An evaluation of explicit receptor flexibility in molecular docking using molecular dynamics and torsion angle molecular dynamics

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 10, 2009, Pages 2909-2923

  Armen, Roger S ^a   Chen, Jianhan ^b   Brooks III, Charles L ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

^b KANSAS STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 73949141783     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct900262t     Document Type: Article

References (61)

1. Carlson, H. A. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 447-52
2. Abagyan, R.; Totrov, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 375-82
3. Gerstein, M.; Krebs, W. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 4280-90
4. Kuntz, I. D.; Meng, E. C.; Shoichet, B. K. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 117-123
5. Polgar, T.; Baki, A.; Szendrei, G. I.; Keseru, G. M. J. Med. Chem. 2005, 48, 7946-59
6. Zavodszky, M. I.; Kuhn, L. A. Protein Sci. 2005, 14, 1104-14
7. McGovern, S. L.; Shoichet, B. K. J. Med. Chem. 2003, 46, 2895-907
8. Mazur, A. K.; Dorofeev, V. E.; Abagyan, R. A. J. Comput. Phys. 1991, 92, 261-272
9. Totrov, M.; Abagyan, R. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997, 215-220
10. Totrov, M.; Abagyan, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 178-84
11. Sours, K. M.; Kwok, S. C.; Rachidi, T.; Lee, T.; Ring, A.; Hoofnagle, A. N.; Resing, K. A.; Ahn, N. G. J. Mol. Biol. 2008, 379, 1075-93
12. Akella, R.; Moon, T. M.; Goldsmith, E. J. Biochim. Biophys. Acta 2008, 1784, 48-55
13. Ghose, A. K.; Herbertz, T.; Pippin, D. A.; Salvino, J. M.; Mallamo, J. P. J. Med. Chem. 2008, 51, 5149-71
14. Liu, Y.; Gray, N. S. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 358-64
15. Wang, Z.; Canagarajah, B. J.; Boehm, J. C.; Kassisa, S.; Cobb, M. H.; Young, P. R.; Abdel-Meguid, S.; Adams, J. L.; Goldsmith, E. J. Structure 1998, 6, 1117-28
16. Shewchuk, L.; Hassell, A.; Wisely, B.; Rocque, W.; Holmes, W.; Veal, J.; Kuyper, L. F. J. Med. Chem. 2000, 43, 133-8
17. Fitzgerald, C. E.; Patel, S. B.; Becker, J. W.; Cameron, P. M.; Zaller, D.; Pikounis, V. B.; O'Keefe, S. J.; Scapin, G. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 764-9
18. Gill, A. L.; Frederickson, M.; Cleasby, A.; Woodhead, S. J.; Carr, M. G.; Woodhead, A. J.; Walker, M. T.; Congreve, M. S.; Devine, L. A.; Tisi, D.; O'Reilly, M.; Seavers, L. C.; Davis, D. J.; Curry, J.; Anthony, R.; Padova, A.; Murray, C. W.; Carr, R. A.; Jhoti, H. J. Med. Chem. 2005, 48, 414-26
19. Trejo, A.; Arzeno, H.; Browner, M.; Chanda, S.; Cheng, S.; Comer, D. D.; Dalrymple, S. A.; Dunten, P.; Lafargue, J.; Lovejoy, B.; Freire-Moar, J.; Lim, J.; McIntosh, J.; Miller, J.; Papp, E.; Reuter, D.; Roberts, R.; Sanpablo, F.; Saunders, J.; Song, K.; Villasenor, A.; Warren, S. D.; Welch, M.; Weller, P.; Whiteley, P. E.; Zeng, L.; Goldstein, D. M. J. Med. Chem. 2003, 46, 4702-13
20. Tamayo, N.; Liao, L.; Goldberg, M.; Powers, D.; Tudor, Y. Y.; Yu, V.; Wong, L. M.; Henkle, B.; Middleton, S.; Syed, R.; Harvey, T.; Jang, G.; Hungate, R.; Dominguez, C. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 2409-13
21. Pargellis, C.; Tong, L.; Churchill, L.; Cirillo, P. F.; Gilmore, T.; Graham, A. G.; Grob, P. M.; Hickey, E. R.; Moss, N.; Pav, S.; Regan, J. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 268-72
22. Erickson, J. A.; Jalaie, M.; Robertson, D. H.; Lewis, R. A.; Vieth, M. J. Med. Chem. 2004, 47, 45-55
23. Cavasotto, C. N.; Kovacs, J. A.; Abagyan, R. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9632-40
24. May, A.; Zacharias, M. Proteins 2008, 70, 794-809
25. Tama, F.; Wriggers, W.; Brooks, C. L., III. J. Mol. Biol. 2002, 321, 297-305
26. Gohlke, H.; Kuhn, L. A.; Case, D. A. Proteins 2004, 56, 322-37
27. Kornev, A. P.; Haste, N. M.; Taylor, S. S.; Eyck, L. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 17783-8
28. Kornev, A. P.; Taylor, S. S.; Ten Eyck, L. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 14377-82
29. Salaniwal, S.; Manas, E. S.; Alvarez, J. C.; Unwalla, R. J. Proteins 2007, 66, 422-35
30. Gohlke, H.; Klebe, G. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2002, 41, 2644-76
31. Martin, M. W.; Newcomb, J.; Nunes, J. J.; McGowan, D. C.; Armistead, D. M.; Boucher, C.; Buchanan, J. L.; Buckner, W.; Chai, L.; Elbaum, D.; Epstein, L. F.; Faust, T.; Flynn, S.; Gallant, P.; Gore, A.; Gu, Y.; Hsieh, F.; Huang, X.; Lee, J. H.; Metz, D.; Middleton, S.; Mohn, D.; Morgenstern, K.; Morrison, M. J.; Novak, P. M.; Oliveira-dos-Santos, A.; Powers, D.; Rose, P.; Schneider, S.; Sell, S.; Tudor, Y.; Turci, S. M.; Welcher, A. A.; White, R. D.; Zack, D.; Zhao, H.; Zhu, L.; Zhu, X.; Ghiron, C.; Amouzegh, P.; Ermann, M.; Jenkins, J.; Johnston, D.; Napier, S.; Power, E. J. Med. Chem. 2006, 49, 4981-91
32. Goldstein, D. M.; Alfredson, T.; Bertrand, J.; Browner, M. F.; Clifford, K.; Dalrymple, S. A.; Dunn, J.; Freire-Moar, J.; Harris, S.; Labadie, S. S.; La Fargue, J.; Lapierre, J. M.; Larrabee, S.; Li, F.; Papp, E.; McWeeney, D.; Ramesha, C.; Roberts, R.; Rotstein, D.; San Pablo, B.; Sjogren, E. B.; So, O. Y.; Talamas, F. X.; Tao, W.; Trejo, A.; Villasenor, A.; Welch, M.; Welch, T.; Weller, P.; Whiteley, P. E.; Young, K.; Zipfel, S. J. Med. Chem. 2006, 49, 1562-75
33. Dombroski, M. A.; Letavic, M. A.; McClure, K. F.; Barberia, J. T.; Carty, T. J.; Cortina, S. R.; Csiki, C.; Dipesa, A. J.; Elliott, N. C.; Gabel, C. A.; Jordan, C. K.; Labasi, J. M.; Martin, W. H.; Peese, K. M.; Stock, I. A.; Svensson, L.; Sweeney, F. J.; Yu, C. H. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2004, 14, 919-923
34. McClure, K. F.; Letavic, M. A.; Kalgutkar, A. S.; Gabel, C. A.; Audoly, L.; Barberia, J. T.; Braganza, J. F.; Carter, D.; Carty, T. J.; Cortina, S. R.; Dombroski, M. A.; Donahue, K. M.; Elliott, N. C.; Gibbons, C. P.; Jordan, C. K.; Kuperman, A. V.; Labasi, J. M.; Laliberte, R. E.; McCoy, J. M.; Naiman, B. M.; Nelson, K. L.; Nguyen, H. T.; Peese, K. M.; Sweeney, F. J.; Taylor, T. J.; Trebino, C. E.; Abramov, Y. A.; Laird, E. R.; Volberg, W. A.; Zhou, J.; Bach, J.; Lombardo, F. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006, 16, 4339-44
35. Honndorf, V. S.; Coudevylle, N.; Laufer, S.; Becker, S.; Griesinger, C. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2008, 47, 3548-51
36. Vogtherr, M.; Saxena, K.; Hoelder, S.; Grimme, S.; Betz, M.; Schieborr, U.; Pescatore, B.; Robin, M.; Delarbre, L.; Langer, T.; Wendt, K. U.; Schwalbe, H. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2006, 45, 993-7
37. Huang, N.; Shoichet, B. K.; Irwin, J. J. J. Med. Chem. 2006, 49, 6789-801
38. Verdonk, M. L.; Berdini, V.; Hartshorn, M. J.; Mooij, W. T.; Murray, C. W.; Taylor, R. D.; Watson, P. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 793-806
39. Cavasotto, C. N.; Abagyan, R. A. J. Mol. Biol. 2004, 337, 209-25
40. Subramanian, J.; Sharma, S. ChemMedChem 2008, 3, 336-44
41. Rao, S.; Sanschagrin, P. C.; Greenwood, J. R.; Repasky, M. P.; Sherman, W.; Farid, R. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2008, 22, 621-7
42. Lee, H. S.; Choi, J.; Kufareva, I.; Abagyan, R.; Filikov, A.; Yang, Y.; Yoon, S. J. Chem. Inf. Model. 2008, 48, 489-97
43. Ferrara, P.; Gohlke, H.; Price, D. J.; Klebe, G.; Brooks, C. L., III. J. Med. Chem. 2004, 47, 3032-47
44. Kolb, P.; Huang, D.; Dey, F.; Caflisch, A. J. Med. Chem. 2008, 51, 1179-1188
45. Hoffmann, D.; Kramer, B.; Washio, T.; Steinmetzer, T.; Rarey, M.; Lengauer, T. J. Med. Chem. 1999, 42, 4422-33
46. Yoon, S.; Welsh, W. J. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 88-96
47. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
48. Momany, F. A.; Rone, R. J. Comput. Chem. 1992, 13, 888-900
49. Roche, O.; Kiyama, R.; Brooks, C. L., III. J. Med. Chem. 2001, 44, 3592-8
50. Hilal, S. H.; Karickhoff, S. W.; Carreira, L. A. Quant. Struct.-Act. Relat. 1995, 14, 348-355
51. Fiser, A.; Sali, A. Bioinformatics 2003, 19, 2500-1
52. Vieth, M.; Hirst, J. D.; Dominy, B. N.; Daigler, H.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1623-1631
53. Vieth, M.; Hirst, J. D.; Kolinski, A.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1612-1622
54. Wu, G. S.; Robertson, D. H.; Brooks, C. L.; Vieth, M. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1549-1562
55. Bursulaya, B. D.; Totrov, M.; Abagyan, R.; Brooks, C. L., III. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2003, 17, 755-63
56. Lee, M. S.; Feig, M.; Salsbury, F. R., Jr.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1348-56
57. Feig, M.; Onufriev, A.; Lee, M. S.; Im, W.; Case, D. A.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2004, 25, 265-84
58. Jain, A.; Vaidehi, N.; Rodriguez, G. J. Comput. Phys. 1993, 106, 258-268
59. Chen, J.; Im, W.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1565-78
60. Liu, T.; Lin, Y.; Wen, X.; Jorissen, R. N.; Gilson, M. K. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D198-201
61. Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1605-12