The binary mixing behavior of phospholipids in a bilayer: A molecular dynamics study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 7, 2004, Pages 2454-2463

  De Vries, Alex H ^a   Mark, Alan E ^a   Marrink, Siewert J ^a  

^a UNIVERSITY OF GRONINGEN   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINARY MIXTURES; COMPOSITION; COMPUTER SIMULATION; HYDRATION; MOLECULAR DYNAMICS; MULTILAYERS; SATURATION (MATERIALS COMPOSITION);

BINARY MIXING; DIOLEOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; DIOLEOYLPHOSPHATIDYLETHANOLAMINE; PHOSPHATIDYLCHOLINE; PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE;

PHOSPHOLIPIDS;

EID: 1442312900     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0366926     Document Type: Article

References (61)

1. Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1469, 159.
2. Structure and dynamics of membranes. Vol 1A: From cells to vesicles; Lipowsky, R., Sackman, E., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1995.
3. Cantor, R. S. Biophys. J. 1999, 76, 2625.
4. Brown, M. F. Chem. Phys. Lipids 1994, 73, 159.
5. Scarlata, S.; Gruner, S. M. Biophys. Chem. 1997, 67, 269.
6. Curran, A. R.; Templer, R. H.; Booth, P. J. Biochemistry 1999, 38, 9328.
7. Moe, P. C.; Blount, P. In Biophysical Chemistry. Membranes and Proteins; Templer, R. H., Leatherbarrow, R., Eds.; Imperial College, UK, 2001.
8. Meijberg, W.; Booth, P. J. J. Mol. Biol. 2002, 319, 839.
9. Brown, D. A.; London, E. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 1998, 14, 111.
10. Lipowsky, R.; Dimova, R. J. Phys.: Condens. Matter 2003, 15, S31.
11. McIntosh, T. J. Chem. Phys. Lett. 1996, 81, 171.
12. Rand, R. P.; Parsegian, V. A. Biochim. Biophys. Acta 1989, 988, 351.
13. Chiu, S. W.; Clark, M.; Balaji, V.; Subramaniam, S.; Scott, H. L.; Jakobsson, E. Biophys. J. 1995, 69, 1230.
14. Berger, E.; Edholm, O.; Jähnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002.
15. Chiu, S. W.; Clark, M. M.; Jakobsson, E.; Subramaniam, S.; Scott, H. L. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6323.
16. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. J. Comput. Chem. 1999, 20, 531.
17. Feller, S. E.; Yin, D.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D., Jr. Biophys. J. 1997, 73, 2269.
18. Damodaran, K. V.; Merz, K. M., Jr.; Gaber, B. P. Biochemistry 1992, 31, 7656.
19. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J. C. Biophys. J. 1998, 74, 2786.
20. Tieleman, D. P.; Forrest, L. R.; Sansom, M. S.; Berendsen, H. J. C. Biochemistry 1998, 37, 17554.
21. Sugár, I. P.; Thompson, T. E.; Biltonen, R. L. Biophys. J. 1999, 76, 2099.
22. Cheng, K. H.; Ruonala, M.; Virtanen, J.; Somerharju, P. Biophys. J. 1997, 73, 1967.
23. Ahn, T.; Yun, C.-H. Arch. Biochem. Biophys. 1999, 369, 288.
24. Dale, M. R. T.; Dixon, P.; Fortin, M.-J.; Legendre, P.; Myers, D. E.; Rosenberg, M. S. Ecography 2002, 25, 558.
25. Marrink, S. J.; Lindahl, E.; Edholm, O.; Mark, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8638.
26. Gruner, S. M.; Tate, M. W.; Kirk, G. L.; So, P. T. C.; Turner, D. C.; Keane, D. T.; Tilcock, C. P. S.; Cullis, P. R. Biochemistry 1988, 27, 2853.
27. Van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Hünenberger, P. H.; Krüger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. Biomolecular Simulation: GROMOS96 Manual and User Guide; BIOMOS b.v.: Zürich, Groningen, 1996.
28. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; D. Reidel Publishing Company: Dordrecht, 1981.
29. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
30. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463.
31. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952.
32. Spohr, E. J. Phys. Chem. 1997, 107, 66342.
33. Hünenberger, P. H. In Simulation and Theory of Electrostatic Interactions in Solution; Pratt, L. R., Hummer, G., Eds.; AIP Conference Proceedings: 1999.
34. Hess, B. J. Chem. Phys. 2002, 116, 209.
35. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvönen, M. T.; Falck, E.; Lindqvist, P.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2003, 84, 3636.
36. Anézo, C.; De Vries, A. H.; Höltje, H.-D.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9424.
37. Tironi, I. G.; Sperb, R.; Smith, P. E.; Van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1995, 102, 5451.
38. Petrache, H. I.; Dodd, S. W.; Brown, M. F. Biophys. J. 2000, 79, 3172.
39. Van Der Spoel, D.; Van Buuren, A. R.; Apol, M. E. F.; Meulenhoff, P. J.; Tieleman, D. P.; Sijbers, A. L. T. M.; Hess, B.; Feenstra, K. A.; Lindahl, E.; Van Drunen, R.; Berendsen, H. J. C. GROMACS User Manual Version 3.1.1, Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands. Internet: http://www.gromacs.org
40. Brown, M. F. In Biological Membranes; Merz, K., Jr., Roux, B., Eds.; Birkhäuser: Boston, 1996.
41. Schindler, H.; Seelig, J. Biochemistry 1975, 14, 2283.
42. De Young, L. R.; Dill, K. A. Biochemistry 1988, 27, 5281.
43. Petrache, H. I.; Tu, K.; Nagle, J. F. Biophys. J. 1999, 76, 2479.
44. 3 in all relations.
45. Rand, R. P.; Fuller, N.; Parsegian, V. A.; Rau, D. C. Biochemistry 1988, 27, 7711.
46. Jendrasiak, G. L.; Mendible, J. C. Biochim. Biophys. Acta 1976, 424, 149.
47. The error estimate was obtained from fitting two additional MSD curves drawn at a standard error above and below the average MSD curve.
48. Kuśba, J.; Gryczynski, I.; Piszczek, G.; Johnson, M.; Lakowicz, J. R. Biophys. J. 2002, 82, 1358.
49. Kahya, N.; Scherfeld, D.; Bacia, K.; Poolman, B.; Schwille, P. J. Biol. Chem. 2003, 278, 28109.
50. Filippov, A.; Orädd, G.; Lindblom, G. Biophys. J. 2003, 84, 3079.
51. Costigan, S. C.; Booth, P. J.; Templer, R. H. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1468, 41.
52. Tristram-Nagle, S.; Petrache, H. I.; Nagle, J. F. Biophys. J. 1998, 75, 917.
53. Huang, P.; Bertaccini, E.; Loew, G. H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1995, 12, 725.
54. Murzyn, K.; Róg, T.; Jezierski, G.; Takaoka, Y.; Pasenkiewicz-Gieruka, M. Biophys. J. 2001, 81, 170.
55. Mukhopadhyay, P.; Vogel, H. J.; Tieleman, D. P. Biophys. J. 2004, 86, 337.
56. Hyslop, P. A.; Morel, B.; Sauerheber, R. D. Biochemistry 1990, 29, 1025.
57. Smaby, J. M.; Momsen, M. M.; Brockman, H. L.; Brown, R. E. Biophys. J. 1997, 73, 1492.
58. Seelig, J.; Seelig, A. Quart. Rev. Biophys. 1980, 13, 19.
59. McIntosh, T. J.; Simon, S. A. Biochemistry 1986, 25, 4948.
60. Koenig, B. W.; Strey, H. H.; Gawrisch, K. Biophys. J. 1997, 73, 1954.
61. De Planque, M. R. R.; Greathouse, D. V.; Koeppe, II, R. E.; Schäfer, H.; Marsh, D.; Killian, J. A. Biochemistry 1998, 37, 9333.