Filming biomolecular processes by high-speed atomic force microscopy

Chemical Reviews

Volumn 114, Issue 6, 2014, Pages 3120-3188

  Ando, Toshio ^a,b   Uchihashi, Takayuki ^a,b   Scheuring, Simon ^c  

^a KANAZAWA UNIVERSITY   (Japan)

^b JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY   (Japan)

^c Université Aix Marseille   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOCHEMISTRY; MICA; NANOCANTILEVERS;

APPLICATION STUDIES; ATOMICALLY FLAT SURFACE; BIOMOLECULAR PROCESS; CANTILEVER DEFLECTION; COOPERATIVE BINDING; NON-CONTACT MODE; SUBSTRATE SURFACE; TIP-SAMPLE INTERACTION;

ATOMIC FORCE MICROSCOPY;

ACTIN; LYSOZYME; MEMBRANE PROTEIN; MOLECULAR MOTOR; PROTEIN; PROTON TRANSPORTING ADENOSINE TRIPHOSPHATASE;

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; BACTERIUM; CHEMISTRY; ENZYMOLOGY; EQUIPMENT; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; REVIEW;

ACTINS; BACTERIA; MEMBRANE PROTEINS; MICROSCOPY, ATOMIC FORCE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MOLECULAR MOTOR PROTEINS; MURAMIDASE; PROTEINS; PROTON-TRANSLOCATING ATPASES;

EID: 84896608413     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr4003837     Document Type: Review

References (380)

1. Betzig, E.; Chichester, R. J. Science 1993, 262, 1422
2. Funatsu, T.; Harada, Y.; Tokunaga, M.; Saito, K.; Yanagida, T. Nature 1995, 374, 555
3. Moerner, W. E.; Kador, L. Phys. Rev. Lett. 1989, 62, 2535
4. Orrit, M.; Bernard, J. Phys. Rev. Lett. 1990, 65, 2716
5. Block, S. M.; Goldstein, L. S. B.; Schnapp, B. J. Nature 1990, 348, 348
6. Finer, J. T.; Simmons, R. M.; Spudich, J. A. Nature 1994, 368, 113
7. Huang, B.; Bates, M.; Zhuang, X. W. Annu. Rev. Biochem. 2009, 78, 993
8. Willig, K. I.; Rizzoli, S. O.; Westphal, V.; Jahn, R.; Hell, S. W. Nature 2006, 440, 935
9. Betzig, E.; Patterson, G. H.; Sougrat, R.; Lindwasser, O. W.; Olenych, S.; Bonifacino, J. S.; Davidson, M. W.; Lippincott-Schwartz, J.; Hess, H. F. Science 2006, 313, 1642
10. de Jonge, N.; Ross, F. M. Nat. Nanotechnol. 2011, 6, 695
11. Binnig, G.; Quate, C. F.; Gerber, C. Phys. Rev. Lett. 1986, 56, 930
12. Müller, D. J.; Dufrêne, Y. F. Nat. Nanotechnol. 2008, 3, 261
13. Müller, D. J.; Helenius, J.; Alsteens, D.; Dufrêne, Y. F. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 383
14. Müller, D. J.; Janovjak, H.; Lehto, T.; Kuerschner, L.; Anderson, K. Prog. Biophys. Mol. Biol. 2002, 79, 1
15. Scheuring, S.; Sturgis, J. N. Science 2005, 309, 484
16. Nakajima, H.; Kunioka, Y.; Nakano, K.; Shimizu, K.; Seto, M.; Ando, T. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1997, 234, 178
17. Williams, P. M.; Fowler, S. B.; Best, R. B.; Toca-Herrera, J. L.; Scott, K. A.; Steward, A.; Clarke, J. Nature 2003, 422, 446
18. Dague, E.; Alsteens, D.; Latgé, J. P.; Verbelen, C.; Raze, D.; Baulard, A. R.; Dufrêne, Y. F. Nano Lett. 2007, 7, 3026
19. Touhami, A.; Nysten, B.; Dufrêne, Y. F. Langmuir 2003, 19, 4539
20. Stewart, M. P.; Helenius, J.; Toyoda, Y.; Ramanathan, S. P.; Müller, D. J.; Hyman, A. A. Nature 2011, 469, 226
21. Ando, T. In Control Technologies for Emerging Micro and Nanoscale Systems; Eleftheriou, E.; Moheimani, S. O. R., Eds.; Springer-Verlag: Berlin, Heidelberg, 2011; pp 1-16.
22. Ando, T.; Uchihashi, T.; Kodera, N.; Yamamoto, D.; Miyagi, A.; Taniguchi, M.; Yamashita, H. Pfluegers Arch.-Eur. J. Physiol. 2008, 456, 211
23. Ando, T.; Uchihashi, T.; Fukuma, T. Prog. Surf. Sci. 2008, 83, 337
24. Ando, T.; Uchihashi, T.; Kodera, N.; Miyagi, A.; Nakakita, R.; Yamashita, H.; Sakashita, M. Jpn. J. Appl. Phys. 2006, 45, 1897
25. Ando, T.; Kodera, N.; Takai, E.; Maruyama, D.; Saito, K.; Toda, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 12468
26. Viani, M. B.; Pietrasanta, L. I.; Thompson, J. B.; Chand, A.; Gebeshuber, I. C.; Kindt, J. H.; Richter, M.; Hansma, H. G.; Hansma, P. K. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 644
27. Ando, T. Nanotechnology 2012, 23, 062001
28. Ando, T.; Uchihashi, T.; Kodera, N. Annu. Rev. Biophys. 2013, 42, 393
29. Ando, T. FEBS Lett. 2013, 587, 997
30. Yokokawa, M.; Wada, C.; Ando, T.; Sakai, N.; Yagi, A.; Yoshimura, S. H.; Takeyasu, K. EMBO J. 2006, 25, 4567
31. Crampton, N.; Yokokawa, M.; Dryden, D. T. F.; Edwardson, J. M.; Rao, D. N.; Takeyasu, K.; Yoshimura, S. H.; Henderson, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 12755
32. Miyagi, A.; Tsunaka, Y.; Uchihashi, T.; Mayanagi, K.; Hirose, S.; Morikawa, K.; Ando, T. ChemPhysChem 2008, 9, 1859
33. Sugasawa, H.; Sugiyama, Y.; Morii, T.; Okada, T. Jpn. J. Appl. Phys. 2008, 47, 6168
34. Yamamoto, D.; Uchihashi, T.; Kodera, N.; Ando, T. Nanotechnology 2008, 19, 384009
35. Yamashita, H.; Voïtchovsky, K.; Uchihashi, T.; Contera, S. A.; Ryan, J. F.; Ando, T. J. Struct. Biol. 2009, 167, 153
36. Igarashi, K.; Koivula, A.; Wada, M.; Kimura, S.; Penttilä, M.; Samejima, M. J. Biol. Chem. 2009, 284, 36186
37. Shinozaki, Y.; Sumitomo, K.; Tsuda, M.; Koizumi, S.; Inoue, K.; Torimitsu, K. PLoS Biol. 2009, 7, e1000103
38. Yamamoto, D.; Nagura, N.; Omote, S.; Taniguchi, M.; Ando, T. Biophys. J. 2009, 97, 2358
39. Casuso, I.; Sens, P.; Rico, F.; Scheuring, S. Biophys. J. 2010, 99, L47
40. Gilmore, J. L.; Suzuki, Y.; Tamulaitis, G.; Siksnys, V.; Takeyasu, K.; Lyubchenko, Y. L. Biochemistry 2009, 48, 10492
41. Shinozaki, Y.; Sumitomo, K.; Furukawa, K.; Miyashita, H.; Tamba, Y.; Kasai, N.; Nakashima, H.; Torimitsu, K. Appl. Phys. Express 2010, 3, 027002
42. Casuso, I.; Kodera, N.; Le Grimellec, C.; Ando, T.; Scheuring, S. Biophys. J. 2009, 97, 1354
43. Yokokawa, M.; Carnally, S. M.; Henderson, R. M.; Takeyasu, K.; Edwardson, J. M. FEBS Lett. 2010, 584, 3107
44. Shibata, M.; Yamashita, H.; Uchihashi, T.; Kandori, H.; Ando, T. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 208
45. Giocondi, M. C.; Yamamoto, D.; Lesniewska, E.; Milhiet, P. E.; Ando, T.; Le Grimellec, C. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2010, 1798, 703
46. Sugimoto, S.; Yamanaka, K.; Nishikori, S.; Miyagi, A.; Ando, T.; Ogura, T. J. Biol. Chem. 2010, 285, 6648
47. Milhiet, P. E.; Yamamoto, D.; Berthoumieu, O.; Dosset, P.; Le Grimellec, C.; Verdier, J. M.; Marchal, S.; Ando, T. PLoS One 2010, 5, e13240
48. Kodera, N.; Yamamoto, D.; Ishikawa, R.; Ando, T. Nature 2010, 468, 72
49. Shibata, M.; Uchihashi, T.; Yamashita, H.; Kandori, H.; Ando, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 4410
50. Yokokawa, M.; Takeyasu, K. FEBS J. 2011, 278, 3025
51. Suzuki, A.; Hori, T.; Nishino, T.; Usukura, J.; Miyagi, A.; Morikawa, K.; Fukagawa, T. J. Cell Biol. 2011, 193, 125
52. Uchihashi, T.; Iino, R.; Ando, T.; Noji, H. Science 2011, 333, 755
53. Miyagi, A.; Ando, T.; Lyubchenko, Y. L. Biochemistry 2011, 50, 7901
54. Suzuki, Y.; Gilmore, J. L.; Yoshimura, S. H.; Henderson, R. M.; Lyubchenko, Y. L.; Takeyasu, K. Biophys. J. 2011, 101, 2992
55. Sanchez, H.; Suzuki, Y.; Yokokawa, M.; Takeyasu, K.; Wyman, C. Integr. Biol. 2011, 3, 1127
56. Laisne, A.; Ewald, M.; Ando, T.; Lesniewska, E.; Pompon, D. Bioconjugate Chem. 2011, 22, 1824
57. Igarashi, K.; Uchihashi, T.; Koivula, A.; Wada, M.; Kimura, S.; Okamoto, T.; Penttilä, M.; Ando, T.; Samejima, M. Science 2011, 333, 1279
58. Nojima, T.; Konno, H.; Kodera, N.; Seio, K.; Taguchi, H.; Yoshida, M. PLoS One 2012, 7, 0052534
59. Casuso, I.; Khao, J.; Chami, M.; Paul-Gilloteaux, P.; Husain, M.; Duneau, J. P.; Stahlberg, H.; Sturgis, J. N.; Scheuring, S. Nat. Nanotechnol. 2012, 7, 525
60. Colom, A.; Casuso, I.; Boudier, T.; Scheuring, S. J. Mol. Biol. 2012, 423, 249
61. Suzuki, Y.; Goetze, T. A.; Stroebel, D.; Balasuriya, D.; Yoshimura, S. H.; Henderson, R. M.; Paoletti, P.; Takeyasu, K.; Edwardson, J. M. J. Biol. Chem. 2013, 288, 778
62. Yamashita, H.; Inoue, K.; Shibata, M.; Uchihashi, T.; Sasaki, J.; Kandori, H.; Ando, T. J. Struct. Biol. 2013, 184, 2
63. Hashimoto, M.; Kodera, N.; Tsunaka, Y.; Oda, M.; Tanimoto, M.; Ando, T.; Morikawa, K.; Tate, S. Biophys. J. 2013, 104, 2222
64. Yilmaz, N.; Yamada, T.; Greimel, P.; Uchihashi, T.; Ando, T.; Kobayashi, T. Biophys. J. 2013, 105, 1397
65. Shlyakhtenko, L. S.; Lushnikov, A. Y.; Miyagi, A.; Lyubchenko, Y. L. Biochemistry 2012, 51, 1500
66. Shlyakhtenko, L. S.; Lushnikov, A. Y.; Miyagi, A.; Li, M.; Harris, R. S.; Lyubchenko, Y. L. J. Struct. Biol. 2013, 184, 217
67. Shlyakhtenko, L. S.; Lushnikov, A. Y.; Miyagi, A.; Li, M.; Harris, R. S.; Lyubchenko, Y. L. Biochemistry 2012, 51, 6432
68. Fantner, G. E.; Barbero, R. J.; Gray, D. S.; Belcher, A. M. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 280
69. Yamashita, H.; Taoka, A.; Uchihashi, T.; Asano, T.; Ando, T.; Fukumori, Y. J. Mol. Biol. 2012, 422, 300
70. Watanabe, H.; Uchihashi, T.; Kobashi, T.; Shibata, M.; Nishiyama, J.; Yasuda, R.; Ando, T. Rev. Sci. Instrum. 2013, 84, 053702
71. Colom, A.; Casuso, I.; Rico, F.; Scheuring, S. Nat. Commun. 2013, 4, 2155
72. Rajendran, A.; Endo, M.; Sugiyama, H. Chem. Rev. 2014, 114, 1493
73. Uchihashi, T.; Kodera, N.; Ando, T. Nat. Protoc. 2012, 7, 1193
74. Gan, Y. Surf. Sci. Rep. 2009, 64, 99
75. Moreno-Herrero, F.; Colchero, J.; Gómez-Herrero, J.; Baró, A. M. Phys. Rev. E 2004, 69, 031915
76. Müller, D. J.; Sass, H. J.; Müller, S. A.; Büldt, G.; Engel, A. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1903
77. Albrecht, T. R.; Grütter, P.; Horne, D.; Rugar, D. J. Appl. Phys. 1991, 69, 668
78. Fukuma, T.; Kilpatrick, J. I.; Jarvis, S. P. Rev. Sci. Instrum. 2006, 77, 123703
79. Asakawa, H.; Ikegami, K.; Setou, M.; Watanabe, N.; Tsukada, M.; Fukuma, T. Biophys. J. 2011, 101, 1270
80. Fukuma, T.; Higgins, M. J.; Jarvis, S. P. Biophys. J. 2007, 92, 3603
81. Zhong, Q.; Inniss, D.; Kjoller, K.; Elings, V. B. Surf. Sci. 1993, 290, L688
82. Rodriguez, T. R.; Garcia, R. Appl. Phys. Lett. 2003, 82, 4821
83. Kodera, N.; Sakashita, M.; Ando, T. Rev. Sci. Instrum. 2006, 77, 083704
84. Sarid, D. Scanning Force Microscopy: With Applications to Electric, Magnetic and Atomic Forces; Oxford University Press: New York, 1991.
85. Ando, T.; Kodera, N.; Maruyama, D.; Takai, E.; Saito, K.; Toda, A. Jpn. J. Appl. Phys. 2002, 41, 4851
86. Ando, T.; Uchihashi, T. In Nanoscale Liquid Interfaces: Wetting, Patterning and Force Microscopy at the Molecular Scale; Ondarçuhu, T.; Aime, J.-P., Eds.; Pan Stanford Publishing: Singapore, 2013; pp 713-742.
87. Yamamoto, D.; Uchihashi, T.; Kodera, N.; Yamashita, H.; Nishikori, S.; Ogura, T.; Shibata, M.; Ando, T. Methods Enzymol. 2010, 475, 541
88. Shlyakhtenko, L. S.; Gall, A. A.; Filonov, A.; Cerovac, Z.; Lushnikov, A.; Lyubchenko, Y. L. Ultramicroscopy 2003, 97, 279
89. Kim, J.; Kim, G.; Cremer, P. S. Langmuir 2001, 17, 7255
90. Sackmann, E. Science 1996, 271, 43
91. Jonkheijm, P.; Weinrich, D.; Schröder, H.; Niemeyer, C. M.; Waldmann, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 9618
92. Lyubchenko, Y. L.; Shlyakhtenko, L. S.; Gall, A. A. Methods Mol. Biol. 2009, 543, 337
93. Ulman, A. Chem. Rev. 1996, 96, 1533
94. Castellana, E. T.; Cremer, P. S. Surf. Sci. Rep. 2006, 61, 429
95. Mingeot-Leclercq, M. P.; Deleu, M.; Brasseur, R.; Dufrêne, Y. F. Nat. Protoc. 2008, 3, 1654
96. Vadgama, P. Annu. Rep. Prog. Chem., Sect. C: Phys. Chem. 2005, 101, 14
97. Zhang, S. F.; Rolfe, P.; Wright, G.; Lian, W.; Milling, A. J.; Tanaka, S.; Ishihara, K. Biomaterials 1998, 19, 691
98. Giess, F.; Friedrich, M. G.; Heberle, J.; Naumann, R. L.; Knoll, W. Biophys. J. 2004, 87, 3213
99. Yu, C. H.; Groves, J. T. Med. Biol. Eng. Comput. 2010, 48, 955
100. Ellis, M. J.; Hebert, H. Micron 2001, 32, 541
101. Blankenburg, R.; Meller, P.; Ringsdorf, H.; Salesse, C. Biochemistry 1989, 28, 8214
102. Reviakine, I. I.; Bergsma-Schutter, W.; Brisson, A. J. Struct. Biol. 1998, 121, 356
103. Noi, K.; Yamamoto, D.; Nishikori, S.; Arita-Morioka, K.; Ando, T.; Ogura, T. Structure 2013, 21, 1992
104. Wickham, S. F.; Endo, M.; Katsuda, Y.; Hidaka, K.; Bath, J.; Sugiyama, H.; Turberfield, A. J. Nat. Nanotechnol. 2011, 6, 166
105. Hatano, S.; Oosawa, F. Biochim. Biophys. Acta 1966, 127, 488
106. Hartman, M. A.; Spudich, J. A. J. Cell Sci. 2012, 125, 1627
107. Vale, R. D.; Reese, T. S.; Sheetz, M. P. Cell 1985, 42, 39
108. Noji, H.; Yasuda, R.; Yoshida, M.; Kinosita, K., Jr. Nature 1997, 386, 299
109. Hanson, P. I.; Whiteheart, S. W. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2005, 6, 519
110. Ferguson, S. M.; De Camilli, P. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2012, 13, 75
111. Kainov, D. E.; Tuma, R.; Mancini, E. J. Cell. Mol. Life Sci. 2006, 63, 1095
112. Sellers, J. R.; Weisman, L. S. In Myosins -A Superfamily of Molecular Motors; Coluccio, L., Ed.; Springer-Verlag: Berlin, 2008; pp 289-323.
113. Mehta, A. D.; Rock, R. S.; Rief, M.; Spudich, J. A.; Mooseker, M. S.; Cheney, R. E. Nature 1999, 400, 590
114. Sakamoto, T.; Amitani, I.; Yokota, E.; Ando, T. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 272, 586
115. Yildiz, A.; Forkey, J. N.; McKinney, S. A.; Ha, T.; Goldman, Y. E.; Selvin, P. R. Science 2003, 300, 2061
116. Forkey, J. N.; Quinlan, M. E.; Shaw, M. A.; Corrie, J. E.; Goldman, Y. E. Nature 2003, 422, 399
117. Rief, M.; Rock, R. S.; Mehta, A. D.; Mooseker, M. S.; Cheney, R. E.; Spudich, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9482
118. Sakamoto, T.; Webb, M. R.; Forgacs, E.; White, H. D.; Sellers, J. R. Nature 2008, 455, 128
119. Ali, M. Y.; Uemura, S.; Adachi, K.; Itoh, H.; Kinosita, K., Jr.; Ishiwata, S. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 464
120. Veigel, C.; Schmitz, S.; Wang, F.; Sellers, J. R. Nat. Cell Biol. 2005, 7, 861
121. Rosenfeld, S. S.; Sweeney, H. L. J. Biol. Chem. 2004, 279, 40100
122. Purcell, T. J.; Sweeney, H. L.; Spudich, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13873
123. Geeves, M. A.; Holmes, K. C. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 687
124. Geeves, M. A.; Holmes, K. C. Adv. Protein Chem. 2005, 71, 161
125. Vale, R. D.; Milligan, R. A. Science 2000, 288, 88
126. Sweeney, H. L.; Houdusse, A. Annu. Rev. Biophys. 2010, 39, 539
127. De La Cruz, E. M.; Wells, A. L.; Rosenfeld, S. S.; Ostap, E. M.; Sweeney, H. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 13726
128. Huxley, H. E. Science 1969, 164, 1356
129. Spudich, J. A. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2001, 2, 387
130. Geeves, M. A. Nature 2002, 415, 129
131. Baker, J. E.; Krementsova, E. B.; Kennedy, G. G.; Armstrong, A.; Trybus, K. M.; Warshaw, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 5542
132. Walker, M. L.; Burgess, S. A.; Sellers, J. R.; Wang, F.; Hammer, J. A., III; Trinick, J.; Knight, P. J. Nature 2000, 405, 804
133. Hua, W.; Chung, J.; Gelles, J. Science 2002, 295, 844
134. Okada, T.; Tanaka, H.; Iwane, A. H.; Kitamura, K.; Ikebe, M.; Yanagida, T. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007, 354, 379
135. Volkmann, N.; Liu, H.; Hazelwood, L.; Krementsova, E. B.; Lowey, S.; Trybus, K. M.; Hanein, D. Mol. Cell 2005, 19, 595
136. Syed, S.; Snyder, G. E.; Franzini-Armstrong, C.; Selvin, P. R.; Goldman, Y. E. EMBO J. 2006, 25, 1795
137. Beausang, J. F.; Shroder, D. Y.; Nelson, P. C.; Goldman, Y. E. Biophys. J. 2013, 104, 1263
138. Oke, O. A.; Burgess, S. A.; Forgacs, E.; Knight, P. J.; Sakamoto, T.; Sellers, J. R.; White, H.; Trinick, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 2509
139. Thomas, D. D.; Kast, D.; Korman, V. L. Annu. Rev. Biophys. 2009, 38, 347
140. Burgess, S.; Walker, M.; Wang, F.; Sellers, J. R.; White, H. D.; Knight, P. J.; Trinick, J. J. Cell Biol. 2002, 159, 983
141. Coureux, P. D.; Sweeney, H. L.; Houdusse, A. EMBO J. 2004, 23, 4527
142. Coureux, P. D.; Wells, A. L.; Menetrey, J.; Yengo, C. M.; Morris, C. A.; Sweeney, H. L.; Houdusse, A. Nature 2003, 425, 419
143. Rayment, I.; Holden, H. M.; Whittaker, M.; Yohn, C. B.; Lorenz, M.; Holmes, K. C.; Milligan, R. A. Science 1993, 261, 58
144. Dominguez, R.; Freyzon, Y.; Trybus, K. M.; Cohen, C. Cell 1998, 94, 559
145. Hinterdorfer, P.; Baumgartner, W.; Gruber, H. J.; Schilcher, K.; Schindler, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 3477
146. Yuan, C.; Chen, A.; Kolb, P.; Moy, V. T. Biochemistry 2000, 39, 10219
147. Miyata, H.; Yasuda, R.; Kinosita, K., Jr. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1290, 83
148. Milligan, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 21
149. Kabsch, W.; Mannherz, H. G.; Suck, D.; Pai, E. F.; Holmes, K. C. Nature 1990, 347, 37
150. Howard, J. Mechanics of Motor Proteins and the Cytoskeleton; Sinauer Associates, Inc.: Sunderland, MA, 2001.
151. Yoshida, M.; Muneyuki, E.; Hisabori, T. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2001, 2, 669
152. Boyer, P. D. Annu. Rev. Biochem. 1997, 66, 717
153. Yokoyama, K.; Hisabori, T.; Yoshida, M. J. Biol. Chem. 1989, 264, 21837
154. Matsui, T.; Yoshida, M. Biochim. Biophys. Acta 1995, 1231, 139
155. Kaibara, C.; Matsui, T.; Hisabori, T.; Yoshida, M. J. Biol. Chem. 1996, 271, 2433
156. Boyer, P. D. Biochim. Biophys. Acta 1993, 1140, 215
157. Abrahams, J. P.; Leslie, A. G. W.; Lutter, R.; Walker, J. E. Nature 1994, 370, 621
158. Zhou, Y.; Duncan, T. M.; Bulygin, V. V.; Hutcheon, M. L.; Cross, R. L. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1275, 96
159. Duncan, T. M.; Bulygin, V. V.; Zhou, Y.; Hutcheon, M. L.; Cross, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 10964
160. Sabbert, D.; Engelbrecht, S.; Junge, W. Nature 1996, 381, 623
161. Yasuda, R.; Noji, H.; Kinosita, K.; Yoshida, M. Cell 1998, 93, 1117
162. Wang, H.; Oster, G. Nature 1998, 396, 279
163. García, J. J.; Capaldi, R. A. J. Biol. Chem. 1998, 273, 15940
164. Nakamoto, R. K.; Ketchum, C. J.; Al-Shawi, M. K. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 205
165. Itoh, H.; Takahashi, A.; Adachi, K.; Noji, H.; Yasuda, R.; Yoshida, M.; Kinosita, K. Nature 2004, 427, 465
166. Rondelez, Y.; Tresset, G.; Nakashima, T.; Kato-Yamada, Y.; Fujita, H.; Takeuchi, S.; Noji, H. Nature 2005, 433, 773
167. Iko, Y.; Tabata, K. V.; Sakakihara, S.; Nakashima, T.; Noji, H. FEBS Lett. 2009, 583, 3187
168. Yoshida, M.; Allison, W. S. J. Biol. Chem. 1990, 265, 2483
169. Aloise, P.; Kagawa, Y.; Coleman, P. S. J. Biol. Chem. 1991, 266, 10368
170. Furuike, S.; Hossain, M. D.; Maki, Y.; Adachi, K.; Suzuki, T.; Kohori, A.; Itoh, H.; Yoshida, M.; Kinosita, K., Jr. Science 2008, 319, 955
171. Hossain, M. D.; Furuike, S.; Maki, Y.; Adachi, K.; Suzuki, T.; Kohori, A.; Itoh, H.; Yoshida, M.; Kinosita, K. Biophys. J. 2008, 95, 4837
172. Kinosita, K.; Adachi, K.; Itoh, H. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 245
173. Masaike, T.; Koyama-Horibe, F.; Oiwa, K.; Yoshida, M.; Nishizaka, T. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 1326
174. Adachi, K.; Oiwa, K.; Nishizaka, T.; Furuike, S.; Noji, H.; Itoh, H.; Yoshida, M.; Kinosita, K. Cell 2007, 130, 309
175. Watanabe, R.; Iino, R.; Noji, H. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 814
176. Yasuda, R.; Noji, H.; Yoshida, M.; Kinosita, K., Jr.; Itoh, H. Nature 2001, 410, 898
177. Kendrew, J. C.; Dickerson, R. E.; Strandberg, B. E.; Hart, R. G.; Davies, D. R.; Phillips, D. C.; Shore, V. C. Nature 1960, 185, 422
178. Deisenhofer, J.; Epp, O.; Miki, K.; Huber, R.; Michel, H. Nature 1985, 318, 618
179. White, S. Membrane proteins of known 3D structure, 2013; available from http://blanco.biomol.uci.edu/mpstruc/listAll/list.
180. Research Collaboratory for Structural Bioinformatics. RCSB Protein Data Bank, 2013; available from http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do.
181. Wallin, E.; von Heijne, G. Protein Sci. 1998, 7, 1029
182. Murata, K.; Mitsuoka, K.; Hirai, T.; Walz, T.; Agre, P.; Heymann, J. B.; Engel, A.; Fujiyoshi, Y. Nature 2000, 407, 599
183. Hiller, S.; Garces, R. G.; Malia, T. J.; Orekhov, V. Y.; Colombini, M.; Wagner, G. Science 2008, 321, 1206
184. Rubinstein, J. L.; Walker, J. E.; Henderson, R. EMBO J. 2003, 22, 6182
185. Scheuring, S.; Reiss-Husson, F.; Engel, A.; Rigaud, J. L.; Ranck, J. L. EMBO J. 2001, 20, 3029
186. McDermott, G.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Hawthornthwaite-Lawless, A. M.; Papiz, M. Z.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. Nature 1995, 374, 517
187. Rosenbaum, D. M.; Cherezov, V.; Hanson, M. A.; Rasmussen, S. G. F.; Thian, F. S.; Kobilka, T. S.; Choi, H. J.; Yao, X. J.; Weis, W. I.; Stevens, R. C.; Kobilka, B. K. Science 2007, 318, 1266
188. Reyes, N.; Ginter, C.; Boudker, O. Nature 2009, 462, 880
189. Haupts, U.; Tittor, J.; Oesterhelt, D. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 367
190. Lanyi, J. K. Annu. Rev. Physiol. 2004, 66, 665
191. Oesterhelt, D.; Stoeckenius, W. Nature (London), New Biol. 1971, 233, 149
192. Henderson, R.; Unwin, P. N. Nature 1975, 257, 28
193. Neutze, R.; Pebay-Peyroula, E.; Edman, K.; Royant, A.; Navarro, J.; Landau, E. M. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2002, 1565, 144
194. Kimura, Y.; Vassylyev, D. G.; Miyazawa, A.; Kidera, A.; Matsushima, M.; Mitsuoka, K.; Murata, K.; Hirai, T.; Fujiyoshi, Y. Nature 1997, 389, 206
195. Luecke, H.; Schobert, B.; Richter, H. T.; Cartailler, J. P.; Lanyi, J. K. J. Mol. Biol. 1999, 291, 899
196. Sass, H. J.; Büldt, G.; Gessenich, R.; Hehn, D.; Neff, D.; Schlesinger, R.; Berendzen, J.; Ormos, P. Nature 2000, 406, 649
197. Luecke, H.; Schobert, B.; Richter, H. T.; Cartailler, J. P.; Lanyi, J. K. Science 1999, 286, 255
198. Subramaniam, S.; Henderson, R. Nature 2000, 406, 653
199. Vonck, J. EMBO J. 2000, 19, 2152
200. Brown, L. S.; Needleman, R.; Lanyi, J. K. J. Mol. Biol. 2002, 317, 471
201. Thorgeirsson, T. E.; Xiao, W.; Brown, L. S.; Needleman, R.; Lanyi, J. K.; Shin, Y. K. J. Mol. Biol. 1997, 273, 951
202. Xiao, W. Z.; Brown, L. S.; Needleman, R.; Lanyi, J. K.; Shin, Y. K. J. Mol. Biol. 2000, 304, 715
203. Müller, D. J.; Schabert, F. A.; Büldt, G.; Engel, A. Biophys. J. 1995, 68, 1681
204. Müller, D. J.; Heymann, J. B.; Oesterhelt, F.; Möller, C.; Gaub, H.; Büldt, G.; Engel, A. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1460, 27
205. Otto, H.; Marti, T.; Holz, M.; Mogi, T.; Lindau, M.; Khorana, H. G.; Heyn, M. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 9228
206. Heymann, J. B.; Müller, D. J.; Landau, E. M.; Rosenbusch, J. P.; Pebay-Peyroula, E.; Büldt, G.; Engel, A. J. Struct. Biol. 1999, 128, 243
207. Komrakov, A. Y.; Kaulen, A. D. Biophys. Chem. 1995, 56, 113
208. Tokaji, Z. Biophys. J. 1993, 65, 1130
209. Druckmann, S.; Friedman, N.; Lanyi, J. K.; Needleman, R.; Ottolenghi, M.; Sheves, M. Photochem. Photobiol. 1992, 56, 1041
210. Jackson, M. B.; Sturtevant, J. M. Biochemistry 1978, 17, 911
211. Weik, M.; Patzelt, H.; Zaccai, G.; Oesterhelt, D. Mol. Cell 1998, 1, 411
212. Koltover, I.; Raedler, J. O.; Salditt, T.; Rothschild, K. J.; Safinya, C. R. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 3184
213. Krebs, M. P.; Isenbarger, T. A. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1460, 15
214. Qian, M. X.; Haser, R.; Payan, F. Protein Sci. 1995, 4, 747
215. Ebashi Memorial Issue; Gunsalus, I. C., Ed. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008, 369, 1
216. Hasselbach, W.; Makinose, M. Biochem. Z. 1961, 333, 518
217. Kuhlbrandt, W. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2004, 5, 282
218. Yu, X.; Carroll, S.; Rigaud, J. L.; Inesi, G. Biophys. J. 1993, 64, 1232
219. Lee, A. G.; East, J. M. Biochem. J. 2001, 356, 665
220. Stokes, D. L.; Green, N. M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 445
221. Albers, R. W. Annu. Rev. Biochem. 1967, 36, 727
222. Post, R. L.; Kume, S.; Tobin, T.; Orcutt, B.; Sen, A. K. J. Gen. Physiol. 1969, 54, 306
223. de Meis, L.; Vianna, A. L. Annu. Rev. Biochem. 1979, 48, 275
224. Toyoshima, C.; Inesi, G. Annu. Rev. Biochem. 2004, 73, 269
225. Toyoshima, C.; Nomura, H.; Sugita, Y. Ann. N. Y. Acad. Sci. 2003, 986, 1
226. Inesi, G.; Sagara, Y. Arch. Biochem. Biophys. 1992, 298, 313
227. Dode, L.; Vilsen, B.; Van Baelen, K.; Wuytack, F.; Clausen, J. D.; Andersen, J. P. J. Biol. Chem. 2002, 277, 45579
228. Verjovski-Almeida, S.; Inesi, G. J. Biol. Chem. 1979, 254, 18
229. Khakh, B. S.; North, R. A. Nature 2006, 442, 527
230. Barrera, N. P.; Ormond, S. J.; Henderson, R. M.; Murrell-Lagnado, R. D.; Edwardson, J. M. J. Biol. Chem. 2005, 280, 10759
231. North, R. A. Physiol. Rev. 2002, 82, 1013
232. Kawate, T.; Michel, J. C.; Birdsong, W. T.; Gouaux, E. Nature 2009, 460, 592
233. Cockcroft, S.; Gomperts, B. D. Nature 1979, 279, 541
234. Khakh, B. S.; Bao, X. R.; Labarca, C.; Lester, H. A. Nat. Neurosci. 1999, 2, 322
235. Kusumi, A.; Nakada, C.; Ritchie, K.; Murase, K.; Suzuki, K.; Murakoshi, H.; Kasai, R. S.; Kondo, J.; Fujiwara, T. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2005, 34, 351
236. Singer, S. J.; Nicolson, G. L. Science 1972, 175, 720
237. Engelman, D. M. Nature 2005, 438, 578
238. Buzhynskyy, N.; Hite, R. K.; Walz, T.; Scheuring, S. EMBO Rep. 2007, 8, 51
239. Schermelleh, L.; Heintzmann, R.; Leonhardt, H. J. Cell. Biol. 2010, 190, 165
240. Lucic, V.; Förster, F.; Baumeister, W. Annu. Rev. Biochem. 2005, 74, 833
241. Phillips, R.; Ursell, T.; Wiggins, P.; Sens, P. Nature 2009, 459, 379
242. Nanba, T.; Mukohata, Y. J. Biochem. 1987, 102, 591
243. Ihara, K.; Watanabe, S.; Sugimura, K.; Katagiri, I.; Mukohata, Y. Arch. Biochem. Biophys. 1997, 341, 267
244. Buzhynskyy, N.; Sens, P.; Prima, V.; Sturgis, J. N.; Scheuring, S. Biophys. J. 2007, 93, 2870
245. Strauss, M.; Hofhaus, G.; Schröder, R. R.; Kühlbrandt, W. EMBO J. 2008, 27, 1154
246. Pralle, A.; Keller, P.; Florin, E. L.; Simons, K.; Hörber, J. K. J. Cell Biol. 2000, 148, 997
247. Donaldson, P.; Kistler, J.; Mathias, R. T. News Physiol. Sci. 2001, 16, 118
248. Zampighi, G. A.; Hall, J. E.; Ehring, G. R.; Simon, S. A. J. Cell Biol. 1989, 108, 2255
249. Maeda, S.; Nakagawa, S.; Suga, M.; Yamashita, E.; Oshima, A.; Fujiyoshi, Y.; Tsukihara, T. Nature 2009, 458, 597
250. Gonen, T.; Cheng, Y.; Sliz, P.; Hiroaki, Y.; Fujiyoshi, Y.; Harrison, S. C.; Walz, T. Nature 2005, 438, 633
251. Rico, F.; Oshima, A.; Hinterdorfer, P.; Fujiyoshi, Y.; Scheuring, S. J. Mol. Biol. 2011, 412, 72
252. Yamashita, E.; Zhalnina, M. V.; Zakharov, S. D.; Sharma, O.; Cramer, W. A. EMBO J. 2008, 27, 2171
253. Housden, N. G.; Loftus, S. R.; Moore, G. R.; James, R.; Kleanthous, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13849
254. Foulds, J.; Chai, T. J. J. Bacteriol. 1978, 133, 1478
255. Rosenbusch, J. P. J. Biol. Chem. 1974, 249, 8019
256. Nikaido, H.; Vaara, M. Microbiol. Rev. 1985, 49, 1
257. Witten, T. A., Jr.; Sander, L. M. Phys. Rev. Lett. 1981, 47, 1400
258. Hoenger, A.; Pagès, J. M.; Fourel, D.; Engel, A. J. Mol. Biol. 1993, 233, 400
259. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435
260. Lleó, A.; Greenberg, S. M.; Growdon, J. H. Annu. Rev. Med. 2006, 57, 513
261. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 333
262. Korevaar, P. A.; George, S. J.; Markvoort, A. J.; Smulders, M. M.; Hilbers, P. A.; Schenning, A. P.; De Greef, T. F.; Meijer, E. W. Nature 2012, 481, 492
263. Shin, S. H.; Chung, S.; Sanii, B.; Comolli, L. R.; Bertozzi, C. R.; De Yoreo, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 12968
264. Theriot, J. A. Traffic 2000, 1, 19
265. Pepys, M. B. Annu. Rev. Med. 2006, 57, 223
266. Ohnishi, S.; Takano, K. Cell. Mol. Life Sci. 2004, 61, 511
267. Fowler, D. M.; Koulov, A. V.; Balch, W. E.; Kelly, J. W. Trends Biochem. Sci. 2007, 32, 217
268. Harrison, R. S.; Sharpe, P. C.; Singh, Y.; Fairlie, D. P. Rev. Physiol. Biochem. Pharmacol. 2007, 159, 1
269. Ramírez-Alvarado, M.; Merkel, J. S.; Regan, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8979
270. Gerbaud, V.; Pignol, D.; Loret, E.; Bertrand, J. A.; Berland, Y.; Fontecilla-Camps, J. C.; Canselier, J. P.; Gabas, N.; Verdier, J. M. J. Biol. Chem. 2000, 275, 1057
271. Cerini, C.; Peyrot, V.; Garnier, C.; Duplan, L.; Veesler, S.; Le Caer, J. P.; Bernard, J. P.; Bouteille, H.; Michel, R.; Vazi, A.; Dupuy, P.; Michel, B.; Berland, Y.; Verdier, J. M. J. Biol. Chem. 1999, 274, 22266
272. Grégoire, C.; Marco, S.; Thimonier, J.; Duplan, L.; Laurine, E.; Chauvin, J. P.; Michel, B.; Peyrot, V.; Verdier, J. M. EMBO J. 2001, 20, 3313
273. Gerke, V.; Creutz, C. E.; Moss, S. E. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2005, 6, 449
274. Richter, R. P.; Him, J. L. K.; Tessier, B.; Tessier, C.; Brisson, A. R. Biophys. J. 2005, 89, 3372
275. Strasser, A.; O'Connor, L.; Dixit, V. M. Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 217
276. Kenis, H.; van Genderen, H.; Bennaghmouch, A.; Rinia, H. A.; Frederik, P.; Narula, J.; Hofstra, L.; Reutelingsperger, C. P. M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 52623
277. Pigault, C.; Follenius-Wund, A.; Schmutz, M.; Freyssinet, J. M.; Brisson, A. J. Mol. Biol. 1994, 236, 199
278. Reviakine, I.; Bergsma-Schutter, W.; Morozov, A. N.; Brisson, A. Langmuir 2001, 17, 1680
279. Reviakine, I.; Bergsma-Schutter, W.; Mazeres-Dubut, C.; Govorukhina, N.; Brisson, A. J. Struct. Biol. 2000, 131, 234
280. Mosser, G.; Ravanat, C.; Freyssinet, J. M.; Brisson, A. J. Mol. Biol. 1991, 217, 241
281. Richter, R. P.; Brisson, A. R. Biophys. J. 2005, 88, 3422
282. Liu, H.; Bachand, G. D.; Kim, H.; Hayden, C. C.; Abate, E. A.; Sasaki, D. Y. Langmuir 2008, 24, 3686
283. Hon, D. N. S. Cellulose 1994, 1, 1
284. Nishiyama, Y.; Sugiyama, J.; Chanzy, H.; Langan, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14300
285. Teeri, T. T. Trends Biotechnol. 1997, 15, 160
286. Teeri, T. T.; Koivula, A.; Linder, M.; Wohlfahrt, G.; Divne, C.; Jones, T. A. Biochem. Soc. Trans. 1998, 26, 173
287. Abuja, P. M.; Pilz, I.; Claeyssens, M.; Tomme, P. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1988, 156, 180
288. Abuja, P. M.; Schmuck, M.; Pilz, I.; Tomme, P.; Claeyssens, M.; Esterbauer, H. Eur. Biophys. J. 1988, 15, 339
289. Abuja, P. M.; Pilz, I.; Tomme, P.; Claeyssens, M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1989, 165, 615
290. Rouvinen, J.; Bergfors, T.; Teeri, T.; Knowles, J. K.; Jones, T. A. Science 1990, 249, 380
291. Divne, C.; Stahlberg, J.; Reinikainen, T.; Ruohonen, L.; Pettersson, G.; Knowles, J. K.; Teeri, T. T.; Jones, T. A. Science 1994, 265, 524
292. Divne, C.; Ståhlberg, J.; Teeri, T. T.; Jones, T. A. J. Mol. Biol. 1998, 275, 309
293. Ståhlberg, J.; Johansson, G.; Pettersson, G. Nat. Biotechnol. 1991, 9, 286
294. Davies, G.; Henrissat, B. Structure 1995, 3, 853
295. Reverbel-Leroy, C.; Pages, S.; Belaich, A.; Belaich, J. P.; Tardif, C. J. Bacteriol. 1997, 179, 46
296. Henrissat, B.; Bairoch, A. Biochem. J. 1993, 293, 781
297. Eriksson, T.; Karlsson, J.; Tjerneld, F. Appl. Biochem. Biotechnol. 2002, 101, 41
298. Henrissat, B. Biochem. J. 1991, 280, 309
299. Boisset, C.; Fraschini, C.; Schülein, M.; Henrissat, B.; Chanzy, H. Appl. Environ. Microbiol. 2000, 66, 1444
300. Nidetzky, B.; Steiner, W.; Hayn, M.; Claeyssens, M. Biochem. J. 1994, 298, 705
301. Igarashi, K.; Wada, M.; Samejima, M. FEBS J. 2007, 274, 1785
302. Wada, M.; Chanzy, H.; Nishiyama, Y.; Langan, P. Macromolecules 2004, 37, 8548
303. Koivula, A.; Ruohonen, L.; Wohlfahrt, G.; Reinikainen, T.; Teeri, T. T.; Piens, K.; Claeyssens, M.; Weber, M.; Vasella, A.; Becker, D.; Sinnott, M. L.; Zou, J. Y.; Kleywegt, G. J.; Szardenings, M.; Ståhlberg, J.; Jones, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10015
304. Chanzy, H.; Henrissat, B. FEBS Lett. 1985, 184, 285
305. Imai, T.; Boisset, C.; Samejima, M.; Igarashi, K.; Sugiyama, J. FEBS Lett. 1998, 432, 113
306. Wood, T. M.; McCrae, S. I. Biochem. J. 1978, 171, 61
307. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Annu. Rev. Phys. Chem. 1996, 47, 369
308. Tompa, P. Structure and Function of Intrinsically Disordered Proteins; CRC Press: New York, 2009.
309. Uversky, V. N. Protein Sci. 2002, 11, 739
310. Dunker, A. K.; Brown, C. J.; Lawson, J. D.; Iakoucheva, L. M.; Obradovic, Z. Biochemistry 2002, 41, 6573
311. Oldfield, C. J.; Cheng, Y.; Cortese, M. S.; Brown, C. J.; Uversky, V. N.; Dunker, A. K. Biochemistry 2005, 44, 1989
312. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2005, 6, 197
313. Oldfield, C. J.; Meng, J.; Yang, J. Y.; Yang, M. Q.; Uversky, V. N.; Dunker, A. K. BMC Genomics 2008, 9, S1
314. Mitrea, D. M.; Yoon, M. K.; Ou, L.; Kriwacki, R. W. Biol. Chem. 2012, 393, 259
315. Belotserkovskaya, R.; Oh, S.; Bondarenko, V. A.; Orphanides, G.; Studitsky, V. M.; Reinberg, D. Science 2003, 301, 1090
316. Shimojima, T.; Okada, M.; Nakayama, T.; Ueda, H.; Okawa, K.; Iwamatsu, A.; Handa, H.; Hirose, S. Genes Dev. 2003, 17, 1605
317. Formosa, T. Biochim. Biophys. Acta 2012, 1819, 247
318. Rivetti, C.; Guthold, M.; Bustamante, C. J. Mol. Biol. 1996, 264, 919
319. Dietz, H.; Rief, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 16192
320. Li, H.; Oberhauser, A. F.; Redick, S. D.; Carrion-Vazquez, M.; Erickson, H. P.; Fernandez, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10682
321. Müller, D. J.; Baumeister, W.; Engel, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 13170
322. Dora, S.; Kodera, N.; Habachi, J.; Blocquel, D.; Gruet, A.; Lotti, M.; Longhi, S.; Ando, T., submitted.
323. Vuzman, D.; Levy, Y. Mol. BioSyst. 2012, 8, 47
324. Fuxreiter, M. Mol. BioSyst. 2012, 8, 168
325. Iakoucheva, L. M.; Radivojac, P.; Brown, C. J.; O'Connor, T. R.; Sikes, J. G.; Obradovic, Z.; Dunker, A. K. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 1037
326. Tsunaka, Y.; Toga, J.; Yamaguchi, H.; Tate, S.; Hirose, S.; Morikawa, K. J. Biol. Chem. 2009, 284, 24610
327. Electron Crystallography of Soluble and Membrane Proteins; Schmidt-Krey, I.; Cheng, Y., Eds.; Humana Press: New York, 2013.
328. Zhdanov, V. P.; Höök, F.; Kasemo, B. Proteins 2001, 43, 489
329. Wang, S.-W.; Robertson, C. R.; Gast, A. P. Langmuir 1999, 15, 1541
330. Ku, A. C.; Darst, S. A.; Robertson, C. R.; Gast, A. P.; Kornberg, R. D. J. Phys. Chem. 1993, 97, 3013
331. Yatcilla, M. T.; Robertson, C. R.; Gast, A. P. Langmuir 1998, 14, 497
332. Wulff, G. Z. Kristallogr. Mineral. 1901, 34, 449
333. Braunsmann, C.; Schaffer, T. E. Nanotechnology 2010, 21
334. Ghuysen, J. M. Bacteriol. Rev. 1968, 32, 425
335. Smith, T. J.; Blackman, S. A.; Foster, S. J. Microbiology 2000, 146, 249
336. Izadpanah, A.; Gallo, R. L. J. Am. Acad. Dermatol. 2005, 52, 381
337. Meincken, M.; Holroyd, D. L.; Rautenbach, M. Antimicrob. Agents Chemother. 2005, 49, 4085
338. Dupres, V.; Alsteens, D.; Pauwels, K.; Dufrêne, Y. F. Langmuir 2009, 25, 9653
339. Andre, G.; Kulakauskas, S.; Chapot-Chartier, M. P.; Navet, B.; Deghorain, M.; Bernard, E.; Hols, P.; Dufrêne, Y. F. Nat. Commun. 2010, 1, 27
340. Plomp, M.; Leighton, T. J.; Wheeler, K. E.; Hill, H. D.; Malkin, A. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 9644
341. Yamamoto, D.; Taoka, A.; Uchihashi, T.; Sasaki, H.; Watanabe, H.; Ando, T.; Fukumori, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 9382
342. Hansma, H. G.; Vesenka, J.; Siegerist, C.; Kelderman, G.; Morrett, H.; Sinsheimer, R. L.; Elings, V.; Bustamante, C.; Hansma, P. K. Science 1992, 256, 1180
343. Planchon, T. A.; Gao, L.; Milkie, D. E.; Davidson, M. W.; Galbraith, J. A.; Galbraith, C. G.; Betzig, E. Nat. Methods 2011, 8, 417
344. Pesen, D.; Hoh, J. H. Biophys. J. 2005, 88, 670
345. Shevchuk, A. I.; Novak, P.; Taylor, M.; Diakonov, I. A.; Ziyadeh-Isleem, A.; Bitoun, M.; Guicheney, P.; Lab, M. J.; Gorelik, J.; Merrifield, C. J.; Klenerman, D.; Korchev, Y. E. J. Cell Biol. 2012, 197, 499
346. Gorvel, J. P.; Chavrier, P.; Zerial, M.; Gruenberg, J. Cell 1991, 64, 915
347. Bucci, C.; Parton, R. G.; Mather, I. H.; Stunnenberg, H.; Simons, K.; Hoflack, B.; Zerial, M. Cell 1992, 70, 715
348. Barbieri, M. A.; Li, G.; Colombo, M. I.; Stahl, P. D. J. Biol. Chem. 1994, 269, 18720
349. Simons, K.; Ikonen, E. Nature 1997, 387, 569
350. Buzhynskyy, N.; Girmens, J. F.; Faigle, W.; Scheuring, S. J. Mol. Biol. 2007, 374, 162
351. Lajoie, P.; Goetz, J. G.; Dennis, J. W.; Nabi, I. R. J. Cell Biol. 2009, 185, 381
352. Walter, N. G. Biopolymers 2011, 95, v
353. Rico, F.; Gonzalez, L.; Casuso, I.; Puig-Vidal, M.; Scheuring, S. Science 2013, 342, 741
354. Hansma, P. K.; Drake, B.; Marti, O.; Gould, S. A.; Prater, C. B. Science 1989, 243, 641
355. Chen, C. C.; Zhou, Y.; Baker, L. A. Annu. Rev. Anal. Chem. 2012, 5, 207
356. Shevchuk, A. I.; Frolenkov, G. I.; Sánchez, D.; James, P. S.; Freedman, N.; Lab, M. J.; Jones, R.; Klenerman, D.; Korchev, Y. E. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 2212
357. Korchev, Y. E.; Bashford, C. L.; Milovanovic, M.; Vodyanoy, I.; Lab, M. J. Biophys. J. 1997, 73, 653
358. Fukuda, S.; Uchihashi, T.; Iino, R.; Okazaki, Y.; Yoshida, M.; Igarashi, K.; Ando, T. Rev. Sci. Instrum. 2013, 84, 073706
359. Pucner, E. M.; Gaub, H. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 605
360. Moffitt, J. R.; Chemla, Y. R.; Smith, S. B.; Bustamante, C. Annu. Rev. Biochem. 2008, 77, 205
361. Ma, Z.; Gerton, J. M.; Wade, L. A.; Quake, S. R. Phys. Rev. Lett. 2006, 97, 260801
362. Martin, O. J. F.; Girard, C. Appl. Phys. Lett. 1997, 70, 705
363. Novotny, L.; Bian, R. X.; Xie, X. S. Phys. Rev. Lett. 1997, 79, 645
364. Binnig, G. Ultramicroscopy 1992, 42, 7
365. Ando, T.; Uchihashi, T.; Kodera, N.; Yamamoto, D.; Taniguchi, M.; Miyagi, A.; Yamashita, H. J. Mol. Recognit. 2007, 20, 448
366. Roszak, A. W.; Howard, T. D.; Southall, J.; Gardiner, A. T.; Law, C. J.; Isaacs, N. W.; Cogdell, R. J. Science 2003, 302, 1969
367. Kosinska Eriksson, U.; Fischer, G.; Friemann, R.; Enkavi, G.; Tajkhorshid, E.; Neutze, R. Science 2013, 340, 1346
368. Cordier, F.; Barfield, M.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15750
369. Unger, V. M.; Hargrave, P. A.; Baldwin, J. M.; Schertler, G. F. Nature 1997, 389, 203
370. Zhang, X.; Ge, P.; Yu, X.; Brannan, J. M.; Bi, G.; Zhang, Q.; Schein, S.; Zhou, Z. H. Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20, 105
371. Müller, D. J.; Fotiadis, D.; Scheuring, S.; Müller, S. A.; Engel, A. Biophys. J. 1999, 76, 1101
372. Fechner, P.; Boudier, T.; Mangenot, S.; Jaroslawski, S.; Sturgis, J. N.; Scheuring, S. Biophys. J. 2009, 96, 3822
373. Unser, M.; Trus, B. L.; Frank, J.; Steven, A. C. Ultramicroscopy 1989, 30, 429
374. Fukuma, T.; Higgins, M. J.; Jarvis, S. P. Phys. Rev. Lett. 2007, 98, 106101
375. Burns, A. R.; Frankel, D. J.; Buranda, T. Biophys. J. 2005, 89, 1081
376. Scheuring, S.; Ringler, P.; Borgnia, M.; Stahlberg, H.; Müller, D. J.; Agre, P.; Engel, A. EMBO J. 1999, 18, 4981
377. Saxton, W. O.; Baumeister, W. J. Microsc. 1982, 127, 127
378. Scheuring, S.; Seguin, J.; Marco, S.; Lévy, D.; Breyton, C.; Robert, B.; Rigaud, J. L. J. Mol. Biol. 2003, 325, 569
379. Racine, V.; Hertzog, A.; Jouanneau, J.; Salamero, J.; Kervrann, C.; Sibarita, J. B. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging; Macro to Nano: New York, 2006; p 1020.
380. Husain, M.; Boudier, T.; Paul-Gilloteaux, P.; Casuso, I.; Scheuring, S. J. Mol. Recognit. 2012, 25, 292 Technology Technology Technology Technology Technology