Modeling local structural rearrangements using FEP/REST: Application to relative binding affinity predictions of CDK2 inhibitors

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 2, 2013, Pages 1282-1293

  Wang, Lingle ^a   Deng, Yuqing ^a   Knight, Jennifer L ^a   Wu, Yujie ^a   Kim, Byungchan ^a   Sherman, Woody ^a   Shelley, John C ^a   Lin, Teng ^a   Abel, Robert ^a  

^a SCHRÖDINGER INC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84873642828     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300911a     Document Type: Article

References (45)

1. Gilson, M. K.; Zhou, H. X. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2007, 36, 21
2. Jorgensen, W. L. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 733
3. Mobley, D. L.; Dill, K. A. Structure 2009, 17, 498
4. Deng, Y.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2234
5. Gallicchio, E.; Levy, R. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 161
6. Mobley, D. L.; Dill, K. A.; Chodera, J. D. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 938
7. Young, T.; Abel, R.; Kim, B.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 813
8. Abel, R.; Young, T.; Farid, R.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2831
9. Wang, L.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 1326
10. de Amorim, H. L.; Caceres, R. A.; Netz, P. A. Curr. Drug Targets 2008, 9, 1100
11. Michel, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 15403
12. Chipot, C.; Rozanska, X.; Dixit, S. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2005, 19, 765
13. Chodera, J. D.; Mobley, D. L.; Shirts, M. R.; Dixon, R. W.; Branson, K.; Pande, V. S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21
14. Wang, L.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 1937
15. Huang, X.; Hagen, M.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Zhou, R.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5405
16. Liu, P.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 13749
17. Wang, L.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 9431
18. Hardcastle, I. R.; Arris, C. E.; Bentley, J.; Boyle, F. T.; Chen, Y.; Curtin, N. J.; Endicott, J. A.; Gibson, A. E.; Golding, B. T.; Griffin, R. J.; Jewsbury, P.; Menyerol, J.; Mesguiche, V.; Newell, D. R.; Noble, M. E.; Pratt, D. J.; Wang, L. Z.; Whitfield, H. J. J. Med. Chem. 2004, 47, 3710
19. Malumbres, M.; Barbacid, M. Nat. Rev. Cancer 2009, 9, 153
20. Chen, Y. N.; Sharma, S. K.; Ramsey, T. M.; Jiang, L.; Martin, M. S.; Baker, K.; Adams, P. D.; Bair, K. W.; Kaelin, W. G., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 4325
21. Pohorille, A.; Jarzynski, C.; Chipot, C. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 10253
22. Steiner, D.; Oostenbrink, C.; Diederich, F.; Zurcher, M.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1801
23. Lai, B.; Oostenbrink, C. Theor. Chem. Acc. 2012, 131, 1
24. Jiang, W.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2565
25. Woods, C. J.; Essex, J. W.; King, M. A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13703
26. Patriksson, A.; van der Spoel, D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2073
27. Beutler, T. C.; Mark, A. E.; van Schaik, R. C.; Gerber, P. R.; van Gunsteren, W. F. Chem. Phys. Lett. 1994, 222, 529
28. Desmond; 3.4 ed.; Schrodinger, LLC: New York, 2012.
29. Bowers, K. J.; Chow, E.; Xu, H.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Gregersen, B. A.; Klepeis, J. L.; Kolossvary, I.; Moraes, M. A.; Sacerdoti, F. D.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Shaw, D. E. In Proceedings of the 2006 ACM/IEEE Conference on Supercomputing; ACM: Tampa, FL, 2006; p 84.
30. Shivakumar, D.; Williams, J.; Wu, Y.; Damm, W.; Shelley, J.; Sherman, W. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1509
31. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657
32. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474
33. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981; p 331.
34. Maestro; 9.3 ed.; Schrodinger, LLC: New York, 2012.
35. Schrodinger Suite 2012 Protein Preparation Wizard; Schrodinger, LLC: New York, 2012.
36. Olsson, M. H. M.; Søndergaard, C. R.; Rostkowski, M.; Jensen, J. H. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 525
37. Bennett, C. H. J. Comput. Phys. 1976, 22, 245
38. Paliwal, H.; Shirts, M. R. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 4115
39. Hahn, A. M.; Then, H. Phys. Rev. E 2009, 80, 031111
40. Shenfeld, D. K.; Xu, H.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Phys. Rev. E 2009, 80, 046705
41. Li, J.; Abel, R.; Zhu, K.; Cao, Y.; Zhao, S.; Friesner, R. A. Proteins 2011, 79, 2794
42. Borrelli, K. W.; Cossins, B.; Guallar, V. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1224
43. Yang, C. Y.; Sun, H.; Chen, J.; Nikolovska-Coleska, Z.; Wang, S. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13709
44. Gao, C.; Park, M. S.; Stern, H. A. Biophys. J. 2010, 98, 901
45. Deng, Y.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2008, 128, 115103