Monte Carlo simulations for proteins: Binding affinities for trypsin-benzamidine complexes via free-energy perturbations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 101, Issue 46, 1997, Pages 9663-9669

  Essex, Jonathan W ^a   Severance, Daniel L ^b   Tirado Rives, Julian ^d   Jorgensen, William L ^c  

^a UNIVERSITY OF SOUTHAMPTON   (United Kingdom)

^b ROCHE BIOSCIENCE   (United States)

^c YALE UNIVERSITY   (United States)

^d NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; COMPUTER SIMULATION; FREE ENERGY; MOLECULAR STRUCTURE; MONTE CARLO METHODS;

BENZAMIDINE; BINDING AFFINITIES; TRYPSIN;

PROTEINS;

EID: 0031275544     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp971990m     Document Type: Article

References (42)

1. Wong, C. F.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 3830.
2. Van Gunsteren, W. F.; King, P. M.; Mark, A, E. Q. Rev. Biophys. 1994, 27, 435.
3. Van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. Eur. J. Biochem. 1992, 204, 947.
4. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14508.
5. Adams, D. J.; Adams, E. M.; Hills, G. J. Mol. Phys. 1979, 38, 387. Kitchen, D. B.; Hirata, F.; Westbrook, J. D.; Levy, R.; Kofke, D.; Yarmush, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 1169. Oda, K.; Miyagawa, H.; Kitamura, K. Mol. Simul. 1996, 16, 167.
6. Adams, D. J.; Adams, E. M.; Hills, G. J. Mol. Phys. 1979, 38, 387. Kitchen, D. B.; Hirata, F.; Westbrook, J. D.; Levy, R.; Kofke, D.; Yarmush, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 1169. Oda, K.; Miyagawa, H.; Kitamura, K. Mol. Simul. 1996, 16, 167.
7. Adams, D. J.; Adams, E. M.; Hills, G. J. Mol. Phys. 1979, 38, 387. Kitchen, D. B.; Hirata, F.; Westbrook, J. D.; Levy, R.; Kofke, D.; Yarmush, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 1169. Oda, K.; Miyagawa, H.; Kitamura, K. Mol. Simul. 1996, 16, 167.
8. Jorgensen, W. L.; Nguyen, T. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 1194. Duffy, E. M.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6337.
9. Jorgensen, W. L.; Nguyen, T. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 1194. Duffy, E. M.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6337.
10. Jorgensen, W. L. Chemtracts: Org. Chem. 1991, 4, 91 and references therein.
11. Dodd, L. R.; Boone, T. D.; Theodorou, D. N. Mol. Phys. 1993, 78, 961. Deem, M. W.; Bader, J. S. Mol. Phys. 1996, 87, 1245.
12. Dodd, L. R.; Boone, T. D.; Theodorou, D. N. Mol. Phys. 1993, 78, 961. Deem, M. W.; Bader, J. S. Mol. Phys. 1996, 87, 1245.
13. Mares-Guia, M.; Nelson, D. L.; Rogana, E. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 2331.
14. Åqvist, J. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1587.
15. Marquait, M.; Walter, J.; Deisenhofer, J.; Bode, W.; Huber, R. Acta Crystallogr. 1983, B39, 480.
16. Bode, W.; Schwager, P. J. Mol. Biol. 1975, 98, 693.
17. Markley, J. L.; Poruscan, M. A. J. Mol. Biol. 1976, 102, 487. Porubscan, M. A.; Neves, D. E.; Rausch, S. K.; Markley, J. L. Biochemistry 1978, 17, 4640. Sakiyama, F.; Kawata, Y. J. Biochem. 1983, 94, 1661.
18. Markley, J. L.; Poruscan, M. A. J. Mol. Biol. 1976, 102, 487. Porubscan, M. A.; Neves, D. E.; Rausch, S. K.; Markley, J. L. Biochemistry 1978, 17, 4640. Sakiyama, F.; Kawata, Y. J. Biochem. 1983, 94, 1661.
19. Markley, J. L.; Poruscan, M. A. J. Mol. Biol. 1976, 102, 487. Porubscan, M. A.; Neves, D. E.; Rausch, S. K.; Markley, J. L. Biochemistry 1978, 17, 4640. Sakiyama, F.; Kawata, Y. J. Biochem. 1983, 94, 1661.
20. Kossiakoff, A. A. Basic Life Sci. 1984, 27, 281.
21. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
22. Essex, J. W.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 1995, 16, 951.
23. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
24. Jorgensen, W. J.; Severance, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4768.
25. Duffy, E. M.; Severance, D. L.; Jorgensen, W. L. Isr. J. Chem. 1993, 33, 323. Jorgensen, W. L.; Laird, E. R.; Nguyen, T. B.; Tirado-Rives, J. J. Comput. Chem. 1993, 14, 206.
26. Duffy, E. M.; Severance, D. L.; Jorgensen, W. L. Isr. J. Chem. 1993, 33, 323. Jorgensen, W. L.; Laird, E. R.; Nguyen, T. B.; Tirado-Rives, J. J. Comput. Chem. 1993, 14, 206.
27. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Head-Gordon, M.; Gill, P. M. W.; Wong, M. W.; Foresman, J. B.; Johnson, B. G.; Schlegel, H. B.; Robb, M. A.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Andres, J. L.; Raghavachari, K.; Binkley, J. S.; Gonzalez, C.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. J. P.; Pople, J. A. GAUSSIAN 92, Revision E.2; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1992.
28. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361.
29. Carlson, H. A.; Nguyen, T. B.; Orozco, M.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1240.
30. Zwanzig, R. W. J. Chem. Phys. 1954, 22, 1420.
31. Jorgensen, W. L.; Ravimohan, C. J. J. Chem. Phys. 1985, 83, 3050.
32. Metropolis, N.; Rosenbluth, A. W.; Rosenbluth, M. N.; Teller, A. H.; Teller, E. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1087.
33. Jorgensen, W. L. MCPRO, Version 1.2; Yale University: New Haven, CT, 1994.
34. Mark, A. E.; van Helden, S. P.; Smith, P. E.; Janssen, L. H. M.; van Gunsteren, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6293.
35. Onsager, L. J. Am. Chem. Soc. 1936, 58, 1486.
36. Warshel, A.; Åqvist, J. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1991, 20, 267. Smith, P. E.; Brunne, R. M.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Phvs. Chem. 1993, 97, 2009. Simonson, T.; Brooks, C. L., III. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8452.
37. Warshel, A.; Åqvist, J. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1991, 20, 267. Smith, P. E.; Brunne, R. M.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Phvs. Chem. 1993, 97, 2009. Simonson, T.; Brooks, C. L., III. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8452.
38. Warshel, A.; Åqvist, J. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1991, 20, 267. Smith, P. E.; Brunne, R. M.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Phvs. Chem. 1993, 97, 2009. Simonson, T.; Brooks, C. L., III. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8452.
39. Weast, R. C. Handbook of Chemistry and Physics; CRC Press: Boca Raton, FL, 1987.
40. Nicholls, A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 1991, 12, 435.
41. Nicholls, A.; Sharp, K. A.; Honig, B. Proteins 1991, 11, 281.
42. Kraulis, P. J. J. Appl. Crystallogr. 1991, 24, 946.