 8661.
121. F. T. K. Lau and M. Karplus, J. Mol. Biol., 236 (1994) 1049.
122. T. Simonson, G. Archontis and M. Karplus, J. Phys. Chem. B, 101 (1997) 8349.
123. M. Zacharias, T. P. Straatsma, J. A. McCammon and F. A. Quiocho, Biochemistry, 32 (1993) 7428.
124. J. W. Essex, D. L. Severance, J. Tirado-Rives and W. L. Jorgensen, J. Phys. Chem. B, 101 (1997) 9663.
125. K. Kuczera, J. Gao, B. Tidor and M. Karplus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87 (1990) 8481.
126. R. J. Radmer and P. A. Kollman, J. Comput-Aided Mol. Design, 12 (1998) 215.
127. M. A. McCarrick and P. A. Kollman, J. Comput-Aided Mol. Design, 13 (1999) 109.
128. A. Di Nola and A. T. Brünger, J. Comput. Chem., 19 (1998) 1229.
129. J. Zeng, M. Fridman, H. Maruta, H. R. Treutlein and T. Simonson, Protein Sci., 8 (1999) 50.
130. T. Fox and P. A. Kollman, Proteins Struct. Funct. Gen., 25 (1996) 315.
131. J. A. McCammon and S. H. Northrup, Nature, 293 (1981) 316.
132. S. T. Wlodek, T. W. Clark, L. R. Scott and J. A. McCammon, J. Am. Chem. Soc., 119 (1997) 9513.
133. H.-X. Zhou, S. T. Wlodek and J. A. McCammon, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95 (1998) 9280.
134. S. K. Ludemann, O. Carugo and R. C. Wade, J. Mol. Model., 3 (1997) 369.
135. G. M. Keseru, I. Kolossvary and I. Szekely, Int. J. Quantum Chem., 73 (1999) 123.
136. B. Y. Mao, Biochem. J., 288 (1992) 109.
137. Y. T. Chang, G. H. Loew, A. E. Rettie, T. A. Baillie, P. R. Sheffels and P. R. O. Demontellano, Int. J. Quantum Chem., S20 (1993) 161.
138. M. D. Paulsen and R. L. Ornstein, Protein Eng., 6 (1993) 359.
139. G. H. Peters, D. M. F. Vanaalten, A. Svensen and R. Bywater, Protein Eng. 10 (1997) 149.
140. D. C. Chatifield, A. Szabo and B. R. Brooks, J. Am. Chem. Soc., 120 (1998) 5301.
141. D. Fushman, O. Ohlenschlager and H. Rüterjans, J. Biomol. Struct. Dynam., 11 (1994) 1377.
142. D. Fushman, R. Weisemann, H. Thüring, O. Ohlenschlager and H. Rüterjans, Int. J. Quantum Chem., 59 (1996) 291.
143. G. Rastelli and L. Constantino, Bioorg. Med. Chem. Lett., 8 (1998) 641.
144. D. N. Chin and G. M. Whitesides, J. Am. Chem. Soc., 117 (1995) 6153.
145. B. Manunza, S. Deiana, M. Pintore, V. Solinas and C. Gessa, J. Mol. Struct. (Teochem), 419 (1997) 33.
146. K. A. Brameld and W. A. Goddard III, J. Am. Chem. Soc., 120 (1998) 3571.
147. W. C. Guida, R. S. Bohacek and M. D. Erion, J. Comput. Chem, 13 (1992) 214.
148. C. McMartin and R. S. Bohacek, J. Comput-Aided Mol. Design, 9 (1995) 237.
149. N. R. Taylor and M. Vonitzstein, J. Comput-Aided Mol. Design, 10 (1996) 233.
150. F. Cardona, A. Goti, A. Brandi, M. Scarselli, N. Niccolai and S. Mangani, J. Mol. Model., 3 (1997) 249.
151. M. Filizola, J. J. Perez, A. Palomer, and D. Mauleon, J. Mol. Graph. Model., 15 (1997) 290.
152. B. Manunza, S. Deiana, M. Pintore and C. Gessa, Soil Biol. Biochem., 31 (1999) 789.
153. G. Q. Liang and J. F. Sebastian, Bioorg. Chem., 26 (1998) 295.
154. A. Bencsura, I. Y. Enyedy and I. M. Kovach, J. Am. Chem. Soc., 118 (1996) 8531.
155. T. Lee and J. B. Jones, J. Am. Chem. Soc., 118 (1996) 502.
156. T. Lee and J. B. Jones, J. Am. Chem. Soc., 119 (1997) 10260.
157. S. K. Sreedharan, C. Verma, L. S. D. Caves, S. M. Brocklehurst, S. E. Gharbia, H. N. Shah and K. Brocklehurst, Biochem. J., 316 (1996) 777.
158. P. W. Smith, S. L. Sollis, P. D. Howes, P. C. Cherry, K. N. Cobley, H. Taylor, A. R. Whittington, J. Scicinski, R. C. Bethell, N. Taylor, T. S. Skarzynski, A. Cleasby, O. Singh, A. Wonacott, J. Varghese and P. Colman, Bioorg. Med. Chem. Lett., 6 (1996) 2931.
159. N. R. Taylor, A. Cleasby, O. Singh, T. S. Skarzynski, A. J. Wonaccot, P. W. Smith, S. L. Sollis, P. D. Howes, P. C. Cherry, R. Bethell, P. Colman and J. Varghese, J. Med. Chem. 41 (1998) 798.
160. R. Kato, O. Takahashi, Y. Kiso, I. Moriguchi, and S. Hirono, Chem. Pharm. Bull., 42 (1994) 176.
161. R. E. Babine, N. Zhang, A. R. Jurgens, S. R. Schow, P. R. Desai, J. C. James and M. F. Semmelhack, Biorog. Med. Chem. Lett., 2 (1992) 541.
162. A. Villalobos, J. F. Blake, C. K. Biggers, T. W. Butler, D. S. Chapin, Y. P. L. Chen, J. L. Ives, S. B. Jones, D. R. Liston, A. A. Nagel, D. M. Nason, J. A. Nielsen, I. A. Shalaby and W. F. White, J. Med. Chem., 37 (1994) 2721.
163. C. Czaplewski, Z. Grzonka, M. Jaskolski, F. Kasprzykowski, M. Kozak, E. Politowska and J. Ciarkowski, Biochim. Biophys. Acta-Protein Struct. Mol. Enzymol., 1431 (1999) 290.
164. R. Rosenfeld, S. Vajda and C. Delisi, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 24 (1995) 677.
165. R. J. Read, T. N. Hart, M. D. Cummings and S. R. Ness, Supramol. Chem. 6 (1995) 135.
166. P. Kollman, Pharm. Res., 15 (1998) 368.
167. E. Lunney, S. E. Hagen, J. M. Domagala, C. Humblet, J. Kosinski, B. D. Tait, J. S. Warmus, M. Wilson, D. Ferguson, D. Hupe, P. J. Tummino, E. T. Baldwin, T. N. Bhat, B. S. Liu and J. W. Erickson, J. Med. Chem., 37 (1994) 2664.
168. J. A. Montgomery, Farmaco, 48 (1993) 297.
169. J. A. Montgomery, S. Niwas, J. D. Rose, J. A. Secrist, Y. S. Babu, C. E. Bugg, M. D. Erion, W. C. Guida and S. E. Ealick, J. Med. Chem., 36 (1993) 55.
170. A. Caflisch, S. Fischer and M. Karplus, J. Comput. Chem., 18 (1997) 723.
171. M. C. Maurer, J. Y. Trosset, C. C. Lester, E. E. Dibella and H. A. Scheraga, Proteins Struct. Funct. Gen., 34 (1999) 29.
172. D. G. Green, K. E. Meacham, M. Surridge, F. van Hoesel and H. J. C. Berendsen, Metecc-95 Proceedings, (1995) 434.
173. A. Melo, A. T. Puga, F. Gentil, N. Brito, A. P. Alves and M. J. Ramos, J. Chem. Inf. Comput. Sci., accepted for publication.
174. A. Melo, A. T. Puga, N. Brito, A. P. Alves and M. J. Ramos, to be published.
175. B. Honig, K. Sharp and, A.-S. Yang, J. Phys. Chem., 97 (1993) 1101.
176. B. Honig and A. Nicholls, Science, 268 (1995) 1144.
177. L.-P. Lee and B. Tidor, J. Chem. Phys., 106 (1997) 8681.
178. E. Kangas and B. Tidor, J. Chem. Phys., 109 (1998) 7522.
179. F. S. Lee, Z.-T. Chu, M. B. Bolger and A. Warshel, Protein Eng., 5 (1992) 215.
180. F. S. Lee, Z.-T. Chu and A. Warshel, J. Comput. Chem., 14 (1993) 161.
181. M. E. Davis and J. A. McCammon, J. Comput. Chem., 12 (1991) 909.
182. J. D. Madura, M. E. Davis, M. K. Gilson, R. C. Wade, B. A. Luty and J. A. McCammon, Reviews in Computational Chemistry, vol. 5, K. B. Lipkowitz and D. Boyd (eds.), VCH Publishers, New York, 1994.
183. J. Novotny, R. E. Bruccoleri, M. Davis and K. A. Sharp, J. Mol. Biol., 268 (1997) 401.
184. D. Xu, S. L. Lin and R. Nussinov, J. Mol. Biol., 265 (1997) 68.
185. Z. S. Hendsch, C. V. Sindelar and B. Tidor, J. Phys. Chem., 102 (1998) 4404.
186. X. Barril, C. Aleman, M. Orozco and F. L. Luque, Proteins Struct. Funct. Genet., 32 (1998) 67.
187. J. Shen, J. Med. Chem., 40 (1997) 2953.
188. K. A. Sharp, Biophys. Chem., 61 (1996) 37.
189. J. D. Madura, Y. Nakajima, R. M. Hamilton, A. Wierzbicki and A. Warshel, Struct. Chem., 7 (1996) 131.
190. T. Zhang and D. E. Koshland, Protein Sci., 5 (1996) 348.
191. M. Fujinaga, K. Huang, K. S. Bateman and M. N. G. James, J. Mol. Biol., 284 (1998) 1683.
192. P. H. Hünenberger, V. Helms, N. Narayana, S. S. Taylor and J. A. McCammon, 38 (1999) 2358.
193. W. R. Cannon, B. J. Garrison and S. J. Benkovic, J. Am. Chem. Soc., 119 (1997) 2386.
194. C. J. Gibas, S. Subramaniam, J. A. McCammon, B. C. Braden and R. J. Poljak, Biochemistry, 36 (1997) 15599.
195. J. Antosiewicz, J. A. McCammon and M. K. Gilson, Biochemistry, 35 (1996) 7819.
196. S. T. Wlodek, J. Antosiewicz, J. A. McCammon, T. P. Straatsma, M. K. Gibson, J. M. Briggs, C. Humblet and J. L. Sussman, Biopolymers, 38 (1996) 109.
197. P. Beroza and D. R. Fredkin, J. Comput. Chem., 117 (1996) 1229.
198. E. Demchuk and R. C. Wade, J. Phys. Chem., 100 (1996) 17373.
199. C. R. D. Lancaster, H. Michel, B. Honig and M. R. Gunner, Biophys. J., 70 (1996) 2469.
200. R. P. Christen, S. I. Nomikos and E. T. Smith, J. Biol. Inorg. Chem., 1 (1996) 515.
201. C. M. Soares, P. J. Martel and M. A. Carrondo, J. Biol. Inorg. Chem., 2 (1997) 714.
202. A. Kannt, C. R. D. Lancaster and H. Michel, Biophys. J., 74 (1998) 708.
203. P. J. Martel, C. M. Soares, A. M. Baptista, M. Fuxreiter, G. Náray-Szabó, R. O. Louro and M. A. Carrondo, J. Biol. Inorg. Chem., 4 (1999) 73.
204. A. M. Baptista, P. J. Martel and C. M. Soares, Biophys. J., 76 (1999) 2978.
205. J. Antosiewicz and J. A. McCammon, Biophys. J., 69 (1995) 57.
206. J. A. McCammon, Curr. Opinion Struct. Biol., 8 (1998) 245.
207. R. C. Wade, R. R. Gabdoulline, S. K. Lüdemann and V. Lounas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95 (1998) 5942.
208. R. C. Tan, T. N. Truong, J. A. McCammon and J. L. Sussman, Biochemistry, 32 (1993) 401.
209. S. T. Wlodek, J. Antosiewicz and J. M. Briggs, J. Am. Chem. Soc., 119 (1997) 8159.
210. R. C. Wade, R. R. Gabdoulline and B. A. Luty, Proteins Struct. Funct. Gen., 31 (1998) 406.
211. R. C. Wade, B. A. Luty, E. Demchuk, J. D. Madura, M. E. Davis, J. M. Briggs and J. A. McCammon, Struct. Biol., 1 (1994) 65.
212. J. Antosiewicz, J. M. Briggs and J. A. McCammon, Eur. Biophys. J., 24 (1996) 137.
213. H.-X. Zhou, J. Chem. Phys., 108 (1998) 8146.
214. A. H. Elcock, M. J. Potter, D. A. Matthews, D. R. Knighton and J. A. McCammon, J. Mol. Biol., 262 (1996) 370.
215. F. Polticelli, A. Battistoni, P. O'Neil, G. Rotilio and A. Desideri, Protein Sci., 7 (1998) 2354.
216. M. E. Stroppolo, M. Sette, P. O'Neil, F. Polizio, M. T. Cambria and A. Desideri, Biochemistry, 37 (1998) 12287.
217. R. C. Wade, Biochem. Soc. Trans., 24 (1996) 254.
218. H.-X. Zhou, J. Phys. Chem. B, 101 (1997) 6642.
219. Z. Radic, P. D. Kirchhoff, D. M. Quinn, J. A. McCammon and P. Taylor, J. Biol. Chem., 272 (1997) 23265.
220. N. A. Baker and J. A. McCammon, J. Phys. Chem. B, 103 (1999) 615.
221. H.-X. Zhou, J. M. Briggs, S. Tara and J. A. McCammon, Biopolymers, 45 (1998) 355.
222. C. F. Wong and J. A. McCammon, J. Am. Chem. Soc., 108 (1986) 3830.
223. P. A. Bash, U. C. Singh, F. K. Brown, R. Langridge and P. A. Kollman, Science, 235 (1987) 574.
224. K. M. Merz, M. A. Murcko and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 113 (1991) 4484.
225. J. J. McDonald and C. L. Brooks III, J. Am. Chem. Soc., 113 (1991) 2295.
226. J. J. McDonald and C. L. Brooks III, J. Am. Chem. Soc., 114 (1992) 2062.
227. P. R. Gerber, A. E. Mark and W. F. van Gunteren, J. Comput.-Aided Mol. Design, 7 (1993) 305.
228. P. L. Cummins and J. E. Gready, J. Comput. Chem, 15 (1994) 704.
229. P. L. Cummins and J. E. Gready, Mol. Simul., 15 (1995) 155.
230. D. M. Ferguson, R. J. Radmer and P. A. Kollman, J. Med. Chem., 34 (1991) 2654.
231. B. G. Rao and M. A. Murcko, Protein Eng., 9 (1996) 767.
232. S. W. Rick, I. A. Topol, J. W. Erickson and S. K. Burt, Protein Sci., 7 (1998) 1750.
233. G. Rastelli, B. Thomas, P. A. Kollman and D. V. Santi, J. Am. Chem. Soc., 117 (1995) 7213.
234. J. Wang, Z. Szewczuk, S.-Y. Yue, Y. Tsuda, Y. Konishi and E. O. Purisima, J. Mol Biol., 253 (1995) 473.
235. A. Elofsson, T. Kulinski, R. Rigler and L. Nilsson, Proteins Struct. Funct. Gen., 17 (1993) 167.
236. I. Ghosh and O. Edholm, Biophys. Chem., 50 (1994) 237.
237. A. Melo and M. J. Ramos, J. Peptide Res., 50 (1997) 382.
238. M. J. Ramos, A. Melo, E. S. Henriques, J. A. N. F. Gomes, M. Reuter, B. Maigret, W. B. Floriano and M. A. C. Nascimento, Int. J. Quantum Chem., 74 (1999) 299.
239. S. Miyamoto and P. A. Kollman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90 (1993) 8402.
240. G. Archontis, T. Simonson, D. Moras and M. Karplus, J. Mol. Biol., 275 (1998) 823.
241. R. W. Dixon and P. Kollman, Proteins Struct. Funct. Gen., 36 (1999) 471.
242. M. A. L. Erickson, J. Pitera and P. A. Kollman, J. Med. Chem., 42 (1999) 868.
243. J. G. Kirkwood, J. Chem. Phys., 3 (1935) 300.
244. D. A. Pearlman, J. Chem. Phys., 98 (1993) 8946.
245. D. A. Pearlman, J. Comput. Chem., 15 (1994) 105.
246. C. L. Brooks III, J. Phys. Chem., 90 (1986) 6680.
247. R. W. Zwanzig, J. Chem. Phys., 22 (1954)1420.
248. W. L. Jorgensen and C. Ravimohan, J. Chem. Phys., 83 (1985) 3050.
249. M. Mezei and D. L. Beveridge, Annu. N. Y. Acad. Sci., 482 (1986) 1.
250. A. J. Cross, Annu. N. Y. Acad. Sci., 482 (1986) 89.
251. M. Mezei, J. Comput. Chem., 13 (1992) 651.
252. T. C. Beutler, A. E. Mark, R. C. van Schaik, P. R. Gerber and W. F. van Gunsteren, Chem. Phys. Lett., 222 (1994) 529.
253. M. Mezei and G. Jancsó, Chem. Phys. Lett., 239 (1995) 237.
254. S. Sen and L. Nilsson, J. Comput. Chem., 20 (1999) 877.
255. S. Boresch and M. Karplus, J. Chem. Phys., 105 (1996) 5145.
256. D. A. Pearlman and P. A. Kollman, J. Chem. Phys., 94 (1991) 4532.
257. S. Boresch and M. Karplus, J. Phys. Chem. A, 103 (1999) 103.
258. S. Boresch and M. Karplus, J. Phys. Chem. A, 103 (1999)119.
259. D. A. Pearlman, J. Phys. Chem., 98 (1994) 1487.
260. C. Chipot, P. A. Kollman and D. A. Pearlman, J. Comput. Chem., 17 (1996) 1112.
261. R. J. Radmer and P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 18 (1997), 902.
262. D. A. Kofke and P. T. Cummings, Mol. Phys., 92 (1997) 973.
263. D. L. Severance, J. W. Essex and W. L. Jorgensen, J. Comput. Chem., 16(1995) 311.
264. M. Prevost, S. J. Wodak, B. Tidor and M. Karplus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88 (1991) 10880.
265. B. Prod'hom and M. Karplus, Protein Eng., 6 (1993)585.
266. N. Honda, Y. Komeiji, M. Uebayasi and I. Yamato, Proteins Struct. Funct. Gen., 26 (1996) 459.
267. S. Yun-yu, A. E. Mark, W. Cun-Xin, H. Fuhua, H. J. C. Berendsen and W. F. van Gunsteren, Protein Eng., 6 (1993) 289.
268. P. E. Smith and W. F. van Gunsteren, J. Phys. Chem., 98 (1994) 13735.
269. A. E. Mark and W. F. van Gunsteren, J. Mol. Biol., 240 (1994) 167.
270. S. Boresch, G. Archontis and M. Karplus, Proteins Struct. Funct. Gen., 20 (1994) 25.
271. S. Boresch and M. Karplus, J. Mol. Biol., 254 (1995) 801.
272. G. P. Brady and K. A. Sharp, J. Mol. Biol., 254 (1995) 77.
273. G. Archontis and M. Karplus, J. Chem. Phys., 105 (1996) 11246.
274. J. Åqvist, C. Medina and J.-E. Samuelson, Protein Eng., 7 (1994) 385.
275. J. Åqvist and T. Hansson, J. Phys. Chem., 100 (1996) 9512.
276. M. D. Paulsen and R. L. Ornstein, Protein Eng., 9 (1996) 567.
277. H. A. Carlson and W. L. Jorgensen, J. Phys. Chem., 99 (1995), 10667.
278. M. L. Lamb, J. Tirado-Rives and W. L. Jorgensen, Bioorg. Med. Chem., 7 (1999) 851.
279. T. Hansson, J. Marelius and J. Åqvist, J. Comput.-Aided Mol. Design, 12 (1998) 27.
280. I. Muegge, H. Tao and A. Warshel, Protein Eng., 10 (1997) 1363.
281. I. Muegge, T. Schweins and A. Warshel, Proteins Struct. Funct. Gen., 30 (1998) 407.
282. W. L. Jorgensen, E. M. Duffy, J. W. Essex, D. L. Severance, J. F. Blake, D. K. Jones-Hertzog, M. L. Lamb and J. Tirado-Rives, Biomolecular Structure and Dynamics, G. Vergoten and T. Theophanides (Eds.), Kluwer Academic Publishers, Amsterdam, 1997.
283. D. K. Jones-Hertzog and W. L. Jorgensen, J. Med. Chem., 40 (1997) 1539.
284. T. Hansson and J. Åqvist, Protein Eng., 8 (1995) 1137.
285. J. Åqvist, J. Comput. Chem, 17 (1996) 1587.
286. J. Marelius, M. Graffner-Nordberg, T. Hansson, A. Hallberg and J. Åqvist, J. Comput-Aided Mol. Design, 12 (1998) 119.
287. P. Cieplak and P. A. Kollman, J. Comput-Aided Mol. Design, 7 (1993) 291.
288. P. Cieplak, D. A. Pearlman and P. A. Kollman, J. Chem. Phys., 101 (1994) 627.
289. P. E. Smith and W. F. van Gunsteren, J. Chem. Phys., 100 (1994) 577.
290. P. Cieplak and P. A. Kollman, J. Mol. Recogn., 9 (1996) 103.
291. H. Liu, A. E. Mark and W. F. van Gunsteren, J. Phys. Chem., 100 (1996) 9485.
292. A. E. Mark, Y. Xu, H. Liu and W. F. van Gunsteren, Acta Biochim. Polonica, 42 (1995) 525.
293. X. Kong and C. L. Brooks III, J. Chem. Phys., 105 (1996) 2414.
294. Z. Guo and C. L. Brooks III, J. Am. Chem Soc., 120 (1998) 1920.
295. W. J. Hehre, L. Radom, P. v. R. Schleyer and J. A. Pople, Ab Initio Molecular Orbital Theory, Wiley & Sons, Inc., New York (1986)
296. T. Ziegler, Chem. Rev., 91 (1991) 651
297. W. Thiel, Adv. Chem. Phys., 93 (1996) 703
298. I. Pettersson and T. Liljefors, in Rev. Comput. Chem., K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd Eds., VCH Publishers, Inc., New York (1996) 9, 16
299. A. Warshel and M. Levitt, J. Mol. Biol., 103 (1976) 227
300. U. C. Singh and P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 7 (1986) 718
301. R. V. Stanton, M. Peräkylä, D. Bakowies and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 120 (1998) 3448
302. P. A. Bash, M. J. Field and M. Karplus, J. Am. Chem. Soc., 109 (1987) 8092
303. F. Bernardi, M. Olivucci and M. A. Robb, J. Am. Chem. Soc., 114 (1992) 1606
304. J. Åqvist and A. Warshel, Chem. Rev., 93 (1993) 2523
305. T. M. Glennon and A. Warshel, J. Am. Chem. Soc., 120 (1998) 10234
306. J. Bentzien, R. P. Muller, J. Florián and A. Warshel, J. Phys. Chem B, 102 (1998) 2293
307. R. V. Stanton, D. S. Hartsough and K. M. Merz, Jr., J. Comput. Chem., 16 (1995) 113
308. P. D. Lyne, M. Hodoscek and M. Karplus, J. Phys. Chem. A, 103 (1999) 3462
309. R. P. Muller, T. Wesolowski and A. Warshel, in Density Functional Methods: Applications in Chemistry and Materials Science, M. Springbourg ed., John Wiley & Sons, Ltd., (1996)
310. M. J. Field, P. A. Bash and M. Karplus, J. Comput. Chem., 11 (1990) 700
311. V. V. Vasilyev, A. A. Bliznyuk and A. A. Voityuk, Int. J. Quantum Chem., 44 (1992) 897
312. V. Théry, D. Rinaldi, J.-L. Rivail, B. Maigret and G. Ferenczy, J. Comput. Chem., 15 (1994) 269
313. M. A. Thompson, E. D. Glendening and D. Feller, J. Phys. Chem., 98 (1994) 10465
314. M. A. Thompson and G. K. Schenter, J. Phys. Chem., 99 (1995) 6374
315. D. Bakowies and W. Thiel, J. Phys. Chem., 100 (1996) 10580
316. J. Gao, Acc. Chem. Res., 29 (1996) 298
317. G. Monard, M. Loos, V. Thery, K. Baka and J.-L. Rivail, Int. J. Quantum Chem., 58 (1996) 153
318. M. Hartmann, K. M. Merz, R. Vaneldik and T. Clark, J. Mol. Modeling, 4 (1998) 355
319. S. Antonczak, G. Monard, M. F. Ruiz-Lépez and J.-L. Rivail, J. Am. Chem. Soc., 120 (1998) 8825
320. S. L. Mayo, B. D. Olafson and W. A. Goddard, III, J. Phys. Chem., 94 (1990) 8897
321. D. Rinaldi and J.-L- Rivail, Theor. Chim Acta, 32 (1973) 32, 57
322. O. Tapia and O. Goscinski, Mol. Phys., 29 (1975) 1653
323. R. Montagani and J. Tomasi, Int. J. Quantum Chem., 39 (1991) 851
324. for a review on continuum methods: C. J. Cramer and D. G. Truhlar, in Rev. Comput. Chem., K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd Eds., VCH Publishers, Inc., New York (1995) 6, 1
325. L. Onsager, J. Am. Chem. Soc., 58 (1936) 1486
326. J. P. Bowen and N. L. Allinger, in Rev. Comput. Chem., K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd Eds., VCH Publishers, Inc., New York (1991) 2, 81
327. J. R. Maple, M.-J. Hwang, T. P. Stockfisch, U. Dinur, M. Waldman, C. S. Ewig and A. T. Hagler, J. Comput. Chem., 15 (1994) 162; M.-J. Hwang, T. P. Stockfisch and A. T. Hagler, J. Am. Chem Soc., 116 (1994) 2515
328. J. R. Maple, M.-J. Hwang, T. P. Stockfisch, U. Dinur, M. Waldman, C. S. Ewig and A. T. Hagler, J. Comput. Chem., 15 (1994) 162; M.-J. Hwang, T. P. Stockfisch and A. T. Hagler, J. Am. Chem Soc., 116 (1994) 2515
329. U. Dinur and A. T. Hagler, in Rev. Comput. Chem., K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd Eds., VCH Publishers, Inc., New York (1991) 2, 81
330. Molecular Simulations, Inc., 9685 Scranton Road, San Diego, CA 92121-2777, U.S.A.
331. Y.-J. Zheng and R. L. Ornstein, J. Am. Chem. Soc., 118 (1996) 11237
332. X. Barril, C. Alemán, M. Orozco and F. J. Luque, Proteins: Structure, Function and Genetics, 32 (1998) 67
333. A. Melo and M. J. Ramos, Chem. Phys. Letters, 245 (1995) 498; A. Melo, M.J. Ramos, W.B. Floriano, J.A.N.F. Gomes, J.F.R. Leão, A.L. Magalhães, B. Maigret, M.C. Nascimento e N. Reuter, J. Mol Structure (Teochem), 463, 81 (1999).
334. A. Melo and M. J. Ramos, Chem. Phys. Letters, 245 (1995) 498; A. Melo, M.J. Ramos, W.B. Floriano, J.A.N.F. Gomes, J.F.R. Leão, A.L. Magalhães, B. Maigret, M.C. Nascimento e N. Reuter, J. Mol Structure (Teochem), 463, 81 (1999).
335. A. Melo and M. J. Ramos, Int. J. Quantum Chem., 72 (1999) 157
336. M. J. Ramos, J. Mol. Graphics, 9 (1991) 91
337. S. Alvarez Santos, A. Gonzalez Lafont and J. M. Lluch, Can. J. Chem., 76 (1998) 1027
338. M. J. S. Dewar, E. G. Zoebisch, E. A. Healy and J. J. P. Stewart, J. Am. Chem. Soc., 107 (1985) 3902
339. P. E. M. Siegbahn, J. Am. Chem. Soc., 120 (1998) 8417
340. C. W. Bauschlicher, Jr., A. Ricca, H. Partridge and S. R. Langhoff in Recent Advances in Density Functional Methods, D. P. Chong, Ed., World Scientific Publishing Company, Singapore (1997), Part II, 165
341. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, T. A. Keith, G. A. Petersson, J. A. Montgomery, K. Raghavachari, M. A. Al-Laham, Y. G. Zakrzewski, J. V. Ortiz, J. B. Foresman, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, A. Nanayakkara, M. Challacombe, C. Y. Peng, P. Y. Ayala, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, E. S. Replogle, R. Gomberts, R. L. Martin, D. J. Fox, J. S. Binkley, D. J. Defrees, J. Baker, J. P. Stewart, M. Head-Gordon, C. Gonzalez and J. A. Pople, Gaussian 94, Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA (1995)
342. F. Himo and L. A. Eriksson, J. Am. Chem. Soc., 120 (1998) 11449
343. C. V. Parast, K. K. Wong, S. A. Lewisch, J. W. Kozarich, J. Peisach and R. S. Magliozzo, Biochemistry, 34 (1995) 2393
344. I. A. Topol, J. R. Casasfinet, R. Gussio, S. K. Burt and J. W. Erickson, J. Mol. Structure (Theochem) 423 (1998) 13
345. T. Lind, P. E. M. Siegbahn and R. H. Crabtree, J. Phys. Chem. B, 103 (1999) 1193
346. A. J. Mulholland and W. G. Richards, J. Phys. Chem. B, 102 (1998) 6635
347. A. J. Mulholland and W. G. Richards, J. Mol. Structure (Theochem), 429 (1998) 13
348. A. J. Mulholland and W. G. Richards, J. Mol. Structure (Theochem), 427 (1998) 175
349. A. Warshel and R. M. Weiss, J. Am. Chem. Soc., 102 (1980) 6218
350. J.-K. Hwang, G. King, S. Creighton and A. Warshel, J. Am. Chem Soc., 110 (1988) 5297
351. A. Warshel, Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley & Sons, Inc., New York (1991)
352. P. A. Kollman and K. M. Merz, Jr., Acc. Chem. Res., 23 (1990) 246
353. P. A. Bash, U. C. Singh, R. Langridge and P. A. Kollman, Science, 236 (1987) 564
354. V. Luzhkov and A. Warshel, J. Comput. Chem., 13 (1992) 199
355. J. Gao, J. Phys. Chem., 96 (1992) 537
356. J. Gao and X. Xia, Science, 258 (1992) 631
357. G. G. Ferenczy, J.-L. Rivail, P. R. Surjan and G. Naray-Szabo, J. Comput. Chem., 13 (1992) 830
358. H. Liu, F. Müller-Plathe and W. F. van Gunsteren, J. Chem. Phys., 102 (1995) 1722
359. A. Warshel and R. M. Weiss, J. Am. Chem. Soc., 102 (1980) 6218
360. J.-K. Hwang, G. King, S. Creighton and A. Warshel, J. Am. Chem Soc., 110 (1988) 5297
361. M. A. Cunningham and P. A. Bash, in Computer Simulation of Biomolecular Systems - Theoretical and Experimental Applications, W. F. Vangunsteren ed., Ed. Dordrecht: Kluwer Academic Publ, 3 (1997) 177
362. J. Chandrasekhar, S. F. Smith and W. L. Jorgensen, J. Am. Chem. Soc., 107 (1985) 155
363. S. Miertus, E. Scrocco and J. Tomasi, Chem. Phys., 55 (1981) 117
364. J. Tomasi and M. Persico, Chem. Rev., 94 (1994) 2027
365. A. A. Rashin, M. A. Bukatin, J. Andzelm and A. T. Hagler, Biophys. Chem., 51 (1994) 375
366. J. Shen, F. A. Quiocho, J. Comput. Chem., 16 (1995) 445
367. R. M. Jackson, J. E. Sternberg, J. Mol. Biol., 250 (1995) 258
368. D. Harris and G. Loew, J. Comput. Chem., 17 (1996) 273
369. M. T. Cances, V. Mennucci and J. Tomasi, J. Chem. Phys., 107 (1997) 3032
370. M. Cossi, V. Barone, B. Mennucci and J. Tomasi, Phys. Letters, 286 (1998) 253
371. A. L. Magalhñes, S. R. R. S. Madail and M. J. Ramos, to be published.
372. R. P. Muller, J. Florián and A. Warshel, in Biomolecular Structure and Dynamics, G. Vergoten and T. Theophanides eds., Kluwer Academic Publishers, NATO-ASI, 47 (1997)
373. M. Fuxreiter and A. Warshel, J. Am. Chem. Soc., 120 (1998) 183
374. for a review on the subject: J. Gao, in Rev. Comput. Chem., K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd Eds., VCH Publishers, Inc., New York (1996) 7, 119
375. D. Rinaldi, J.-L. Rivail and N. Rguini, J. Comput. Chem., 13 (1992) 675
376. S. W. Rick, S. J. Stuart and B. J. Berne, J. Chem Phys., 101 (1994) 6141
377. M. A. Thompson, J. Phys. Chem., 100 (1996) 14492
378. F. J. Luque and M. Orozco, J. Comput. Chem., 19 (1998) 866
379. I. H. Hillier, J. Mol. Structure (Theochem), 463 (1999) 45
380. J. Gao, J. Comput. Chem., 18 (1997) 1061
381. T. Hansson, P. Nordlund and J. Åqvist, J. Mol. Biol., 265 (1997) 118
382. H. J. Kim and J. T. Hynes, J. Am Chem. Soc., 114 (1992) 10508
383. A. J. Mulholland, G. H. Grant and W. G. Richards, Protein Engng., 6 (1993) 133
384. K. Kolmodin, P. Nordlund and J. Åqvist, Proteins-Structure Function and Genetics, 36 (1999) 370
385. P. D. Lyne, A. J. Mulholland and W. G. Richards, J. Am. Chem. Soc., 117 (1995) 11345
386. 384 A. J. Mulholland and W. G. Richards, Proteins-Structure Function and Genetics, 27 (1997) 9
387. M. J. Harrison, N. A. Burton and I. H. Hillier, J. Am. Chem. Soc., 119 (1997) 12285
388. M. Peräkylä and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 119 (1997) 1189
389. J. Florián and A. Warshel, J. Phys. Chem. B, 102 (1998) 719
390. Y. Pan and M. A. McAllister, J. Am. Chem. Soc., 120 (1998) 166
391. C. I. Bayly, P. Cieplak, W. D. Cornell and P. A. Kollman, J. Phys. Chem., 97 (1993) 10269
392. A. J. Mulholland and W. G. Richards, in Transition State Modeling for Catalysis, D. G. Truhlar and K. Morokuma eds., ACS Symposium 721 (1999) 448
393. G. J. Tawa, I. A. Topol, S. K. Burt and J. W. Erickson, J. Am. Chem. Soc., 120 (1999) 8856
394. H. Liu, F. Müller-Plathe and W. F. van Gunsteren, J. Mol. Biol., 261 (1996) 454
395. D. C. Chatfield, K. P. Eurenius, B. R. Brooks, J. Mol. Structure (Theochem), 423 (1999) 79
396. J. Mavri, Int. J. Quantum Chem., 69 (1998) 753
397. MNDO94, Unichem, version 3.0, available from Cray Research Inc., Eagan, MN.