Assembly of lipids and proteins into lipoprotein particles

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 38, 2007, Pages 11095-11104

  Shih, Amy Y ^a,b   Arkhipov, Anton ^b   Freddolino, Peter L ^a,b   Sligar, Stephen G ^a,b   Schulten, Klaus ^a,b  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHOLESTEROL; HYDROPHOBICITY; LIPIDS; MOLECULAR INTERACTIONS; SELF ASSEMBLY; X RAY SCATTERING;

ASSEMBLED STRUCTURES; HIGH-DENSITY LIPOPROTEINS; HYDROPHOBIC INTERACTIONS;

PROTEINS;

EID: 35148813613     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp072320b     Document Type: Article

References (87)

1. Segrest, J. P.; Garber, D. W.; Brouillette, C. G.; Harvey, S. C.; Anantharamaiah, G. M. Adv. Protein Chem. 1994, 45, 303-369.
2. Wang, M.; Briggs, M. R. Chem. Rev. 2004, 104, 119-137.
3. Borhani, D. W.; Rogers, D. P.; Engler, J. A.; Brouillette, C. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 12291-12296.
4. Ajees, A. A.; Anantharamaiah, G. M.; Mishra, V. K.; Hussain, M. M.; Murthy, H. M. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 2126-2131.
5. Koppaka, V.; Silvestro, L.; Engler, J. A.; Brouillette, C. G.; Axelsen, P. H. J. Biol. Chem. 1999, 274, 14541-14544.
6. Li, H.; Lyles, D. S.; Thomas, M. J.; Pan, W.; Sorci-Thomas, M. G. J. Biol. Chem. 2000, 275, 37048-37054.
7. Panagotopulos, S. E.; Horace, E. M.; Maiorano, J. N.; Davidson, W. S. J. Biol. Chem. 2001, 276, 42965-42970.
8. Tricerri, M. A.; Behling, Agree, A. K.; Sanchez, S. A.; Bronski, J.; Jonas, A. Biochemistry 2001, 40, 5065-5074.
9. Silva, R. A. G. D.; Hilliard, G. M.; Li, L.; Segrest, J. P.; Davidson, W. S. Biochemistry 2005, 44, 8600-8607.
10. Gorshkova, I. N.; Liu, T.; Kan, H. Y.; Chroni, A.; Zannis, V. I.; Atkinson, D. Biochemistry 2006, 45, 1242-1254.
11. Li, Y.; Kijac, A. Z.; Sligar, S. G.; Rienstra, C. M. Biophys. J. 2006, 91, 3819-3828.
12. Segrest, J. P. Chem. Phys. Lipids 1977, 18, 7-22.
13. Segrest, J. P.; Jones, M. K.; De Loof, H.; Brouillette, C. G.; Venkatachalapathi, Y. V.; Anantharamaiah, G. M. J. Lipid Res. 1992, 33, 141-166.
14. Brouillette, C. G.; Anantharamaiah, G. M. Biochim. Biophys. Acta 1995, 1256, 103-129.
15. Phillips, J. C.; Wriggers, W.; Li, Z.; Jonas, A.; Schulten, K. Biophys. J. 1997, 73, 2337-2346.
16. Sheldahl, C.; Harvey, S. C. Biophys. J. 1999, 76, 1190-1198.
17. Segrest, J. P.; Jones, M. K.; Klon, A. E.; Sheldahl, C. J.; Hellinger, M.; De Loof, H.; Harvey, S. C. J. Biol. Chem. 1999, 274, 31755-31758.
18. Segrest, J. P.; Harvey, S. C.; Zannis, V. Trends Cardiovasc. Med. 2000, 10, 246-252.
19. Klon, A. E.; Jones, M. K.; Segrest, J. P.; Harvey, S. C. Biophys. J. 2000, 79, 1679-1685.
20. Klon, A. E.; Segrest, J. P.; Harvey, S. C. Biochemistry 2002, 41, 10895-10905.
21. Klon, A. E.; Segrest, J. P.; Harvey, S. C. J. Mol. Biol. 2002, 324, 703-721.
22. Li, L.; Chen, J.; Mishra, V. K.; Kurtz, J. A.; Cao, D.; Klon, A. E.; Harvey, S. C.; Anantharamaiah, G.; Segrest, J. P. J. Mol. Biol. 2004, 343, 1293-1311.
23. Shin, A. Y.; Denisov, I. G.; Phillips, J. C.; Sligar, S. G.; Schulten, K. Biophys. J. 2005, 88, 548-556.
24. Shih, A. Y.; Arkhipov, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3674-3684.
25. Shih, A. Y.; Freddolino, P. L.; Arkhipov, A.; Schulten, K. J. Struct. Biol. 2007, 157, 579-592.
26. Catte, A.; Patterson, J. C.; Jones, M. K.; Jerome, W. G.; Bashtovyy, D.; Su, Z.; Gu, F.; Chen, J.; Aliste, M. P.; Harvey, S. C.; Li, L.; Weinstein, G.; Segrest, J. P. Biophys. J. 2006, 90, 4345-4360.
27. Jonas, A. Methods Enzymol. 1986, 128, 553-582.
28. Bayburt, T. H.; Grinkova, Y. V.; Sligar, S. G. Nano Lett. 2002, 2, 853-856.
29. Denisov, I. G.; Grinkova, Y. V.; Lazarides, A. A.; Sligar, S. G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3477-3487.
30. Civjan, N. R.; Bayburt, T. H.; Schuler, M. A.; Sligar, S. G. Biotechniques 2003, 35, 556-560, 562-563.
31. Bayburt, T. H.; Sligar, S. G. Protein Sci. 2003, 12, 2476-2481.
32. Leitz, A. J.; Bayburt, T. H.; Barnakov, A. N.; Springer, B. A.; Sligar, S. G. Biotechniques 2006, 40, 601-612.
33. Duan, H.; Civjan, N. R.; Sligar, S. G.; Schuler, M. A. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 424, 141-153.
34. Baas, B. J.; Denisov, I. G.; Sligar, S. G. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 430, 218-228.
35. Davydov, D. R.; Fernando, H.; Baas, B. J.; Sligar, S. G.; Halpert, J. R. Biochemistry 2005, 44, 13902-13913.
36. Bayburt, T. H.; Grinkova, Y. V.; Sligar, S. G. Arch. Biochem. Biophys. 2006, 450, 215-222.
37. Boldog, T.; Grimme, S.; Li, M.; Sligar, S. G.; Hazelbauer, G. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11509-11514.
38. Denisov, I. G.; Grinkova, Y. V.; Baas, B. J.; Sligar, S. G. J. Biol. Chem. 2006, 281, 23313-23318.
39. Denisov, I. G.; Baas, B. J.; Grinkova, Y. V.; Sligar, S. G. J. Biol. Chem. 2007, 282, 7066-7076.
40. Shaw, A. W.; Pureza, V. S.; Sligar, S. G.; Morrissey, J. H. J. Biol. Chem. 2007, 282, 6556-6563.
41. Nath, A.; Atkins, W. M.; Sligar, S. G. Biochemistry 2007, 46, 2059-2069.
42. Bayburt, T. H.; Leitz, A. J.; Xie, G.; Oprian, D. D.; Sligar, S. G. J. Biol. Chem. 2007, 282, 14875-14881.
43. Alami, M.; Dalal, K.; Lelj-Garolla, B.; Sligar, S. G.; Duong, F. EMBO J. 2007, 26, 1995-2004.
44. Denisov, I. G.; McLean, M. A.; Shaw, A. W.; Grinkova, Y. V.; Sligar, S. G. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15580-15588.
45. Shih, A. Y.; Freddolino, P. L.; Sligar, S. G.; Schulten, K. Nano Lett. 2007, 7, 1692-1696.
46. Cieplak, M.; Hoang, T. X. Phys. Rev. E 1998, 58, 3589-3596.
47. Tozzini, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 144-150.
48. Müller-Plathe, F. ChemPhysChem 2002, 3, 754-769.
49. Srinivas, G.; Shelly, J. C.; Nielsen, S. O.; Discher, D. E.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 8153-8160.
50. Sun, Q.; Faller, R. Comput. Chem. Eng. 2005, 29, 2380-2385.
51. Hess, B.; Leon, S.; van der Vegt, N.; Kremer, K. Soft Matter 2006, 2, 409-414.
52. Li, X.; Kou, D.; Rao, S.; Liang, H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 204909.
53. Smit, B.; Esselink, K.; Hilbers, P. A. J.; Os, N. M. V.; Rupert, L. A. M.; Szleifer, I. Langmuir 1993, 9, 9-11.
54. Goetz, R.; Lipowsky, R. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7397-7409.
55. Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Moore, P. B.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9785-9792.
56. Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4464-4470.
57. Lopez, C.; Moore, P.; Shelley, J.; Shelley, M.; Klein, M. Comput. Phys. Commun. 2002, 147, 1-6.
58. Stevens, M. J.; Hoh, J. H.; Woolf, T. B. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 188102.
59. Nielsen, S. O.; Lopez, C. F.; Moore, P. B.; Shelley, J. C.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13911-13917.
60. Pickholz, M.; Saiz, L.; Klein, M. L. Biophys. J. 2005, 88, 1524-1534.
61. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750-760.
62. Stevens, M. J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 11942-11948.
63. Murtola, T.; Falck, E.; Patra, M.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9156-9165.
64. Pickholz, M.; Saiz, L.; Klein, M. L. Biophys. J. 2005, 88, 1524-1534.
65. Marrink, S. J.; Risselada, J.; Mark, A. E. Chem. Phys. Lipids 2005, 135, 223-244.
66. Markvoort, A. J.; Pieterse, K.; Steijaert, M. N.; Spijker, P.; Hilbers, P. A. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 22649-22654.
67. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134105.
68. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 637-648.
69. Nielsen, S. O.; Lopez, C. F.; Ivanov, I.; Moore, P. B.; Shelley, J. C.; Klein, M. L. Biophys. J. 2004, 87, 2107-2115.
70. Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2697-2704.
71. Smeijers, A. F.; Pieterse, K.; Markvoort, A. J.; Hilbers, P. A. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13614-13623.
72. Bond, P. J.; Holyoake, J.; Ivetac, A.; Khalid, S.; Sansom, M. S. P. J. Struct. Biol. 2007, 157, 593-605.
73. Shi, Q.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15045-15048.
74. Bond, P. J.; Holyoake, J.; Ivetac, A.; Khalid, S.; Sansom, M. J. Struct. Biol. 2007, 157, 593-605.
75. Feigin, L. A.; Svergun, D. I. Structure analysis by small-angle X-ray scattering and neutron scattering; Plenum Press: New York, 1987.
76. Bahar, I.; Kaplan, M.; Jernigan, R. L. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997, 29, 292-308.
77. Zhang, L.; Skolnick, J. Protein Sci. 1998, 7, 112-122.
78. Reith, D.; Pütz, M.; Müller-Plathe, F. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1624-1636.
79. Tozzini, V.; McCammon, A. Chem. Phys. Lett. 2005, 413, 123-128.
80. MacKerell, A. D., Jr.; et al. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
81. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802.
82. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38.
83. Huang, T. C.; Toraya, H.; Blanton, T. N.; Wu, Y. J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 180-184.
84. Hammersley, A. P.; Svensson, S. O.; Hanfland, M.; Fitch, A. N.; Hausermann, D. High Pressure Res. 1996, 14, 235-248.
85. Svergun, D. I.; Barberato, C.; Koch, M. H. J. J. Appl. Crystallogr. 1995, 28, 768-773.
86. Svergun, D. I. J. Appl. Crystallogr. 1992, 25, 495-403.
87. Davidson, W. S.; Silva, R. A. G. D. Curr. Opin. Lipidol. 2005, 16, 295-300.