Liquid-ordered phase formation in cholesterol/sphingomyelin bilayers: All-atom molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 48, 2009, Pages 15795-15802

  Zidar, Jernej ^a   Merzel, Franci ^a   Hodošček, Milan ^a   Rebolj, Katja ^b   Sepčić, Kristina ^b   Maček, Peter ^b   Janežič, Dušanka ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF CHEMISTRY   (Slovenia)

^b UNIVERSITY OF LJUBLJANA   (Slovenia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHOLESTEROL; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; LIQUIDS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES;

BI-LAYER; BILAYER PLANE; CHOLESTEROL MOLECULES; DYNAMIC CHANGES; HYDROGEN BONDINGS; LIPID RAFT; LIQUID-ORDERED PHASE; MEMBRANE ACTIVITY; MOLAR RATIO; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; RANDOM DISTRIBUTION; SPHINGOMYELIN;

LIPID BILAYERS;

EID: 72149124493     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp907138h     Document Type: Article

References (51)

1. McConnell, H. M.; Vrljic, M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 469-492.
2. Lichtenberg, D.; Goñi, F. M.; Heerklotz, H. Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 430-436.
3. Rinia, H. A.; Snel, M. M.; van der Eerden, J. P.; de Kruijff, B. FEBS Lett. 2001, 501, 92-96.
4. Pike, L. J. Biochem. J. 2004, 378, 281-292.
5. Hancock, J. F. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2006, 7, 456-462.
6. Sharma, P.; Varma, R.; Sarasij, R. C.; Ira; Gousset, K.; Krishnamoorthy, G.; Rao, M.; Mayor, S. Cell 2004, 116, 577-589.
7. de Almeida, R. F. M.; Loura, L. M.; Fedorov, A.; Prieto, M. J. Mol. Biol. 2005, 346, 1109-1120.
8. Subczynski, W. K.; Kusumi, A. BBA - Biomembranes 2003, 1610, 231-243.
9. Kenworthy, A. K.; Petranova, N.; Edidin, M. Mol. Biol. Cell 2000, 11, 1645-1655.
10. Simons, K.; Ikonen, E. Nature 1997, 387, 569-572.
11. London, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 480-486.
12. Edidin, M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 257-283.
13. Ishitsuka, R.; Yamaji-Hasegawa, A.; Makino, A.; Hirabayashi, Y.; Kobayashi, T. Biophys. J. 2004, 86, 296-307.
14. Kiyokawa, E.; Baba, T.; Otsuka, N.; Makino, A.; Ohno, S.; Kobayashi, T. J. Biol. Chem. 2005, 280, 24072-24084.
15. Ohno-Iwashita, Y.; Shimada, Y.; Waheed, A. A.; Hayashi, M.; Inomata, M.; Nakamura, M.; Maruya, M.; Iwashita, S. Anaerobe 2004, 10, 125-134.
16. Berne, S.; Križaj, I.; Pohleven, F.; Turk, T.; Maček, P.; Sepčić, K. Biochim. Biophys. Acta 2002, 1570, 153-159.
17. Vidic, I.; Berne, S.; Drobne, D.; Maček, P.; Frangež, R.; Turk, T.; Štrus, J.; Sepčić, K. Mycol. Res. 2005, 109, 377-382.
18. Rebolj, K.; Ulrih, N. P.; Maček, P.; Sepčić, K. BBA - Biomembranes 2006, 1758, 1662-1670.
19. Sepčić, K.; Berne, S.; Rebolj, K.; Batista, U.; Plemenitaš, A.; Šentjurc, M.; Maček, P. FEBS Lett. 2004, 575, 81-85.
20. de Almeida, R. F. M.; Fedorov, A.; Prieto, M. Biophys. J. 2003, 85, 2406-2416.
21. Chowdhury, H. H.; Rebolj, K.; Kreft, M.; Zorec, R.; Maček, P.; Sepčić, K. Toxicon 2008, 51, 1345-1356.
22. Chiu, S. W.; Vasudevan, S.; Jakobsson, E.; Mashl, R. J.; Scott, H. L. Biophys. J. 2002, 83, 1842-1853.
23. Mombelli, E.; Morris, R.; Taylor, W.; Fraternali, F. Biophys. J. 2003, 84, 1507-1517.
24. Filippov, A.; Oradd, G.; Lindblom, G. Biophys. J. 2003, 84, 3079-3086.
25. Chiu, S. W.; Vasudevan, S.; Jakobsson, E.; Mashland, R. J.; Scott, H. L. Biophys. J. 2003, 85, 3624-3635.
26. de Meyer, F.; Smit, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 3654-3658.
27. Janežić, D.; Praprotnik M.; Merzel, F. J. Chem. Phys. 2005, 122, art. no.174101.
28. Pastor, R. W.; Venable, R. M.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 892-896.
29. Högberg, C.-J.; Nikitin, A. M.; Lyubartsev, A. P. J. Comput. Chem. 2008, 29, 2359-2369.
30. Pastor, R. W.; Venable, R. M.; Feller, S. E. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 438-446.
31. Heller, H.; Schaefer, M.; Schulten, K. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8343-8360.
32. Klauda, J. B.; Roberts, M. F.; Redfield, A. G.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. Biophys. J. 2008, 94, 3074-3083.
33. Pandit, S. A.; Vasudevan, S.; Chiu, S. W.; Mashl, R. J.; Jakobsson, E.; Scott, H. L. Biophys. J. 2004, 87, 1092-1100.
34. Khelashvili, G. A.; Scott, H. L. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9841-9847.
35. Pandit, S. A.; Jakobsson, E.; Scott, H. L. Biophys. J. 2004, 87, 3312-3322.
36. Aittoniemi, J.; Niemelä, P. S.; Hyvönen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2007, 92, 1125-1137.
37. Niemelä, P. S.; Ollila, S.; Hyvönen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. PloS Comput. Biol. 2007, 3, 304-312.
38. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
39. Woolf, T. B.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 11631-11635.
40. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335-340.
41. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697.
42. Essman, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
43. Brooks, B. R.; Brooks, C. L., III; Mackerrell, A. D., Jr.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Calfisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodošček, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, W. R.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 10, 1545-1614.
44. Merzel, F.; Hodošček, M.; Janežič, D.; Sanson, A. J. Comput. Chem. 2006, 27, 446-452.
45. Feller, S. E.; Gawrisch, G.; MacKerell, A. D., Jr. J. Am. Chem. Soc. 2001, 124, 318-326.
46. Feller, S. E.; MacKerell, A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7510-7515.
47. Schlenkrich, M.; Brickmann, J.; MacKerell, A. D., Jr.; Karplus, M. Membranes: A Molecular Perspective from Computation and Experiment, 1st ed.; Merz, M. K., Roux B., Eds.; Birkhauser: Boston, 1996; pp 31-81.
48. Borštnik, U.; Hodošček, M.; Janežič, D. J. Chem. Inf. Model. 2004, 44, 359-364.
49. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 33-38.
50. Maulik, P. R.; Sripada, P. K.; Shipley, G. G. Biochim. Biophys. Acta 1991, 62, 211-219.
51. Vermeer, L. S.; de Groot, B. L.; Reat, V.; Milon, A.; Czaplicki, J. Eur. Biophys. J. 2007, 36, 919-931.