GRGMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable molecular simulation

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 3, 2008, Pages 435-447

  Hess, Berk ^a   Kutzner, Carsten ^b   Van Der Spoel, David ^c   Lindahl, Erik ^d  

^a MAX PLANCK INSTITUTE FOR POLYMER RESEARCH   (Germany)

^b MAX PLANCK INSTITUTE FOR BIOPHYSICAL CHEMISTRY   (Germany)

^c UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

^d STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 46249092554     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700301q     Document Type: Article

References (36)

1. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
2. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; D. Reidel Publishing Company: Dordrecht, 1981; pp 331-342.
3. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
4. Fincham, D. Mol. Simul. 1987, 1, 1.
5. Raine, A. R. C.; Fincham, D.; Smith, W. Comput. Phys. Commun. 1989, 55, 13.
6. Clark, T.; McCammon, J. A.; Scott, L. R. In Proceedings of the Fifth SIAM Conference on Parallel Processing for Scientific Computing: Dongarra, J., et al., Eds.; SIAM: Philadelphia, 1991; pp 338-344,
7. Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Dijkstra, E. J.; Achterop, S.; van Drunen, R.; van der Spoel, D.; Sijbers, A.; Keegstra, H.; Reitsma, B.; Renardus, M. K. R. In Physics Computing 92; de Groot, R. A., Nadrchal, J., Eds.; World Scientific: Singapore, 1993; pp 252-256,
8. Nelson, M.; Humphrey, W.; Gursoy, A.; Dalke, A.; Kalé, L.; Skeel, R.; Schulten, K. Int. J. High Perform. Comput. Appl. 1996, 10, 251.
9. Fitch, B.; Germain, R.; Mendell, M.; Pitera, J.; Pitman, M.; Rayshubskiy, A.; Sham, Y.; Suits, F.; Swope, W.; Ward, T.; Zhestkov, Y.; Zhou, R. J. Parallel Distributed Comput. 2003, 63, 759.
10. Rhee, Y. M.; Sorin, E. J.; Jayachandran, G.; Lindahl, E.; Pande, V. S. Proc. Nail. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6456.
11. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306.
12. van der Spoel, D.; Lindahl. E.; Hess. B.; Groenhof. G.; Mark. A. E.; Bcrendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701.
13. Fcenstra, K. A.; Hess, B.; Bcrendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 786.
14. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
15. Greengard, L.; Rokhlin, V. J. Comput. Phys. 1987, 73, 325.
16. Bowers, K. J.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. J. Comput. Phys. 2007,221,303.
17. Bowers, K. J.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. J. Phys. Conf. Ser. 2005, 16, 300.
18. Bowers, K. J.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. J. Chem. Phys. 2006, 124(18), 184109.
19. Liem, S. Y.; Brown, D.; Clarke, J. H. R. Comput. Phys. Commun. 1991, 67(2), 261.
20. Hess, B.; Bekker, H.; Bcrendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463.
21. Hess, B. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4 (1), 116.
22. Lippert, R. A.; Bowers, K. J.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Gregersen, B. A.; Klepeis, J. L.; Kolossvary, I.; Shaw, D. E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 046101.
23. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952.
24. van Gunsteren, W. F.; Karplus, M. Macromolecules 1982, 15, 1528.
25. Meloni. S.; Rosati, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 121102.
26. Weerasinghe, S.; Smith, P. E. J. Chem. Phys. 2003, 119 (21), 11342.
27. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269.
28. Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Feehner, M.; Lindahl, E.; Schmitt, U. W.; de Groot, B. L.; Grubmuller, H. J. Comput. Chem. 2007, 28, 2075.
29. Holian, B. L.; Voter, A. F.; Ravelo, R. Phys. Rev. E 1995. 52 (3), 2338.
30. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
31. Harmandaris, V. A.; Reith, D.; van der Vegt, N. F. A.; Kremer, K. Macromolecules 2007, 208, 2109.
32. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, II. J. C. Mol. Simul. 1988, 1, 173.
33. Limbach, H.-J.; Arnold, A.; Mann. B. A.; Holm, C. Comput. Phys. Commun. 2006, 174 (9), 704.
34. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbarl, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26 (16), 1781.
35. Bowers, K. J.; Chow, E.; Xu, H.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Gregersen, B. A.; Klepeis, J. L.; Kolossvary, I.; Moraes, M. A.; Sacerdoti, F. D.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Shaw, D. E. In ACM/IEEE SC 2006 Conference (SC'06); 2006; p 43.
36. Long, S.; Campbell, E. B.; MacKinnon, R. Science 2005, 309. 897.