Computational approaches in molecular recognition, self-assembly, electron transport, and surface chemistry

Supramolecular Chemistry

Volumn 19, Issue 4-5, 2007, Pages 229-241

  Yan, Shihai ^a   Lee, Sang Joo ^b   Kang, Sunwoo ^a   Lee, Jin Yong ^a  

^a Sungkyunkwan University   (South Korea)

^b Korea Institute of Science and Technology Information (KISTI)   (South Korea)

Author keywords

Ab initio calculations; Density functional theory; Electron transport; Molecular recognition; Self assembly; Surface

Indexed keywords

EID: 84962345975     PISSN: 10610278     EISSN: 10290478     Source Type: Journal    
DOI: 10.1080/10610270701261547     Document Type: Article

References (238)

1. Irie, M. Chem. Rev. 2000, 100, 1685.
2. Butterfield, S. M.; Rebek, Jr., J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15366.
3. Waltenburg, H. N.; Yates, Jr., J. T. Chem. Rev. 1995, 95, 1589.
4. Wolkow, R. A. Ann. Rev. Phys. Chem. 1999, 50, 413.
5. Hahn, J. R.; Jeong, S. J. Chem. Phys. 2005, 123, 244702.
6. Lehn, J. M. Proc. Natl. Acta. Sci. USA 2002, 99, 4763.
7. Kim, S. J.; Jo, M. G.; Lee, J. Y.; Kim, B. H. Org. Lett. 2004, 6, 1963.
8. Kim, D.; Paek, J. H.; Jun, M. J.; Lee, J. Y.; Kang, S. O.; Ko J. Inorg. Chem. 2005, 44, 7886.
9. Liu, Y.; Chen, Y. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 681.
10. Turro, N. J. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 637.
11. Kahn, O. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 647.
12. Hicks, R. G.; Lemaire, M. T.; Ohrstrom, L.; Richardson, J. F.; Thompson, L. K.; Xu, Z. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7154.
13. Marx-Tibbon, S.; Ben-Dov, I.; Willner, I. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4717.
14. Rangan, K. K.; Trikalitis, P. N.; Kanatzidis, M. G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10230.
15. Hajjaj, F.; Yoon, Z. S.; Yoon, M. -C.; Park, J.; Satake, A.; Kim, D.; Kobuke, Y. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4612.
16. Yagai, S.; Karatsu, T.; Kitamura, A. Chem. Eur. J. 2005, 11, 4054.
17. Roigk, A.; Yescheulova, O. V.; Fedorov, Y. V.; Fedorova, O. A.; Gromov, S. P.; Schneider, H. -J. Org. Lett. 1999, 1, 833.
18. Fiammengo, R.; Bruinink, C. M.; Crego-Calama, M.; Reinhoudt, D. N. J. Org. Chem. 2002, 67, 8552.
19. Xu, F.; Zhen, G.; Yu, F.; Kuennemann, E.; Textor, M.; Knoll, W. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13084.
20. Jones, A. S.; Rule, J. D.; Moore, J. S.; White, S. R.; Sottas, N. R. Chem. Mater. 2006, 18, 1312.
21. Janata, J.; Josowicz, M.; Vanysek, P.; DeVaney, D. M. Anal. Chem. 1998, 70, 179.
22. McQuade, D. T.; Pullen, A. E.; Swager, T. M. Chem. Rev. 2000, 100, 2537.
23. Shughart, E. L.; Ahsan, K.; Detty, M. R.; Bright, F. V. Anal. Chem. 2006, 78, 3165.
24. Uemura, T.; Kitagawa, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7814.
25. Uemura, T.; Hoshino, Y.; Kitagawa, S.; Yoshida, K.; Isoda, S. Chem. Mater. 2006, 18, 992.
26. Horike, S.; Matsuda, R.; Tanaka, D.; Mizuno, M.; Endo, K.; Kitagawa, S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4222.
27. Perles, J.; Iglesias, M.; Martin-Luengo, M. -A.; Monge, M. A.; Ruiz-Valero, C.; Snejko, N. Chem. Mater. 2005, 17, 5837.
28. Amico, V.; Meille, S. V.; Corradi, E.; Messina, M. T.; Resnati, G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8261.
29. Kim, H. -J.; Bampos, N.; Sanders, J. K. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8120.
30. Nakash, M.; Goldvaser, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3436.
31. Zhu, S. S.; Carroll, P. J.; Swager, T. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8713.
32. Radhakrishnan, U.; Schweiger, M.; Stang, P. J. Org. Lett. 2001, 3, 3141.
33. Crowley, J. D.; Steele, I. M.; Bosnich, B. Inorg. Chem. 2005, 2989.
34. Lee, S. J.; Mhin, B. J.; Cho, S. J.; Lee, J. Y.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1129.
35. Kim, K. S.; Lee, J. Y.; Lee, S. J.; Ha, T. -K.; Kim, D. -H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 7399.
36. Kim, K. S.; Lee, J. Y.; Choi, H. S.; Kim, J.; Jang, J. H. Chem. Phys. Lett. 1997, 265, 497.
37. Tarakeshwar, P.; Lee, S. J.; Lee, J. Y.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7217.
38. Tarakeshwar, P.; Lee, S. J.; Lee, J. Y.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. B 1998, 103, 184.
39. Tarakeshwar, P.; Choi, H. S.; Lee, S. J.; Lee, J. Y.; Kim, K. S.; Ha, T. -K.; Jang, J. H.; Lee, J. G.; Lee, H. J. Chem. Phys. 1999, 111, 5838.
40. Kim, K. S.; Tarakeshwar, P.; Lee, J. Y. Chem. Rev. 2000, 100, 4145.
41. Oh, K. S.; Cha, S. -S.; Kim, D. -H.; Cho, H. -S.; Ha, N. -C.; Choi, G.; Lee, J. Y.; Tarakeshwar, P.; Son, H. S.; Choi, K. Y.; Oh, B. -H.; Kim, K. S. Biochemistry 2000, 39, 13891.
42. Wu, Y. -D.; Wang, D. -F.; Sessler, J. L. J. Org. Chem. 2001, 66, 3739.
43. Hong, B. H.; Lee, J. Y.; Lee, C. -W.; Kim, J. C.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10748.
44. Kim, K. S.; Kim, D.; Lee, J. Y.; Tarakeshwar, P.; Oh, K. S. Biochemistry 2002, 41, 5300.
45. Lee, J. Y.; Mhin, B. J.; Mukamel, S.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2003, 119, 7519.
46. Ruseckas, A.; Namdas, E. B.; Lee, J. Y.; Mukamel, S.; Wang, S.; Bazan, G. C.; Sundström, V. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8029.
47. Lee, J. Y.; Kim, J.; Lee, K. Y.; Kim, J. N. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5678.
48. Lee, M. J.; Lee, K. Y.; Lee, J. Y.; Kim, J. N. Org. Lett. 2004, 6, 3313.
49. Choi, Y. C.; Kim, W. Y.; Park, K. -S.; Tarakeshwar, P.; Kim, K. S.; Kim, T. -S.; Lee, J. Y. J. Chem. Phys. 2005, 122, 094760.
50. Gale, P. A.; Sessler, J. L.; Kral, V.; Kral, V.; Lynch, V. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 5140.
51. Allen, W. E.; Gale, P. A.; Brown, C. T.; Lynch, V. M.; Sessler, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12471.
52. Sessler, J. L.; Wang, R. J. Org. Chem. 1998, 63, 4079.
53. Andrievsky, A.; Ahuis, F.; Sessler, J. L.; Vogtle, F.; Gudat, D.; Moini, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9712.
54. Anzenbacher, Jr., P.; Jursikova, K.; Lynch, V. M.; Gale, P. A.; Sessler, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11020.
55. Rhee, S. K.; Kim, S. H.; Lee, S.; Lee, J. Y. Chem. Phys. 2004, 297, 21.
56. Nielsen, K. A.; Cho, W. -S.; Jeppesen, J. O.; Lynch, V. M.; Becher, J.; Sessler, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16296.
57. Kim, S. K.; Lee, S. H.; Lee, J. Y.; Lee, J. Y.; Bartsch, R. A.; Kim, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16499.
58. Kim, W. S.; Kim, J.; Park, J. K.; Mukamel, S.; Rhee, S. K.; Choi, Y. K.; Lee, J. Y. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 2686.
59. Sessler, J. L.; Cho, W. -S.; Gross, D. E.; Shriver, J. A.; Lynch, V. M.; Marquez, M. J. Org. Chem. 2005, 70, 5982.
60. Sessler, J. L.; Katayev, E.; Pantos, G. D.; Scherbakov, P.; Reshetova, M. D.; Khrustalev, V. N.; Lynch, V. M.; Ustynyuk, Y. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11442.
61. Miyaji, H.; Kim, H. -K.; Sim, E. -K.; Lee, C. -K.; Cho, W. -S.; Sessler, J. L.; Lee, C. -H. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12510.
62. Sessler, J. L.; Pantos, G. D.; Gale, P. A.; Light, M. E. Org. Lett. 2006, 8, 1593.
63. Sessler, J. L.; Gross, D. E.; Cho, W. -S.; Lynch, V. M.; Schmidtchen, F. P.; Bates, G. W.; Light, M. E.; Gale, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12281.
64. Ozerov, O. V.; Watson, L. A.; Pink, M.; Caulton, K. G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9604.
65. Ireta, J.; Neugebauer, J.; Scheffler, M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5692.
66. Lee, I.; Zaera, F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12174.
67. Tercero, J.; Diaz, C.; Ribas, J.; Ruiz, E.; Mahia, J.; Maestro, M. Inorg. Chem. 2002, 41, 6780.
68. Gobetto, R.; Nervi, C.; Valfre, E.; Chierotti, M. R.; Braga, D.; Maini, L.; Grepioni, F.; Harris, R. K.; Ghi, P. Y. Chem. Mater. 2005, 17, 1457.
69. Burkert, U.; Allinger, N. L. Molecular Mechanics; ACS Monograph 177 American Chemical Society: Washington, DC, 1982.
70. Panagiotopoulos, A. Z. Mol. Phys. 1987, 61, 813.
71. Panagiotopoulos, A. Z.; Quirke, N.; Stapleton, M.; Tildesley, D. J. Mol. Phys. 1988, 63, 527.
72. Smit, B.; de Smedt, P.; Frenkel, D. Mol. Phys. 1989, 68, 931.
73. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
74. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomsi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117.
75. Miertus, S.; Tomsi, J. Chem. Phys. 1982, 65, 239.
76. Cossi, M.; Barone, V.; Cammi, R.; Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 255, 327.
77. Rahman, A.; Stillinger, F. H. J. Chem. Phys. 1971, 55, 3336.
78. Stillinger, F. H.; Rahman, A. J. Chem. Phys. 1974, 60, 1545.
79. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F; Hermans, J In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; D. Reidel Publishing Company: Dordrecht, The Netherlands, 1981; p 331.
80. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335.
81. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
82. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269.
83. Karlström, G.; Linse, P.; Wallqvist, A.; Jönsson, B. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 3777.
84. Åstand, P. -O.; Wallqvist, A.; Karlström, G. J. Chem. Phys. 1994, 100, 1262.
85. Åstand, P. -O.; Linse, P.; Karlström, G. Chem. Phys. 1995, 192, 195.
86. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
87. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. E.; Kollman, P. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
88. Hobza, P.; Kabeláč, M.; Šponer, J.; Mejzlík, P.; Vondrášek, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 5179.
89. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157.
90. Chandler, D.; Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1972, 57, 1930.
91. Hirata, F.; Rossky, P. J. Chem. Phys. Lett. 1981, 83, 329.
92. Hirata, F.; Pettitt, B. M.; Rossky, P. J. J. Chem. Phys. 1982, 77, 509.
93. Hirata, F.; Rossky, P. J.; Pettitt, B. M. J. Chem. Phys. 1983, 78, 4133.
94. Imai, T.; Hiraoka, A.; Kovalenko, A.; Hirata, F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15334.
95. Kovalenko, A.; Hirata, F. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7942.
96. Kovalenko, A.; Hirata, F. J. Chem. Phys. 1999, 110, 10095.
97. Yoshida, N.; Phongphanphanee, S.; Maruyama, Y.; Imai, T.; Hirata, F. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12042.
98. Gao J. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 298.
99. Lipkowitz, K. B. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 555.
100. Chen, B.; Ivanov, I.; Park, J. M.; Parrinello, M.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 12006.
101. Cubero, E.; Luque, F. J.; Orozco, M.; Gao, J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 1664.
102. Lee, C.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 20397.
103. Juers, D. H.; Kim, J.; Matthews, B. W.; Sieburth, S. M. Biochemistry 2005, 44, 16524.
104. Ishida, T.; Hirata, F.; Sato, H.; Kato, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2045.
105. Harano, Y.; Sato, H.; Hirata, F. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2289.
106. Lee, J. Y.; Yoshida, N.; Hirata, F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 16018.
107. Kim, S. H.; Ahn, S. J.; Kim, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 7174.
108. No, K. T.; Nam, K. -Y.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12917.
109. Jung, H. H.; Won, Y. D.; Shin, S.; Kim, K. Langmuir 1999, 15, 1147.
110. Joo, S. W.; Han, S. W.; Kim, K. J. Phys. Chem. B 1999, 203, 10831.
111. Joo, S. W.; Han, S. W.; Kim, K. J. Phys. Chem. B 2000, 204, 6218.
112. Cho, K. -H.; No, K. T.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. A 2000, 204, 6505.
113. Han, S. W.; Joo, S. W.; Ha, T. H.; Kim, Y.; Kim, K. J. Phys. Chem. B 2000, 204, 11987.
114. Suh, S. B.; Cui, C.; Son, H. S.; U, J. S.; Won, Y.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2061.
115. Kim, Y.; Kim, J.; Kim, K. H. J. Phys. Chem. A 2003, 207, 301.
116. Weber, P. C.; Wendoloski, J. J.; Pantoliano, M. W.; Salemme, F. R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 124, 3197.
117. Hegde, V.; Hung, C. -Y.; Madhukar, P.; Cunningham, R.; Höpfner, T.; Thummel, R. P. J. Am. Chem. Soc. 1993, 225, 872.
118. Sano, T.; Cantor, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 3180.
119. Jeffrey, G. A.; Saenger, W.; Hydrogen Bonding in Biological Structures, Springer-Verlag: Berlin, 1991.
120. Lohr, H. G.; Vogtle, F. Acc. Chem. Res. 1985, 28, 65.
121. Czarnik, A. W. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 302.
122. deSilva, A. P.; Gunaratne, H. Q. N.; Gunnlaugsson, T.; Huxley, A. T. M.; McCoy, C. P.; Rademacher, J. T.; Rice, T. E. Chem. Rev. 1997, 97, 1515.
123. Prodi, L.; Bolletta, F.; Montalti, M.; Zaccheroni, N. Coord. Chem. Rev. 2000, 205, 59.
124. McMorrow, D.; Thantu, N.; Melinger, J. S.; Kim, S. K.; Lotshaw, W. T. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10389.
125. Riehn, C.; Degen, A.; Weichert, A.; Bolte, M.; Egert, E.; Brutschy, B.; Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 11593.
126. Riehn, C.; Matylitsky, V. V.; Jarzeba, W.; Brutschy, B.; Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 225, 16455.
127. Kim, S. J.; Kim, T. G.; Ah, C. S.; Kim, K.; Jang, D. -J. J. Phys. Chem. B 2004, 208, 880.
128. Cho, E. J.; Moon, J. W.; Ko, S. W.; Lee, J. Y.; Kim, S. K.; Yoon, J.; Nam, K. C. J., Am. Chem. Soc. 2003, 225, 12376.
129. Winnik, F. M. Chem. Rev. 1993, 93, 587.
130. Yang, J. -S.; Lin, C. -S.; Hwang, C. -L. Org. Lett. 2001, 3, 889.
131. Beer, P. D.; Timoshenko, V.; Passaniti, P.; Balzani, V. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1995, 1755.
132. Miao, R.; Zheng, Q. -Y.; Chen, C. -F.; Huang, Z. -T. Tetrahedron Lett. 2004, 45, 4959.
133. Beer, P. D.; Drew, M. G. B.; Hesek, D.; Shade, M.; Szemes, F. Chem. Commun. 1996, 2161.
134. Kim, S. K.; Bok, J. H.; Bartsch, R. A.; Lee, J. Y.; Kim, J. S. Org. Lett. 2005, 7, 4839.
135. Kim, J. Y.; Kim, G.; Kim, C. R.; Lee, S. H.; Lee, J. H.; Kim, J. S. J. Org. Chem. 2003, 68, 1933.
136. Kim, H. J.; Kim, S. K.; Lee, J. Y.; Kim, J. S. J. Org. Chem. 2006, 71, 6611.
137. Mukamel, S.; Wang, H. X. Phys. Rev. Lett. 1992, 69, 65.
138. Mukamel, S.; Takahashi, A.; Wang, H. X.; Chen, G. Science 1994, 266, 250.
139. Takahashi, A.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1994, 200, 2366.
140. Tretiak, S.; Chernyak, V.; Mukamel, S. Chem. Phys. Lett. 1996, 259, 55.
141. Mukamel, S.; Tretiak, S.; Wagersreiter, T.; Chernyak, V. Science 1997, 277, 781.
142. Tretiak, S.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 229, 11408.
143. Tertiak, S.; Chernyak, V.; Mukamel, S. Int. J. Quant. Chem. 1998, 70, 711.
144. Tretiak, S.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3310.
145. Bazan, G. C.; Oldham, Jr., W. J.; Lachicotte, R. J.; Tretiak, S.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9188.
146. Chernyak, V.; Schultz, M. F.; Mukamel, S.; Tretiak, S.; Tsiper, E. V. J. Chem. Phys. 2000, 123, 36.
147. Tretiak, S.; Middleton, C.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4519.
148. Tretiak, S.; Saxena, A.; Martin, R. L.; Bishop, A. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7029.
149. Tretiak, S.; Middleton, C.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9540.
150. Zyss, J.; Ledoux, I.; Volkov, S.; Chernyak, V.; Mukamel, S.; Bartholomew, G. P.; Bazan, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11956.
151. Toury, T.; Zyss, J.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5692.
152. Lee, J. Y.; Cho, E. J.; Mukamel, S.; Nam, K. C. J. Org. Chem. 2004, 69, 943.
153. McWeeny Phys. Rev. 1962, 226, 1028.
154. Ditchfield, R. Mol. Phys. 1974, 27, 789.
155. Dodds, J. L.; McWeeny, R.; Sadlej, A. J. Mol. Phys. 1980, 41, 1419.
156. Wolinski, K.; Hilton, J. F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc. 1990, 222, 8251.
157. Frish, A.; Frish, M. J.;, et al.Gaussian 98 User's Reference; Gaussian, Inc. Pittsburgh, PA, 1998.
158. Lee, S. J.; Lee, S. S.; Lee, J. Y.; Jung, J. H. Chem. Mater. 2006, 28, 4713.
159. Johnson, D. W.; Raymond, K. N. Inorg. Chem. 2001, 40, 5157.
160. Campos-Fernandez, C. S.; Schottel, B. L.; Chifotides, H. T.; Bera, J. K.; Bacsa, J.; Koomen, J. M.; Russell, D. H.; Dunbar, K. R. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12909.
161. Kim, J. H.; Lindeman, S. V.; Kochi, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2001, 223, 4951.
162. Plass, K. E.; Kim, K.; Matzger, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 226, 9042.
163. An, K.; Lee, N.; Park, J.; Kim, S. C.; Hwang, Y.; Park, J. -G.; Kim, J. -Y.; Park, J. -H.; Han, M. J.; Yu, J.; Hyeon, T. J. Am. Chem. Soc. 2006, 228, 9753.
164. Kim, J.; Chen, B.; Reineke, T. M.; Li, H.; Eddaoudi, M.; Moler, D. B.; O'Keeffe, M.; Yaghi, O. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 223, 8239.
165. Chae, H. K.; Eddaoudi, M.; Kim, J.; Hauck, S. I.; Hartwig, J. F.; O'Keeffe, M.; Yaghi, O. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11482.
166. Eddaoudi, M.; Kim, J.; O'Keeffe, M.; Yaghi, O. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 224, 376.
167. Kim, K. S.; Suh, S. B.; Kim, J. C.; Hong, B. H.; Lee, E. C.; Yun, S.; Tarakeshwar, P.; Lee, J. Y.; Kim, Y.; Ihm, H.; Kim, H. G.; Lee, J. W.; Kim, J. K.; Lee, H. M.; Kim, D.; Cui, C.; Youn, S. J.; Chung, H. Y.; Choi, H. S.; Lee, C. -W.; Cho, S. J.; Jeong, S.; Cho, J. -H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14268.
168. Rosi, N. L.; Kim, J.; Eddaoudi, M.; Chen, B.; O'Keeffe, M.; Yaghi, O. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1504.
169. Lee, S. J.; Lee, S. S.; Kim, J. S.; Lee, J. Y.; Jung, J. H. Chem. Mater. 2005, 17, 6517.
170. Cho, E. J.; Kang, J. K.; Kang, S.; Lee, J. Y.; Jung, J. H. Bull. Korean Chem. Soc. 2006, 27, 1881.
171. MacGillivray, L. R.; Atwood, J. L. Nature 1997, 389, 469.
172. Cheetham, A. K.; FeÂrey, G.; Loiseau, T. Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 3268.
173. Yaghi, O. M.; O'Keeffe, M.; Ockwig, N. W.; Chae, H. K.; Eddaoudi, M.; Kim, J. Nature 2003, 423, 705.
174. Fujita, M.; Tominaga, M.; Hori, A.; Therien, B. Acc. Chem. Res. 2005, 38, 369.
175. Liu, Y. L.; Kravtsov, V. C.; Beauchamp, D. A.; Eubank, J. F.; Eddaoudi, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7266.
176. Reed, M. A.; Zhou, C.; Muller, C. J.; Burgin, T. P.; Tour, J. M. Science 1997, 278, 252.
177. Goldhaber-Gordon, D.; Montemerlo, M. S.; Love, J. C.; Opiteck, G. J.; Ellenbogen, J. C. Proc. IEEE 1997, 85, 521.
178. Ellenbogen, J. C.; Love, J. C. Proc. IEEE 2000, 88, 386.
179. Joachim, C.; Gimzewski, J. K.; Aviram, A. Nature 2000, 408, 541.
180. Katz, H. E.; Bao, Z. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 671.
181. Tour, J. M. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 791.
182. Seminario, J. M.; Zacarias, A. G.; Tour, J. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3015.
183. Ventra, M. D.; Pantelides, S. T.; Lang, N. D. Appl. Phys. Lett. 2000, 76, 3448.
184. Tseng, G. Y.; Ellenbogen, J. C. Science 2001, 294, 1293.
185. Reed, M. A.; Chen, J.; Rawlett, A. M.; Price, D. W.; Tour, J. M. Appl. Phys. Lett. 2001, 78, 3735.
186. Capasso, F.; Kiehl, R. J. Appl. Phys. 1985, 58, 1366.
187. Bawendi, M. G.; Wilson, W. L.; Rothberg, L.; Carroll, P. J.; Jedju, T. M.; Steigerwald, M. L.; Brus, L. E. Phys. ReV. Lett. 1990, 65, 1623.
188. Kastner, M. A. ReV. Mod. Phys. 1992, 64, 849.
189. Klein, D. L.; McEuen, P. L.; Katari, J. E. B.; Roth, R.; Alivisatos, A. P. Appl. Phys. Lett. 1996, 68, 2574.
190. Tour, J. M.; Wu, R.; Schumm, J. S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7064.
191. Mujica, V.; Kemp, M.; Ratner, M. A. J. Chem. Phys. 1994, 202, 6849.
192. Schumm, J. S.; Pearson, D. L.; Tour, J. M. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 1360.
193. Mujica, V.; Kemp, M.; Ratner, M. A. J. Chem. Phys. 1994, 202, 6856.
194. Lee, J. Y.; Kim, K. S.; Mhin, B. J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9484.
195. Lee, J. Y.; Mhin, B. J.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. A 2003, 207, 3577.
196. Yi, H. -B.; Duan, X. -H.; Lee, J. Y.; Lee, H. M.; Li, X. -Y.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2003, 129, 8854.
197. Eley, D. D.; Spivey, D. I. Trans. Faraday Soc. 1962, 58, 411.
198. Fink, H. W.; Schonenberger, C. Nature 1999, 398, 407.
199. Rathore, R.; Abdelwahed, S. H.; Guzei, I. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8712.
200. Kim, H. J.; Park, K. -M.; Ahn, T. K.; Kim, S. K.; Kim, K. S.; Kim, D.; Kim, H. -J. Chem. Commun. 2004, 2594.
201. Lee, J. Y.; Lee, S. J.; Kim, H. J.; Kim, H. J. J. Phys. Chem. B 2006, 220, 5337.
202. Whitesides, G. M. Sci. Am. 1995, 273, 146.
203. Larson, L. E. J. Vac. Sci. Technol. B 1998, 26, 1541.
204. Stewart, M. P.; Buriak, J. M. Angew. Chem. Int. Ed. 1998, 37, 3257.
205. Meyerson, B. S. IBM J. Res. Dev. 2000, 44, 391.
206. Bent, S. F. Surf. Sci. 2002, 500, 879.
207. Choi, J. -H.; Cho, J. H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 228, 11340.
208. Choi, J. -H.; Cho, J. H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 228, 3890.
209. Jang, S. H.; Jeong, S.; Hahn, J. R. J. Phys. Chem. C 2007, 222, 340.
210. Jeong, H.; Jeong, S.; Jang, S. H.; Seo, J. M.; Hahn, J. R. J. Phys. Chem. B 2006, 220, 15912.
211. Gurevich, A. B.; Stefanov, B. B.; Weldon, M. K.; Chabal, Y. J.; Raghavachari, K. Phys. Rev. B 1998, 58, R13434.
212. Weldon, M. K.; Queeney, K. T.; Gurevich, A. B.; Stefanov, B. B.; Chabal, Y. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Phys. 2000, 223, 2440.
213. Widjaja, Y.; Mysinger, M. M.; Musgrave, C. B. J. Phys. Chem. B 2000, 204, 2527.
214. Cao, X.; Hamers, R. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10988.
215. Carman, A. J.; Zhang, L.; Liswood, J. L.; Casey, S. M. J. Phys. Chem. B 2003, 207, 5491.
216. Lu, X.; Zhang, Q.; Lin, M. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 2156.
217. Mui, C.; Han, J. H.; Wang, G. T.; Musgrave, C. B.; Bent, S. F. J. Am. Chem. Soc. 2002, 224, 4027.
218. Shannon, C.; Campion, A. Surf. Sci. 1990, 227, 219.
219. Choi, C. H.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 224, 6162.
220. Nishijima, M.; Yoshinobu, J.; Tsuda, H.; Onchi, M. Surf. Sci. 1987, 192, 383.
221. Yoshinobu, J.; Tsuda, H.; Onchi, M.; Nishijima, M. J. Chem. Phys. 1987, 87, 7332.
222. Taylor, P. A.; Wallace, R. M.; Cheng, C. C.; Weinberg, W. H.; Dresser, M. J.; Choyke, W. J.; Yates, Jr., J. T. J. Am. Chem. Soc. 1992, 224, 6754.
223. Li, L.; Tindall, C.; Takaoka, O.; Hasegawa, Y.; Sakurai, T. Phys. ReV B 1997, 56, 4648.
224. Imamura, Y.; Morikawa, Y.; Yamasaki, T.; Nakasuji, H. Surf. Sci. 1995, 342, L1091.
225. Liu, Q.; Hoffmann, R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 227, 4082.
226. Mezhenny, S.; Lyubinetsky, L.; Choyke, W. J.; Wolkow, R. A.; Yates, Jr., J. T. Chem. Phys. Lett. 2001, 344, 7.
227. Sorescu, D. C.; Jordan, K. D. J. Phys. Chem. A 2000, 204, 8259.
228. Silvestrelli, P. L.; Pulci, O.; Palummo, M.; DelSole, R.; Ancilotto, F. Phys. ReV. B 2003, 68, 235306.
229. Rintelman, J. M.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. B 2004, 208, 7820.
230. Lee, M. V.; Guo, D.; Linford, M. R.; Zuilhof, H. Langmuir 2004, 20, 9108.
231. Hovis, J. S.; Liu, H. B.; Hamers, R. J. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6873.
232. Choi, C. H.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11311.
233. Choi, C. H.; Gordon, M. S. In The Chemistry of Organic Silicon Compounds; Rappoport, Z., Apeloig, Y., Eds.; John Wiley & Sons: New York, 2001; vol. 3, chapter 15, pp 821-852.
234. Choi, C. H.; Gordon, M. S. In Computational Materials Chemistry: Methods and Applications; Curtiss, L. A., Gordon, M. S., Eds.; Kluwer Academic Publishers: Berlin, 2004; ch. 4, pp 125-190.
235. Minary, P.; Tuckerman, M. E. J. Am. Chem. Soc. 2004, 226, 13920.
236. Minary, P.; Tuckerman,M. E. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1110.
237. Lee, H. S.; Choi, C. H.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 227, 8485.
238. Lee, H. S.; Choi, C. H.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. B 2005, 209, 5067.