Irreversible inhibition of the HIV-1 protease: A theoretical study

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 69, Issue 6, 1998, Pages 753-759

  Mavri, Janez ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF CHEMISTRY   (Slovenia)

Author keywords

Ab initio; DFT; HIV 1 protease; Irreversible inhibition; Solvent reaction field

Indexed keywords

EID: 84962418501     PISSN: 00207608     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1097-461X(1998)69:6<753::AID-QUA6>3.0.CO;2-U     Document Type: Article

References (20)

1. E. De Clercq, J. Med. Chem. 38, 2491 (1995).
2. E. E. Kim, C. T. Baker, M. D. Dwyer, M. A. Murcko, B. G. Rao, R. D. Tung, and M. A. Navia, J. Am. Chem. Soc. 117, 1181 (1995).
3. A. M. Silva, R. E. Cachau, H. L. Sham, and J. W. Erickson, J. Mol. Biol. 255, 321 (1996).
4. L. J. Hyland, T. A. Tomaszek, Jr., G. D. Roberts, S. A. Carr, V. A. Magaard, H. L. Bryan, S. A. Fakhoury, M. L. Moore, M. D. Minnich, J. S. Culp, R. L. DesJarlais, and T. D. Meek, Biochemistry 30, 8441 (1991).
5. L. J. Hyland, T. A. Tomaszek, Jr., and T. D. Meek, Biochemistry 30, 8454 (1991).
6. D. C. Chatfield, and B. R. Brooks, J. Am. Chem. Soc. 117, 5561 (1995).
7. K. P. Eurenius, D. C. Chatfield, B. Brooks, and M. Hodošček, Int. J. Quant. Chem. 60, 1189 (1996).
8. R. W. Harrison and I. T. Weber, Prot. Eng. 7, 1353 (1994).
9. B. G. Rao and M. A. Murcko, J. Comp. Chem. 15, 1241 (1994).
10. A. Tropscha and J. Hermans, Protein Eng. 5, 29 (1992).
11. S. Miertuš, Bioorg. Med. Chem. Lett. 3, 2105 (1993).
12. H. J. C. Berendsen and J. Mavri, in Theoretical Treatments of Hydrogen Bonding, D. Hadzi, Ed. (Wiley, Chichester, 1997), pp. 119-141.
13. J. Mavri, D. van der Spoel, and H. J. C. Berendsen, J. Phys. Chem., to appear.
14. Z. Yu, P. Caldera, F. McPhee, J. J. De Voss, P. R. Jones, A. L. Burlingame, I. D. Kuntz, C. S. Craik, and P. R. O. de Montellano, J. Am. Chem. Soc. 118, 5846 (1996).
15. S. Miertuš, E. Scrocco, and J. Tomasi, J. Chem. Phys. 55, 117 (1981).
16. A. D. Becke, J. Chem. Phys. 98, 5648 (1993).
17. C. Lee, W. Yang, and R. G. Parr, Phys. Rev. B 37, 785 (1988).
18. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, P. M. B. G. Johnson, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, T. Keith, G. A. Petersson, J. A. Montgomery, K. Raghavachari, M. A. Al-Laham, V. G. Zakrzewski, J. V. Ortiz, J. B. Foresman, C. Y. Peng, P. Y. Ayyala, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, E. S. Replogle, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, J. S. Binkley, D. J. Defrees, J. Baker, J. P. Stewart, M. Head-Gordon, C. Gonzalez, and J. A. Pople, Gaussian 94, Revision B. 3 (Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 1995).
19. A. Holder, AMPAC Version 5.0, Semichem, Inc., 7128 Summit, Shawnee, KS 66216, 1996.
20. M. F. Lensink, J. Mavri, and H. J. C. Berendsen, J. Phys. Chem., to appear.