Accurate calculation of mutational effects on the thermodynamics of inhibitor binding to p38α MAP kinase: A combined computational and experimental study

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 7, 2013, Pages 3151-3164

  Zhu, Shun ^a   Travis, Sue M ^a   Elcock, Adrian H ^a  

^a UNIVERSITY OF IOWA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84880009140     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400104x     Document Type: Article

References (136)

1. McLean, G. W.; Carragher, N. O.; Avizienyte, E.; Evans, J.; Brunton, V. G.; Frame, M. C. Nat. Rev. Cancer 2005, 5, 505-515
2. Shapiro, G. I. J. Clin. Oncol. 2006, 24, 1770-1783
3. Schindler, J. F.; Monahan, J. B.; Smith, W. G. J. Dent. Res. 2007, 86, 800-811
4. Deininger, M.; Buchdunger, E.; Druker, B. J. Blood 2005, 105, 2640-2653
5. Daub, H.; Specht, K.; Ullrich, A. Nat. Rev. Drug Discovery 2004, 3, 1001-1010
6. Nardi, V.; Azam, M.; Daley, G. Q. Curr. Opin. Hematol. 2004, 11, 35-43
7. Jänne, P. A.; Gray, N.; Settleman, J. Nat. Rev. Drug Discovery 2009, 8, 709-723
8. Barouch-Bentov, R.; Sauer, K. Expert Opin. Invest. Drugs 2011, 20, 153-208
9. Bikker, J. A.; Brooijmans, N.; Wissner, A.; Mansour, T. S. J. Med. Chem. 2009, 52, 1493-1509
10. Krishnamurty, R.; Maly, D. J. ACS Chem. Biol. 2010, 5, 121-138
11. Girdler, F.; Sessa, F.; Patercoli, S.; Villa, F.; Musacchio, A.; Taylor, S. Chem. Biol. 2008, 15, 552-562
12. Aleksandrov, A.; Thompson, D.; Simonson, T. J. Mol. Recognit. 2010, 23, 117-127
13. Steinbrecher, T.; Labahn, A. Curr. Med. Chem. 2010, 17, 767-785
14. Michel, J.; Essex, J. W. J. Comput. Aid. Mol. Des. 2010, 24, 639-658
15. Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 1992, 43, 407-435
16. Kollman, P. Chem. Rev. 1993, 93, 2395-2417
17. Tong, L.; Pav, S.; White, D. M.; Rogers, S.; Crane, K. M.; Cywin, C. L.; Brown, M. L.; Pargellis, C. A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 311-316
18. Wang, Z. L.; Canagarajah, B. J.; Boehm, J. C.; Kassisà, S.; Cobb, M. H.; Young, P. R.; Abdel-Meguid, S.; Adams, J. L.; Goldsmith, E. J. Structure 1998, 6, 1117-1128
19. Stephens, P.; Hunter, C.; Bignell, G.; Edkins, S.; Davies, H.; Teague, J.; Stevens, C.; O'Meara, S.; Smith, R.; Parker, A.; Barthorpe, A.; Blow, M.; Brackenbury, L.; Butler, A.; Clarke, O.; Cole, J.; Dicks, E.; Dike, A.; Drozd, A.; Edwards, K.; Forbes, S.; Foster, R.; Gray, K.; Greenman, C.; Halliday, K.; Hills, K.; Kosmidou, V.; Lugg, R.; Menzies, A.; Perry, J.; Petty, R.; Raine, K.; Ratford, L.; Shepherd, R.; Small, A.; Stephens, Y.; Tofts, C.; Varian, J.; West, S.; Widaa, S.; Yates, A.; Brasseur, F.; Cooper, C. S.; Flanagan, A. M.; Knowles, M.; Leung, S. Y.; Louis, D. N.; Looijenga, L. H. J.; Malkowicz, B.; Pierotti, M. A.; Teh, B.; Chenevix-Trench, G.; Weber, B. L.; Yuen, S. T.; Harris, G.; Goldstraw, P.; Nicholson, A. G.; Futreal, P. A.; Wooster, R.; Stratton, M. R. Nature 2004, 431, 525-526
20. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474-6487
21. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins-Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 712-725
22. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Palmo, K.; Maragakis, P.; Klepeis, J. L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins-Struct., Funct., Bioinf. 2010, 78, 1950-1958
23. SigmaPlot V.10; Systat Software, Inc.: Richmond, CA.
24. Krivov, G. G.; Shapovalov, M. V.; Dunbrack, R. L. Proteins-Struct., Funct., Bioinf. 2009, 77, 778-795
25. Wang, Z. L.; Harkins, P. C.; Ulevitch, R. J.; Han, J. H.; Cobb, M. H.; Goldsmith, E. J. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1997, 94, 2327-2332
26. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306
27. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435
28. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
29. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225
30. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179
31. Hilal, S. H.; Karickhoff, S. W.; Carreira, L. A. Quant. Struct. Act. Relat. 1995, 14, 348
32. Storer, J. W.; Giesen, D. J.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Comput. Aid. Mol. Des. 1995, 9, 87
33. Tominaga, Y.; Jorgensen, W. L. J. Med. Chem. 2004, 47, 2534
34. Rockey, W. M.; Elcock, A. H. J. Med. Chem. 2005, 48, 4138
35. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269
36. Vanquelef, E.; Simon, S.; Marquant, G.; Garcia, E.; Klimerak, G.; Delepine, J. C.; Cieplak, P.; Dupradeau, F. Y. Nucleic Acids Res. 2011, 39, W511
37. Wang, J. M.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157
38. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577
39. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463
40. Bruckner, S.; Boresch, S. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1320-1333
41. Bruckner, S.; Boresch, S. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1303-1319
42. Beutler, T. C.; Mark, A. E.; Vanschaik, R. C.; Gerber, P. R.; van Gunsteren, W. F. Chem. Phys. Lett. 1994, 222, 529
43. Barlow, R. J. Statistics: A Guide to the Use of Statistical Methods in the Physical Sciences; Wiley: Chichester, U.K., 1989.
44. Hayes, J. M.; Archontis, G. MM-GB(PB)SA calculations of protein-ligand binding free energies. In Molecular Dynamics-Studies of Synthetic and Biological Macromolecules, Wang, L., Ed.; InTech, Rijeka, Croatia, 2012. (ISBN: 978-953-51-0444-5; DOI: 10.5772/37107.)
45. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E., III; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401-9409
46. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E., III. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889-897
47. Massova, I.; Kollman, P. A. Perspect. Drug Discovery Des. 2000, 18, 113-135
48. Gohlke, H.; Kiel, C.; Case, D. A. J. Mol. Biol. 2003, 18, 891-913
49. Gohlke, H.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 238-250
50. Chachra, R.; Rizzo, R. C. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1526-1540
51. Abel, R.; Young, T.; Farid, R.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2817-2831
52. Ng, C. A.; Oehme, D. P.; Kato, Y.; Tanokura, M.; Brownlee, R. T. C. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2886-2897
53. Balius, T. E.; Rizzo, R. C. Biochemistry 2009, 48, 8435-8448
54. Newhouse, E. I.; Xu, D.; Markwick, P. R. L.; Amaro, R. E.; Pao, H. C.; Wu, K. J.; Alam, M.; McCammon, J. A.; Li, W. W. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 17430-17442
55. Wang, L.; Deng, Y.; Knight, J. L.; Wu, Y.; Kim, B.; Sherman, W.; Shelley, J. C.; Lin, T.; Abel, R. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1282-1293
56. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. Proteins: Struct. Funct. Bioinf. 2004, 55, 383-394
57. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978-1988
58. Regan, J.; Breitfelder, S.; Cirillo, P.; Gilmore, T.; Graham, A. G.; Hickey, E.; Klaus, B.; Madwed, J.; Moriak, M.; Moss, N.; Pargellis, C.; Pav, S.; Proto, A.; Swinamer, A.; Tong, L.; Torcellini, C. J. Med. Chem. 2002, 45, 2994
59. Fabian, M. A.; Biggs, W. H.; Treiber, D. K.; Atteridge, C. E.; Azimioara, M. D.; Benedetti, M. G.; Carter, T. A.; Ciceri, P.; Edeen, P. T.; Floyd, M.; Ford, J. M.; Galvin, M.; Gerlach, J. L.; Grotzfeld, R. M.; Herrgard, S.; Insko, D. E.; Insko, M. A.; Lai, A. G.; Lelias, J. M.; Mehta, S. A.; Milanov, Z. V.; Velasco, A. M.; Wodicka, L. M.; Patel, H. K.; Zarrinkar, P. P.; Lockhart, D. J. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 329
60. Karaman, M. W.; Herrgard, S.; Treiber, D. K.; Gallant, P.; Atteridge, C. E.; Campbell, B. T.; Chan, K. W.; Ciceri, P.; Davis, M. I.; Edeen, P. T.; Faraoni, R.; Floyd, M.; Hunt, J. P.; Lockhart, D. J.; Milanov, Z. V.; Morrison, M. J.; Pallares, G.; Patel, H. K.; Pritchard, S.; Wodicka, L. M.; Zarrinkar, P. P. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 127
61. Swann, S. L.; Merta, P. J.; Kifle, L.; Groebe, D.; Sarris, K.; Hajduk, P. J.; Sun, C. H. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2010, 20, 5787
62. Gum, R. J.; McLaughlin, M. M.; Kumar, S.; Wang, Z. L.; Bower, M. J.; Lee, J. C.; Adams, J. L.; Livi, G. P.; Goldsmith, E. J.; Young, P. R. J. Biol. Chem. 1998, 273, 15605
63. Sobolev, V.; Sorokine, A.; Prilusky, J.; Abola, E. E.; Edelman, M. Bioinformatics 1999, 15, 327
64. Lisnock, J. M.; Tebben, A.; Frantz, B.; O'Neill, E. A.; Croft, G.; O'Keefe, S. J.; Li, B.; Hacker, C.; de Laszlo, S.; Smith, A.; Libby, B.; Liverton, N.; Hermes, J.; LoGrasso, P. Biochemistry 1998, 37, 16573
65. Tembe, B. L.; McCammon, J. A. Comput. Chem. 1984, 8, 281
66. Jorgensen, W. L.; Ravimohan, C. J. Chem. Phys. 1985, 83, 3050
67. Lybrand, T. P.; McCammon, J. A.; Wipff, G. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1986, 83, 833
68. Wong, C. F.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 3830
69. Bash, P. A.; Singh, U. C.; Brown, F. K.; Langridge, R.; Kollman, P. A. Science 1987, 235, 574
70. McCammon, J. A. Science 1987, 238, 486
71. Mann, G.; Hermans, J. J. Mol. Biol. 2000, 302, 979
72. Boresch, S.; Tettinger, F.; Leitgeb, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9535
73. Deng, Y. Q.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1255
74. Mobley, D. L.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 084902
75. Mobley, D. L.; Graves, A. P.; Chodera, J. D.; McReynolds, A. C.; Shoichet, B. K.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2007, 371, 1118-1134
76. Mobley, D. L.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1231
77. Boyce, S. E.; Mobley, D. L.; Rocklin, G. J.; Graves, A. P.; Dill, K. A.; Shoichet, B. K. J. Mol. Biol. 2009, 394, 747
78. Jiang, W.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2559-2565
79. Fujitani, H.; Tanida, Y.; Ito, M.; Jayachandran, G.; Snow, C. D.; Shirts, M. R.; Sorin, E. J.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2005, 123, 5
80. Wang, J. Y.; Deng, Y. Q.; Roux, B. Biophys. J. 2006, 91, 2798
81. Jayachandran, G.; Shirts, M. R.; Park, S.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2006, 125, 12
82. Deng, Y. Q.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2008, 128, 8
83. Khavrutskii, I. V.; Wallqvist, A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3001
84. Reddy, M. R.; Erion, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6246
85. Erion, M. D.; Dang, Q.; Reddy, M. R.; Kasibhatla, S. R.; Huang, J.; Lipscomb, W. N.; van Poelje, P. D. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 15480
86. Reddy, M. R.; Erion, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 9296
87. Zeevaart, J. G.; Wang, L. G.; Thakur, V. V.; Leung, C. S.; Tirado-Rives, J.; Bailey, C. M.; Domaoal, R. A.; Anderson, K. S.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 9492
88. Jorgensen, W. L.; Bollini, M.; Thakur, V. V.; Domaoal, R. A.; Spasov, K. A.; Anderson, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 15686
89. Genheden, S.; Nilsson, I.; Ryde, U. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 947
90. Zhou, R. H.; Das, P.; Royyuru, A. K. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 15813
91. Park, H.; Jeon, Y. H. J. Mol. Graphics Model. 2011, 29, 643
92. Das, P.; Li, J. Y.; Royyuru, A. K.; Zhou, R. H. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1654
93. Zheng, Z. L.; Ye, M. Q.; Zuo, Z. Y.; Liu, Z. G.; Tai, K. C.; Zu, G. L. Biochem. J. 2006, 395, 509
94. Pan, Y. M.; Gao, D. Q.; Yang, W. C.; Cho, H.; Zhan, C. G. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13537
95. Yang, W. C.; Pan, Y. M.; Zheng, F.; Cho, H.; Tai, H. H.; Zhan, C. G. Biophys. J. 2009, 96, 1931
96. Yang, W. C.; Pan, Y. M.; Fang, L.; Gao, D. Q.; Zheng, F.; Zhan, C. G. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 10889
97. Rizzo, R. C.; Wang, D. P.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12898
98. Wang, D. P.; Rizzo, R. C.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2001, 11, 2799
99. Park, H.; Lee, S. J. Comput. Aid. Mol. Des. 2005, 19, 17
100. Guo, Z. Y.; Prongay, A.; Tong, X.; Fischmann, T.; Bogen, S.; Velazquez, F.; Venkatraman, S.; Njoroge, F. G.; Madison, V. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1657
101. Mutyala, R.; Reddy, R. N.; Sumakanth, M.; Reddanna, P.; Reddy, M. R. J. Comput. Chem. 2007, 28, 932
102. Ripoll, D. R.; Khavrutskii, I. V.; Chaudhury, S.; Liu, J.; Kuschner, R. A.; Wallqvist, A.; Reifman, J. PLoS Comput. Biol. 2012, 8, e1002665
103. Guerois, R.; Nielsen, J. E.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 2002, 320, 369-387
104. Wickstrom, L.; Gallichio, E.; Levy, R. M. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2011, 80, 111-125
105. Petrella, R. J.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2001, 312, 1161-1175
106. Wang, L.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2012, 109, 1937-1942
107. Shaw, D. E.; Dror, R. O.; Salmon, J. K.; Grossman, J. P.; Mackenzie, K. M.; Bank, J. A.; Young, C.; Deneroff, M. M.; Batson, B.; Bowers, K. J.; Chow, E.; Eastwood, M. P.; Ierardi, D. J.; Klepeis, J. L.; Kuskin, J. S.; Larson, R. H.; Lindorff-Larsen, K.; Maragakis, P.; Moraes, M. A.; Piana, S.; Shan, Y.; Towles, B. In Proceedings of the Conference on High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis (SC09); Association for Computing Machinery (ACM): New York, 2009.
108. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y. B.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341
109. Zheng, L.; Yang, W. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 810
110. Jiang, F.; Han, W.; Wu, Y. D. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 5840
111. Mobley, D. L. J. Comput. Aided Mol. Des. 2012, 26, 93-95
112. Raval, A.; Piana, S.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins-Struct., Funct., Bioinf. 2012, 80, 2071
113. Gallicchio, E.; Lapelosa, M.; Levy, R. M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2961-2977
114. Pargellis, C.; Tong, L.; Churchill, L.; Cirillo, P. F.; Gilmore, T.; Graham, A. G.; Grob, P. M.; Hickey, E. R.; Moss, N.; Pav, S.; Regan Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 268-272
115. Regan, J.; Pargellis, C.; Cirillo, P. F.; Gilmore, T.; Hickey, E. R.; Peet, G. W.; Proto, A.; Swinamer, A.; Moss, A. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 3101-3104
116. Vogtherr, M.; Saxena, K.; Hoelder, S.; Grimme, S.; Betz, M.; Schieborr, U.; Pescatore, B.; Robin, M.; Delarbre, L.; Langer, T.; Wendt, K. U.; Schwalbe, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 993-997
117. Simard, J. R.; Getlik, M.; Grtter, C.; Pawar, V.; Wulfert, S.; Rabiller, M.; Rauh, D. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13286-13296
118. Honndorf, V. S.; Coudevylle, N.; Laufer, S.; Becker, S.; Griesinger, C. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 3548-3551
119. Raingeaud, J.; Gupta, S.; Rogers, J. S.; Dickens, M.; Han, J.; Ulevitch, R. J.; Davis, R. J. J. Biol. Chem. 1995, 270, 7420-7426
120. Nielsen, G.; Schwalbe, H. ChemBioChem 2011, 12, 2599-2607
121. Young, P. R.; McLaughlin, M. M.; Kumar, S.; Kassis, S.; Doyle, M. L.; McNulty, D.; Gallagher, T. F.; Fisher, S.; McDonnell, P. C.; Carr, S. A.; Huddleston, M. J.; Seibel, G.; Porter, T. G.; Livi, G. P.; Adams, J. L.; Lee, J. C. J. Biol. Chem. 1997, 272, 12116-12121
122. Frembgen-Kesner, T.; Elcock, A. H. J. Mol. Biol. 2006, 359, 202-214
123. Filomia, F.; De Rienzo, F.; Menziani, M. C. Bioorg. Med. Chem. 2010, 18, 6805-6812
124. Shan, A.; Seeliger, M.; Eastwood, M. P.; Frank, F.; Xu, H.; Jensen, M. O.; Dror, R. O.; Kuriyan, J.; Shaw, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2009, 106, 139-144
125. Shan, Y.; Arkhipov, A.; Kim, E. T.; Pan, A. C.; Shaw, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2013, 110, 7270-7275
126. Kufareva, I.; Abagyan, R. J. Med. Chem. 2008, 51, 7921-7932
127. Xu, M.; Yu, L.; Wan, B.; Yu, L.; Huang, Q. PLoS One 2011, 6, e22644
128. Flick, J.; Tristram, F.; Wenzel, W. J. Comput. Chem. 2012, 33, 2504-2515
129. Chen, W.; Chang, C. E.; Gilson, M. K. Biophys. J. 2004, 87, 3035-3049
130. Huang, Y. H.; Chen, W.; Potter, M. J.; Chang, C. A. Biophys. J. 2012, 103, 342-351
131. Rao, S.; Sanschagrin, P. C.; Greenwood, J. R.; Repasky, M. P.; Sherman, W.; Farid, R. J. Comput. Aided Mol. Des. 2008, 22, 621-627
132. Cheeseright, T. J.; Holm, M.; Lehmann, F.; Luik, S.; Göttert, M.; Melville, J. L.; Laufer, S. J. Med. Chem. 2009, 52, 4200-4209
133. Armen, R. S.; Chen, J.; Brooks, C. L., III. J. Chem. Theory Comput. 2009, 13, 2909-2923
134. Vinh, N. B.; Simpson, J. S.; Scammells, P. J.; Chalmers, D. K. J. Comput. Aided Mol. Des. 2012, 26, 409-423
135. Bukhtiyarova, M.; Karpusas, M.; Northrop, K.; Namboodiri, H. V. M; Springman, E. B. Biochemistry 2007, 46, 5687-5696
136. Yun, C. H.; Mengwasser, K. E.; Toms, A. V.; Woo, M. S.; Greulich, H.; Wong, K. K.; Meyerson, M.; Eck, M. J. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2008, 105, 2070