Multiscale coarse-graining of mixed phospholipid/cholesterol bilayers

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 2, Issue 3, 2006, Pages 637-648

  Izvekov, Sergei ^a   Voth, Gregory A ^a  

^a UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33748250745     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct050300c     Document Type: Article

References (45)

1. Gennis, R. B. Biomembranes: Molecular Structure and Function; Springer: New York, 1989.
2. Lipid Bilayers: Structure and Interactions; Katsaras, J., Gutberlet, T., Eds.; Springer: Berlin, 2001.
3. Feller, S. E.; Pastor, R. W. Biophys. J. 1996, 71, 1350.
4. Tieleman, D. P.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. Biophys. J. 1997, 1331, 235.
5. Feller, S. E.; Yin, D.; Pastor, R. W.; MacKerell, J. A. D. Biophys. J. 1997, 73, 2269.
6. Feller, S. E.; Venable, R. M.; Pastor, R. W. Langmuir 1997, 13, 6555.
7. Tu, K.; Klein, M. L.; Tobias, D. J. Biophys. J. 1998, 75, 2147.
8. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 1999, 77, 2075.
9. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1999, 111, 9864.
10. Feller, S. E.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1281.
11. Pasenkiewicz-Gierula, M.; Róg, T.; Kitamura, K.; Kusumi, A. Biophys. J. 2000, 78, 1376.
12. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. J. Comput. Chem. 1999, 20, 531.
13. Feller, S. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2002, 5, 217.
14. Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4464.
15. Marrink, S.; Mark, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15233.
16. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750.
17. Faller, R.; Marrink, S. J. Langmuir 2004, 20, 7686.
18. Marrink, S. J.; Mark, A. E. Biophys. J. 2004, 87, 3894.
19. Marrink, S. J.; Mark, A. E. Biophys. J. 2005, 88, 384A.
20. Marrink, S. J.; Risselada, J.; Mark, A. E. Chem. Phys. Lipids 2005, 135, 223.
21. Brannigan, G.; Brown, F. L. H. J. Chem. Phys. 2004, 120 (2), 1059.
22. Brannigan, G.; Philips, P. F.; Brown, F. L. H. Phys. Rev. E 2005, 72 (1), 11915.
23. Tozzini, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 144.
24. Meyer, H.; Biermann, O.; Faller, R.; Reith, D.; Müller-Plathe, F. J. Chem. Phys. 2000, 113, 6264.
25. Murtola, T.; Falck, E.; Patra, M.; Karttunen, M.; Vattulainena, I. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9156.
26. Brown, S.; Fawzi, N. J.; Head-Gordon, T. Proc. Natl. Acad. Sci. 2003, 100, 10712.
27. Zacharias, M. Protein Sci. 2003, 12, 1271.
28. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 2469.
29. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134105.
30. Izvekov, S.; Parrinello, M.; Burnham, C. J.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10896.
31. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6573.
32. De Boor, C. Practical Guide to Splines; Springer-Verlag: New York, 1978.
33. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
34. Ayton, G.; Smondyrev, A. M.; Bardenhagen, S. G.; McMurtry, P.; Voth, G. A. Biophys. J. 2002, 83, 1026.
35. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2001, 80, 1649.
36. Scott, H. L. Biophys. J. 1991, 59, 445.
37. Tobias, D. J.; Tu, K.; Klein, M. L. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 1997, 2, 15.
38. Wong, P.; Capes, S.; Mantsch, H. H. Biochim. Biophys. Acta 1989, 980, 37.
39. Guo, W.; Kurze, V.; Huber, T.; Afdhal, N. H.; Beyer, K.; Hamilton, J. A. Biophys. J. 2002, 83, 1465.
40. Hofsäss, C.; Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2003, 84, 2192.
41. Levy, R. M.; Gallicchio, E. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 531.
42. Filippov, A.; Orädd, G.; Lindblom, G. Biophys. J. 2003, 84, 3079.
43. Almeida, P. F. F.; Vaz, W. L. C.; Thompson, T. E. Biophys. J. 2005, 88, 4434.
44. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8910.
45. NIST Chemistry WebBook, NIST Standard Reference Database Number 69, 20899; Linstrom, P. J., Mallard, W. G., Eds.; NIST: Gaithersburg, MD, 2003.