State-of-the-art high-speed atomic force microscopy for investigation of single-molecular dynamics of proteins

Chemical Reviews

Volumn 114, Issue 2, 2014, Pages 1493-1520

  Rajendran, Arivazhagan ^a,d   Endo, Masayuki ^b,c   Sugiyama, Hiroshi ^a,b,c  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

^b KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

^c JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY   (Japan)

^d UNIVERSITY OF TSUKUBA   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYSIS OF VARIOUS; CONFORMATIONAL CHANGE; DNA NANOSTRUCTURES; DNA-PROTEIN INTERACTION; FUNCTIONAL CHANGES; PHYSIOLOGICAL SOLUTION; PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS; SPATIAL RESOLUTION;

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; BIOMOLECULES; DNA; DNA SEQUENCES; MICA; MOLECULAR DYNAMICS; STRUCTURAL DYNAMICS;

PROTEINS;

DNA; PROTEIN;

ANIMAL; ATOMIC FORCE MICROSCOPY; CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; REVIEW; ULTRASTRUCTURE;

ANIMALS; DNA; HUMANS; MICROSCOPY, ATOMIC FORCE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS;

EID: 84890490806     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr300253x     Document Type: Review

References (171)

1. Drenth, J. Principles of protein X-ray crystallography, 2 nd ed.; Springer-Verlag: New York, 1999.
2. In Protein NMR Spectroscopy: Practical Techniques and Applications; Roberts, G., Lian, L.-Y., Eds.; John Wiley & Sons Ltd.: West Sussex, U.K., 2011.
3. Greenleaf, W. J.; Woodside, M. T.; Block, S. M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2007, 36, 171
4. Moffitt, J. R.; Chemla, Y. R.; Smith, S. B.; Bustamante, C. Annu. Rev. Biochem. 2008, 77, 205
5. Koirala, D.; Mashimo, T.; Sannohe, Y.; Yu, Z.; Mao, H.; Sugiyama, H. Chem. Commun. 2012, 48, 2006
6. Koirala, D.; Dhakal, S.; Ashbridge, B.; Sannohe, Y.; Rodriguez, R.; Sugiyama, H.; Balasubramanian, S.; Mao, H. Nat. Chem. 2011, 3, 782
7. Vlaminck, I. D.; Dekker, C. Annu. Rev. Biophys. 2012, 41, 453
8. Joo, C.; Balci, H.; Ishitsuka, Y.; Buranachai, C.; Ha, T. Annu. Rev. Biochem. 2008, 77, 51
9. Park, H.; Toprak, E.; Selvin, P. R. Q. Rev. Biophys. 2007, 40, 87
10. Ries, J.; Kaplan, C.; Platonova, E.; Eghlidi, H.; Ewers, H. Nat. Methods 2012, 9, 582
11. Binnig, G.; Quate, C. F.; Gerber, C. Phys. Rev. Lett. 1986, 56, 930
12. Butt, H. J.; Downing, K. H.; Hansma, P. K. Biophys. J. 1990, 58, 1473
13. Rajendran, A.; Endo, M.; Katsuda, Y.; Hidaka, K.; Sugiyama, H. ACS Nano 2011, 5, 665
14. Zhong, Q.; Inniss, D.; Kjoller, K.; Elings, V. B. Surf. Sci. Lett. 1993, 290, L688
15. Marti, O.; Drake, B.; Hansma, P. K. Appl. Phys. Lett. 1987, 51, 484
16. Hansma, P. K.; Schitter, G.; Fantner, G. E.; Prater, C. Science 2006, 314, 601
17. Viani, M. B.; Schaffer, T. E.; Paloczi, G. T.; Pietrasanta, L. I.; Smith, B. L.; Thompson, J. B.; Richter, M.; Rief, M.; Gaub, H. E.; Plaxco, K. W.; Cleland, A. N.; Hansma, H. G.; Hansma, P. K. Rev. Sci. Instrum. 1999, 70, 4300
18. Viani, M. B.; Pietrasanta, L. I.; Thompson, J. B.; Chand, A.; Gebeshuber, I. C.; Kindt, J. H.; Richter, M.; Hansma, H. G.; Hansma, P. K. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 644
19. Picco, L. M.; Bozec, L.; Ulcinas, A.; Engledew, D. J.; Antognozzi, M.; Horton, M. A.; Miles, M. J. Nanotechnology 2007, 18, 44030
20. Fantner, G. E.; Schitter, G.; Kindt, J. H.; Ivanov, T.; Ivanova, K.; Patel, R.; Holten-Andersen, N.; Adams, J.; Thurner, P. J.; Rangelow, I. W.; Hansma, P. K. Ultramicroscopy 2006, 106, 881
21. Kindt, J. H.; Fantner, G. E.; Cutroni, J. A.; Hansma, P. K. Ultramicroscopy 2004, 100, 259
22. Viani, M. B.; Schaffer, T. E.; Chand, A.; Rief, M.; Gaub, H. E.; Hansma, P. K. J. Appl. Phys. 1999, 86, 2258
23. Manalis, S. R.; Minne, S. C.; Quate, C. F. Appl. Phys. Lett. 1996, 68, 871
24. Lutwyche, M.; Andreoli, C.; Binnig, G.; Brugger, J.; Drechsler, U.; Häberle, W.; Rohrer, H.; Rothuizen, H.; Vettiger, P.; Yaralioglu, G.; Quate, C. Sens. Actuators A: Phys. 1999, 73, 89
25. Walters, D. A.; Cleveland, J. P.; Thomson, N. H.; Hansma, P. K.; Wendman, M. A.; Gurley, G.; Elings, V. Rev. Sci. Instrum. 1996, 67, 3583
26. Schitter, G.; Astrom, K. J.; DeMartini, B. E.; Thurner, P. J.; Turner, K. L.; Hansma, P. K. Control Syst. Technol., IEEE Trans. 2007, 15, 906
27. Ando, T.; Kodera, N.; Maruyama, D.; Takai, E.; Saito, K.; Toda, A. Jpn. J. Appl. Phys. 2002, 41, 4851
28. Ando, T.; Kodera, N.; Takai, E.; Maruyama, D.; Saito, K.; Toda, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 12468
29. Ando, T.; Kodera, N.; Uchihashi, T.; Miyagi, A.; Nakakita, R.; Yamashita, H.; Matada, K. e-J. Surf. Sci. Nanotechnol. 2005, 3, 384
30. Kodera, N.; Yamamoto, D.; Ishikawa, R.; Ando, T. Nature 2010, 468, 72
31. Uchihashi, T.; Iino, R.; Ando, T.; Noji, H. Science 2011, 333, 755
32. Ando, T.; Uchihashi, T.; Fukuma, T. Prog. Surf. Sci. 2008, 83, 337
33. Rajendran, A.; Endo, M.; Sugiyama, H. Adv. Protein Chem. Struct. Biol. 2012, 87, 5
34. Suzuki, Y.; Yoshikawa, Y.; Yoshimura, S. H.; Yoshikawa, K.; Takeyasu, K. Wiley Interdiscip. Rev.: Nanomed. Nanobiotechnol. 2011, 3, 574
35. Miyagi, A.; Ando, T.; Lyubchenko, Y. L. Biochemistry 2011, 50, 7901
36. Kobayashi, M.; Sumitomo, K.; Torimitsu, K. Ultramicroscopy 2007, 107, 184
37. Bickle, T. A.; Kruger, D. H. Microbiol. Rev. 1993, 57, 434
38. Pingoud, A.; Jeltsch, A. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 3705
39. Terry, B. J.; Jack, W. E.; Modrich, P. J. Biol. Chem. 1985, 260, 13130
40. Gowers, D. M.; Halford, S. E. EMBO J. 2003, 22, 1410
41. Yokokawa, M.; Yoshimura, S. H.; Naito, Y.; Ando, T.; Yagi, A.; Sakai, N.; Takeyasu, K. IEE Proc., Nanobiotechnol. 2006, 153, 60
42. Schäfer, B.; Gemeinhardt, H.; Greulich, K. O. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 4663
43. Roberts, R. J.; Belfort, M.; Bestor, T.; Bhagwat, A. S.; Bickle, T. A.; Bitinaite, J.; Blumenthal, R. M.; Degtyarev, S. K.; Dryden, D. T. F.; Dybvig, K.; Firman, K.; Gromova, E. S.; Gumport, R. I.; Halford, S. E.; Hattman, S.; Heitman, J.; Hornby, D. P.; Janulaitis, A.; Jeltsch, A.; Josephsen, J.; Kiss, A.; Klaenhammer, T. R.; Kobayashi, I.; Kong, H.; Krüger, D. H.; Lacks, S.; Marinus, M. G.; Miyahara, M.; Morgan, R. D.; Murray, N. E.; Nagaraja, V.; Piekarowicz, A.; Pingoud, A.; Raleigh, E.; Rao, D. N.; Reich, N.; Repin, V. E.; Selker, E. U.; Shaw, P. C.; Stein, D. C.; Stoddard, B. L.; Szybalski, W.; Trautner, T. A.; Van Etten, J. L.; Vitor, J. M. B.; Wilson, G. G.; Xu, S. y. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 1805
44. Tamulaitis, G.; Sasnauskas, G.; Mucke, M.; Siksnys, V. J. Mol. Biol. 2006, 358, 406
45. Gilmore, J. L.; Suzuki, Y.; Tamulaitis, G.; Siksnys, V.; Takeyasu, K.; Lyubchenko, Y. L. Biochemistry 2009, 48, 10492
46. Shlyakhtenko, L. S.; Gilmore, J.; Portillo, A.; Tamulaitis, G.; Siksnys, V.; Lyubchenko, Y. L. Biochemistry 2007, 46, 11128
47. Janscak, P.; Sandmeier, U.; Szczelkun, M. D.; Bickle, T. A. J. Mol. Biol. 2001, 306, 417
48. Peakman, L. J.; Szczelkun, M. D. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 4166
49. Crampton, N.; Yokokawa, M.; Dryden, D. T. F.; Edwardson, J. M.; Rao, D. N.; Takeyasu, K.; Yoshimura, S. H.; Henderson, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 12755
50. Heyer, W.-D.; Li, X.; Rolfsmeier, M.; Zhang, X.-P. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 4115
51. Sanchez, H.; Suzuki, Y.; Yokokawa, M.; Takeyasu, K.; Wyman, C. Integr. Biol. 2011, 3, 1127
52. Williams, S. A.; Halford, S. E. J. Mol. Biol. 2002, 318, 387
53. Wentzell, L. M.; Halford, S. E. J. Mol. Biol. 1998, 281, 433
54. Suzuki, Y.; Gilmore, J. L.; Yoshimura, S. H.; Henderson, R. M.; Lyubchenko, Y. L.; Takeyasu, K. Biophys. J. 2011, 101, 2992
55. Kornberg, R. D. Science 1974, 184, 868
56. Suzuki, Y.; Higuchi, Y.; Hizume, K.; Yokokawa, M.; Yoshimura, S. H.; Yoshikawa, K.; Takeyasu, K. Ultramicroscopy 2010, 110, 682
57. Chen, Z.-P.; Levy, A.; Lightman, S. L. J. Neuroendocrinol. 1995, 7, 83
58. Khakh, B. S.; North, R. A. Nature 2006, 442, 527
59. Cockcroft, S.; Gomperts, B. D. Nature 1979, 279, 541
60. Shinozaki, Y.; Sumitomo, K.; Tsuda, M.; Koizumi, S.; Inoue, K.; Torimitsu, K. PLoS Biol. 2009, 7, e1000103
61. Hightower, L. E. Cell 1991, 66, 191
62. Hartl, F. U.; Hayer-Hartl, M. Science 2002, 295, 1852
63. Grallert, H.; Buchner, J. J. Struct. Biol. 2001, 135, 95
64. Chaudhry, C.; Farr, G. W.; Todd, M. J.; Rye, H. S.; Brunger, A. T.; Adams, P. D.; Horwich, A. L.; Sigler, P. B. EMBO J. 2003, 22, 4877
65. Yokokawa, M.; Wada, C.; Ando, T.; Sakai, N.; Yagi, A.; Yoshimura, S. H.; Takeyasu, K. EMBO J. 2006, 25, 4567
66. Chandrasekhar, G. N.; Tilly, K.; Woolford, C.; Hendrix, R.; Georgopoulos, C. J. Biol. Chem. 1986, 261, 12414
67. Motojima, F.; Yoshida, M. J. Biol. Chem. 2003, 278, 26648
68. Haupts, U.; Tittor, J.; Oesterhelt, D. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 367
69. Subramaniam, S.; Gerstein, M.; Oesterhelt, D.; Henderson, R. EMBO J. 1993, 12, 1
70. Shibata, M.; Uchihashi, T.; Yamashita, H.; Kandori, H.; Ando, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 4410
71. Shibata, M.; Yamashita, H.; Uchihashi, T.; Kandori, H.; Ando, T. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 208
72. Xiao, W.; Brown, L. S.; Needleman, R.; Lanyi, J. K.; Shin, Y.-K. J. Mol. Biol. 2000, 304, 715
73. Thorgeirsson, T. E.; Xiao, W.; Brown, L. S.; Needleman, R.; Lanyi, J. K.; Shin, Y.-K. J. Mol. Biol. 1997, 273, 951
74. Müller, D. J.; Schabert, F. A.; Büldt, G.; Engel, A. Biophys. J. 1995, 68, 1681
75. Casuso, I.; Sens, P.; Rico, F.; Scheuring, S. Biophys. J. 2010, 99, L47
76. Faivre, D.; Schüler, D. Chem. Rev. 2008, 108, 4875
77. Yamamoto, D.; Taoka, A.; Uchihashi, T.; Sasaki, H.; Watanabe, H.; Ando, T.; Fukumori, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 9382
78. Taoka, A.; Asada, R.; Sasaki, H.; Anzawa, K.; Wu, L.-F.; Fukumori, Y. J. Bacteriol. 2006, 188, 3805
79. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005, 6, 197
80. Belotserkovskaya, R.; Oh, S.; Bondarenko, V. A.; Orphanides, G.; Studitsky, V. M.; Reinberg, D. Science 2003, 301, 1090
81. Miyagi, A.; Tsunaka, Y.; Uchihashi, T.; Mayanagi, K.; Hirose, S.; Morikawa, K.; Ando, T. ChemPhysChem 2008, 9, 1859
82. Kasai, N.; Tsunaka, Y.; Ohki, I.; Hirose, S.; Morikawa, K.; Tate, S.-i. J. Biomol. NMR 2005, 32, 83
83. Queisser, H. J.; Haller, E. E. Science 1998, 281, 945
84. Wang, S.-W.; Robertson, C. R.; Gast, A. P. Langmuir 1999, 15, 1541
85. Chernov, A. A. J. Struct. Biol. 2003, 142, 3
86. Hendrickson, W. A.; Pähler, A.; Smith, J. L.; Satow, Y.; Merritt, E. A.; Phizackerley, R. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 2190
87. Blankenburg, R.; Meller, P.; Ringsdorf, H.; Salesse, C. Biochemistry 1989, 28, 8214
88. Scheuring, S.; MÜLler, D. J.; Ringler, P.; Heymann, J. B.; Engel, A. J. Microscopy 1999, 193, 28
89. Ku, A. C.; Darst, S. A.; Robertson, C. R.; Gast, A. P.; Kornberg, R. D. J. Phys. Chem. 1993, 97, 3013
90. Lou, C.; Wang, Z.; Wang, S.-W. Langmuir 2007, 23, 9752
91. Durbin, S. D.; Carlson, W. E. J. Cryst. Growth 1992, 122, 71
92. Yau, S. T.; Petsev, D. N.; Thomas, B. R.; Vekilov, P. G. J. Mol. Biol. 2000, 303, 667
93. Malkin, A. J.; McPherson, A. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6718
94. Yamamoto, D.; Uchihashi, T.; Kodera, N.; Ando, T. Nanotechnology 2008, 19, 384009
95. Yatcilla, M. T.; Robertson, C. R.; Gast, A. P. Langmuir 1998, 14, 497
96. Yamamoto, D.; Nagura, N.; Omote, S.; Taniguchi, M.; Ando, T. Biophys. J. 2009, 97, 2358
97. Pollard, T. D.; Borisy, G. G. Cell 2003, 112, 453
98. Jenal, U.; Fuchs, T. EMBO J. 1998, 17, 5658
99. Zhou, Y.; Gottesman, S.; Hoskins, J. R.; Maurizi, M. R.; Wickner, S. Genes Dev. 2001, 15, 627
100. Wickner, S.; Maurizi, M. R.; Gottesman, S. Science 1999, 286, 1888
101. Burton, B. M.; Williams, T. L.; Baker, T. A. Mol. Cell 2001, 8, 449
102. Burton, B. M.; Baker, T. A. Protein Sci. 2005, 14, 1945
103. Flynn, J. M.; Neher, S. B.; Kim, Y.-I.; Sauer, R. T.; Baker, T. A. Mol. Cell 2003, 11, 671
104. Mukherjee, A.; Lutkenhaus, J. J. Bacteriol. 1994, 176, 2754
105. Beuria, T. K.; Krishnakumar, S. S.; Sahar, S.; Singh, N.; Gupta, K.; Meshram, M.; Panda, D. J. Biol. Chem. 2003, 278, 3735
106. Ma, X.; Margolin, W. J. Bacteriol. 1999, 181, 7531
107. Cordell, S. C.; Robinson, E. J. H.; Löwe, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 7889
108. Weart, R. B.; Nakano, S.; Lane, B. E.; Zuber, P.; Levin, P. A. Mol. Microbiol. 2005, 57, 238
109. Camberg, J. L.; Hoskins, J. R.; Wickner, S. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2009, 106, 10614
110. Sugimoto, S.; Yamanaka, K.; Nishikori, S.; Miyagi, A.; Ando, T.; Ogura, T. J. Biol. Chem. 2010, 285, 6648
111. Sekikawa, A.; Fukui, H.; Fujii, S.; Nanakin, A.; Kanda, N.; Uenoyama, Y.; Sawabu, T.; Hisatsune, H.; Kusaka, T.; Ueno, S.; Nakase, H.; Seno, H.; Fujimori, T.; Chiba, T. Gut 2005, 54, 1437
112. Pignol, D.; Bertrand, J. A.; Bernard, J.-P.; Verdier, J.-M.; Dagorn, J.-C.; Fontecilla-Camps, J. C. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1995, 23, 604
113. Milhiet, P. E.; Yamamoto, D.; Berthoumieu, O.; Dosset, P.; Le Grimellec, C.; Verdier, J. M.; Marchal, S.; Ando, T. PLoS One 2010, 5, e13240
114. Yildiz, A.; Forkey, J. N.; McKinney, S. A.; Ha, T.; Goldman, Y. E.; Selvin, P. R. Science 2003, 300, 2061
115. Walker, M. L.; Burgess, S. A.; Sellers, J. R.; Wang, F.; Hammer, J. A.; Trinick, J.; Knight, P. J. Nature 2000, 405, 804
116. Oke, O. A.; Burgess, S. A.; Forgacs, E.; Knight, P. J.; Sakamoto, T.; Sellers, J. R.; White, H.; Trinick, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 2509
117. García, J. J.; Capaldi, R. A. J. Biol. Chem. 1998, 273, 15940
118. Kaibara, C.; Matsui, T.; Hisabori, T.; Yoshida, M. J. Biol. Chem. 1996, 271, 2433
119. Furuike, S.; Hossain, M. D.; Maki, Y.; Adachi, K.; Suzuki, T.; Kohori, A.; Itoh, H.; Yoshida, M.; Kinosita, K. Science 2008, 319, 955
120. Aloise, P.; Kagawa, Y.; Coleman, P. S. J. Biol. Chem. 1991, 266, 10368
121. Divne, C.; StaÌŠhlberg, J.; Teeri, T. T.; Jones, T. A. J. Mol. Biol. 1998, 275, 309
122. Igarashi, K.; Koivula, A.; Wada, M.; Kimura, S.; Penttilä, M.; Samejima, M. J. Biol. Chem. 2009, 284, 36186
123. Imai, T.; Boisset, C.; Samejima, M.; Igarashi, K.; Sugiyama, J. FEBS Lett. 1998, 432, 113
124. Igarashi, K.; Uchihashi, T.; Koivula, A.; Wada, M.; Kimura, S.; Okamoto, T.; Penttila, M.; Ando, T.; Samejima, M. Science 2011, 333, 1279
125. Igarashi, K.; Wada, M.; Samejima, M. FEBS J. 2007, 274, 1785
126. Izadpanah, A.; Gallo, R. L. J. Am. Acad. Dermatol. 2005, 52, 381
127. Gottlieb, C.; Thomsen, L.; Ingmer, H.; Mygind, P.; Kristensen, H.-H.; Gram, L. BMC Microbiol. 2008, 8, 205
128. Fantner, G. E.; Barbero, R. J.; Gray, D. S.; Belcher, A. M. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 280
129. Kalfa, V. C.; Jia, H. P.; Kunkle, R. A.; McCray, P. B.; Tack, B. F.; Brogden, K. A. Antimicrob. Agents Chemother. 2001, 45, 3256
130. Meincken, M.; Holroyd, D. L.; Rautenbach, M. Antimicrob. Agents Chemother. 2005, 49, 4085
131. Mangoni, M. L.; Papo, N.; Barra, D.; Simmaco, M.; Bozzi, A.; Di Giulio, A.; Rinaldi, A. C. Biochem. J. 2004, 380, 859
132. Boireau, W.; Bombard, S.; Sari, M.-A.; Pompon, D. Biotechnol. Bioeng. 2002, 77, 225
133. Laisne, A.; Ewald, M.; Ando, T.; Lesniewska, E.; Pompon, D. Bioconjugate Chem. 2011, 22, 1824
134. Rajendran, A.; Endo, M.; Hidaka, K.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 1117
135. Liu, Y.; Lin, C.; Li, H.; Yan, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 4333
136. Chhabra, R.; Sharma, J.; Ke, Y.; Liu, Y.; Rinker, S.; Lindsay, S.; Yan, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10304
137. Douglas, S. M.; Chou, J. J.; Shih, W. M. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2007, 104, 6644
138. Lund, K.; Liu, Y.; Lindsay, S.; Yan, H. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17606
139. Park, S. H.; Pistol, C.; Ahn, S. J.; Reif, J. H.; Lebeck, A. R.; Dwyer, C.; LaBean, T. H. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 735
140. Endo, M.; Katsuda, Y.; Hidaka, K.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1592
141. Rothemund, P. W. K. Nature 2006, 440, 297
142. Endo, M.; Sugita, T.; Rajendran, A.; Katsuda, Y.; Emura, T.; Hidaka, K.; Sugiyama, H. Chem. Commun. 2011, 47, 3213
143. Liu, W.; Zhong, H.; Wang, R.; Seeman, N. C. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 264
144. Rajendran, A.; Endo, M.; Sugiyama, H. Curr. Protoc. Nucleic Acid Chem. 2012, 48, 12.9.1
145. Rajendran, A.; Endo, M.; Hidaka, K.; Sugiyama, H. Chem. Commun. 2013, 49, 686
146. Andersen, E. S.; Dong, M.; Nielsen, M. M.; Jahn, K.; Subramani, R.; Mamdouh, W.; Golas, M. M.; Sander, B.; Stark, H.; Oliveira, C. L.; Pedersen, J. S.; Birkedal, V.; Besenbacher, F.; Gothelf, K. V.; Kjems, J. Nature 2009, 459, 73
147. Douglas, S. M.; Dietz, H.; Liedl, T.; Hogberg, B.; Graf, F.; Shih, W. M. Nature 2009, 459, 414
148. Dietz, H.; Douglas, S. M.; Shih, W. M. Science 2009, 325, 725
149. Liedl, T.; Hogberg, B.; Tytell, J.; Ingber, D. E.; Shih, W. M. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 520
150. Rinker, S.; Ke, Y.; Liu, Y.; Chhabra, R.; Yan, H. Nat. Nanotechnol. 2008, 3, 418
151. Numajiri, K.; Kimura, M.; Kuzuya, A.; Komiyama, M. Chem. Commun. 2010, 46, 5127
152. Rajendran, A.; Endo, M.; Sugiyama, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 874
153. Castro, C. E.; Kilchherr, F.; Kim, D.-N.; Shiao, E. L.; Wauer, T.; Wortmann, P.; Bathe, M.; Dietz, H. Nat. Methods 2011, 8, 221
154. Mei, Q.; Wei, X.; Su, F.; Liu, Y.; Youngbull, C.; Johnson, R.; Lindsay, S.; Yan, H.; Meldrum, D. Nano Lett. 2011, 11, 1477
155. Rajendran, A.; Endo, M.; Katsuda, Y.; Hidaka, K.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 14488
156. Endo, M.; Katsuda, Y.; Hidaka, K.; Sugiyama, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 9412
157. Thiagarajan, V.; Rajendran, A.; Satake, H.; Nishizawa, S.; Teramae, N. ChemBioChem 2010, 11, 94
158. Zhao, C.; Rajendran, A.; Dai, Q.; Nishizawa, S.; Teramae, N. Anal. Sci. 2008, 24, 693
159. Rajendar, B.; Rajendran, A.; Sato, Y.; Nishizawa, S.; Teramae, N. Bioorg. Med. Chem. 2009, 17, 351
160. Rajendran, A.; Zhao, C.; Rajendar, B.; Thiagarajan, V.; Sato, Y.; Nishizawa, S.; Teramae, N. Biochim. Biophys. Acta, Gen. Sub. 2010, 1800, 599
161. Rajendar, B.; Rajendran, A.; Ye, Z.; Kanai, E.; Sato, Y.; Nishizawa, S.; Sikorski, M.; Teramae, N. Org. Biomol. Chem. 2010, 8, 4949
162. Rajendran, A.; Thiagarajan, V.; Rajendar, B.; Nishizawa, S.; Teramae, N. Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj. 2009, 1790, 95
163. Rajendran, A.; Nair, B. U. Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj. 2006, 1760, 1794
164. Sannohe, Y.; Endo, M.; Katsuda, Y.; Hidaka, K.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 16311
165. Mashimo, T.; Yagi, H.; Sannohe, Y.; Rajendran, A.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 14910
166. Dhakal, S.; Mao, H.; Rajendran, A.; Endo, M.; Sugiyama, H. Guanine Quartets: Structure and Application; The Royal Society of Chemistry: 2013; p 73.
167. Endo, M.; Tatsumi, K.; Terushima, K.; Katsuda, Y.; Hidaka, K.; Harada, Y.; Sugiyama, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 8778
168. Kasas, S.; Thomson, N. H.; Smith, B. L.; Hansma, H. G.; Zhu, X.; Guthold, M.; Bustamante, C.; Kool, E. T.; Kashlev, M.; Hansma, P. K. Biochemistry 1997, 36, 461
169. Rajendran, A.; Nakano, S.-i.; Sugimoto, N. Chem. Commun. 2010, 46, 1299
170. Casuso, I.; Rico, F.; Scheuring, S. Curr. Opin. Chem. Biol. 2011, 15, 704
171. Sugimoto, S.; Yamanaka, K.; Nishikori, S.; Miyagi, A.; Ando, T.; Ogura, T. J. Biol. Chem. 2010, 285, 6648