Modeling the citrate synthase reaction: QM/MM and small model calculations

ACS Symposium Series

Volumn 721, Issue , 1999, Pages 448-461

  Mulholland, Adrian J ^a   Richards, W Graham ^b  

^a UNIVERSITY OF BRISTOL   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0042914587     PISSN: 00976156     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-1999-0721.ch035     Document Type: Review

References (67)

1. Mulholland, A. J.; Karplus, M. Biochem. Soc. Trans. 1996, 24, 247.
2. Mulholland, A. J.; Grant, G. H.; Richards, W. G. Protein Engng. 1993, 6, 133.
3. Åqvist, J.; Warshel, A. Chem. Rev. 1993, 93, 2523.
4. Mulholland, A. J.; Richards, W. G. J. Phys. Chem. A, in press.
5. York, D. M.; Lee, T.-S.; Yang, W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 10940.
6. Gao, J.; Freindorf, M. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3182.
7. Bash, P. A.; Ho, L. L.; MacKerell, A. D., Jr.; Levine, D.; Hallstrom, P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 3698.
8. Eurenius, K. P.; Chatfield, D. C.; Brooks, B. R.; Hodoscek, M. Int. J. Quantum Chem. 1996, 60, 1189.
9. Lyne, P. D.; Hodoscek, M.; Karplus, M., in preparation.
10. Stanton, R. V.; Hartsough, D. S.; Merz, K. M. J. Comp. Chem. 1995, 16, 113.
11. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comp. Chem. 1990, 11, 700.
12. Moliner, V.; Turner, A. J.; Williams, I. H. Chem. Commun. 1997, 14, 1271.
13. Lyne, P.; Mulholland, A. J.; Richards, W. G. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11345.
14. Cunningham, M. A.; Ho, L. L.; Nguyen, D. T.; Gillilan, R. E.; Bash, P. A. Biochemistry 1997, 36, 4800.
15. Ranganathan, S.; Gready, J. E. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5614.
16. Harrison, M. J.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12285.
17. Mulholland, A. J.; Richards, W. G. Proteins: Structure, Function and Genetics 1997, 27, 9.
18. Chatfield, D. C.; Eurenius, K. P.; Brooks, B. R. J. Mol. Struct. (Theochem) 1998, 423, 79.
19. Liu, H.; Müller-Plathe, F.; van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 1996, 261, 454.
20. Hartsough, D.; Merz, K. M., Jr. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11266.
21. Bash, P. A.; Field, M. J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 8092.
22. Mulholland, A. J.; Richards, W. G. Int. J. Quantum Chem. 1994, 51, 161.
23. Srere, P. In Advances in Enzymology; Meister, A, Ed.; Wiley: New York, 1975, Vol. 43; pp 57-102.
24. Remington, S. J. Curr. Opinion Struct. Biol. 1992, 2, 730.
25. Lenz, H.; Buckel, W.; Wunderwald, P.; Biederman, G.; Buschmeier, V.; Eggerer, H.; Cornforth, J. W.; Redmond, J.; Mallaby, R. Eur. J. Biochem. 1971, 24, 207.
26. Wlassics, I. D.; Anderson, V. E. Biochemistry 1989, 28, 1627.
27. Clark, J. D.; O'Keefe, S. J.; Knowles, J. R. Biochemistry 1988, 27, 5961.
28. Mulholland, A. J.; Richards, W. G. J. Mol. Struct. (Theochem), in press.
29. Kurz L. C.; Drysdale, G. R. Biochemistry 1987, 26, 2623.
30. Kurz, L. C.; Shah, S.; Frieden, C.; Nakra, T.; Stein, R. E.; Drysdale, G. R.; Evans, C. T.; Srere, P. A. Biochemistry 1995, 34, 13278.
31. Löhlein-Werhahn, G.; Goepfert, P.; Kollmann-Koch, A.; Eggerer, H. Biol. Chem. Hoppe-Seyler 1988, 369, 417.
32. Alter, G. M.; Casazza, J. P.; Zhi, W.; Nemeth, P.; Srere, P. A.; Evans, C. T. Biochemistry 1990, 29, 7557.
33. Karpusas, M.; Branchaud, B.; Remington, S. J. Biochemistry 1990, 29, 2213.
34. Karpusas, M.; Holland, D.; Remington, S. J. Biochemistry 1991, 30, 6024.
35. Evans, C. T.; Kurz, L. C.; Remington, S. J.; Srere, P. A. Biochemistry 1996, 35, 10661.
36. Russell, R. J. M.; Hough, D. W.; Danson, M. J.; Taylor, G. L. Structure 1994, 2, 1157.
37. Gerlt, J. A.; Gassman, P. G. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 11552.
38. Cleland, W. W.; Kreevoy, M. M. Science 1994, 264, 1887.
39. Thibblin, A.; Jencks, W. P. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 4963.
40. Gerlt, J. A.; Kreevoy, M. M.; Cleland, W. W.; Frey, P. A. Chemistry and Biology 1997, 4, 259.
41. Usher, K. C.; Remington, S. J.; Martin, D. P.; Drueckhammer, D. G. Biochemistry 1994, 33, 7753.
42. Alagona, G.; Ghio, C.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9855.
43. Warshel, A.; Papazyan, A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 13665.
44. Guthrie, J. P. Chemistry and Biology 1996, 3, 163.
45. Shan, S.; Loh, S.; Herschlag, D. Science 1996, 272, 97.
46. Scheiner, S.; Kar, T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6970.
47. Mulholland, A. J.; Lyne, P. D.; Karplus, M., in preparation.
48. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.
49. Dewar, M. J. S.; Yuan, Y.-C. Inorg. Chem. 1990, 29, 3881.
50. Zheng, Y.-J.; Merz, K. M., Jr. J. Comp. Chem. 1992, 13, 1151.
51. Meot-Ner, M. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 3071.
52. Bash, P. A.; Field, M. J.; Davenport, R. C.; Petsko, G. A.; Ringe, D.; Karplus, M. Biochemistry 1991, 30, 5826.
53. Wiberg, K. B.; Breneman, C. M.; LePage, T. J. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 61.
54. Solomons, T. W. G. In Organic Chemistry; Wiley: New York, 1992; pp 581-583.
55. Mulholland, A. J.; Richards, W. G., in preparation
56. Dewar, M. J. S.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Chem. Soc. Faraday Trans. 2 1984, 80, 227.
57. Stewart, J. J. P. J. Computer-Aided Mol. Design 1990, 4, 1.
58. Rzepa, H. S.; Yi, M. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1990, 943.
59. Mulholland, A. J.; Richards, W. G. J. Mol. Struct. (Theochem), in press.
60. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comp. Chem. 1983, 4, 187.
61. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A., Jr. J. Comp. Chem. 1993, 14, 1347.
62. Gonzalez-Lafont, A.; Truong, T. N.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. 1991, 95, 4618.
63. Rossi, I.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1995, 233, 231.
64. Peslherbe, G. H.; Hase, W. L. J. Chem. Phys. 1996, 104, 7882.
65. Wang, Z.; Luecke, H.; Yao, N.; Quiocho, F. Nature Structural Biology 1997, 4, 519.
66. Majerz, I.; Malarski, Z.; Sobczyk, L. Chem. Phys. Lett. 1997, 274, 361.
67. Meot-Ner, M.; Sieck, L. W. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 7525.