Recent development in computer simulations of lipid bilayers

Soft Matter

Volumn 7, Issue 1, 2011, Pages 25-39

  Lyubartsev, Alexander P ^a   Rabinovich, Alexander L ^b  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

^b INSTITUTE OF BIOLOGY   (Russian Federation)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BI-LAYER; COARSE GRAINED MODELS; COMPUTATIONAL MODELING; COMPUTER POWER; FORCE FIELDS; MOLECULAR SIMULATIONS; RAPID DEVELOPMENT; RECENT PROGRESS; RESEARCH GROUPS;

BIOLOGICAL SYSTEMS; COMPUTATIONAL METHODS; COMPUTER SIMULATION;

LIPID BILAYERS;

EID: 78650384605     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0sm00457j     Document Type: Conference Paper

References (284)

1. P. S. Niemelä S. Ollila M. T. Hyvönen M. Karttunen I. Vattulainen PLoS Comput. Biol. 2007 3 304 312
2. A. J. Kox J. P. J. Michels F. W. Wiegel Nature 1980 287 317 319
3. P. van der Ploeg H. J. C. Berendsen J. Chem. Phys. 1982 76 3271 3276
4. P. van der Ploeg H. J. C. Berendsen Mol. Phys. 1983 49 233 248
5. H. Heller M. Schaefer K. Schulten J. Phys. Chem. 1993 97 8343 8360
6. S. J. Marrink H. J. C. Berendsen J. Phys. Chem. 1994 98 4155 4168
7. D. P. Tieleman H. J. C. Berendsen J. Chem. Phys. 1996 105 4871 4880
8. R. Pastor R. Venable M. Karplus J. Chem. Phys. 1988 89 1112 1127
9. R. Pastor R. Venable M. Karplus A. Szabo J. Chem. Phys. 1988 89 1128 1140
10. O. Mouritsen, in Molecular Description of Biological Membrane Components by Computer Aided Conformational Analysis, vol. 1, ed., R. Brasseur,, CRC Press, Roca Raton, FL, 1990, pp. 3-83
11. T.-X. Xiang Biophys. J. 1993 65 1108 1120
12. J. Essex M. Hann W. Richards Philosophical Transactions of the Royal Society of London Ser. B - Biological Sciences 1994 344 239 260
13. J. Wohlert O. Edholm J. Chem. Phys. 2006 125 204703
14. P. Bjelkmar P. S. Niemelå I. Vattulainen E. Lindahl PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000289
15. K. V. Damodaran and K. M. Merz, in Reviews in Computational Chemistry, ed., K. B. Lipkowitz, and, D. B. Boyd,, VCH Publishers, Inc. N.Y., 1994, vol. 5, pp. 269-298
16. O. Mouritsen K. Jorgensen Chem. Phys. Lipids 1994 73 3 25
17. R. W. Pastor Curr. Opin. Struct. Biol. 1994 4 486 492
18. O. Mouritsen, M. Sperotto, J. Risbo, Z. Zhang and M. Zuckermann, in Advances in Computational Biology, vol. 2, JAI Press, 1996, pp. 15-64
19. E. Jacobsson Trends Biochem. Sci. 1997 22 339 344
20. D. P. Tieleman S. J. Marrink H. J. C. Berendsen Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 1997 1331 235 270
21. D. Tobias K. Tu M. Klein Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 1997 2 15 26
22. M. Merz Curr. Opin. Struct. Biol. 1997 7 511 517
23. H. J. C. Berendsen and D. P. Tieleman, in Encyclopedia of computational chemistry, ed., R. Schleyer,, Chichester, N.Y. et al., J. Wiley & Sons, 1998, pp. 1639-1650
24. S. E. Feller A. D. MacKerell J. Phys. Chem. B 2000 104 7510 7515
25. S. E. Feller Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2000 5 217 223
26. L. R. Forrest M. S. P. Sansom Curr. Opin. Struct. Biol. 2000 10 174 181
27. S. E. Feller, in Lipid Bilayers. Structure and Interactions,, John Katsaras, and, Thomas Gutberlet,, ed. Berlin, Heidelberg, N.Y. Springer-Verlag, 2001, pp. 89-107
28. D. J. Tobias, in Computational Biochemistry and Biophysics, ed., Becker O. H., MacKerell A. D., Jr.,,, Roux B.,,, Watanabe M., N.Y.: Dekker, 2001, pp. 465-496
29. H. L. Scott Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 12 495 502
30. T. Hansson C. Oostenbrink W. F. van Gunsteren Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 12 190 196
31. L. Saiz M. L. Klein Acc. Chem. Res. 2002 35 482 489
32. L. Saiz S. Bandyopadhyay M. L. Klein Biosci. Rep. 2002 22 151 173
33. L. Vigh P. Escribá A. Sonnleitner M. Sonnleitner S. Piotto B. Maresca I. Horváth J. L. Harwood Prog. Lipid Res. 2005 44 303 344
34. Y. H. M. Chan S. G. Boxer Curr. Opin. Chem. Biol. 2007 11 581 587
35. L. S. Vermeer B. L. de Groot V. Reat A. Milon J. Czaplicki Eur. Biophys. J. 2007 36 919 931
36. Computational Modeling of Membrane Bilayers. (Current Topics in Membranes), ed., S. Feller,, Elsevier Inc., San Diego, 2008, vol. 60, p. 448
37. S. J. Marrink A. H. de Vries D. P. Tieleman Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009 1788 149 168
38. S. A. Pandit H. L. Scott Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009 1788 136 148
39. J. A. D. MacKerell L. Nilsson Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 194 199
40. E. Lindahl M. Sansom Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 425 431
41. B. Grant A. Gorfe J. McCammon Curr. Opin. Struct. Biol. 2010 20 142 147
42. A. Amadei I. Daidone A. Nola M. Aschi Curr. Opin. Struct. Biol. 2010 20 155 161
43. B. Villoutreix O. Sperandio Curr. Opin. Struct. Biol. 2010 20 168 179
44. J. Hermans H. J. C. Berendsen W. F. van Gunsteren J. P. M. Postma Biopolymers 1984 23 1513 1518
45. L. D. Schuler X. Daura W. F. van Gunsteren J. Comput. Chem. 2001 22 1205 1218
46. I. Chandrasekhar M. Kastenholz R. D. Lins C. Oostenbrink L. D. Schuler D. P. Tieleman W. F. van Gunsteren Eur. Biophys. J. 2003 32 67 77
47. A. D. Mackerell J. Wiórkiewicz-Kuczera M. Karplus J. Am. Chem. Soc. 1995 117 11946 11975
48. A. D. MacKerell D. Bashford M. Bellott R. L. Dunbrack J. D. Evanseck M. J. Field S. Fisher J. Gao S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. Reiher III B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiórkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
49. O. Berger O. Edholm F. Jähnig Biophys. J. 1997 72 2002 2013
50. E. Lindahl B. Hess D. van der Spoel J. Mol. Model. 2001 7 306 317
51. S. E. Feller D. Yin R. W. Pastor A. D. MacKerell Biophys. J. 1997 73 2269 2279
52. J. B. Klauda B. R. Brooks A. D. MacKerell R. M. Venable R. W. Pastor J. Phys. Chem. B 2005 109 5300 5311
53. J. B. Klauda R. M. Venable J. A. Freites J. W. O'Connor D. J. Tobias C. Mondragon-Ramires I. Vorobyov A. D. MacKerell R. W. Pastor J. Phys. Chem. 2010 114 7830 7843
54. L. Kale R. Skeel M. Bhandarkar R. Brunner A. Gursoy N. Krawetz J. Phillips A. Shinozaki K. Varadarajan K. Schulten J. Comput. Phys. 1999 151 283 312
55. J. Wang R. M. Wolf J. W. Caldwell P. A. Kollman D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 1157 1174
56. B. Jójárt T. A. Martinek J. Comput. Chem. 2007 28 2051 2026
57. D. Poger A. E. Mark J. Chem. Theory Comput. 2010 6 325 336
58. R. W. Benz F. Castro-Roman D. J. Tobias S. H. White Biophys. J. 2005 88 805 817
59. C.-J. Högberg A. P. Lyubartsev J. Phys. Chem. B 2006 110 14326 14336
60. C. Anezo A. H. de Vries H.-D. Höltje D. P. Tieleman S.-J. Marrink J. Phys. Chem. B 2003 107 9424 9433
61. S. W. I. Siu R. Vácha P. Jungwirth R. A. Böckmann J. Chem. Phys. 2008 128 125103
62. P. Prakash R. Sankararamakrishnan J. Comp. Chem. 2010 31 266 277
63. S. W. Chiu S. A. Pandit H. L. Scott E. Jakobsson J. Phys. Chem. B 2009 113 2748 2763
64. D. Poger W. F. van Gunsteren A. E. Mark J. Comput. Chem. 2010 31 1117 1125
65. M. O. Jensen O. G. Mouritsen G. H. Peters Biophys. J. 2004 86 3556 3575
66. M. T. Hyvönen P. T. Kovanen Eur. Biophys. J. 2005 34 294 305
67. J. Sonne M.Ø. Jensen F. Y. Hansen L. Hemmingsen G. H. Peters Biophys. J. 2007 92 4157 4167
68. C.-J. Högberg A. M. Nikitin A. P. Lyubartsev J. Comput. Chem. 2008 29 2359 2369
69. J. Gullingsrud K. Schulten Biophys. J. 2004 86 3496 3509
70. J. B. Klauda N. Kuerka B. R. Brooks R. W. Pastor J. F. Nagle Biophys. J. 2006 90 2796 2807
71. P. Prakash R. Sankararamakrishnan J. Comp. Chem. 2009 31 266 277
72. M. Roark S. E. Feller J. Phys. Chem. B 2009 113 13229 13234
73. J. Sonne F. Y. Hansen G. H. Peters J. Chem. Phys. 2005 122 124903
74. U. R. Pedersen G. H. Peters P. Westh Biophys. Chem. 2007 125 104 111
75. J. Taylor N. E. Whiteford G. Bradley G. W. Watson Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009 1788 638 649
76. J. Henin W. Shinoda M. L. Klein J. Phys. Chem. B 2008 112 7008 7015
77. K. V. Damodaran K. M. Merz B. P. Gaber Biochemistry 1992 31 7656 7664
78. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz Langmuir 1995 11 4519 4531
79. P. B. Moore C. F. Lopez M. L. Klein Biophys. J. 2001 81 2484 2494
80. C. F. Lopez S. O. Nielsen M. L. Klein P. B. Moore J. Phys. Chem. B 2004 108 6603 6610
81. L. Rosso I. R. Gould J. Comput. Chem. 2008 29 24 37
82. F. Castro-Román R. W. Benz S. H. White D. J. Tobias J. Phys. Chem. B 2006 110 24157 24164
83. J. B. Klauda B. R. Brooks R. W. Pastor J. Chem. Phys. 2006 125 144710
84. M. Patra M. Karttunen Hyvönen E. Falck I. Vattulainen J. Phys. Chem. B 2004 108 4485 4494
85. R. M. Venable L. E. Chen R. W. Pastor J. Phys. Chem. B 2009 113 5855 5862
86. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer simulations of liquids, Clarendon, Oxford, 2nd edn, 1987
87. X. W. Wu B. R. Brooks J. Chem. Phys. 2005 122 044107
88. J. B. Klauda X. Wu R. W. Pastor B. R. Brooks J. Phys. Chem. B 2007 111 4393 4400
89. E. A. Dratz and A. J. Deese, in The health effects of polyunsaturated fatty acids in seafood, ed., A. P. Simopoulous,,, R. R. Kifer,,, R. E. Martin,, N.Y., Acad. Press, 1986, pp. 319-351
90. A. L. Rabinovich P. O. Ripatti Uspekhi sovremennoi biologii (Progress in modern biology) 1994 114 581 594
91. K. Gawrisch N. V. Eldho L. L. Holte Lipids 2003 38 445 452
92. W. Stillwell S. R. Wassall Chem. Phys. Lipids 2003 126 1 27
93. A. L. Rabinovich P. O. Ripatti N. K. Balabaev F. A. M. Leermakers Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2003 67 011909
94. R. C. Valentine D. L. Valentine Prog. Lipid Res. 2004 43 383 402
95. S. E. Feller K. Gawrisch Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 416 422
96. K. Gawrisch O. Soubias M. Mihailescu Prostaglandins, Leukotrienes Essent. Fatty Acids 2008 79 131 134
97. W. Stillwell Chem. Phys. Lipids 2008 153 1 2
98. S. R. Wassall W. Stillwell Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009 1788 24 32
99. D. B. Jump D. Botolin Y. Wang J. Xu O. Demeure B. Christian Chem. Phys. Lipids 2008 153 3 13
100. R. S. Chapkin J. Seo D. N. McMurray J. R. Lupton Chem. Phys. Lipids 2008 153 14 23
101. S. R. Shaikh M. Edidin Chem. Phys. Lipids 2008 153 24 33
102. H. Y. Kim Chem. Phys. Lipids 2008 153 34 46
103. R. A. Siddiqui K. Harvey W. Stillwell Chem. Phys. Lipids 2008 153 47 56
104. N. V. Eldho S. E. Feller S. Tristram-Nagle I. V. Polozov K. Gawrisch J. Am. Chem. Soc. 2003 125 6409 6421
105. L. Koubi L. Saiz M. Tarek D. Scharf M. Klein J. Phys. Chem. B 2003 107 14500 14508
106. F. A. M. Leermakers A. L. Rabinovich N. K. Balabaev Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2003 67 011910
107. A. L. Rabinovich P. O. Ripatti N. K. Balabaev Proc. SPIE. 2003 5127 54 58
108. S. R. Shaikh V. Cherezov M. Caffrey W. Stillwell S. R. Wassall Biochemistry 2003 42 12028 12037
109. M. C. Pitman F. Suits A. D. MacKerell S. E. Feller Biochemistry 2004 43 15318 15328
110. A. L. Rabinovich P. O. Ripatti N. K. Balabaev Russian J. Phys. Chem. 2004 78 1004 1009
111. M. Carrillo-Tripp S. E. Feller Biochemistry 2005 44 10164 10169
112. A. L. Rabinovich N. K. Balabaev M. G. Alinchenko V. P. Voloshin N. N. Medvedev P. Jedlovszky J. Chem. Phys. 2005 122 084906
113. A. L. Rabinovich, P. O. Ripatti and N. K. Balabaev, in Molecular simulation studies in material and biological sciences, ed., Kh. Kholmurodov,. Nova Science Publ., Inc., N.Y., 2006, pp. 15-29
114. S. Ollila M. T. Hyvönen I. Vattulainen J. Phys. Chem. B 2007 111 3139 3150
115. A. L. Rabinovich V. V. Kornilov N. K. Balabaev F. A. M. Leermakers A. V. Filippov Biochemistry (Moscow), Ser. A: Membr. and Cell Biol. 2007 1 343 357
116. S. E. Feller Chem. Phys. Lipids 2008 153 76 80
117. S. J. Marrink A. H. de Vries T. A. Harroun J. Katsaras S. R. Wassall J. Am. Chem. Soc. 2008 130 10 11
118. W. F. D. Bennett J. L. MacCallum M. J. Hinner S. J. Marrink D. P. Tieleman J. Am. Chem. Soc. 2009 131 12714 12720
119. M. Bachar P. Brunelle D. P. Tieleman A. Rauk J. Phys. Chem. B 2004 108 7170 7179
120. A. H. de Vries A. E. Mark S. J. Marrink J. Phys. Chem. B 2004 108 2454 2463
121. S. A. Pandit S. Vasudevan S. W. Chiu R. J. Mashl E. Jakobsson H. L. Scott Biophys. J. 2004 87 1092 1100
122. S. A. Pandit E. Jakobsson H. L. Scott Biophys. J. 2004 87 3312 3322
123. D. P. Tieleman BMC Biochem. 2004 5 10
124. S. Y. Bhide M. L. Berkowitz J. Chem. Phys. 2005 123 224702
125. P. T. Vernier M. J. Ziegler Y. Sun W. V. Chang M. A. Gundersen D. P. Tieleman J. Am. Chem. Soc. 2006 128 6288 6289
126. J. Aittoniemi P. S. Niemelä M. T. Hyvönen M. Karttunen I. Vattulainen Biophys. J. 2007 92 1125 1137
127. S. Y. Bhide Z. Zhang M. L. Berkowitz Biophys. J. 2007 92 1284 1295
128. M. H. Cheng L. T. Liu A. C. Saladino Y. Xu P. Tang J. Phys. Chem. B 2007 111 14186 14192
129. S. Leekumjorn A. K. Sum J. Phys. Chem. B 2007 111 6026 6033
130. S. A. Pandit S. W. Chiu E. Jakobsson A. Grama H. L. Scott Biophys. J. 2007 92 920 927
131. Z. Zhang S. Y. Bhide M. L. Berkowitz J. Phys. Chem. B 2007 111 12888 12897
132. Q. Zhu K. H. Cheng M. W. Vaughn J. Phys. Chem. B 2007 111 11021 11031
133. M. Dahlberg A. Maliniak J. Phys. Chem. B 2008 112 11655 11663
134. H. Martinez-Seara T. Róg M. Pasenkiewicz-Gierula I. Vattulainen M. Karttunen R. Reigada Biophys. J. 2008 95 3295 3305
135. H. Martinez-Seara T. Róg M. Karttunen R. Reigada I. Vattulainen J. Chem. Phys. 2008 129 105103
136. S. Mondal C. Mukhopadhyay Langmuir 2008 24 10298 10305
137. S. A. Pandit S. W. Chiu E. Jakobsson A. Grama H. L. Scott Langmuir 2008 24 6858 6865
138. M. Roark S. E. Feller Langmuir 2008 24 12469 12473
139. Z. Zhang L. Lu M. L. Berkowitz J. Phys. Chem. B 2008 112 3807 3811
140. S. P. Soni J. A. Ward S. E. Sen S. E. Feller S. R. Wassall Biochemistry 2009 48 11097 11107
141. K. Lähdesmäki O. H. S. Ollila A. Koivuniemi P. T. Kovanen M. T. Hyvönen Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2010 1798 938 946
142. J. Wohlert O. Edholm Biophys. J. 2004 87 2433 2445
143. A. H. de Vries I. Chandrasekhar W. F. van Gunsteren P. H. Hünenberger J. Phys. Chem. B 2005 109 11643 11652
144. S. W. Chiu S. Vasudevan E. Jakobsson R. J. Mashl H. L. Scott Biophys. J. 2003 85 3624 3635
145. J. S. Hub T. Salditt M. C. Rheinstädter B. L. de Groot Biophys. J. 2007 93 3156 3168
146. J. B. Klauda M. F. Roberts A. G. Redfield B. R. Brooks R. W. Pastor Biophys. J. 2008 94 3074 3083
147. S. Leekumjorn A. K. Sum Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007 1768 354 365
148. J. Pimthon R. Willumeit A. Lendlein D. Hofmann Biochim. Biophys. Acta 2009 921 136 148
149. S.-S. Qin Z. W. Yu Y.-X. Yu J. Phys. Chem. B 2009 113 8114 8123
150. P. S. Coppock J. T. Kindt Langmuir 2009 25 352 359
151. W. Shinoda M. Mikami T. Baba M. Hato J. Phys. Chem. B 2003 107 14030 14035
152. W. Shinoda M. Mikami T. Baba M. Hato J. Phys. Chem. B 2004 108 9346 9356
153. W. Shinoda M. Mikami T. Baba M. Hato Chem. Phys. Lett. 2004 390 35 40
154. K. Shinoda W. Shinoda T. Baba M. Hato J. Chem. Phys. 2004 121 9648 9654
155. W. Shinoda T. Shinoda T. Baba M. Mikami Biophys. J. 2005 89 3195 3202
156. S. A. Pandit H. L. Scott J. Chem. Phys. 2006 124 014708
157. R. Notman W. K. den Otter M. G. Noro W. J. Briels J. Anwar Biophys. J. 2007 93 2056 2068
158. C. Das P. D. Olmsted M. G. Noro Soft Matter 2009 5 4549 4555
159. H. Ohvo-Rekilä B. Ramstedt P. Leppimäki J. P. Slotte Prog. Lipid Res. 2002 41 66 97
160. D. Bach E. Wachtel Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2003 1610 187 197
161. H. M. McConnell A. Radhakrishnan Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2003 1610 159 173
162. J. R. Silvius Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2003 1610 174 183
163. Z. Cournia A. C. Vaiana G. M. Ullmann J. C. Smith Pure Appl. Chem. 2004 76 189 196
164. I. P. W. McMullen R. N. A. H. Lewis R. N. McElhaney Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2004 8 459 468
165. Z. Cournia J. C. Smith G. M. Ullmann J. Comput. Chem. 2005 26 1383 1399
166. F. A. M. Leermakers A. L. Rabinovich Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2007 76 031904
167. R. Zidovetzki I. Levitan Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007 1768 1311 1324
168. M. L. Berkowitz Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009 1788 86 96
169. J. Pan S. Tristram-Nagle J. F. Nagle Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2009 80 021931
170. S. R. Wassall W. Stillwell Chem. Phys. Lipids 2008 153 57 63
171. J. Zidar F. Merzel M. Hodoek K. Rebolj K. Sepić P. Maek D. Janei J. Phys. Chem. B 2009 113 15795 15802
172. M. Fraová J. Repáková P. apková J. M. Holopainen I. Vattulainen J. Phys. Chem. B 2010 114 2704 2711
173. M. Patra E. Salonen E. Terama I. Vattulainen R. Faller B. W. Lee J. Holopainen M. Karttunen Biophys. J. 2006 90 1121 1135
174. C.-J. Högberg A. Maliniak A. P. Lyubartsev Biophys. Chem. 2007 125 416 424
175. V. Castro B. Stevensson S. V. Dvinskikh C.-J. Högberg A. P. Lyubartsev H. Zimmermann D. Sandström A. Maliniak Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2008 1778 2604 2611
176. C.-J. Högberg A. P. Lyubartsev Biophys. J. 2008 94 525 531
177. E. Terama O. H. S. Ollila E. Salonen A. C. Rowat C. Trandum P. Westh M. Patra M. Karttunen I. Vattulainen J. Phys. Chem. B 2008 112 4131 4139
178. R. C. Bernardi D. E. Gomes R. Gobato C. A. Taft A. T. Ota P. G. Pascutti Mol. Phys. 2009 107 1437 1443
179. R. D. Porasso W. F. D. Bennett S. D. Oliveira-Costa J. J. L. Cascales J. Phys. Chem. B 2009 113 9988 9994
180. S. Vemparala C. Domene M. L. Klein Acc. Chem. Res. 2010 43 103 110
181. P. L. Chau P. Jedlovszky P. N. M. Hoang S. Picaud J. Mol. Liq. 2009 147 128 134
182. L. Chau P. N. M. Hoang S. Picaud P. Jedlovszky Chem. Phys. Lett. 2007 438 294 297
183. B. Griepernau S. Leis M. F. Schneider M. Sikor D. Steppich R. A. Böckmann Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007 1768 2899 2913
184. T. Sugii S. Takagi Y. Matsumoto J. Chem. Phys. 2005 123 184714
185. Z. Zhang M. L. Berkowitz J. Phys. Chem. B 2009 113 7676 7680
186. S. Y. Bhide M. L. Berkowitz J. Chem. Phys. 2006 125 094713
187. M. L. Berkowitz D. L. Bostick S. Pandit Chem. Rev. 2006 106 1527 1539
188. J. N. Sachs H. Nanda H. I. Petrache T. B. Woolf Biophys. J. 2004 86 3772 3782
189. A. A. Gurtovenko I. Vattulainen J. Am. Chem. Soc. 2005 127 17570 17571
190. A. A. Gurtovenko J. Chem. Phys. 2005 122 244902
191. A. A. Gurtovenko I. Vattulainen Biophys. J. 2007 92 1878 1890
192. R. A. Böckmann B. L. de Groot S. Kakorin E. Neumann H. Grubmüller Biophys. J. 2008 95 1837 1850
193. A. Cordomi O. Edholm J. J. Perez J. Phys. Chem. B 2008 112 1397 1408
194. A. Dickey R. Faller Biophys. J. 2008 95 2636 2646
195. A. A. Gurtovenko I. Vattulainen J. Phys. Chem. B 2008 112 1953 1962
196. A. A. Gurtovenko I. Vattulainen J. Phys. Chem. B 2008 112 4629 4634
197. A. Cordomi O. Edholm J. J. Perez J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2125 2134
198. A. A. Gurtovenko I. Vattulainen J. Chem. Phys. 2009 130 215107
199. A. A. Gurtovenko I. Vattulainen J. Phys. Chem. B 2009 113 7194 7198
200. R. Vácha S. W. I. Siu M. Petrov R. A. Böckmann J. Barucha-Kraszewska P. Jurkiewicz M. Hof M. L. Berkowitz P. Jungwirth J. Phys. Chem. A 2009 113 7235 7243
201. J. N. Sachs P. S. Crozier T. B. Woolf J. Chem. Phys. 2004 121 10847 10851
202. S. Pöyry T. Róg M. Karttunen I. Vattulainen J. Phys. Chem. B 2009 113 15513 15521
203. D. Bemporad J. W. Essex C. Luttmann J. Phys. Chem. B 2004 108 4875 4884
204. D. Bemporad J. W. Essex C. Luttmann Biophys. J. 2004 87 1 13
205. D. Bemporad J. W. Essex C. Luttmann Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2005 1718 1 21
206. J. Ulander A. D. J. Haymet Biophys. J. 2003 85 3475 3484
207. P. Mukhopadhyay H. J. Vogel D. P. Tieleman Biophys. J. 2004 86 337 345
208. A. Debnath K. G. Ayappa V. Kumaran P. K. Maiti J. Phys. Chem. B 2009 113 10660 10668
209. A. Cordomí J. Prades J. Frau O. Vögler S. S. Funari J. J. Perez P. V. Escribá F. Barceló J. Lipid Res. 2010 51 1113 1124
210. N. D. Winter G. C. Schatz J. Phys. Chem. B 2010 114 5053 5060
211. A. A. Gurtovenko I. Vattulainen J. Phys. Chem. B 2007 111 13554 13559
212. P. T. Vernier M. J. Ziegler Y. Sun M. A. Gundersen D. P. Tieleman Phys. Biol. 2006 3 233 247
213. C. Hofsäss E. Lindahl O. Edholm Biophys. J. 2003 84 2192 2206
214. P. Jedlovszky M. Mezei J. Phys. Chem. B 2003 107 5311 5321
215. E. Falck M. Patra M. Karttunen M. T. Hyvönen I. Vattulainen Biophys. J. 2004 87 1076 1091
216. G. A. Khelashvili H. L. Scott J. Chem. Phys. 2004 120 9841 9847
217. S. A. Pandit D. Bostick M. L. Berkowitz Biophys. J. 2004 86 1345 1356
218. J. Czub M. Baginski Biophys. J. 2006 90 2368 2382
219. I. Róg M. Pasenkiewicz-Gierula Biophys. J. 2006 91 3756 3767
220. N. Kuerka J. D. Perlmutter J. Pan S. Tristram-Nagle J. Katsaras J. N. Sachs Biophys. J. 2008 95 2792 2805
221. S. Pöyry, T. Róg, M. Karttunen and I. Vattulainen, 112, 2008, 112, pp. 2922-2929
222. W. F. D. Bennett J. L. MacCallum D. P. Tieleman J. Am. Chem. Soc. 2009 131 1972 1978
223. G. S. Ayton G. A. Voth Biophys. J. 2004 87 3299 3311
224. E. Flenner J. Das M. C. Rheinstädter I. Kosztin Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2009 79 011907
225. S. O. Nielsen C. F. Lopez G. Srinivas M. L. Klein J. Phys.: Condens. Matter 2004 16 R481 R512
226. G. Brannigan L. C. L. Lin F. L. H. Brown Biophys. J. 2006 35 104 124
227. M. Müller K. Katsov M. Schick Phys. Rep. 2006 434 113 176
228. M. Venturoli M. M. Sperotto M. Kranenburg B. Smit Phys. Rep. 2006 437 1 54
229. G. S. Ayton W. G. Noid G. A. Voth Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 192 198
230. J. Shillcock R. Lipowsky Biophys. Rev. Lett. 2007 2 33 55
231. M. L. Klein W. Shinoda Science 2008 321 798 800
232. J. Southern J. Pitt-Francis J. Whiteley D. Stokeley H. Kobashi R. Nobes Y. Kadooka D. Gavaghan Prog. Biophys. Mol. Biol. 2008 96 60 89
233. G. S. Ayton G. A. Voth Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 138 144
234. S. V. Bennun M. I. Hoopes C. Xing R. Faller Chem. Phys. Lipids 2009 159 59 66
235. G. S. Ayton E. Lyman G. A. Voth Faraday Discuss. 2010 144 347 358
236. S. J. Marrink A. H. de Vries A. E. Mark J. Phys. Chem. B 2004 108 750 760
237. S. J. Marrink H. J. Risselada S. Yefimov D. P. Tieleman A. H. de Vries J. Phys. Chem. B 2007 111 7812 7824
238. L. Monticelli S. K. Kandasamy X. Periole R. G. Larson D. P. Tieleman S. J. Marrink J. Chem. Theory Comput. 2008 4 819 834
239. C. A. Lopez A. J. Rzepiela A. H. de Vries L. Dijkhuizen P. H. Hunenberger S. J. Marrink J. Chem. Theory Comput. 2009 5 3195 3210
240. H. J. Risselada S. J. Marrink Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 17367 17372
241. S. Baoukina L. Monticelli H. J. Risselada S. J. Marrink D. P. Tieleman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 12462 12467
242. Z. L. Wang X. H. He J. Chem. Phys. 2009 130 094905
243. Y. Li X. Chen N. Gu J. Phys. Chem. B 2008 112 16647 16653
244. L. Monticelli E. Salonen P. C. Ke I. Vattulainen Soft Matter 2009 5 4433 4445
245. Y. Li N. Gu J. Phys. Chem. B 2010 114 2749 2754
246. X. B. Lin Y. Li N. Gu J. Comput. Theor. Nanosci. 2010 7 269 276
247. S. Esteban-Martin H. J. Risselada J. Salgado S. J. Marrink J. Am. Chem. Soc. 2009 131 15194 15202
248. H. J. Risselada S. J. Marrink Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 2056 2067
249. H. J. Risselada S. J. Marrink Soft Matter 2009 5 4531 4541
250. M. J. Hinner S. J. Marrink A. H. de Vries J. Phys. Chem. B 2009 113 15807 15819
251. S. A. Sanders A. Z. Panagiotopoulos J. Chem. Phys. 2010 132 114902
252. S. O. Yesylevskyy L. V. Schåfer D. Sengupta S. J. Marrink PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000810
253. A. Y. Shih A. Arkhipov P. L. Freddolino K. Schulten J. Phys. Chem. B 2006 110 3674 3684
254. A. Arkhipov Y. Yin K. Schulten Biophys. J. 2008 95 2806 2821
255. A. Y. Shih P. L. Freddolino A. Arkhipov K. Schulten J. Struct. Biol. 2007 157 579 592
256. A. Y. Shih A. Arkhipov P. L. Freddolino S. G. Sligar K. Schulten J. Phys. Chem. B 2007 111 11095 11104
257. Y. Yin A. Arkhipov K. Schulten Structure 2009 17 882 892
258. A. Arkhipov Y. Yin K. Schulten Biophys. J. 2009 97 2727 2735
259. M. Orsi D. Y. Haubertin W. E. Sanderson J. W. Essex J. Phys. Chem. B 2008 112 802 815
260. M. Orsi J. Michel J. W. Essex J. Phys.: Condens. Matter 2010 22 155106
261. J. C. Shelley M. Y. Shelley R. C. Reeder S. Bandyopadhyay M. L. Klein J. Phys. Chem. B 2001 105 4464 4470
262. I. R. Cooke M. Deserno J. Chem. Phys. 2005 123 224710
263. A. P. Lyubartsev Eur. Biophys. J. 2005 35 53 61
264. S. Izvekov G. A. Voth J. Chem. Theory Comput. 2006 2 637 648
265. J. C. Shelley M. Y. Shelley R. C. Reeder S. Bandyopadhyay P. B. Moore M. L. Klein J. Phys. Chem. B 2001 105 9785 9792
266. M. J. Stevens J. Chem. Phys. 2004 121 11942 11948
267. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 2469 2473
268. W. G. Noid J.-W. Chu G. S. Ayton V. Krishna S. Izvekov G. A. Voth A. Das H. C. Andersen J. Chem. Phys. 2008 128 244114
269. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2009 113 4443 4455
270. L. Lu G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2009 113 1501 1510
271. G. S. Ayton G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2009 113 4413 4424
272. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 1995 52 3730 3737
273. D. Reith M. Pütz F. Müller-Plathe J. Comput. Chem. 2003 24 1624 1636
274. A. Lyubartsev Y. Tu A. Laaksonen J. Comput. Theor. Nanosci. 2009 6 951 959
275. A. Lyubartsev A. Mirzoev L. J. Chen A. Laaksonen Faraday Discuss. 2010 144 43 56
276. K. R. Hadley C. McCabe J. Chem. Phys. 2010 132 134505
277. T. Murtola E. Falck M. Karttunen I. Vattulainen J. Chem. Phys. 2007 126 075101
278. W. K. den Otter J. Chem. Phys. 2009 131 205101
279. B. West F. L. H. Brown F. Schmid Biophys. J. 2009 96 101 115
280. B. W. Reynwar M. Deserno Biointerfaces 2008 3 FA117 FA124
281. F. de Meyer B. Smit Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 3654 3658
282. F. Schmid D. Duchs O. Lenz B. West Comput. Phys. Commun. 2007 177 168 171
283. M. Hömberg M. Müller J. Chem. Phys. 2010 132 155104
284. J. Neder B. West P. Nielaba F. Schmid J. Chem. Phys. 2010 132 115101